AlfalfaGEDB | MsG0380015324.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380015324.01

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Find 180 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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ACATGACTCTTACCACCTTC+TGG	0.399568	3:-68454812	None:intergenic
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TATGTCAGGCAAACGTGTAT+TGG	0.418703	3:+68455387	MsG0380015324.01.T01:CDS
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GGATTTGGTTGTGTATTTAA+GGG	0.427975	3:+68453910	MsG0380015324.01.T01:CDS
CTTACTTTCAGCCACTCTCT+TGG	0.430032	3:+68454547	MsG0380015324.01.T01:CDS
TACTCAGGAGCTGCATAGCC+AGG	0.430306	3:-68454857	None:intergenic
AAGAGTGCAATTAGAATAGA+TGG	0.431031	3:-68455859	None:intergenic
GCTGAGAGTCCTACACATAA+TGG	0.433543	3:+68452831	MsG0380015324.01.T01:CDS
AATTCTGTGTTCTATGATGA+TGG	0.440249	3:+68452782	MsG0380015324.01.T01:exon
CCAAATCTAGTAAAACTGAT+AGG	0.442473	3:+68454314	MsG0380015324.01.T01:CDS
TTTCGTCCAGATAGTATGAT+TGG	0.445664	3:+68453880	MsG0380015324.01.T01:CDS
GTTTGAATTCAAAGGTTGTC+GGG	0.450090	3:+68453713	MsG0380015324.01.T01:CDS
AATCAAGAGCTATCTTCATT+CGG	0.480254	3:-68454575	None:intergenic
GCTTAACCAAGAAAGCAATC+AGG	0.480778	3:+68453999	MsG0380015324.01.T01:CDS
CAAATTCATATACCAAAATC+CGG	0.487440	3:-68454358	None:intergenic
TTCGAGTGGTTTAAACAGAA+AGG	0.496254	3:+68453750	MsG0380015324.01.T01:CDS
TTACGTTTGCTCATGAGTAA+TGG	0.496678	3:-68455457	None:intergenic
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ATAAACAGGTTTGAATTCAA+AGG	0.503716	3:+68453705	MsG0380015324.01.T01:intron
CATCTGTGCTTCTAAGCTCT+AGG	0.507633	3:+68453782	MsG0380015324.01.T01:CDS
GATAGCTCTTGATTCTGCTA+AGG	0.517503	3:+68454584	MsG0380015324.01.T01:CDS
TTTGCTCATGAGTAATGGCT+TGG	0.520964	3:-68455452	None:intergenic
GCTTCTAAGCTCTAGGACTG+AGG	0.525040	3:+68453789	MsG0380015324.01.T01:CDS
AATCCAATGATAAAACAAAT+GGG	0.528287	3:+68455632	MsG0380015324.01.T01:CDS
ACAAGAATAATGGGCACCCC+TGG	0.528327	3:+68454839	MsG0380015324.01.T01:CDS
TAGACAGAAATCAATTACCT+TGG	0.530995	3:+68454278	MsG0380015324.01.T01:intron
GATTTCGGGATGGCAAAAGA+TGG	0.533612	3:+68454788	MsG0380015324.01.T01:CDS
GATAGTATGATTGGCGAAGG+TGG	0.538337	3:+68453889	MsG0380015324.01.T01:CDS
GTTCTCCTAGAAATTATGTC+AGG	0.546443	3:+68455373	MsG0380015324.01.T01:CDS
TGGACGAAAGTTCCTTGTTG+CGG	0.556058	3:-68453866	None:intergenic
GCAATCAGGGACATAGTGAA+TGG	0.557815	3:+68454013	MsG0380015324.01.T01:CDS
TCAGGGACATAGTGAATGGT+TGG	0.561248	3:+68454017	MsG0380015324.01.T01:CDS
GGTTTGAATTCAAAGGTTGT+CGG	0.561798	3:+68453712	MsG0380015324.01.T01:intron
GCTCCTGAGTATTTAGCCAC+AGG	0.562174	3:+68454869	MsG0380015324.01.T01:CDS
TTGGATGATGCAGCTGTCCA+AGG	0.562611	3:-68454295	None:intergenic
ATACCTGTGGCTAAATACTC+AGG	0.566292	3:-68454872	None:intergenic
TAGAAGCACAGATGAAGAAG+AGG	0.566948	3:-68453773	None:intergenic
ACTCAGGAGCTGCATAGCCA+GGG	0.570814	3:-68454856	None:intergenic
ATAGCTCTTGATTCTGCTAA+GGG	0.573105	3:+68454585	MsG0380015324.01.T01:CDS
GTATATGAATTTGTGACCAA+AGG	0.574415	3:+68454368	MsG0380015324.01.T01:CDS
AGAGCATGATTTAGTTGCAT+GGG	0.575299	3:+68455429	MsG0380015324.01.T01:CDS
CTTCTAAGCTCTAGGACTGA+GGG	0.582562	3:+68453790	MsG0380015324.01.T01:CDS
GCTCCTACTAAACCAGGTAC+TGG	0.587126	3:+68453955	MsG0380015324.01.T01:CDS
TGAAGAGGTGGTGAGATCGT+TGG	0.587225	3:+68455597	MsG0380015324.01.T01:CDS
ACTCTTCTGATTGCACTGAA+AGG	0.588025	3:+68452752	MsG0380015324.01.T01:five_prime_UTR
GAGAGCATGATTTAGTTGCA+TGG	0.588099	3:+68455428	MsG0380015324.01.T01:CDS
GATGAATCTTTAAGCGGAGA+AGG	0.588818	3:+68455699	MsG0380015324.01.T01:exon
CTTAACCAAGAAAGCAATCA+GGG	0.591537	3:+68454000	MsG0380015324.01.T01:CDS
TGTTGCAATTCGATGTCTGT+CGG	0.595317	3:+68455549	MsG0380015324.01.T01:CDS
CCAGATAGTATGATTGGCGA+AGG	0.596983	3:+68453886	MsG0380015324.01.T01:CDS
TAGACCAAACATTGAAGAGG+TGG	0.605239	3:+68455585	MsG0380015324.01.T01:CDS
AATTTCTTCTACTGATGGAG+AGG	0.605820	3:-68455753	None:intergenic
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ATTCTGTGTTCTATGATGAT+GGG	0.617309	3:+68452783	MsG0380015324.01.T01:exon
AGAGAAGAGGATGTTTCGAG+TGG	0.619470	3:+68453736	MsG0380015324.01.T01:CDS
GCAATAACAAAACCAGTACC+TGG	0.620654	3:-68453967	None:intergenic
GGGTTGCTGCTTTAGTGCAA+AGG	0.621161	3:+68452803	MsG0380015324.01.T01:CDS
AACGTCGATGAATCTTTAAG+CGG	0.624665	3:+68455693	MsG0380015324.01.T01:exon
ATGGCAAAAGATGGACCAGA+AGG	0.636908	3:+68454797	MsG0380015324.01.T01:CDS
ACTAAATCATGCTCTCCAGA+CGG	0.638040	3:-68455421	None:intergenic
ACACTCGCTCCTACTAAACC+AGG	0.638905	3:+68453949	MsG0380015324.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

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!	GAAGTGTTTCACTATCAACG+AGG	+	Chr3:68453837-68453856	MsG0380015324.01.T01:CDS	40.0%
!	GAGAGCATGATTTAGTTGCA+TGG	+	Chr3:68455428-68455447	MsG0380015324.01.T01:CDS	40.0%
!	TAGAAGCACAGATGAAGAAG+AGG	-	Chr3:68453776-68453795	None:intergenic	40.0%
!	TAGGCAGAGATGAGATTTTG+AGG	-	Chr3:68454506-68454525	None:intergenic	40.0%
!!!	AGTATGTTTTCTTTGGAGCC+AGG	+	Chr3:68454224-68454243	MsG0380015324.01.T01:intron	40.0%
!!!	GTATGTTTTCTTTGGAGCCA+GGG	+	Chr3:68454225-68454244	MsG0380015324.01.T01:intron	40.0%
	ACATGACTCTTACCACCTTC+TGG	-	Chr3:68454815-68454834	None:intergenic	45.0%
	ACGTAAACGATAGACGAAGC+TGG	-	Chr3:68454974-68454993	None:intergenic	45.0%
	ACTGCTTAGAGGATGACTAC+CGG	+	Chr3:68454339-68454358	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	AGAGAAGAGGATGTTTCGAG+TGG	+	Chr3:68453736-68453755	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	AGGTAGATTCAGCCATGAAG+TGG	+	Chr3:68453251-68453270	MsG0380015324.01.T01:intron	45.0%
	ATGGCAAAAGATGGACCAGA+AGG	+	Chr3:68454797-68454816	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	CATCTGTGCTTCTAAGCTCT+AGG	+	Chr3:68453782-68453801	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	CCAGATAGTATGATTGGCGA+AGG	+	Chr3:68453886-68453905	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	CCTTCGCCAATCATACTATC+TGG	-	Chr3:68453889-68453908	None:intergenic	45.0%
	CGATGGCGTACTAAATATGG+AGG	-	Chr3:68455079-68455098	None:intergenic	45.0%
	CTACGTCTCAAACTGCATAG+TGG	-	Chr3:68454147-68454166	None:intergenic	45.0%
	CTCACCACCTCTTCAATGTT+TGG	-	Chr3:68455592-68455611	None:intergenic	45.0%
	CTGGCAGTGAATTCAAACGA+TGG	-	Chr3:68455096-68455115	None:intergenic	45.0%
	CTTACTTTCAGCCACTCTCT+TGG	+	Chr3:68454547-68454566	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	GAGATCGTTGGAACAACTTC+AGG	+	Chr3:68455609-68455628	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	GATAGTATGATTGGCGAAGG+TGG	+	Chr3:68453889-68453908	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	GATTTCGGGATGGCAAAAGA+TGG	+	Chr3:68454788-68454807	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	GCAATCAGGGACATAGTGAA+TGG	+	Chr3:68454013-68454032	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	GCTGAGAGTCCTACACATAA+TGG	+	Chr3:68452831-68452850	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	TCAGGGACATAGTGAATGGT+TGG	+	Chr3:68454017-68454036	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	TGGACGAAAGTTCCTTGTTG+CGG	-	Chr3:68453869-68453888	None:intergenic	45.0%
	TTAATCCACACGCCACTTCA+TGG	-	Chr3:68453266-68453285	None:intergenic	45.0%
	TTGGATAAAAACCGACCGTC+TGG	+	Chr3:68455406-68455425	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
!	AGAGGATGACTACCGGATTT+TGG	+	Chr3:68454346-68454365	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
!	ATGATTGGCGAAGGTGGATT+TGG	+	Chr3:68453895-68453914	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
!	CACTATGCAGTTTGAGACGT+AGG	+	Chr3:68454145-68454164	MsG0380015324.01.T01:intron	45.0%
!!	CTTCTAAGCTCTAGGACTGA+GGG	+	Chr3:68453790-68453809	MsG0380015324.01.T01:CDS	45.0%
	AAACTGCATAGTGGCTGCAG+TGG	-	Chr3:68454138-68454157	None:intergenic	50.0%
	AAAGGTTGTCGGGAGAGAAG+AGG	+	Chr3:68453723-68453742	MsG0380015324.01.T01:CDS	50.0%
	AATCATGCTCTCCAGACGGT+CGG	-	Chr3:68455420-68455439	None:intergenic	50.0%
	ACACTCGCTCCTACTAAACC+AGG	+	Chr3:68453949-68453968	MsG0380015324.01.T01:CDS	50.0%
	GCAAAAGATGGACCAGAAGG+TGG	+	Chr3:68454800-68454819	MsG0380015324.01.T01:CDS	50.0%
	GCTCCTACTAAACCAGGTAC+TGG	+	Chr3:68453955-68453974	MsG0380015324.01.T01:CDS	50.0%
	GCTCCTGAGTATTTAGCCAC+AGG	+	Chr3:68454869-68454888	MsG0380015324.01.T01:CDS	50.0%
	TGAAGAGGTGGTGAGATCGT+TGG	+	Chr3:68455597-68455616	MsG0380015324.01.T01:CDS	50.0%
	TTGCTTCACGCGACGAGTAT+TGG	-	Chr3:68455516-68455535	None:intergenic	50.0%
	TTGGATGATGCAGCTGTCCA+AGG	-	Chr3:68454298-68454317	None:intergenic	50.0%
!!	ACAAGAATAATGGGCACCCC+TGG	+	Chr3:68454839-68454858	MsG0380015324.01.T01:CDS	50.0%
!!	ATGGTTGGTGAGTGTCCTGT+AGG	+	Chr3:68454032-68454051	MsG0380015324.01.T01:intron	50.0%
!!	GCTTCTAAGCTCTAGGACTG+AGG	+	Chr3:68453789-68453808	MsG0380015324.01.T01:CDS	50.0%
!!	GGGTTGCTGCTTTAGTGCAA+AGG	+	Chr3:68452803-68452822	MsG0380015324.01.T01:CDS	50.0%
	ACGAGGTAAGAGCCGCAACA+AGG	+	Chr3:68453854-68453873	MsG0380015324.01.T01:CDS	55.0%
	ACTCAGGAGCTGCATAGCCA+GGG	-	Chr3:68454859-68454878	None:intergenic	55.0%
	GGGCATAGCTCAAGCAACAG+TGG	+	Chr3:68455652-68455671	MsG0380015324.01.T01:CDS	55.0%
	TACTCAGGAGCTGCATAGCC+AGG	-	Chr3:68454860-68454879	None:intergenic	55.0%
	TTCAGCCATGAAGTGGCGTG+TGG	+	Chr3:68453258-68453277	MsG0380015324.01.T01:intron	55.0%
	CTCAGGAGCTGCATAGCCAG+GGG	-	Chr3:68454858-68454877	None:intergenic	60.0%

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Protein sequence

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