AlfalfaGEDB | MsG0180005025.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180005025.01

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Protein Kinases:

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MsG0180005025.01.T01	AT3G20120	31.395	172	86	5	87	227	277	447	5.02e-20	89.0
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MsG0180005025.01.T01	AT3G20120	31.395	172	86	5	87	227	141	311	5.13e-20	88.2
MsG0180005025.01.T01	AT5G35917	29.293	198	128	4	26	212	237	433	9.70e-20	87.8
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MsG0180005025.01.T01	AT3G20080	32.558	172	84	6	87	227	142	312	1.03e-19	87.4
MsG0180005025.01.T01	AT3G20080	32.558	172	84	6	87	227	142	312	1.03e-19	87.4
MsG0180005025.01.T01	AT3G20080	34.211	152	73	5	87	212	279	429	1.41e-19	87.4
MsG0180005025.01.T01	AT3G20080	34.211	152	73	5	87	212	279	429	1.41e-19	87.4
MsG0180005025.01.T01	AT4G20240	31.638	177	93	5	66	215	245	420	2.19e-19	86.7
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MsG0180005025.01.T01	AT1G05160	26.512	215	121	7	50	233	231	439	8.76e-11	61.6

Find 44 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 74 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
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CAGCTCCAATGTTGCTTCCC+AGG	0.423473	1:-85827254	MsG0180005025.01.T01:CDS
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CTGGGAAGCAACATTGGAGC+TGG	0.469754	1:+85827255	None:intergenic
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CTATTGGTAGAACAGACATA+TGG	0.484112	1:-85827158	MsG0180005025.01.T01:CDS
GGAACGGAGACATCGGCATA+TGG	0.485919	1:-85827443	MsG0180005025.01.T01:CDS
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TCTACTCTATTAAGTGCTGT+TGG	0.530508	1:-85828006	MsG0180005025.01.T01:CDS
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TATTGGTAGAACAGACATAT+GGG	0.545658	1:-85827157	MsG0180005025.01.T01:CDS
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GTGTGAAGACGTATATGTCC+TGG	0.554558	1:-85827050	MsG0180005025.01.T01:CDS
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CAGGAAAGCAAGGGTAGATG+TGG	0.573740	1:-85827235	MsG0180005025.01.T01:CDS
TGCAACATCCTAACAGCAAG+TGG	0.583831	1:+85827023	None:intergenic
GGAAGCAACATTGGAGCTGG+AGG	0.591858	1:+85827258	None:intergenic
TTAATAGGATCTTCTTGTGG+CGG	0.605104	1:-85827465	MsG0180005025.01.T01:intron
TTCTTTGGAAATGTCCAACA+AGG	0.617100	1:+85827807	None:intergenic
TGTGGCGGGAACGGAGACAT+CGG	0.617350	1:-85827450	MsG0180005025.01.T01:CDS
TGGATATCATAATTGACCAA+CGG	0.625340	1:-85827882	MsG0180005025.01.T01:CDS
GAAGCAACATTGGAGCTGGA+GGG	0.642689	1:+85827259	None:intergenic
GTTGCTTCCCAGGAAAGCAA+GGG	0.676317	1:-85827244	MsG0180005025.01.T01:CDS
ATATACGTCTTCACACCGAA+CGG	0.687736	1:+85827057	None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!!	ACAAGATGAATAATTTTATA+TGG	-	Chr1:85827581-85827600	MsG0180005025.01.T01:intron	15.0%
!!	TTTATATGGACACAAATATT+TGG	-	Chr1:85827595-85827614	MsG0180005025.01.T01:intron	20.0%
!	TGTATCATTGCACAAATATA+AGG	+	Chr1:85827562-85827581	None:intergenic	25.0%
!!	TTTTCACCAGAAAGATTTTT+GGG	-	Chr1:85828082-85828101	MsG0180005025.01.T01:intron	25.0%
!!	TTTTTAATAGGATCTTCTTG+TGG	-	Chr1:85827734-85827753	MsG0180005025.01.T01:intron	25.0%
	GGAAAATGATCAGCAATATT+TGG	+	Chr1:85827226-85827245	None:intergenic	30.0%
	GTGTGGACACATTATATATT+TGG	+	Chr1:85827668-85827687	None:intergenic	30.0%
	TATTGGTAGAACAGACATAT+GGG	-	Chr1:85828045-85828064	MsG0180005025.01.T01:intron	30.0%
	TCAATATCTGATTCCTCAAT+TGG	+	Chr1:85827875-85827894	None:intergenic	30.0%
	TGGATATCATAATTGACCAA+CGG	-	Chr1:85827320-85827339	MsG0180005025.01.T01:CDS	30.0%
	TTAATCACTGCATTCAAGTA+TGG	+	Chr1:85827905-85827924	None:intergenic	30.0%
	TTGAGGAATCAGATATTGAT+AGG	-	Chr1:85827876-85827895	MsG0180005025.01.T01:CDS	30.0%
!	ACAAGTTCTGATCAATGAAT+GGG	-	Chr1:85828021-85828040	MsG0180005025.01.T01:CDS	30.0%
!	GTTTTCACCAGAAAGATTTT+TGG	-	Chr1:85828081-85828100	MsG0180005025.01.T01:intron	30.0%
!!	TTCAAAAGTGTTCTATGCTT+TGG	-	Chr1:85827300-85827319	MsG0180005025.01.T01:CDS	30.0%
	AAATTGTGACCTGTTTCGTT+AGG	+	Chr1:85827515-85827534	None:intergenic	35.0%
	AAGGAACTAGAGGAAATCAT+TGG	-	Chr1:85827839-85827858	MsG0180005025.01.T01:CDS	35.0%
	AATACATTCCCTAACGAAAC+AGG	-	Chr1:85827503-85827522	MsG0180005025.01.T01:intron	35.0%
	AATTGTGACCTGTTTCGTTA+GGG	+	Chr1:85827514-85827533	None:intergenic	35.0%
	AGGTTATGTCAAAAGCAAGA+AGG	-	Chr1:85827820-85827839	MsG0180005025.01.T01:CDS	35.0%
	ATGCATAAAAGCAGCTTAAC+CGG	-	Chr1:85827059-85827078	MsG0180005025.01.T01:CDS	35.0%
	CTAGAGGAAATCATTGGATT+AGG	-	Chr1:85827845-85827864	MsG0180005025.01.T01:CDS	35.0%
	CTATTGGTAGAACAGACATA+TGG	-	Chr1:85828044-85828063	MsG0180005025.01.T01:intron	35.0%
	TCAGAACCCAAAAATCTTTC+TGG	+	Chr1:85828091-85828110	None:intergenic	35.0%
	TTAATAGGATCTTCTTGTGG+CGG	-	Chr1:85827737-85827756	MsG0180005025.01.T01:intron	35.0%
!	CACAAGTTCTGATCAATGAA+TGG	-	Chr1:85828020-85828039	MsG0180005025.01.T01:CDS	35.0%
!	CATTTTAAGCTTACACCGTT+CGG	-	Chr1:85828130-85828149	MsG0180005025.01.T01:intron	35.0%
!	TCTACTCTATTAAGTGCTGT+TGG	-	Chr1:85827196-85827215	MsG0180005025.01.T01:CDS	35.0%
!	TGTGTCTTTTAATGCCTTGT+GGG	+	Chr1:85827267-85827286	None:intergenic	35.0%
!	TTCTTTGGAAATGTCCAACA+AGG	+	Chr1:85827398-85827417	None:intergenic	35.0%
!	TTGAAGATTTTTGACCCACA+AGG	-	Chr1:85827250-85827269	MsG0180005025.01.T01:CDS	35.0%
!	TTTCTCTCATTTTCATCCGT+TGG	+	Chr1:85827339-85827358	None:intergenic	35.0%
!!	ATCGGCATATGGATTAGAAA+GGG	-	Chr1:85827770-85827789	MsG0180005025.01.T01:CDS	35.0%
!!	GGTTCTGAAATTGATGTCAA+AGG	-	Chr1:85828103-85828122	MsG0180005025.01.T01:intron	35.0%
	ATATACGTCTTCACACCGAA+CGG	+	Chr1:85828148-85828167	None:intergenic	40.0%
	CAAAAGCAAGAAGGAACTAG+AGG	-	Chr1:85827829-85827848	MsG0180005025.01.T01:CDS	40.0%
	CAAAGAAGACAGTCAGAAGA+TGG	-	Chr1:85827411-85827430	MsG0180005025.01.T01:intron	40.0%
	CATCTTCTGACTGTCTTCTT+TGG	+	Chr1:85827413-85827432	None:intergenic	40.0%
	GCAGGTTACACAATTCCAAA+AGG	-	Chr1:85827995-85828014	MsG0180005025.01.T01:CDS	40.0%
	GGGTCAAAAATCTTCAACAC+TGG	+	Chr1:85827247-85827266	None:intergenic	40.0%
	TAATAGGATCTTCTTGTGGC+GGG	-	Chr1:85827738-85827757	MsG0180005025.01.T01:intron	40.0%
	TCATGCGAGCAATTATTGTG+TGG	+	Chr1:85827685-85827704	None:intergenic	40.0%
!	ATCAGAACTTGTGCACCTTT+TGG	+	Chr1:85828013-85828032	None:intergenic	40.0%
!	GTGTGTCTTTTAATGCCTTG+TGG	+	Chr1:85827268-85827287	None:intergenic	40.0%
!	TGGATTAGGCAAACCAATTG+AGG	-	Chr1:85827859-85827878	MsG0180005025.01.T01:CDS	40.0%
!!	CATCGGCATATGGATTAGAA+AGG	-	Chr1:85827769-85827788	MsG0180005025.01.T01:CDS	40.0%
!!	CTGATCAATGAATGGGCTAT+TGG	-	Chr1:85828028-85828047	MsG0180005025.01.T01:CDS	40.0%
!!	CTTGCTTTTGACATAACCTC+CGG	+	Chr1:85827819-85827838	None:intergenic	40.0%
	ACATCTACCCTTGCTTTCCT+GGG	+	Chr1:85827968-85827987	None:intergenic	45.0%
	AGGGTAGATGTGGAAATAGC+AGG	-	Chr1:85827977-85827996	MsG0180005025.01.T01:CDS	45.0%
	GTGTGAAGACGTATATGTCC+TGG	-	Chr1:85828152-85828171	MsG0180005025.01.T01:CDS	45.0%
	TCCAACATCAACAGCTTCAC+CGG	+	Chr1:85827081-85827100	None:intergenic	45.0%
!	CTTTTGACATAACCTCCGGA+TGG	+	Chr1:85827815-85827834	None:intergenic	45.0%
!	TGTTGGAAGAGCTGCTTTCA+AGG	-	Chr1:85827094-85827113	MsG0180005025.01.T01:CDS	45.0%
!!!	GGCGTCTAGCATGTCATTTT+TGG	+	Chr1:85827377-85827396	None:intergenic	45.0%
!!	TTCTTAAATTATTATATATT+TGG	+	Chr1:85827622-85827641	None:intergenic	5.0%
!!!	TCATTATTATATTTTTTAAT+AGG	-	Chr1:85827722-85827741	MsG0180005025.01.T01:intron	5.0%
	ACCGGTGAAGCTGTTGATGT+TGG	-	Chr1:85827077-85827096	MsG0180005025.01.T01:CDS	50.0%
	CACATCTACCCTTGCTTTCC+TGG	+	Chr1:85827969-85827988	None:intergenic	50.0%
	CAGGAAAGCAAGGGTAGATG+TGG	-	Chr1:85827967-85827986	MsG0180005025.01.T01:CDS	50.0%
	GAAGCAACATTGGAGCTGGA+GGG	+	Chr1:85827946-85827965	None:intergenic	50.0%
	GAGTGAAGTAGTACGCCATC+CGG	-	Chr1:85827797-85827816	MsG0180005025.01.T01:CDS	50.0%
	GCTTTCCTGGGAAGCAACAT+TGG	+	Chr1:85827956-85827975	None:intergenic	50.0%
	GTTGCTTCCCAGGAAAGCAA+GGG	-	Chr1:85827958-85827977	MsG0180005025.01.T01:CDS	50.0%
	TGACATGCTAGACGCCTTGT+TGG	-	Chr1:85827381-85827400	MsG0180005025.01.T01:intron	50.0%
!	TGTTGCTTCCCAGGAAAGCA+AGG	-	Chr1:85827957-85827976	MsG0180005025.01.T01:CDS	50.0%
	CTAACAGCAAGTGGTGAGCC+AGG	+	Chr1:85828173-85828192	None:intergenic	55.0%
	CTGGGAAGCAACATTGGAGC+TGG	+	Chr1:85827950-85827969	None:intergenic	55.0%
	GGAACGGAGACATCGGCATA+TGG	-	Chr1:85827759-85827778	MsG0180005025.01.T01:intron	55.0%
	GGAAGCAACATTGGAGCTGG+AGG	+	Chr1:85827947-85827966	None:intergenic	55.0%
	TGAAGTAGTACGCCATCCGG+AGG	-	Chr1:85827800-85827819	MsG0180005025.01.T01:CDS	55.0%
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!	GGATCTTCTTGTGGCGGGAA+CGG	-	Chr1:85827743-85827762	MsG0180005025.01.T01:intron	55.0%
!	TGTGGCGGGAACGGAGACAT+CGG	-	Chr1:85827752-85827771	MsG0180005025.01.T01:intron	60.0%

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Gene Sequence

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Protein sequence

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