AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039405.01


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MsG0780039405.01.T02 AT3G06630 37.500 104 45 4 87 189 558 642 3.72e-12 65.9
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MsG0780039405.01.T02 AT1G53570 29.412 136 78 3 91 226 344 461 2.25e-11 63.5
MsG0780039405.01.T02 AT1G53570 29.412 136 78 3 91 226 344 461 2.32e-11 63.5
MsG0780039405.01.T02 AT1G53570 29.412 136 78 3 91 226 344 461 2.36e-11 63.5
MsG0780039405.01.T02 AT1G53570 29.412 136 78 3 91 226 344 461 2.36e-11 63.5
MsG0780039405.01.T02 AT2G42640 31.579 133 67 4 87 218 612 721 4.72e-11 62.4
MsG0780039405.01.T02 AT2G42640 31.579 133 67 4 87 218 650 759 4.82e-11 62.4

Find 28 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 217 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AGGAATTGGGGTGTAGTTTA+AGG 0.141820 7:+63568521 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
ATGAGCACCTTCACCAATTT+TGG 0.146701 7:-63568698 None:intergenic
CTCTTTATTGGCTCCAAAAT+TGG 0.159366 7:+63568685 MsG0780039405.01.T02:CDS
GATCCTAAATTGCTCTTTAT+TGG 0.188463 7:+63568673 MsG0780039405.01.T02:CDS
GAGCCAATAAAGAGCAATTT+AGG 0.190730 7:-63568676 None:intergenic
GGGAAAGAAGAAATTTATTA+TGG 0.231531 7:+63568288 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
AACAAGATAAAGGGCAAGTT+TGG 0.299834 7:+63568449 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
TATTATTATTATTACATCAT+AGG 0.306377 7:-63568327 None:intergenic
TACAATTGATGAGAATCTTC+TGG 0.334539 7:+63568648 MsG0780039405.01.T02:exon
ATTTGTGGAAAACAAGATAA+AGG 0.351635 7:+63568439 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
TTTGTGGAAAACAAGATAAA+GGG 0.382816 7:+63568440 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
GAAAAGTCAGTGAGGTCAAA+TGG 0.400844 7:+63568602 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
TGGTGATTGAAATGAGGAAT+TGG 0.413656 7:+63568507 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
GATAAAGGGCAAGTTTGGTT+TGG 0.422127 7:+63568454 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
GGTGATTGAAATGAGGAATT+GGG 0.432216 7:+63568508 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
GTTACAAGCACAAGACCTTT+CGG 0.437068 7:-63568217 None:intergenic
ACATAGAAGTTGTTGAAGAG+AGG 0.489038 7:+63568573 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
AAAAGTCAGTGAGGTCAAAT+GGG 0.506452 7:+63568603 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
CATAGAAGTTGTTGAAGAGA+GGG 0.507025 7:+63568574 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
ATGGAAAAGTTTATCAAGGA+AGG 0.516080 7:+63568719 MsG0780039405.01.T02:CDS
AAAATTGGTGAAGGTGCTCA+TGG 0.527411 7:+63568700 MsG0780039405.01.T02:CDS
GCTCATGGAAAAGTTTATCA+AGG 0.533561 7:+63568715 MsG0780039405.01.T02:CDS
AACTGAAGAGTTTGAAACAA+AGG 0.557080 7:+63568237 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
ATTGGCTCCAAAATTGGTGA+AGG 0.564896 7:+63568691 MsG0780039405.01.T02:CDS
GCAGAATGAGTTTCAGAGAG+AGG 0.574187 7:+63568549 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
TTTAGATGAACTGCACCGAA+AGG 0.600194 7:+63568202 MsG0780039405.01.T02:intron
GTGATTGAAATGAGGAATTG+GGG 0.642340 7:+63568509 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR
GGGAATGTGAAAAGTCAGTG+AGG 0.734144 7:+63568594 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TTATTAATTATTTTTTTATT+GGG + Chr7:63568145-63568164 MsG0780039405.01.T02:intron 0.0%
!!! TTTATTAATTATTTTTTTAT+TGG + Chr7:63568144-63568163 MsG0780039405.01.T02:intron 0.0%
!! TATTATTATTATTACATCAT+AGG - Chr7:63568330-63568349 None:intergenic 10.0%
!!! TTAAGTTTGAAATAATAAAA+AGG + Chr7:63570591-63570610 MsG0780039405.01.T02:intron 10.0%
!!! TAATTTTATTATTGTTTGGT+TGG + Chr7:63568378-63568397 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 15.0%
!! TAAAGTTTAATTCTTAACAC+AGG - Chr7:63571449-63571468 None:intergenic 20.0%
!!! AAATGTTTTCCCTATAAAAT+TGG - Chr7:63568107-63568126 None:intergenic 20.0%
!!! ATTTTGAAAAGTTATGCTTT+TGG + Chr7:63568411-63568430 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 20.0%
!!! ATTTTGATGAAGAAGATATT+TGG - Chr7:63567965-63567984 None:intergenic 20.0%
!!! CATATTTTTTTCTTTCTTTC+TGG + Chr7:63570225-63570244 MsG0780039405.01.T02:intron 20.0%
!!! GATATATCATCAGAAATTTT+CGG - Chr7:63570942-63570961 None:intergenic 20.0%
!!! TATCTAATGGTAATAGTTTT+TGG + Chr7:63569637-63569656 MsG0780039405.01.T02:intron 20.0%
!!! TTACCTATACCAATTTTATA+GGG + Chr7:63568095-63568114 MsG0780039405.01.T02:intron 20.0%
!!! TTTTGAAAAGTTATGCTTTT+GGG + Chr7:63568412-63568431 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 20.0%
! ACAATTTGATCTAACATATC+TGG - Chr7:63569056-63569075 None:intergenic 25.0%
! ACTGTCATATAGAAATTCTA+TGG - Chr7:63570272-63570291 None:intergenic 25.0%
! AGAAAAACACTATAACAACA+AGG + Chr7:63570337-63570356 MsG0780039405.01.T02:CDS 25.0%
! ATTTGTGGAAAACAAGATAA+AGG + Chr7:63568439-63568458 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 25.0%
! CTACATATACATAACAATAC+CGG - Chr7:63569543-63569562 None:intergenic 25.0%
! CTATGGATACAAGTATTATT+AGG - Chr7:63570255-63570274 None:intergenic 25.0%
! CTATGTTATATGTATGTGAT+TGG + Chr7:63569253-63569272 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
! CTCGTATAATCTGTAATTTA+TGG + Chr7:63570196-63570215 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
! GAGATCATTATTTATATCAG+AGG - Chr7:63569285-63569304 None:intergenic 25.0%
! GGGAAAGAAGAAATTTATTA+TGG + Chr7:63568288-63568307 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 25.0%
! TAATAGCAGAAGTTAAATTG+AGG + Chr7:63569663-63569682 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
! TACATATACATAACAATACC+GGG - Chr7:63569542-63569561 None:intergenic 25.0%
! TTTCCCTATAAAATTGGTAT+AGG - Chr7:63568101-63568120 None:intergenic 25.0%
! TTTCGAATTTAATACCTTGA+AGG - Chr7:63570459-63570478 None:intergenic 25.0%
! TTTGTGGAAAACAAGATAAA+GGG + Chr7:63568440-63568459 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 25.0%
!! AACAACATTCTATTCTTTTG+TGG - Chr7:63571334-63571353 None:intergenic 25.0%
!! ACAAAAGTTTTTGTTAGGAA+AGG - Chr7:63570737-63570756 None:intergenic 25.0%
!! AGCAAATTTTTGCAAGTTAT+TGG + Chr7:63570859-63570878 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
!! ATCAATTGATCTTGTTGTAA+AGG + Chr7:63571403-63571422 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 25.0%
!! ATCTTTATTCTTTTTGAACC+AGG + Chr7:63570709-63570728 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
!! CTTACCTATACCAATTTTAT+AGG + Chr7:63568094-63568113 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
!! GATTCAACAAAGTTTTACAT+TGG - Chr7:63570001-63570020 None:intergenic 25.0%
!! GCAAATTTTTGCAAGTTATT+GGG + Chr7:63570860-63570879 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
!! GCTATTTGTTAATCATGAAA+TGG + Chr7:63570888-63570907 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
!! TAAGTATTGTGAGATTGTTT+AGG + Chr7:63568792-63568811 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
!! TCTTTATTCTTTTTGAACCA+GGG + Chr7:63570710-63570729 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
!! TGTTGTAGTTGAAAATTTTG+TGG + Chr7:63568487-63568506 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 25.0%
!! TTTGAAAAGTTATGCTTTTG+GGG + Chr7:63568413-63568432 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 25.0%
!! TTTGCACAAAAGTTTTTGTT+AGG - Chr7:63570742-63570761 None:intergenic 25.0%
!!! TATCCTTTTGAAGAAATAAC+TGG - Chr7:63571195-63571214 None:intergenic 25.0%
!!! TATTCGTTTTTGCAGTTTAT+CGG + Chr7:63569333-63569352 MsG0780039405.01.T02:intron 25.0%
AAAAGTTTGATCACGAAGTT+CGG - Chr7:63570663-63570682 None:intergenic 30.0%
AAATTGGACATTCCTTCAAA+AGG - Chr7:63570416-63570435 None:intergenic 30.0%
AACATGTGTAACTAACTCTA+TGG + Chr7:63568023-63568042 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 30.0%
AATTTCTCTACAATGATTGG+AGG + Chr7:63570760-63570779 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
ACATGAATGTCTAAAGGATT+AGG - Chr7:63569441-63569460 None:intergenic 30.0%
AGAGCAAGGAAAAAACAAAA+AGG + Chr7:63571369-63571388 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 30.0%
ATAGCTACATGAATGTCTAA+AGG - Chr7:63569447-63569466 None:intergenic 30.0%
ATAGTTACTGATAAGTGGAT+TGG + Chr7:63570549-63570568 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
ATGGAAAAGTTTATCAAGGA+AGG + Chr7:63568719-63568738 MsG0780039405.01.T02:CDS 30.0%
ATTAAACTGTGTATCCAAAC+AGG + Chr7:63568979-63568998 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
CAATTAGGAATATTTGGGTA+TGG + Chr7:63570523-63570542 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
CCTCTCAATTAGGAATATTT+GGG + Chr7:63570518-63570537 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
CTGATTGATGAATAAACACT+CGG - Chr7:63570485-63570504 None:intergenic 30.0%
GATCCTAAATTGCTCTTTAT+TGG + Chr7:63568673-63568692 MsG0780039405.01.T02:CDS 30.0%
GCAAATTTCTCTACAATGAT+TGG + Chr7:63570757-63570776 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
GCAGGAAAAAAATTCAGTAA+TGG - Chr7:63571141-63571160 None:intergenic 30.0%
GCTGTTTAAATAAGCTATAC+TGG - Chr7:63568881-63568900 None:intergenic 30.0%
GTTAGAACATTGCTATCTAA+TGG + Chr7:63569624-63569643 MsG0780039405.01.T02:CDS 30.0%
GTTATATTTGCCTCTCAATT+AGG + Chr7:63570508-63570527 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
TACAATTGATGAGAATCTTC+TGG + Chr7:63568648-63568667 MsG0780039405.01.T02:exon 30.0%
TAGCAAAACGAAATGGTAAA+AGG - Chr7:63571242-63571261 None:intergenic 30.0%
TATACTGTAGCAAAACGAAA+TGG - Chr7:63571249-63571268 None:intergenic 30.0%
TGTTATATGTATGTGATTGG+TGG + Chr7:63569256-63569275 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
TTAAACTGTGTATCCAAACA+GGG + Chr7:63568980-63568999 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
TTTGAGCTTCATTGTAAAGT+TGG + Chr7:63571474-63571493 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 30.0%
TTTGTTCATACAATCATGCT+GGG + Chr7:63570974-63570993 MsG0780039405.01.T02:CDS 30.0%
TTTGTTGAATCTCTATGACA+TGG + Chr7:63570010-63570029 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
! AACTGAAGAGTTTGAAACAA+AGG + Chr7:63568237-63568256 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 30.0%
! ATACATAGAGATCTAAAACC+CGG + Chr7:63569521-63569540 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
! ATTTTGTGGTGATTGAAATG+AGG + Chr7:63568501-63568520 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 30.0%
! TCTGTAAAACTTGCAGATTT+TGG + Chr7:63569773-63569792 MsG0780039405.01.T02:CDS 30.0%
! TTGTATGTAGACGTTTGTTA+TGG + Chr7:63569587-63569606 MsG0780039405.01.T02:intron 30.0%
!! ATAGACATTTTGAAAGAGCA+AGG + Chr7:63571355-63571374 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 30.0%
AAAAGTCAGTGAGGTCAAAT+GGG + Chr7:63568603-63568622 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 35.0%
AACAAGATAAAGGGCAAGTT+TGG + Chr7:63568449-63568468 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 35.0%
ACATAGAAGTTGTTGAAGAG+AGG + Chr7:63568573-63568592 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 35.0%
ATAGTTACAGAGCTATTACC+TGG + Chr7:63569381-63569400 MsG0780039405.01.T02:intron 35.0%
CAGTTGGAAACAACCATAAT+CGG + Chr7:63570637-63570656 MsG0780039405.01.T02:intron 35.0%
CATAGAAGTTGTTGAAGAGA+GGG + Chr7:63568574-63568593 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 35.0%
CATTAAGATAATCGCTGCAA+TGG - Chr7:63569201-63569220 None:intergenic 35.0%
CATTCATTGAGTAACCTCTA+AGG + Chr7:63571281-63571300 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 35.0%
CCATCATGACAATCTTGTAA+AGG + Chr7:63569169-63569188 MsG0780039405.01.T02:CDS 35.0%
CCCAAATATTCCTAATTGAG+AGG - Chr7:63570521-63570540 None:intergenic 35.0%
CCTTTACAAGATTGTCATGA+TGG - Chr7:63569172-63569191 None:intergenic 35.0%
CTTTGTTCATACAATCATGC+TGG + Chr7:63570973-63570992 MsG0780039405.01.T02:CDS 35.0%
GAATGTCTAAAGGATTAGGA+CGG - Chr7:63569437-63569456 None:intergenic 35.0%
GAGCCAATAAAGAGCAATTT+AGG - Chr7:63568679-63568698 None:intergenic 35.0%
GCCTCTCAATTAGGAATATT+TGG + Chr7:63570517-63570536 MsG0780039405.01.T02:intron 35.0%
GCTCATGGAAAAGTTTATCA+AGG + Chr7:63568715-63568734 MsG0780039405.01.T02:CDS 35.0%
GGTGATTGAAATGAGGAATT+GGG + Chr7:63568508-63568527 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 35.0%
GTGATTGAAATGAGGAATTG+GGG + Chr7:63568509-63568528 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 35.0%
GTGTTTATTCATCAATCAGC+TGG + Chr7:63570486-63570505 MsG0780039405.01.T02:intron 35.0%
TAGACCTTTCATGTTATGCA+TGG + Chr7:63570794-63570813 MsG0780039405.01.T02:intron 35.0%
TGAAGGAATGTCCAATTTAC+AGG + Chr7:63570418-63570437 MsG0780039405.01.T02:CDS 35.0%
TGGTGATTGAAATGAGGAAT+TGG + Chr7:63568507-63568526 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 35.0%
TGTATGAACAAAGCAAGATC+AGG - Chr7:63570966-63570985 None:intergenic 35.0%
! AGCAAACTTTTCCTTTGTTC+CGG - Chr7:63571164-63571183 None:intergenic 35.0%
! ATCTAAAATTGTGCTCTAGC+GGG + Chr7:63570127-63570146 MsG0780039405.01.T02:intron 35.0%
! CATCTAAAATTGTGCTCTAG+CGG + Chr7:63570126-63570145 MsG0780039405.01.T02:intron 35.0%
! CTCTTGAAAATCGTTTTGCA+CGG + Chr7:63569123-63569142 MsG0780039405.01.T02:CDS 35.0%
! TCTTGAAAATCGTTTTGCAC+GGG + Chr7:63569124-63569143 MsG0780039405.01.T02:CDS 35.0%
! TCTTGTTGTAAAGGACACAT+TGG + Chr7:63571412-63571431 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 35.0%
!! ACTGATAAGTGGATTGGTTA+TGG + Chr7:63570555-63570574 MsG0780039405.01.T02:intron 35.0%
!! CTCTTTATTGGCTCCAAAAT+TGG + Chr7:63568685-63568704 MsG0780039405.01.T02:CDS 35.0%
!! TCGCCAGTTATTTCTTCAAA+AGG + Chr7:63571189-63571208 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 35.0%
!! TGTAAAGTTGGTGTATGCAA+AGG + Chr7:63571486-63571505 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 35.0%
!!! ATAGCTTTGGGATTGTTTTG+TGG + Chr7:63570369-63570388 MsG0780039405.01.T02:CDS 35.0%
!!! CATATGCTAGCTACTTTTCA+GGG + Chr7:63568262-63568281 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 35.0%
!!! TACTGAATTTTTTTCCTGCC+CGG + Chr7:63571142-63571161 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 35.0%
!!! TAGCTTTGGGATTGTTTTGT+GGG + Chr7:63570370-63570389 MsG0780039405.01.T02:CDS 35.0%
AACGCCATGCATAACATGAA+AGG - Chr7:63570801-63570820 None:intergenic 40.0%
AAGCTATACTGGAGAGCTTA+TGG - Chr7:63568870-63568889 None:intergenic 40.0%
AAGGTTGACGTCTATAGCTT+TGG + Chr7:63570356-63570375 MsG0780039405.01.T02:CDS 40.0%
AGAGAAACTCATTGAGCATC+CGG - Chr7:63571041-63571060 None:intergenic 40.0%
AGCATAAGCAGCCTGTAAAT+TGG - Chr7:63570432-63570451 None:intergenic 40.0%
AGGAATTGGGGTGTAGTTTA+AGG + Chr7:63568521-63568540 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 40.0%
AGGTTGACGTCTATAGCTTT+GGG + Chr7:63570357-63570376 MsG0780039405.01.T02:CDS 40.0%
GAAAAGTCAGTGAGGTCAAA+TGG + Chr7:63568602-63568621 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 40.0%
GAAATGATGACTGCAGAAAC+AGG + Chr7:63569821-63569840 MsG0780039405.01.T02:CDS 40.0%
GATAAAGGGCAAGTTTGGTT+TGG + Chr7:63568454-63568473 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 40.0%
GGCTCATAGTTACTGATAAG+TGG + Chr7:63570544-63570563 MsG0780039405.01.T02:intron 40.0%
GTTACAAGCACAAGACCTTT+CGG - Chr7:63568220-63568239 None:intergenic 40.0%
TCTGTAACTATCACCATCAG+CGG - Chr7:63569372-63569391 None:intergenic 40.0%
TTTAGATGAACTGCACCGAA+AGG + Chr7:63568202-63568221 MsG0780039405.01.T02:intron 40.0%
! ACAAATCGCATGCCTTTTGA+AGG + Chr7:63570401-63570420 MsG0780039405.01.T02:CDS 40.0%
! ATCAAGGAAGGTTAGTTGCA+AGG + Chr7:63568731-63568750 MsG0780039405.01.T02:intron 40.0%
! ATGAGCACCTTCACCAATTT+TGG - Chr7:63568701-63568720 None:intergenic 40.0%
! ATTGGCTCCAAAATTGGTGA+AGG + Chr7:63568691-63568710 MsG0780039405.01.T02:CDS 40.0%
! ATTTGAGATTGCAGCAAGAG+AGG + Chr7:63570916-63570935 MsG0780039405.01.T02:intron 40.0%
! CACCAAAAGTGCATCATGAT+TGG - Chr7:63570154-63570173 None:intergenic 40.0%
! CGCTAGAGCACAATTTTAGA+TGG - Chr7:63570128-63570147 None:intergenic 40.0%
! GAAAGGTATGCTATGCATGA+TGG + Chr7:63571513-63571532 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 40.0%
! GCAAACTTTTCCTTTGTTCC+GGG - Chr7:63571163-63571182 None:intergenic 40.0%
! GTCCAATCATGATGCACTTT+TGG + Chr7:63570149-63570168 MsG0780039405.01.T02:intron 40.0%
! TATTTTCGCAGTGACATTCC+AGG - Chr7:63569402-63569421 None:intergenic 40.0%
! TTTTTGTTAGGAAAGGACCC+TGG - Chr7:63570730-63570749 None:intergenic 40.0%
!! AAAATTGGTGAAGGTGCTCA+TGG + Chr7:63568700-63568719 MsG0780039405.01.T02:CDS 40.0%
!! AAGTTTTACATTGGCTGTCG+AGG - Chr7:63569992-63570011 None:intergenic 40.0%
!! AATGCTGTGTAGCGTTGATT+CGG + Chr7:63571551-63571570 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 40.0%
!! GTGTATGCAAAGGTGTTGAA+AGG + Chr7:63571496-63571515 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 40.0%
!!! ATGCTTTTGGGGTTCATTTG+TGG + Chr7:63568424-63568443 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 40.0%
!!! GCATATGCTAGCTACTTTTC+AGG + Chr7:63568261-63568280 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 40.0%
AAAGCTCGGTCTCTCAAGTT+AGG - Chr7:63571008-63571027 None:intergenic 45.0%
AACAGGAACTTACCGATGGA+TGG + Chr7:63569838-63569857 MsG0780039405.01.T02:CDS 45.0%
ACGTCAGATAAGACCCTGTT+TGG - Chr7:63568996-63569015 None:intergenic 45.0%
AGAACCCGACAATGAACCTA+AGG + Chr7:63571092-63571111 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 45.0%
AGTACTGTAACACTGCGTCA+AGG + Chr7:63570312-63570331 MsG0780039405.01.T02:CDS 45.0%
ATTACTGTTGTTGCCGCCTT+AGG - Chr7:63571111-63571130 None:intergenic 45.0%
CAGAAACAGGAACTTACCGA+TGG + Chr7:63569834-63569853 MsG0780039405.01.T02:CDS 45.0%
CCAAAAAGACAGCATACCTC+TGG - Chr7:63569866-63569885 None:intergenic 45.0%
CCGGATTATCTGACAAAGCT+CGG - Chr7:63571022-63571041 None:intergenic 45.0%
CTATCAAAGTTCTGCAGCGT+GGG + Chr7:63569078-63569097 MsG0780039405.01.T02:CDS 45.0%
GCAGAATGAGTTTCAGAGAG+AGG + Chr7:63568549-63568568 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 45.0%
GGCGGCAACAACAGTAATAA+TGG + Chr7:63571113-63571132 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 45.0%
GGGAATGTGAAAAGTCAGTG+AGG + Chr7:63568594-63568613 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 45.0%
TGCATAGCAAGGCTATGCAT+AGG - Chr7:63569927-63569946 None:intergenic 45.0%
TTAGGTTCATTGTCGGGTTC+TGG - Chr7:63571093-63571112 None:intergenic 45.0%
! CATGTTATGCATGGCGTTGA+AGG + Chr7:63570803-63570822 MsG0780039405.01.T02:intron 45.0%
! CCGAGCTTTGTCAGATAATC+CGG + Chr7:63571019-63571038 MsG0780039405.01.T02:CDS 45.0%
! CCTTCTAGTTGTCACCTTAG+AGG - Chr7:63571298-63571317 None:intergenic 45.0%
! TCATTGTCGGGTTCTGGTAA+GGG - Chr7:63571087-63571106 None:intergenic 45.0%
! TGCATGATGGTGTGCATAGT+AGG + Chr7:63571526-63571545 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 45.0%
! TGGTCTTGCTAGAGAAGAGT+CGG + Chr7:63569793-63569812 MsG0780039405.01.T02:CDS 45.0%
! TTCATTGTCGGGTTCTGGTA+AGG - Chr7:63571088-63571107 None:intergenic 45.0%
!! CCAGAGGTATGCTGTCTTTT+TGG + Chr7:63569863-63569882 MsG0780039405.01.T02:intron 45.0%
!! CCTCTAAGGTGACAACTAGA+AGG + Chr7:63571295-63571314 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 45.0%
!!! CTAGCTACTTTTCAGGGTAG+GGG + Chr7:63568268-63568287 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 45.0%
!!! GCTAGCTACTTTTCAGGGTA+GGG + Chr7:63568267-63568286 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 45.0%
!!! TGCTAGCTACTTTTCAGGGT+AGG + Chr7:63568266-63568285 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 45.0%
!!! TTTTTTCCTGCCCGGAACAA+AGG + Chr7:63571150-63571169 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 45.0%
!!! TTTATAATTTTATTATTGTT+TGG + Chr7:63568374-63568393 MsG0780039405.01.T02:five_prime_UTR 5.0%
ACCCGACAATGAACCTAAGG+CGG + Chr7:63571095-63571114 MsG0780039405.01.T02:three_prime_UTR 50.0%
CATGGCTCGAGCGATATCAA+GGG - Chr7:63569478-63569497 None:intergenic 50.0%
GCAGTTTATCGGAGCATGCA+AGG + Chr7:63569344-63569363 MsG0780039405.01.T02:intron 50.0%
GCTATCAAAGTTCTGCAGCG+TGG + Chr7:63569077-63569096 MsG0780039405.01.T02:CDS 50.0%
TACATGTAGCCAACCCCACT+TGG + Chr7:63570056-63570075 MsG0780039405.01.T02:intron 50.0%
TAGCAAGGCTATGCATAGGC+AGG - Chr7:63569923-63569942 None:intergenic 50.0%
TCACGAAGTTCGGCCGATTA+TGG - Chr7:63570653-63570672 None:intergenic 50.0%
TCTGGTAAGGGAGGAGATAG+TGG - Chr7:63571075-63571094 None:intergenic 50.0%
TGAACGGAGAGGGTTGTGTT+AGG + Chr7:63569966-63569985 MsG0780039405.01.T02:intron 50.0%
TGCCGCCTTAGGTTCATTGT+CGG - Chr7:63571100-63571119 None:intergenic 50.0%
TGCTTATGCTGCTGCCTTCA+AGG + Chr7:63570442-63570461 MsG0780039405.01.T02:CDS 50.0%
TGGGAACGCTATGCATAGCA+AGG - Chr7:63569938-63569957 None:intergenic 50.0%
! ACTTTTCCTTTGTTCCGGGC+AGG - Chr7:63571159-63571178 None:intergenic 50.0%
! ATGGATTGCTGCACGCTAAC+GGG + Chr7:63569495-63569514 MsG0780039405.01.T02:intron 50.0%
! CATGGATTGCTGCACGCTAA+CGG + Chr7:63569494-63569513 MsG0780039405.01.T02:intron 50.0%
! GGTTGTTTCCAACTGCAGAG+CGG - Chr7:63570632-63570651 None:intergenic 50.0%
!! ATACCTCTGGTGCCATCCAT+CGG - Chr7:63569853-63569872 None:intergenic 50.0%
ACAACCCTCTCCGTTCATCC+GGG - Chr7:63569963-63569982 None:intergenic 55.0%
ACCAAGCTTTCCCCACCAAG+TGG - Chr7:63570074-63570093 None:intergenic 55.0%
AGCATGCAAGGATCCGCTGA+TGG + Chr7:63569356-63569375 MsG0780039405.01.T02:intron 55.0%
ATGCATAGCGTTCCCAAGCC+CGG + Chr7:63569942-63569961 MsG0780039405.01.T02:intron 55.0%
ATGTAGCCAACCCCACTTGG+TGG + Chr7:63570059-63570078 MsG0780039405.01.T02:intron 55.0%
CAAGCTTTCCCCACCAAGTG+GGG - Chr7:63570072-63570091 None:intergenic 55.0%
CACAACCCTCTCCGTTCATC+CGG - Chr7:63569964-63569983 None:intergenic 55.0%
CCAAGCTTTCCCCACCAAGT+GGG - Chr7:63570073-63570092 None:intergenic 55.0%
CCATGGCTCGAGCGATATCA+AGG - Chr7:63569479-63569498 None:intergenic 55.0%
CCTTGATATCGCTCGAGCCA+TGG + Chr7:63569476-63569495 MsG0780039405.01.T02:intron 55.0%
CGTTAGCGTGCAGCAATCCA+TGG - Chr7:63569496-63569515 None:intergenic 55.0%
GCCGCCTTAGGTTCATTGTC+GGG - Chr7:63571099-63571118 None:intergenic 55.0%
TGTAGCCAACCCCACTTGGT+GGG + Chr7:63570060-63570079 MsG0780039405.01.T02:intron 55.0%
TTACCGATGGATGGCACCAG+AGG + Chr7:63569847-63569866 MsG0780039405.01.T02:CDS 55.0%
! TTGTCGGGTTCTGGTAAGGG+AGG - Chr7:63571084-63571103 None:intergenic 55.0%
CAAGCCCGGATGAACGGAGA+GGG + Chr7:63569956-63569975 MsG0780039405.01.T02:intron 60.0%
CGTTCCCAAGCCCGGATGAA+CGG + Chr7:63569950-63569969 MsG0780039405.01.T02:intron 60.0%
CTCTCCGTTCATCCGGGCTT+GGG - Chr7:63569957-63569976 None:intergenic 60.0%
CTTTCCCCACCAAGTGGGGT+TGG - Chr7:63570068-63570087 None:intergenic 60.0%
! CCCACTTGGTGGGGAAAGCT+TGG + Chr7:63570070-63570089 MsG0780039405.01.T02:intron 60.0%
! GTAGCCAACCCCACTTGGTG+GGG + Chr7:63570061-63570080 MsG0780039405.01.T02:intron 60.0%
CCAAGCCCGGATGAACGGAG+AGG + Chr7:63569955-63569974 MsG0780039405.01.T02:intron 65.0%
CCTCTCCGTTCATCCGGGCT+TGG - Chr7:63569958-63569977 None:intergenic 65.0%
GTCTGCAGCCGCTCTGCAGT+TGG + Chr7:63570621-63570640 MsG0780039405.01.T02:intron 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 63567949 63571620 63567949 ID=MsG0780039405.01;Name=MsG0780039405.01
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Chr7 exon 63568495 63568740 63568495 ID=MsG0780039405.01.T01:exon:16760;Parent=MsG0780039405.01.T01
Chr7 exon 63568207 63568283 63568207 ID=MsG0780039405.01.T01:exon:16759;Parent=MsG0780039405.01.T01
Chr7 five_prime_UTR 63567949 63568044 63567949 ID=MsG0780039405.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0780039405.01.T01
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Chr7 five_prime_UTR 63568495 63568655 63568495 ID=MsG0780039405.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0780039405.01.T01
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Chr7 mRNA 63567949 63571620 63567949 ID=MsG0780039405.01.T02;Parent=MsG0780039405.01;Name=MsG0780039405.01.T02;_AED=0.45;_eAED=0.47;_QI=545|0.5|0.71|1|0.66|0.57|7|568|234
Chr7 exon 63568207 63568740 63568207 ID=MsG0780039405.01.T02:exon:16766;Parent=MsG0780039405.01.T02
Chr7 five_prime_UTR 63567949 63568044 63567949 ID=MsG0780039405.01.T02:five_prime_utr;Parent=MsG0780039405.01.T02
Chr7 five_prime_UTR 63568207 63568655 63568207 ID=MsG0780039405.01.T02:five_prime_utr;Parent=MsG0780039405.01.T02
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