AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480023500.01


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MsG0480023500.01.T01 AT1G53330 24.766 214 151 4 179 390 189 394 7.45e-11 64.7
MsG0480023500.01.T01 AT1G31840 21.846 325 206 9 187 471 401 717 7.64e-11 65.5
MsG0480023500.01.T01 AT5G08310 28.033 239 157 5 234 469 426 652 9.51e-11 65.1
MsG0480023500.01.T01 AT5G08310 28.033 239 157 5 234 469 426 652 9.51e-11 65.1
MsG0480023500.01.T01 AT1G22960 22.642 212 151 3 251 462 277 475 9.93e-11 65.1
MsG0480023500.01.T01 AT1G22960 22.642 212 151 3 251 462 277 475 9.93e-11 65.1

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CAGCTTCAAGCGAGAGATTT+AGG 0.126442 4:+86073452 None:intergenic
TCCTTCTTCTTTGAGAATCT+TGG 0.153566 4:+86072392 None:intergenic
GAACGAATGGAGAAGGATTA+TGG 0.208068 4:-86073208 MsG0480023500.01.T01:CDS
CCGTTGCCTTGAAATCTTTC+CGG 0.223969 4:+86073332 None:intergenic
CGGCTGTTGACCGCCTTGTT+AGG 0.261569 4:-86073264 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTTGATTAAGAGTCTTTATC+AGG 0.297147 4:-86072717 MsG0480023500.01.T01:CDS
CCTTCTTCTTTGAGAATCTT+GGG 0.301144 4:+86072393 None:intergenic
GGAAACTTTGCCTGAGAAAA+TGG 0.306791 4:-86072339 MsG0480023500.01.T01:CDS
CCTCTCAATGCCACACAAAA+TGG 0.311083 4:+86072598 None:intergenic
AGCTTCAAGCGAGAGATTTA+GGG 0.320108 4:+86073453 None:intergenic
TCATACTTTGTCGACTATTT+CGG 0.323156 4:-86073358 MsG0480023500.01.T01:CDS
TAAGAAAGTGCTTGTGGAAA+TGG 0.332417 4:-86072885 MsG0480023500.01.T01:CDS
GAAGAAGCGCGTAGACTTGC+TGG 0.341508 4:-86073019 MsG0480023500.01.T01:CDS
CCGATGAGAAGTGTTTGATT+TGG 0.346591 4:+86073638 None:intergenic
GAAGGAGAAGAAGGCTGTTA+AGG 0.347689 4:-86072375 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTCGTCGGTGTGTGTGTACT+TGG 0.352210 4:+86073387 None:intergenic
AAATCACAAATTTCTTCATC+AGG 0.357057 4:+86073076 None:intergenic
AGATGGAGAAATGGAAGATA+TGG 0.370089 4:+86073756 None:intergenic
AACGAATGGAGAAGGATTAT+GGG 0.380197 4:-86073207 MsG0480023500.01.T01:CDS
AACAAGAAAAGTAGTCTCAT+TGG 0.385281 4:+86072739 None:intergenic
TGAAGAAATTTGTGATTTGC+TGG 0.386476 4:-86073071 MsG0480023500.01.T01:CDS
TAGGGCGGGTCGGGCGAGCC+AGG 0.387954 4:-86073245 MsG0480023500.01.T01:CDS
TAGGAAAACTAATGATGCTC+TGG 0.390027 4:-86072798 MsG0480023500.01.T01:CDS
GTTGCTGGTTATTGCATTGA+TGG 0.390712 4:-86073049 MsG0480023500.01.T01:CDS
ATTCTCACCGGCGGCGGTGG+AGG 0.392461 4:-86073304 MsG0480023500.01.T01:CDS
GACTCCGAATGAAGCTGAAA+TGG 0.395531 4:+86072908 None:intergenic
TTGAATGTCTCCACATTCCT+TGG 0.395693 4:+86072848 None:intergenic
ATTTGTGATTTGCTGGTTGC+TGG 0.400306 4:-86073064 MsG0480023500.01.T01:CDS
GGCTGTTGACCGCCTTGTTA+GGG 0.401876 4:-86073263 MsG0480023500.01.T01:CDS
CCGCCTTGTTAGGGCGGGTC+GGG 0.409586 4:-86073254 MsG0480023500.01.T01:CDS
AAATGTGATGAAATATTAGA+AGG 0.413513 4:+86073697 None:intergenic
GAATGAGGTGGTGGTTGGAT+TGG 0.425202 4:+86073733 None:intergenic
CGGTCGCCGGAAAGATTTCA+AGG 0.426017 4:-86073338 MsG0480023500.01.T01:CDS
GAGTGAAGGTGGAGTGAAAA+GGG 0.432216 4:+86073663 None:intergenic
AAGGAGAAGAAGGCTGTTAA+GGG 0.435858 4:-86072374 MsG0480023500.01.T01:CDS
GAAGATCTTTACTATGATGA+AGG 0.439151 4:-86072561 MsG0480023500.01.T01:CDS
TCCGGTTCAGTGGTAGAAAC+AGG 0.439793 4:+86073601 None:intergenic
ACCTGTTTCTACCACTGAAC+CGG 0.440329 4:-86073602 MsG0480023500.01.T01:CDS
GAAGGAGATGCAATGATTGA+TGG 0.440925 4:-86072680 MsG0480023500.01.T01:CDS
TCTTTATCAGGCTGCAAGGT+TGG 0.441227 4:-86072705 MsG0480023500.01.T01:CDS
GGTAGAAACAGGTTCGGGCT+TGG 0.442361 4:+86073612 None:intergenic
TTCAGTGGTAGAAACAGGTT+CGG 0.444101 4:+86073606 None:intergenic
AAAATTCTCACCGGCGGCGG+TGG 0.447908 4:-86073307 MsG0480023500.01.T01:CDS
GAGTGAAAAGGGTTCGGTTG+TGG 0.448050 4:+86073674 None:intergenic
GGATCCATTTCAGCTTCATT+CGG 0.454401 4:-86072912 MsG0480023500.01.T01:CDS
CGGATCGGAGTAAGATTCTT+CGG 0.458531 4:+86073791 None:intergenic
TGTGGAGAAGCTTTGTTTGA+AGG 0.458834 4:-86073152 MsG0480023500.01.T01:CDS
ACAGAGGATGGATCGGAGTC+TGG 0.460832 4:+86073538 None:intergenic
GTGGAGAAGCTTTGTTTGAA+GGG 0.464412 4:-86073151 MsG0480023500.01.T01:CDS
GAGTTCGATGAAGGTGGTTG+TGG 0.464781 4:-86073170 MsG0480023500.01.T01:CDS
TCAGTGGTAGAAACAGGTTC+GGG 0.465482 4:+86073607 None:intergenic
GATGAGATTGCACTGGCAAT+CGG 0.472666 4:+86073577 None:intergenic
CTCAAAGAAGAAGGAGAAGA+AGG 0.475360 4:-86072384 MsG0480023500.01.T01:CDS
ACAAGAAAAGTAGTCTCATT+GGG 0.479303 4:+86072740 None:intergenic
AGAGTGAAGGTGGAGTGAAA+AGG 0.479821 4:+86073662 None:intergenic
ATTGCACTGGCAATCGGATC+CGG 0.485255 4:+86073583 None:intergenic
TGCACATGATCGTGTTGATA+AGG 0.491094 4:-86072483 MsG0480023500.01.T01:CDS
AGAAGGATTATGGGTTGAAA+CGG 0.494819 4:-86073198 MsG0480023500.01.T01:CDS
CCCAAGATTCTCAAAGAAGA+AGG 0.495484 4:-86072393 MsG0480023500.01.T01:CDS
AGGAAAACTAATGATGCTCT+GGG 0.496032 4:-86072797 MsG0480023500.01.T01:CDS
ACCGCCTTGTTAGGGCGGGT+CGG 0.499171 4:-86073255 MsG0480023500.01.T01:CDS
TCGCCCGACCCGCCCTAACA+AGG 0.500252 4:+86073251 None:intergenic
GGGTTTATGTGAGGAGAATG+AGG 0.500988 4:+86073718 None:intergenic
TGAAGCTCGTAGTAGAGGAT+TGG 0.503364 4:-86072444 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTGTAAAATATGTCGCGAAA+AGG 0.506824 4:-86072933 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTGGATTGGAGATGGAGAAA+TGG 0.508133 4:+86073747 None:intergenic
GAAGGATTATGGGTTGAAAC+GGG 0.508572 4:-86073197 MsG0480023500.01.T01:CDS
GTTGACCGCCTTGTTAGGGC+GGG 0.509550 4:-86073259 MsG0480023500.01.T01:CDS
AATGATTGATGGAATGAAAT+CGG 0.512623 4:-86072669 MsG0480023500.01.T01:CDS
CTAAATCTCTCGCTTGAAGC+TGG 0.513338 4:-86073451 MsG0480023500.01.T01:CDS
AATGTGATGAAATATTAGAA+GGG 0.516952 4:+86073698 None:intergenic
AAGGTGGAGTGAAAAGGGTT+CGG 0.518535 4:+86073668 None:intergenic
AGACGCTGAGCGACAGAGGA+TGG 0.519548 4:+86073526 None:intergenic
TAGGGTCTCGAGAATCAAGT+TGG 0.521360 4:+86073471 None:intergenic
ACGGGATCGGAGTTCGATGA+AGG 0.521891 4:-86073179 MsG0480023500.01.T01:CDS
GACAAAATTCTCACCGGCGG+CGG 0.524867 4:-86073310 MsG0480023500.01.T01:CDS
ATTGATGGAATGAAATCGGC+TGG 0.526389 4:-86072665 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTCTCACCGGCGGCGGTGGA+GGG 0.527331 4:-86073303 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTGTGGAAATGGATTCTCAT+GGG 0.530422 4:-86072874 MsG0480023500.01.T01:CDS
CTGTTAAGGGCGAGAAGAAG+AGG 0.535813 4:-86072361 MsG0480023500.01.T01:CDS
TATCGTGGAGGGTTTGAGCT+TGG 0.539281 4:-86072989 MsG0480023500.01.T01:CDS
TGGATTCTCATGGGGTTCCA+AGG 0.540818 4:-86072865 MsG0480023500.01.T01:CDS
GGTGGTGGTTGGATTGGAGA+TGG 0.541715 4:+86073739 None:intergenic
ATGTGAGGAGAATGAGGTGG+TGG 0.543216 4:+86073724 None:intergenic
AAGGCTGATGGATGTGAACC+TGG 0.544255 4:-86072542 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTGTCGACTATTTCGGTCGC+CGG 0.545666 4:-86073351 MsG0480023500.01.T01:CDS
AATCACAAATTTCTTCATCA+GGG 0.546097 4:+86073077 None:intergenic
TCGAGAATCAAGTTGGGTGT+TGG 0.548273 4:+86073478 None:intergenic
TTGCTGGTTATTGCATTGAT+GGG 0.548583 4:-86073048 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTTACTATGATGAAGGCTGA+TGG 0.555975 4:-86072554 MsG0480023500.01.T01:CDS
TGTTGACCGCCTTGTTAGGG+CGG 0.557025 4:-86073260 MsG0480023500.01.T01:CDS
AAAGTATGATAAAGTTTCGT+CGG 0.558445 4:+86073372 None:intergenic
GAGGAGAATGAGGTGGTGGT+TGG 0.560567 4:+86073728 None:intergenic
TTCAATGAAGCTCGTAGTAG+AGG 0.561345 4:-86072449 MsG0480023500.01.T01:CDS
CTGGAGAGATGTATCGTGGA+GGG 0.562135 4:-86073000 MsG0480023500.01.T01:CDS
AGAGTCTTTATCAGGCTGCA+AGG 0.563694 4:-86072709 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTGATTTGGAAGAGTGAAGG+TGG 0.568698 4:+86073652 None:intergenic
TGTTTGATTTGGAAGAGTGA+AGG 0.569004 4:+86073649 None:intergenic
CCAAATCAAACACTTCTCAT+CGG 0.570565 4:-86073638 MsG0480023500.01.T01:CDS
ATTGAGACGCTGAGCGACAG+AGG 0.581011 4:+86073522 None:intergenic
TCGTCGGTGTGTGTGTACTT+GGG 0.583934 4:+86073388 None:intergenic
AGGGTCTCGAGAATCAAGTT+GGG 0.591203 4:+86073472 None:intergenic
CAGGCTGCAAGGTTGGAAGA+AGG 0.592210 4:-86072698 MsG0480023500.01.T01:CDS
CTTTGCCTGAGAAAATGGCT+AGG 0.601313 4:-86072334 MsG0480023500.01.T01:CDS
GGAATGAAATCGGCTGGGTA+CGG 0.601891 4:-86072659 MsG0480023500.01.T01:CDS
AAGCTCCGATGAGATTGCAC+TGG 0.603339 4:+86073570 None:intergenic
GATGACGCAGGATTTAGCTA+AGG 0.609275 4:-86073107 MsG0480023500.01.T01:CDS
CCGGAAAGATTTCAAGGCAA+CGG 0.610164 4:-86073332 MsG0480023500.01.T01:CDS
CTGAGCGACAGAGGATGGAT+CGG 0.612966 4:+86073531 None:intergenic
GATTGCCAGTGCAATCTCAT+CGG 0.613297 4:-86073575 MsG0480023500.01.T01:CDS
TCATGGGGTTCCAAGGAATG+TGG 0.613612 4:-86072858 MsG0480023500.01.T01:CDS
GGCAATCGGATCCGGTTCAG+TGG 0.613812 4:+86073591 None:intergenic
CTTGTGGAAATGGATTCTCA+TGG 0.618606 4:-86072875 MsG0480023500.01.T01:CDS
GGCGGGTCGGGCGAGCCAGG+CGG 0.620996 4:-86073242 MsG0480023500.01.T01:CDS
TGTGGAAATGGATTCTCATG+GGG 0.623883 4:-86072873 MsG0480023500.01.T01:CDS
GGATCGGAGTTCGATGAAGG+TGG 0.628389 4:-86073176 MsG0480023500.01.T01:CDS
ATTATGGGTTGAAACGGGAT+CGG 0.633381 4:-86073192 MsG0480023500.01.T01:CDS
TGTTAAGGGCGAGAAGAAGA+GGG 0.634052 4:-86072360 MsG0480023500.01.T01:CDS
ATATTAGAAGGGTTTATGTG+AGG 0.639940 4:+86073709 None:intergenic
AAGTCATAAGTCTTAACACC+AGG 0.647094 4:+86072524 None:intergenic
GACTTGTTGATGAAGAAACT+AGG 0.649008 4:-86072506 MsG0480023500.01.T01:CDS
GGAGTCTAAGAAAGTGCTTG+TGG 0.649082 4:-86072891 MsG0480023500.01.T01:CDS
AGATATGGAACGAAAACGAA+CGG 0.649245 4:+86073771 None:intergenic
GCAACGGACAAAATTCTCAC+CGG 0.655453 4:-86073316 MsG0480023500.01.T01:CDS
CTTGCTGGAGAGATGTATCG+TGG 0.660199 4:-86073004 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTATGCTGAGAAGATGACGC+AGG 0.662864 4:-86073119 MsG0480023500.01.T01:CDS
TGGAACGAAAACGAACGGAT+CGG 0.668896 4:+86073776 None:intergenic
ACGGACAAAATTCTCACCGG+CGG 0.679376 4:-86073313 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTGATGGAATGAAATCGGCT+GGG 0.698114 4:-86072664 MsG0480023500.01.T01:CDS
GCTGGAGAGATGTATCGTGG+AGG 0.701967 4:-86073001 MsG0480023500.01.T01:CDS
CCCGACCCGCCCTAACAAGG+CGG 0.709675 4:+86073254 None:intergenic
GGAAAACTAATGATGCTCTG+GGG 0.737063 4:-86072796 MsG0480023500.01.T01:CDS
TTTATGTGAGGAGAATGAGG+TGG 0.739803 4:+86073721 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATGTGATGAAATATTAGA+AGG + Chr4:86072379-86072398 None:intergenic 20.0%
!! AATGTGATGAAATATTAGAA+GGG + Chr4:86072378-86072397 None:intergenic 20.0%
!!! TAACGAATTTTTGTAAGATT+AGG - Chr4:86073256-86073275 MsG0480023500.01.T01:CDS 20.0%
! AAAGTATGATAAAGTTTCGT+CGG + Chr4:86072704-86072723 None:intergenic 25.0%
! AAATCACAAATTTCTTCATC+AGG + Chr4:86073000-86073019 None:intergenic 25.0%
! AATCACAAATTTCTTCATCA+GGG + Chr4:86072999-86073018 None:intergenic 25.0%
! AATGATTGATGGAATGAAAT+CGG - Chr4:86073404-86073423 MsG0480023500.01.T01:CDS 25.0%
! TTTGATTAAGAGTCTTTATC+AGG - Chr4:86073356-86073375 MsG0480023500.01.T01:CDS 25.0%
!! TGTTCAATTTTATGAGACAA+TGG - Chr4:86073301-86073320 MsG0480023500.01.T01:CDS 25.0%
AACAAGAAAAGTAGTCTCAT+TGG + Chr4:86073337-86073356 None:intergenic 30.0%
ACAAGAAAAGTAGTCTCATT+GGG + Chr4:86073336-86073355 None:intergenic 30.0%
ATATTAGAAGGGTTTATGTG+AGG + Chr4:86072367-86072386 None:intergenic 30.0%
GAAGATCTTTACTATGATGA+AGG - Chr4:86073512-86073531 MsG0480023500.01.T01:CDS 30.0%
TTGTAAAATATGTCGCGAAA+AGG - Chr4:86073140-86073159 MsG0480023500.01.T01:CDS 30.0%
! GATTTTCTTACCATTTTGTG+TGG - Chr4:86073465-86073484 MsG0480023500.01.T01:CDS 30.0%
! TCATACTTTGTCGACTATTT+CGG - Chr4:86072715-86072734 MsG0480023500.01.T01:CDS 30.0%
! TGAAGAAATTTGTGATTTGC+TGG - Chr4:86073002-86073021 MsG0480023500.01.T01:CDS 30.0%
AACGAATGGAGAAGGATTAT+GGG - Chr4:86072866-86072885 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
AAGTCATAAGTCTTAACACC+AGG + Chr4:86073552-86073571 None:intergenic 35.0%
AGATATGGAACGAAAACGAA+CGG + Chr4:86072305-86072324 None:intergenic 35.0%
AGATGGAGAAATGGAAGATA+TGG + Chr4:86072320-86072339 None:intergenic 35.0%
AGGAAAACTAATGATGCTCT+GGG - Chr4:86073276-86073295 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
AGGGCAAAAAACACTACTAT+CGG - Chr4:86072789-86072808 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
CCAAATCAAACACTTCTCAT+CGG - Chr4:86072435-86072454 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
TAGGAAAACTAATGATGCTC+TGG - Chr4:86073275-86073294 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
TTTACTATGATGAAGGCTGA+TGG - Chr4:86073519-86073538 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
! AAGCTGGTAGAAACGTTTTA+GGG - Chr4:86072638-86072657 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
! AGAAGGATTATGGGTTGAAA+CGG - Chr4:86072875-86072894 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
! CCTTCTTCTTTGAGAATCTT+GGG + Chr4:86073683-86073702 None:intergenic 35.0%
! TCCTTCTTCTTTGAGAATCT+TGG + Chr4:86073684-86073703 None:intergenic 35.0%
! TTGCTGGTTATTGCATTGAT+GGG - Chr4:86073025-86073044 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
! TTGTGGAAATGGATTCTCAT+GGG - Chr4:86073199-86073218 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
!! GACTTGTTGATGAAGAAACT+AGG - Chr4:86073567-86073586 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
!! TAAGAAAGTGCTTGTGGAAA+TGG - Chr4:86073188-86073207 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
!! TGTTTGATTTGGAAGAGTGA+AGG + Chr4:86072427-86072446 None:intergenic 35.0%
!!! ACGTTTTAGGGTTTCATCAA+TGG - Chr4:86072650-86072669 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
!!! GGTTCAGTTTTTTGAACGAA+TGG - Chr4:86072852-86072871 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
!!! GTTTTTTGAACGAATGGAGA+AGG - Chr4:86072858-86072877 MsG0480023500.01.T01:CDS 35.0%
AAGCCCAAAAAGAGCAGATT+CGG - Chr4:86073804-86073823 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
AAGGAGAAGAAGGCTGTTAA+GGG - Chr4:86073699-86073718 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
AGCTTCAAGCGAGAGATTTA+GGG + Chr4:86072623-86072642 None:intergenic 40.0%
ATTGATGGAATGAAATCGGC+TGG - Chr4:86073408-86073427 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
CCCAAGATTCTCAAAGAAGA+AGG - Chr4:86073680-86073699 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
CTCAAAGAAGAAGGAGAAGA+AGG - Chr4:86073689-86073708 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
GAACGAATGGAGAAGGATTA+TGG - Chr4:86072865-86072884 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
GAAGGAGATGCAATGATTGA+TGG - Chr4:86073393-86073412 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
GGAAAACTAATGATGCTCTG+GGG - Chr4:86073277-86073296 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
GGAAACTTTGCCTGAGAAAA+TGG - Chr4:86073734-86073753 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
GGATCCATTTCAGCTTCATT+CGG - Chr4:86073161-86073180 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
TTCAATGAAGCTCGTAGTAG+AGG - Chr4:86073624-86073643 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
TTCAGTGGTAGAAACAGGTT+CGG + Chr4:86072470-86072489 None:intergenic 40.0%
TTGAATGTCTCCACATTCCT+TGG + Chr4:86073228-86073247 None:intergenic 40.0%
TTGATGGAATGAAATCGGCT+GGG - Chr4:86073409-86073428 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
TTTATGTGAGGAGAATGAGG+TGG + Chr4:86072355-86072374 None:intergenic 40.0%
! ATTATGGGTTGAAACGGGAT+CGG - Chr4:86072881-86072900 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
! CTTGTGGAAATGGATTCTCA+TGG - Chr4:86073198-86073217 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
! GAAGCTGGTAGAAACGTTTT+AGG - Chr4:86072637-86072656 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
! GAAGGATTATGGGTTGAAAC+GGG - Chr4:86072876-86072895 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
! GTTGCTGGTTATTGCATTGA+TGG - Chr4:86073024-86073043 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
! TGCACATGATCGTGTTGATA+AGG - Chr4:86073590-86073609 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
! TGTGGAAATGGATTCTCATG+GGG - Chr4:86073200-86073219 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
! TTGGATTGGAGATGGAGAAA+TGG + Chr4:86072329-86072348 None:intergenic 40.0%
!! ATTTGTGATTTGCTGGTTGC+TGG - Chr4:86073009-86073028 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
!! CCGATGAGAAGTGTTTGATT+TGG + Chr4:86072438-86072457 None:intergenic 40.0%
!! GTGGAGAAGCTTTGTTTGAA+GGG - Chr4:86072922-86072941 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
!! TGTGGAGAAGCTTTGTTTGA+AGG - Chr4:86072921-86072940 MsG0480023500.01.T01:CDS 40.0%
!! TTGATTTGGAAGAGTGAAGG+TGG + Chr4:86072424-86072443 None:intergenic 40.0%
AAGGTGGAGTGAAAAGGGTT+CGG + Chr4:86072408-86072427 None:intergenic 45.0%
AGAGTCTTTATCAGGCTGCA+AGG - Chr4:86073364-86073383 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
AGAGTGAAGGTGGAGTGAAA+AGG + Chr4:86072414-86072433 None:intergenic 45.0%
AGGGTCTCGAGAATCAAGTT+GGG + Chr4:86072604-86072623 None:intergenic 45.0%
CAGCTTCAAGCGAGAGATTT+AGG + Chr4:86072624-86072643 None:intergenic 45.0%
CCGGAAAGATTTCAAGGCAA+CGG - Chr4:86072741-86072760 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
CCGTTGCCTTGAAATCTTTC+CGG + Chr4:86072744-86072763 None:intergenic 45.0%
CCTCTCAATGCCACACAAAA+TGG + Chr4:86073478-86073497 None:intergenic 45.0%
CGGATCGGAGTAAGATTCTT+CGG + Chr4:86072285-86072304 None:intergenic 45.0%
CTAAATCTCTCGCTTGAAGC+TGG - Chr4:86072622-86072641 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
CTTTGCCTGAGAAAATGGCT+AGG - Chr4:86073739-86073758 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
GAAGGAGAAGAAGGCTGTTA+AGG - Chr4:86073698-86073717 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
GACTCCGAATGAAGCTGAAA+TGG + Chr4:86073168-86073187 None:intergenic 45.0%
GAGTGAAGGTGGAGTGAAAA+GGG + Chr4:86072413-86072432 None:intergenic 45.0%
GATGACGCAGGATTTAGCTA+AGG - Chr4:86072966-86072985 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
GATTGCCAGTGCAATCTCAT+CGG - Chr4:86072498-86072517 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
GCAACGGACAAAATTCTCAC+CGG - Chr4:86072757-86072776 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
GGGTTTATGTGAGGAGAATG+AGG + Chr4:86072358-86072377 None:intergenic 45.0%
GTTCAAAAAACTGAACCGCC+TGG + Chr4:86072849-86072868 None:intergenic 45.0%
TAGGGTCTCGAGAATCAAGT+TGG + Chr4:86072605-86072624 None:intergenic 45.0%
TCAGTGGTAGAAACAGGTTC+GGG + Chr4:86072469-86072488 None:intergenic 45.0%
TCTTTATCAGGCTGCAAGGT+TGG - Chr4:86073368-86073387 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
TGAAGCTCGTAGTAGAGGAT+TGG - Chr4:86073629-86073648 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
TGGAACGAAAACGAACGGAT+CGG + Chr4:86072300-86072319 None:intergenic 45.0%
TGTTAAGGGCGAGAAGAAGA+GGG - Chr4:86073713-86073732 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
TTATGCTGAGAAGATGACGC+AGG - Chr4:86072954-86072973 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
! CAGCCGAATCTGCTCTTTTT+GGG + Chr4:86073810-86073829 None:intergenic 45.0%
! GATGAGATTGCACTGGCAAT+CGG + Chr4:86072499-86072518 None:intergenic 45.0%
! TCAGCCGAATCTGCTCTTTT+TGG + Chr4:86073811-86073830 None:intergenic 45.0%
!! ACCTGTTTCTACCACTGAAC+CGG - Chr4:86072471-86072490 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
!! CCATTTTGTGTGGCATTGAG+AGG - Chr4:86073475-86073494 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
!! CTCTTCCTAGCCATTTTCTC+AGG + Chr4:86073747-86073766 None:intergenic 45.0%
!! GGAGTCTAAGAAAGTGCTTG+TGG - Chr4:86073182-86073201 MsG0480023500.01.T01:CDS 45.0%
!! TCGAGAATCAAGTTGGGTGT+TGG + Chr4:86072598-86072617 None:intergenic 45.0%
AAGCTCCGATGAGATTGCAC+TGG + Chr4:86072506-86072525 None:intergenic 50.0%
ACGGACAAAATTCTCACCGG+CGG - Chr4:86072760-86072779 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
ATGTGAGGAGAATGAGGTGG+TGG + Chr4:86072352-86072371 None:intergenic 50.0%
CTGGAGAGATGTATCGTGGA+GGG - Chr4:86073073-86073092 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
CTGTTAAGGGCGAGAAGAAG+AGG - Chr4:86073712-86073731 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
CTTGCTGGAGAGATGTATCG+TGG - Chr4:86073069-86073088 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
GAGTTCGATGAAGGTGGTTG+TGG - Chr4:86072903-86072922 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
GGAATGAAATCGGCTGGGTA+CGG - Chr4:86073414-86073433 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
TATCGTGGAGGGTTTGAGCT+TGG - Chr4:86073084-86073103 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
TCATGGGGTTCCAAGGAATG+TGG - Chr4:86073215-86073234 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
TCCGGTTCAGTGGTAGAAAC+AGG + Chr4:86072475-86072494 None:intergenic 50.0%
TCGTCGGTGTGTGTGTACTT+GGG + Chr4:86072688-86072707 None:intergenic 50.0%
TGGATTCTCATGGGGTTCCA+AGG - Chr4:86073208-86073227 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
TTCGTCGGTGTGTGTGTACT+TGG + Chr4:86072689-86072708 None:intergenic 50.0%
! AAGGCTGATGGATGTGAACC+TGG - Chr4:86073531-86073550 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
! ATTGCACTGGCAATCGGATC+CGG + Chr4:86072493-86072512 None:intergenic 50.0%
! GAATGAGGTGGTGGTTGGAT+TGG + Chr4:86072343-86072362 None:intergenic 50.0%
! GAGTGAAAAGGGTTCGGTTG+TGG + Chr4:86072402-86072421 None:intergenic 50.0%
! TTGTCGACTATTTCGGTCGC+CGG - Chr4:86072722-86072741 MsG0480023500.01.T01:CDS 50.0%
ACAGAGGATGGATCGGAGTC+TGG + Chr4:86072538-86072557 None:intergenic 55.0%
ACGGGATCGGAGTTCGATGA+AGG - Chr4:86072894-86072913 MsG0480023500.01.T01:CDS 55.0%
ATTGAGACGCTGAGCGACAG+AGG + Chr4:86072554-86072573 None:intergenic 55.0%
CAGGCTGCAAGGTTGGAAGA+AGG - Chr4:86073375-86073394 MsG0480023500.01.T01:CDS 55.0%
CGGTCGCCGGAAAGATTTCA+AGG - Chr4:86072735-86072754 MsG0480023500.01.T01:CDS 55.0%
CTGAGCGACAGAGGATGGAT+CGG + Chr4:86072545-86072564 None:intergenic 55.0%
GACAAAATTCTCACCGGCGG+CGG - Chr4:86072763-86072782 MsG0480023500.01.T01:CDS 55.0%
GCTGGAGAGATGTATCGTGG+AGG - Chr4:86073072-86073091 MsG0480023500.01.T01:CDS 55.0%
GGATCGGAGTTCGATGAAGG+TGG - Chr4:86072897-86072916 MsG0480023500.01.T01:CDS 55.0%
GGTAGAAACAGGTTCGGGCT+TGG + Chr4:86072464-86072483 None:intergenic 55.0%
! GAAGAAGCGCGTAGACTTGC+TGG - Chr4:86073054-86073073 MsG0480023500.01.T01:CDS 55.0%
! GAGGAGAATGAGGTGGTGGT+TGG + Chr4:86072348-86072367 None:intergenic 55.0%
! GGCTGTTGACCGCCTTGTTA+GGG - Chr4:86072810-86072829 MsG0480023500.01.T01:CDS 55.0%
! GGTGGTGGTTGGATTGGAGA+TGG + Chr4:86072337-86072356 None:intergenic 55.0%
! TGTTGACCGCCTTGTTAGGG+CGG - Chr4:86072813-86072832 MsG0480023500.01.T01:CDS 55.0%
AAAATTCTCACCGGCGGCGG+TGG - Chr4:86072766-86072785 MsG0480023500.01.T01:CDS 60.0%
AGACGCTGAGCGACAGAGGA+TGG + Chr4:86072550-86072569 None:intergenic 60.0%
GGCAATCGGATCCGGTTCAG+TGG + Chr4:86072485-86072504 None:intergenic 60.0%
! CGGCTGTTGACCGCCTTGTT+AGG - Chr4:86072809-86072828 MsG0480023500.01.T01:CDS 60.0%
! GTTGACCGCCTTGTTAGGGC+GGG - Chr4:86072814-86072833 MsG0480023500.01.T01:CDS 60.0%
! ACCGCCTTGTTAGGGCGGGT+CGG - Chr4:86072818-86072837 MsG0480023500.01.T01:CDS 65.0%
! TTTTTGCCCTCCACCGCCGC+CGG + Chr4:86072779-86072798 None:intergenic 65.0%
ATTCTCACCGGCGGCGGTGG+AGG - Chr4:86072769-86072788 MsG0480023500.01.T01:CDS 70.0%
CCCGACCCGCCCTAACAAGG+CGG + Chr4:86072822-86072841 None:intergenic 70.0%
TCGCCCGACCCGCCCTAACA+AGG + Chr4:86072825-86072844 None:intergenic 70.0%
TTCTCACCGGCGGCGGTGGA+GGG - Chr4:86072770-86072789 MsG0480023500.01.T01:CDS 70.0%
! CCGCCTTGTTAGGGCGGGTC+GGG - Chr4:86072819-86072838 MsG0480023500.01.T01:CDS 70.0%
! TAGGGCGGGTCGGGCGAGCC+AGG - Chr4:86072828-86072847 MsG0480023500.01.T01:CDS 80.0%
! GGCGGGTCGGGCGAGCCAGG+CGG - Chr4:86072831-86072850 MsG0480023500.01.T01:CDS 85.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr4 gene 86072265 86073830 86072265 ID=MsG0480023500.01;Name=MsG0480023500.01
Chr4 mRNA 86072265 86073830 86072265 ID=MsG0480023500.01.T01;Parent=MsG0480023500.01;Name=MsG0480023500.01.T01;_AED=0.43;_eAED=0.43;_QI=0|-1|0|1|-1|1|1|0|521
Chr4 exon 86072265 86073830 86072265 ID=MsG0480023500.01.T01:exon:6021;Parent=MsG0480023500.01.T01
Chr4 CDS 86072265 86073830 86072265 ID=MsG0480023500.01.T01:cds;Parent=MsG0480023500.01.T01
Gene Sequence

>MsG0480023500.01.T01

ATGGCGTCTTTGCAACTCCGAAGAATCTTACTCCGATCCGTTCGTTTTCGTTCCATATCTTCCATTTCTCCATCTCCAATCCAACCACCACCTCATTCTCCTCACATAAACCCTTCTAATATTTCATCACATTTCCACAACCGAACCCTTTTCACTCCACCTTCACTCTTCCAAATCAAACACTTCTCATCGGAATCCAAGCCCGAACCTGTTTCTACCACTGAACCGGATCCGATTGCCAGTGCAATCTCATCGGAGCTTCTCAAAGAACCAGACTCCGATCCATCCTCTGTCGCTCAGCGTCTCAATCTCAGCTTCTCACACATTACACCAACACCCAACTTGATTCTCGAGACCCTAAATCTCTCGCTTGAAGCTGGTAGAAACGTTTTAGGGTTTCATCAATGGCTTGCATCGAATCCCAAGTACACACACACCGACGAAACTTTATCATACTTTGTCGACTATTTCGGTCGCCGGAAAGATTTCAAGGCAACGGACAAAATTCTCACCGGCGGCGGTGGAGGGCAAAAAACACTACTATCGGCTGTTGACCGCCTTGTTAGGGCGGGTCGGGCGAGCCAGGCGGTTCAGTTTTTTGAACGAATGGAGAAGGATTATGGGTTGAAACGGGATCGGAGTTCGATGAAGGTGGTTGTGGAGAAGCTTTGTTTGAAGGGTTATGCTAGTTATGCTGAGAAGATGACGCAGGATTTAGCTAAGGAATTTTTCCCTGATGAAGAAATTTGTGATTTGCTGGTTGCTGGTTATTGCATTGATGGGAAGATTGAAGAAGCGCGTAGACTTGCTGGAGAGATGTATCGTGGAGGGTTTGAGCTTGGTGTGAGAGCTTATAATGCTATGCTTGATTGTGTTTGTAAAATATGTCGCGAAAAGGATCCATTTCAGCTTCATTCGGAGTCTAAGAAAGTGCTTGTGGAAATGGATTCTCATGGGGTTCCAAGGAATGTGGAGACATTCAATGTGTTAATAACGAATTTTTGTAAGATTAGGAAAACTAATGATGCTCTGGGGTTGTTCAATTTTATGAGACAATGGAGATGCAATCCCAATGAGACTACTTTTCTTGTTTTGATTAAGAGTCTTTATCAGGCTGCAAGGTTGGAAGAAGGAGATGCAATGATTGATGGAATGAAATCGGCTGGGTACGGTGCTTTTCTTGATAAGAAAGCTTATTTTGATTTTCTTACCATTTTGTGTGGCATTGAGAGGATTGATCATGCTTTGAAGATCTTTACTATGATGAAGGCTGATGGATGTGAACCTGGTGTTAAGACTTATGACTTGTTGATGAAGAAACTAGGTGCACATGATCGTGTTGATAAGGCTAATGCTCTATTCAATGAAGCTCGTAGTAGAGGATTGGATGTGACTCTAAAAGAGCATGTTGTTGACCCAAGATTCTCAAAGAAGAAGGAGAAGAAGGCTGTTAAGGGCGAGAAGAAGAGGGAAACTTTGCCTGAGAAAATGGCTAGGAAGAGAAGACGCTTGAAACAGATTCGACTAAGTTTTGTGAAGAAGCCCAAAAAGAGCAGATTCGGCTGA

Protein sequence

>MsG0480023500.01.T01

MASLQLRRILLRSVRFRSISSISPSPIQPPPHSPHINPSNISSHFHNRTLFTPPSLFQIKHFSSESKPEPVSTTEPDPIASAISSELLKEPDSDPSSVAQRLNLSFSHITPTPNLILETLNLSLEAGRNVLGFHQWLASNPKYTHTDETLSYFVDYFGRRKDFKATDKILTGGGGGQKTLLSAVDRLVRAGRASQAVQFFERMEKDYGLKRDRSSMKVVVEKLCLKGYASYAEKMTQDLAKEFFPDEEICDLLVAGYCIDGKIEEARRLAGEMYRGGFELGVRAYNAMLDCVCKICREKDPFQLHSESKKVLVEMDSHGVPRNVETFNVLITNFCKIRKTNDALGLFNFMRQWRCNPNETTFLVLIKSLYQAARLEEGDAMIDGMKSAGYGAFLDKKAYFDFLTILCGIERIDHALKIFTMMKADGCEPGVKTYDLLMKKLGAHDRVDKANALFNEARSRGLDVTLKEHVVDPRFSKKKEKKAVKGEKKRETLPEKMARKRRRLKQIRLSFVKKPKKSRFG*