AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0280006704.01

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MsG0280006704.01.T01 AT3G14840 49.505 202 100 2 82 282 754 954 2.00e-56 197
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MsG0280006704.01.T01 AT1G29730 48.309 207 101 4 85 289 758 960 2.89e-56 196
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MsG0280006704.01.T01 AT1G29740 50.794 189 88 3 85 271 762 947 4.01e-55 193
MsG0280006704.01.T01 AT1G70530 47.179 195 98 3 96 289 417 607 1.49e-54 188
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MsG0280006704.01.T01 AT4G23270 37.143 315 170 8 13 322 354 645 3.98e-53 184
MsG0280006704.01.T01 AT1G29750 53.631 179 82 1 94 271 774 952 6.82e-53 187
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MsG0280006704.01.T01 AT4G23270 36.246 309 171 7 13 317 354 640 4.01e-51 179
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MsG0280006704.01.T01 AT5G40380 47.030 202 99 3 78 273 391 590 1.32e-50 178
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MsG0280006704.01.T01 AT4G23140 42.601 223 115 5 94 305 443 663 1.02e-49 176
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MsG0280006704.01.T01 AT1G10620 43.961 207 110 3 78 279 446 651 2.53e-48 172
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MsG0280006704.01.T01 AT1G49270 45.588 204 104 4 81 279 416 617 4.74e-48 171
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MsG0280006704.01.T01 AT4G23230 43.147 197 108 4 81 274 416 611 2.97e-46 166
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MsG0280006704.01.T01 AT2G42960 45.000 180 98 1 96 274 278 457 6.39e-46 162
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MsG0280006704.01.T01 AT4G01330 43.889 180 100 1 96 274 257 436 1.11e-45 162
MsG0280006704.01.T01 AT4G23150 43.655 197 106 4 95 288 429 623 1.55e-45 164
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MsG0280006704.01.T01 AT2G18470 42.233 206 112 4 78 278 360 563 1.68e-45 164
MsG0280006704.01.T01 AT2G18470 42.233 206 112 4 78 278 360 563 1.68e-45 164
MsG0280006704.01.T01 AT1G09440 43.889 180 100 1 96 274 252 431 1.80e-45 160
MsG0280006704.01.T01 AT1G09440 43.889 180 100 1 96 274 252 431 1.80e-45 160
MsG0280006704.01.T01 AT4G11900 40.343 233 125 4 93 322 559 780 1.83e-45 165
MsG0280006704.01.T01 AT4G11900 40.343 233 125 4 93 322 628 849 1.88e-45 165
MsG0280006704.01.T01 AT1G23540 42.211 199 109 3 78 271 447 644 2.14e-45 164
MsG0280006704.01.T01 AT1G11350 45.304 181 97 2 96 274 606 786 2.41e-45 165
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MsG0280006704.01.T01 AT1G68690 43.069 202 107 4 96 289 469 670 2.76e-45 164
MsG0280006704.01.T01 AT1G68690 43.069 202 107 4 96 289 469 670 2.76e-45 164
MsG0280006704.01.T01 AT4G13190 44.444 180 97 3 96 272 20 199 2.86e-45 154
MsG0280006704.01.T01 AT4G13190 44.444 180 97 3 96 272 20 199 2.86e-45 154
MsG0280006704.01.T01 AT5G18500 45.556 180 97 1 96 274 261 440 3.35e-45 160
MsG0280006704.01.T01 AT5G18500 45.556 180 97 1 96 274 261 440 3.35e-45 160
MsG0280006704.01.T01 AT5G18500 45.556 180 97 1 96 274 261 440 3.35e-45 160
MsG0280006704.01.T01 AT5G18500 45.556 180 97 1 96 274 261 440 3.35e-45 160
MsG0280006704.01.T01 AT5G18500 45.556 180 97 1 96 274 261 440 3.35e-45 160
MsG0280006704.01.T01 AT5G18500 45.556 180 97 1 96 274 261 440 3.35e-45 160
MsG0280006704.01.T01 AT4G04540 44.681 188 89 4 96 277 418 596 3.48e-45 162
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MsG0280006704.01.T01 AT1G52290 39.815 216 122 5 78 286 219 433 4.59e-45 160
MsG0280006704.01.T01 AT4G04540 44.681 188 89 4 96 277 447 625 4.86e-45 162
MsG0280006704.01.T01 AT2G28590 42.614 176 98 3 96 268 194 369 5.35e-45 159
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MsG0280006704.01.T01 AT4G23190 40.553 217 121 5 78 288 348 562 6.71e-45 161
MsG0280006704.01.T01 AT1G65790 43.979 191 101 2 90 274 607 797 7.79e-45 163
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MsG0280006704.01.T01 AT3G01300 42.439 205 109 5 80 279 224 424 9.70e-45 159
MsG0280006704.01.T01 AT1G60800 41.573 178 102 2 96 271 330 507 1.01e-44 160
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MsG0280006704.01.T01 AT4G23190 40.553 217 121 5 78 288 426 640 1.10e-44 162
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MsG0280006704.01.T01 AT4G28670 38.783 263 131 9 17 272 367 606 1.37e-44 161
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MsG0280006704.01.T01 AT1G55200 41.204 216 115 5 85 291 464 676 1.46e-44 161
MsG0280006704.01.T01 AT1G55200 41.204 216 115 5 85 291 464 676 1.46e-44 161
MsG0280006704.01.T01 AT4G03230 42.487 193 109 2 81 271 612 804 1.58e-44 162
MsG0280006704.01.T01 AT4G13190 44.444 180 97 3 96 272 78 257 1.66e-44 154
MsG0280006704.01.T01 AT4G03230 42.487 193 109 2 81 271 697 889 2.04e-44 162
MsG0280006704.01.T01 AT4G03230 42.487 193 109 2 81 271 669 861 2.10e-44 162
MsG0280006704.01.T01 AT4G03230 42.487 193 109 2 81 271 669 861 2.10e-44 162
MsG0280006704.01.T01 AT5G18610 43.889 180 98 3 96 272 179 358 2.18e-44 159
MsG0280006704.01.T01 AT5G18610 43.889 180 98 3 96 272 179 358 2.18e-44 159
MsG0280006704.01.T01 AT5G18610 43.889 180 98 3 96 272 179 358 2.18e-44 159
MsG0280006704.01.T01 AT3G28690 41.463 205 111 5 80 279 163 363 2.19e-44 157
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MsG0280006704.01.T01 AT4G03230 42.487 193 109 2 81 271 769 961 2.34e-44 162
MsG0280006704.01.T01 AT3G24790 36.842 247 137 6 29 272 110 340 2.34e-44 156
MsG0280006704.01.T01 AT4G03230 42.487 193 109 2 81 271 611 803 2.64e-44 162
MsG0280006704.01.T01 AT4G21230 43.350 203 107 5 95 292 426 625 3.49e-44 160
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MsG0280006704.01.T01 AT3G13690 40.196 204 117 3 85 286 496 696 4.18e-44 161
MsG0280006704.01.T01 AT5G56460 42.157 204 111 5 85 285 171 370 4.46e-44 155
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MsG0280006704.01.T01 AT1G56720 42.222 180 103 1 96 274 274 453 1.17e-43 156
MsG0280006704.01.T01 AT1G56720 42.222 180 103 1 96 274 274 453 1.17e-43 156
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MsG0280006704.01.T01 AT1G31420 40.884 181 107 0 95 275 398 578 2.02e-43 157
MsG0280006704.01.T01 AT3G05140 44.134 179 94 3 95 271 283 457 2.09e-43 156
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MsG0280006704.01.T01 AT1G11330 39.130 230 132 5 96 322 618 842 9.35e-43 157
MsG0280006704.01.T01 AT3G17420 42.222 180 103 1 96 274 249 428 1.01e-42 153
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MsG0280006704.01.T01 AT2G35620 41.209 182 107 0 95 276 395 576 1.16e-42 155
MsG0280006704.01.T01 AT2G35620 41.209 182 107 0 95 276 395 576 1.16e-42 155
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MsG0280006704.01.T01 AT2G13800 41.667 180 100 3 96 271 254 432 1.53e-42 153
MsG0280006704.01.T01 AT1G11050 40.099 202 112 3 85 277 384 585 1.71e-42 155
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MsG0280006704.01.T01 AT4G02010 39.086 197 114 4 92 282 473 669 4.56e-42 155
MsG0280006704.01.T01 AT2G18890 44.751 181 94 3 96 274 164 340 6.12e-42 150
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MsG0280006704.01.T01 AT2G13800 41.667 180 100 3 96 271 371 549 6.69e-42 153
MsG0280006704.01.T01 AT1G70530 62.037 108 41 0 96 203 417 524 7.76e-42 152
MsG0280006704.01.T01 AT1G20650 33.740 246 144 6 29 271 122 351 8.17e-42 149
MsG0280006704.01.T01 AT4G23200 38.174 241 130 6 78 301 412 650 8.52e-42 154
MsG0280006704.01.T01 AT5G35960 42.935 184 99 3 95 276 225 404 1.26e-41 150
MsG0280006704.01.T01 AT4G22130 38.172 186 113 2 93 276 348 533 1.38e-41 152
MsG0280006704.01.T01 AT2G07180 33.696 276 157 9 1 271 113 367 1.73e-41 150
MsG0280006704.01.T01 AT2G07180 33.696 276 157 9 1 271 113 367 1.73e-41 150
MsG0280006704.01.T01 AT5G45780 39.891 183 108 2 96 276 352 534 1.84e-41 152
MsG0280006704.01.T01 AT5G65530 40.415 193 107 4 96 286 238 424 2.10e-41 150
MsG0280006704.01.T01 AT2G18890 44.022 184 97 3 96 277 164 343 3.12e-41 147
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MsG0280006704.01.T01 AT1G55610 40.314 191 110 3 94 281 954 1143 3.35e-41 153
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MsG0280006704.01.T01 AT1G61480 37.438 203 118 4 85 285 581 776 1.63e-38 145
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MsG0280006704.01.T01 AT1G07570 39.785 186 108 4 96 278 173 357 3.31e-38 140
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MsG0280006704.01.T01 AT1G61430 36.598 194 121 2 81 272 545 738 2.69e-37 142
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MsG0280006704.01.T01 AT1G09970 38.043 184 102 5 95 271 773 951 3.16e-37 142
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MsG0280006704.01.T01 AT1G61390 37.629 194 117 3 81 272 599 790 6.84e-37 140
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MsG0280006704.01.T01 AT5G10530 40.437 183 105 2 96 274 428 610 1.04e-36 139
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MsG0280006704.01.T01 AT1G61360 37.379 206 115 3 81 277 496 696 1.94e-36 139
MsG0280006704.01.T01 AT1G70450 38.710 217 113 7 69 279 129 331 2.11e-36 135
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MsG0280006704.01.T01 AT4G23180 50.735 136 65 2 78 211 424 559 2.50e-36 137
MsG0280006704.01.T01 AT4G17660 37.968 187 110 4 93 276 190 373 2.93e-36 134
MsG0280006704.01.T01 AT5G01550 37.696 191 114 2 85 274 466 652 3.01e-36 138
MsG0280006704.01.T01 AT5G59270 36.932 176 111 0 96 271 462 637 3.12e-36 138
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MsG0280006704.01.T01 AT4G23130 46.154 143 75 2 78 218 420 562 3.29e-36 137
MsG0280006704.01.T01 AT5G07180 40.556 180 100 3 94 271 647 821 3.49e-36 139
MsG0280006704.01.T01 AT4G28350 38.462 182 104 3 96 273 444 621 3.96e-36 138
MsG0280006704.01.T01 AT5G60270 34.742 213 133 2 94 306 435 641 4.01e-36 138
MsG0280006704.01.T01 AT5G07180 40.556 180 100 3 94 271 743 917 4.44e-36 138
MsG0280006704.01.T01 AT3G62220 41.573 178 102 2 96 271 75 252 4.55e-36 131
MsG0280006704.01.T01 AT2G18470 52.846 123 57 1 78 200 360 481 4.95e-36 136
MsG0280006704.01.T01 AT2G30730 38.333 180 109 2 96 273 148 327 5.45e-36 133
MsG0280006704.01.T01 AT3G24240 41.398 186 98 6 96 276 888 1067 5.93e-36 138
MsG0280006704.01.T01 AT4G02410 37.234 188 116 2 94 279 447 634 6.19e-36 137
MsG0280006704.01.T01 AT2G30730 38.333 180 109 2 96 273 158 337 6.46e-36 133
MsG0280006704.01.T01 AT2G28590 47.581 124 64 1 96 218 194 317 6.94e-36 132
MsG0280006704.01.T01 AT3G55450 38.503 187 108 5 96 279 167 349 7.03e-36 134
MsG0280006704.01.T01 AT3G17410 42.135 178 101 2 96 271 168 345 7.16e-36 133
MsG0280006704.01.T01 AT3G17410 42.135 178 101 2 96 271 168 345 7.16e-36 133
MsG0280006704.01.T01 AT1G69270 35.135 222 131 6 59 276 324 536 7.23e-36 136
MsG0280006704.01.T01 AT1G34110 34.615 234 127 8 54 271 826 1049 7.54e-36 137
MsG0280006704.01.T01 AT1G01540 54.717 106 48 0 96 201 249 354 7.86e-36 133
MsG0280006704.01.T01 AT1G34110 34.615 234 127 8 54 271 826 1049 7.90e-36 137
MsG0280006704.01.T01 AT4G00960 52.893 121 54 1 82 199 136 256 9.77e-36 130
MsG0280006704.01.T01 AT3G49670 38.220 191 111 4 96 281 785 973 1.02e-35 137
MsG0280006704.01.T01 AT2G33170 37.569 181 106 3 96 271 921 1099 1.15e-35 137
MsG0280006704.01.T01 AT2G33170 37.569 181 106 3 96 271 921 1099 1.15e-35 137
MsG0280006704.01.T01 AT5G65700 37.569 181 108 3 96 273 789 967 1.15e-35 137
MsG0280006704.01.T01 AT5G65700 37.569 181 108 3 96 273 789 967 1.15e-35 137
MsG0280006704.01.T01 AT3G55450 38.503 187 108 5 96 279 204 386 1.23e-35 134
MsG0280006704.01.T01 AT1G09970 37.838 185 102 6 95 271 773 952 1.23e-35 137
MsG0280006704.01.T01 AT1G34300 38.333 180 107 2 96 271 577 756 1.36e-35 137
MsG0280006704.01.T01 AT3G62220 41.573 178 102 2 96 271 168 345 1.50e-35 132
MsG0280006704.01.T01 AT3G62220 41.573 178 102 2 96 271 168 345 1.50e-35 132
MsG0280006704.01.T01 AT1G75820 36.559 186 108 3 96 273 786 969 2.04e-35 136
MsG0280006704.01.T01 AT5G61350 37.297 185 115 1 96 279 624 808 2.34e-35 136
MsG0280006704.01.T01 AT5G39000 35.859 198 124 2 85 279 604 801 2.77e-35 136
MsG0280006704.01.T01 AT3G02130 35.294 221 130 5 59 276 920 1130 2.95e-35 136
MsG0280006704.01.T01 AT3G02130 35.294 221 130 5 59 276 937 1147 3.14e-35 136
MsG0280006704.01.T01 AT2G28970 38.220 191 113 4 96 284 573 760 3.16e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT1G49100 36.000 200 123 4 84 281 664 860 3.19e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT5G53890 36.111 180 114 1 93 271 846 1025 3.22e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT2G28970 38.220 191 113 4 96 284 538 725 3.51e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT5G38990 35.859 198 124 2 85 279 611 808 3.66e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT1G76360 37.989 179 107 4 96 271 266 443 3.76e-35 133
MsG0280006704.01.T01 AT2G28960 35.638 188 117 3 96 281 535 720 3.80e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT5G11020 38.860 193 112 4 82 271 160 349 4.54e-35 131
MsG0280006704.01.T01 AT5G49770 39.583 192 102 5 94 277 725 910 4.84e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT5G60280 37.629 194 116 3 96 287 431 621 5.04e-35 134
MsG0280006704.01.T01 AT1G72300 36.702 188 117 2 95 281 897 1083 5.13e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT2G01950 39.378 193 99 4 96 271 935 1126 5.19e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT2G28960 35.638 188 117 3 96 281 667 852 5.20e-35 135
MsG0280006704.01.T01 AT4G35030 35.922 206 127 4 72 274 36 239 5.38e-35 129
MsG0280006704.01.T01 AT1G51800 40.000 175 101 3 96 268 679 851 5.50e-35 135

Find 65 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 125 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AAACCTTCTGATTATATTTC+TGG 0.088860 2:+5180061 MsG0280006704.01.T01:CDS
AATCCGAAAATAGGTGATTT+TGG 0.094106 2:+5181251 MsG0280006704.01.T01:CDS
GCAACTGATAATTATCATTT+AGG 0.207672 2:+5180299 MsG0280006704.01.T01:CDS
ACTGTATACATCAGCCTTCT+TGG 0.238500 2:-5181464 None:intergenic
GTTATCCTTTAGATAATATT+AGG 0.249213 2:+5180249 MsG0280006704.01.T01:CDS
GATATCATCTGGAAATAATT+TGG 0.260418 2:-5181279 None:intergenic
AAAGACTTTAATCCGAAAAT+AGG 0.315756 2:+5181242 MsG0280006704.01.T01:CDS
AAGGCTGATGTATACAGTTT+TGG 0.330673 2:+5181469 MsG0280006704.01.T01:CDS
AGAGATAATCAAGTACATTA+AGG 0.344834 2:+5181791 MsG0280006704.01.T01:CDS
GTGTGATAAACTAAAGATTC+AGG 0.365036 2:-5181972 None:intergenic
TGTCCACCTAATGCATATTC+TGG 0.367572 2:-5181436 None:intergenic
TAAGATAGGAAGGGAGGCTT+TGG 0.367856 2:+5180325 MsG0280006704.01.T01:CDS
ATTTGTGTACCCATTCTAGA+AGG 0.373617 2:-5181561 None:intergenic
TTATTTCAACAGTGGTTACT+TGG 0.373821 2:+5181411 MsG0280006704.01.T01:intron
CTGCAGCTTGTGTGCAGAAA+AGG 0.376284 2:-5181818 None:intergenic
AAAGCAGCTCAAGGACAAAC+TGG 0.379849 2:+5181521 MsG0280006704.01.T01:CDS
ATTATGAGGTGTGGCTGCTT+TGG 0.384396 2:+5180010 None:intergenic
TACTTGATTATCTCTTTCTC+AGG 0.394310 2:-5181783 None:intergenic
TATCATTTAGGCAATAAGAT+AGG 0.414476 2:+5180311 MsG0280006704.01.T01:CDS
CACATAAATCCCTTCTAGAA+TGG 0.416040 2:+5181551 MsG0280006704.01.T01:CDS
AAACTTTGTAGAATTGTTGA+AGG 0.421831 2:-5180122 None:intergenic
CACATCAGCACAAGAATTGC+CGG 0.421972 2:+5181305 MsG0280006704.01.T01:CDS
TCAGGAAATTCTTCCATCTC+CGG 0.424026 2:-5181765 None:intergenic
AATATACACATACGTTGTTC+CGG 0.428802 2:-5181324 None:intergenic
AACTTCATGAAGACGAGAAA+TGG 0.430934 2:+5181727 MsG0280006704.01.T01:CDS
TTGGCACCAGAATATGCATT+AGG 0.431831 2:+5181430 MsG0280006704.01.T01:CDS
CTTATACTTGAAATAATAAG+TGG 0.448405 2:+5181496 MsG0280006704.01.T01:CDS
TTCTGATAAAGAATTGAGCT+TGG 0.488975 2:+5180277 MsG0280006704.01.T01:CDS
ATGGTTGGAGCTAGTAGATC+CGG 0.496763 2:+5181746 MsG0280006704.01.T01:CDS
ACATAAATCCCTTCTAGAAT+GGG 0.498099 2:+5181552 MsG0280006704.01.T01:CDS
AAGATATGCAAGACCCTTCG+CGG 0.505980 2:-5181156 None:intergenic
GCATCATAATTGAACAATCC+TGG 0.506878 2:-5181921 None:intergenic
GGATTGTTCAATTATGATGC+AGG 0.507721 2:+5181924 MsG0280006704.01.T01:CDS
TATATTTCTGGTGAAATTGA+AGG 0.512204 2:+5180073 MsG0280006704.01.T01:CDS
ATTTGCATCGGTACCGCGAA+GGG 0.512733 2:+5181143 MsG0280006704.01.T01:CDS
GTTTAAGCGTCAAGATGAAG+TGG 0.513391 2:+5181105 MsG0280006704.01.T01:CDS
CTGATGTGAGTGATATCATC+TGG 0.521559 2:-5181290 None:intergenic
AGGCTTTGGAACTGTTTACC+AGG 0.536313 2:+5180339 MsG0280006704.01.T01:CDS
TCACCAGAAATATAATCAGA+AGG 0.537083 2:-5180064 None:intergenic
ACCGTTGATGACTCAGGTTG+TGG 0.540008 2:+5181851 MsG0280006704.01.T01:CDS
GCTGTAACCTCGGTAATACT+AGG 0.547477 2:-5182008 None:intergenic
ATTTAGGCAATAAGATAGGA+AGG 0.552484 2:+5180315 MsG0280006704.01.T01:CDS
AAATGCCTAATATTATCTAA+AGG 0.554112 2:-5180254 None:intergenic
TATTTGCATCGGTACCGCGA+AGG 0.555432 2:+5181142 MsG0280006704.01.T01:CDS
AAGAAGACCGTTGATGACTC+AGG 0.556653 2:+5181845 MsG0280006704.01.T01:CDS
AGCATCTAGAACTAGAAAGA+AGG 0.563976 2:+5180033 MsG0280006704.01.T01:CDS
TGCAGCTTGTGTGCAGAAAA+GGG 0.567350 2:-5181817 None:intergenic
TTTGTGTACCCATTCTAGAA+GGG 0.572446 2:-5181560 None:intergenic
TCATGAAGACGAGAAATGGT+TGG 0.584532 2:+5181731 MsG0280006704.01.T01:CDS
AAGCAGCTCAAGGACAAACT+GGG 0.598590 2:+5181522 MsG0280006704.01.T01:CDS
GAAAGATCAACTATTTGCAT+CGG 0.599987 2:+5181131 MsG0280006704.01.T01:CDS
AACAAGACCATTATGAGGTG+TGG 0.605404 2:+5180001 None:intergenic
GGTTGTGGATATGCTCTCAA+AGG 0.614073 2:+5181866 MsG0280006704.01.T01:CDS
GATAAACAACTAACAGCACC+AGG 0.617555 2:+5181903 MsG0280006704.01.T01:CDS
AGGTGGACAGTTAACCAAGA+AGG 0.620560 2:+5181450 MsG0280006704.01.T01:CDS
GCACCAGAATATGCATTAGG+TGG 0.626198 2:+5181433 MsG0280006704.01.T01:CDS
TTATCACCTAGCTGTAACCT+CGG 0.626984 2:-5182018 None:intergenic
TAAGTGGTAAAAGCAGCTCA+AGG 0.628955 2:+5181512 MsG0280006704.01.T01:CDS
AGCTCAAGGACAAACTGGGA+TGG 0.630514 2:+5181526 MsG0280006704.01.T01:CDS
AGGCAATAAGATAGGAAGGG+AGG 0.639923 2:+5180319 MsG0280006704.01.T01:CDS
TACTCAGCCTAGTATTACCG+AGG 0.646708 2:+5182001 MsG0280006704.01.T01:CDS
GGAGCTAGTAGATCCGGAGA+TGG 0.650141 2:+5181752 MsG0280006704.01.T01:CDS
TCCACAACCTGAGTCATCAA+CGG 0.653472 2:-5181852 None:intergenic
GTATTACCGAGGTTACAGCT+AGG 0.672905 2:+5182012 MsG0280006704.01.T01:CDS
TTTAGGCAATAAGATAGGAA+GGG 0.677810 2:+5180316 MsG0280006704.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAAGGTAAATTATTATTAA+CGG + Chr2:5180489-5180508 MsG0280006704.01.T01:intron 10.0%
!! AGTTAATTAGTAAAAAAAAT+TGG + Chr2:5180466-5180485 MsG0280006704.01.T01:intron 10.0%
!!! AATTTTTTTTACTAATTAAC+TGG - Chr2:5180467-5180486 None:intergenic 10.0%
!!! TATACATTTAATGTTTTTTT+AGG + Chr2:5181617-5181636 MsG0280006704.01.T01:intron 10.0%
!! ATAATCATCAATATATGATA+AGG - Chr2:5181687-5181706 None:intergenic 15.0%
!! CATTGAATTAATTTAATATG+TGG - Chr2:5181068-5181087 None:intergenic 15.0%
!! TAAATTAAAAGACATATACA+TGG - Chr2:5180714-5180733 None:intergenic 15.0%
!! TTAGTAAAAAAAATTGGAAA+AGG + Chr2:5180472-5180491 MsG0280006704.01.T01:intron 15.0%
!!! AATTAATTCAATGATTTTGT+AGG + Chr2:5181075-5181094 MsG0280006704.01.T01:intron 15.0%
!!! AATTCTAGTTTTTACTTTTA+AGG + Chr2:5180099-5180118 MsG0280006704.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTAGTTTTGATGTTTATAAT+TGG + Chr2:5181346-5181365 MsG0280006704.01.T01:intron 15.0%
!! AAAACTTCAACAAAAATTGA+AGG - Chr2:5180381-5180400 None:intergenic 20.0%
!! AAATGCCTAATATTATCTAA+AGG - Chr2:5180257-5180276 None:intergenic 20.0%
!! ACATTGATATTTACTTAGAA+TGG - Chr2:5180751-5180770 None:intergenic 20.0%
!! CTTATACTTGAAATAATAAG+TGG + Chr2:5181496-5181515 MsG0280006704.01.T01:CDS 20.0%
!! GTTATCCTTTAGATAATATT+AGG + Chr2:5180249-5180268 MsG0280006704.01.T01:CDS 20.0%
!! GTTGCAAAACTTATAAATAT+AGG - Chr2:5181595-5181614 None:intergenic 20.0%
!! TGAATGTTTAACATTTGATA+AGG - Chr2:5180879-5180898 None:intergenic 20.0%
!!! GTCTTTTAATTTACTAGTAT+TGG + Chr2:5180721-5180740 MsG0280006704.01.T01:intron 20.0%
!!! GTTTTCTAGTATATAACATT+AGG + Chr2:5180396-5180415 MsG0280006704.01.T01:intron 20.0%
! AAACCTTCTGATTATATTTC+TGG + Chr2:5180061-5180080 MsG0280006704.01.T01:CDS 25.0%
! AAACTTTGTAGAATTGTTGA+AGG - Chr2:5180125-5180144 None:intergenic 25.0%
! AAAGACTTTAATCCGAAAAT+AGG + Chr2:5181242-5181261 MsG0280006704.01.T01:CDS 25.0%
! AGAGATAATCAAGTACATTA+AGG + Chr2:5181791-5181810 MsG0280006704.01.T01:CDS 25.0%
! CTAGTATATAACATTAGGAA+TGG + Chr2:5180401-5180420 MsG0280006704.01.T01:intron 25.0%
! GATATCATCTGGAAATAATT+TGG - Chr2:5181282-5181301 None:intergenic 25.0%
! GCAACTGATAATTATCATTT+AGG + Chr2:5180299-5180318 MsG0280006704.01.T01:CDS 25.0%
! GTATATGAGTATGTTGAAAA+TGG + Chr2:5180950-5180969 MsG0280006704.01.T01:intron 25.0%
! GTTGAAATAAAGAAAACCAA+AGG - Chr2:5181401-5181420 None:intergenic 25.0%
! TAATTGGACTATAAAAGTGA+TGG + Chr2:5181362-5181381 MsG0280006704.01.T01:intron 25.0%
! TATCATTTAGGCAATAAGAT+AGG + Chr2:5180311-5180330 MsG0280006704.01.T01:CDS 25.0%
! TCAAAGATGTTTAATCACTA+AGG - Chr2:5180157-5180176 None:intergenic 25.0%
!!! GTAAATTGTGATGTCATTTT+TGG - Chr2:5180692-5180711 None:intergenic 25.0%
!!! TATATTTCTGGTGAAATTGA+AGG + Chr2:5180073-5180092 MsG0280006704.01.T01:CDS 25.0%
AATATACACATACGTTGTTC+CGG - Chr2:5181327-5181346 None:intergenic 30.0%
ACATTCAAACCTTGTTGAAT+TGG + Chr2:5180892-5180911 MsG0280006704.01.T01:intron 30.0%
ATTTAGGCAATAAGATAGGA+AGG + Chr2:5180315-5180334 MsG0280006704.01.T01:CDS 30.0%
GAAAGATCAACTATTTGCAT+CGG + Chr2:5181131-5181150 MsG0280006704.01.T01:CDS 30.0%
GATGATTATGTGTTCTTAAC+AGG + Chr2:5181698-5181717 MsG0280006704.01.T01:intron 30.0%
GTGTGATAAACTAAAGATTC+AGG - Chr2:5181975-5181994 None:intergenic 30.0%
TACTTGATTATCTCTTTCTC+AGG - Chr2:5181786-5181805 None:intergenic 30.0%
TCACCAGAAATATAATCAGA+AGG - Chr2:5180067-5180086 None:intergenic 30.0%
TCATATACTACAGTACGATT+AGG - Chr2:5180938-5180957 None:intergenic 30.0%
TTATTTCAACAGTGGTTACT+TGG + Chr2:5181411-5181430 MsG0280006704.01.T01:intron 30.0%
TTCTGATAAAGAATTGAGCT+TGG + Chr2:5180277-5180296 MsG0280006704.01.T01:CDS 30.0%
TTTAGGCAATAAGATAGGAA+GGG + Chr2:5180316-5180335 MsG0280006704.01.T01:CDS 30.0%
! AATCCGAAAATAGGTGATTT+TGG + Chr2:5181251-5181270 MsG0280006704.01.T01:CDS 30.0%
! ATCAATGTGACAATTTTGCT+AGG + Chr2:5180763-5180782 MsG0280006704.01.T01:intron 30.0%
! ATCCCAAAATCACCTATTTT+CGG - Chr2:5181257-5181276 None:intergenic 30.0%
! ATCCGAAAATAGGTGATTTT+GGG + Chr2:5181252-5181271 MsG0280006704.01.T01:CDS 30.0%
! GGAGATGTTTAAGATTTCAT+AGG - Chr2:5181666-5181685 None:intergenic 30.0%
! TCAATGTGACAATTTTGCTA+GGG + Chr2:5180764-5180783 MsG0280006704.01.T01:intron 30.0%
!! ACATAAATCCCTTCTAGAAT+GGG + Chr2:5181552-5181571 MsG0280006704.01.T01:CDS 30.0%
!! GGTTTTCTTTATTTCAACAG+TGG + Chr2:5181403-5181422 MsG0280006704.01.T01:intron 30.0%
AAAAAAGAAGCCTGTTTAGC+TGG - Chr2:5180600-5180619 None:intergenic 35.0%
AACATCTTTGATCAGTGTAG+TGG + Chr2:5180166-5180185 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
AACCTACATACTGCATTACT+TGG + Chr2:5180974-5180993 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
AACTTCATGAAGACGAGAAA+TGG + Chr2:5181727-5181746 MsG0280006704.01.T01:CDS 35.0%
AGAATCCAACCAATTCAACA+AGG - Chr2:5180904-5180923 None:intergenic 35.0%
ATTTGTGTACCCATTCTAGA+AGG - Chr2:5181564-5181583 None:intergenic 35.0%
CACAACAAAAAAGGAACTGT+AGG - Chr2:5180226-5180245 None:intergenic 35.0%
GAACTGTTTACCAGGTATTT+AGG + Chr2:5180347-5180366 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
GATAACCTGCACAACAAAAA+AGG - Chr2:5180235-5180254 None:intergenic 35.0%
GCATCATAATTGAACAATCC+TGG - Chr2:5181924-5181943 None:intergenic 35.0%
GGATTGTTCAATTATGATGC+AGG + Chr2:5181924-5181943 MsG0280006704.01.T01:CDS 35.0%
TAATAACCATCCATACCACT+GGG + Chr2:5180518-5180537 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
TACCAAGTAATGCAGTATGT+AGG - Chr2:5180979-5180998 None:intergenic 35.0%
TCAAACCTTGTTGAATTGGT+TGG + Chr2:5180896-5180915 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
TGCTAGGGAACATTAAAAGA+TGG + Chr2:5180779-5180798 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
TGGATAATTTACACTGCCTT+TGG + Chr2:5181382-5181401 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
TTATGTGTTCTTAACAGGCA+TGG + Chr2:5181703-5181722 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
! AAGGCTGATGTATACAGTTT+TGG + Chr2:5181469-5181488 MsG0280006704.01.T01:CDS 35.0%
! AGCATCTAGAACTAGAAAGA+AGG + Chr2:5180033-5180052 MsG0280006704.01.T01:CDS 35.0%
! CACATAAATCCCTTCTAGAA+TGG + Chr2:5181551-5181570 MsG0280006704.01.T01:CDS 35.0%
! TTTGTGTACCCATTCTAGAA+GGG - Chr2:5181563-5181582 None:intergenic 35.0%
!! GAAAATAGGTGATTTTGGGA+TGG + Chr2:5181256-5181275 MsG0280006704.01.T01:CDS 35.0%
!!! AATTTTAAAAGCACCTACCG+TGG + Chr2:5180559-5180578 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
!!! ATTTTAAAAGCACCTACCGT+GGG + Chr2:5180560-5180579 MsG0280006704.01.T01:intron 35.0%
ACTGTATACATCAGCCTTCT+TGG - Chr2:5181467-5181486 None:intergenic 40.0%
CTAATAACCATCCATACCAC+TGG + Chr2:5180517-5180536 MsG0280006704.01.T01:intron 40.0%
CTGATGTGAGTGATATCATC+TGG - Chr2:5181293-5181312 None:intergenic 40.0%
CTTTCTGTTGGATCAAAGCA+GGG + Chr2:5180824-5180843 MsG0280006704.01.T01:intron 40.0%
GATAAACAACTAACAGCACC+AGG + Chr2:5181903-5181922 MsG0280006704.01.T01:CDS 40.0%
GGATGAGTAACCTAAATACC+TGG - Chr2:5180360-5180379 None:intergenic 40.0%
GTTTAAGCGTCAAGATGAAG+TGG + Chr2:5181105-5181124 MsG0280006704.01.T01:CDS 40.0%
TAAGTGGTAAAAGCAGCTCA+AGG + Chr2:5181512-5181531 MsG0280006704.01.T01:CDS 40.0%
TCAGGAAATTCTTCCATCTC+CGG - Chr2:5181768-5181787 None:intergenic 40.0%
TCATGAAGACGAGAAATGGT+TGG + Chr2:5181731-5181750 MsG0280006704.01.T01:CDS 40.0%
TCTTTCTGTTGGATCAAAGC+AGG + Chr2:5180823-5180842 MsG0280006704.01.T01:intron 40.0%
TGCTTTGATCCAACAGAAAG+AGG - Chr2:5180824-5180843 None:intergenic 40.0%
TGTCCACCTAATGCATATTC+TGG - Chr2:5181439-5181458 None:intergenic 40.0%
TTGGCACCAGAATATGCATT+AGG + Chr2:5181430-5181449 MsG0280006704.01.T01:CDS 40.0%
TTGGTTGGATTCTGCATTCA+AGG + Chr2:5180911-5180930 MsG0280006704.01.T01:intron 40.0%
!!! CAGTTCCTTTTTTGTTGTGC+AGG + Chr2:5180227-5180246 MsG0280006704.01.T01:intron 40.0%
!!! TTTTAAAAGCACCTACCGTG+GGG + Chr2:5180561-5180580 MsG0280006704.01.T01:intron 40.0%
AAAGCAGCTCAAGGACAAAC+TGG + Chr2:5181521-5181540 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
AAGATATGCAAGACCCTTCG+CGG - Chr2:5181159-5181178 None:intergenic 45.0%
AAGCAGCTCAAGGACAAACT+GGG + Chr2:5181522-5181541 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
AGGCAATAAGATAGGAAGGG+AGG + Chr2:5180319-5180338 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
AGGTGGACAGTTAACCAAGA+AGG + Chr2:5181450-5181469 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
ATGGTTGGAGCTAGTAGATC+CGG + Chr2:5181746-5181765 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
CACATCAGCACAAGAATTGC+CGG + Chr2:5181305-5181324 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
GCACCAGAATATGCATTAGG+TGG + Chr2:5181433-5181452 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
GCTGTAACCTCGGTAATACT+AGG - Chr2:5182011-5182030 None:intergenic 45.0%
GGTTGTGGATATGCTCTCAA+AGG + Chr2:5181866-5181885 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
GTATTACCGAGGTTACAGCT+AGG + Chr2:5182012-5182031 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
TAAGATAGGAAGGGAGGCTT+TGG + Chr2:5180325-5180344 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
TACTCAGCCTAGTATTACCG+AGG + Chr2:5182001-5182020 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
TCCACAACCTGAGTCATCAA+CGG - Chr2:5181855-5181874 None:intergenic 45.0%
TGCAGCTTGTGTGCAGAAAA+GGG - Chr2:5181820-5181839 None:intergenic 45.0%
!! AAGAAGACCGTTGATGACTC+AGG + Chr2:5181845-5181864 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
!! AGGCTTTGGAACTGTTTACC+AGG + Chr2:5180339-5180358 MsG0280006704.01.T01:CDS 45.0%
AGCTCAAGGACAAACTGGGA+TGG + Chr2:5181526-5181545 MsG0280006704.01.T01:CDS 50.0%
CTGCAGCTTGTGTGCAGAAA+AGG - Chr2:5181821-5181840 None:intergenic 50.0%
GAACTCACGACCAGCTAAAC+AGG + Chr2:5180587-5180606 MsG0280006704.01.T01:intron 50.0%
GCAGTGAAGCCTCTTTCTGT+TGG + Chr2:5180812-5180831 MsG0280006704.01.T01:intron 50.0%
! ATTTGCATCGGTACCGCGAA+GGG + Chr2:5181143-5181162 MsG0280006704.01.T01:CDS 50.0%
! TATTTGCATCGGTACCGCGA+AGG + Chr2:5181142-5181161 MsG0280006704.01.T01:CDS 50.0%
!! ACCGTTGATGACTCAGGTTG+TGG + Chr2:5181851-5181870 MsG0280006704.01.T01:CDS 50.0%
GGAGCTAGTAGATCCGGAGA+TGG + Chr2:5181752-5181771 MsG0280006704.01.T01:CDS 55.0%
TGTCAGCCCAGTGGTATGGA+TGG - Chr2:5180527-5180546 None:intergenic 55.0%
! GAAGTGTCAGCCCAGTGGTA+TGG - Chr2:5180531-5180550 None:intergenic 55.0%
! TGCATGAAGTGTCAGCCCAG+TGG - Chr2:5180536-5180555 None:intergenic 55.0%
GGTCGTGAGTTCGAGCCCCA+CGG - Chr2:5180579-5180598 None:intergenic 65.0%
GTGAGTTCGAGCCCCACGGT+AGG - Chr2:5180575-5180594 None:intergenic 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr2 gene 5180013 5182037 5180013 ID=MsG0280006704.01;Name=MsG0280006704.01
Chr2 mRNA 5180013 5182037 5180013 ID=MsG0280006704.01.T01;Parent=MsG0280006704.01;Name=MsG0280006704.01.T01;_AED=0.35;_eAED=0.35;_QI=0|0|0|1|0.75|0.6|5|0|322
Chr2 exon 5180013 5180144 5180013 ID=MsG0280006704.01.T01:exon:1976;Parent=MsG0280006704.01.T01
Chr2 exon 5180230 5180360 5180230 ID=MsG0280006704.01.T01:exon:1977;Parent=MsG0280006704.01.T01
Chr2 exon 5181097 5181333 5181097 ID=MsG0280006704.01.T01:exon:1978;Parent=MsG0280006704.01.T01
Chr2 exon 5181423 5181573 5181423 ID=MsG0280006704.01.T01:exon:1979;Parent=MsG0280006704.01.T01
Chr2 exon 5181720 5182037 5181720 ID=MsG0280006704.01.T01:exon:1980;Parent=MsG0280006704.01.T01
Chr2 CDS 5180013 5180144 5180013 ID=MsG0280006704.01.T01:cds;Parent=MsG0280006704.01.T01
Chr2 CDS 5180230 5180360 5180230 ID=MsG0280006704.01.T01:cds;Parent=MsG0280006704.01.T01
Chr2 CDS 5181097 5181333 5181097 ID=MsG0280006704.01.T01:cds;Parent=MsG0280006704.01.T01
Chr2 CDS 5181423 5181573 5181423 ID=MsG0280006704.01.T01:cds;Parent=MsG0280006704.01.T01
Chr2 CDS 5181720 5182037 5181720 ID=MsG0280006704.01.T01:cds;Parent=MsG0280006704.01.T01
Gene Sequence

>MsG0280006704.01.T01

ATGAGGTGTGGCTGCTTTGGAGCATCTAGAACTAGAAAGAAGGAAAGTAAACCTTCTGATTATATTTCTGGTGAAATTGAAGGTGAAATTCTAGTTTTTACTTTTAAGGCCTTCAACAATTCTACAAAGTTTTTCCTTTTTTGTTGTGCAGGTTATCCTTTAGATAATATTAGGCATTTTTCTGATAAAGAATTGAGCTTGGCAACTGATAATTATCATTTAGGCAATAAGATAGGAAGGGAGGCTTTGGAACTGTTTACCAGGCAAAAGAGTTTAAGCGTCAAGATGAAGTGGAGAGAAAGATCAACTATTTGCATCGGTACCGCGAAGGGTCTTGCATATCTTCATGAAGAGCTTGCACAACATATTGTACATAGAGACATCAAAGCTAGCAATGTGCTACTTGACAAAGACTTTAATCCGAAAATAGGTGATTTTGGGATGGCCAAATTATTTCCAGATGATATCACTCACATCAGCACAAGAATTGCCGGAACAACTGGTTACTTGGCACCAGAATATGCATTAGGTGGACAGTTAACCAAGAAGGCTGATGTATACAGTTTTGGAGTTCTTATACTTGAAATAATAAGTGGTAAAAGCAGCTCAAGGACAAACTGGGATGGATCACATAAATCCCTTCTAGAATGGGCATGGCAACTTCATGAAGACGAGAAATGGTTGGAGCTAGTAGATCCGGAGATGGAAGAATTTCCTGAGAAAGAGATAATCAAGTACATTAAGGTTGCCCTTTTCTGCACACAAGCTGCAGCAAGAAGAAGACCGTTGATGACTCAGGTTGTGGATATGCTCTCAAAGGAAATTCAGCTCAATGATAAACAACTAACAGCACCAGGATTGTTCAATTATGATGCAGGAGAAACTTCTCAGAAGAAATCAAATCCTGAATCTTTAGTTTATCACACTAGTTCTACTCAGCCTAGTATTACCGAGGTTACAGCTAGGTGA
Protein sequence

>MsG0280006704.01.T01

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