AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004924.01

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MsG0180004924.01.T01 AT1G07870 38.267 277 160 6 153 419 103 378 2.69e-57 195
MsG0180004924.01.T01 AT1G70740 40.210 286 150 6 153 419 50 333 3.27e-57 194
MsG0180004924.01.T01 AT3G17420 36.972 284 169 5 146 421 147 428 3.30e-57 196
MsG0180004924.01.T01 AT3G28690 37.113 291 168 5 143 418 16 306 3.38e-57 193
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MsG0180004924.01.T01 AT5G18610 39.068 279 155 7 153 419 83 358 1.03e-54 190
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MsG0180004924.01.T01 AT4G34500 36.491 285 165 6 146 418 138 418 1.88e-53 185
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MsG0180004924.01.T01 AT3G14840 36.396 283 170 6 146 420 665 945 3.36e-53 192
MsG0180004924.01.T01 AT5G45780 36.607 336 171 7 108 434 286 588 3.76e-53 188
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MsG0180004924.01.T01 AT4G23280 37.162 296 173 6 157 443 348 639 1.91e-52 187
MsG0180004924.01.T01 AT4G23310 37.288 295 175 5 151 437 506 798 1.92e-52 189
MsG0180004924.01.T01 AT4G01330 34.868 304 171 7 125 418 147 433 1.95e-52 183
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MsG0180004924.01.T01 AT4G11480 36.268 284 172 4 143 418 314 596 1.08e-51 185
MsG0180004924.01.T01 AT5G06740 36.620 284 165 6 153 423 330 611 1.27e-51 184
MsG0180004924.01.T01 AT4G04490 35.401 274 172 4 148 418 335 606 1.31e-51 184
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MsG0180004924.01.T01 AT2G02800 37.134 307 171 9 132 419 61 364 1.46e-51 180
MsG0180004924.01.T01 AT4G04570 36.667 270 162 6 151 415 346 611 1.54e-51 184
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MsG0180004924.01.T01 AT3G02810 38.078 281 157 8 153 419 64 341 2.37e-51 182
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MsG0180004924.01.T01 AT1G29750 39.568 278 158 6 151 420 679 954 2.55e-51 187
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MsG0180004924.01.T01 AT4G11530 33.667 300 190 4 132 423 331 629 4.57e-51 183
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MsG0180004924.01.T01 AT4G11470 35.211 284 175 4 143 418 334 616 5.77e-51 183
MsG0180004924.01.T01 AT1G70450 39.789 284 146 9 153 419 49 324 6.06e-51 177
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MsG0180004924.01.T01 AT4G23190 33.439 314 194 6 143 445 262 571 9.04e-51 181
MsG0180004924.01.T01 AT4G04540 36.667 270 162 6 151 415 351 616 9.31e-51 182
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MsG0180004924.01.T01 AT4G38830 35.644 303 176 7 132 420 323 620 1.96e-50 181
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MsG0180004924.01.T01 AT2G07180 37.024 289 162 8 146 418 83 367 3.26e-50 176
MsG0180004924.01.T01 AT4G23190 33.439 314 194 6 143 445 340 649 3.26e-50 181
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MsG0180004924.01.T01 AT5G11020 38.182 275 156 7 153 418 107 376 3.54e-50 175
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MsG0180004924.01.T01 AT5G65240 37.500 288 163 6 146 420 277 560 7.67e-50 179
MsG0180004924.01.T01 AT1G11300 35.915 284 175 4 143 423 484 763 8.77e-50 181
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MsG0180004924.01.T01 AT1G11300 35.915 284 175 4 143 423 499 778 9.36e-50 181
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MsG0180004924.01.T01 AT1G67520 36.918 279 166 5 151 420 286 563 1.31e-49 178
MsG0180004924.01.T01 AT5G01020 35.616 292 170 9 143 418 57 346 1.50e-49 174
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MsG0180004924.01.T01 AT4G23250 35.000 280 173 4 147 418 348 626 1.88e-49 179
MsG0180004924.01.T01 AT4G35600 36.170 282 162 6 153 418 87 366 1.93e-49 174
MsG0180004924.01.T01 AT4G11490 34.657 277 172 4 153 421 321 596 2.21e-49 178
MsG0180004924.01.T01 AT4G21390 34.043 329 208 7 118 438 492 819 3.28e-49 180
MsG0180004924.01.T01 AT4G23290 34.868 304 188 5 143 438 353 654 3.38e-49 178
MsG0180004924.01.T01 AT5G56460 36.749 283 160 7 153 418 76 356 4.47e-49 172
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MsG0180004924.01.T01 AT3G53810 36.986 292 171 8 143 423 335 624 5.85e-49 177
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MsG0180004924.01.T01 AT5G24080 36.196 326 164 7 103 420 387 676 5.89e-49 178
MsG0180004924.01.T01 AT2G17220 37.456 283 158 8 153 418 87 367 6.49e-49 172
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MsG0180004924.01.T01 AT1G51800 39.326 267 151 6 156 415 589 851 7.25e-49 179
MsG0180004924.01.T01 AT3G55450 35.556 315 176 10 127 418 71 381 7.82e-49 172
MsG0180004924.01.T01 AT1G53730 35.274 292 174 7 133 413 395 682 7.92e-49 177
MsG0180004924.01.T01 AT2G17220 37.456 283 158 8 153 418 86 366 8.06e-49 172
MsG0180004924.01.T01 AT1G67520 36.918 279 166 5 151 420 451 728 1.04e-48 178
MsG0180004924.01.T01 AT4G23250 35.000 280 173 4 147 418 348 626 1.05e-48 179
MsG0180004924.01.T01 AT2G28970 35.943 281 174 4 143 418 434 713 1.06e-48 177
MsG0180004924.01.T01 AT1G61590 36.842 285 154 8 153 418 99 376 1.11e-48 172
MsG0180004924.01.T01 AT4G00960 33.553 304 185 9 131 421 34 333 1.13e-48 171
MsG0180004924.01.T01 AT1G53730 35.154 293 174 7 133 413 395 683 1.13e-48 177
MsG0180004924.01.T01 AT4G21230 34.437 302 191 5 143 438 323 623 1.18e-48 176
MsG0180004924.01.T01 AT1G67520 36.918 279 166 5 151 420 494 771 1.23e-48 178
MsG0180004924.01.T01 AT1G67520 36.918 279 166 5 151 420 501 778 1.25e-48 178
MsG0180004924.01.T01 AT5G24080 36.196 326 164 7 103 420 514 803 1.32e-48 178
MsG0180004924.01.T01 AT2G28970 35.943 281 174 4 143 418 469 748 1.52e-48 177
MsG0180004924.01.T01 AT2G14510 37.993 279 166 5 156 429 574 850 1.72e-48 178
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MsG0180004924.01.T01 AT2G14510 37.993 279 166 5 156 429 566 842 1.91e-48 178
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MsG0180004924.01.T01 AT4G23320 34.680 297 181 5 132 418 162 455 2.48e-48 173
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MsG0180004924.01.T01 AT1G55610 36.949 295 157 8 151 429 857 1138 2.76e-48 178
MsG0180004924.01.T01 AT2G23200 39.194 273 155 7 151 415 486 755 2.89e-48 177
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MsG0180004924.01.T01 AT1G61610 35.379 277 172 4 153 423 525 800 2.17e-47 174
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MsG0180004924.01.T01 AT5G62710 37.363 273 156 8 156 418 315 582 3.27e-47 172
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MsG0180004924.01.T01 AT5G54590 31.933 357 215 8 72 419 40 377 9.02e-47 167
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MsG0180004924.01.T01 AT1G48210 40.088 227 119 5 151 363 66 289 1.91e-46 163
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MsG0180004924.01.T01 AT1G11330 34.276 283 178 5 143 418 514 795 4.36e-46 171
MsG0180004924.01.T01 AT4G04570 39.252 214 126 3 151 361 346 558 4.77e-46 168
MsG0180004924.01.T01 AT4G00340 33.841 328 166 7 108 420 449 740 4.95e-46 171
MsG0180004924.01.T01 AT4G04540 39.171 217 128 3 151 364 351 566 5.31e-46 168
MsG0180004924.01.T01 AT4G23130 37.247 247 150 4 109 351 299 544 5.31e-46 168
MsG0180004924.01.T01 AT5G59270 35.125 279 171 6 153 424 368 643 5.32e-46 169
MsG0180004924.01.T01 AT4G00340 33.841 328 166 7 108 420 470 761 5.34e-46 171
MsG0180004924.01.T01 AT1G65790 34.364 291 179 5 151 430 517 806 5.68e-46 171
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MsG0180004924.01.T01 AT1G26970 36.713 286 155 8 153 418 83 362 6.05e-46 164
MsG0180004924.01.T01 AT1G51880 35.106 282 176 5 156 432 595 874 6.13e-46 171
MsG0180004924.01.T01 AT4G23300 32.333 300 192 4 132 421 332 630 6.58e-46 169
MsG0180004924.01.T01 AT5G10530 34.173 278 172 6 151 419 333 608 6.62e-46 169
MsG0180004924.01.T01 AT5G28680 35.231 281 173 5 143 415 509 788 7.14e-46 170
MsG0180004924.01.T01 AT5G28680 35.231 281 173 5 143 415 509 788 7.14e-46 170
MsG0180004924.01.T01 AT1G51880 35.106 282 176 5 156 432 569 848 7.21e-46 170
MsG0180004924.01.T01 AT4G27290 37.363 273 158 6 153 415 465 734 7.74e-46 170
MsG0180004924.01.T01 AT3G46330 36.882 263 159 5 159 415 572 833 8.65e-46 170
MsG0180004924.01.T01 AT5G40380 37.906 277 160 7 153 419 315 589 8.84e-46 168
MsG0180004924.01.T01 AT3G46330 36.882 263 159 5 159 415 548 809 9.30e-46 170
MsG0180004924.01.T01 AT1G31420 38.889 270 154 7 156 418 309 574 9.75e-46 167
MsG0180004924.01.T01 AT1G31420 38.889 270 154 7 156 418 309 574 9.75e-46 167
MsG0180004924.01.T01 AT2G47060 39.394 231 127 3 201 418 1 231 1.05e-45 159
MsG0180004924.01.T01 AT4G23180 37.991 229 138 3 132 357 327 554 1.06e-45 167
MsG0180004924.01.T01 AT3G15890 32.971 276 176 4 151 418 37 311 1.08e-45 162
MsG0180004924.01.T01 AT4G27290 37.363 273 158 6 153 415 511 780 1.09e-45 170
MsG0180004924.01.T01 AT5G48740 32.955 352 184 9 76 418 569 877 1.20e-45 170
MsG0180004924.01.T01 AT2G02220 35.379 277 169 5 151 419 732 1006 1.75e-45 169
MsG0180004924.01.T01 AT2G28960 33.688 282 181 4 156 432 444 724 1.84e-45 169
MsG0180004924.01.T01 AT2G04300 34.572 269 170 4 156 419 544 811 1.89e-45 169
MsG0180004924.01.T01 AT1G51890 36.059 269 165 5 156 419 301 567 1.95e-45 167
MsG0180004924.01.T01 AT1G61370 33.110 299 188 5 151 442 348 641 2.06e-45 167
MsG0180004924.01.T01 AT2G14440 36.786 280 170 5 156 430 567 844 2.36e-45 169
MsG0180004924.01.T01 AT3G20530 40.359 223 122 5 153 365 82 303 2.37e-45 160
MsG0180004924.01.T01 AT2G04300 34.572 269 170 4 156 419 585 852 2.53e-45 169
MsG0180004924.01.T01 AT1G67720 35.227 264 162 6 159 415 612 873 2.55e-45 169
MsG0180004924.01.T01 AT3G62220 38.034 234 132 3 198 418 19 252 2.64e-45 159
MsG0180004924.01.T01 AT1G70130 36.364 275 166 6 153 420 334 606 2.83e-45 167
MsG0180004924.01.T01 AT5G59260 35.517 290 174 7 145 424 344 630 3.54e-45 167
MsG0180004924.01.T01 AT5G35580 35.154 293 166 9 144 418 79 365 3.83e-45 164
MsG0180004924.01.T01 AT2G47060 40.088 227 123 3 205 418 24 250 4.09e-45 158
MsG0180004924.01.T01 AT2G28940 34.431 334 162 11 108 418 88 387 4.50e-45 163
MsG0180004924.01.T01 AT1G76360 36.042 283 162 7 153 418 163 443 4.62e-45 164
MsG0180004924.01.T01 AT5G35580 35.154 293 166 9 144 418 67 353 4.66e-45 164
MsG0180004924.01.T01 AT2G28960 33.688 282 181 4 156 432 576 856 4.82e-45 168
MsG0180004924.01.T01 AT2G35620 38.662 269 155 6 156 418 307 571 5.02e-45 166
MsG0180004924.01.T01 AT2G35620 38.662 269 155 6 156 418 307 571 5.02e-45 166
MsG0180004924.01.T01 AT2G35620 38.662 269 155 6 156 418 307 571 5.02e-45 166
MsG0180004924.01.T01 AT2G35620 38.662 269 155 6 156 418 307 571 5.02e-45 166
MsG0180004924.01.T01 AT2G23950 41.475 217 124 3 143 358 289 503 5.43e-45 164
MsG0180004924.01.T01 AT3G59420 35.452 299 185 4 146 436 505 803 6.12e-45 168
MsG0180004924.01.T01 AT1G61370 33.110 299 188 5 151 442 499 792 6.71e-45 167
MsG0180004924.01.T01 AT1G51940 35.192 287 159 7 151 415 339 620 7.19e-45 166
MsG0180004924.01.T01 AT4G20450 36.396 283 172 5 156 432 594 874 8.06e-45 167
MsG0180004924.01.T01 AT5G02070 34.737 285 161 8 151 415 361 640 8.34e-45 166
MsG0180004924.01.T01 AT1G69790 36.042 283 160 7 153 418 73 351 8.36e-45 160
MsG0180004924.01.T01 AT1G51890 36.059 269 165 5 156 419 509 775 9.32e-45 167
MsG0180004924.01.T01 AT4G29450 34.892 278 164 5 158 418 571 848 9.57e-45 167
MsG0180004924.01.T01 AT1G69790 36.042 283 160 7 153 418 84 362 9.61e-45 160
MsG0180004924.01.T01 AT2G29000 35.254 295 183 5 143 432 557 848 1.00e-44 167
MsG0180004924.01.T01 AT4G32000 35.211 284 152 7 143 418 120 379 1.04e-44 160
MsG0180004924.01.T01 AT5G38990 35.548 301 180 7 143 430 513 812 1.12e-44 167
MsG0180004924.01.T01 AT2G25220 43.182 220 115 5 153 365 146 362 1.17e-44 160
MsG0180004924.01.T01 AT5G54380 35.915 284 169 6 142 415 497 777 1.20e-44 167
MsG0180004924.01.T01 AT1G49100 34.831 267 168 4 157 418 585 850 1.24e-44 167
MsG0180004924.01.T01 AT4G21380 35.786 299 174 9 135 418 505 800 1.32e-44 167
MsG0180004924.01.T01 AT2G43700 33.550 307 191 7 127 422 281 585 1.43e-44 165
MsG0180004924.01.T01 AT2G43700 33.550 307 191 7 127 422 281 585 1.43e-44 165
MsG0180004924.01.T01 AT2G43700 33.550 307 191 7 127 422 281 585 1.43e-44 165
MsG0180004924.01.T01 AT2G43700 33.550 307 191 7 127 422 281 585 1.43e-44 165
MsG0180004924.01.T01 AT1G52540 30.631 333 189 7 94 418 9 307 1.62e-44 159
MsG0180004924.01.T01 AT3G19700 35.495 293 158 9 155 418 673 963 1.75e-44 167
MsG0180004924.01.T01 AT3G21630 36.765 272 153 7 159 419 328 591 1.82e-44 164

Find 83 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 149 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TGGGCGCAGATTTGTGATTT+TGG 0.149338 1:-84462865 MsG0180004924.01.T01:intron
AATTTGAATCATCCTCTTAA+TGG 0.149930 1:-84464343 MsG0180004924.01.T01:CDS
CATACCTTGGCTAAAATTAT+TGG 0.175604 1:+84464186 None:intergenic
TCAAAATTTGAAGGAACTTT+TGG 0.179456 1:-84462799 MsG0180004924.01.T01:CDS
GTTCTTGAATTGTCCGAAAA+AGG 0.221417 1:-84463753 MsG0180004924.01.T01:CDS
CATTGATTCTGATTAGTAAA+TGG 0.233285 1:-84462087 MsG0180004924.01.T01:exon
GCTCCTGAGTACTTGCTTCA+TGG 0.267103 1:-84462655 MsG0180004924.01.T01:CDS
AGAATCCAAAGTAGGTTCTT+TGG 0.275373 1:+84464465 None:intergenic
GGAACTCCTGATGAAATTAT+AGG 0.290408 1:-84463870 MsG0180004924.01.T01:CDS
GAAATTTACTACAATAAGTT+TGG 0.311085 1:-84463987 MsG0180004924.01.T01:CDS
AGAAAGTACCATGGTGTATT+AGG 0.317846 1:-84463440 MsG0180004924.01.T01:CDS
TGGTAACTGTTTCTTTGATC+TGG 0.321335 1:+84464375 None:intergenic
TAATCCTCAAGAACTGTAAT+AGG 0.347438 1:+84464520 None:intergenic
CTTGAGAATTGTCCATTAAG+AGG 0.347615 1:+84464331 None:intergenic
TTTGGTGCAGAAAATTTGAT+TGG 0.352474 1:-84463969 MsG0180004924.01.T01:CDS
ATTCTTCCGAAAAGTATTTC+AGG 0.368893 1:-84462117 MsG0180004924.01.T01:CDS
CAAAATGGCTGCCAGAGAAT+TGG 0.386419 1:-84462837 MsG0180004924.01.T01:CDS
ATTGCTACTAATCGATGATT+AGG 0.387029 1:+84463909 None:intergenic
AATGAATGCCACCTTGAAAC+AGG 0.395198 1:+84464415 None:intergenic
AGTCTAGCTTCAGTGCTATA+TGG 0.400315 1:-84463729 MsG0180004924.01.T01:intron
TTCTTCCAAAGAACCTACTT+TGG 0.405354 1:-84464470 MsG0180004924.01.T01:CDS
CCAACCAGCTTAGCAGTATT+CGG 0.406447 1:+84463804 None:intergenic
ATTAGGCAGAAAATTGCATT+AGG 0.411119 1:-84463423 MsG0180004924.01.T01:CDS
AAAACAGATGTATTTGCATT+TGG 0.412656 1:-84462619 MsG0180004924.01.T01:CDS
TAGCAGGTGAATTTGACTTT+AGG 0.424038 1:-84462376 MsG0180004924.01.T01:CDS
GGAAATTGTGATTAATGAAT+GGG 0.424201 1:-84462061 MsG0180004924.01.T01:three_prime_UTR
TGGAAATTGTGATTAATGAA+TGG 0.437193 1:-84462062 MsG0180004924.01.T01:three_prime_UTR
TTTATCCGAACTTGGTGTAA+TGG 0.442014 1:-84463841 MsG0180004924.01.T01:CDS
CATAACGTTTCAAAATTTGA+AGG 0.449035 1:-84462808 MsG0180004924.01.T01:CDS
ACATTTCAAAACCTGTTTCA+AGG 0.455281 1:-84464426 MsG0180004924.01.T01:CDS
CGGAAACCTCAGTTGCTTCA+AGG 0.465321 1:-84462162 MsG0180004924.01.T01:CDS
ACACCATGGTACTTTCTCCT+TGG 0.465460 1:+84463446 None:intergenic
GAAAATTTGATTGGAAAAGG+TGG 0.472348 1:-84463960 MsG0180004924.01.T01:CDS
CACAGAGGACTTTGAGCCTC+AGG 0.474092 1:-84463316 MsG0180004924.01.T01:intron
TGGCAAACGAGATTTCTTCA+TGG 0.478993 1:+84462139 None:intergenic
ATGCGCCATTACACCAAGTT+CGG 0.479872 1:+84463836 None:intergenic
AAGTCTCCTATAATTTCATC+AGG 0.483562 1:+84463864 None:intergenic
CTAGTAGATCCTTCACTAGC+AGG 0.494503 1:-84462392 MsG0180004924.01.T01:CDS
TTATGATGAGTCCAATTCTC+TGG 0.496680 1:+84462826 None:intergenic
CCATCCGAATACTGCTAAGC+TGG 0.497584 1:-84463808 MsG0180004924.01.T01:CDS
TCTTCTGACATTAGGTTCCA+AGG 0.498662 1:-84463463 MsG0180004924.01.T01:intron
ACTGCTAAGCTGGTTGGCTA+TGG 0.503522 1:-84463798 MsG0180004924.01.T01:CDS
TTTGCAAGAGTGAGACAACT+TGG 0.503959 1:+84464274 None:intergenic
TCTCATGGAGGGACGGCGAA+TGG 0.507812 1:+84462304 None:intergenic
CTGGTTGGCTATGGAGTGGA+TGG 0.509150 1:-84463789 MsG0180004924.01.T01:CDS
ATCGATTAGTAGCAATCAAA+CGG 0.513687 1:-84463902 MsG0180004924.01.T01:CDS
TTCACCTATTACAGTTCTTG+AGG 0.517796 1:-84464524 MsG0180004924.01.T01:CDS
GCAGAAAATTTGATTGGAAA+AGG 0.517903 1:-84463963 MsG0180004924.01.T01:CDS
TCGCCGTCCCTCCATGAGAC+AGG 0.519411 1:-84462300 MsG0180004924.01.T01:intron
ATTCTGATTAGTAAATGGAA+TGG 0.519449 1:-84462082 MsG0180004924.01.T01:exon
GGATGATTCAAATTCAATGC+AGG 0.540270 1:+84464352 None:intergenic
CCGAATACTGCTAAGCTGGT+TGG 0.550761 1:-84463804 MsG0180004924.01.T01:CDS
CCAGCTTAGCAGTATTCGGA+TGG 0.557343 1:+84463808 None:intergenic
CAGATGACATACCTGTCTCA+TGG 0.561464 1:+84462289 None:intergenic
GAAGAATGAGCAGAAGCATG+AGG 0.562080 1:-84464309 MsG0180004924.01.T01:CDS
TGCTATTAGAATTAGTCAGT+GGG 0.567251 1:-84462591 MsG0180004924.01.T01:CDS
ATTGCATTAGGAACAGCAAA+GGG 0.575882 1:-84463411 MsG0180004924.01.T01:CDS
TCAAATTCACCTGCTAGTGA+AGG 0.578261 1:+84462383 None:intergenic
TCATGGCCTTGAAGCAACTG+AGG 0.581401 1:+84462156 None:intergenic
AATTGCATTAGGAACAGCAA+AGG 0.593767 1:-84463412 MsG0180004924.01.T01:CDS
TTGCTATTAGAATTAGTCAG+TGG 0.594901 1:-84462592 MsG0180004924.01.T01:CDS
TGAGACTCAGAATCCAAAGT+AGG 0.604529 1:+84464457 None:intergenic
AAGAATGAGCAGAAGCATGA+GGG 0.612900 1:-84464308 MsG0180004924.01.T01:CDS
GCAATCAAACGGTTAACAAG+AGG 0.613938 1:-84463891 MsG0180004924.01.T01:CDS
GTTGGCTATGGAGTGGATGG+AGG 0.614683 1:-84463786 MsG0180004924.01.T01:CDS
ATGCCATGAAGCAAGTACTC+AGG 0.616565 1:+84462652 None:intergenic
GAAACTATACCCACAAAACA+AGG 0.617127 1:+84462539 None:intergenic
GGGTATATTATATCTTCATG+AGG 0.617442 1:-84463391 MsG0180004924.01.T01:CDS
CATGGAGGGACGGCGAATGG+AGG 0.620395 1:+84462307 None:intergenic
TAGGTTGTGCAGCTTCTGAA+CGG 0.623043 1:-84462182 MsG0180004924.01.T01:CDS
GAAGCAAGTACTCAGGAGCA+AGG 0.624971 1:+84462659 None:intergenic
TGCAAATATCTTGCTCACAG+AGG 0.629727 1:-84463331 MsG0180004924.01.T01:CDS
ATACCTGTCTCATGGAGGGA+CGG 0.631387 1:+84462297 None:intergenic
GTAGCATATAGTGCATACCT+TGG 0.642087 1:+84464173 None:intergenic
TGACATACCTGTCTCATGGA+GGG 0.646591 1:+84462293 None:intergenic
TGATTCAAATTCAATGCAGG+TGG 0.649050 1:+84464355 None:intergenic
GGTATATTATATCTTCATGA+GGG 0.649539 1:-84463390 MsG0180004924.01.T01:CDS
ATGACATACCTGTCTCATGG+AGG 0.676435 1:+84462292 None:intergenic
TAAGCTGGTTGGCTATGGAG+TGG 0.684162 1:-84463793 MsG0180004924.01.T01:CDS
TTTCAAAACCTGTTTCAAGG+TGG 0.685394 1:-84464423 MsG0180004924.01.T01:CDS
CAACACCTTGTAGATCACCA+TGG 0.710055 1:-84464243 MsG0180004924.01.T01:CDS
GGTTATGCTGAAGTGTACAA+AGG 0.743098 1:-84463939 MsG0180004924.01.T01:CDS
GTTCCAAGGAGAAAGTACCA+TGG 0.757693 1:-84463449 MsG0180004924.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
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!!! ACATTTAATATTTTCTTTTA+GGG - Chr1:84463446-84463465 MsG0180004924.01.T01:CDS 10.0%
!!! CTTTCTTTTAATATTTTTTT+GGG - Chr1:84463650-84463669 MsG0180004924.01.T01:intron 10.0%
!!! TTTTATTAGATTTGTTATTA+AGG - Chr1:84462496-84462515 MsG0180004924.01.T01:intron 10.0%
!! CCAAAAAAATATTAAAAGAA+AGG + Chr1:84463652-84463671 None:intergenic 15.0%
!! CTAAAAGAAAATATTAAATG+TGG + Chr1:84463447-84463466 None:intergenic 15.0%
!! GAGTTAATTAATATACTAAT+GGG + Chr1:84463821-84463840 None:intergenic 15.0%
!! TGAGTTAATTAATATACTAA+TGG + Chr1:84463822-84463841 None:intergenic 15.0%
!!! AAAATTGTATTTTGTCTATA+AGG + Chr1:84463291-84463310 None:intergenic 15.0%
!!! ATAGACAAAATACAATTTTT+TGG - Chr1:84463292-84463311 MsG0180004924.01.T01:intron 15.0%
!!! ATTTGATTAAAAAAAGTACA+CGG + Chr1:84463040-84463059 None:intergenic 15.0%
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!!! CCTTTCTTTTAATATTTTTT+TGG - Chr1:84463649-84463668 MsG0180004924.01.T01:intron 15.0%
!!! TACAGTAATAATTAATTTGA+AGG + Chr1:84463769-84463788 None:intergenic 15.0%
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!! GAAATTTACTACAATAAGTT+TGG - Chr1:84462547-84462566 MsG0180004924.01.T01:intron 20.0%
!! TTTATCTATCGATATAAGAA+TGG - Chr1:84464276-84464295 MsG0180004924.01.T01:CDS 20.0%
!!! AAACACAAAATTTTGTACTT+TGG - Chr1:84464522-84464541 MsG0180004924.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATATCATTCTTTTTCAACAA+AGG + Chr1:84464115-84464134 None:intergenic 20.0%
!!! TAAATGTAGAAACTTTTTGT+TGG + Chr1:84463589-84463608 None:intergenic 20.0%
!!! TCTGTAATAGTAAAATTTTG+TGG - Chr1:84463792-84463811 MsG0180004924.01.T01:CDS 20.0%
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! AATTTGAATCATCCTCTTAA+TGG - Chr1:84462191-84462210 MsG0180004924.01.T01:intron 25.0%
! ACACAAATATAGGCAATTAT+TGG + Chr1:84462901-84462920 None:intergenic 25.0%
! ATTCTGATTAGTAAATGGAA+TGG - Chr1:84464452-84464471 MsG0180004924.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGATTGCACAAATCTTAA+TGG + Chr1:84463528-84463547 None:intergenic 25.0%
! CATAACGTTTCAAAATTTGA+AGG - Chr1:84463726-84463745 MsG0180004924.01.T01:intron 25.0%
! GGAAATTGTGATTAATGAAT+GGG - Chr1:84464473-84464492 MsG0180004924.01.T01:CDS 25.0%
! GGTATATTATATCTTCATGA+GGG - Chr1:84463144-84463163 MsG0180004924.01.T01:intron 25.0%
! TATGTTCATGTTGTAAGATT+AGG - Chr1:84464040-84464059 MsG0180004924.01.T01:intron 25.0%
! TCTTCATCTAACACAAATAT+AGG + Chr1:84462911-84462930 None:intergenic 25.0%
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! TGGAAATTGTGATTAATGAA+TGG - Chr1:84464472-84464491 MsG0180004924.01.T01:CDS 25.0%
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!! TCAAAATTTGAAGGAACTTT+TGG - Chr1:84463735-84463754 MsG0180004924.01.T01:CDS 25.0%
!!! CATTGATTCTGATTAGTAAA+TGG - Chr1:84464447-84464466 MsG0180004924.01.T01:CDS 25.0%
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AAGTCTCCTATAATTTCATC+AGG + Chr1:84462673-84462692 None:intergenic 30.0%
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CATACCTTGGCTAAAATTAT+TGG + Chr1:84462351-84462370 None:intergenic 30.0%
GAAAATTTGATTGGAAAAGG+TGG - Chr1:84462574-84462593 MsG0180004924.01.T01:CDS 30.0%
GCAGAAAATTTGATTGGAAA+AGG - Chr1:84462571-84462590 MsG0180004924.01.T01:CDS 30.0%
GGGTATATTATATCTTCATG+AGG - Chr1:84463143-84463162 MsG0180004924.01.T01:intron 30.0%
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! TGATGAGAAAAGATTTTCCA+TGG + Chr1:84462311-84462330 None:intergenic 30.0%
! TTGCTATTAGAATTAGTCAG+TGG - Chr1:84463942-84463961 MsG0180004924.01.T01:CDS 30.0%
! TTTGGTGCAGAAAATTTGAT+TGG - Chr1:84462565-84462584 MsG0180004924.01.T01:CDS 30.0%
!! ATTCTTCCGAAAAGTATTTC+AGG - Chr1:84464417-84464436 MsG0180004924.01.T01:CDS 30.0%
!! TATTTCTGAAGTTAGCTTAG+TGG - Chr1:84462955-84462974 MsG0180004924.01.T01:intron 30.0%
!!! AGTCGTTAAGTTAGTTTTCA+GGG - Chr1:84462409-84462428 MsG0180004924.01.T01:CDS 30.0%
!!! TAGTCGTTAAGTTAGTTTTC+AGG - Chr1:84462408-84462427 MsG0180004924.01.T01:CDS 30.0%
AATTGCATTAGGAACAGCAA+AGG - Chr1:84463122-84463141 MsG0180004924.01.T01:intron 35.0%
ACTCATTACCTTGTGCTTTA+AGG - Chr1:84463609-84463628 MsG0180004924.01.T01:intron 35.0%
AGAATCCAAAGTAGGTTCTT+TGG + Chr1:84462072-84462091 None:intergenic 35.0%
ATTGCATTAGGAACAGCAAA+GGG - Chr1:84463123-84463142 MsG0180004924.01.T01:intron 35.0%
CTTGAGAATTGTCCATTAAG+AGG + Chr1:84462206-84462225 None:intergenic 35.0%
GAAACTATACCCACAAAACA+AGG + Chr1:84463998-84464017 None:intergenic 35.0%
GGAACTCCTGATGAAATTAT+AGG - Chr1:84462664-84462683 MsG0180004924.01.T01:CDS 35.0%
GGATGATTCAAATTCAATGC+AGG + Chr1:84462185-84462204 None:intergenic 35.0%
GTGATGTAGAAAGAGAGATT+TGG + Chr1:84463343-84463362 None:intergenic 35.0%
GTTCTTGAATTGTCCGAAAA+AGG - Chr1:84462781-84462800 MsG0180004924.01.T01:intron 35.0%
TGATTCAAATTCAATGCAGG+TGG + Chr1:84462182-84462201 None:intergenic 35.0%
TGTTGTAAGATTAGGACTCT+AGG - Chr1:84464048-84464067 MsG0180004924.01.T01:intron 35.0%
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TTTCAAAACCTGTTTCAAGG+TGG - Chr1:84462111-84462130 MsG0180004924.01.T01:CDS 35.0%
! ATTTTCCATGGTGATCTACA+AGG + Chr1:84462299-84462318 None:intergenic 35.0%
! ATTTTCTGCCTAATACACCA+TGG + Chr1:84463105-84463124 None:intergenic 35.0%
! TAGCAGGTGAATTTGACTTT+AGG - Chr1:84464158-84464177 MsG0180004924.01.T01:CDS 35.0%
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! TGGTAACTGTTTCTTTGATC+TGG + Chr1:84462162-84462181 None:intergenic 35.0%
! TTGCAGCTTTTATATCTCTG+TGG + Chr1:84463188-84463207 None:intergenic 35.0%
!! AGAAAGTACCATGGTGTATT+AGG - Chr1:84463094-84463113 MsG0180004924.01.T01:intron 35.0%
!! CATGTTAACTTGTGTCCTAA+GGG - Chr1:84463470-84463489 MsG0180004924.01.T01:intron 35.0%
!! GCAACCAATAATTTTAGCCA+AGG - Chr1:84462344-84462363 MsG0180004924.01.T01:CDS 35.0%
!! GCCTGAAAGTATCATTTAAG+AGG + Chr1:84464088-84464107 None:intergenic 35.0%
!! TCATGTTAACTTGTGTCCTA+AGG - Chr1:84463469-84463488 MsG0180004924.01.T01:intron 35.0%
!! TTTATCCGAACTTGGTGTAA+TGG - Chr1:84462693-84462712 MsG0180004924.01.T01:intron 35.0%
!!! ACAACAAAGCCTTGTTTTGT+GGG - Chr1:84463986-84464005 MsG0180004924.01.T01:CDS 35.0%
AAAGGATCACGAGACAAGAA+AGG + Chr1:84463365-84463384 None:intergenic 40.0%
AATGAATGCCACCTTGAAAC+AGG + Chr1:84462122-84462141 None:intergenic 40.0%
ACTTGTGTCCTTAAAGCACA+AGG + Chr1:84463620-84463639 None:intergenic 40.0%
ATTGCTTAACATGTGCCCTT+AGG + Chr1:84463488-84463507 None:intergenic 40.0%
GCAATCAAACGGTTAACAAG+AGG - Chr1:84462643-84462662 MsG0180004924.01.T01:CDS 40.0%
GGTTATGCTGAAGTGTACAA+AGG - Chr1:84462595-84462614 MsG0180004924.01.T01:CDS 40.0%
GTAGCATATAGTGCATACCT+TGG + Chr1:84462364-84462383 None:intergenic 40.0%
TCAAATTCACCTGCTAGTGA+AGG + Chr1:84464154-84464173 None:intergenic 40.0%
TCTTCTGACATTAGGTTCCA+AGG - Chr1:84463071-84463090 MsG0180004924.01.T01:intron 40.0%
TGAGACTCAGAATCCAAAGT+AGG + Chr1:84462080-84462099 None:intergenic 40.0%
TGCAAATATCTTGCTCACAG+AGG - Chr1:84463203-84463222 MsG0180004924.01.T01:intron 40.0%
TGGCAAACGAGATTTCTTCA+TGG + Chr1:84464398-84464417 None:intergenic 40.0%
TTTGCAAGAGTGAGACAACT+TGG + Chr1:84462263-84462282 None:intergenic 40.0%
! AAGAATGAGCAGAAGCATGA+GGG - Chr1:84462226-84462245 MsG0180004924.01.T01:intron 40.0%
! AGTCTAGCTTCAGTGCTATA+TGG - Chr1:84462805-84462824 MsG0180004924.01.T01:CDS 40.0%
! GGAGACTTTTTATCCGAACT+TGG - Chr1:84462685-84462704 MsG0180004924.01.T01:intron 40.0%
! TTACGAGAGTTTCACCGTTT+TGG - Chr1:84464327-84464346 MsG0180004924.01.T01:CDS 40.0%
!! AGGGTTTGAACTTTGAAACC+AGG - Chr1:84462428-84462447 MsG0180004924.01.T01:CDS 40.0%
!!! CACAACAAAGCCTTGTTTTG+TGG - Chr1:84463985-84464004 MsG0180004924.01.T01:CDS 40.0%
!!! GTGATTTTGGGCTAGCAAAA+TGG - Chr1:84463682-84463701 MsG0180004924.01.T01:intron 40.0%
ACACCATGGTACTTTCTCCT+TGG + Chr1:84463091-84463110 None:intergenic 45.0%
ATGACATACCTGTCTCATGG+AGG + Chr1:84464245-84464264 None:intergenic 45.0%
ATGCCATGAAGCAAGTACTC+AGG + Chr1:84463885-84463904 None:intergenic 45.0%
ATGCGCCATTACACCAAGTT+CGG + Chr1:84462701-84462720 None:intergenic 45.0%
CAAAATGGCTGCCAGAGAAT+TGG - Chr1:84463697-84463716 MsG0180004924.01.T01:intron 45.0%
CAACACCTTGTAGATCACCA+TGG - Chr1:84462291-84462310 MsG0180004924.01.T01:intron 45.0%
CAGATGACATACCTGTCTCA+TGG + Chr1:84464248-84464267 None:intergenic 45.0%
CCAACCAGCTTAGCAGTATT+CGG + Chr1:84462733-84462752 None:intergenic 45.0%
CTAGTAGATCCTTCACTAGC+AGG - Chr1:84464142-84464161 MsG0180004924.01.T01:intron 45.0%
CTGCACAACCTACACCAAAA+CGG + Chr1:84464344-84464363 None:intergenic 45.0%
TAGGTTGTGCAGCTTCTGAA+CGG - Chr1:84464352-84464371 MsG0180004924.01.T01:CDS 45.0%
TGACATACCTGTCTCATGGA+GGG + Chr1:84464244-84464263 None:intergenic 45.0%
! GAAGAATGAGCAGAAGCATG+AGG - Chr1:84462225-84462244 MsG0180004924.01.T01:intron 45.0%
! GGGCGCAGATTTGTGATTTT+GGG - Chr1:84463670-84463689 MsG0180004924.01.T01:intron 45.0%
! TGGGCGCAGATTTGTGATTT+TGG - Chr1:84463669-84463688 MsG0180004924.01.T01:intron 45.0%
!! CTCGGTTGGTGAATTAATCC+TGG + Chr1:84462449-84462468 None:intergenic 45.0%
!! GAGTTTCACCGTTTTGGTGT+AGG - Chr1:84464333-84464352 MsG0180004924.01.T01:CDS 45.0%
!! GTTCCAAGGAGAAAGTACCA+TGG - Chr1:84463085-84463104 MsG0180004924.01.T01:intron 45.0%
ATACCTGTCTCATGGAGGGA+CGG + Chr1:84464240-84464259 None:intergenic 50.0%
CCAGCTTAGCAGTATTCGGA+TGG + Chr1:84462729-84462748 None:intergenic 50.0%
CCATCCGAATACTGCTAAGC+TGG - Chr1:84462726-84462745 MsG0180004924.01.T01:intron 50.0%
CCGAATACTGCTAAGCTGGT+TGG - Chr1:84462730-84462749 MsG0180004924.01.T01:intron 50.0%
CGGAAACCTCAGTTGCTTCA+AGG - Chr1:84464372-84464391 MsG0180004924.01.T01:CDS 50.0%
GAAGCAAGTACTCAGGAGCA+AGG + Chr1:84463878-84463897 None:intergenic 50.0%
GCTCCTGAGTACTTGCTTCA+TGG - Chr1:84463879-84463898 MsG0180004924.01.T01:CDS 50.0%
! ACTGCTAAGCTGGTTGGCTA+TGG - Chr1:84462736-84462755 MsG0180004924.01.T01:intron 50.0%
! TAAGCTGGTTGGCTATGGAG+TGG - Chr1:84462741-84462760 MsG0180004924.01.T01:intron 50.0%
! TCATGGCCTTGAAGCAACTG+AGG + Chr1:84464381-84464400 None:intergenic 50.0%
ACCAACCGAGCTTTCTGCGT+GGG - Chr1:84462459-84462478 MsG0180004924.01.T01:intron 55.0%
CACAGAGGACTTTGAGCCTC+AGG - Chr1:84463218-84463237 MsG0180004924.01.T01:intron 55.0%
GTTGGCTATGGAGTGGATGG+AGG - Chr1:84462748-84462767 MsG0180004924.01.T01:intron 55.0%
TGTGTCCCACGCAGAAAGCT+CGG + Chr1:84462467-84462486 None:intergenic 55.0%
! CTGGTTGGCTATGGAGTGGA+TGG - Chr1:84462745-84462764 MsG0180004924.01.T01:intron 55.0%
CACCAACCGAGCTTTCTGCG+TGG - Chr1:84462458-84462477 MsG0180004924.01.T01:intron 60.0%
TCCCACGCAGAAAGCTCGGT+TGG + Chr1:84462463-84462482 None:intergenic 60.0%
TCTCATGGAGGGACGGCGAA+TGG + Chr1:84464233-84464252 None:intergenic 60.0%
CATGGAGGGACGGCGAATGG+AGG + Chr1:84464230-84464249 None:intergenic 65.0%
TCGCCGTCCCTCCATGAGAC+AGG - Chr1:84464234-84464253 MsG0180004924.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 84461993 84464563 84461993 ID=MsG0180004924.01;Name=MsG0180004924.01
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Gene Sequence

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Protein sequence

>MsG0180004924.01.T01

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