AlfalfaGEDB | MsG0180005024.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180005024.01

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MsG0180005024.01.T01	AT1G79370	30.872	149	76	2	1	122	350	498	1.43e-17	78.6
MsG0180005024.01.T01	AT1G11610	35.897	156	68	3	1	128	311	462	1.72e-17	78.2
MsG0180005024.01.T01	AT1G11610	35.897	156	68	3	1	128	311	462	1.73e-17	78.2
MsG0180005024.01.T01	AT5G61320	36.567	134	52	5	37	141	340	469	2.67e-17	77.8
MsG0180005024.01.T01	AT3G10570	29.801	151	76	4	1	122	329	478	3.07e-17	77.4
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MsG0180005024.01.T01	AT3G10560	29.139	151	77	4	1	122	329	478	1.27e-15	72.8
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MsG0180005024.01.T01	AT4G20240	40.278	72	42	1	1	72	312	382	6.15e-11	59.3
MsG0180005024.01.T01	AT3G25180	43.636	55	31	0	1	55	326	380	9.20e-11	58.9

Find 36 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 46 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
TTAATCACTGCATTCAAGTA+TGG	0.291720	1:-85818472	None:intergenic
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CAGCTCCAATGTTGCTTCCT+AGG	0.358629	1:+85818518	MsG0180005024.01.T01:CDS
TTGAGGAATCAGATATTGAT+AGG	0.370715	1:+85818446	MsG0180005024.01.T01:CDS
TCATTGATCAACTCCTTGAT+TGG	0.375091	1:+85818785	MsG0180005024.01.T01:CDS
TTGTCCAAGTTCATGTCCTT+TGG	0.377792	1:-85818828	None:intergenic
TAGGATGTTGCATTTGATGC+TGG	0.401776	1:+85818760	MsG0180005024.01.T01:CDS
CCATTTCAAGTTTCCAATCA+AGG	0.409938	1:-85818798	None:intergenic
CCTTGATTGGAAACTTGAAA+TGG	0.425583	1:+85818798	MsG0180005024.01.T01:CDS
CTAGAGGAAACCATTGGATT+AGG	0.441923	1:+85818415	MsG0180005024.01.T01:CDS
ACATCTACCCTTGCTTTCCT+AGG	0.450885	1:-85818535	None:intergenic
TGGATTAGGCAAACCAATTG+AGG	0.456588	1:+85818429	MsG0180005024.01.T01:CDS
ATTGGAAACTTGAAATGGTA+TGG	0.465391	1:+85818803	MsG0180005024.01.T01:CDS
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CTAGGAAGCAACATTGGAGC+TGG	0.474492	1:-85818517	None:intergenic
AATTGGTTTGCCTAATCCAA+TGG	0.495770	1:-85818425	None:intergenic
AAGCTTACACCGTTCGGTAG+TGG	0.505174	1:+85818704	MsG0180005024.01.T01:CDS
GGTTCTGAAATTGATGTCAA+AGG	0.515973	1:+85818671	MsG0180005024.01.T01:CDS
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GCTTTCCTAGGAAGCAACAT+TGG	0.531700	1:-85818523	None:intergenic
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AGTGGAAGATGTATATGTCC+TGG	0.567470	1:+85818722	MsG0180005024.01.T01:CDS
TGTTGCTTCCTAGGAAAGCA+AGG	0.573347	1:+85818527	MsG0180005024.01.T01:CDS
TAGGAAAGCAAGGGTAGATG+TGG	0.580642	1:+85818537	MsG0180005024.01.T01:CDS
TGCAACATCCTAACAGCAAG+TGG	0.583831	1:-85818749	None:intergenic
TTGAAATGGTATGGAACCAA+AGG	0.586324	1:+85818812	MsG0180005024.01.T01:CDS
GGAAGCAACATTGGAGCTGG+AGG	0.596596	1:-85818514	None:intergenic
AAAAGCAAAGAAAGAACTAG+AGG	0.598344	1:+85818399	MsG0180005024.01.T01:CDS
GAAGCAACATTGGAGCTGGA+GGG	0.632234	1:-85818513	None:intergenic
GTTGCTTCCTAGGAAAGCAA+GGG	0.673834	1:+85818528	MsG0180005024.01.T01:CDS
TGAAGTAGTACGCCATCCAG+AGG	0.681999	1:+85818369	MsG0180005024.01.T01:CDS
ATACATCTTCCACTACCGAA+CGG	0.690551	1:-85818713	None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!	TTTTCACCAGAAAGATTTTT+GGG	+	Chr1:85818650-85818669	MsG0180005024.01.T01:intron	25.0%
	AAAAGCAAAGAAAGAACTAG+AGG	+	Chr1:85818399-85818418	MsG0180005024.01.T01:CDS	30.0%
	ATTGGAAACTTGAAATGGTA+TGG	+	Chr1:85818803-85818822	MsG0180005024.01.T01:CDS	30.0%
	TCAATATCTGATTCCTCAAT+TGG	-	Chr1:85818445-85818464	None:intergenic	30.0%
	TTAATCACTGCATTCAAGTA+TGG	-	Chr1:85818475-85818494	None:intergenic	30.0%
	TTGAGGAATCAGATATTGAT+AGG	+	Chr1:85818446-85818465	MsG0180005024.01.T01:CDS	30.0%
!	GTTTTCACCAGAAAGATTTT+TGG	+	Chr1:85818649-85818668	MsG0180005024.01.T01:intron	30.0%
	AAAGAACTAGAGGAAACCAT+TGG	+	Chr1:85818409-85818428	MsG0180005024.01.T01:CDS	35.0%
	CCTTGATTGGAAACTTGAAA+TGG	+	Chr1:85818798-85818817	MsG0180005024.01.T01:CDS	35.0%
	CTATTGGTAGAACAGACATA+TGG	+	Chr1:85818613-85818632	MsG0180005024.01.T01:intron	35.0%
	TCAGAACCCAAAAATCTTTC+TGG	-	Chr1:85818659-85818678	None:intergenic	35.0%
	TCATTGATCAACTCCTTGAT+TGG	+	Chr1:85818785-85818804	MsG0180005024.01.T01:CDS	35.0%
	TCTGATCAATGAATGGCTAT+TGG	+	Chr1:85818597-85818616	MsG0180005024.01.T01:intron	35.0%
	TTGAAATGGTATGGAACCAA+AGG	+	Chr1:85818812-85818831	MsG0180005024.01.T01:CDS	35.0%
!	CACAAGTTCTGATCAATGAA+TGG	+	Chr1:85818590-85818609	MsG0180005024.01.T01:intron	35.0%
!	CATTTTAAGCTTACACCGTT+CGG	+	Chr1:85818698-85818717	MsG0180005024.01.T01:CDS	35.0%
!!	AATTGGTTTGCCTAATCCAA+TGG	-	Chr1:85818428-85818447	None:intergenic	35.0%
!!	CCATTTCAAGTTTCCAATCA+AGG	-	Chr1:85818801-85818820	None:intergenic	35.0%
!!	GGTTCTGAAATTGATGTCAA+AGG	+	Chr1:85818671-85818690	MsG0180005024.01.T01:CDS	35.0%
!!	TTTGCTTTTGACATAACCTC+TGG	-	Chr1:85818388-85818407	None:intergenic	35.0%
	AGGATGTTGCATTTGATGCT+GGG	+	Chr1:85818761-85818780	MsG0180005024.01.T01:CDS	40.0%
	AGTGGAAGATGTATATGTCC+TGG	+	Chr1:85818722-85818741	MsG0180005024.01.T01:CDS	40.0%
	ATACATCTTCCACTACCGAA+CGG	-	Chr1:85818716-85818735	None:intergenic	40.0%
	CTAGAGGAAACCATTGGATT+AGG	+	Chr1:85818415-85818434	MsG0180005024.01.T01:CDS	40.0%
	GCAGGTTACACAATTCCAAA+AGG	+	Chr1:85818565-85818584	MsG0180005024.01.T01:CDS	40.0%
	TAGGATGTTGCATTTGATGC+TGG	+	Chr1:85818760-85818779	MsG0180005024.01.T01:CDS	40.0%
	TTGTCCAAGTTCATGTCCTT+TGG	-	Chr1:85818831-85818850	None:intergenic	40.0%
!	ATCAGAACTTGTGCACCTTT+TGG	-	Chr1:85818583-85818602	None:intergenic	40.0%
!	CTTTTGACATAACCTCTGGA+TGG	-	Chr1:85818384-85818403	None:intergenic	40.0%
!	TGGATTAGGCAAACCAATTG+AGG	+	Chr1:85818429-85818448	MsG0180005024.01.T01:CDS	40.0%
	ACATCTACCCTTGCTTTCCT+AGG	-	Chr1:85818538-85818557	None:intergenic	45.0%
	AGGGTAGATGTGGAAATAGC+AGG	+	Chr1:85818547-85818566	MsG0180005024.01.T01:CDS	45.0%
	GCTTTCCTAGGAAGCAACAT+TGG	-	Chr1:85818526-85818545	None:intergenic	45.0%
	GGAACCAAAGGACATGAACT+TGG	+	Chr1:85818824-85818843	MsG0180005024.01.T01:CDS	45.0%
	GTTGCTTCCTAGGAAAGCAA+GGG	+	Chr1:85818528-85818547	MsG0180005024.01.T01:CDS	45.0%
	TAGGAAAGCAAGGGTAGATG+TGG	+	Chr1:85818537-85818556	MsG0180005024.01.T01:CDS	45.0%
	TGCAACATCCTAACAGCAAG+TGG	-	Chr1:85818752-85818771	None:intergenic	45.0%
!	TGTTGCTTCCTAGGAAAGCA+AGG	+	Chr1:85818527-85818546	MsG0180005024.01.T01:CDS	45.0%
	AAGCTTACACCGTTCGGTAG+TGG	+	Chr1:85818704-85818723	MsG0180005024.01.T01:CDS	50.0%
	CTAGGAAGCAACATTGGAGC+TGG	-	Chr1:85818520-85818539	None:intergenic	50.0%
	GAAGCAACATTGGAGCTGGA+GGG	-	Chr1:85818516-85818535	None:intergenic	50.0%
	TGAAGTAGTACGCCATCCAG+AGG	+	Chr1:85818369-85818388	MsG0180005024.01.T01:CDS	50.0%
!	CAGCTCCAATGTTGCTTCCT+AGG	+	Chr1:85818518-85818537	MsG0180005024.01.T01:CDS	50.0%
	CTAACAGCAAGTGGTGAGCC+AGG	-	Chr1:85818743-85818762	None:intergenic	55.0%
	GGAAGCAACATTGGAGCTGG+AGG	-	Chr1:85818517-85818536	None:intergenic	55.0%
!!	CTGGCTCACCACTTGCTGTT+AGG	+	Chr1:85818741-85818760	MsG0180005024.01.T01:CDS	55.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr1	gene	85818364	85818865	85818364	ID=MsG0180005024.01;Name=MsG0180005024.01
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Chr1	CDS	85818364	85818586	85818364	ID=MsG0180005024.01.T01:cds;Parent=MsG0180005024.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0180005024.01.T01

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Protein sequence

>MsG0180005024.01.T01

MSEVVRHPEVMSKAKKELEETIGLGKPIEESDIDRLPYLNAVIKESLRLHPPAPMLLPRKARVDVEIAGYTIPKERFLGSEIDVKGRHFKLTPFGSGRCICPGSPLAVRMLHLMLGSLINSLIGNLKWYGTKGHELGQTTKS*