AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180002424.01

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MsG0180002424.01.T01 AT5G22460 51.895 343 161 2 1 342 1 340 8.15e-134 385
MsG0180002424.01.T01 AT1G74300 63.265 245 89 1 97 340 1 245 3.75e-111 324
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MsG0180002424.01.T01 AT1G08310 47.368 209 104 3 33 240 2 205 4.59e-61 196
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MsG0180002424.01.T01 AT3G44510 37.255 204 121 3 143 341 1 202 2.62e-44 152
MsG0180002424.01.T01 AT3G44510 37.255 204 121 3 143 341 1 202 2.62e-44 152
MsG0180002424.01.T01 AT3G44510 37.255 204 121 3 143 341 1 202 2.62e-44 152
MsG0180002424.01.T01 AT5G02970 25.278 360 214 8 5 324 126 470 4.86e-31 123
MsG0180002424.01.T01 AT3G09690 26.462 325 192 9 36 324 160 473 7.04e-29 117
MsG0180002424.01.T01 AT3G09690 26.462 325 192 9 36 324 160 473 7.04e-29 117

Find 87 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 230 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATACAATCAAAGTTCATTTA+TGG 0.156198 1:-38274365 MsG0180002424.01.T01:CDS
CTTTATCCTTGGTGCTGTTA+TGG 0.220069 1:+38276643 None:intergenic
GCTCCCTTAAAAGTGAAAAT+TGG 0.246316 1:-38274058 MsG0180002424.01.T01:three_prime_UTR
TCTTGGTGGTGGAGGTTTAA+TGG 0.249285 1:+38276691 None:intergenic
TAGGGGTTGCTTGAAGAATT+AGG 0.254612 1:-38276421 MsG0180002424.01.T01:CDS
TATGGGTGGACAAGCTGTTT+GGG 0.260265 1:-38276254 MsG0180002424.01.T01:CDS
CGATAATTGGATTTGGAACT+TGG 0.264289 1:-38274428 MsG0180002424.01.T01:CDS
TTTATCCTTGGTGCTGTTAT+GGG 0.264845 1:+38276644 None:intergenic
GTTAATTTGCTTTAGATTCT+CGG 0.270263 1:-38274095 MsG0180002424.01.T01:three_prime_UTR
ATATGCCGTGACACGATAAT+TGG 0.275006 1:-38274441 MsG0180002424.01.T01:CDS
CTATGGGTGGACAAGCTGTT+TGG 0.288175 1:-38276255 MsG0180002424.01.T01:CDS
TGAAAACAATTGATAAATCT+TGG 0.301425 1:+38274625 None:intergenic
GCACTCACTTCCTCGACATT+TGG 0.310843 1:+38274237 None:intergenic
ATGTTCCATGGCTTACATTC+TGG 0.314084 1:-38274713 MsG0180002424.01.T01:CDS
TTGTGTTGGTTGCTCATAAT+AGG 0.326083 1:+38274764 None:intergenic
CCTACATCAAGTGTAGTAAA+AGG 0.347381 1:-38274669 MsG0180002424.01.T01:CDS
TGATCTTGATAACCCTTTCC+CGG 0.358214 1:-38274391 MsG0180002424.01.T01:CDS
GTCCAGCACCTTGCAATTCA+TGG 0.359218 1:+38274268 None:intergenic
GCTTGCAGATAAGCTGGAAT+TGG 0.360953 1:-38276305 MsG0180002424.01.T01:CDS
GAAAACAATTGATAAATCTT+GGG 0.362671 1:+38274626 None:intergenic
TCTGGTGGTTTACTCAAAAC+TGG 0.363902 1:-38274695 MsG0180002424.01.T01:CDS
ATTGTATTCATACATGGTTT+TGG 0.365960 1:-38276554 MsG0180002424.01.T01:CDS
AATCCTCAAAACTCAGTTGA+TGG 0.379935 1:-38274211 MsG0180002424.01.T01:CDS
CCATCTCTCAGCTTTATCCT+TGG 0.381172 1:+38276632 None:intergenic
TGAACTTTGATTGTATTATC+CGG 0.382444 1:+38274372 None:intergenic
GCTGAGAGATGGAAGACATT+TGG 0.400343 1:-38276621 MsG0180002424.01.T01:CDS
CGTGACACGATAATTGGATT+TGG 0.406355 1:-38274435 MsG0180002424.01.T01:CDS
CCTGGTGAACCACATGTTCT+TGG 0.417350 1:+38276674 None:intergenic
TTCTTGCTAGCTAATTGTCT+TGG 0.429772 1:+38276578 None:intergenic
ATATATCGTTGTAGCGTAGC+TGG 0.437467 1:+38274318 None:intergenic
GCCTCAAATTCATTCCTCAT+AGG 0.438299 1:-38276228 MsG0180002424.01.T01:intron
GAGTTTGGCTCTTGATATTG+AGG 0.442872 1:-38276329 MsG0180002424.01.T01:CDS
CCACATGTTCTTGGTGGTGG+AGG 0.444378 1:+38276683 None:intergenic
GAACTTTGATTGTATTATCC+GGG 0.452611 1:+38274373 None:intergenic
TACCATGAATTGCAAGGTGC+TGG 0.459267 1:-38274270 MsG0180002424.01.T01:CDS
GTCTGTTAACAAAGAACATC+AGG 0.473018 1:-38274598 MsG0180002424.01.T01:intron
AGCAACCAACACAAGATCAA+TGG 0.483205 1:-38274755 MsG0180002424.01.T01:CDS
TGAGGAGCTTGCAGATAAGC+TGG 0.489202 1:-38276311 MsG0180002424.01.T01:CDS
ATCCTTGGTGCTGTTATGGG+TGG 0.489509 1:+38276647 None:intergenic
TTGATTGTATTATCCGGGAA+AGG 0.490232 1:+38274378 None:intergenic
TGATTGTATTATCCGGGAAA+GGG 0.497339 1:+38274379 None:intergenic
CTTGCAGATAAGCTGGAATT+GGG 0.497644 1:-38276304 MsG0180002424.01.T01:CDS
CATTAACAGGGTTACCTATG+AGG 0.501924 1:+38276214 None:intergenic
ACCTATGAGGAATGAATTTG+AGG 0.505317 1:+38276227 None:intergenic
GCTGTTATGGGTGGACCACC+TGG 0.508255 1:+38276656 None:intergenic
TTCCATGGCTTACATTCTGG+TGG 0.512659 1:-38274710 MsG0180002424.01.T01:CDS
AAGAAGATTGTATTCATACA+TGG 0.516740 1:-38276560 MsG0180002424.01.T01:CDS
GAGTTGCTCATTATGTTCCA+TGG 0.517308 1:-38274725 MsG0180002424.01.T01:CDS
ATCAAAGTTCATTTATGGCA+AGG 0.520040 1:-38274360 MsG0180002424.01.T01:CDS
GCAACCAACACAAGATCAAT+GGG 0.520360 1:-38274754 MsG0180002424.01.T01:CDS
TCTTGGGGAGACAGAACAGC+AGG 0.521518 1:+38274642 None:intergenic
ATGGGTGGACAAGCTGTTTG+GGG 0.523134 1:-38276253 MsG0180002424.01.T01:CDS
GAACCACATGTTCTTGGTGG+TGG 0.528691 1:+38276680 None:intergenic
CCAAGAACATGTGGTTCACC+AGG 0.533819 1:-38276674 MsG0180002424.01.T01:CDS
AATTCATGGTATTGAATCCA+TGG 0.536985 1:+38274282 None:intergenic
TTTATGACAACAGACTTGCT+GGG 0.539829 1:-38274854 MsG0180002424.01.T01:intron
AATCCCAATCAACAAAATTG+AGG 0.544312 1:+38276733 None:intergenic
TGCCACCAGTAGTTTACCAC+TGG 0.548755 1:+38274816 None:intergenic
TCATTTGATAGACCAGGGTA+TGG 0.549328 1:-38276385 MsG0180002424.01.T01:CDS
AAAACAATTGATAAATCTTG+GGG 0.558275 1:+38274627 None:intergenic
GATAATTGGATTTGGAACTT+GGG 0.561009 1:-38274427 MsG0180002424.01.T01:CDS
GGTGAACCACATGTTCTTGG+TGG 0.566068 1:+38276677 None:intergenic
AATTAATTATTACCTTAGGA+AGG 0.569133 1:+38276498 None:intergenic
TATATCGTTGTAGCGTAGCT+GGG 0.577794 1:+38274319 None:intergenic
GATTGCAACAAACCTTCCTA+AGG 0.579046 1:-38276510 MsG0180002424.01.T01:intron
GTGGTAAACTACTGGTGGCA+TGG 0.580926 1:-38274813 MsG0180002424.01.T01:CDS
TGACTCCAGTGGTAAACTAC+TGG 0.587202 1:-38274821 MsG0180002424.01.T01:CDS
AGTGCCCATTGATCTTGTGT+TGG 0.590918 1:+38274750 None:intergenic
GTTGTGTCATTTGATAGACC+AGG 0.594934 1:-38276391 MsG0180002424.01.T01:CDS
CATTTGGCTTACAAAGAACA+TGG 0.596660 1:-38276605 MsG0180002424.01.T01:CDS
CCAAGGATAAAGCTGAGAGA+TGG 0.598249 1:-38276632 MsG0180002424.01.T01:CDS
TTGTGTCATTTGATAGACCA+GGG 0.602205 1:-38276390 MsG0180002424.01.T01:CDS
CAAATCCAATTATCGTGTCA+CGG 0.604757 1:+38274436 None:intergenic
CAGTCACAGGTGAAACAACA+AGG 0.604905 1:-38274477 MsG0180002424.01.T01:CDS
AACCACCAGAATGTAAGCCA+TGG 0.614041 1:+38274708 None:intergenic
TGTCACGGCATATAGATTCG+TGG 0.623978 1:+38274451 None:intergenic
CTCCAGTGGTAAACTACTGG+TGG 0.624685 1:-38274818 MsG0180002424.01.T01:CDS
AAAGGGTTATCAAGATCAAG+TGG 0.630034 1:+38274396 None:intergenic
TTATGACAACAGACTTGCTG+GGG 0.632491 1:-38274853 MsG0180002424.01.T01:intron
ATTCAATACCATGAATTGCA+AGG 0.635449 1:-38274276 MsG0180002424.01.T01:CDS
ACACTTGTTTCCAAATGTCG+AGG 0.640167 1:-38274247 MsG0180002424.01.T01:CDS
GCATCACTTTCTCCATACCC+TGG 0.644710 1:+38276373 None:intergenic
CCTCCACCACCAAGAACATG+TGG 0.662982 1:-38276683 MsG0180002424.01.T01:CDS
GGCAACATTGATGACTCCAG+TGG 0.685628 1:-38274832 MsG0180002424.01.T01:CDS
AGAACATGTGGTTCACCAGG+TGG 0.685919 1:-38276671 MsG0180002424.01.T01:CDS
CTTGGGGAGACAGAACAGCA+GGG 0.724794 1:+38274643 None:intergenic
GTCCACCCATAACAGCACCA+AGG 0.749684 1:-38276649 MsG0180002424.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ATTTAAAAAAAAAAAAATTA+GGG + Chr1:38275199-38275218 None:intergenic 0.0%
!! TATTTAAAAAAAAAAAAATT+AGG + Chr1:38275200-38275219 None:intergenic 0.0%
!! AAAAATATATTAAAAATGTG+TGG + Chr1:38274696-38274715 None:intergenic 10.0%
!! AAAATGTTTGTATTTAAATA+TGG - Chr1:38275707-38275726 MsG0180002424.01.T01:intron 10.0%
!! AAATGTTTGTATTTAAATAT+GGG - Chr1:38275708-38275727 MsG0180002424.01.T01:intron 10.0%
!! TTAAAAAAGTAAATTAACAA+TGG - Chr1:38275981-38276000 MsG0180002424.01.T01:intron 10.0%
!!! AAATACAAACATTTTTTTTT+TGG + Chr1:38275702-38275721 None:intergenic 10.0%
!!! AATTTCAGTATTTTTTTTTA+GGG - Chr1:38276707-38276726 MsG0180002424.01.T01:CDS 10.0%
!!! ACACATTTTTAATATATTTT+TGG - Chr1:38274695-38274714 MsG0180002424.01.T01:CDS 10.0%
!!! ATTTATTTTTAATTTGGTTA+GGG - Chr1:38274420-38274439 MsG0180002424.01.T01:CDS 10.0%
!!! TAATTTCAGTATTTTTTTTT+AGG - Chr1:38276706-38276725 MsG0180002424.01.T01:CDS 10.0%
!!! TATTTATTTTTAATTTGGTT+AGG - Chr1:38274419-38274438 MsG0180002424.01.T01:CDS 10.0%
!! AATTAATTACACAATTTCAA+TGG + Chr1:38275801-38275820 None:intergenic 15.0%
!! AATTATCAAAATCAAACTTA+AGG + Chr1:38274389-38274408 None:intergenic 15.0%
!! ATAAAACTCAAATTGAATAA+TGG - Chr1:38275496-38275515 MsG0180002424.01.T01:intron 15.0%
!! GTTCTTAATTAAAAATTGAA+AGG - Chr1:38276738-38276757 MsG0180002424.01.T01:CDS 15.0%
!! TATTTAACCCAAAAAAATAT+AGG + Chr1:38275042-38275061 None:intergenic 15.0%
!!! AAATTGTATTTTTCAAAGTT+AGG + Chr1:38274772-38274791 None:intergenic 15.0%
!!! AACTTTGAAAAATACAATTT+TGG - Chr1:38274772-38274791 MsG0180002424.01.T01:CDS 15.0%
!!! AATTGATTTAAATTCAATAC+TGG + Chr1:38275597-38275616 None:intergenic 15.0%
!!! AATTGTATTTTTCAAAGTTA+GGG + Chr1:38274771-38274790 None:intergenic 15.0%
!!! AGTATATAATTTTTTTCCTA+TGG + Chr1:38275952-38275971 None:intergenic 15.0%
!!! TAAAAAACAGTTTTCATTTA+TGG - Chr1:38275831-38275850 MsG0180002424.01.T01:intron 15.0%
!!! TACTTTTGTCAATATTTAAA+GGG + Chr1:38275914-38275933 None:intergenic 15.0%
!!! TTACTTTTGTCAATATTTAA+AGG + Chr1:38275915-38275934 None:intergenic 15.0%
!!! TTTATTTTTAATTTGGTTAG+GGG - Chr1:38274421-38274440 MsG0180002424.01.T01:CDS 15.0%
!! AAAACAATTGATAAATCTTG+GGG + Chr1:38276235-38276254 None:intergenic 20.0%
!! AATTAATTATTACCTTAGGA+AGG + Chr1:38274364-38274383 None:intergenic 20.0%
!! ATAAATATATAAACTTTCCG+TGG - Chr1:38275076-38275095 MsG0180002424.01.T01:intron 20.0%
!! ATACAATCAAAGTTCATTTA+TGG - Chr1:38276494-38276513 MsG0180002424.01.T01:intron 20.0%
!! CGGAAAGTTTATATATTTAT+AGG + Chr1:38275076-38275095 None:intergenic 20.0%
!! GAAAACAATTGATAAATCTT+GGG + Chr1:38276236-38276255 None:intergenic 20.0%
!! TCCAAAAAAAAAAAAAAAGG+CGG - Chr1:38275571-38275590 MsG0180002424.01.T01:intron 20.0%
!! TCCTCCAAAAAAAAAAAAAA+AGG - Chr1:38275568-38275587 MsG0180002424.01.T01:intron 20.0%
!! TGAAAACAATTGATAAATCT+TGG + Chr1:38276237-38276256 None:intergenic 20.0%
!! TTAAATTGTGTAATGAATGT+AGG - Chr1:38275616-38275635 MsG0180002424.01.T01:intron 20.0%
!!! AAATTGTAGTTTTCAAAGTT+AGG - Chr1:38274965-38274984 MsG0180002424.01.T01:intron 20.0%
!!! AACTTTGAAAACTACAATTT+TGG + Chr1:38274965-38274984 None:intergenic 20.0%
!!! AATTGTAGTTTTCAAAGTTA+GGG - Chr1:38274966-38274985 MsG0180002424.01.T01:intron 20.0%
!!! ACTTTAGCCTATATTTTTTT+GGG - Chr1:38275032-38275051 MsG0180002424.01.T01:intron 20.0%
!!! ATTGTATTTTTCAAAGTTAG+GGG + Chr1:38274770-38274789 None:intergenic 20.0%
!!! GAACTTTTTCAATGAAATAT+AGG + Chr1:38275357-38275376 None:intergenic 20.0%
!!! TATAAAATTTTCAATCACCA+CGG + Chr1:38275096-38275115 None:intergenic 20.0%
!!! TGGTGATTGAAAATTTTATA+GGG - Chr1:38275096-38275115 MsG0180002424.01.T01:intron 20.0%
!!! TGTAAATCATAGTTGTTTTT+TGG + Chr1:38275447-38275466 None:intergenic 20.0%
! AAGAAGATTGTATTCATACA+TGG - Chr1:38274299-38274318 MsG0180002424.01.T01:CDS 25.0%
! ATATTAAAAATGTGTGGTCT+AGG + Chr1:38274690-38274709 None:intergenic 25.0%
! ATATTGTTCAAAAACTTCCA+TGG - Chr1:38276560-38276579 MsG0180002424.01.T01:CDS 25.0%
! GGTGAATTAATTATTACCTT+AGG + Chr1:38274368-38274387 None:intergenic 25.0%
! TAAATATGGGAAATACTAAC+CGG - Chr1:38275721-38275740 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
! TGAACTTTGATTGTATTATC+CGG + Chr1:38276490-38276509 None:intergenic 25.0%
! TGACAAAAGTAAAATGCAAA+AGG - Chr1:38275923-38275942 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
! TTAAAATTTAATGCAGTCAC+AGG - Chr1:38276369-38276388 MsG0180002424.01.T01:CDS 25.0%
!! AAAAAGAAGTGTAAAGAGTT+TGG - Chr1:38274515-38274534 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
!! AAACTCTTTACACTTCTTTT+TGG + Chr1:38274516-38274535 None:intergenic 25.0%
!! AACAATAGATCTCTGAATTT+TGG + Chr1:38275387-38275406 None:intergenic 25.0%
!! AGATGACTAAAATCTTGTTT+CGG - Chr1:38275544-38275563 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
!! ATGGTAATAATTCCCTTTTA+CGG - Chr1:38275850-38275869 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
!! ATTGTAGTTTTCAAAGTTAG+GGG - Chr1:38274967-38274986 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
!! ATTGTATTCATACATGGTTT+TGG - Chr1:38274305-38274324 MsG0180002424.01.T01:CDS 25.0%
!! GTGGTGATTGAAAATTTTAT+AGG - Chr1:38275095-38275114 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
!!! AATTTTGTTGATTGGGATTT+TGG - Chr1:38274130-38274149 MsG0180002424.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!!! ACTTCCAATTTTCACTTTTA+AGG + Chr1:38276808-38276827 None:intergenic 25.0%
!!! ATCTCTGAATTTTGGTTTTA+TGG + Chr1:38275379-38275398 None:intergenic 25.0%
!!! ATTTTGTTGATTGGGATTTT+GGG - Chr1:38274131-38274150 MsG0180002424.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!!! CAACATTTTGAAAAGATAAG+GGG - Chr1:38274877-38274896 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
!!! CACTTTAGCCTATATTTTTT+TGG - Chr1:38275031-38275050 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
!!! CTTCCAATTTTCACTTTTAA+GGG + Chr1:38276807-38276826 None:intergenic 25.0%
!!! GCAACATTTTGAAAAGATAA+GGG - Chr1:38274876-38274895 MsG0180002424.01.T01:intron 25.0%
!!! GCAACTTTTTGAAAGATAAT+GGG + Chr1:38274738-38274757 None:intergenic 25.0%
!!! GCCTTTTTTTTTTTTTTTGG+AGG + Chr1:38275572-38275591 None:intergenic 25.0%
!!! GTTAATTTGCTTTAGATTCT+CGG - Chr1:38276764-38276783 MsG0180002424.01.T01:exon 25.0%
!!! TCAGTATTTTTTTTTAGGGA+TGG - Chr1:38276711-38276730 MsG0180002424.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTGTATTTTTCAAAGTTAGG+GGG + Chr1:38274769-38274788 None:intergenic 25.0%
AAAATGCAAAAGGTAACCAT+AGG - Chr1:38275933-38275952 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
AATCCCAATCAACAAAATTG+AGG + Chr1:38274129-38274148 None:intergenic 30.0%
ACATATTTCCCTTATGTTAG+GGG - Chr1:38274907-38274926 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
ACTGGTTAAGGATATGAAAA+AGG - Chr1:38275756-38275775 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
AGACATATTTCCCTTATGTT+AGG - Chr1:38274905-38274924 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
ATCAAAGTTCATTTATGGCA+AGG - Chr1:38276499-38276518 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
ATTCAATACCATGAATTGCA+AGG - Chr1:38276583-38276602 MsG0180002424.01.T01:CDS 30.0%
GAACTTTGATTGTATTATCC+GGG + Chr1:38276489-38276508 None:intergenic 30.0%
GACATATTTCCCTTATGTTA+GGG - Chr1:38274906-38274925 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
! AATTCATGGTATTGAATCCA+TGG + Chr1:38276580-38276599 None:intergenic 30.0%
! ATTGCCTCAATTTTGTTGAT+TGG - Chr1:38274122-38274141 MsG0180002424.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
! CTTTCAAAAAGTTGCGATTT+TGG - Chr1:38274743-38274762 MsG0180002424.01.T01:CDS 30.0%
! CTTTCAAAAAGTTGCGATTT+TGG + Chr1:38274762-38274743 None:intergenic 30.0%
! GATAATTGGATTTGGAACTT+GGG - Chr1:38276432-38276451 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
! TATGTCATGGGATTTTCTAT+GGG - Chr1:38274588-38274607 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
! TTATGTCATGGGATTTTCTA+TGG - Chr1:38274587-38274606 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
! TTGTAGTTTTCAAAGTTAGG+GGG - Chr1:38274968-38274987 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
!! AGCACTAACATAATTTTGAC+TGG - Chr1:38274066-38274085 MsG0180002424.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
!! ATCGCAACTTTTTGAAAGAT+AGG - Chr1:38274996-38275015 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
!! CGCAACATTTTGAAAAGATA+AGG - Chr1:38274875-38274894 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
!! CGCAACTTTTTGAAAGATAA+TGG + Chr1:38274739-38274758 None:intergenic 30.0%
!! GGATCTAAGTTTTATGTCAT+GGG - Chr1:38274576-38274595 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
!! TCGCAACTTTTTGAAAGATA+GGG - Chr1:38274997-38275016 MsG0180002424.01.T01:intron 30.0%
!! TTGCCTCAATTTTGTTGATT+GGG - Chr1:38274123-38274142 MsG0180002424.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
!!! ATAGTTGTTTTTTGGTTGAG+TGG + Chr1:38275439-38275458 None:intergenic 30.0%
!!! GCCGCCTTTTTTTTTTTTTT+TGG + Chr1:38275575-38275594 None:intergenic 30.0%
!!! TAGTTGTTTTTTGGTTGAGT+GGG + Chr1:38275438-38275457 None:intergenic 30.0%
AAAGGGTTATCAAGATCAAG+TGG + Chr1:38276466-38276485 None:intergenic 35.0%
AATCCTCAAAACTCAGTTGA+TGG - Chr1:38276648-38276667 MsG0180002424.01.T01:CDS 35.0%
ACCTATGAGGAATGAATTTG+AGG + Chr1:38274635-38274654 None:intergenic 35.0%
AGAGCATATTTCCCTAAACA+TGG - Chr1:38274936-38274955 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
AGCATATTTCCCTAAACATG+GGG - Chr1:38274938-38274957 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
CAAATCCAATTATCGTGTCA+CGG + Chr1:38276426-38276445 None:intergenic 35.0%
CATATTTCCCTTATGTTAGG+GGG - Chr1:38274908-38274927 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
CCTACATCAAGTGTAGTAAA+AGG - Chr1:38276190-38276209 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
GAGCATATTTCCCTAAACAT+GGG - Chr1:38274937-38274956 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
GCTCCCTTAAAAGTGAAAAT+TGG - Chr1:38276801-38276820 MsG0180002424.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
GTCTGTTAACAAAGAACATC+AGG - Chr1:38276261-38276280 MsG0180002424.01.T01:CDS 35.0%
TATAGGCTAAAGTGCAACTT+TGG + Chr1:38275025-38275044 None:intergenic 35.0%
TGATTGTATTATCCGGGAAA+GGG + Chr1:38276483-38276502 None:intergenic 35.0%
TGGTTAAGCATACCGTAAAA+GGG + Chr1:38275865-38275884 None:intergenic 35.0%
TTCTTGCTAGCTAATTGTCT+TGG + Chr1:38274284-38274303 None:intergenic 35.0%
TTGATTGTATTATCCGGGAA+AGG + Chr1:38276484-38276503 None:intergenic 35.0%
! AAAAATGTGTGGTCTAGGAT+AGG + Chr1:38274685-38274704 None:intergenic 35.0%
! AACTTTGAAAACTGCTGAGA+AGG - Chr1:38274801-38274820 MsG0180002424.01.T01:CDS 35.0%
! CATTTGGCTTACAAAGAACA+TGG - Chr1:38274254-38274273 MsG0180002424.01.T01:CDS 35.0%
! CCTTTTACTACACTTGATGT+AGG + Chr1:38276193-38276212 None:intergenic 35.0%
! CGATAATTGGATTTGGAACT+TGG - Chr1:38276431-38276450 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
! CTCAGCAGTTTTCAAAGTTA+GGG + Chr1:38274800-38274819 None:intergenic 35.0%
! CTTTTAACCCCCTAACATAA+GGG + Chr1:38274918-38274937 None:intergenic 35.0%
! GACCCCTTATCTTTTCAAAA+TGG + Chr1:38274850-38274869 None:intergenic 35.0%
! TATCCATCAACTGAGTTTTG+AGG + Chr1:38276654-38276673 None:intergenic 35.0%
! TCAGCAGTTTTCAAAGTTAG+GGG + Chr1:38274799-38274818 None:intergenic 35.0%
! TCTCAGCAGTTTTCAAAGTT+AGG + Chr1:38274801-38274820 None:intergenic 35.0%
! TCTTTTAACCCCCTAACATA+AGG + Chr1:38274919-38274938 None:intergenic 35.0%
! TTGCTCATAATAGGCTTTTG+TGG + Chr1:38276089-38276108 None:intergenic 35.0%
! TTTATGACAACAGACTTGCT+GGG - Chr1:38276005-38276024 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
! TTTTATGACAACAGACTTGC+TGG - Chr1:38276004-38276023 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
!! CGCAACTTTTTGAAAGATAG+GGG - Chr1:38274998-38275017 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
!! GCAACTTTTTGAAAGATAGG+GGG - Chr1:38274999-38275018 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
!! GGCCATTTTGAAAAGATAAG+GGG - Chr1:38274845-38274864 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
!! GGGATCTAAGTTTTATGTCA+TGG - Chr1:38274575-38274594 MsG0180002424.01.T01:intron 35.0%
!! GGGCCATTTTGAAAAGATAA+GGG - Chr1:38274844-38274863 MsG0180002424.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGTGTCATTTGATAGACCA+GGG - Chr1:38274469-38274488 MsG0180002424.01.T01:CDS 35.0%
!! TTGTGTTGGTTGCTCATAAT+AGG + Chr1:38276098-38276117 None:intergenic 35.0%
!! TTTATCCTTGGTGCTGTTAT+GGG + Chr1:38274218-38274237 None:intergenic 35.0%
!! TTTTGGCTAAAGTGCAACTT+TGG - Chr1:38274712-38274731 MsG0180002424.01.T01:CDS 35.0%
!!! TTCAAAATGGCCCCTTTTTT+TGG + Chr1:38274837-38274856 None:intergenic 35.0%
ACACTTGTTTCCAAATGTCG+AGG - Chr1:38276612-38276631 MsG0180002424.01.T01:CDS 40.0%
AGCAACCAACACAAGATCAA+TGG - Chr1:38276104-38276123 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
ATATATCGTTGTAGCGTAGC+TGG + Chr1:38276544-38276563 None:intergenic 40.0%
ATATGCCGTGACACGATAAT+TGG - Chr1:38276418-38276437 MsG0180002424.01.T01:CDS 40.0%
ATGTTCCATGGCTTACATTC+TGG - Chr1:38276146-38276165 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
CATTAACAGGGTTACCTATG+AGG + Chr1:38274648-38274667 None:intergenic 40.0%
CGTGACACGATAATTGGATT+TGG - Chr1:38276424-38276443 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
CTGGTTAAGCATACCGTAAA+AGG + Chr1:38275866-38275885 None:intergenic 40.0%
CTTGCAGATAAGCTGGAATT+GGG - Chr1:38274555-38274574 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
GAGTTGCTCATTATGTTCCA+TGG - Chr1:38276134-38276153 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
GATTGCAACAAACCTTCCTA+AGG - Chr1:38274349-38274368 MsG0180002424.01.T01:CDS 40.0%
GCAACCAACACAAGATCAAT+GGG - Chr1:38276105-38276124 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
GCATATTTCCCTAAACATGG+GGG - Chr1:38274939-38274958 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
GCCTCAAATTCATTCCTCAT+AGG - Chr1:38274631-38274650 MsG0180002424.01.T01:CDS 40.0%
GGAAAACGATGATCAAGGTT+AGG + Chr1:38275413-38275432 None:intergenic 40.0%
TAGGGGTTGCTTGAAGAATT+AGG - Chr1:38274438-38274457 MsG0180002424.01.T01:CDS 40.0%
TATATCGTTGTAGCGTAGCT+GGG + Chr1:38276543-38276562 None:intergenic 40.0%
TCATTTGATAGACCAGGGTA+TGG - Chr1:38274474-38274493 MsG0180002424.01.T01:CDS 40.0%
TCTGGTGGTTTACTCAAAAC+TGG - Chr1:38276164-38276183 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
! CAGCAGTTTTCAAAGTTAGG+GGG + Chr1:38274798-38274817 None:intergenic 40.0%
! GCTTTTGTGGACATGTTGTA+AGG + Chr1:38276076-38276095 None:intergenic 40.0%
! TGATCTTGATAACCCTTTCC+CGG - Chr1:38276468-38276487 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
!! AATTTTGGCCCCCATGTTTA+GGG + Chr1:38274950-38274969 None:intergenic 40.0%
!! ATTTAAAGGGTACCGCTAAC+TGG + Chr1:38275901-38275920 None:intergenic 40.0%
!! CTTTATCCTTGGTGCTGTTA+TGG + Chr1:38274219-38274238 None:intergenic 40.0%
!! GAGTTTGGCTCTTGATATTG+AGG - Chr1:38274530-38274549 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
!! GGGGCCATTTTGAAAAGATA+AGG - Chr1:38274843-38274862 MsG0180002424.01.T01:CDS 40.0%
!! GTTGTGTCATTTGATAGACC+AGG - Chr1:38274468-38274487 MsG0180002424.01.T01:CDS 40.0%
!! TTATGACAACAGACTTGCTG+GGG - Chr1:38276006-38276025 MsG0180002424.01.T01:intron 40.0%
!!! TGTTTTTTGGTTGAGTGGGT+GGG + Chr1:38275434-38275453 None:intergenic 40.0%
!!! TTGTTTTTTGGTTGAGTGGG+TGG + Chr1:38275435-38275454 None:intergenic 40.0%
AACCACCAGAATGTAAGCCA+TGG + Chr1:38276154-38276173 None:intergenic 45.0%
AGTGCCCATTGATCTTGTGT+TGG + Chr1:38276112-38276131 None:intergenic 45.0%
ATATCCTTAACCAGTGTCGC+GGG + Chr1:38275751-38275770 None:intergenic 45.0%
CAGTCACAGGTGAAACAACA+AGG - Chr1:38276382-38276401 MsG0180002424.01.T01:CDS 45.0%
CATATCCTTAACCAGTGTCG+CGG + Chr1:38275752-38275771 None:intergenic 45.0%
CCAAGGATAAAGCTGAGAGA+TGG - Chr1:38274227-38274246 MsG0180002424.01.T01:CDS 45.0%
CGACACGTGTCCAAAAAAAG+GGG - Chr1:38274824-38274843 MsG0180002424.01.T01:CDS 45.0%
GCGACACGTGTCCAAAAAAA+GGG - Chr1:38274823-38274842 MsG0180002424.01.T01:CDS 45.0%
GCTGAGAGATGGAAGACATT+TGG - Chr1:38274238-38274257 MsG0180002424.01.T01:CDS 45.0%
GCTTGCAGATAAGCTGGAAT+TGG - Chr1:38274554-38274573 MsG0180002424.01.T01:intron 45.0%
TACCATGAATTGCAAGGTGC+TGG - Chr1:38276589-38276608 MsG0180002424.01.T01:CDS 45.0%
TATGGGTGGACAAGCTGTTT+GGG - Chr1:38274605-38274624 MsG0180002424.01.T01:CDS 45.0%
TGACTCCAGTGGTAAACTAC+TGG - Chr1:38276038-38276057 MsG0180002424.01.T01:intron 45.0%
TGTCACGGCATATAGATTCG+TGG + Chr1:38276411-38276430 None:intergenic 45.0%
TTCCATGGCTTACATTCTGG+TGG - Chr1:38276149-38276168 MsG0180002424.01.T01:intron 45.0%
! AGCAGGAGCATGCATTAACA+GGG + Chr1:38274660-38274679 None:intergenic 45.0%
! CCATCTCTCAGCTTTATCCT+TGG + Chr1:38274230-38274249 None:intergenic 45.0%
! GTCATGGGATTTTCTATGGG+TGG - Chr1:38274591-38274610 MsG0180002424.01.T01:intron 45.0%
! TAGCAGGAGCATGCATTAAC+AGG + Chr1:38274661-38274680 None:intergenic 45.0%
!! CAATTTTGGCCCCCATGTTT+AGG + Chr1:38274951-38274970 None:intergenic 45.0%
!! TCTTGGTGGTGGAGGTTTAA+TGG + Chr1:38274171-38274190 None:intergenic 45.0%
!!! GTATTTATTTATTTTTAATT+TGG - Chr1:38274414-38274433 MsG0180002424.01.T01:CDS 5.0%
AGAACATGTGGTTCACCAGG+TGG - Chr1:38274188-38274207 MsG0180002424.01.T01:exon 50.0%
ATGGGTGGACAAGCTGTTTG+GGG - Chr1:38274606-38274625 MsG0180002424.01.T01:CDS 50.0%
CCAAGAACATGTGGTTCACC+AGG - Chr1:38274185-38274204 MsG0180002424.01.T01:exon 50.0%
CCTGGTGAACCACATGTTCT+TGG + Chr1:38274188-38274207 None:intergenic 50.0%
CTATGGGTGGACAAGCTGTT+TGG - Chr1:38274604-38274623 MsG0180002424.01.T01:CDS 50.0%
CTCCAGTGGTAAACTACTGG+TGG - Chr1:38276041-38276060 MsG0180002424.01.T01:intron 50.0%
GAACCACATGTTCTTGGTGG+TGG + Chr1:38274182-38274201 None:intergenic 50.0%
GCACTCACTTCCTCGACATT+TGG + Chr1:38276625-38276644 None:intergenic 50.0%
GCATCACTTTCTCCATACCC+TGG + Chr1:38274489-38274508 None:intergenic 50.0%
GGCGACACGTGTCCAAAAAA+AGG - Chr1:38274822-38274841 MsG0180002424.01.T01:CDS 50.0%
GGGTGGGAAAACGATGATCA+AGG + Chr1:38275418-38275437 None:intergenic 50.0%
GGTGAACCACATGTTCTTGG+TGG + Chr1:38274185-38274204 None:intergenic 50.0%
GTCCAGCACCTTGCAATTCA+TGG + Chr1:38276594-38276613 None:intergenic 50.0%
GTGGTAAACTACTGGTGGCA+TGG - Chr1:38276046-38276065 MsG0180002424.01.T01:intron 50.0%
TATCCTTAACCAGTGTCGCG+GGG + Chr1:38275750-38275769 None:intergenic 50.0%
TATGCTTAACCAGTGCCTGG+AGG - Chr1:38275873-38275892 MsG0180002424.01.T01:intron 50.0%
TGAGGAGCTTGCAGATAAGC+TGG - Chr1:38274548-38274567 MsG0180002424.01.T01:intron 50.0%
TGCCACCAGTAGTTTACCAC+TGG + Chr1:38276046-38276065 None:intergenic 50.0%
! GGCAACATTGATGACTCCAG+TGG - Chr1:38276027-38276046 MsG0180002424.01.T01:intron 50.0%
! GTGGTCTAGGATAGGATAGC+AGG + Chr1:38274677-38274696 None:intergenic 50.0%
!! ATCCTTGGTGCTGTTATGGG+TGG + Chr1:38274215-38274234 None:intergenic 50.0%
ATCCTTAACCAGTGTCGCGG+GGG + Chr1:38275749-38275768 None:intergenic 55.0%
CCTCCACCACCAAGAACATG+TGG - Chr1:38274176-38274195 MsG0180002424.01.T01:three_prime_UTR 55.0%
CGGTATGCTTAACCAGTGCC+TGG - Chr1:38275870-38275889 MsG0180002424.01.T01:intron 55.0%
CTTGGGGAGACAGAACAGCA+GGG + Chr1:38276219-38276238 None:intergenic 55.0%
GTCCACCCATAACAGCACCA+AGG - Chr1:38274210-38274229 MsG0180002424.01.T01:CDS 55.0%
TCTTGGGGAGACAGAACAGC+AGG + Chr1:38276220-38276239 None:intergenic 55.0%
!! CCACATGTTCTTGGTGGTGG+AGG + Chr1:38274179-38274198 None:intergenic 55.0%
GCTGTTATGGGTGGACCACC+TGG + Chr1:38274206-38274225 None:intergenic 60.0%
TAACTGGTGCCTCCAGGCAC+TGG + Chr1:38275885-38275904 None:intergenic 60.0%
TACCGCTAACTGGTGCCTCC+AGG + Chr1:38275891-38275910 None:intergenic 60.0%
!! TGCCTGGAGGCACCAGTTAG+CGG - Chr1:38275886-38275905 MsG0180002424.01.T01:intron 60.0%
! TGCCCCCGCGACACTGGTTA+AGG - Chr1:38275744-38275763 MsG0180002424.01.T01:intron 65.0%
! AACCAGTGTCGCGGGGGCAC+CGG + Chr1:38275743-38275762 None:intergenic 70.0%
AACCGGTGCCCCCGCGACAC+TGG - Chr1:38275738-38275757 MsG0180002424.01.T01:intron 75.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 38274034 38276847 38274034 ID=MsG0180002424.01;Name=MsG0180002424.01
Chr1 mRNA 38274034 38276847 38274034 ID=MsG0180002424.01.T01;Parent=MsG0180002424.01;Name=MsG0180002424.01.T01;_AED=0.45;_eAED=0.45;_QI=76|1|1|1|1|1|4|166|344
Chr1 exon 38276511 38276847 38276511 ID=MsG0180002424.01.T01:exon:12959;Parent=MsG0180002424.01.T01
Chr1 exon 38276229 38276440 38276229 ID=MsG0180002424.01.T01:exon:12960;Parent=MsG0180002424.01.T01
Chr1 exon 38274599 38274863 38274599 ID=MsG0180002424.01.T01:exon:12961;Parent=MsG0180002424.01.T01
Chr1 exon 38274034 38274496 38274034 ID=MsG0180002424.01.T01:exon:12962;Parent=MsG0180002424.01.T01
Chr1 five_prime_UTR 38276772 38276847 38276772 ID=MsG0180002424.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0180002424.01.T01
Chr1 CDS 38276511 38276771 38276511 ID=MsG0180002424.01.T01:cds;Parent=MsG0180002424.01.T01
Chr1 CDS 38276229 38276440 38276229 ID=MsG0180002424.01.T01:cds;Parent=MsG0180002424.01.T01
Chr1 CDS 38274599 38274863 38274599 ID=MsG0180002424.01.T01:cds;Parent=MsG0180002424.01.T01
Chr1 CDS 38274200 38274496 38274200 ID=MsG0180002424.01.T01:cds;Parent=MsG0180002424.01.T01
Chr1 three_prime_UTR 38274034 38274199 38274034 ID=MsG0180002424.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0180002424.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180002424.01.T01

ATGTTAAGAAGAATTGCCTCAATTTTGTTGATTGGGATTTTGGGTTTAGCGTATGAAGCCATTAAACCTCCACCACCAAGAACATGTGGTTCACCAGGTGGTCCACCCATAACAGCACCAAGGATAAAGCTGAGAGATGGAAGACATTTGGCTTACAAAGAACATGGTGTTCCAAGACAATTAGCTAGCAAGAAGATTGTATTCATACATGGTTTTGGTTCTTCTAGACATGATGCAGTGATTGCAACAAACCTTCCTAAGGGGTTGCTTGAAGAATTAGGAGCATATGTTGTGTCATTTGATAGACCAGGGTATGGAGAAAGTGATGCTGATCCAAAAAGAAGTGTAAAGAGTTTGGCTCTTGATATTGAGGAGCTTGCAGATAAGCTGGAATTGGGATCTAAGTTTTATGTCATGGGATTTTCTATGGGTGGACAAGCTGTTTGGGGTTGCCTCAAATTCATTCCTCATAGACTTGCTGGGGCAACATTGATGACTCCAGTGGTAAACTACTGGTGGCATGGTCTTCCTTACAACATGTCCACAAAAGCCTATTATGAGCAACCAACACAAGATCAATGGGCACTTCGAGTTGCTCATTATGTTCCATGGCTTACATTCTGGTGGTTTACTCAAAACTGGTTTCCTACATCAAGTGTAGTAAAAGGCAACCCTGCTGTTCTGTCTCCCCAAGATTTATCAATTGTTTTCAACAAGTCTGTTAACAAAGAACATCAGTCACAGGTGAAACAACAAGGTGACCACGAATCTATATGCCGTGACACGATAATTGGATTTGGAACTTGGGATTTTGATCCACTTGATCTTGATAACCCTTTCCCGGATAATACAATCAAAGTTCATTTATGGCAAGGTGCTGATGATAAGCTAGTCCCAGCTACGCTACAACGATATATTGTTCAAAAACTTCCATGGATTCAATACCATGAATTGCAAGGTGCTGGACACTTGTTTCCAAATGTCGAGGAAGTGAGTGCAGAAATCCTCAAAACTCAGTTGATGGATACAAAATAG
Protein sequence

>MsG0180002424.01.T01

MLRRIASILLIGILGLAYEAIKPPPPRTCGSPGGPPITAPRIKLRDGRHLAYKEHGVPRQLASKKIVFIHGFGSSRHDAVIATNLPKGLLEELGAYVVSFDRPGYGESDADPKRSVKSLALDIEELADKLELGSKFYVMGFSMGGQAVWGCLKFIPHRLAGATLMTPVVNYWWHGLPYNMSTKAYYEQPTQDQWALRVAHYVPWLTFWWFTQNWFPTSSVVKGNPAVLSPQDLSIVFNKSVNKEHQSQVKQQGDHESICRDTIIGFGTWDFDPLDLDNPFPDNTIKVHLWQGADDKLVPATLQRYIVQKLPWIQYHELQGAGHLFPNVEEVSAEILKTQLMDTK*