AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180001658.01

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MsG0180001658.01.T01 AT2G42960 44.737 114 62 1 9 121 273 386 4.24e-28 107
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MsG0180001658.01.T01 AT4G29180 42.478 113 63 1 8 118 667 779 7.68e-26 101
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MsG0180001658.01.T01 AT2G18470 42.202 109 62 1 14 121 377 485 7.86e-26 101
MsG0180001658.01.T01 AT4G29180 42.478 113 63 1 8 118 664 776 7.98e-26 101
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MsG0180001658.01.T01 AT1G77280 36.667 120 74 1 2 119 486 605 1.21e-24 97.8
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MsG0180001658.01.T01 AT2G25220 36.975 119 75 0 1 119 232 350 1.66e-24 96.7
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MsG0180001658.01.T01 AT4G35030 40.909 110 60 2 14 119 199 307 2.38e-24 96.3
MsG0180001658.01.T01 AT4G35030 40.909 110 60 2 14 119 199 307 2.38e-24 96.3
MsG0180001658.01.T01 AT1G70520 39.496 119 71 1 1 118 406 524 2.46e-24 97.1
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MsG0180001658.01.T01 AT1G60800 41.176 119 68 2 5 121 320 438 2.54e-24 96.7
MsG0180001658.01.T01 AT4G23210 40.000 120 70 1 1 118 439 558 2.55e-24 97.1
MsG0180001658.01.T01 AT4G23210 40.000 120 70 1 1 118 439 558 2.62e-24 97.1
MsG0180001658.01.T01 AT1G49730 42.727 110 59 1 16 121 452 561 2.63e-24 97.1
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MsG0180001658.01.T01 AT3G45440 43.363 113 62 2 8 119 429 540 2.67e-24 96.7
MsG0180001658.01.T01 AT3G45440 43.363 113 62 2 8 119 429 540 2.67e-24 96.7
MsG0180001658.01.T01 AT3G45440 43.363 113 62 2 8 119 429 540 2.67e-24 96.7
MsG0180001658.01.T01 AT4G35030 40.909 110 60 2 14 119 199 307 2.71e-24 95.5
MsG0180001658.01.T01 AT5G48740 40.000 120 70 2 2 119 689 808 2.73e-24 96.7
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MsG0180001658.01.T01 AT5G54590 38.596 114 65 2 8 119 200 310 1.40e-23 94.4
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MsG0180001658.01.T01 AT3G46370 44.762 105 56 1 12 114 579 683 1.79e-23 94.4
MsG0180001658.01.T01 AT5G59270 35.000 120 77 1 1 119 449 568 1.81e-23 94.4
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MsG0180001658.01.T01 AT1G11300 36.975 119 73 1 1 117 590 708 1.90e-23 94.4
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MsG0180001658.01.T01 AT1G21270 39.252 107 64 1 12 117 496 602 1.96e-23 94.4
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MsG0180001658.01.T01 AT1G61430 36.975 119 73 1 1 117 547 665 2.01e-23 94.4
MsG0180001658.01.T01 AT2G47060 42.727 110 61 1 14 121 73 182 2.03e-23 91.7
MsG0180001658.01.T01 AT1G53430 43.636 110 61 1 9 117 759 868 2.11e-23 94.4
MsG0180001658.01.T01 AT1G56120 40.367 109 64 1 14 121 803 911 2.11e-23 94.4
MsG0180001658.01.T01 AT4G23220 34.167 120 77 1 1 118 417 536 2.13e-23 94.4
MsG0180001658.01.T01 AT2G30730 40.000 110 64 1 14 121 158 267 2.15e-23 92.8
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MsG0180001658.01.T01 AT1G48210 42.593 108 60 1 16 121 169 276 1.57e-22 90.1
MsG0180001658.01.T01 AT4G23130 35.000 120 76 1 1 118 425 544 1.58e-22 91.7
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MsG0180001658.01.T01 AT4G32300 38.793 116 70 1 4 118 577 692 1.64e-22 91.7
MsG0180001658.01.T01 AT4G23130 35.000 120 76 1 1 118 421 540 1.72e-22 91.7
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MsG0180001658.01.T01 AT4G23130 35.000 120 76 1 1 118 425 544 1.91e-22 91.7
MsG0180001658.01.T01 AT2G28590 38.532 109 63 2 16 121 196 303 1.98e-22 90.1
MsG0180001658.01.T01 AT2G28250 37.815 119 68 1 7 119 301 419 2.12e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT2G28250 37.815 119 68 1 7 119 301 419 2.12e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT2G28250 37.815 119 68 1 7 119 301 419 2.12e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT2G28250 37.815 119 68 1 7 119 301 419 2.12e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT2G28250 37.815 119 68 1 7 119 301 419 2.12e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT2G28250 37.815 119 68 1 7 119 301 419 2.12e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT2G20850 38.938 113 66 2 7 117 568 679 2.14e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT1G21210 40.187 107 63 1 12 117 502 608 2.15e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT1G21250 39.252 107 64 1 12 117 501 607 2.26e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT4G23320 36.134 119 74 1 1 117 264 382 2.29e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT4G23320 36.134 119 74 1 1 117 264 382 2.29e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT3G06630 38.532 109 66 1 11 119 524 631 2.38e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT3G13065 40.566 106 58 1 16 121 514 614 2.45e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT5G35380 38.393 112 63 1 14 119 505 616 2.46e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT3G55550 37.500 120 74 1 1 119 428 547 2.54e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT3G06630 38.532 109 66 1 11 119 524 631 2.61e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT2G13790 38.182 110 67 1 14 122 390 499 2.68e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT5G15730 36.667 120 73 2 1 119 195 312 2.70e-22 90.5
MsG0180001658.01.T01 AT5G15730 36.667 120 73 2 1 119 195 312 2.70e-22 90.5
MsG0180001658.01.T01 AT4G23320 35.833 120 75 1 1 118 285 404 2.70e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT5G10520 41.818 110 62 1 14 121 247 356 2.74e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT3G06630 38.532 109 66 1 11 119 524 631 2.75e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT3G06630 38.532 109 66 1 11 119 524 631 2.75e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT3G06630 38.532 109 66 1 11 119 524 631 2.75e-22 91.3
MsG0180001658.01.T01 AT4G04500 35.294 119 75 1 1 117 426 544 2.89e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT4G29450 38.053 113 68 1 8 118 665 777 2.89e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT3G26940 36.134 119 72 2 2 117 157 274 3.04e-22 90.5
MsG0180001658.01.T01 AT1G29740 40.566 106 62 1 13 117 769 874 3.05e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT1G79680 42.718 103 58 1 16 117 530 632 3.09e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT3G59740 41.071 112 65 1 8 118 425 536 3.10e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT3G21630 42.157 102 58 1 16 117 412 512 3.51e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT5G13160 39.640 111 63 2 14 121 182 291 3.51e-22 90.5
MsG0180001658.01.T01 AT3G46400 41.748 103 58 1 14 114 670 772 3.59e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT1G29740 40.566 106 62 1 13 117 769 874 3.69e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT5G20480 38.462 130 69 2 1 121 805 932 3.81e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT5G20480 38.462 130 69 2 1 121 805 932 3.81e-22 90.9
MsG0180001658.01.T01 AT2G28590 38.532 109 63 2 16 121 196 303 3.82e-22 90.1
MsG0180001658.01.T01 AT1G48210 42.593 108 60 1 16 121 169 276 3.83e-22 89.7

Find 19 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 28 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ATCCAGCAAGAATGTTATTT+TGG 0.169839 1:+24821134 MsG0180001658.01.T01:CDS
AGAAGTCATATTGGATGAAT+TGG 0.248380 1:-24821211 None:intergenic
AAATGTGATGTGTATAGTTT+TGG 0.326990 1:+24821444 MsG0180001658.01.T01:CDS
AACAAGTTGCTGAATTTGAT+TGG 0.342356 1:+24821022 MsG0180001658.01.T01:CDS
ATCCAAAATAACATTCTTGC+TGG 0.343575 1:-24821136 None:intergenic
TTGCTGAATTTGATTGGAAT+AGG 0.376167 1:+24821028 MsG0180001658.01.T01:CDS
GAAGTCATATTGGATGAATT+GGG 0.379546 1:-24821210 None:intergenic
GTAGCTCATGTCTCAGACTT+TGG 0.381815 1:+24821168 MsG0180001658.01.T01:CDS
GATATATCTCGATGAACAAT+AGG 0.416925 1:-24821114 None:intergenic
GCCTGCAAAAGAAGTCATAT+TGG 0.425047 1:-24821220 None:intergenic
CTGAATTTGATTGGAATAGG+AGG 0.469299 1:+24821031 MsG0180001658.01.T01:CDS
CAAATAAGTTACATATCTCC+AGG 0.475725 1:-24821501 None:intergenic
GTCCTTCAAAATGTTGTCCA+TGG 0.530242 1:-24820995 None:intergenic
ATATCTCGATGAACAATAGG+AGG 0.553975 1:-24821111 None:intergenic
TGAATTTGATTGGAATAGGA+GGG 0.592872 1:+24821032 MsG0180001658.01.T01:CDS
TACAGAACTTGCATACACAA+TGG 0.624526 1:+24821410 MsG0180001658.01.T01:intron
ATCTCGATGAACAATAGGAG+GGG 0.628946 1:-24821109 None:intergenic
TATCTCGATGAACAATAGGA+GGG 0.654413 1:-24821110 None:intergenic
AAATAAGTTACATATCTCCA+GGG 0.667351 1:-24821500 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! ATTCTTTTTTTCATTAATTA+AGG + Chr1:24821269-24821288 MsG0180001658.01.T01:intron 10.0%
!!! AAAGTGTTTATGTGAAAAAT+AGG - Chr1:24821382-24821401 None:intergenic 20.0%
! AATGAAAAAAAGAATTCACC+TGG - Chr1:24821264-24821283 None:intergenic 25.0%
!! AAATGTGATGTGTATAGTTT+TGG + Chr1:24821444-24821463 MsG0180001658.01.T01:CDS 25.0%
!! AATGTGATGTGTATAGTTTT+GGG + Chr1:24821445-24821464 MsG0180001658.01.T01:CDS 25.0%
!! TTAACCTTGGAAATACTTTT+TGG + Chr1:24821471-24821490 MsG0180001658.01.T01:CDS 25.0%
!!! CAAGAATGTTATTTTGGATT+TGG + Chr1:24821140-24821159 MsG0180001658.01.T01:CDS 25.0%
AACAAGTTGCTGAATTTGAT+TGG + Chr1:24821022-24821041 MsG0180001658.01.T01:CDS 30.0%
AGAAGTCATATTGGATGAAT+TGG - Chr1:24821214-24821233 None:intergenic 30.0%
ATCCAAAATAACATTCTTGC+TGG - Chr1:24821139-24821158 None:intergenic 30.0%
GAAGTCATATTGGATGAATT+GGG - Chr1:24821213-24821232 None:intergenic 30.0%
GATATATCTCGATGAACAAT+AGG - Chr1:24821117-24821136 None:intergenic 30.0%
TGAATTTGATTGGAATAGGA+GGG + Chr1:24821032-24821051 MsG0180001658.01.T01:CDS 30.0%
TTGCTGAATTTGATTGGAAT+AGG + Chr1:24821028-24821047 MsG0180001658.01.T01:CDS 30.0%
!! ATCCAGCAAGAATGTTATTT+TGG + Chr1:24821134-24821153 MsG0180001658.01.T01:CDS 30.0%
!! CTTTCCAAAAAGTATTTCCA+AGG - Chr1:24821478-24821497 None:intergenic 30.0%
!!! TAGTTTTGGGATATTAACCT+TGG + Chr1:24821458-24821477 MsG0180001658.01.T01:CDS 30.0%
ATATCTCGATGAACAATAGG+AGG - Chr1:24821114-24821133 None:intergenic 35.0%
CTGAATTTGATTGGAATAGG+AGG + Chr1:24821031-24821050 MsG0180001658.01.T01:CDS 35.0%
TACAGAACTTGCATACACAA+TGG + Chr1:24821410-24821429 MsG0180001658.01.T01:intron 35.0%
TATCTCGATGAACAATAGGA+GGG - Chr1:24821113-24821132 None:intergenic 35.0%
! TCCAATATGACTTCTTTTGC+AGG + Chr1:24821219-24821238 MsG0180001658.01.T01:CDS 35.0%
ATCTCGATGAACAATAGGAG+GGG - Chr1:24821112-24821131 None:intergenic 40.0%
GCCTGCAAAAGAAGTCATAT+TGG - Chr1:24821223-24821242 None:intergenic 40.0%
! ACTTCTTTTGCAGGCACTTT+TGG + Chr1:24821228-24821247 MsG0180001658.01.T01:CDS 40.0%
!!! ATACTTTTTGGAAAGCACCC+TGG + Chr1:24821483-24821502 MsG0180001658.01.T01:CDS 40.0%
GTAGCTCATGTCTCAGACTT+TGG + Chr1:24821168-24821187 MsG0180001658.01.T01:CDS 45.0%
! ACTTTTGGATATGCTGCTCC+AGG + Chr1:24821243-24821262 MsG0180001658.01.T01:CDS 45.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 24820997 24821515 24820997 ID=MsG0180001658.01;Name=MsG0180001658.01
Chr1 mRNA 24820997 24821515 24820997 ID=MsG0180001658.01.T01;Parent=MsG0180001658.01;Name=MsG0180001658.01.T01;_AED=0.47;_eAED=0.47;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|122
Chr1 exon 24820997 24821264 24820997 ID=MsG0180001658.01.T01:exon:40806;Parent=MsG0180001658.01.T01
Chr1 exon 24821415 24821515 24821415 ID=MsG0180001658.01.T01:exon:40807;Parent=MsG0180001658.01.T01
Chr1 CDS 24820997 24821264 24820997 ID=MsG0180001658.01.T01:cds;Parent=MsG0180001658.01.T01
Chr1 CDS 24821415 24821515 24821415 ID=MsG0180001658.01.T01:cds;Parent=MsG0180001658.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180001658.01.T01

ATGGACAACATTTTGAAGGACAATGAACAAGTTGCTGAATTTGATTGGAATAGGAGGGTGAATGTCATTAAAGATATAGCTAATGCTTTACACTATATGCATCATGATTGTTCCCCTCCTATTGTTCATCGAGATATATCCAGCAAGAATGTTATTTTGGATTTGGAATATGTAGCTCATGTCTCAGACTTTGGAACATCTAAGTTTCTAAATCCCAATTCATCCAATATGACTTCTTTTGCAGGCACTTTTGGATATGCTGCTCCAGAACTTGCATACACAATGGAAGTAAATGAGAAATGTGATGTGTATAGTTTTGGGATATTAACCTTGGAAATACTTTTTGGAAAGCACCCTGGAGATATGTAA
Protein sequence

>MsG0180001658.01.T01

MDNILKDNEQVAEFDWNRRVNVIKDIANALHYMHHDCSPPIVHRDISSKNVILDLEYVAHVSDFGTSKFLNPNSSNMTSFAGTFGYAAPELAYTMEVNEKCDVYSFGILTLEILFGKHPGDM*