AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene042539

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TACTCACCTTGACTTGCAAA+TGG 0.506891 7.4:+20446591 None:intergenic
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ACAGTCTCAACATCAATGGA+TGG 0.543286 7.4:-20448805 MS.gene042539:intron
GCAAAAGAATATGGAATGAT+GGG 0.553514 7.4:-20450201 MS.gene042539:CDS
CAACTTATATTTATTACATG+TGG 0.553817 7.4:-20449826 MS.gene042539:CDS
GAATTAGTACCTGAGAGTAC+AGG 0.558659 7.4:+20446807 None:intergenic
ATGTGCAGGTAACTATTGCT+CGG 0.559960 7.4:-20437139 MS.gene042539:intron
TGTTCCTGCTTTGTGACTGA+AGG 0.561666 7.4:+20449986 None:intergenic
GAAGGAAAATTCAATATGGA+GGG 0.561732 7.4:-20452178 None:intergenic
AGTGTTCAACCTGTACTCTC+AGG 0.564512 7.4:-20446816 MS.gene042539:intron
GAAACCATAGCACAAGTAGC+AGG 0.568631 7.4:-20450075 MS.gene042539:CDS
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TGGTGTTCTGATACTTGGAA+AGG 0.574232 7.4:-20449802 MS.gene042539:CDS
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GGAGTTGTGAAGATGAATAG+TGG 0.583244 7.4:+20450123 None:intergenic
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TTGGTTTCATGGCTGCAGCA+AGG 0.634709 7.4:-20448766 MS.gene042539:intron
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TGACAAATCACCAACAGCTG+AGG 0.652453 7.4:+20446869 None:intergenic
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GAAAGAGAGCAAGCTAATGT+GGG 0.682728 7.4:-20452086 MS.gene042539:CDS
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr7.4 gene 20437076 20452185 20437076 ID=MS.gene042539
chr7.4 mRNA 20437076 20452185 20437076 ID=MS.gene042539.t1;Parent=MS.gene042539
chr7.4 exon 20451937 20452185 20451937 ID=MS.gene042539.t1.exon1;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 CDS 20451937 20452185 20451937 ID=cds.MS.gene042539.t1;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 exon 20449730 20450271 20449730 ID=MS.gene042539.t1.exon2;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 CDS 20449730 20450271 20449730 ID=cds.MS.gene042539.t1;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 exon 20449001 20449087 20449001 ID=MS.gene042539.t1.exon3;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 CDS 20449001 20449087 20449001 ID=cds.MS.gene042539.t1;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 exon 20448767 20448823 20448767 ID=MS.gene042539.t1.exon4;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 CDS 20448767 20448823 20448767 ID=cds.MS.gene042539.t1;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 exon 20446817 20447055 20446817 ID=MS.gene042539.t1.exon5;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 CDS 20446817 20447055 20446817 ID=cds.MS.gene042539.t1;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 exon 20446598 20446716 20446598 ID=MS.gene042539.t1.exon6;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 CDS 20446598 20446716 20446598 ID=cds.MS.gene042539.t1;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 exon 20446421 20446507 20446421 ID=MS.gene042539.t1.exon7;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 CDS 20446421 20446507 20446421 ID=cds.MS.gene042539.t1;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 exon 20437076 20437153 20437076 ID=MS.gene042539.t1.exon8;Parent=MS.gene042539.t1
chr7.4 CDS 20437076 20437153 20437076 ID=cds.MS.gene042539.t1;Parent=MS.gene042539.t1
Gene Sequence

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