AlfalfaGEDB | MsG0380013047.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380013047.01

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Trembl:

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TFs/TRs:

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Protein Kinases:

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MsG0380013047.01.T01	AT1G79670	38.095	294	162	5	2	282	408	694	2.15e-51	180
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MsG0380013047.01.T01	AT5G24080	37.153	288	164	5	3	279	393	674	2.57e-51	180
MsG0380013047.01.T01	AT4G05200	34.828	290	174	5	1	279	351	636	2.64e-51	179
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Find 65 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 76 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
GTCAAGATATTCAATCTTTA+TGG	0.103053	3:-29340303	MsG0380013047.01.T01:CDS
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CTTTATGGAAATTCAAATTA+GGG	0.270011	3:-29340288	None:intergenic
TGCCATGTTTGTCCATATTC+AGG	0.272471	3:+29340585	None:intergenic
CCAAATCTTGTCACACTCTA+TGG	0.293800	3:-29340924	MsG0380013047.01.T01:CDS
CTCTATGGTTGGTGTCTATA+TGG	0.296491	3:-29340909	MsG0380013047.01.T01:CDS
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CCATAGAGTGTGACAAGATT+TGG	0.303867	3:+29340924	None:intergenic
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ACCACTAAGGACTTTCATTT+CGG	0.330065	3:+29340968	None:intergenic
AAAGCAAAGGTAACTGATTT+CGG	0.350135	3:-29340681	MsG0380013047.01.T01:CDS
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AAAGGTGATGTGTATAGTTT+TGG	0.380020	3:-29340552	MsG0380013047.01.T01:CDS
TTCACATCTCTATGAACAAT+TGG	0.405838	3:+29340735	None:intergenic
ATCATAGGAAAAGGCGGGTT+CGG	0.408531	3:-29341083	MsG0380013047.01.T01:CDS
AATGTTTGGTTGAATGTGTT+AGG	0.414525	3:-29340476	MsG0380013047.01.T01:CDS
GCTAGAACCTCTTTCATGTT+AGG	0.426981	3:+29340333	None:intergenic
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TGGGGTAGTTGGTGGTGTAA+AGG	0.444982	3:-29340415	MsG0380013047.01.T01:CDS
GGATGGAGGTGATGAATGTT+TGG	0.445671	3:-29340490	MsG0380013047.01.T01:CDS
TTCAAAGAGGAAAGCATCAT+AGG	0.454606	3:-29341098	MsG0380013047.01.T01:CDS
TGGTGTGTTGATTATGGAGT+TGG	0.464409	3:-29340532	MsG0380013047.01.T01:CDS
CAATTGGAGGGTAACATTCA+TGG	0.470451	3:+29340751	None:intergenic
GCCGAAATGAAAGTCCTTAG+TGG	0.470517	3:-29340969	MsG0380013047.01.T01:CDS
TTTCACACATGCCGACATCT+TGG	0.484437	3:-29341135	MsG0380013047.01.T01:CDS
ACATGGCATGCTACAACAAA+AGG	0.485927	3:-29340570	MsG0380013047.01.T01:CDS
TTAGTGGTCAAGAATTTGGT+TGG	0.498910	3:-29340953	MsG0380013047.01.T01:CDS
GAGGAAAGCATCATAGGAAA+AGG	0.501468	3:-29341092	MsG0380013047.01.T01:CDS
GAATGTGTTAGGCGTGTCAT+TGG	0.503109	3:-29340465	MsG0380013047.01.T01:CDS
GAAAGAGGTTCTAGCTATGT+TGG	0.510257	3:-29340325	MsG0380013047.01.T01:CDS
GATCGACGTGGCTAAAGCAT+TGG	0.510795	3:-29340784	MsG0380013047.01.T01:CDS
ACATCTCTATGAACAATTGG+AGG	0.511008	3:+29340738	None:intergenic
TGCAACATAACCAACAGTTC+CGG	0.514671	3:+29340608	None:intergenic
GTTTGTTGCTTCCAAGATGT+CGG	0.518426	3:+29341124	None:intergenic
ATGTTTGAGTTACTTCAAGT+TGG	0.522058	3:-29340390	MsG0380013047.01.T01:CDS
GGCAGTCAAGAAGCTACAAA+GGG	0.533313	3:-29341021	MsG0380013047.01.T01:CDS
CTAGCAAGAATTGTCGATGT+TGG	0.541368	3:-29340657	MsG0380013047.01.T01:CDS
AACCAAATTCTTGACCACTA+AGG	0.570997	3:+29340955	None:intergenic
AAATAGGCCTAACATGAAAG+AGG	0.573988	3:-29340340	MsG0380013047.01.T01:CDS
GTATATGAGTACATAGGAGG+TGG	0.574125	3:-29340870	MsG0380013047.01.T01:CDS
TGGCAGTCAAGAAGCTACAA+AGG	0.585817	3:-29341022	MsG0380013047.01.T01:CDS
ATCTTGTCACACTCTATGGT+TGG	0.589892	3:-29340920	MsG0380013047.01.T01:CDS
AATTGTTCATAGAGATGTGA+AGG	0.594331	3:-29340733	MsG0380013047.01.T01:CDS
ACTGGGAGAAGAGCTGTGGA+TGG	0.598610	3:-29340507	MsG0380013047.01.T01:CDS
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CATGTGAGTACAATTGTAGC+CGG	0.600265	3:-29340627	MsG0380013047.01.T01:CDS
GTTAGGCGTGTCATTGGTAG+TGG	0.608964	3:-29340459	MsG0380013047.01.T01:CDS
GTCAAGAAGCTACAAAGGGA+AGG	0.610249	3:-29341017	MsG0380013047.01.T01:CDS
AATGTGTTGCTTGACAAAGA+AGG	0.613928	3:-29340705	MsG0380013047.01.T01:CDS
CATCTCTATGAACAATTGGA+GGG	0.617129	3:+29340739	None:intergenic
CTAGTATATGAGTACATAGG+AGG	0.619561	3:-29340873	MsG0380013047.01.T01:CDS
AAAGCATCATAGGAAAAGGC+GGG	0.619661	3:-29341088	MsG0380013047.01.T01:CDS
CTACAAAGGGAAGGAATCGA+AGG	0.624545	3:-29341008	MsG0380013047.01.T01:CDS
TTACTAGTATATGAGTACAT+AGG	0.624553	3:-29340876	MsG0380013047.01.T01:CDS
GAAAGCATCATAGGAAAAGG+CGG	0.629440	3:-29341089	MsG0380013047.01.T01:CDS
TGACAAAGAAGGTAAAGCAA+AGG	0.638298	3:-29340694	MsG0380013047.01.T01:CDS
TGATTATGGAGTTGGCAACT+GGG	0.642416	3:-29340524	MsG0380013047.01.T01:CDS
AGCAACAAACAACTTCAAAG+AGG	0.643177	3:-29341111	MsG0380013047.01.T01:CDS
AGTGTGACAAGATTTGGATG+AGG	0.647610	3:+29340930	None:intergenic
CACCTGAATATGGACAAACA+TGG	0.655185	3:-29340587	MsG0380013047.01.T01:CDS
CTTAGAAGTCGCGATCGACG+TGG	0.673168	3:-29340796	MsG0380013047.01.T01:CDS
GGGTTCGGAACAGTCTACAA+AGG	0.673594	3:-29341068	MsG0380013047.01.T01:CDS
GGCAACTGGGAGAAGAGCTG+TGG	0.683752	3:-29340511	MsG0380013047.01.T01:CDS
GGGAGAAGAGCTGTGGATGG+AGG	0.687687	3:-29340504	MsG0380013047.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!	CAAAAAATTTAACCTATAAA+AGG	-	Chr3:29340609-29340628	MsG0380013047.01.T01:CDS	15.0%
!!!	ATAGGTTAAATTTTTTGTAT+CGG	+	Chr3:29340606-29340625	None:intergenic	15.0%
!!!	AAAAATGGATTGAGTAATTT+TGG	-	Chr3:29340995-29341014	MsG0380013047.01.T01:CDS	20.0%
!!!	AAAATGGATTGAGTAATTTT+GGG	-	Chr3:29340996-29341015	MsG0380013047.01.T01:CDS	20.0%
!	CAAATGATTTACCACAAAAT+AGG	-	Chr3:29341074-29341093	MsG0380013047.01.T01:CDS	25.0%
!	GTCAAGATATTCAATCTTTA+TGG	-	Chr3:29341127-29341146	MsG0380013047.01.T01:CDS	25.0%
!	TTACTAGTATATGAGTACAT+AGG	-	Chr3:29340554-29340573	MsG0380013047.01.T01:CDS	25.0%
!!!	AAATGGATTGAGTAATTTTG+GGG	-	Chr3:29340997-29341016	MsG0380013047.01.T01:CDS	25.0%
	AATGTTTGGTTGAATGTGTT+AGG	-	Chr3:29340954-29340973	MsG0380013047.01.T01:CDS	30.0%
	AATTGTTCATAGAGATGTGA+AGG	-	Chr3:29340697-29340716	MsG0380013047.01.T01:CDS	30.0%
	TTCACATCTCTATGAACAAT+TGG	+	Chr3:29340698-29340717	None:intergenic	30.0%
!	AAAGCAAAGGTAACTGATTT+CGG	-	Chr3:29340749-29340768	MsG0380013047.01.T01:CDS	30.0%
!	AAAGGTGATGTGTATAGTTT+TGG	-	Chr3:29340878-29340897	MsG0380013047.01.T01:CDS	30.0%
!	ATGTTTGAGTTACTTCAAGT+TGG	-	Chr3:29341040-29341059	MsG0380013047.01.T01:CDS	30.0%
!!!	TAGTTTTGGTGTGTTGATTA+TGG	-	Chr3:29340892-29340911	MsG0380013047.01.T01:CDS	30.0%
	AAATAGGCCTAACATGAAAG+AGG	-	Chr3:29341090-29341109	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
	AACCAAATTCTTGACCACTA+AGG	+	Chr3:29340478-29340497	None:intergenic	35.0%
	ACATCTCTATGAACAATTGG+AGG	+	Chr3:29340695-29340714	None:intergenic	35.0%
	ACCACTAAGGACTTTCATTT+CGG	+	Chr3:29340465-29340484	None:intergenic	35.0%
	AGCAACAAACAACTTCAAAG+AGG	-	Chr3:29340319-29340338	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
	CATCTCTATGAACAATTGGA+GGG	+	Chr3:29340694-29340713	None:intergenic	35.0%
	CTAGTATATGAGTACATAGG+AGG	-	Chr3:29340557-29340576	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
	TGACAAAGAAGGTAAAGCAA+AGG	-	Chr3:29340736-29340755	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
	TTAGTGGTCAAGAATTTGGT+TGG	-	Chr3:29340477-29340496	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
!	TACAAAGGAGTTTTTCCAGA+TGG	-	Chr3:29340377-29340396	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
!	TTCATGTTAGGCCTATTTTG+TGG	+	Chr3:29341088-29341107	None:intergenic	35.0%
!!	AATGTGTTGCTTGACAAAGA+AGG	-	Chr3:29340725-29340744	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
!!	GTCATTGGTAGTGGTAAAAA+TGG	-	Chr3:29340980-29340999	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
!!	TTCAAAGAGGAAAGCATCAT+AGG	-	Chr3:29340332-29340351	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
!!!	TTGAGTAATTTTGGGGTAGT+TGG	-	Chr3:29341004-29341023	MsG0380013047.01.T01:CDS	35.0%
	ACATGGCATGCTACAACAAA+AGG	-	Chr3:29340860-29340879	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	AGTGTGACAAGATTTGGATG+AGG	+	Chr3:29340503-29340522	None:intergenic	40.0%
	ATCTTGTCACACTCTATGGT+TGG	-	Chr3:29340510-29340529	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	CAATTGGAGGGTAACATTCA+TGG	+	Chr3:29340682-29340701	None:intergenic	40.0%
	CACCTGAATATGGACAAACA+TGG	-	Chr3:29340843-29340862	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	CATGTGAGTACAATTGTAGC+CGG	-	Chr3:29340803-29340822	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	CCAAATCTTGTCACACTCTA+TGG	-	Chr3:29340506-29340525	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	CCATAGAGTGTGACAAGATT+TGG	+	Chr3:29340509-29340528	None:intergenic	40.0%
	CTAGCAAGAATTGTCGATGT+TGG	-	Chr3:29340773-29340792	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	GCTAGAACCTCTTTCATGTT+AGG	+	Chr3:29341100-29341119	None:intergenic	40.0%
	GGTTATGTTGCACCTGAATA+TGG	-	Chr3:29340833-29340852	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	GTATATGAGTACATAGGAGG+TGG	-	Chr3:29340560-29340579	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	GTCCTTAGTGGTCAAGAATT+TGG	-	Chr3:29340473-29340492	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	TGATTATGGAGTTGGCAACT+GGG	-	Chr3:29340906-29340925	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	TGCAACATAACCAACAGTTC+CGG	+	Chr3:29340825-29340844	None:intergenic	40.0%
	TGCCATGTTTGTCCATATTC+AGG	+	Chr3:29340848-29340867	None:intergenic	40.0%
	TTGATTATGGAGTTGGCAAC+TGG	-	Chr3:29340905-29340924	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
!	AAAGCATCATAGGAAAAGGC+GGG	-	Chr3:29340342-29340361	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
!	CTCTATGGTTGGTGTCTATA+TGG	-	Chr3:29340521-29340540	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
!	GAAAGAGGTTCTAGCTATGT+TGG	-	Chr3:29341105-29341124	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
!	GACTTCTAAGCGCCTTTTAT+AGG	+	Chr3:29340624-29340643	None:intergenic	40.0%
!	GTTTGTTGCTTCCAAGATGT+CGG	+	Chr3:29340309-29340328	None:intergenic	40.0%
!	TTTTCCAGATGGAAGAGAAG+TGG	-	Chr3:29340388-29340407	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
!!	GAAAGCATCATAGGAAAAGG+CGG	-	Chr3:29340341-29340360	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
!!	GAGGAAAGCATCATAGGAAA+AGG	-	Chr3:29340338-29340357	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
!!	TGGTGTGTTGATTATGGAGT+TGG	-	Chr3:29340898-29340917	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
!!!	AGTAATTTTGGGGTAGTTGG+TGG	-	Chr3:29341007-29341026	MsG0380013047.01.T01:CDS	40.0%
	ACAATTGTAGCCGGAACTGT+TGG	-	Chr3:29340812-29340831	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
	CTACAAAGGGAAGGAATCGA+AGG	-	Chr3:29340422-29340441	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
	GAATGTGTTAGGCGTGTCAT+TGG	-	Chr3:29340965-29340984	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
	GCCGAAATGAAAGTCCTTAG+TGG	-	Chr3:29340461-29340480	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
	GGATGGAGGTGATGAATGTT+TGG	-	Chr3:29340940-29340959	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
	GGCAGTCAAGAAGCTACAAA+GGG	-	Chr3:29340409-29340428	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
	GTCAAGAAGCTACAAAGGGA+AGG	-	Chr3:29340413-29340432	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
	TGGCAGTCAAGAAGCTACAA+AGG	-	Chr3:29340408-29340427	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
	TTTCACACATGCCGACATCT+TGG	-	Chr3:29340295-29340314	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
!	ATCATAGGAAAAGGCGGGTT+CGG	-	Chr3:29340347-29340366	MsG0380013047.01.T01:CDS	45.0%
	GATCGACGTGGCTAAAGCAT+TGG	-	Chr3:29340646-29340665	MsG0380013047.01.T01:CDS	50.0%
	GGGTTCGGAACAGTCTACAA+AGG	-	Chr3:29340362-29340381	MsG0380013047.01.T01:CDS	50.0%
!	ACTGCCACTTCTCTTCCATC+TGG	+	Chr3:29340395-29340414	None:intergenic	50.0%
!	GTTAGGCGTGTCATTGGTAG+TGG	-	Chr3:29340971-29340990	MsG0380013047.01.T01:CDS	50.0%
!!	TGGGGTAGTTGGTGGTGTAA+AGG	-	Chr3:29341015-29341034	MsG0380013047.01.T01:CDS	50.0%
	ACTGGGAGAAGAGCTGTGGA+TGG	-	Chr3:29340923-29340942	MsG0380013047.01.T01:CDS	55.0%
	CTTAGAAGTCGCGATCGACG+TGG	-	Chr3:29340634-29340653	MsG0380013047.01.T01:CDS	55.0%
	GGCAACTGGGAGAAGAGCTG+TGG	-	Chr3:29340919-29340938	MsG0380013047.01.T01:CDS	60.0%
	GGGAGAAGAGCTGTGGATGG+AGG	-	Chr3:29340926-29340945	MsG0380013047.01.T01:CDS	60.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr3	gene	29340290	29341162	29340290	ID=MsG0380013047.01;Name=MsG0380013047.01
Chr3	mRNA	29340290	29341162	29340290	ID=MsG0380013047.01.T01;Parent=MsG0380013047.01;Name=MsG0380013047.01.T01;_AED=0.37;_eAED=0.37;_QI=0\|-1\|0\|1\|-1\|0\|1\|0\|290
Chr3	exon	29340290	29341162	29340290	ID=MsG0380013047.01.T01:exon:3232;Parent=MsG0380013047.01.T01
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Chr3	mRNA	29340290	29340985	29340290	ID=MsG0380013047.01.T02;Parent=MsG0380013047.01;Name=MsG0380013047.01.T02;_AED=0.39;_eAED=0.39;_QI=0\|-1\|0\|1\|-1\|0\|1\|0\|231
Chr3	exon	29340290	29340985	29340290	ID=MsG0380013047.01.T02:exon:3233;Parent=MsG0380013047.01.T02
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Gene Sequence

>MsG0380013047.01.T02

ATGAAAGTCCTTAGTGGTCAAGAATTTGGTTGGCCTCATCCAAATCTTGTCACACTCTATGGTTGGTGTCTATATGGTTCACAAAAGTTACTAGTATATGAGTACATAGGAGGTGGAAGTTTAGAAGAACTAGTAACCGATACAAAAAATTTAACCTATAAAAGGCGCTTAGAAGTCGCGATCGACGTGGCTAAAGCATTGGTTTATCTTCACCATGAATGTTACCCTCCAATTGTTCATAGAGATGTGAAGGCTAGTAATGTGTTGCTTGACAAAGAAGGTAAAGCAAAGGTAACTGATTTCGGACTAGCAAGAATTGTCGATGTTGGAGATAGTCATGTGAGTACAATTGTAGCCGGAACTGTTGGTTATGTTGCACCTGAATATGGACAAACATGGCATGCTACAACAAAAGGTGATGTGTATAGTTTTGGTGTGTTGATTATGGAGTTGGCAACTGGGAGAAGAGCTGTGGATGGAGGTGATGAATGTTTGGTTGAATGTGTTAGGCGTGTCATTGGTAGTGGTAAAAATGGATTGAGTAATTTTGGGGTAGTTGGTGGTGTAAAGGAGATGTTTGAGTTACTTCAAGTTGGAGTTAAGTGCACAAATGATTTACCACAAAATAGGCCTAACATGAAAGAGGTTCTAGCTATGTTGGTCAAGATATTCAATCTTTATGGAAATTCAAATTAG

>MsG0380013047.01.T01

ATGGTTTTCACACATGCCGACATCTTGGAAGCAACAAACAACTTCAAAGAGGAAAGCATCATAGGAAAAGGCGGGTTCGGAACAGTCTACAAAGGAGTTTTTCCAGATGGAAGAGAAGTGGCAGTCAAGAAGCTACAAAGGGAAGGAATCGAAGGCGAAAAAGAATTCAAAGCCGAAATGAAAGTCCTTAGTGGTCAAGAATTTGGTTGGCCTCATCCAAATCTTGTCACACTCTATGGTTGGTGTCTATATGGTTCACAAAAGTTACTAGTATATGAGTACATAGGAGGTGGAAGTTTAGAAGAACTAGTAACCGATACAAAAAATTTAACCTATAAAAGGCGCTTAGAAGTCGCGATCGACGTGGCTAAAGCATTGGTTTATCTTCACCATGAATGTTACCCTCCAATTGTTCATAGAGATGTGAAGGCTAGTAATGTGTTGCTTGACAAAGAAGGTAAAGCAAAGGTAACTGATTTCGGACTAGCAAGAATTGTCGATGTTGGAGATAGTCATGTGAGTACAATTGTAGCCGGAACTGTTGGTTATGTTGCACCTGAATATGGACAAACATGGCATGCTACAACAAAAGGTGATGTGTATAGTTTTGGTGTGTTGATTATGGAGTTGGCAACTGGGAGAAGAGCTGTGGATGGAGGTGATGAATGTTTGGTTGAATGTGTTAGGCGTGTCATTGGTAGTGGTAAAAATGGATTGAGTAATTTTGGGGTAGTTGGTGGTGTAAAGGAGATGTTTGAGTTACTTCAAGTTGGAGTTAAGTGCACAAATGATTTACCACAAAATAGGCCTAACATGAAAGAGGTTCTAGCTATGTTGGTCAAGATATTCAATCTTTATGGAAATTCAAATTAG

Protein sequence

>MsG0380013047.01.T02

MKVLSGQEFGWPHPNLVTLYGWCLYGSQKLLVYEYIGGGSLEELVTDTKNLTYKRRLEVAIDVAKALVYLHHECYPPIVHRDVKASNVLLDKEGKAKVTDFGLARIVDVGDSHVSTIVAGTVGYVAPEYGQTWHATTKGDVYSFGVLIMELATGRRAVDGGDECLVECVRRVIGSGKNGLSNFGVVGGVKEMFELLQVGVKCTNDLPQNRPNMKEVLAMLVKIFNLYGNSN*

>MsG0380013047.01.T01

MVFTHADILEATNNFKEESIIGKGGFGTVYKGVFPDGREVAVKKLQREGIEGEKEFKAEMKVLSGQEFGWPHPNLVTLYGWCLYGSQKLLVYEYIGGGSLEELVTDTKNLTYKRRLEVAIDVAKALVYLHHECYPPIVHRDVKASNVLLDKEGKAKVTDFGLARIVDVGDSHVSTIVAGTVGYVAPEYGQTWHATTKGDVYSFGVLIMELATGRRAVDGGDECLVECVRRVIGSGKNGLSNFGVVGGVKEMFELLQVGVKCTNDLPQNRPNMKEVLAMLVKIFNLYGNSN*