AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680032201.01

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MsG0680032201.01.T01 AT2G36780 33.496 409 220 19 11 383 14 406 2.79e-52 182
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MsG0680032201.01.T01 AT2G30150 31.347 386 236 11 15 390 1 367 4.89e-51 177
MsG0680032201.01.T01 AT2G36760 30.250 400 245 10 11 383 14 406 4.31e-50 176
MsG0680032201.01.T01 AT2G36770 30.958 407 233 18 11 383 14 406 9.09e-50 175
MsG0680032201.01.T01 AT2G36800 32.678 407 227 17 11 383 12 405 3.13e-49 174
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MsG0680032201.01.T01 AT4G34131 31.477 413 225 20 11 383 10 404 1.31e-46 166
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MsG0680032201.01.T01 AT3G46670 30.380 395 229 11 13 384 11 382 1.11e-43 158
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MsG0680032201.01.T01 AT1G01390 30.198 404 236 11 11 383 25 413 2.26e-43 158
MsG0680032201.01.T01 AT3G53160 31.095 402 239 16 11 383 8 400 6.96e-43 156
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MsG0680032201.01.T01 AT3G46660 30.051 396 231 13 13 384 16 389 1.05e-42 155
MsG0680032201.01.T01 AT2G36790 29.854 412 249 13 2 383 4 405 1.32e-42 155
MsG0680032201.01.T01 AT2G29730 29.353 402 246 15 13 390 7 394 2.24e-42 154
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MsG0680032201.01.T01 AT5G59590 30.457 394 230 16 13 384 12 383 2.82e-42 154
MsG0680032201.01.T01 AT3G11340 31.282 390 226 13 13 383 11 377 5.71e-42 153
MsG0680032201.01.T01 AT5G38010 29.902 408 238 10 3 384 2 387 7.95e-42 153
MsG0680032201.01.T01 AT3G16520 33.667 300 163 11 111 390 114 397 1.39e-41 152
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MsG0680032201.01.T01 AT3G16520 33.667 300 163 11 111 390 114 397 2.50e-41 152
MsG0680032201.01.T01 AT3G53150 29.064 406 245 15 11 383 22 417 4.31e-41 152
MsG0680032201.01.T01 AT5G38040 32.061 393 213 12 19 384 18 383 8.09e-41 150
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MsG0680032201.01.T01 AT5G66690 31.220 410 224 15 11 383 7 395 1.60e-40 150
MsG0680032201.01.T01 AT1G30530 29.250 400 233 17 10 385 11 384 3.21e-40 148
MsG0680032201.01.T01 AT3G55710 30.918 414 215 14 9 383 6 387 4.12e-40 148
MsG0680032201.01.T01 AT5G05880 31.218 394 226 16 13 383 10 381 1.51e-39 147
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Find 87 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 185 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
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TAGAGTGAATAGACAATATA+TGG 0.320971 6:-36082129 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
AAATCCCCTGGAGCAAGTTT+TGG 0.323493 6:+36084194 None:intergenic
CTTTGATGCATTTATGCCTT+GGG 0.324036 6:-36084360 MsG0680032201.01.T01:CDS
AGAAAGGTTTAATAGTAAAA+TGG 0.325585 6:-36082591 MsG0680032201.01.T01:CDS
CAGAAGCATCATTCAATATA+TGG 0.329534 6:-36082050 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
TCAAAACGTTTGATCCATAA+AGG 0.340209 6:-36084614 MsG0680032201.01.T01:CDS
TCTTTGATGCATTTATGCCT+TGG 0.342911 6:-36084361 MsG0680032201.01.T01:CDS
GTCTCATTTGGCAGCATGGC+TGG 0.346148 6:-36082736 MsG0680032201.01.T01:CDS
CGTTGATTGCAATGCCGCTT+TGG 0.351593 6:-36082471 MsG0680032201.01.T01:CDS
TGAAGAATTTGTGGCTGCTT+TGG 0.359404 6:-36082282 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
TAGTGAAAGTTATTTCTTAT+GGG 0.361537 6:-36082668 MsG0680032201.01.T01:CDS
TCAGTTGTGTATGTCTCATT+TGG 0.388403 6:-36082748 MsG0680032201.01.T01:CDS
TTTGAATTTGTAACCATTGT+TGG 0.388443 6:-36082025 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
TCTTTCTTCAAATATTGAAC+TGG 0.391269 6:-36084534 MsG0680032201.01.T01:CDS
GGAAATAATTGAGACTGAAA+AGG 0.402993 6:-36082390 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
AACAATTAAGAATTGTATAA+AGG 0.403764 6:-36082411 MsG0680032201.01.T01:exon
TGGATTGGATGGTGAAGATT+TGG 0.411347 6:-36082909 MsG0680032201.01.T01:CDS
CTCAAAGATGACAAAGAATA+TGG 0.413264 6:-36082835 MsG0680032201.01.T01:CDS
ATACAGAAATTTGCATCAAA+TGG 0.417242 6:-36082792 MsG0680032201.01.T01:CDS
CAATCAGAATATTTGTTACC+TGG 0.418657 6:-36084221 MsG0680032201.01.T01:CDS
CAAAGAGAAAGGAATGGAAA+AGG 0.422525 6:-36084714 MsG0680032201.01.T01:exon
GATGTTTCCACAAATCCATT+TGG 0.423202 6:+36082616 None:intergenic
ACATACACAACTGAACCTTT+TGG 0.427434 6:+36082757 None:intergenic
TCAAAATATTGAAGAATTTG+TGG 0.427440 6:-36082291 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
ATTTGGCCACTAAGGACAAT+AGG 0.443450 6:-36082892 MsG0680032201.01.T01:CDS
AAATAATAGGTGTTAAGCTT+AGG 0.444152 6:+36081999 None:intergenic
GAACAAGTTAAGCTTCCAAA+TGG 0.448219 6:-36082631 MsG0680032201.01.T01:CDS
TAAGCTTCCAAATGGATTTG+TGG 0.450522 6:-36082623 MsG0680032201.01.T01:CDS
GAAATAATTGAGACTGAAAA+GGG 0.454509 6:-36082389 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
TATAAATATGGATCCTATCC+AGG 0.454561 6:-36084158 MsG0680032201.01.T01:CDS
GGATTGCCAAAACTTGCTCC+AGG 0.456771 6:-36084200 MsG0680032201.01.T01:CDS
GAGCTACATCATATTCATTA+CGG 0.463341 6:-36082250 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
ACAACACAAAAGAAATATAA+GGG 0.465276 6:+36082170 None:intergenic
TTTGTGGAAACATCAAAGAA+AGG 0.466761 6:-36082607 MsG0680032201.01.T01:CDS
CTATTCACTCTAATTTGCTA+TGG 0.466942 6:+36082140 None:intergenic
AGCAAGTAGCCCAAAACTCT+TGG 0.478495 6:+36084325 None:intergenic
ATGTGACCTTGGCCTGGAAA+AGG 0.481749 6:+36084656 None:intergenic
CAAACATTGGTAAAGCAGGT+TGG 0.491051 6:-36084106 MsG0680032201.01.T01:CDS
GGATTCATGTGACCTTGGCC+TGG 0.495797 6:+36084650 None:intergenic
CTTTGACTTAGGTAGTGGAT+TGG 0.507307 6:-36082924 MsG0680032201.01.T01:intron
GATGGTCCTATTGTCCTTAG+TGG 0.513983 6:+36082886 None:intergenic
GGCTAAGTGTTCTGTTGATG+AGG 0.521501 6:-36082327 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
TGGCTAAATGATAAGCCAAA+AGG 0.521880 6:-36082772 MsG0680032201.01.T01:CDS
TGGTGAAGATTTGGCCACTA+AGG 0.523340 6:-36082900 MsG0680032201.01.T01:CDS
CTTTGATCCAACCCTCCAAA+AGG 0.524429 6:+36084442 None:intergenic
ACAACTATGTCAAAGTAGCC+TGG 0.533591 6:+36084140 None:intergenic
TCAAAGATAACACAATTTGG+AGG 0.539376 6:+36084377 None:intergenic
GAGAAAGGAATGGAAAAGGA+AGG 0.539666 6:-36084710 MsG0680032201.01.T01:exon
GACTTAGGTAGTGGATTGGA+TGG 0.542375 6:-36082920 MsG0680032201.01.T01:intron
GAATTGTGATAAAATAAAAG+TGG 0.542447 6:-36082219 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
CAAAGATAACACAATTTGGA+GGG 0.545763 6:+36084378 None:intergenic
ATCTCAGATGGCTATGATGA+TGG 0.548210 6:-36084506 MsG0680032201.01.T01:CDS
GCTAAGTGTTCTGTTGATGA+GGG 0.549601 6:-36082326 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
GTATGTCTCATTTGGCAGCA+TGG 0.551843 6:-36082740 MsG0680032201.01.T01:CDS
AAGAAAGAAGGCAAATCCCC+TGG 0.552456 6:+36084182 None:intergenic
CCATATTTATACAAGAAAGA+AGG 0.554005 6:+36084170 None:intergenic
ACATTGGAAGCTTTGAGCAT+CGG 0.554567 6:-36082499 MsG0680032201.01.T01:CDS
TGTGTTAAAACTTCTAATTG+TGG 0.560440 6:+36082565 None:intergenic
TTGTAACTATTATTTCCCAT+TGG 0.564402 6:-36084577 MsG0680032201.01.T01:CDS
TCATAGGATTCATGTGACCT+TGG 0.567838 6:+36084645 None:intergenic
TATGTCAAAGTAGCCTGGAT+AGG 0.570675 6:+36084145 None:intergenic
ATTGCCAAAACTTGCTCCAG+GGG 0.577866 6:-36084198 MsG0680032201.01.T01:CDS
AAATAGACTAAATTTAACAA+TGG 0.582871 6:+36082091 None:intergenic
AATTGAGACTGAAAAGGGAA+AGG 0.583249 6:-36082384 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
GATTGCCAAAACTTGCTCCA+GGG 0.592928 6:-36084199 MsG0680032201.01.T01:CDS
TTGTGGTTGGAACTCAACAT+TGG 0.614490 6:-36082515 MsG0680032201.01.T01:CDS
TCAGATGGCTATGATGATGG+AGG 0.618958 6:-36084503 MsG0680032201.01.T01:CDS
CAGCATGGCTGGTCTCAGTG+AGG 0.620127 6:-36082725 MsG0680032201.01.T01:CDS
GAACTGGAAAGCATCTCAGA+TGG 0.621350 6:-36084518 MsG0680032201.01.T01:CDS
CAGATGGCTATGATGATGGA+GGG 0.621571 6:-36084502 MsG0680032201.01.T01:CDS
AAGTGTTCTGTTGATGAGGG+TGG 0.626205 6:-36082323 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR
TTGGCAACATCAAGAGCCCA+AGG 0.632795 6:+36084344 None:intergenic
CAAAGCGGCATTGCAATCAA+CGG 0.633259 6:+36082472 None:intergenic
TAAGCTTAGGATGCCAACAA+TGG 0.643216 6:+36082012 None:intergenic
GTAACTTGATCAGTCCAAAG+CGG 0.752646 6:+36082457 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATTAAAATATGTACTTTTT+TGG - Chr6:36082944-36082963 MsG0680032201.01.T01:intron 10.0%
!! AAATAGACTAAATTTAACAA+TGG + Chr6:36084637-36084656 None:intergenic 15.0%
!! AACAATTAAGAATTGTATAA+AGG - Chr6:36084314-36084333 MsG0680032201.01.T01:CDS 15.0%
!!! CTTTTTAAAAATGCTATAAA+GGG - Chr6:36083617-36083636 MsG0680032201.01.T01:intron 15.0%
!!! TCTATTTTTAAACAAGAATA+GGG - Chr6:36084650-36084669 MsG0680032201.01.T01:CDS 15.0%
!!! TCTTTTTAAAAATGCTATAA+AGG - Chr6:36083616-36083635 MsG0680032201.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTATTTGAAATATTGTACT+AGG - Chr6:36082691-36082710 MsG0680032201.01.T01:CDS 15.0%
!! AAATATTCTGATTGTGAAAT+TGG + Chr6:36082498-36082517 None:intergenic 20.0%
!! AATAAGAAAAACAAAGAGAA+AGG - Chr6:36082000-36082019 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 20.0%
!! ACAACACAAAAGAAATATAA+GGG + Chr6:36084558-36084577 None:intergenic 20.0%
!! ACTTAAATTAGAGAAAGATT+TGG + Chr6:36083375-36083394 None:intergenic 20.0%
!! AGAAAGGTTTAATAGTAAAA+TGG - Chr6:36084134-36084153 MsG0680032201.01.T01:CDS 20.0%
!! ATATTTGATATTCAACATCA+AGG + Chr6:36082803-36082822 None:intergenic 20.0%
!! GAATTGTGATAAAATAAAAG+TGG - Chr6:36084506-36084525 MsG0680032201.01.T01:CDS 20.0%
!! TCAAAATATTGAAGAATTTG+TGG - Chr6:36084434-36084453 MsG0680032201.01.T01:CDS 20.0%
!! TCTCAATTGAAAAAAATATC+CGG + Chr6:36083280-36083299 None:intergenic 20.0%
!! TGATGTTGAATATCAAATAT+TGG - Chr6:36082803-36082822 MsG0680032201.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAAATATGTACTTTTTTGGA+CGG - Chr6:36082948-36082967 MsG0680032201.01.T01:intron 20.0%
!!! AAATTTACATTGATACCTTT+TGG - Chr6:36082268-36082287 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 20.0%
!!! ATAGTGAAAGTTATTTCTTA+TGG - Chr6:36084056-36084075 MsG0680032201.01.T01:intron 20.0%
!!! GTCTATTTTTAAACAAGAAT+AGG - Chr6:36084649-36084668 MsG0680032201.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAAAGAAAAATGCTTTGAAA+TGG - Chr6:36084367-36084386 MsG0680032201.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAGTGAAAGTTATTTCTTAT+GGG - Chr6:36084057-36084076 MsG0680032201.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTAGGGTAATTCAAATAAT+AGG + Chr6:36084742-36084761 None:intergenic 20.0%
! AAATAATAGGTGTTAAGCTT+AGG + Chr6:36084729-36084748 None:intergenic 25.0%
! AATCGAAACCATATACTTTA+CGG + Chr6:36083033-36083052 None:intergenic 25.0%
! ATACAGAAATTTGCATCAAA+TGG - Chr6:36083933-36083952 MsG0680032201.01.T01:intron 25.0%
! ATCAATAGAATCAAGACAAT+TGG + Chr6:36083697-36083716 None:intergenic 25.0%
! CACAACACAAAAGAAATATA+AGG + Chr6:36084559-36084578 None:intergenic 25.0%
! CCATATTTATACAAGAAAGA+AGG + Chr6:36082558-36082577 None:intergenic 25.0%
! CCTTCTTTCTTGTATAAATA+TGG - Chr6:36082555-36082574 MsG0680032201.01.T01:CDS 25.0%
! GAAATAATTGAGACTGAAAA+GGG - Chr6:36084336-36084355 MsG0680032201.01.T01:CDS 25.0%
! TAGAGTGAATAGACAATATA+TGG - Chr6:36084596-36084615 MsG0680032201.01.T01:CDS 25.0%
! TATTGTTACCAAAAGAAGTA+TGG + Chr6:36083555-36083574 None:intergenic 25.0%
! TCTTTCTTCAAATATTGAAC+TGG - Chr6:36082191-36082210 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
! TGTGTTAAAACTTCTAATTG+TGG + Chr6:36084163-36084182 None:intergenic 25.0%
! TGTTGAATATCAAATATTGG+CGG - Chr6:36082806-36082825 MsG0680032201.01.T01:CDS 25.0%
! TTGATGCAAATTTCTGTATT+TGG + Chr6:36083932-36083951 None:intergenic 25.0%
! TTGTAACTATTATTTCCCAT+TGG - Chr6:36082148-36082167 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
! TTTGAATTTGTAACCATTGT+TGG - Chr6:36084700-36084719 MsG0680032201.01.T01:CDS 25.0%
!! CTTTTATCCAAAAACAAAGA+TGG + Chr6:36083869-36083888 None:intergenic 25.0%
!! GAGTCATATATTTAGAATCA+TGG - Chr6:36083727-36083746 MsG0680032201.01.T01:intron 25.0%
!! GTCAATCAATTTTCAAACAT+TGG - Chr6:36082606-36082625 MsG0680032201.01.T01:CDS 25.0%
!! GTGTAATTTTTACTCCTTTA+TGG + Chr6:36082128-36082147 None:intergenic 25.0%
!! TTGAAATTTGACTTTGACTT+AGG - Chr6:36083790-36083809 MsG0680032201.01.T01:intron 25.0%
!! TTTGAAATATTGTACTAGGA+AGG - Chr6:36082695-36082714 MsG0680032201.01.T01:CDS 25.0%
!!! CATTTTTTAAAACCTTGGTA+AGG + Chr6:36083069-36083088 None:intergenic 25.0%
!!! CTTACCAAGGTTTTAAAAAA+TGG - Chr6:36083067-36083086 MsG0680032201.01.T01:intron 25.0%
AAAAAAATATCCGGATTCTC+CGG + Chr6:36083271-36083290 None:intergenic 30.0%
AAACCATATACTTTACGGTA+TGG + Chr6:36083028-36083047 None:intergenic 30.0%
AACAAAAAGTTATAGGTAGC+GGG - Chr6:36083113-36083132 MsG0680032201.01.T01:intron 30.0%
ATACCTAGCTGAAATTTGAA+CGG + Chr6:36082906-36082925 None:intergenic 30.0%
CAAAGATAACACAATTTGGA+GGG + Chr6:36082350-36082369 None:intergenic 30.0%
CAACAAAAAGTTATAGGTAG+CGG - Chr6:36083112-36083131 MsG0680032201.01.T01:intron 30.0%
CATTCATGCAATCAAAACAT+CGG - Chr6:36082859-36082878 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
CTCAAAGATGACAAAGAATA+TGG - Chr6:36083890-36083909 MsG0680032201.01.T01:intron 30.0%
GAAAAACAAAGAGAAAGGAA+TGG - Chr6:36082005-36082024 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
GAGCTACATCATATTCATTA+CGG - Chr6:36084475-36084494 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
GCATCAAAGATAACACAATT+TGG + Chr6:36082354-36082373 None:intergenic 30.0%
GGAAATAATTGAGACTGAAA+AGG - Chr6:36084335-36084354 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
TATAAATATGGATCCTATCC+AGG - Chr6:36082567-36082586 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
TCAAAACGTTTGATCCATAA+AGG - Chr6:36082111-36082130 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
TCAAAGATAACACAATTTGG+AGG + Chr6:36082351-36082370 None:intergenic 30.0%
TGGTTCAAGGTTTCAAATAA+CGG + Chr6:36083535-36083554 None:intergenic 30.0%
TTTGTGGAAACATCAAAGAA+AGG - Chr6:36084118-36084137 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
! AAAAACAAAGATGGTATCGA+TGG + Chr6:36083860-36083879 None:intergenic 30.0%
! ATTTTATGAACTGGAAAAGG+AGG - Chr6:36082656-36082675 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
! CAATCAGAATATTTGTTACC+TGG - Chr6:36082504-36082523 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
! CACATTTTATGAACTGGAAA+AGG - Chr6:36082653-36082672 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
! CTACCTATAACTTTTTGTTG+CGG + Chr6:36083112-36083131 None:intergenic 30.0%
! TGCAAACACATTTTATGAAC+TGG - Chr6:36082647-36082666 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
! TTACATTGATACCTTTTGGA+GGG - Chr6:36082272-36082291 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
! TTTACATTGATACCTTTTGG+AGG - Chr6:36082271-36082290 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
! TTTTCAAACATTGGTAAAGC+AGG - Chr6:36082615-36082634 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
!! ACTTCTTTTGGTAACAATAG+AGG - Chr6:36083556-36083575 MsG0680032201.01.T01:intron 30.0%
!! CAGAAGCATCATTCAATATA+TGG - Chr6:36084675-36084694 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
!! CTATTCACTCTAATTTGCTA+TGG + Chr6:36084588-36084607 None:intergenic 30.0%
!! CTTCTTTTGGTAACAATAGA+GGG - Chr6:36083557-36083576 MsG0680032201.01.T01:intron 30.0%
!! GTTTTTGATAGTTCTCCAAT+GGG + Chr6:36082166-36082185 None:intergenic 30.0%
!! TGCTTTGAAATGGAAGAATT+TGG - Chr6:36084377-36084396 MsG0680032201.01.T01:CDS 30.0%
!! TGTTTTTGATAGTTCTCCAA+TGG + Chr6:36082167-36082186 None:intergenic 30.0%
!!! ATCGATACCATCTTTGTTTT+TGG - Chr6:36083859-36083878 MsG0680032201.01.T01:intron 30.0%
!!! ATGTTTTGATTGCATGAATG+CGG + Chr6:36082859-36082878 None:intergenic 30.0%
!!! CAGACCATTTTTTAAAACCT+TGG + Chr6:36083074-36083093 None:intergenic 30.0%
!!! CGTTTTGAGAATTGAATCAT+AGG + Chr6:36082099-36082118 None:intergenic 30.0%
AAACCGTTCAAATTTCAGCT+AGG - Chr6:36082900-36082919 MsG0680032201.01.T01:CDS 35.0%
AAACCTTGGTAAGGTTTATG+TGG + Chr6:36083060-36083079 None:intergenic 35.0%
AATTGAGACTGAAAAGGGAA+AGG - Chr6:36084341-36084360 MsG0680032201.01.T01:CDS 35.0%
AGTCATATTAACGGAGAATC+CGG - Chr6:36083249-36083268 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
CAAAGAGAAAGGAATGGAAA+AGG - Chr6:36082011-36082030 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
CCGTTAGTGAACAAAAATCA+CGG - Chr6:36083151-36083170 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
CGTATAGGATTTCGAGATTT+CGG + Chr6:36083491-36083510 None:intergenic 35.0%
CTTTGATGCATTTATGCCTT+GGG - Chr6:36082365-36082384 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
GAACAAGTTAAGCTTCCAAA+TGG - Chr6:36084094-36084113 MsG0680032201.01.T01:CDS 35.0%
GACCTAGAGAGTCATATTAA+CGG - Chr6:36083240-36083259 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
GATGTTTCCACAAATCCATT+TGG + Chr6:36084112-36084131 None:intergenic 35.0%
GTTCCATACCGTAAAGTATA+TGG - Chr6:36083022-36083041 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
TACAAAGTGAGAGACATCAA+GGG + Chr6:36082993-36083012 None:intergenic 35.0%
TCAGTTGTGTATGTCTCATT+TGG - Chr6:36083977-36083996 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
TCTAGGTCTATTGTCATGAA+CGG + Chr6:36083228-36083247 None:intergenic 35.0%
TCTTTGATGCATTTATGCCT+TGG - Chr6:36082364-36082383 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
TGGCTAAATGATAAGCCAAA+AGG - Chr6:36083953-36083972 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
TGTTCACTAACGGTGTAAAA+CGG + Chr6:36083144-36083163 None:intergenic 35.0%
TTACAAAGTGAGAGACATCA+AGG + Chr6:36082994-36083013 None:intergenic 35.0%
! AAATGCTATAAAGGGTACAC+TGG - Chr6:36083625-36083644 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
! ACATACACAACTGAACCTTT+TGG + Chr6:36083971-36083990 None:intergenic 35.0%
! ACCAAAAGAAGTATGGTTCA+AGG + Chr6:36083548-36083567 None:intergenic 35.0%
! ACCTTGAACCATACTTCTTT+TGG - Chr6:36083544-36083563 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
! CCGTGATTTTTGTTCACTAA+CGG + Chr6:36083154-36083173 None:intergenic 35.0%
! TAAAGGGTACACTGGAAAAA+AGG - Chr6:36083633-36083652 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
! TAAGCTTCCAAATGGATTTG+TGG - Chr6:36084102-36084121 MsG0680032201.01.T01:CDS 35.0%
! TGTTTGATCTTACCTTTTCC+AGG - Chr6:36082057-36082076 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
! TTGATGTTGCCAAGAGTTTT+GGG - Chr6:36082391-36082410 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
! TTTGACTTTGACTTAGGTAG+TGG - Chr6:36083796-36083815 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
!! AGTTTTAACACATGAAGCTG+TGG - Chr6:36084171-36084190 MsG0680032201.01.T01:CDS 35.0%
!! GGATTTGACTTTTCTGCATA+AGG - Chr6:36082827-36082846 MsG0680032201.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTTTAACACATGAAGCTGT+GGG - Chr6:36084172-36084191 MsG0680032201.01.T01:CDS 35.0%
!!! CAAACTGAAGAACTAGCTTT+TGG - Chr6:36084025-36084044 MsG0680032201.01.T01:intron 35.0%
!!! TCATGAACGGCAATTTTTTG+CGG + Chr6:36083215-36083234 None:intergenic 35.0%
!!! TGTTTTGATTGCATGAATGC+GGG + Chr6:36082858-36082877 None:intergenic 35.0%
AACAATAGAGGGCTAAAGCT+TGG - Chr6:36083568-36083587 MsG0680032201.01.T01:intron 40.0%
AAGGTTTCAAATAACGGTCG+CGG + Chr6:36083529-36083548 None:intergenic 40.0%
ACAACTATGTCAAAGTAGCC+TGG + Chr6:36082588-36082607 None:intergenic 40.0%
ACAATAGAGGGCTAAAGCTT+GGG - Chr6:36083569-36083588 MsG0680032201.01.T01:intron 40.0%
AGGCCGCAACAAAAAGTTAT+AGG - Chr6:36083106-36083125 MsG0680032201.01.T01:intron 40.0%
ATCTCAGATGGCTATGATGA+TGG - Chr6:36082219-36082238 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
ATGGTCTGTTACCGAGAAAA+AGG - Chr6:36083086-36083105 MsG0680032201.01.T01:intron 40.0%
ATTTGGCCACTAAGGACAAT+AGG - Chr6:36083833-36083852 MsG0680032201.01.T01:intron 40.0%
CAAACATTGGTAAAGCAGGT+TGG - Chr6:36082619-36082638 MsG0680032201.01.T01:CDS 40.0%
CTCCGTTAATATGACTCTCT+AGG + Chr6:36083245-36083264 None:intergenic 40.0%
GAGAAAGGAATGGAAAAGGA+AGG - Chr6:36082015-36082034 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
GTAACTTGATCAGTCCAAAG+CGG + Chr6:36084271-36084290 None:intergenic 40.0%
TAAGCTTAGGATGCCAACAA+TGG + Chr6:36084716-36084735 None:intergenic 40.0%
TATGTCAAAGTAGCCTGGAT+AGG + Chr6:36082583-36082602 None:intergenic 40.0%
TCATAGGATTCATGTGACCT+TGG + Chr6:36082083-36082102 None:intergenic 40.0%
TCATGCAATCAAAACATCGG+TGG - Chr6:36082862-36082881 MsG0680032201.01.T01:CDS 40.0%
TGAAGAATTTGTGGCTGCTT+TGG - Chr6:36084443-36084462 MsG0680032201.01.T01:CDS 40.0%
TTGTGGTTGGAACTCAACAT+TGG - Chr6:36084210-36084229 MsG0680032201.01.T01:CDS 40.0%
TTTCGAGATTTCGGTCGTTA+CGG + Chr6:36083482-36083501 None:intergenic 40.0%
! CTTGATGTTGCCAAGAGTTT+TGG - Chr6:36082390-36082409 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
! GCTAAGTGTTCTGTTGATGA+GGG - Chr6:36084399-36084418 MsG0680032201.01.T01:CDS 40.0%
! GGATGTTTTGTGACACATTG+TGG - Chr6:36084193-36084212 MsG0680032201.01.T01:CDS 40.0%
! GTTTTGTGACACATTGTGGT+TGG - Chr6:36084197-36084216 MsG0680032201.01.T01:CDS 40.0%
! TGGATTGGATGGTGAAGATT+TGG - Chr6:36083816-36083835 MsG0680032201.01.T01:intron 40.0%
! TTTTGTTGCGGCCTTTTTCT+CGG + Chr6:36083100-36083119 None:intergenic 40.0%
!! ACATTGGAAGCTTTGAGCAT+CGG - Chr6:36084226-36084245 MsG0680032201.01.T01:CDS 40.0%
!! ATTGATACCTTTTGGAGGGT+TGG - Chr6:36082276-36082295 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
!! CTTTGACTTAGGTAGTGGAT+TGG - Chr6:36083801-36083820 MsG0680032201.01.T01:intron 40.0%
!!! GCAATTTTTTGCGGTCACAA+CGG + Chr6:36083206-36083225 None:intergenic 40.0%
AAGAAAGAAGGCAAATCCCC+TGG + Chr6:36082546-36082565 None:intergenic 45.0%
AGCAAGTAGCCCAAAACTCT+TGG + Chr6:36082403-36082422 None:intergenic 45.0%
CAAAGCGGCATTGCAATCAA+CGG + Chr6:36084256-36084275 None:intergenic 45.0%
CGACCACATAAACCTTACCA+AGG - Chr6:36083054-36083073 MsG0680032201.01.T01:intron 45.0%
CTTTGATCCAACCCTCCAAA+AGG + Chr6:36082286-36082305 None:intergenic 45.0%
GATGGTCCTATTGTCCTTAG+TGG + Chr6:36083842-36083861 None:intergenic 45.0%
GGCTAAGTGTTCTGTTGATG+AGG - Chr6:36084398-36084417 MsG0680032201.01.T01:CDS 45.0%
GTATGTCTCATTTGGCAGCA+TGG - Chr6:36083985-36084004 MsG0680032201.01.T01:intron 45.0%
GTGTTTCGTCGCAGTTGTAA+CGG + Chr6:36083184-36083203 None:intergenic 45.0%
TGGTGAAGATTTGGCCACTA+AGG - Chr6:36083825-36083844 MsG0680032201.01.T01:intron 45.0%
TTCGAGATTTCGGTCGTTAC+GGG + Chr6:36083481-36083500 None:intergenic 45.0%
! AAATCCCCTGGAGCAAGTTT+TGG + Chr6:36082534-36082553 None:intergenic 45.0%
! AAGTGTTCTGTTGATGAGGG+TGG - Chr6:36084402-36084421 MsG0680032201.01.T01:CDS 45.0%
! ATCTTACCTTTTCCAGGCCA+AGG - Chr6:36082063-36082082 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
! ATTGCCAAAACTTGCTCCAG+GGG - Chr6:36082527-36082546 MsG0680032201.01.T01:CDS 45.0%
! GATTGCCAAAACTTGCTCCA+GGG - Chr6:36082526-36082545 MsG0680032201.01.T01:CDS 45.0%
!! CAGATGGCTATGATGATGGA+GGG - Chr6:36082223-36082242 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
!! CTTTTGGAGGGTTGGATCAA+AGG - Chr6:36082284-36082303 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
!! GAACTGGAAAGCATCTCAGA+TGG - Chr6:36082207-36082226 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
!! GACTTAGGTAGTGGATTGGA+TGG - Chr6:36083805-36083824 MsG0680032201.01.T01:intron 45.0%
!! TCAGATGGCTATGATGATGG+AGG - Chr6:36082222-36082241 MsG0680032201.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
AACGGAGAATCCGGAGAATC+CGG - Chr6:36083258-36083277 MsG0680032201.01.T01:intron 50.0%
ATGTGACCTTGGCCTGGAAA+AGG + Chr6:36082072-36082091 None:intergenic 50.0%
TCAAATAACGGTCGCGGTCA+AGG + Chr6:36083523-36083542 None:intergenic 50.0%
TTGGCAACATCAAGAGCCCA+AGG + Chr6:36082384-36082403 None:intergenic 50.0%
! CGTTGATTGCAATGCCGCTT+TGG - Chr6:36084254-36084273 MsG0680032201.01.T01:CDS 50.0%
! GGATTGCCAAAACTTGCTCC+AGG - Chr6:36082525-36082544 MsG0680032201.01.T01:CDS 50.0%
! TCGTTACGGGTGTTGCGATA+CGG + Chr6:36083468-36083487 None:intergenic 50.0%
!! GGAGCAAGTTTTGGCAATCC+AGG + Chr6:36082525-36082544 None:intergenic 50.0%
GGATTCATGTGACCTTGGCC+TGG + Chr6:36082078-36082097 None:intergenic 55.0%
GTCTCATTTGGCAGCATGGC+TGG - Chr6:36083989-36084008 MsG0680032201.01.T01:intron 55.0%
! GATACGGATTGCGGTTGTCG+CGG + Chr6:36083452-36083471 None:intergenic 55.0%
! GGGTGTTGCGATACGGATTG+CGG + Chr6:36083461-36083480 None:intergenic 55.0%
TCAAGGTCGCGGTCGCGTAT+AGG + Chr6:36083506-36083525 None:intergenic 60.0%
!! CAGCATGGCTGGTCTCAGTG+AGG - Chr6:36084000-36084019 MsG0680032201.01.T01:intron 60.0%
AACGGTCGCGGTCAAGGTCG+CGG + Chr6:36083517-36083536 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 36081983 36084764 36081983 ID=MsG0680032201.01;Name=MsG0680032201.01
Chr6 mRNA 36081983 36084764 36081983 ID=MsG0680032201.01.T01;Parent=MsG0680032201.01;Name=MsG0680032201.01.T01;_AED=0.24;_eAED=0.24;_QI=41|1|1|1|1|1|2|431|391
Chr6 exon 36081983 36082935 36081983 ID=MsG0680032201.01.T01:exon:19659;Parent=MsG0680032201.01.T01
Chr6 exon 36084070 36084764 36084070 ID=MsG0680032201.01.T01:exon:19658;Parent=MsG0680032201.01.T01
Chr6 five_prime_UTR 36084724 36084764 36084724 ID=MsG0680032201.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0680032201.01.T01
Chr6 CDS 36084070 36084723 36084070 ID=MsG0680032201.01.T01:cds;Parent=MsG0680032201.01.T01
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Chr6 three_prime_UTR 36081983 36082413 36081983 ID=MsG0680032201.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0680032201.01.T01
Gene Sequence

>MsG0680032201.01.T01

ATGGAAAAGGAAGGTAAAAACTATGTAGCTCACTGTTTGATCTTACCTTTTCCAGGCCAAGGTCACATGAATCCTATGATTCAATTCTCAAAACGTTTGATCCATAAAGGAGTAAAAATTACACTTGTAACTATTATTTCCCATTGGAGAACTATCAAAAACAAAAATCTTTCTTCAAATATTGAACTGGAAAGCATCTCAGATGGCTATGATGATGGAGGGTATGAATCAGCAGAGAGCTTAGAAATTTACATTGATACCTTTTGGAGGGTTGGATCAAAGGATCTTTCTGAACTTCTTCAGAAACTTTCTAGCTCAAAAAACCCTCCAAATTGTGTTATCTTTGATGCATTTATGCCTTGGGCTCTTGATGTTGCCAAGAGTTTTGGGCTACTTGCTGTTGCATTTTTCACTCAATCTTGTTCTGTTAATAGCATATACTTTCATACTCATCAGAAGTTGATTGAGTTGCCAATTTCACAATCAGAATATTTGTTACCTGGATTGCCAAAACTTGCTCCAGGGGATTTGCCTTCTTTCTTGTATAAATATGGATCCTATCCAGGCTACTTTGACATAGTTGTCAATCAATTTTCAAACATTGGTAAAGCAGGTTGGATTCTTGCAAACACATTTTATGAACTGGAAAAGGAGGTAGTGGATTGGATGGTGAAGATTTGGCCACTAAGGACAATAGGACCATCGATACCATCTTTGTTTTTGGATAAAAGACTCAAAGATGACAAAGAATATGGTCTTAGCATTTCAAATCCAAATACAGAAATTTGCATCAAATGGCTAAATGATAAGCCAAAAGGTTCAGTTGTGTATGTCTCATTTGGCAGCATGGCTGGTCTCAGTGAGGAGCAAACTGAAGAACTAGCTTTTGGATTAAATGATAGTGAAAGTTATTTCTTATGGGTTGTTAGAGAATCTGAACAAGTTAAGCTTCCAAATGGATTTGTGGAAACATCAAAGAAAGGTTTAATAGTAAAATGGTGTCCACAATTAGAAGTTTTAACACATGAAGCTGTGGGATGTTTTGTGACACATTGTGGTTGGAACTCAACATTGGAAGCTTTGAGCATCGGTGTTCCGTTGATTGCAATGCCGCTTTGGACTGATCAAGTTACGAATGCAAAACTTATTGAAGTGAAACAATTAAGAATTGTATAA
Protein sequence

>MsG0680032201.01.T01

MEKEGKNYVAHCLILPFPGQGHMNPMIQFSKRLIHKGVKITLVTIISHWRTIKNKNLSSNIELESISDGYDDGGYESAESLEIYIDTFWRVGSKDLSELLQKLSSSKNPPNCVIFDAFMPWALDVAKSFGLLAVAFFTQSCSVNSIYFHTHQKLIELPISQSEYLLPGLPKLAPGDLPSFLYKYGSYPGYFDIVVNQFSNIGKAGWILANTFYELEKEVVDWMVKIWPLRTIGPSIPSLFLDKRLKDDKEYGLSISNPNTEICIKWLNDKPKGSVVYVSFGSMAGLSEEQTEELAFGLNDSESYFLWVVRESEQVKLPNGFVETSKKGLIVKWCPQLEVLTHEAVGCFVTHCGWNSTLEALSIGVPLIAMPLWTDQVTNAKLIEVKQLRIV*