AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680032202.01

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MsG0680032202.01.T02 AT1G10400 27.463 477 301 19 1 450 1 459 6.14e-46 166
MsG0680032202.01.T02 AT3G53150 27.699 491 290 18 11 446 22 502 1.99e-45 166
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MsG0680032202.01.T02 AT1G01390 28.723 470 288 11 11 448 25 479 3.98e-45 164
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MsG0680032202.01.T01 AT2G31790 45.356 463 238 6 1 454 1 457 6.00e-141 412
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MsG0680032202.01.T01 AT2G31750 44.956 456 235 7 10 455 7 456 3.21e-136 401
MsG0680032202.01.T01 AT1G24100 42.291 454 251 7 10 455 10 460 2.94e-127 377
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MsG0680032202.01.T01 AT1G05530 34.052 464 271 12 11 453 5 454 1.24e-80 257
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MsG0680032202.01.T01 AT4G14090 33.626 455 272 10 11 450 13 452 1.04e-74 241
MsG0680032202.01.T01 AT1G22380 31.884 483 285 16 1 450 6 477 8.07e-72 235
MsG0680032202.01.T01 AT1G22400 30.802 474 288 13 11 451 13 479 2.73e-70 231
MsG0680032202.01.T01 AT2G28080 30.454 463 285 9 15 453 22 471 4.52e-70 230
MsG0680032202.01.T01 AT1G22360 31.328 482 283 15 7 450 3 474 9.80e-69 227
MsG0680032202.01.T01 AT2G23250 31.306 444 276 12 20 451 7 433 1.67e-68 225
MsG0680032202.01.T01 AT2G36970 31.687 486 274 14 4 451 3 468 2.96e-68 226
MsG0680032202.01.T01 AT1G78270 31.458 480 286 15 11 456 13 483 6.25e-65 217
MsG0680032202.01.T01 AT2G30140 30.886 463 287 14 7 455 9 452 4.08e-64 214
MsG0680032202.01.T01 AT1G22360 30.705 482 274 15 7 450 3 462 6.24e-64 214
MsG0680032202.01.T01 AT2G30140 30.819 464 287 14 7 455 9 453 2.10e-63 212
MsG0680032202.01.T01 AT2G30150 29.095 464 292 14 9 455 11 454 1.01e-62 210
MsG0680032202.01.T01 AT2G30150 29.039 458 288 14 15 455 1 438 4.24e-61 206
MsG0680032202.01.T01 AT1G22340 28.692 474 296 15 11 450 13 478 5.70e-61 206
MsG0680032202.01.T01 AT2G36750 32.099 486 279 19 11 455 10 485 4.32e-60 204
MsG0680032202.01.T01 AT1G22370 30.310 452 282 12 11 436 13 457 1.75e-59 202
MsG0680032202.01.T01 AT2G15490 29.339 484 288 15 11 453 7 477 3.97e-59 201
MsG0680032202.01.T01 AT2G36760 30.316 475 285 11 11 446 14 481 6.45e-59 201
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Find 0 sgRNAs with CRISPR-Local

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

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!!! TAGTGAAAGTTATTTCTTAT+GGG + Chr6:36095723-36095742 MsG0680032202.01.T02:CDS 20.0%
!!! TTAAGAAAAATGCTTTGAAA+TGG + Chr6:36096088-36096107 MsG0680032202.01.T02:CDS 20.0%
! ACCTTGTTACTACATTATAA+TGG - Chr6:36095188-36095207 None:intergenic 25.0%
! AGAAAGGTTTAATAGTAACA+TGG + Chr6:36095800-36095819 MsG0680032202.01.T02:CDS 25.0%
! AGACGTAAAAGTGAATTTAA+CGG - Chr6:36094261-36094280 None:intergenic 25.0%
! ATCAATTCTACTCTAAACAA+AGG - Chr6:36094187-36094206 None:intergenic 25.0%
! CAATAGAAAATAAAGACAGT+AGG - Chr6:36095432-36095451 None:intergenic 25.0%
! CCATATTTATACAAGAAAGA+AGG - Chr6:36094008-36094027 None:intergenic 25.0%
! CCTTCTTTCTTGTATAAATA+TGG + Chr6:36094005-36094024 MsG0680032202.01.T02:CDS 25.0%
! CCTTGTTACTACATTATAAT+GGG - Chr6:36095187-36095206 None:intergenic 25.0%
! GTATAAATATGGATCATATC+CGG + Chr6:36094016-36094035 MsG0680032202.01.T02:CDS 25.0%
! TAATAACTGTTACATCTTTC+TGG + Chr6:36093601-36093620 MsG0680032202.01.T02:CDS 25.0%
! TCAAAACGTTTAATACAGAA+AGG + Chr6:36093564-36093583 MsG0680032202.01.T02:CDS 25.0%
! TCATAGAACAAAATCGATTA+TGG + Chr6:36094876-36094895 MsG0680032202.01.T02:intron 25.0%
! TGTTACTCTTACATTCTAAT+AGG - Chr6:36095348-36095367 None:intergenic 25.0%
!! AAATCTGAATTTGATTTAGG+TGG + Chr6:36095459-36095478 MsG0680032202.01.T02:intron 25.0%
!! ATATGCATATGTACGTATTT+TGG + Chr6:36094689-36094708 MsG0680032202.01.T02:intron 25.0%
!! CTTAACTTCATTTCCTTTTT+CGG - Chr6:36096073-36096092 None:intergenic 25.0%
!!! GTTTTGAGAATTGAATCATA+GGG - Chr6:36093551-36093570 None:intergenic 25.0%
!!! TCCTATGTTTTTTACATTAG+CGG + Chr6:36094766-36094785 MsG0680032202.01.T02:intron 25.0%
!!! TTAAATTTTTCGATAGTAGG+TGG + Chr6:36094596-36094615 MsG0680032202.01.T02:intron 25.0%
AACATGCGTGTTTAGTTATT+TGG - Chr6:36095152-36095171 None:intergenic 30.0%
AAGATTACAAAGAAACCTTC+TGG + Chr6:36093718-36093737 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
ACCGCTAATGTAAAAAACAT+AGG - Chr6:36094770-36094789 None:intergenic 30.0%
ACCTATACAACACTTATATG+AGG + Chr6:36094441-36094460 MsG0680032202.01.T02:intron 30.0%
AGTGTGAAAATCATATTTGG+AGG - Chr6:36095001-36095020 None:intergenic 30.0%
ATATGGCCATTAAAGACAAT+AGG + Chr6:36095499-36095518 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
ATGTAAAAAACATAGGACAC+TGG - Chr6:36094763-36094782 None:intergenic 30.0%
ATTGCTGATGTTTGGAAAAT+GGG + Chr6:36095970-36095989 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
CAAAACTTATTGCTGATGTT+TGG + Chr6:36095962-36095981 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
CAAAGATAACACAATTTGGA+GGG - Chr6:36093800-36093819 None:intergenic 30.0%
CCCATTATAATGTAGTAACA+AGG + Chr6:36095184-36095203 MsG0680032202.01.T02:intron 30.0%
CTCAAAGATGACAAAGAATA+TGG + Chr6:36095556-36095575 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
GAAAAATGTTGATCAATGAG+AGG + Chr6:36094543-36094562 MsG0680032202.01.T02:intron 30.0%
GAAATAATTGAGACCGAAAA+AGG + Chr6:36096057-36096076 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
GATAGTAGGTGGATAAATAA+AGG + Chr6:36094607-36094626 MsG0680032202.01.T02:intron 30.0%
GCATCAAAGATAACACAATT+TGG - Chr6:36093804-36093823 None:intergenic 30.0%
GTCAATCAATTTGCCAATAT+TGG + Chr6:36094056-36094075 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
GTTGAGAATCACAATCAAAT+TGG + Chr6:36095405-36095424 MsG0680032202.01.T02:intron 30.0%
TAGAACAAAATCGATTATGG+AGG + Chr6:36094879-36094898 MsG0680032202.01.T02:intron 30.0%
TATTGCTGATGTTTGGAAAA+TGG + Chr6:36095969-36095988 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
TCAAAGATAACACAATTTGG+AGG - Chr6:36093801-36093820 None:intergenic 30.0%
TTCAATTATTAACGTACCTC+TGG - Chr6:36094125-36094144 None:intergenic 30.0%
TTGATGCAAAATTCTGTGTT+TGG - Chr6:36095598-36095617 None:intergenic 30.0%
TTTCAACTTCAATAGAAGTG+AGG - Chr6:36093647-36093666 None:intergenic 30.0%
TTTGTGGAATCATCAAAGAA+AGG + Chr6:36095784-36095803 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
! ACACAGAATTTTGCATCAAA+TGG + Chr6:36095599-36095618 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
! AGTTATTTGGTGACAAAAAC+TGG - Chr6:36095139-36095158 None:intergenic 30.0%
! CAAGTTGGAATGAATTAAGA+AGG - Chr6:36094956-36094975 None:intergenic 30.0%
! CGATTTTGTTCTATGAAACA+CGG - Chr6:36094872-36094891 None:intergenic 30.0%
! CTTTTGTCCAATATCATAGA+TGG - Chr6:36095535-36095554 None:intergenic 30.0%
! GTTTAGATTTTGTGCATGTT+TGG + Chr6:36094159-36094178 MsG0680032202.01.T02:intron 30.0%
! TTTTGCATTCGTAACTTGAT+CGG - Chr6:36095947-36095966 None:intergenic 30.0%
!! AAAAAAAAAGGTGTTCGTGT+AGG + Chr6:36094843-36094862 MsG0680032202.01.T02:intron 30.0%
!! TGCTTTGAAATGGAAGAATT+TGG + Chr6:36096098-36096117 MsG0680032202.01.T02:CDS 30.0%
!!! CGTTTTGAGAATTGAATCAT+AGG - Chr6:36093552-36093571 None:intergenic 30.0%
AAATACTCAGCTTGAGTAAG+TGG - Chr6:36093948-36093967 None:intergenic 35.0%
ACAACTATGTCAAAGTATGC+CGG - Chr6:36094038-36094057 None:intergenic 35.0%
ATCAGTGCCATCTATGATAT+TGG + Chr6:36095525-36095544 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
ATTCTGTGTTTGGATCTGAA+AGG - Chr6:36095588-36095607 None:intergenic 35.0%
ATTGAATCATAGGGTTCATG+TGG - Chr6:36093542-36093561 None:intergenic 35.0%
CCAATATTGGTAAAGCTGAT+TGG + Chr6:36094069-36094088 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
CCAATCAGCTTTACCAATAT+TGG - Chr6:36094072-36094091 None:intergenic 35.0%
CTTTGATGCATTTATGCCTT+GGG + Chr6:36093815-36093834 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
GAGACAAAATCTATGAAGCA+CGG + Chr6:36094303-36094322 MsG0680032202.01.T02:intron 35.0%
GAGAGATAAAGAGAGTAAGA+TGG + Chr6:36093458-36093477 MsG0680032202.01.T02:intron 35.0%
GATCAAAGTAAGCTTCCAAA+AGG + Chr6:36095760-36095779 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
GATGGTCCTATTGTCTTTAA+TGG - Chr6:36095508-36095527 None:intergenic 35.0%
TCAGTTGTGTATGCTTCATT+TGG + Chr6:36095643-36095662 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
TCTTTGATGCATTTATGCCT+TGG + Chr6:36093814-36093833 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
TGGCTAAATGATAAGCCAAA+AGG + Chr6:36095619-36095638 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
TTACTCTCTTTATCTCTCTC+TGG - Chr6:36093456-36093475 None:intergenic 35.0%
! AAAGAAACCTTCTGGAAAGT+TGG + Chr6:36093726-36093745 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
! AATATCATAGATGGCACTGA+TGG - Chr6:36095526-36095545 None:intergenic 35.0%
! CTTGATGTTGGAAAGAGTTT+TGG + Chr6:36093840-36093859 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
! GATGATTCCACAAAACCTTT+TGG - Chr6:36095778-36095797 None:intergenic 35.0%
! GCCTCATATAAGTGTTGTAT+AGG - Chr6:36094445-36094464 None:intergenic 35.0%
! GCTAAGAATTCTGTTGATGA+GGG + Chr6:36096120-36096139 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
! TAAGCTTCCAAAAGGTTTTG+TGG + Chr6:36095768-36095787 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
! TCTGAATTTGATTTAGGTGG+TGG + Chr6:36095462-36095481 MsG0680032202.01.T02:intron 35.0%
!! ATTTGATTTAGGTGGTGGAT+TGG + Chr6:36095467-36095486 MsG0680032202.01.T02:intron 35.0%
!! CAAACACAAGAACTAGCTTT+AGG + Chr6:36095691-36095710 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
!! TGGATTGGTTAGTGAAGATA+TGG + Chr6:36095482-36095501 MsG0680032202.01.T02:CDS 35.0%
!!! TCTCTCTCTGGTTTTTCTTT+TGG - Chr6:36093444-36093463 None:intergenic 35.0%
AACACTTATATGAGGCGTGT+CGG + Chr6:36094449-36094468 MsG0680032202.01.T02:intron 40.0%
CAAAGTGGCATTGCAATCAA+TGG - Chr6:36095922-36095941 None:intergenic 40.0%
GGCTAAGAATTCTGTTGATG+AGG + Chr6:36096119-36096138 MsG0680032202.01.T02:CDS 40.0%
TGAAGAATTTGTGGCTGCTT+TGG + Chr6:36096164-36096183 MsG0680032202.01.T02:CDS 40.0%
TGTGTCAACACTAGTAGTTG+TGG - Chr6:36095829-36095848 None:intergenic 40.0%
TTCTTCACTTCGACACTCTT+TGG + Chr6:36094405-36094424 MsG0680032202.01.T02:intron 40.0%
TTGTGATCCAACTTTCCAGA+AGG - Chr6:36093736-36093755 None:intergenic 40.0%
TTTCCAACATCAAGAACCCA+AGG - Chr6:36093834-36093853 None:intergenic 40.0%
! AAGAATTCTGTTGATGAGGG+TGG + Chr6:36096123-36096142 MsG0680032202.01.T02:CDS 40.0%
! ACAATTTGGAGGGTTTTCTG+AGG - Chr6:36093790-36093809 None:intergenic 40.0%
! CATTGATTGCAATGCCACTT+TGG + Chr6:36095920-36095939 MsG0680032202.01.T02:CDS 40.0%
! GCATACACAACTGAACCTTT+TGG - Chr6:36095637-36095656 None:intergenic 40.0%
! GTATGCTTCATTTGGTAGCA+TGG + Chr6:36095651-36095670 MsG0680032202.01.T02:CDS 40.0%
! GTGTTGACACATGAAGCTTT+AGG + Chr6:36095838-36095857 MsG0680032202.01.T02:CDS 40.0%
! GTTTTGTGACACATTGTGGT+TGG + Chr6:36095863-36095882 MsG0680032202.01.T02:CDS 40.0%
! TACGAGTGTCATAGAAGTGT+CGG - Chr6:36094346-36094365 None:intergenic 40.0%
!! GGTTGTTTTGTGACACATTG+TGG + Chr6:36095859-36095878 MsG0680032202.01.T02:CDS 40.0%
!!! GGAAAGAGTTTTGGACTAGT+TGG + Chr6:36093849-36093868 MsG0680032202.01.T02:CDS 40.0%
AAATCCCCTGGAGCAAGTTT+AGG - Chr6:36093984-36094003 None:intergenic 45.0%
AAGAAAGAAGGCAAATCCCC+TGG - Chr6:36093996-36094015 None:intergenic 45.0%
ATCCTACCTTATCCAGCACA+AGG + Chr6:36093516-36093535 MsG0680032202.01.T02:CDS 45.0%
ATGCCTTGGGTTCTTGATGT+TGG + Chr6:36093828-36093847 MsG0680032202.01.T02:CDS 45.0%
GATTTATGAACTCGAGCCAG+AGG + Chr6:36094106-36094125 MsG0680032202.01.T02:CDS 45.0%
GGATTAGACAGTGAGCTACA+TGG - Chr6:36093500-36093519 None:intergenic 45.0%
GTAACTTGATCGGTCCAAAG+TGG - Chr6:36095937-36095956 None:intergenic 45.0%
! ATTGCCTAAACTTGCTCCAG+GGG + Chr6:36093977-36093996 MsG0680032202.01.T02:CDS 45.0%
! CAAGCTGAGTATTTGTTGCC+TGG + Chr6:36093954-36093973 MsG0680032202.01.T02:CDS 45.0%
! CGATTATGGAGGTGTAGAGT+TGG + Chr6:36094890-36094909 MsG0680032202.01.T02:intron 45.0%
! GATTGCCTAAACTTGCTCCA+GGG + Chr6:36093976-36093995 MsG0680032202.01.T02:CDS 45.0%
!! ACGTTGGAAGCTTTGAGCAT+CGG + Chr6:36095892-36095911 MsG0680032202.01.T02:CDS 45.0%
!! GAAGTTGAAAGCATCTCCGA+CGG + Chr6:36093657-36093676 MsG0680032202.01.T02:CDS 45.0%
ACACTCTTTGGACCAGTGTC+GGG + Chr6:36094417-36094436 MsG0680032202.01.T02:intron 50.0%
GACACTCTTTGGACCAGTGT+CGG + Chr6:36094416-36094435 MsG0680032202.01.T02:intron 50.0%
GGAGCAAGTTTAGGCAATCC+AGG - Chr6:36093975-36093994 None:intergenic 50.0%
GGTGTCTACGTGTTCGTGTT+AGG + Chr6:36094787-36094806 MsG0680032202.01.T02:intron 50.0%
TTGTGGTTGGAACTCGACGT+TGG + Chr6:36095876-36095895 MsG0680032202.01.T02:CDS 50.0%
! GCTTCATTTGGTAGCATGGC+TGG + Chr6:36095655-36095674 MsG0680032202.01.T02:CDS 50.0%
! GGATTGCCTAAACTTGCTCC+AGG + Chr6:36093975-36093994 MsG0680032202.01.T02:CDS 50.0%
!! ATGTGGCCTTGTGCTGGATA+AGG - Chr6:36093525-36093544 None:intergenic 50.0%
GTTGTATAGGTGCCCGACAC+TGG - Chr6:36094432-36094451 None:intergenic 55.0%
! GGCCTTGTGCTGGATAAGGT+AGG - Chr6:36093521-36093540 None:intergenic 55.0%
ACCTCCTTCGTCGAAGCCGT+CGG - Chr6:36093676-36093695 None:intergenic 60.0%
ATCTCCGACGGCTTCGACGA+AGG + Chr6:36093669-36093688 MsG0680032202.01.T02:CDS 60.0%
! GAAGCACGGAAAGCGTGTCG+CGG + Chr6:36094317-36094336 MsG0680032202.01.T02:intron 60.0%
!! GGGTTCATGTGGCCTTGTGC+TGG - Chr6:36093531-36093550 None:intergenic 60.0%
TCCGACGGCTTCGACGAAGG+AGG + Chr6:36093672-36093691 MsG0680032202.01.T02:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr6 gene 36093437 36096197 36093437 ID=MsG0680032202.01;Name=MsG0680032202.01
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Chr6 five_prime_UTR 36093437 36093476 36093437 ID=MsG0680032202.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0680032202.01.T01
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Chr6 five_prime_UTR 36093437 36093476 36093437 ID=MsG0680032202.01.T02:five_prime_utr;Parent=MsG0680032202.01.T02
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Gene Sequence

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Protein sequence

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