AlfalfaGEDB | MsG0880042049.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880042049.01

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MsG0880042049.01.T01	AT1G31420	35.502	538	284	17	66	564	62	575	5.67e-85	277
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Find 87 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 234 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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AATTTCAACAATAAAACTGA+AGG	0.552766	8:+3100533	MsG0880042049.01.T01:CDS
TTATCATCTAAATCTCTCAC+AGG	0.553323	8:+3099751	MsG0880042049.01.T01:five_prime_UTR
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TGAAAGGTTTGATGTGAAGA+AGG	0.577110	8:-3099724	None:intergenic
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GGAACGGGTCAAAGAAGGAA+AGG	0.600077	8:-3099672	None:intergenic
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CRISPR-GE

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!!!	TTGTTTTTGGATGGTTGACT+TGG	+	Chr8:3100202-3100221	MsG0880042049.01.T01:intron	35.0%
	AAATTGGAACGGGTCAAAGA+AGG	-	Chr8:3099680-3099699	None:intergenic	40.0%
	AAGAAGGAAGAAGATCCTGA+AGG	+	Chr8:3101151-3101170	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
	AAGCTAAAAACATCGCCCTT+TGG	-	Chr8:3102753-3102772	None:intergenic	40.0%
	AAGGTTTGATGTGAAGAAGG+AGG	-	Chr8:3099724-3099743	None:intergenic	40.0%
	ACTTAGAGCTTATGTTTCGG+TGG	-	Chr8:3102572-3102591	None:intergenic	40.0%
	ATCATTGGTACAGGAAGAAC+AGG	+	Chr8:3102219-3102238	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
	ATGAAGCCATGCAAATCCTT+TGG	-	Chr8:3102526-3102545	None:intergenic	40.0%
	CATAAGTGAACAGCTTCTCT+AGG	-	Chr8:3101267-3101286	None:intergenic	40.0%
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	CTTTCGGTCAATGATCTATC+TGG	+	Chr8:3100695-3100714	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
	GACTGTCAAACATCGTAATC+TGG	+	Chr8:3102350-3102369	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
	GATATCAGTTTCAGTCCCAT+AGG	-	Chr8:3100450-3100469	None:intergenic	40.0%
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	GTTGTCAAATATGGGACTCA+AGG	+	Chr8:3100622-3100641	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
	TACTTAAATGCGTATCGAGC+GGG	-	Chr8:3102659-3102678	None:intergenic	40.0%
	TCGAGACTCAAAATCGCAAT+TGG	+	Chr8:3102495-3102514	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
	TTACAGAAGTTCCAAAGGAG+AGG	+	Chr8:3102975-3102994	MsG0880042049.01.T01:intron	40.0%
!	AACGGTGAATTTGGCGATTT+TGG	+	Chr8:3102687-3102706	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
!	AAGCCTTATCCCACTAAGTT+GGG	+	Chr8:3101682-3101701	MsG0880042049.01.T01:intron	40.0%
!	AGGTTTTTGTGTGGCCAAAA+AGG	+	Chr8:3102383-3102402	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
!	GTCGGTTCTGACTAAGTTTA+AGG	-	Chr8:3100838-3100857	None:intergenic	40.0%
!	TGATCATGGAGCATTCCATT+CGG	-	Chr8:3102435-3102454	None:intergenic	40.0%
!	TTAGCAGTGAAGTTTGGAAC+TGG	-	Chr8:3100941-3100960	None:intergenic	40.0%
!!	AAGCTCTAAGTGCATCTTGT+TGG	+	Chr8:3102581-3102600	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
!!	ATTGCGATTTTGAGTCTCGA+AGG	-	Chr8:3102495-3102514	None:intergenic	40.0%
!!	CGTAATCTGGTTCCACTTTT+AGG	+	Chr8:3102363-3102382	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
!!!	AAGGGCGATGTTTTTAGCTT+CGG	+	Chr8:3102753-3102772	MsG0880042049.01.T01:CDS	40.0%
	AACTTTGGTTGCTACGCCAA+AGG	+	Chr8:3102734-3102753	MsG0880042049.01.T01:CDS	45.0%
	ACTCTTGCAGCGTTAGGATT+GGG	+	Chr8:3101088-3101107	MsG0880042049.01.T01:CDS	45.0%
	ACTTTGGTTGCTACGCCAAA+GGG	+	Chr8:3102735-3102754	MsG0880042049.01.T01:CDS	45.0%
	ATCTTCATTGGGGCTTTGCA+AGG	+	Chr8:3101006-3101025	MsG0880042049.01.T01:CDS	45.0%
	CAACCCAACTTAGTGGGATA+AGG	-	Chr8:3101688-3101707	None:intergenic	45.0%
	CAACTTAGTGGGATAAGGCT+TGG	-	Chr8:3101683-3101702	None:intergenic	45.0%
	CACATTTGCAGGTCTTTCAC+CGG	-	Chr8:3102802-3102821	None:intergenic	45.0%
	CAGCAGGATGTAGTTGATCA+TGG	-	Chr8:3102449-3102468	None:intergenic	45.0%
	CGTCGATATATCTCCTGGAA+TGG	-	Chr8:3100723-3100742	None:intergenic	45.0%
	CTTGCCCATTTGTTTCCTTC+AGG	-	Chr8:3101169-3101188	None:intergenic	45.0%
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	GGGTTGTTCAAAACCCAGAT+GGG	+	Chr8:3100027-3100046	MsG0880042049.01.T01:intron	45.0%
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	TCCAAGTCTTCTCCCTTCTT+TGG	+	Chr8:3099640-3099659	MsG0880042049.01.T01:five_prime_UTR	45.0%
	TCGCAGTGCTTATAGGAAGA+AGG	+	Chr8:3101135-3101154	MsG0880042049.01.T01:CDS	45.0%
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	TTTGTGTGGCCAAAAAGGAG+AGG	+	Chr8:3102388-3102407	MsG0880042049.01.T01:CDS	45.0%
!	ATGTCTGAGATGGCAACACT+AGG	+	Chr8:3102327-3102346	MsG0880042049.01.T01:CDS	45.0%
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!	GACCAAAAGCCTCTCCTTTT+TGG	-	Chr8:3102400-3102419	None:intergenic	45.0%
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!!	AGAAGCGTCGATATATCTCC+TGG	-	Chr8:3100728-3100747	None:intergenic	45.0%
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!!!	TATCTGATTTTGGCCTTGCC+AGG	+	Chr8:3102625-3102644	MsG0880042049.01.T01:CDS	45.0%
	AAATGCCGTGCCGTCATCAA+GGG	-	Chr8:3102262-3102281	None:intergenic	50.0%
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	ATCGCAATTGGAGCAGCCAA+AGG	+	Chr8:3102507-3102526	MsG0880042049.01.T01:CDS	50.0%
	ATGTTTCGGTGGATGATGCG+AGG	-	Chr8:3102561-3102580	None:intergenic	50.0%
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	CTGAGCCAACCCAACTTAGT+GGG	-	Chr8:3101694-3101713	None:intergenic	50.0%
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	GAGGAATTTGACCGGTGAGT+CGG	-	Chr8:3100856-3100875	None:intergenic	50.0%
	GATCAACTACATCCTGCTGC+GGG	+	Chr8:3102450-3102469	MsG0880042049.01.T01:CDS	50.0%
	GGAACGGGTCAAAGAAGGAA+AGG	-	Chr8:3099675-3099694	None:intergenic	50.0%
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!	AGTGAAGTTTGGAACTGGCC+CGG	-	Chr8:3100936-3100955	None:intergenic	50.0%
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	AGCAGCTCCAGCTATGACTG+CGG	-	Chr8:3101056-3101075	None:intergenic	55.0%
	ATTGGGGCTTTGCAAGGGCA+CGG	+	Chr8:3101012-3101031	MsG0880042049.01.T01:CDS	55.0%
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	GCAGTGACTCTTGCAGCGTT+AGG	+	Chr8:3101082-3101101	MsG0880042049.01.T01:CDS	55.0%
	GGTCACCAACTCGAGAAGCA+CGG	-	Chr8:3102781-3102800	None:intergenic	55.0%
	GTCATAGCTGGAGCTGCTGT+TGG	+	Chr8:3101058-3101077	MsG0880042049.01.T01:CDS	55.0%
!!	GTGCTTCTCGAGTTGGTGAC+CGG	+	Chr8:3102780-3102799	MsG0880042049.01.T01:CDS	55.0%
	CAGGGTGTGATGTCGCTGTG+TGG	+	Chr8:3100273-3100292	MsG0880042049.01.T01:intron	60.0%
	CGGGTGAGTGCACACTTGAC+TGG	+	Chr8:3102469-3102488	MsG0880042049.01.T01:CDS	60.0%
	GTGACTCGTCGATGGCATCG+TGG	-	Chr8:3102896-3102915	None:intergenic	60.0%
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!!	AGCCACCCTTGATGACGGCA+CGG	+	Chr8:3102254-3102273	MsG0880042049.01.T01:CDS	60.0%
	AGTGTGCACTCACCCGCAGC+AGG	-	Chr8:3102465-3102484	None:intergenic	65.0%
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Chr8	gene	3099591	3103141	3099591	ID=MsG0880042049.01;Name=MsG0880042049.01
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Gene Sequence

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Protein sequence

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