AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780040544.01

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MsG0780040544.01.T01 AT2G01950 28.662 314 179 10 69 339 80 391 4.22e-19 92.8
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MsG0780040544.01.T01 AT5G20480 28.385 384 215 8 1 326 80 461 2.74e-31 130
MsG0780040544.01.T01 AT5G20480 28.571 238 167 2 72 307 78 314 3.46e-16 83.2
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MsG0780040544.01.T01 AT3G24240 30.130 385 217 5 2 336 114 496 6.89e-35 142
MsG0780040544.01.T01 AT3G24240 32.248 307 179 5 23 326 86 366 5.36e-30 127
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MsG0780040544.01.T01 AT2G35620 36.199 221 139 2 404 624 365 583 2.56e-38 150
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MsG0780040544.01.T01 AT3G47110 27.492 331 207 5 1 300 281 609 8.09e-20 94.7
MsG0780040544.01.T01 AT3G47110 28.197 305 184 5 69 340 83 385 5.84e-16 82.4
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MsG0780040544.01.T01 AT4G26540 30.640 297 198 5 35 326 109 402 9.58e-32 132
MsG0780040544.01.T01 AT4G26540 32.627 236 146 4 393 616 808 1042 6.27e-31 129
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MsG0780040544.01.T01 AT5G49780 29.528 254 152 7 52 299 2 234 8.57e-13 72.0
MsG0780040544.01.T01 AT3G59110 35.426 223 138 4 398 616 245 465 6.06e-36 142
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MsG0780040544.01.T01 AT2G25440 27.931 290 151 7 62 326 129 385 1.78e-15 80.5
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MsG0780040544.01.T01 AT2G25470 30.861 337 214 15 4 329 176 504 8.06e-18 88.2
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MsG0780040544.01.T01 AT2G42960 34.978 223 139 4 398 616 238 458 1.59e-34 137
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MsG0780040544.01.T01 AT1G51820 28.279 488 262 18 176 623 152 591 4.88e-34 138
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MsG0780040544.01.T01 AT2G33050 32.143 364 191 9 17 329 89 447 1.63e-23 106
MsG0780040544.01.T01 AT2G33050 29.945 364 200 13 1 326 146 492 4.59e-22 101
MsG0780040544.01.T01 AT2G33050 41.071 112 62 3 224 331 76 187 1.24e-13 74.7
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MsG0780040544.01.T01 AT1G53420 28.440 327 194 8 8 328 32 324 5.61e-24 107
MsG0780040544.01.T01 AT1G53420 27.434 226 150 7 4 224 120 336 7.36e-16 82.0
MsG0780040544.01.T01 AT1G29720 33.636 220 138 4 398 613 728 943 1.18e-33 138
MsG0780040544.01.T01 AT1G29720 30.709 254 172 4 69 322 96 345 1.88e-16 84.0
MsG0780040544.01.T01 AT1G29720 26.224 286 204 5 14 298 88 367 8.65e-15 78.6
MsG0780040544.01.T01 AT1G29720 28.163 245 144 6 4 224 128 364 1.20e-14 78.2
MsG0780040544.01.T01 AT2G20300 35.945 217 135 3 398 613 404 617 1.36e-33 137
MsG0780040544.01.T01 AT1G74360 34.632 231 138 7 398 623 874 1096 1.51e-33 138
MsG0780040544.01.T01 AT1G74360 29.930 431 253 14 1 389 331 754 7.17e-31 129
MsG0780040544.01.T01 AT1G74360 31.677 322 212 6 4 321 167 484 1.31e-30 129
MsG0780040544.01.T01 AT1G74360 25.926 378 223 7 1 323 259 634 5.91e-27 117
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MsG0780040544.01.T01 AT5G10020 29.911 224 131 10 409 617 788 1000 3.36e-13 73.6
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MsG0780040544.01.T01 AT2G27060 33.523 176 101 9 440 605 834 1003 7.38e-14 75.9
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MsG0780040544.01.T01 AT1G07570 34.513 226 139 6 398 617 133 355 6.01e-32 129
MsG0780040544.01.T01 AT2G27060 31.385 462 229 13 4 384 126 580 6.55e-32 132
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MsG0780040544.01.T01 AT1G65380 32.194 351 200 8 4 322 107 451 7.11e-32 132
MsG0780040544.01.T01 AT1G65380 30.565 301 200 3 1 301 346 637 5.71e-28 120
MsG0780040544.01.T01 AT1G65380 30.233 301 186 3 1 300 223 500 3.33e-26 114
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MsG0780040544.01.T01 AT3G57830 31.544 149 101 1 108 255 60 208 1.20e-15 81.3
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MsG0780040544.01.T01 AT3G24900 26.933 401 207 11 3 326 207 598 3.83e-22 102
MsG0780040544.01.T01 AT3G24900 32.500 280 153 7 19 291 100 350 6.20e-21 98.2
MsG0780040544.01.T01 AT3G24900 30.942 223 144 5 109 322 113 334 3.75e-18 89.4
MsG0780040544.01.T01 AT3G24900 29.183 257 172 4 4 254 540 792 1.05e-14 78.2
MsG0780040544.01.T01 AT3G24900 28.732 355 205 11 8 324 138 482 1.13e-12 71.6
MsG0780040544.01.T01 AT3G24900 33.166 199 114 7 149 336 109 299 8.73e-12 68.9
MsG0780040544.01.T01 AT4G23150 35.377 212 131 4 398 605 391 600 1.77e-31 130
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MsG0780040544.01.T01 AT1G56120 29.139 302 173 11 1 296 105 371 1.66e-18 90.5
MsG0780040544.01.T01 AT1G56120 27.306 271 170 4 78 323 85 353 2.16e-17 87.0
MsG0780040544.01.T01 AT1G56120 27.526 287 176 7 57 315 88 370 2.66e-17 86.7
MsG0780040544.01.T01 AT1G56120 26.619 278 152 7 89 338 71 324 3.89e-12 70.1
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MsG0780040544.01.T01 AT1G56120 29.139 302 173 11 1 296 130 396 1.37e-18 90.9
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MsG0780040544.01.T01 AT5G56890 34.649 228 143 4 398 620 778 1004 8.92e-31 129
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MsG0780040544.01.T01 AT5G63940 33.333 228 143 4 398 619 416 640 1.48e-30 127
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MsG0780040544.01.T01 AT3G56100 29.046 241 157 3 43 271 101 339 1.55e-18 89.7
MsG0780040544.01.T01 AT3G56100 36.095 169 94 3 4 160 159 325 2.13e-14 76.6
MsG0780040544.01.T01 AT5G24080 32.883 222 141 5 397 613 584 802 1.73e-30 128
MsG0780040544.01.T01 AT3G24550 31.579 228 136 5 398 613 335 554 1.81e-30 127
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MsG0780040544.01.T01 AT1G17250 32.124 193 117 4 2 181 483 674 8.64e-11 65.5
MsG0780040544.01.T01 AT3G20530 35.088 171 107 1 398 564 138 308 5.83e-30 120
MsG0780040544.01.T01 AT2G28590 33.333 225 144 3 398 617 154 377 6.34e-30 123
MsG0780040544.01.T01 AT4G29990 27.517 447 291 12 176 613 421 843 6.68e-30 126
MsG0780040544.01.T01 AT2G24230 31.008 258 141 6 395 619 598 851 6.76e-30 126
MsG0780040544.01.T01 AT2G24230 30.330 333 214 10 6 331 79 400 1.40e-23 106
MsG0780040544.01.T01 AT2G24230 30.312 320 188 10 4 319 125 413 4.14e-19 92.4
MsG0780040544.01.T01 AT2G24230 27.869 305 167 8 78 332 78 379 2.98e-17 86.7
MsG0780040544.01.T01 AT1G66460 33.058 242 137 8 398 619 212 448 6.97e-30 124
MsG0780040544.01.T01 AT4G21410 31.336 217 142 4 398 608 287 502 7.59e-30 124
MsG0780040544.01.T01 AT4G00960 32.889 225 140 6 398 614 24 245 7.85e-30 120
MsG0780040544.01.T01 AT5G16900 26.767 467 288 8 164 613 414 843 7.94e-30 126
MsG0780040544.01.T01 AT5G16900 26.767 467 288 8 164 613 414 843 7.94e-30 126
MsG0780040544.01.T01 AT1G70130 32.432 222 146 4 398 617 390 609 8.24e-30 125
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MsG0780040544.01.T01 AT1G34210 41.600 125 64 5 226 344 86 207 5.54e-13 72.4
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MsG0780040544.01.T01 AT5G37450 33.659 205 133 3 121 323 82 285 2.18e-19 93.2
MsG0780040544.01.T01 AT5G37450 31.250 208 137 5 128 331 63 268 1.27e-17 87.8
MsG0780040544.01.T01 AT5G37450 28.261 230 136 5 1 229 84 285 2.11e-15 80.5
MsG0780040544.01.T01 AT5G37450 28.931 159 86 2 1 159 156 287 3.07e-13 73.6
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MsG0780040544.01.T01 AT1G61550 33.184 223 141 4 397 614 543 762 3.38e-29 124
MsG0780040544.01.T01 AT5G54590 31.739 230 138 6 398 620 168 385 3.51e-29 121
MsG0780040544.01.T01 AT5G54590 31.739 230 138 6 398 620 168 385 3.51e-29 121
MsG0780040544.01.T01 AT5G54590 31.739 230 138 6 398 620 168 385 3.51e-29 121
MsG0780040544.01.T01 AT1G06840 33.778 225 131 4 398 613 680 895 3.83e-29 124
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MsG0780040544.01.T01 AT4G00960 32.735 223 136 6 398 614 24 238 4.38e-29 117
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MsG0780040544.01.T01 AT2G19130 30.222 225 150 3 397 615 546 769 6.93e-29 123
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MsG0780040544.01.T01 AT3G53240 29.459 370 213 12 1 341 185 535 1.24e-27 119
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MsG0780040544.01.T01 AT1G48480 35.519 183 112 4 186 366 70 248 2.14e-14 77.0
MsG0780040544.01.T01 AT1G48480 31.690 142 94 2 151 291 83 222 2.23e-11 67.4
MsG0780040544.01.T01 AT1G48480 31.788 151 94 2 69 219 74 215 7.16e-11 65.9
MsG0780040544.01.T01 AT5G65530 32.719 217 140 4 398 613 202 413 1.08e-28 120
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MsG0780040544.01.T01 AT1G29740 31.174 247 144 5 118 339 100 345 8.45e-20 94.7
MsG0780040544.01.T01 AT1G29740 29.596 223 148 6 3 224 155 369 1.26e-16 84.7
MsG0780040544.01.T01 AT1G52310 34.071 226 138 5 398 615 323 545 1.15e-28 121
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MsG0780040544.01.T01 AT4G00970 35.160 219 133 5 398 609 399 615 1.19e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G51790 34.404 218 138 4 398 613 683 897 1.24e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G67520 33.180 217 139 4 398 609 508 723 1.24e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G56145 32.864 213 140 3 398 609 742 952 1.26e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G56145 27.184 309 206 6 24 323 75 373 2.86e-20 96.3
MsG0780040544.01.T01 AT1G56145 25.455 275 194 6 1 272 125 391 8.00e-18 88.6
MsG0780040544.01.T01 AT1G56145 25.685 292 210 7 6 296 106 391 8.69e-17 85.1
MsG0780040544.01.T01 AT1G56145 23.967 242 182 2 89 328 91 332 9.30e-12 68.9
MsG0780040544.01.T01 AT1G61500 30.909 220 148 3 398 614 546 764 1.28e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT2G39110 29.778 225 151 3 398 615 136 360 1.30e-28 119
MsG0780040544.01.T01 AT2G39110 29.778 225 151 3 398 615 151 375 1.38e-28 119
MsG0780040544.01.T01 AT3G16030 33.641 217 138 4 398 609 603 818 1.38e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G67520 33.180 217 139 4 398 609 314 529 1.39e-28 121
MsG0780040544.01.T01 AT1G61500 30.909 220 148 3 398 614 551 769 1.43e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G51790 34.404 218 138 4 398 613 631 845 1.45e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G51790 34.404 218 138 4 398 613 631 845 1.45e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT3G24660 35.981 214 127 5 413 618 444 655 1.46e-28 121
MsG0780040544.01.T01 AT3G24660 33.040 227 135 5 176 395 111 327 1.74e-16 84.0
MsG0780040544.01.T01 AT3G24660 29.714 175 101 3 31 205 111 263 5.47e-13 72.8
MsG0780040544.01.T01 AT1G67520 33.180 217 139 4 398 609 551 766 1.49e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G61500 30.909 220 148 3 398 614 528 746 1.50e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT2G19190 35.294 221 137 3 398 615 628 845 1.52e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G77280 33.333 225 143 3 398 616 458 681 1.55e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G77280 33.333 225 143 3 398 616 458 681 1.55e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G67520 33.180 217 139 4 398 609 558 773 1.59e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT4G23280 33.784 222 140 5 398 614 397 616 1.67e-28 121
MsG0780040544.01.T01 AT3G16030 33.641 217 138 4 398 609 459 674 1.69e-28 121
MsG0780040544.01.T01 AT1G61490 31.364 220 147 3 398 614 519 737 1.69e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G61490 31.364 220 147 3 398 614 519 737 1.69e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT2G19210 31.624 234 156 4 398 628 630 862 1.70e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G80640 33.486 218 132 4 398 612 205 412 1.70e-28 119
MsG0780040544.01.T01 AT1G61490 31.364 220 147 3 398 614 545 763 1.72e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G61490 31.364 220 147 3 398 614 545 763 1.72e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G61490 31.364 220 147 3 398 614 545 763 1.72e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G61490 31.364 220 147 3 398 614 545 763 1.72e-28 122
MsG0780040544.01.T01 AT1G52290 32.911 237 122 8 398 613 198 418 1.74e-28 120
MsG0780040544.01.T01 AT1G61490 31.364 220 147 3 398 614 395 613 1.84e-28 121

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTCTCTCACAATTCTCTTTC+TGG 0.024636 7:+79000216 MsG0780040544.01.T01:CDS
GTACCATACTCTTTGATTTC+TGG 0.133644 7:+79000453 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGCTGCATTTCAATCTATTT+TGG 0.165660 7:+79001197 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGAGCAAAATGTGTCAATTT+TGG 0.183827 7:-79001156 None:intergenic
GGTAGTTCAGCAAGAGAATT+AGG 0.230861 7:-79000315 None:intergenic
ACCAATATTTCCTTCCAAAA+AGG 0.254999 7:-79000487 None:intergenic
CCAAGCTCACCAACATCTTC+TGG 0.262781 7:-78999595 None:intergenic
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TTAGCTGATAACAGTTTAAC+AGG 0.288667 7:+79000285 MsG0780040544.01.T01:CDS
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GTTAGATTAAAGATTGCTAT+TGG 0.317344 7:+79001033 MsG0780040544.01.T01:CDS
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GGAAGTGAAAATAACACAAT+TGG 0.327314 7:-78999958 None:intergenic
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TTACATTCACTAGTTGAGTT+AGG 0.337387 7:-78999886 None:intergenic
GGAAAGTGAATATTACTAAT+GGG 0.348547 7:+79001513 MsG0780040544.01.T01:CDS
TTTGATGGTAAAATTCCTTC+AGG 0.362836 7:+79000087 MsG0780040544.01.T01:CDS
TACTTGCATGGTGGAAGCTT+AGG 0.366949 7:+79000970 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGGAAAGTGAATATTACTAA+TGG 0.367162 7:+79001512 MsG0780040544.01.T01:CDS
TTTCCTTTACATAAACCATT+TGG 0.369479 7:-78999814 None:intergenic
CCTCACTTGATATAGTGAAA+TGG 0.372421 7:+79001483 MsG0780040544.01.T01:CDS
GTGTCATTCAATCAGTTATC+AGG 0.375564 7:+79000426 MsG0780040544.01.T01:CDS
TTTGCTCTTGATAGGATTGT+TGG 0.378398 7:+79001171 MsG0780040544.01.T01:CDS
TAAGAAAGCAAGTGAGCAAT+TGG 0.384514 7:+79001385 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGAGAACTTACAAGAGTGTT+TGG 0.385078 7:-78999739 None:intergenic
TCAAAACTTTCAGTTGCATT+GGG 0.388177 7:+79001008 MsG0780040544.01.T01:CDS
CATTGTGAATGATTGAGTTT+AGG 0.391019 7:+79001868 MsG0780040544.01.T01:three_prime_UTR
CTCTCTGAGAATAATCTAAC+TGG 0.392043 7:+78999709 MsG0780040544.01.T01:CDS
GACTTGTGTTGCAAATTTGC+AGG 0.392157 7:+79001688 MsG0780040544.01.T01:CDS
AATGGTTTATGTAAAGGAAA+AGG 0.399150 7:+78999817 MsG0780040544.01.T01:CDS
ATATAGTGAAATGGGTTAGA+AGG 0.405360 7:+79001492 MsG0780040544.01.T01:CDS
CCAGAAGATGTTGGTGAGCT+TGG 0.406537 7:+78999595 MsG0780040544.01.T01:CDS
TTTCCAAATGGTTTATGTAA+AGG 0.406813 7:+78999811 MsG0780040544.01.T01:CDS
GAAGGAAATATTGGTCTTTG+TGG 0.414178 7:+79000495 MsG0780040544.01.T01:CDS
CTAACAACTTCTAACATTGA+TGG 0.414985 7:-79001641 None:intergenic
AGACCAGAAATCAAAGAGTA+TGG 0.415914 7:-79000456 None:intergenic
GTCAAAACTTTCAGTTGCAT+TGG 0.416961 7:+79001007 MsG0780040544.01.T01:CDS
CCGAATTCATGTTCTGATGA+TGG 0.416987 7:+79000528 MsG0780040544.01.T01:CDS
CTCACTTGATATAGTGAAAT+GGG 0.422070 7:+79001484 MsG0780040544.01.T01:CDS
GTTCAGAACAATGGTTTCTC+TGG 0.422764 7:+78999928 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGAAACCATTGTTCTGAACT+TGG 0.423913 7:-78999924 None:intergenic
CCATCATCAGAACATGAATT+CGG 0.430578 7:-79000528 None:intergenic
TGATGATTTAAGATATAGAA+TGG 0.435266 7:+79001833 MsG0780040544.01.T01:three_prime_UTR
TAAATGTTGCCAAGATTCTT+GGG 0.436440 7:+79000908 MsG0780040544.01.T01:CDS
CCAGAAGCAGTATGGTGTAT+TGG 0.437176 7:-79000555 None:intergenic
CCAGTGGATTTATATTGTAT+AGG 0.438387 7:+79000640 MsG0780040544.01.T01:CDS
ATGGTTTATGTAAAGGAAAA+GGG 0.440760 7:+78999818 MsG0780040544.01.T01:CDS
TGTAAGTTCTCTCATGAACT+TGG 0.443577 7:+78999750 MsG0780040544.01.T01:CDS
ACTTGCATGGTGGAAGCTTA+GGG 0.444573 7:+79000971 MsG0780040544.01.T01:CDS
ATGACAGAACCCAAGAATCT+TGG 0.446419 7:-79000917 None:intergenic
TCAATGTTAGAAGTTGTTAG+AGG 0.447243 7:+79001644 MsG0780040544.01.T01:CDS
TGAAGTTCCTGAGTCTTTGA+AGG 0.447480 7:+78999660 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGAGATCAAAGCACAGGTTA+AGG 0.447970 7:-79000586 None:intergenic
TCTTCTTGTTACATTGCTCC+AGG 0.448679 7:+79001234 MsG0780040544.01.T01:CDS
CTTCATACAAATAGGTTCAC+TGG 0.450708 7:+78999856 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGATTCACTATACTCATAAC+TGG 0.452477 7:-79000195 None:intergenic
TTGTTAAACCAGAAGCAGTA+TGG 0.454586 7:-79000563 None:intergenic
ATCTAAGTCTTCATACAAAT+AGG 0.461798 7:+78999848 MsG0780040544.01.T01:CDS
CTCATCTATGAGTACTTGCA+TGG 0.465027 7:+79000958 MsG0780040544.01.T01:CDS
GAACATGAATTCGGTAATCC+AGG 0.468127 7:-79000519 None:intergenic
TCTTGTCACCAAGAAATGAT+TGG 0.470207 7:+79001569 MsG0780040544.01.T01:CDS
GAAGTGAAAATAACACAATT+GGG 0.480062 7:-78999957 None:intergenic
GGAACTGTTCTTGTTGCCAG+TGG 0.496544 7:+79000624 MsG0780040544.01.T01:CDS
CAATTGGATGTGTACAGCTT+TGG 0.498515 7:+79001401 MsG0780040544.01.T01:CDS
AATATTGGTCTTTGTGGCCC+TGG 0.499359 7:+79000501 MsG0780040544.01.T01:CDS
GGAATCTCACTCACCAGGTA+AGG 0.507802 7:-78999574 None:intergenic
CAAGTCAAAGAACATTCTGT+TGG 0.508702 7:+79001119 MsG0780040544.01.T01:CDS
TGAGAATAATCTAACTGGTA+AGG 0.510002 7:+78999714 MsG0780040544.01.T01:CDS
CAACACAAGTCCTTGACTCA+AGG 0.516396 7:-79001676 None:intergenic
GGTGAAAACAACAGATTCAC+AGG 0.524692 7:+79000000 MsG0780040544.01.T01:CDS
CTTCTGTGGTACCTGAGAAA+AGG 0.525193 7:+79001618 MsG0780040544.01.T01:CDS
CAAGGACTATGTACCACACT+TGG 0.538275 7:+79001083 MsG0780040544.01.T01:CDS
TTTGTCTATGAATCCTTACC+TGG 0.539086 7:+78999561 MsG0780040544.01.T01:CDS
ATTGCTATTGGAGTTGCTCA+AGG 0.542643 7:+79001045 MsG0780040544.01.T01:CDS
ATCAAACCCTTCAAAGACTC+AGG 0.543708 7:-78999667 None:intergenic
ATTTAAGATATAGAATGGCT+TGG 0.544061 7:+79001838 MsG0780040544.01.T01:three_prime_UTR
TGCTCTACGTTGCACTTCTG+TGG 0.545901 7:+79001604 MsG0780040544.01.T01:CDS
CTTTCTGATAACAATCTCAC+TGG 0.546731 7:+79000357 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGATCAAGGTAAGTGAGCAC+AGG 0.547335 7:-79000336 None:intergenic
TTAACAAATCCAAGACCTGA+AGG 0.547735 7:-79000102 None:intergenic
TGCTAGAGAGATCAAAGCAC+AGG 0.551359 7:-79000592 None:intergenic
GAAGTTCCTGAGTCTTTGAA+GGG 0.551556 7:+78999661 MsG0780040544.01.T01:CDS
CCTATACAATATAAATCCAC+TGG 0.554344 7:-79000640 None:intergenic
GTCTTCAGTCCCTTGAGTCA+AGG 0.563833 7:+79001666 MsG0780040544.01.T01:CDS
GTATTGCTAGAGCTAGTTTG+TGG 0.567341 7:+79001428 MsG0780040544.01.T01:CDS
GATTGTTATCAGAAAGATCA+AGG 0.569315 7:-79000350 None:intergenic
AACACAAGTCCTTGACTCAA+GGG 0.573602 7:-79001675 None:intergenic
AGATTCCAAGTTCAGAACAA+TGG 0.577158 7:+78999919 MsG0780040544.01.T01:CDS
CTTCTGGAATCTCACTCACC+AGG 0.591994 7:-78999579 None:intergenic
GAAAGTGAATATTACTAATG+GGG 0.611813 7:+79001514 MsG0780040544.01.T01:CDS
CAAAACTTTCAGTTGCATTG+GGG 0.615574 7:+79001009 MsG0780040544.01.T01:CDS
ACAGCTTCTGAGATTGACTC+AGG 0.619113 7:-79000030 None:intergenic
AACATGAATTCGGTAATCCA+GGG 0.619500 7:-79000518 None:intergenic
ACTTGTGTTGCAAATTTGCA+GGG 0.620945 7:+79001689 MsG0780040544.01.T01:CDS
CTTGCATGGTGGAAGCTTAG+GGG 0.629683 7:+79000972 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGATTTCTATGAACCAAGTG+TGG 0.632955 7:-79001096 None:intergenic
GCTAGTTTGTGGAAGACAAG+CGG 0.644750 7:+79001439 MsG0780040544.01.T01:CDS
ATCTATGAGTACTTGCATGG+TGG 0.650221 7:+79000961 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGTGAGATTCCAGAAGATGT+TGG 0.662623 7:+78999586 MsG0780040544.01.T01:CDS
CCATTTCACTATATCAAGTG+AGG 0.663326 7:-79001483 None:intergenic
TTGTATAGGAGATCTTGCAA+AGG 0.691841 7:+79000654 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGGACTCGCATATCTTCACA+AGG 0.700151 7:+79001065 MsG0780040544.01.T01:CDS
AGTTTGTGGAAGACAAGCGG+AGG 0.730599 7:+79001442 MsG0780040544.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AGACTTTTATATTTTTCTTT+TGG + Chr7:79001755-79001774 MsG0780040544.01.T01:three_prime_UTR 15.0%
!! TGAGAAGTTACTATTAATAA+CGG + Chr7:79001259-79001278 MsG0780040544.01.T01:intron 20.0%
!! TGTTAAGAAATTGGTAAATT+TGG + Chr7:79000828-79000847 MsG0780040544.01.T01:intron 20.0%
!! TTTAGTATCTGTTAAGAAAT+TGG + Chr7:79000819-79000838 MsG0780040544.01.T01:intron 20.0%
!!! TGATGATTTAAGATATAGAA+TGG + Chr7:79001833-79001852 MsG0780040544.01.T01:three_prime_UTR 20.0%
! AATGGTTTATGTAAAGGAAA+AGG + Chr7:78999817-78999836 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
! AGGAAAGTGAATATTACTAA+TGG + Chr7:79001512-79001531 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
! ATCTAAGTCTTCATACAAAT+AGG + Chr7:78999848-78999867 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
! ATGGTTTATGTAAAGGAAAA+GGG + Chr7:78999818-78999837 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
! GAAAGTGAATATTACTAATG+GGG + Chr7:79001514-79001533 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
! GAAGTGAAAATAACACAATT+GGG - Chr7:78999960-78999979 None:intergenic 25.0%
! GGAAAGTGAATATTACTAAT+GGG + Chr7:79001513-79001532 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
! GTTAGATTAAAGATTGCTAT+TGG + Chr7:79001033-79001052 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
! TTTCCAAATGGTTTATGTAA+AGG + Chr7:78999811-78999830 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
! TTTCCTTTACATAAACCATT+TGG - Chr7:78999817-78999836 None:intergenic 25.0%
!! ATTTAAGATATAGAATGGCT+TGG + Chr7:79001838-79001857 MsG0780040544.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!! GTTTCATTTTCAAACTAGAA+TGG - Chr7:79001732-79001751 None:intergenic 25.0%
!! TCAAAACATTGGCTAAAATT+AGG + Chr7:79000883-79000902 MsG0780040544.01.T01:intron 25.0%
!!! CTTGATAACAATCTTTTTGA+TGG + Chr7:79000072-79000091 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
!!! GCTTCTCTAAATCATTTTTA+TGG + Chr7:79000144-79000163 MsG0780040544.01.T01:CDS 25.0%
ACCAATATTTCCTTCCAAAA+AGG - Chr7:79000490-79000509 None:intergenic 30.0%
AGATTCACTATACTCATAAC+TGG - Chr7:79000198-79000217 None:intergenic 30.0%
ATAAATGTTGCCAAGATTCT+TGG + Chr7:79000907-79000926 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
CATTGTGAATGATTGAGTTT+AGG + Chr7:79001868-79001887 MsG0780040544.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
CCTAAAATTAAGCTCATTAG+AGG + Chr7:78999979-78999998 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
CCTATACAATATAAATCCAC+TGG - Chr7:79000643-79000662 None:intergenic 30.0%
CTAACAACTTCTAACATTGA+TGG - Chr7:79001644-79001663 None:intergenic 30.0%
CTCACTTGATATAGTGAAAT+GGG + Chr7:79001484-79001503 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
GAAGTTACTATTAATAACGG+TGG + Chr7:79001262-79001281 MsG0780040544.01.T01:intron 30.0%
GATTGTTATCAGAAAGATCA+AGG - Chr7:79000353-79000372 None:intergenic 30.0%
GGAAGTGAAAATAACACAAT+TGG - Chr7:78999961-78999980 None:intergenic 30.0%
TAAATGTTGCCAAGATTCTT+GGG + Chr7:79000908-79000927 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
TAATAGTAACTTCTCATACC+TGG - Chr7:79001255-79001274 None:intergenic 30.0%
TCAAAACTTTCAGTTGCATT+GGG + Chr7:79001008-79001027 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
TCAATGTTAGAAGTTGTTAG+AGG + Chr7:79001644-79001663 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
TGAGAATAATCTAACTGGTA+AGG + Chr7:78999714-78999733 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
TTACATTCACTAGTTGAGTT+AGG - Chr7:78999889-78999908 None:intergenic 30.0%
TTAGCTGATAACAGTTTAAC+AGG + Chr7:79000285-79000304 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
TTCAAAGAGTTTGAAAGTTG+AGG + Chr7:79000860-79000879 MsG0780040544.01.T01:intron 30.0%
! AGAGCAAAATGTGTCAATTT+TGG - Chr7:79001159-79001178 None:intergenic 30.0%
! AGCTGCATTTCAATCTATTT+TGG + Chr7:79001197-79001216 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
! ATTTGTTGCATTGCAGAATA+TGG + Chr7:79001356-79001375 MsG0780040544.01.T01:intron 30.0%
! CATTTTCAAACTAGAATGGA+GGG - Chr7:79001728-79001747 None:intergenic 30.0%
! CCAGTGGATTTATATTGTAT+AGG + Chr7:79000640-79000659 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
! CCTCTAATGAGCTTAATTTT+AGG - Chr7:78999982-79000001 None:intergenic 30.0%
! GTTTCACAAAACAAGCTTTT+AGG + Chr7:78999784-78999803 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
! TCAATAGGAAATGGAGATTT+TGG + Chr7:79000764-79000783 MsG0780040544.01.T01:intron 30.0%
! TCATTTTCAAACTAGAATGG+AGG - Chr7:79001729-79001748 None:intergenic 30.0%
! TTTGATGGTAAAATTCCTTC+AGG + Chr7:79000087-79000106 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
!! ATATAGTGAAATGGGTTAGA+AGG + Chr7:79001492-79001511 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
!! TCCTTTTTGGAAGGAAATAT+TGG + Chr7:79000486-79000505 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
!!! CTTTTAGGTTCATTTCCAAA+TGG + Chr7:78999799-78999818 MsG0780040544.01.T01:CDS 30.0%
!!! TCAAGTTTTGAAGACTTTGT+GGG - Chr7:79000389-79000408 None:intergenic 30.0%
!!! TTCAAGTTTTGAAGACTTTG+TGG - Chr7:79000390-79000409 None:intergenic 30.0%
AACATGAATTCGGTAATCCA+GGG - Chr7:79000521-79000540 None:intergenic 35.0%
ACAGATACTAAATCACCACT+AGG - Chr7:79000811-79000830 None:intergenic 35.0%
ACTGGTGAGTCACAAAAATT+AGG - Chr7:79000180-79000199 None:intergenic 35.0%
ACTTGTGTTGCAAATTTGCA+GGG + Chr7:79001689-79001708 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
AGACCAGAAATCAAAGAGTA+TGG - Chr7:79000459-79000478 None:intergenic 35.0%
AGATTCCAAGTTCAGAACAA+TGG + Chr7:78999919-78999938 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
AGATTTCTATGAACCAAGTG+TGG - Chr7:79001099-79001118 None:intergenic 35.0%
ATTAATAACGGTGGCACTAA+TGG + Chr7:79001271-79001290 MsG0780040544.01.T01:intron 35.0%
CAAAACTTTCAGTTGCATTG+GGG + Chr7:79001009-79001028 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
CAAGTCAAAGAACATTCTGT+TGG + Chr7:79001119-79001138 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
CCATCATCAGAACATGAATT+CGG - Chr7:79000531-79000550 None:intergenic 35.0%
CCATTTCACTATATCAAGTG+AGG - Chr7:79001486-79001505 None:intergenic 35.0%
CCTCACTTGATATAGTGAAA+TGG + Chr7:79001483-79001502 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
CTTCATACAAATAGGTTCAC+TGG + Chr7:78999856-78999875 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
CTTTCTGATAACAATCTCAC+TGG + Chr7:79000357-79000376 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
GAAAGTTGAGGTCAAAACAT+TGG + Chr7:79000872-79000891 MsG0780040544.01.T01:intron 35.0%
GATGAATGAGAAAGCTCAAT+AGG + Chr7:79000749-79000768 MsG0780040544.01.T01:intron 35.0%
GTCAAAACTTTCAGTTGCAT+TGG + Chr7:79001007-79001026 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
GTCAAGTTACCAAAAACTTG+AGG - Chr7:78999523-78999542 None:intergenic 35.0%
TAAGAAAGCAAGTGAGCAAT+TGG + Chr7:79001385-79001404 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
TATGTTGTGAGTTTACCTAG+TGG + Chr7:79000793-79000812 MsG0780040544.01.T01:intron 35.0%
TCATGCTCAGTAATTCTAAG+TGG - Chr7:79000717-79000736 None:intergenic 35.0%
TCTTGTCACCAAGAAATGAT+TGG + Chr7:79001569-79001588 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
TGAGAAAGCTCAATAGGAAA+TGG + Chr7:79000755-79000774 MsG0780040544.01.T01:intron 35.0%
TGTAAGTTCTCTCATGAACT+TGG + Chr7:78999750-78999769 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
TTAACAAATCCAAGACCTGA+AGG - Chr7:79000105-79000124 None:intergenic 35.0%
TTGCAAAGGTAATGAAGATG+CGG + Chr7:79000668-79000687 MsG0780040544.01.T01:intron 35.0%
TTGTATAGGAGATCTTGCAA+AGG + Chr7:79000654-79000673 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
TTGTTAAACCAGAAGCAGTA+TGG - Chr7:79000566-79000585 None:intergenic 35.0%
TTTGCTCTTGATAGGATTGT+TGG + Chr7:79001171-79001190 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
TTTGTCTATGAATCCTTACC+TGG + Chr7:78999561-78999580 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
! ACTGAGCATGATCTTGTTAT+AGG + Chr7:79000726-79000745 MsG0780040544.01.T01:intron 35.0%
! AGAAACCATTGTTCTGAACT+TGG - Chr7:78999927-78999946 None:intergenic 35.0%
! CTAAAGCAACTTTTGTTGCA+GGG + Chr7:78999622-78999641 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
! CTAAAGCACCAATCATTTCT+TGG - Chr7:79001580-79001599 None:intergenic 35.0%
! CTCTCTGAGAATAATCTAAC+TGG + Chr7:78999709-78999728 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
! CTGAGCATGATCTTGTTATA+GGG + Chr7:79000727-79000746 MsG0780040544.01.T01:intron 35.0%
! CTTTCAAACTCTTTGAAGAC+TGG - Chr7:79000857-79000876 None:intergenic 35.0%
! GTACCATACTCTTTGATTTC+TGG + Chr7:79000453-79000472 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
! GTGTCATTCAATCAGTTATC+AGG + Chr7:79000426-79000445 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
! TGACACATTTTGCTCTTGAT+AGG + Chr7:79001163-79001182 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
!! AGAGAACTTACAAGAGTGTT+TGG - Chr7:78999742-78999761 None:intergenic 35.0%
!! GAAGGAAATATTGGTCTTTG+TGG + Chr7:79000495-79000514 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
!! TCTAAAGCAACTTTTGTTGC+AGG + Chr7:78999621-78999640 MsG0780040544.01.T01:CDS 35.0%
AACACAAGTCCTTGACTCAA+GGG - Chr7:79001678-79001697 None:intergenic 40.0%
AAGGTAATGAAGATGCGGTT+TGG + Chr7:79000673-79000692 MsG0780040544.01.T01:intron 40.0%
AGAGATCAAAGCACAGGTTA+AGG - Chr7:79000589-79000608 None:intergenic 40.0%
AGTGAGATTCCAGAAGATGT+TGG + Chr7:78999586-78999605 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
ATCAAACCCTTCAAAGACTC+AGG - Chr7:78999670-78999689 None:intergenic 40.0%
ATCTATGAGTACTTGCATGG+TGG + Chr7:79000961-79000980 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
ATGACAGAACCCAAGAATCT+TGG - Chr7:79000920-79000939 None:intergenic 40.0%
CAATTGGATGTGTACAGCTT+TGG + Chr7:79001401-79001420 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
CCGAATTCATGTTCTGATGA+TGG + Chr7:79000528-79000547 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
CTCATCTATGAGTACTTGCA+TGG + Chr7:79000958-79000977 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
CTCTCTCACAATTCTCTTTC+TGG + Chr7:79000216-79000235 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
GAACATGAATTCGGTAATCC+AGG - Chr7:79000522-79000541 None:intergenic 40.0%
GAAGTTCCTGAGTCTTTGAA+GGG + Chr7:78999661-78999680 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
GACTTGTGTTGCAAATTTGC+AGG + Chr7:79001688-79001707 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
GGTAAAATTCCTTCAGGTCT+TGG + Chr7:79000093-79000112 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
GGTAGTTCAGCAAGAGAATT+AGG - Chr7:79000318-79000337 None:intergenic 40.0%
GGTGAAAACAACAGATTCAC+AGG + Chr7:79000000-79000019 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
GGTGAGTCACAAAAATTAGG+TGG - Chr7:79000177-79000196 None:intergenic 40.0%
GTTCAGAACAATGGTTTCTC+TGG + Chr7:78999928-78999947 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
TCTTCTTGTTACATTGCTCC+AGG + Chr7:79001234-79001253 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
TGAAGTTCCTGAGTCTTTGA+AGG + Chr7:78999660-78999679 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
TTTCCTTCCAAAAAGGATGC+AGG - Chr7:79000483-79000502 None:intergenic 40.0%
! ATCTCTCTAGCATTTGTTGC+TGG + Chr7:79000603-79000622 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
! ATTGCTATTGGAGTTGCTCA+AGG + Chr7:79001045-79001064 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
! GGTGATGTACCTCAAGTTTT+TGG + Chr7:78999511-78999530 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
! GTATTGCTAGAGCTAGTTTG+TGG + Chr7:79001428-79001447 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
! TTGCAGGGTTCTTCTTTTCA+AGG + Chr7:78999637-78999656 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
!! AACATTGATGGCCTTTTCTC+AGG - Chr7:79001632-79001651 None:intergenic 40.0%
!! ATGGGAAGTAACTTGCTTTC+AGG + Chr7:78999490-78999509 MsG0780040544.01.T01:CDS 40.0%
!!! TCCTGCATTTTTTCAGCTGA+GGG - Chr7:79000248-79000267 None:intergenic 40.0%
!!! TTCCTGCATTTTTTCAGCTG+AGG - Chr7:79000249-79000268 None:intergenic 40.0%
AGATCAAGGTAAGTGAGCAC+AGG - Chr7:79000339-79000358 None:intergenic 45.0%
AGGACTCGCATATCTTCACA+AGG + Chr7:79001065-79001084 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
CAACACAAGTCCTTGACTCA+AGG - Chr7:79001679-79001698 None:intergenic 45.0%
CAAGGACTATGTACCACACT+TGG + Chr7:79001083-79001102 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
CCAATACACCATACTGCTTC+TGG + Chr7:79000555-79000574 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
CCAGAAGCAGTATGGTGTAT+TGG - Chr7:79000558-79000577 None:intergenic 45.0%
CTTCTGTGGTACCTGAGAAA+AGG + Chr7:79001618-79001637 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
TCCCTCAGCTGAAAAAATGC+AGG + Chr7:79000244-79000263 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
TGCTAGAGAGATCAAAGCAC+AGG - Chr7:79000595-79000614 None:intergenic 45.0%
! ACTTGCATGGTGGAAGCTTA+GGG + Chr7:79000971-79000990 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
! CTTCCTGCATCCTTTTTGGA+AGG + Chr7:79000477-79000496 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
! GCTAGTTTGTGGAAGACAAG+CGG + Chr7:79001439-79001458 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
! TACTTGCATGGTGGAAGCTT+AGG + Chr7:79000970-79000989 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
! TGGTCTTCCTGCATCCTTTT+TGG + Chr7:79000473-79000492 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
!! AATATTGGTCTTTGTGGCCC+TGG + Chr7:79000501-79000520 MsG0780040544.01.T01:CDS 45.0%
!! ACAGCTTCTGAGATTGACTC+AGG - Chr7:79000033-79000052 None:intergenic 45.0%
AGTTTGTGGAAGACAAGCGG+AGG + Chr7:79001442-79001461 MsG0780040544.01.T01:CDS 50.0%
CCAAGCTCACCAACATCTTC+TGG - Chr7:78999598-78999617 None:intergenic 50.0%
GGAACTGTTCTTGTTGCCAG+TGG + Chr7:79000624-79000643 MsG0780040544.01.T01:CDS 50.0%
GGAATCTCACTCACCAGGTA+AGG - Chr7:78999577-78999596 None:intergenic 50.0%
GTCTTCAGTCCCTTGAGTCA+AGG + Chr7:79001666-79001685 MsG0780040544.01.T01:CDS 50.0%
TGCTCTACGTTGCACTTCTG+TGG + Chr7:79001604-79001623 MsG0780040544.01.T01:CDS 50.0%
! CCAGAAGATGTTGGTGAGCT+TGG + Chr7:78999595-78999614 MsG0780040544.01.T01:CDS 50.0%
! CTTGCATGGTGGAAGCTTAG+GGG + Chr7:79000972-79000991 MsG0780040544.01.T01:CDS 50.0%
! TGAAGATGCGGTTTGGCGTT+CGG + Chr7:79000680-79000699 MsG0780040544.01.T01:intron 50.0%
!! CTTCTGGAATCTCACTCACC+AGG - Chr7:78999582-78999601 None:intergenic 50.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 78999490 79001901 78999490 ID=MsG0780040544.01;Name=MsG0780040544.01
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Chr7 exon 79001372 79001901 79001372 ID=MsG0780040544.01.T01:exon:16185;Parent=MsG0780040544.01.T01
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Gene Sequence

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Protein sequence

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