AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580029176.01

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MsG0580029176.01.T01 AT5G65700 39.583 144 81 2 4 142 241 383 1.39e-11 67.4
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MsG0580029176.01.T01 AT1G31420 28.610 367 210 10 16 363 88 421 4.95e-27 114
MsG0580029176.01.T01 AT5G48380 30.000 350 193 13 52 362 83 419 8.05e-27 113
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MsG0580029176.01.T01 AT5G48940 30.052 386 229 15 4 363 541 911 1.43e-26 113
MsG0580029176.01.T01 AT5G48940 32.275 189 96 5 1 159 322 508 1.05e-12 70.9
MsG0580029176.01.T01 AT5G48940 32.086 187 95 4 4 160 421 605 2.26e-12 69.7
MsG0580029176.01.T01 AT5G48940 31.000 200 102 6 2 169 178 373 4.10e-12 68.9
MsG0580029176.01.T01 AT5G48940 34.810 158 91 3 4 150 397 553 1.02e-11 67.8
MsG0580029176.01.T01 AT5G16000 30.952 378 193 12 14 365 93 428 1.46e-26 113
MsG0580029176.01.T01 AT1G56130 32.319 263 147 11 134 390 401 638 1.48e-26 113
MsG0580029176.01.T01 AT1G56130 32.319 263 147 11 134 390 600 837 1.52e-26 113
MsG0580029176.01.T01 AT1G56140 32.627 236 131 10 134 365 599 810 2.26e-26 112
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MsG0580029176.01.T01 AT5G61480 27.848 395 242 12 4 368 467 848 3.27e-26 112
MsG0580029176.01.T01 AT4G30520 30.728 371 198 12 14 365 89 419 5.12e-26 111
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MsG0580029176.01.T01 AT5G45780 32.087 321 184 11 56 361 71 372 1.43e-25 109
MsG0580029176.01.T01 AT3G59700 34.951 206 122 4 163 368 267 460 1.66e-25 109
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MsG0580029176.01.T01 AT5G65240 31.044 364 204 11 10 361 72 400 4.80e-25 108
MsG0580029176.01.T01 AT3G59740 35.922 206 123 4 163 368 262 458 5.13e-25 108
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MsG0580029176.01.T01 AT1G72180 29.412 374 232 11 11 363 443 805 6.68e-25 108
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MsG0580029176.01.T01 AT1G25320 28.638 426 218 14 3 361 116 522 1.92e-24 106
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MsG0580029176.01.T01 AT5G63710 24.798 371 207 8 4 361 59 370 2.86e-24 105
MsG0580029176.01.T01 AT1G51830 30.743 296 165 10 91 368 234 507 2.87e-24 106
MsG0580029176.01.T01 AT5G63710 24.523 367 213 7 4 361 95 406 2.96e-24 105
MsG0580029176.01.T01 AT5G63710 24.798 371 207 8 4 361 94 405 3.18e-24 105
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MsG0580029176.01.T01 AT1G73080 32.178 202 118 7 4 199 461 649 5.61e-13 71.6
MsG0580029176.01.T01 AT1G73080 34.731 167 95 4 4 157 293 458 4.99e-11 65.5
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MsG0580029176.01.T01 AT1G56120 31.915 235 132 9 134 364 598 808 4.78e-24 105
MsG0580029176.01.T01 AT4G02410 31.754 211 129 5 162 368 277 476 4.92e-24 105
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MsG0580029176.01.T01 AT1G51850 31.464 321 172 15 71 368 384 679 1.45e-23 104
MsG0580029176.01.T01 AT2G14440 32.581 310 170 15 68 361 391 677 1.63e-23 104
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MsG0580029176.01.T01 AT2G35620 29.268 369 211 12 24 363 71 418 1.63e-23 103
MsG0580029176.01.T01 AT2G35620 29.268 369 211 12 24 363 71 418 1.63e-23 103
MsG0580029176.01.T01 AT2G35620 29.268 369 211 12 24 363 71 418 1.63e-23 103
MsG0580029176.01.T01 AT2G19230 30.935 278 155 11 92 362 436 683 1.92e-23 103
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MsG0580029176.01.T01 AT5G59670 32.734 278 158 8 99 361 415 678 3.07e-23 103
MsG0580029176.01.T01 AT3G19700 28.261 414 227 10 4 366 414 808 3.12e-23 103
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MsG0580029176.01.T01 AT2G14510 32.673 303 165 15 75 361 405 684 4.65e-23 102
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MsG0580029176.01.T01 AT2G43700 32.512 203 121 6 170 368 242 432 8.25e-23 101
MsG0580029176.01.T01 AT2G43700 32.512 203 121 6 170 368 242 432 8.25e-23 101
MsG0580029176.01.T01 AT2G43700 32.512 203 121 6 170 368 242 432 8.25e-23 101
MsG0580029176.01.T01 AT2G36570 28.401 419 218 15 21 373 83 485 1.04e-22 101
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MsG0580029176.01.T01 AT1G75640 33.728 169 101 4 1 163 337 500 3.02e-12 69.3
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MsG0580029176.01.T01 AT1G51880 27.248 367 212 14 22 362 369 706 1.12e-21 98.6
MsG0580029176.01.T01 AT4G29050 31.797 217 135 5 154 368 260 465 1.17e-21 98.2
MsG0580029176.01.T01 AT5G10290 29.412 357 207 10 16 361 84 406 1.72e-21 97.8
MsG0580029176.01.T01 AT5G10290 29.412 357 207 10 16 361 84 406 1.72e-21 97.8
MsG0580029176.01.T01 AT1G51805 28.523 298 168 10 92 368 401 674 2.08e-21 97.8
MsG0580029176.01.T01 AT1G51805 28.523 298 168 10 92 368 425 698 2.19e-21 97.8
MsG0580029176.01.T01 AT3G28450 29.659 381 185 15 14 362 90 419 2.60e-21 97.1
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MsG0580029176.01.T01 AT1G66150 27.941 340 168 12 92 366 384 711 3.34e-21 97.1
MsG0580029176.01.T01 AT1G56145 30.350 257 134 9 134 364 593 830 4.11e-21 97.1
MsG0580029176.01.T01 AT1G56145 34.395 157 95 4 14 164 202 356 1.33e-11 67.4
MsG0580029176.01.T01 AT5G60270 31.884 207 124 6 168 368 269 464 4.26e-21 96.7
MsG0580029176.01.T01 AT4G36180 28.372 430 221 17 1 361 547 958 4.38e-21 97.1
MsG0580029176.01.T01 AT4G36180 36.196 163 96 4 3 159 309 469 1.93e-13 73.2
MsG0580029176.01.T01 AT4G36180 31.677 161 104 2 4 159 430 589 7.57e-12 68.2
MsG0580029176.01.T01 AT4G36180 33.511 188 95 6 1 159 331 517 3.62e-11 65.9
MsG0580029176.01.T01 AT4G29990 30.282 284 158 12 91 361 430 686 4.46e-21 96.7
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MsG0580029176.01.T01 AT3G45430 33.816 207 119 7 165 368 273 464 4.49e-21 96.7
MsG0580029176.01.T01 AT3G45430 33.816 207 119 7 165 368 273 464 4.49e-21 96.7
MsG0580029176.01.T01 AT4G29990 30.282 284 158 12 91 361 430 686 5.86e-21 96.3
MsG0580029176.01.T01 AT2G28970 30.619 307 157 13 99 368 313 600 6.86e-21 96.3
MsG0580029176.01.T01 AT2G28970 30.619 307 157 13 99 368 278 565 7.98e-21 95.9
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MsG0580029176.01.T01 AT5G60300 32.524 206 121 6 168 368 272 464 1.24e-17 85.9
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MsG0580029176.01.T01 AT1G61490 37.956 137 74 5 229 365 457 582 2.30e-16 82.0
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MsG0580029176.01.T01 AT1G24030 34.459 148 82 4 220 364 60 195 4.32e-15 77.0
MsG0580029176.01.T01 AT2G39660 35.294 153 81 5 225 368 56 199 4.50e-15 77.0
MsG0580029176.01.T01 AT5G59660 29.358 327 162 11 58 361 297 577 4.59e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT5G01950 34.000 150 86 4 216 364 605 742 4.59e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT1G70250 34.752 141 76 6 223 362 448 573 4.63e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT4G32710 35.971 139 77 4 225 363 378 504 4.64e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT5G59660 29.358 327 162 11 58 361 319 599 4.78e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT3G28690 34.104 173 80 7 213 366 96 253 4.85e-15 77.4
MsG0580029176.01.T01 AT5G01950 34.000 150 86 4 216 364 605 742 4.88e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT5G01950 34.000 150 86 4 216 364 605 742 4.88e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT5G01950 34.000 150 86 4 216 364 605 742 4.88e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT5G01950 34.000 150 86 4 216 364 605 742 4.88e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT1G51870 31.447 159 93 6 205 362 502 645 4.91e-15 78.2
MsG0580029176.01.T01 AT1G66460 32.278 158 98 4 212 368 109 258 4.93e-15 77.4
MsG0580029176.01.T01 AT1G21590 33.803 142 83 5 225 366 398 528 4.95e-15 77.8
MsG0580029176.01.T01 AT5G43020 26.190 420 232 15 4 367 102 499 5.28e-15 77.8
MsG0580029176.01.T01 AT1G51890 26.510 298 153 10 91 362 155 412 5.34e-15 77.8
MsG0580029176.01.T01 AT3G20530 32.624 141 87 2 225 365 71 203 5.39e-15 75.9
MsG0580029176.01.T01 AT1G61610 32.624 141 84 4 225 365 514 643 5.39e-15 77.8
MsG0580029176.01.T01 AT4G04960 32.867 143 88 2 223 365 334 468 5.52e-15 77.8
MsG0580029176.01.T01 AT4G04960 32.867 143 88 2 223 365 334 468 5.70e-15 77.4
MsG0580029176.01.T01 AT1G07870 34.783 138 81 3 225 362 92 220 5.83e-15 77.4
MsG0580029176.01.T01 AT4G04500 34.783 184 99 5 191 365 292 463 6.06e-15 77.4

Find 81 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 144 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ACTTCACCATCTTTGATAAA+TGG 0.145437 5:+93273647 MsG0580029176.01.T01:CDS
TAGAGATCTCTTGTGTTTCT+TGG 0.219501 5:-93273522 None:intergenic
TGGAGCTATACATTTGTTCT+TGG 0.258977 5:+93273256 MsG0580029176.01.T01:CDS
ATTGGAAAGCTTAAGAATCT+TGG 0.278991 5:+93272840 MsG0580029176.01.T01:CDS
GCTTCCTGTACCTACCAAAT+TGG 0.282065 5:-93273726 None:intergenic
ATGGCGGAATGCAATGCTTT+AGG 0.294304 5:+93273845 MsG0580029176.01.T01:CDS
GTTCCCACAAGAGGCGTCTT+TGG 0.308776 5:+93273410 MsG0580029176.01.T01:CDS
GTCTCAGCAATTTCACTAAC+TGG 0.319724 5:+93273437 MsG0580029176.01.T01:CDS
TTTGCGAGCATTCTCTGAAT+AGG 0.341637 5:-93274782 None:intergenic
TGTTCTTGGGCTCGTCATTA+AGG 0.347243 5:+93273270 MsG0580029176.01.T01:CDS
GCCTAGATTTGACAGAACTA+TGG 0.369842 5:+93273213 MsG0580029176.01.T01:CDS
TGAAGAATATCAGAAGGTTA+TGG 0.372375 5:+93274694 MsG0580029176.01.T01:CDS
GGAACAATTTCAGATTCAAT+TGG 0.372564 5:+93272822 MsG0580029176.01.T01:CDS
CTTCACCATCTTTGATAAAT+GGG 0.373430 5:+93273648 MsG0580029176.01.T01:CDS
GAAAGAATTGGACAAATGAT+TGG 0.379803 5:+93272762 None:intergenic
TTCTGATATTCTTCAACAAA+TGG 0.382106 5:-93274686 None:intergenic
GGAGCTATACATTTGTTCTT+GGG 0.384825 5:+93273257 MsG0580029176.01.T01:CDS
AGGCAAGAAGCTAAATCATT+AGG 0.385656 5:-93273194 None:intergenic
CTTATCCTCATCAGTGTAAT+CGG 0.385679 5:+93273554 MsG0580029176.01.T01:CDS
GGGAGCTTGAGGGTTACTTA+TGG 0.385845 5:+93273668 MsG0580029176.01.T01:CDS
TGGTGAAGTAGGTAACCTTT+TGG 0.386954 5:-93273633 None:intergenic
GAAACTTCCTCCATGCCTTA+AGG 0.387666 5:+93273493 MsG0580029176.01.T01:CDS
TTCAACACCTTTACAACAAT+AGG 0.389020 5:-93273791 None:intergenic
TTGGTAGGTACAGGAAGCTT+TGG 0.395750 5:+93273731 MsG0580029176.01.T01:CDS
GGTTATGGAAAGTAGCATAA+AGG 0.401785 5:+93274709 MsG0580029176.01.T01:CDS
AGAAGGAATTCTTGAGATAG+TGG 0.407979 5:+93274646 MsG0580029176.01.T01:CDS
CTAGTGATGTTTGCTAAAAT+AGG 0.420102 5:+93274737 MsG0580029176.01.T01:CDS
TGAAAGACCTATTGTTGTAA+AGG 0.430748 5:+93273784 MsG0580029176.01.T01:CDS
GTTCTTCGTTACCATGCAAC+AGG 0.431084 5:-93273985 None:intergenic
TGTTCAAGTGTTGATTATAA+AGG 0.437838 5:+93273908 MsG0580029176.01.T01:CDS
GATCTCTTGTGTTTCTTGGA+GGG 0.441810 5:-93273518 None:intergenic
GTTTCTTGGAGGGTACCTTA+AGG 0.448936 5:-93273508 None:intergenic
GTAAGATTGCCAATGACTAT+AGG 0.451465 5:-93272903 None:intergenic
GGTAACATTCCTATAGTCAT+TGG 0.456000 5:+93272894 MsG0580029176.01.T01:CDS
AATGACTATAGGAATGTTAC+CGG 0.456358 5:-93272892 None:intergenic
TCATCCAATTTGGTAGGTAC+AGG 0.457924 5:+93273722 MsG0580029176.01.T01:CDS
TTATAAAGGTGAAGATTTCA+AGG 0.460207 5:+93273922 MsG0580029176.01.T01:CDS
TTGAGAAATTATTGACAGAA+AGG 0.468299 5:-93273310 None:intergenic
GCCATAGTTCTGTCAAATCT+AGG 0.470012 5:-93273214 None:intergenic
AGATCTCTTGTGTTTCTTGG+AGG 0.473854 5:-93273519 None:intergenic
TTTGATAAATGGGAGCTTGA+GGG 0.474267 5:+93273658 MsG0580029176.01.T01:CDS
ACTATCTCAAGAATTCCTTC+TGG 0.475026 5:-93274644 None:intergenic
TCTCGACGTTGCTCATGCAT+TGG 0.476124 5:+93274060 MsG0580029176.01.T01:CDS
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AATCTGAAATTGTTCCATCA+AGG 0.488881 5:-93272815 None:intergenic
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TTTATCAAAGATGGTGAAGT+AGG 0.490766 5:-93273644 None:intergenic
TTGCCAAAGACGCCTCTTGT+GGG 0.492543 5:-93273413 None:intergenic
TGGAGCAGCAAAGAGTTTCA+TGG 0.494585 5:+93273826 MsG0580029176.01.T01:CDS
GAATCTTGGACAATTGTGCT+TGG 0.505049 5:+93272854 MsG0580029176.01.T01:CDS
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AAGCTCCCATTTATCAAAGA+TGG 0.506049 5:-93273653 None:intergenic
CTTTGATAAATGGGAGCTTG+AGG 0.513873 5:+93273657 MsG0580029176.01.T01:CDS
TTGGAGGGTACCTTAAGGCA+TGG 0.519363 5:-93273503 None:intergenic
TTGAGATAGTGGATTCTCGT+TGG 0.523698 5:+93274657 MsG0580029176.01.T01:CDS
ATTGGATGAAGAAAATCCAT+TGG 0.530149 5:-93273708 None:intergenic
ATTGCCAAAGACGCCTCTTG+TGG 0.545464 5:-93273414 None:intergenic
TTGGATGAAAACAAGTTCTC+CGG 0.555494 5:+93272873 MsG0580029176.01.T01:CDS
AATTGTACAAGCTTCTAGGA+AGG 0.556400 5:-93274845 None:intergenic
ATCTCAATTATTTCACACAA+AGG 0.566286 5:+93274026 MsG0580029176.01.T01:CDS
CATGGAGGAAGTTTCAATTG+AGG 0.567484 5:-93273485 None:intergenic
CAGAAAGGTCTAAGACTTCG+AGG 0.567963 5:-93273295 None:intergenic
AGCTTTGGTTCTGTTTACAA+AGG 0.580733 5:+93273746 MsG0580029176.01.T01:CDS
TCACAATGATGCAGAGCAAG+TGG 0.584286 5:+93274090 MsG0580029176.01.T01:CDS
CTGGGTAGAAACTTCTTCTG+TGG 0.591119 5:+93273236 MsG0580029176.01.T01:CDS
ATTTGTTGAAGAATATCAGA+AGG 0.595766 5:+93274688 MsG0580029176.01.T01:CDS
ATTGTACAAGCTTCTAGGAA+GGG 0.602832 5:-93274844 None:intergenic
ATCCTCATCAGTGTAATCGG+TGG 0.609462 5:+93273557 MsG0580029176.01.T01:CDS
GAGCTACATGAAGCAACCAA+TGG 0.615223 5:+93273692 MsG0580029176.01.T01:CDS
TATGGTAAGGTTCCCACAAG+AGG 0.616779 5:+93273401 MsG0580029176.01.T01:CDS
GATTTGACAGAACTATGGCT+GGG 0.620520 5:+93273218 MsG0580029176.01.T01:CDS
ATTGAGGTGTTCCTCCACAA+AGG 0.621955 5:-93273469 None:intergenic
AGTCTAGAAAACCTGTTGCA+TGG 0.629880 5:+93273974 MsG0580029176.01.T01:CDS
AGAAAGGTCTAAGACTTCGA+GGG 0.638446 5:-93273294 None:intergenic
CCTCATCAGTGTAATCGGTG+GGG 0.644804 5:+93273559 MsG0580029176.01.T01:CDS
TGTAAGATGAAAATTCCAGA+AGG 0.645461 5:+93274629 MsG0580029176.01.T01:intron
CCCCACCGATTACACTGATG+AGG 0.649662 5:-93273559 None:intergenic
CAACACTTGAACAACAAGTG+AGG 0.677042 5:-93273898 None:intergenic
GAGGGTACCTTAAGGCATGG+AGG 0.712148 5:-93273500 None:intergenic
GTGTTGAATCTTGAAACACG+TGG 0.724462 5:+93273806 MsG0580029176.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAGCTTAATTTCTACAATT+TGG - Chr5:93273000-93273019 None:intergenic 20.0%
!! ATATAACTAAAACATGTTGA+AGG - Chr5:93274316-93274335 None:intergenic 20.0%
!! ATCTCTATCTAGTAATAAAT+TGG + Chr5:93272941-93272960 MsG0580029176.01.T01:intron 20.0%
!!! CATTTTTTGATATAATGAGA+AGG - Chr5:93274416-93274435 None:intergenic 20.0%
!!! TCATAAAACATGTTATTTGT+TGG - Chr5:93274587-93274606 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTTTAGTAACAAATAGAG+TGG + Chr5:93273017-93273036 MsG0580029176.01.T01:intron 20.0%
! AGTTAATTCCTCTACAATTA+AGG + Chr5:93274233-93274252 MsG0580029176.01.T01:intron 25.0%
! ATCTCAATTATTTCACACAA+AGG + Chr5:93274026-93274045 MsG0580029176.01.T01:CDS 25.0%
! CTATCTAGTAATAAATTGGA+AGG + Chr5:93272945-93272964 MsG0580029176.01.T01:intron 25.0%
! GTTAATTCCTCTACAATTAA+GGG + Chr5:93274234-93274253 MsG0580029176.01.T01:intron 25.0%
! GTTATAAAAAGAACTTTACC+AGG - Chr5:93274279-93274298 None:intergenic 25.0%
! TGAATTAGTAAGCTATGTAA+AGG - Chr5:93274351-93274370 None:intergenic 25.0%
! TTATAAAGGTGAAGATTTCA+AGG + Chr5:93273922-93273941 MsG0580029176.01.T01:CDS 25.0%
! TTCTGATATTCTTCAACAAA+TGG - Chr5:93274689-93274708 None:intergenic 25.0%
! TTGAGAAATTATTGACAGAA+AGG - Chr5:93273313-93273332 None:intergenic 25.0%
!! ATTTGTTGAAGAATATCAGA+AGG + Chr5:93274688-93274707 MsG0580029176.01.T01:CDS 25.0%
!! ATTTTCAACAATTTCCTTGA+TGG + Chr5:93272801-93272820 MsG0580029176.01.T01:CDS 25.0%
!! TTGTCTTTTAACAATCTCTA+TGG + Chr5:93273383-93273402 MsG0580029176.01.T01:CDS 25.0%
!! TTTTAACAATCTCTATGGTA+AGG + Chr5:93273388-93273407 MsG0580029176.01.T01:CDS 25.0%
!!! GTTAGATTTTCTAGTTCAAA+GGG - Chr5:93273344-93273363 None:intergenic 25.0%
!!! TGTTAGATTTTCTAGTTCAA+AGG - Chr5:93273345-93273364 None:intergenic 25.0%
!!! TGTTCAAGTGTTGATTATAA+AGG + Chr5:93273908-93273927 MsG0580029176.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTAGATTTTCTAGTTCAAAG+GGG - Chr5:93273343-93273362 None:intergenic 25.0%
AATGACTATAGGAATGTTAC+CGG - Chr5:93272895-93272914 None:intergenic 30.0%
ACTTCACCATCTTTGATAAA+TGG + Chr5:93273647-93273666 MsG0580029176.01.T01:CDS 30.0%
AGATAGCCAAATGTTTGTTT+GGG - Chr5:93273050-93273069 None:intergenic 30.0%
ATAAAAAGAACTTTACCAGG+AGG - Chr5:93274276-93274295 None:intergenic 30.0%
ATTGGAAAGCTTAAGAATCT+TGG + Chr5:93272840-93272859 MsG0580029176.01.T01:CDS 30.0%
ATTGGATGAAGAAAATCCAT+TGG - Chr5:93273711-93273730 None:intergenic 30.0%
CTTCACCATCTTTGATAAAT+GGG + Chr5:93273648-93273667 MsG0580029176.01.T01:CDS 30.0%
GATATTCCCAAACAAACATT+TGG + Chr5:93273041-93273060 MsG0580029176.01.T01:intron 30.0%
GGAACAATTTCAGATTCAAT+TGG + Chr5:93272822-93272841 MsG0580029176.01.T01:CDS 30.0%
GTGCAATTTCTTATGGTAAA+TGG - Chr5:93272978-93272997 None:intergenic 30.0%
TAGATAGCCAAATGTTTGTT+TGG - Chr5:93273051-93273070 None:intergenic 30.0%
TAGTAAGCTATGTAAAGGTA+AGG - Chr5:93274346-93274365 None:intergenic 30.0%
TATAGTTCCCTTAATTGTAG+AGG - Chr5:93274244-93274263 None:intergenic 30.0%
TCTACAATTAAGGGAACTAT+AGG + Chr5:93274243-93274262 MsG0580029176.01.T01:intron 30.0%
TGAAAGACCTATTGTTGTAA+AGG + Chr5:93273784-93273803 MsG0580029176.01.T01:CDS 30.0%
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TGTAAGATGAAAATTCCAGA+AGG + Chr5:93274629-93274648 MsG0580029176.01.T01:intron 30.0%
TTCAACACCTTTACAACAAT+AGG - Chr5:93273794-93273813 None:intergenic 30.0%
TTTATCAAAGATGGTGAAGT+AGG - Chr5:93273647-93273666 None:intergenic 30.0%
TTTCAGCATTGTATCTAAGT+TGG + Chr5:93273150-93273169 MsG0580029176.01.T01:intron 30.0%
! AATCTGAAATTGTTCCATCA+AGG - Chr5:93272818-93272837 None:intergenic 30.0%
! CTAAGTTGGAATAAATTGTC+AGG + Chr5:93273164-93273183 MsG0580029176.01.T01:intron 30.0%
! CTAGTGATGTTTGCTAAAAT+AGG + Chr5:93274737-93274756 MsG0580029176.01.T01:CDS 30.0%
! TCCATACTCTTTTCAAAGAA+AGG - Chr5:93274483-93274502 None:intergenic 30.0%
! TCCTTTCTTTGAAAAGAGTA+TGG + Chr5:93274479-93274498 MsG0580029176.01.T01:intron 30.0%
! TGGATTTTCTTCATCCAATT+TGG + Chr5:93273712-93273731 MsG0580029176.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTCTTCATCCAATTTGGT+AGG + Chr5:93273716-93273735 MsG0580029176.01.T01:CDS 30.0%
!! CAATTTGGTGCAATTTCTTA+TGG - Chr5:93272985-93273004 None:intergenic 30.0%
!!! TTTTTGAGTTCATGCCTAAT+GGG + Chr5:93273951-93273970 MsG0580029176.01.T01:CDS 30.0%
AAGCTCCCATTTATCAAAGA+TGG - Chr5:93273656-93273675 None:intergenic 35.0%
ACTATCTCAAGAATTCCTTC+TGG - Chr5:93274647-93274666 None:intergenic 35.0%
ACTGGAAACAAAAACCTTTG+TGG + Chr5:93273455-93273474 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
AGAAGGAATTCTTGAGATAG+TGG + Chr5:93274646-93274665 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
AGGCAAGAAGCTAAATCATT+AGG - Chr5:93273197-93273216 None:intergenic 35.0%
ATCATCAAGAGAACATTGCT+CGG - Chr5:93274136-93274155 None:intergenic 35.0%
CAAACATTTGGCTATCTAGA+TGG + Chr5:93273053-93273072 MsG0580029176.01.T01:intron 35.0%
CTTATCCTCATCAGTGTAAT+CGG + Chr5:93273554-93273573 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
GGAGCTATACATTTGTTCTT+GGG + Chr5:93273257-93273276 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
GGTAACATTCCTATAGTCAT+TGG + Chr5:93272894-93272913 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
GGTTATGGAAAGTAGCATAA+AGG + Chr5:93274709-93274728 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
GTAAGATTGCCAATGACTAT+AGG - Chr5:93272906-93272925 None:intergenic 35.0%
TAGAGATCTCTTGTGTTTCT+TGG - Chr5:93273525-93273544 None:intergenic 35.0%
TGGAGCTATACATTTGTTCT+TGG + Chr5:93273256-93273275 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
TTGGATGAAAACAAGTTCTC+CGG + Chr5:93272873-93272892 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
TTTGATAAATGGGAGCTTGA+GGG + Chr5:93273658-93273677 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
! GTTATTTGTTGGTCTCTTTC+CGG - Chr5:93274576-93274595 None:intergenic 35.0%
! TTACCAAACTCTGAAGGAAT+GGG - Chr5:93273119-93273138 None:intergenic 35.0%
! TTCAAGTTACCAAACTCTGA+AGG - Chr5:93273125-93273144 None:intergenic 35.0%
!! AGCTTTGGTTCTGTTTACAA+AGG + Chr5:93273746-93273765 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
!!! GTTTTTGAGTTCATGCCTAA+TGG + Chr5:93273950-93273969 MsG0580029176.01.T01:CDS 35.0%
ACTATAGGATATGTTCCTCC+TGG + Chr5:93274258-93274277 MsG0580029176.01.T01:intron 40.0%
AGATCTCTTGTGTTTCTTGG+AGG - Chr5:93273522-93273541 None:intergenic 40.0%
AGATTTGACAGAACTATGGC+TGG + Chr5:93273217-93273236 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
AGGGAGATATCTACAGCTAT+GGG + Chr5:93274528-93274547 MsG0580029176.01.T01:intron 40.0%
AGTCTAGAAAACCTGTTGCA+TGG + Chr5:93273974-93273993 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
CAACACTTGAACAACAAGTG+AGG - Chr5:93273901-93273920 None:intergenic 40.0%
CATGGAGGAAGTTTCAATTG+AGG - Chr5:93273488-93273507 None:intergenic 40.0%
CTTTGATAAATGGGAGCTTG+AGG + Chr5:93273657-93273676 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
GAATCTTGGACAATTGTGCT+TGG + Chr5:93272854-93272873 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
GATCTCTTGTGTTTCTTGGA+GGG - Chr5:93273521-93273540 None:intergenic 40.0%
GATTTGACAGAACTATGGCT+GGG + Chr5:93273218-93273237 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
GCCTAGATTTGACAGAACTA+TGG + Chr5:93273213-93273232 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
GGAAACAAAAACCTTTGTGG+AGG + Chr5:93273458-93273477 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
GTCTCAGCAATTTCACTAAC+TGG + Chr5:93273437-93273456 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
GTGTTGAATCTTGAAACACG+TGG + Chr5:93273806-93273825 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
TAAGCCAAAGTCTCCTAAGT+GGG - Chr5:93274169-93274188 None:intergenic 40.0%
TCATCCAATTTGGTAGGTAC+AGG + Chr5:93273722-93273741 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
TTTGCGAGCATTCTCTGAAT+AGG - Chr5:93274785-93274804 None:intergenic 40.0%
! AGAAAGGTCTAAGACTTCGA+GGG - Chr5:93273297-93273316 None:intergenic 40.0%
! AGGTTTTCTAGACTCCCATT+AGG - Chr5:93273968-93273987 None:intergenic 40.0%
! GCCATAGTTCTGTCAAATCT+AGG - Chr5:93273217-93273236 None:intergenic 40.0%
! GGTGAAGTAGGTAACCTTTT+GGG - Chr5:93273635-93273654 None:intergenic 40.0%
! GTTACCAAACTCTGAAGGAA+TGG - Chr5:93273120-93273139 None:intergenic 40.0%
! TGGTGAAGTAGGTAACCTTT+TGG - Chr5:93273636-93273655 None:intergenic 40.0%
!! TTGAGATAGTGGATTCTCGT+TGG + Chr5:93274657-93274676 MsG0580029176.01.T01:CDS 40.0%
AGCAGCAAAGAGTTTCATGG+CGG + Chr5:93273829-93273848 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
ATATCTCCCTCTGGTGATAC+CGG - Chr5:93274518-93274537 None:intergenic 45.0%
ATCCTCATCAGTGTAATCGG+TGG + Chr5:93273557-93273576 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
CAGCTATGGGATTCTTCTGT+TGG + Chr5:93274541-93274560 MsG0580029176.01.T01:intron 45.0%
CTAAGCCAAAGTCTCCTAAG+TGG - Chr5:93274170-93274189 None:intergenic 45.0%
CTGGGTAGAAACTTCTTCTG+TGG + Chr5:93273236-93273255 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
CTTCTGTTGGAAATGCTCAC+CGG + Chr5:93274554-93274573 MsG0580029176.01.T01:intron 45.0%
GAAACTTCCTCCATGCCTTA+AGG + Chr5:93273493-93273512 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
GAGCTACATGAAGCAACCAA+TGG + Chr5:93273692-93273711 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
GAGGGAGATATCTACAGCTA+TGG + Chr5:93274527-93274546 MsG0580029176.01.T01:intron 45.0%
GATGACAATGTAGCCCACTT+AGG + Chr5:93274153-93274172 MsG0580029176.01.T01:intron 45.0%
GCTTCCTGTACCTACCAAAT+TGG - Chr5:93273729-93273748 None:intergenic 45.0%
GTTCTTCGTTACCATGCAAC+AGG - Chr5:93273988-93274007 None:intergenic 45.0%
TAGCTGTAGATATCTCCCTC+TGG - Chr5:93274527-93274546 None:intergenic 45.0%
TATGGTAAGGTTCCCACAAG+AGG + Chr5:93273401-93273420 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
TCACAATGATGCAGAGCAAG+TGG + Chr5:93274090-93274109 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
TCCTCATCAGTGTAATCGGT+GGG + Chr5:93273558-93273577 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
TGGAGCAGCAAAGAGTTTCA+TGG + Chr5:93273826-93273845 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
TGTTCTTGGGCTCGTCATTA+AGG + Chr5:93273270-93273289 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
TTCTCACGAGAAAGCCCAAA+AGG + Chr5:93273618-93273637 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
TTGGTAGGTACAGGAAGCTT+TGG + Chr5:93273731-93273750 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
! AAACTCTGAAGGAATGGGAG+CGG - Chr5:93273114-93273133 None:intergenic 45.0%
! ATGGCGGAATGCAATGCTTT+AGG + Chr5:93273845-93273864 MsG0580029176.01.T01:CDS 45.0%
! ATTGAGGTGTTCCTCCACAA+AGG - Chr5:93273472-93273491 None:intergenic 45.0%
! CAGAAAGGTCTAAGACTTCG+AGG - Chr5:93273298-93273317 None:intergenic 45.0%
! TAGGAGACTTTGGCTTAGCT+AGG + Chr5:93274172-93274191 MsG0580029176.01.T01:intron 45.0%
! TGAAAAGAGTATGGAGCAGC+AGG + Chr5:93274488-93274507 MsG0580029176.01.T01:intron 45.0%
!! GTTTCTTGGAGGGTACCTTA+AGG - Chr5:93273511-93273530 None:intergenic 45.0%
ATTGCCAAAGACGCCTCTTG+TGG - Chr5:93273417-93273436 None:intergenic 50.0%
CCTCATCAGTGTAATCGGTG+GGG + Chr5:93273559-93273578 MsG0580029176.01.T01:CDS 50.0%
GCTCCCATTCCTTCAGAGTT+TGG + Chr5:93273113-93273132 MsG0580029176.01.T01:intron 50.0%
GGCTTAGCTAGGCTCATTCA+TGG + Chr5:93274183-93274202 MsG0580029176.01.T01:intron 50.0%
GGGAGCGGTCAAGGAATTAT+TGG - Chr5:93273099-93273118 None:intergenic 50.0%
GGGAGCTTGAGGGTTACTTA+TGG + Chr5:93273668-93273687 MsG0580029176.01.T01:CDS 50.0%
GTAGCCCACTTAGGAGACTT+TGG + Chr5:93274162-93274181 MsG0580029176.01.T01:intron 50.0%
TCTCGACGTTGCTCATGCAT+TGG + Chr5:93274060-93274079 MsG0580029176.01.T01:CDS 50.0%
TTGCCAAAGACGCCTCTTGT+GGG - Chr5:93273416-93273435 None:intergenic 50.0%
! AAAGAGTATGGAGCAGCAGG+TGG + Chr5:93274491-93274510 MsG0580029176.01.T01:intron 50.0%
!! TTGGAGGGTACCTTAAGGCA+TGG - Chr5:93273506-93273525 None:intergenic 50.0%
TGAAGGAATGGGAGCGGTCA+AGG - Chr5:93273108-93273127 None:intergenic 55.0%
! CCCCACCGATTACACTGATG+AGG - Chr5:93273562-93273581 None:intergenic 55.0%
!! GAGGGTACCTTAAGGCATGG+AGG - Chr5:93273503-93273522 None:intergenic 55.0%
!! GTTCCCACAAGAGGCGTCTT+TGG + Chr5:93273410-93273429 MsG0580029176.01.T01:CDS 55.0%
AGGTGGTCCGGTATCACCAG+AGG + Chr5:93274508-93274527 MsG0580029176.01.T01:intron 60.0%
GGTGGTCCGGTATCACCAGA+GGG + Chr5:93274509-93274528 MsG0580029176.01.T01:intron 60.0%
GTATGGAGCAGCAGGTGGTC+CGG + Chr5:93274496-93274515 MsG0580029176.01.T01:intron 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 93272777 93274853 93272777 ID=MsG0580029176.01;Name=MsG0580029176.01
Chr5 mRNA 93272777 93274853 93272777 ID=MsG0580029176.01.T01;Parent=MsG0580029176.01;Name=MsG0580029176.01.T01;_AED=0.49;_eAED=0.49;_QI=0|0|0|1|0.5|0.33|3|0|439
Chr5 exon 93272777 93272951 93272777 ID=MsG0580029176.01.T01:exon:26604;Parent=MsG0580029176.01.T01
Chr5 exon 93273186 93274111 93273186 ID=MsG0580029176.01.T01:exon:26605;Parent=MsG0580029176.01.T01
Chr5 exon 93274635 93274853 93274635 ID=MsG0580029176.01.T01:exon:26606;Parent=MsG0580029176.01.T01
Chr5 CDS 93272777 93272951 93272777 ID=MsG0580029176.01.T01:cds;Parent=MsG0580029176.01.T01
Chr5 CDS 93273186 93274111 93273186 ID=MsG0580029176.01.T01:cds;Parent=MsG0580029176.01.T01
Chr5 CDS 93274635 93274853 93274635 ID=MsG0580029176.01.T01:cds;Parent=MsG0580029176.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580029176.01.T01

ATGATTGGTTTAACTGTCTTCAATATTTTCAACAATTTCCTTGATGGAACAATTTCAGATTCAATTGGAAAGCTTAAGAATCTTGGACAATTGTGCTTGGATGAAAACAAGTTCTCCGGTAACATTCCTATAGTCATTGGCAATCTTACTGTGTTGTCTGAACTATCTCTATCTAGTGAAATTCCTAATGATTTAGCTTCTTGCCTAGATTTGACAGAACTATGGCTGGGTAGAAACTTCTTCTGTGGAGCTATACATTTGTTCTTGGGCTCGTCATTAAGGTCCCTCGAAGTCTTAGACCTTTCTGTCAATAATTTCTCAAGCATAATCCCCTTTGAACTAGAAAATCTAACATTTTTGAATAAGTTGAACTTGTCTTTTAACAATCTCTATGGTAAGGTTCCCACAAGAGGCGTCTTTGGCAATGTCTCAGCAATTTCACTAACTGGAAACAAAAACCTTTGTGGAGGAACACCTCAATTGAAACTTCCTCCATGCCTTAAGGTACCCTCCAAGAAACACAAGAGATCTCTAAAAAAGAAACTTATCCTCATCAGTGTAATCGGTGGGGTTGTGATCTCTGTCATAGCTTTTATAATCTTTCATTTTCTCACGAGAAAGCCCAAAAGGTTACCTACTTCACCATCTTTGATAAATGGGAGCTTGAGGGTTACTTATGGAGAGCTACATGAAGCAACCAATGGATTTTCTTCATCCAATTTGGTAGGTACAGGAAGCTTTGGTTCTGTTTACAAAGGATCTCTTCTCTACTTTGAAAGACCTATTGTTGTAAAGGTGTTGAATCTTGAAACACGTGGAGCAGCAAAGAGTTTCATGGCGGAATGCAATGCTTTAGGAAAGATGAAGCATCGTAATCTTGTCAAAATCCTCACTTGTTGTTCAAGTGTTGATTATAAAGGTGAAGATTTCAAGGCTATTGTTTTTGAGTTCATGCCTAATGGGAGTCTAGAAAACCTGTTGCATGGTAACGAAGAACACGAGTCTAGAAATCTGAATCTCAATTATTTCACACAAAGGTTAGACATTGCTCTCGACGTTGCTCATGCATTGGATTATCTTCACAATGATGCAGAGCAAGTGATGAAAATTCCAGAAGGAATTCTTGAGATAGTGGATTCTCGTTGGCTTATTCCATTTGTTGAAGAATATCAGAAGGTTATGGAAAGTAGCATAAAGGAGTGTCTAGTGATGTTTGCTAAAATAGGAGTTGCATGTTCTGAAGAATTTCCTATTCAGAGAATGCTCGCAAAAGATGTTATAGTTATGTTGCTTGAAATTAAACAGAAGTTCCCTTCCTAG
Protein sequence

>MsG0580029176.01.T01

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