AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004564.01

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MsG0180004564.01.T01 AT1G68690 41.429 350 189 8 2 346 286 624 1.93e-77 253
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MsG0180004564.01.T01 AT2G42960 45.455 264 141 3 85 348 171 431 1.41e-68 224
MsG0180004564.01.T01 AT2G42960 45.455 264 141 3 85 348 171 431 1.41e-68 224
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MsG0180004564.01.T01 AT5G18500 44.906 265 141 4 85 348 154 414 3.07e-68 223
MsG0180004564.01.T01 AT5G18500 44.906 265 141 4 85 348 154 414 3.07e-68 223
MsG0180004564.01.T01 AT5G18500 44.906 265 141 4 85 348 154 414 3.07e-68 223
MsG0180004564.01.T01 AT5G18500 44.906 265 141 4 85 348 154 414 3.07e-68 223
MsG0180004564.01.T01 AT2G25220 46.415 265 138 3 82 346 136 396 3.23e-68 221
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MsG0180004564.01.T01 AT4G35600 42.545 275 143 4 82 346 71 340 5.47e-68 220
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MsG0180004564.01.T01 AT3G13690 42.205 263 146 5 83 344 397 654 5.43e-62 212
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MsG0180004564.01.T01 AT4G03390 43.939 264 144 3 82 343 470 731 3.55e-60 207
MsG0180004564.01.T01 AT1G07650 42.692 260 143 6 84 341 665 920 3.65e-60 209
MsG0180004564.01.T01 AT1G07650 42.692 260 143 6 84 341 671 926 4.05e-60 209
MsG0180004564.01.T01 AT4G33430 43.273 275 147 6 85 353 324 595 4.34e-60 205
MsG0180004564.01.T01 AT2G25220 47.009 234 120 3 82 315 131 360 4.40e-60 198
MsG0180004564.01.T01 AT1G30570 37.026 343 197 6 1 343 439 762 5.25e-60 208
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MsG0180004564.01.T01 AT1G18390 43.321 277 139 7 69 334 301 570 6.91e-60 204
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MsG0180004564.01.T01 AT1G56130 44.622 251 134 4 84 334 533 778 1.34e-59 207
MsG0180004564.01.T01 AT1G56120 43.796 274 147 5 84 355 531 799 1.43e-59 207
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MsG0180004564.01.T01 AT4G00330 41.245 257 141 5 85 335 107 359 2.41e-59 197
MsG0180004564.01.T01 AT2G11520 39.009 323 177 7 35 346 159 472 2.51e-59 200
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MsG0180004564.01.T01 AT4G13190 53.757 173 80 0 174 346 1 173 2.54e-58 190
MsG0180004564.01.T01 AT1G06840 49.782 229 107 5 78 301 606 831 2.93e-58 204
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MsG0180004564.01.T01 AT1G34210 42.754 276 147 7 85 353 293 564 4.70e-58 199
MsG0180004564.01.T01 AT5G02070 41.007 278 152 6 80 352 346 616 6.29e-58 199
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MsG0180004564.01.T01 AT5G15730 46.364 220 111 4 81 300 100 312 9.47e-58 194
MsG0180004564.01.T01 AT1G24650 42.636 258 143 4 81 335 531 786 1.80e-57 201
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MsG0180004564.01.T01 AT1G52540 37.906 277 165 4 72 348 15 284 6.38e-57 189
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MsG0180004564.01.T01 AT3G13065 38.889 270 155 4 76 343 394 655 2.43e-55 193
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MsG0180004564.01.T01 AT2G28990 43.969 257 131 8 85 338 567 813 2.74e-55 195
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MsG0180004564.01.T01 AT2G13800 40.727 275 154 6 85 353 146 417 3.14e-55 189
MsG0180004564.01.T01 AT4G29180 39.583 288 152 6 81 352 551 832 3.41e-55 195
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MsG0180004564.01.T01 AT1G51940 39.493 276 149 6 84 346 328 598 7.48e-55 191
MsG0180004564.01.T01 AT3G62220 49.515 206 98 3 138 338 15 219 8.65e-55 181
MsG0180004564.01.T01 AT5G01950 48.198 222 107 3 81 297 525 743 9.41e-55 193
MsG0180004564.01.T01 AT2G29000 43.243 259 140 6 85 343 555 806 1.12e-54 193
MsG0180004564.01.T01 AT4G11460 38.868 265 160 2 81 345 330 592 1.21e-54 191
MsG0180004564.01.T01 AT1G21240 44.000 250 134 5 83 331 401 645 1.26e-54 192
MsG0180004564.01.T01 AT1G29740 41.797 256 141 6 85 338 665 914 1.29e-54 194
MsG0180004564.01.T01 AT1G78980 40.072 277 153 5 69 343 379 644 1.34e-54 191
MsG0180004564.01.T01 AT2G28960 41.132 265 149 6 79 343 425 682 1.41e-54 192
MsG0180004564.01.T01 AT3G46400 40.927 259 146 5 85 343 566 817 1.46e-54 193
MsG0180004564.01.T01 AT5G01950 48.198 222 107 3 81 297 610 828 1.50e-54 193
MsG0180004564.01.T01 AT5G01950 48.198 222 107 3 81 297 610 828 1.50e-54 193
MsG0180004564.01.T01 AT5G01950 48.198 222 107 3 81 297 610 828 1.50e-54 193
MsG0180004564.01.T01 AT5G01950 48.198 222 107 3 81 297 610 828 1.50e-54 193
MsG0180004564.01.T01 AT3G55550 41.199 267 152 5 81 346 330 592 1.64e-54 191
MsG0180004564.01.T01 AT4G23160 38.224 259 157 3 87 345 349 604 1.68e-54 191
MsG0180004564.01.T01 AT5G24080 40.076 262 152 4 85 346 393 649 1.82e-54 191
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MsG0180004564.01.T01 AT1G29740 41.797 256 141 6 85 338 665 914 1.84e-54 193
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MsG0180004564.01.T01 AT1G48210 44.351 239 126 3 82 315 53 289 2.07e-54 182
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MsG0180004564.01.T01 AT1G29730 45.327 214 114 3 85 298 628 838 8.76e-54 191
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MsG0180004564.01.T01 AT1G51805 38.610 259 152 4 85 343 567 818 5.77e-52 186
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MsG0180004564.01.T01 AT1G72300 38.868 265 159 3 82 346 788 1049 9.69e-52 186
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MsG0180004564.01.T01 AT3G25560 38.889 270 151 8 85 348 301 562 1.05e-51 182
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MsG0180004564.01.T01 AT4G23190 38.060 268 154 7 84 345 337 598 1.27e-51 182
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MsG0180004564.01.T01 AT1G61610 38.202 267 155 5 68 334 502 758 2.08e-51 184
MsG0180004564.01.T01 AT1G52310 36.029 272 172 2 83 353 176 446 2.23e-51 178
MsG0180004564.01.T01 AT4G32300 41.296 247 139 5 85 331 483 723 2.40e-51 183
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MsG0180004564.01.T01 AT4G35030 38.956 249 149 3 85 332 92 338 3.33e-51 177
MsG0180004564.01.T01 AT4G35030 38.956 249 149 3 85 332 92 338 3.33e-51 177
MsG0180004564.01.T01 AT1G79670 41.365 249 142 4 83 331 370 614 3.46e-51 182
MsG0180004564.01.T01 AT1G79670 40.075 267 155 5 83 348 407 669 3.54e-51 182
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MsG0180004564.01.T01 AT3G59700 41.393 244 137 5 81 322 322 561 3.87e-51 181
MsG0180004564.01.T01 AT2G01950 40.075 267 153 5 80 343 821 1083 4.16e-51 184
MsG0180004564.01.T01 AT5G24010 40.486 247 143 3 86 332 478 720 4.16e-51 183
MsG0180004564.01.T01 AT5G42440 34.234 333 184 10 2 331 13 313 5.51e-51 174
MsG0180004564.01.T01 AT4G35030 39.485 233 139 2 85 316 92 323 6.86e-51 173
MsG0180004564.01.T01 AT1G21210 40.149 269 153 6 77 343 390 652 6.96e-51 181
MsG0180004564.01.T01 AT5G59260 38.376 271 163 4 83 353 341 607 7.26e-51 181
MsG0180004564.01.T01 AT1G51830 39.382 259 150 5 85 343 383 634 7.49e-51 181
MsG0180004564.01.T01 AT4G23290 36.015 261 165 2 85 345 308 566 7.65e-51 180
MsG0180004564.01.T01 AT1G51830 39.382 259 150 5 85 343 376 627 7.77e-51 181
MsG0180004564.01.T01 AT1G70110 37.778 270 161 6 81 348 328 592 8.61e-51 180
MsG0180004564.01.T01 AT1G52310 36.029 272 172 2 83 353 253 523 8.69e-51 178
MsG0180004564.01.T01 AT1G56145 37.643 263 158 5 84 346 571 827 1.00e-50 182
MsG0180004564.01.T01 AT5G16000 38.806 268 150 8 85 349 300 556 1.07e-50 179
MsG0180004564.01.T01 AT1G56145 37.786 262 157 5 85 346 675 930 1.07e-50 182
MsG0180004564.01.T01 AT5G63940 35.714 266 168 3 83 348 348 610 1.23e-50 180
MsG0180004564.01.T01 AT4G23220 39.044 251 148 5 85 334 325 571 1.29e-50 180
MsG0180004564.01.T01 AT4G23290 36.015 261 165 2 85 345 351 609 1.60e-50 180
MsG0180004564.01.T01 AT1G70530 43.925 214 117 3 85 298 311 521 1.61e-50 177
MsG0180004564.01.T01 AT1G17910 39.850 266 155 5 82 346 439 700 1.66e-50 181
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MsG0180004564.01.T01 AT2G04300 39.370 254 147 5 85 338 531 777 1.86e-50 181
MsG0180004564.01.T01 AT4G00960 40.708 226 129 4 87 310 46 268 2.07e-50 170
MsG0180004564.01.T01 AT3G59750 41.176 238 136 4 81 317 287 521 2.17e-50 179
MsG0180004564.01.T01 AT1G17230 42.063 252 139 5 85 334 787 1033 2.18e-50 182
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MsG0180004564.01.T01 AT1G17230 42.063 252 139 5 85 334 787 1033 2.33e-50 182
MsG0180004564.01.T01 AT4G23130 35.606 264 162 4 85 345 328 586 2.34e-50 179
MsG0180004564.01.T01 AT2G04300 39.370 254 147 5 85 338 572 818 2.42e-50 181
MsG0180004564.01.T01 AT2G19190 43.172 227 123 4 85 311 564 784 2.50e-50 181
MsG0180004564.01.T01 AT4G00340 40.072 277 143 9 82 346 469 734 2.59e-50 181
MsG0180004564.01.T01 AT3G20200 40.304 263 139 7 89 348 445 692 2.77e-50 180
MsG0180004564.01.T01 AT3G20200 40.304 263 139 7 89 348 445 692 2.77e-50 180
MsG0180004564.01.T01 AT3G20200 40.304 263 139 7 89 348 445 692 2.89e-50 180
MsG0180004564.01.T01 AT3G25490 41.322 242 138 4 83 323 94 332 3.10e-50 174
MsG0180004564.01.T01 AT4G23130 35.606 264 162 4 85 345 332 590 3.13e-50 179
MsG0180004564.01.T01 AT4G21400 37.165 261 157 5 78 334 330 587 3.13e-50 179
MsG0180004564.01.T01 AT4G21400 37.165 261 157 5 78 334 342 599 3.58e-50 179
MsG0180004564.01.T01 AT3G20200 40.304 263 139 7 89 348 445 692 4.36e-50 179
MsG0180004564.01.T01 AT1G15530 39.827 231 134 4 85 315 349 574 4.51e-50 178
MsG0180004564.01.T01 AT4G23190 41.667 216 122 4 84 298 337 549 4.76e-50 177
MsG0180004564.01.T01 AT3G53810 40.234 256 146 6 81 334 331 581 5.07e-50 178
MsG0180004564.01.T01 AT4G29990 43.172 227 123 4 85 311 564 784 5.20e-50 180
MsG0180004564.01.T01 AT4G11480 37.402 254 151 4 85 335 309 557 5.33e-50 178
MsG0180004564.01.T01 AT4G11480 37.402 254 151 4 85 335 312 560 5.99e-50 178

Find 118 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 224 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GTTAAAGGTGGGTGTCTTTA+TGG 0.136802 1:-79620765 MsG0180004564.01.T01:CDS
CGTGCAAAGGTGGCAGATTT+TGG 0.154579 1:-79619542 MsG0180004564.01.T01:CDS
CCAATTGCGTTCTCCTTATT+TGG 0.189486 1:-79619810 MsG0180004564.01.T01:CDS
ACTTGCACTCCTCGAAATTT+AGG 0.190905 1:+79620714 None:intergenic
CTCACTGTGAAGCAACTTAA+TGG 0.244509 1:+79620572 None:intergenic
CCAAGTAACTCCACCAAATA+AGG 0.282313 1:+79619797 None:intergenic
CATTGTGATGATTATGATAA+TGG 0.286341 1:+79621294 None:intergenic
CACAAAGAAGGTTGAGATAT+TGG 0.290001 1:+79621462 None:intergenic
CCTTATTTGGTGGAGTTACT+TGG 0.298892 1:-79619797 MsG0180004564.01.T01:CDS
GAGTACTGCCCGTGTAGAAC+TGG 0.309032 1:+79618698 None:intergenic
GAGAATAATAAGAGAAGAAC+GGG 0.323837 1:+79618633 None:intergenic
CAGGTTTCTACCCGTGTGTT+GGG 0.328679 1:-79619485 MsG0180004564.01.T01:CDS
ATAATTATGACTTAGTGATT+TGG 0.330104 1:-79618610 MsG0180004564.01.T01:CDS
GGTAAACAGGAGCATAATTA+AGG 0.336353 1:+79621267 None:intergenic
ATCAATGGTTTGATGTATAA+AGG 0.342132 1:-79620621 MsG0180004564.01.T01:CDS
CCTTGATTGTGCCAGGGCCT+TGG 0.351107 1:-79619645 MsG0180004564.01.T01:CDS
CTCAAAGAAGGCTTTAGTTC+AGG 0.362439 1:-79618678 MsG0180004564.01.T01:CDS
GGTAATGGTGTATGAAAGTA+TGG 0.370724 1:+79621373 None:intergenic
GTTCTTCTCGAATTGCTAAC+AGG 0.375475 1:-79618971 MsG0180004564.01.T01:CDS
GAGAACACGTCCTCGTCTCT+TGG 0.380481 1:-79618916 MsG0180004564.01.T01:CDS
CAATATCTCAACCTTCTTTG+TGG 0.388142 1:-79621461 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR
GAAAATGTCCAACATGGTTA+TGG 0.396764 1:+79621325 None:intergenic
TTCAATGAAGCAAATGAGAT+TGG 0.405578 1:-79620654 MsG0180004564.01.T01:CDS
CCAAATAAGGAGAACGCAAT+TGG 0.421729 1:+79619810 None:intergenic
CCAAGGCCCTGGCACAATCA+AGG 0.435363 1:+79619645 None:intergenic
ATTGGTAATGGAGGAATCAA+TGG 0.443892 1:-79620636 MsG0180004564.01.T01:CDS
GTAAATGGTAAGTTAATTGA+TGG 0.449836 1:+79618571 None:intergenic
GAGCTAGAAGTTGCTACTAA+TGG 0.450478 1:-79620678 MsG0180004564.01.T01:CDS
ACATTGATTTCAGATGTTAA+AGG 0.450739 1:-79620780 MsG0180004564.01.T01:intron
AAGGAGAACGCAATTGGCTT+AGG 0.456045 1:+79619816 None:intergenic
TGGTTCTTTGTAGAAATAGT+TGG 0.461756 1:+79621393 None:intergenic
ACCCGTGTGTTGGGGACCAC+TGG 0.463411 1:-79619476 MsG0180004564.01.T01:CDS
GGATAGCCCTTGATTGTGCC+AGG 0.465654 1:-79619652 MsG0180004564.01.T01:CDS
AGAACACGTCCTCGTCTCTT+GGG 0.466763 1:-79618915 MsG0180004564.01.T01:intron
CCAGGTTTCTACCCGTGTGT+TGG 0.466925 1:-79619486 MsG0180004564.01.T01:CDS
ACCTTCTTTGTGGTCACCAA+TGG 0.470006 1:-79621451 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR
GAAGCAAATGAGATTGGTAA+TGG 0.472843 1:-79620648 MsG0180004564.01.T01:CDS
TATCGTTGAGGGAATGAAGA+TGG 0.472916 1:+79619708 None:intergenic
ATTGCGTTCTCCTTATTTGG+TGG 0.473340 1:-79619807 MsG0180004564.01.T01:CDS
GTACTTGAATTAACTTCCAT+TGG 0.481464 1:+79621435 None:intergenic
GAATCACAGGACAAGATTGT+TGG 0.484038 1:+79621130 None:intergenic
TCCATTGGTGACCACAAAGA+AGG 0.488254 1:+79621450 None:intergenic
AGCCATTGGATTGGTGGTCC+AGG 0.491299 1:-79619679 MsG0180004564.01.T01:CDS
TTGTCCTGTGATTCTAGCCC+AGG 0.497706 1:-79621121 MsG0180004564.01.T01:intron
CCTCGAAATTTAGGTGTTGG+TGG 0.497877 1:+79620723 None:intergenic
AAGGCACAGAAGAAAGAGTA+AGG 0.498935 1:+79621485 None:intergenic
GAAATAGTTGGTGGACCTGC+AGG 0.504483 1:+79621405 None:intergenic
CCACCAACACCTAAATTTCG+AGG 0.510047 1:-79620723 MsG0180004564.01.T01:CDS
AAACTCAGCCATTGGATTGG+TGG 0.511142 1:-79619685 MsG0180004564.01.T01:CDS
AGTCTTAAGTGATGGCACTT+TGG 0.512792 1:-79620598 MsG0180004564.01.T01:CDS
CAACGATAAAACTCAGCCAT+TGG 0.514445 1:-79619693 MsG0180004564.01.T01:CDS
ACTCCTCGAAATTTAGGTGT+TGG 0.515924 1:+79620720 None:intergenic
CCAACACACGGGTAGAAACC+TGG 0.517267 1:+79619486 None:intergenic
GTTGATATTAAGCGGCCCAC+TGG 0.518795 1:-79618938 MsG0180004564.01.T01:CDS
TGGATTGGTGGTCCAGGATG+AGG 0.518989 1:-79619673 MsG0180004564.01.T01:CDS
TGAGAATAATAAGAGAAGAA+CGG 0.519100 1:+79618632 None:intergenic
ATCAAGGGCTATCCTCATCC+TGG 0.519666 1:+79619661 None:intergenic
TTTATGGAGGAAATTTGAGC+AGG 0.520372 1:-79620749 MsG0180004564.01.T01:CDS
GTGGGCCGCTTAATATCAAC+GGG 0.522941 1:+79618941 None:intergenic
TTCTTTGTAGAAATAGTTGG+TGG 0.528138 1:+79621396 None:intergenic
ACAAAACAATGAGGATTGCA+AGG 0.534578 1:+79621534 None:intergenic
AGAGCGTGCATTCAGAATAG+AGG 0.541178 1:-79620538 MsG0180004564.01.T01:intron
ATGCAGGAACTCCAAGGCCC+TGG 0.544661 1:+79619634 None:intergenic
AAAGGTGGGTGTCTTTATGG+AGG 0.547070 1:-79620762 MsG0180004564.01.T01:CDS
TATGACTTAGTGATTTGGAC+TGG 0.547307 1:-79618605 MsG0180004564.01.T01:CDS
CATACCTGGGCTAGAATCAC+AGG 0.548097 1:+79621117 None:intergenic
TTGATTTCAGATGTTAAAGG+TGG 0.548767 1:-79620777 MsG0180004564.01.T01:intron
TTGAAGTCTCTATGTATCAC+GGG 0.553083 1:+79619596 None:intergenic
CTTGAAGTCTCTATGTATCA+CGG 0.555647 1:+79619595 None:intergenic
GAAGAAAGAGTAAGGGAGAG+AGG 0.557710 1:+79621493 None:intergenic
TGAGGGAATGAAGATGGTGT+TGG 0.557930 1:+79619714 None:intergenic
AAAGATTACCATAACCATGT+TGG 0.561366 1:-79621333 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR
ATAAAACTCAGCCATTGGAT+TGG 0.562050 1:-79619688 MsG0180004564.01.T01:CDS
ATAATGTAGGTACGCCTCCA+CGG 0.562356 1:-79619035 MsG0180004564.01.T01:intron
GCAAATGAGATTGGTAATGG+AGG 0.562661 1:-79620645 MsG0180004564.01.T01:CDS
CAAAACAATGAGGATTGCAA+GGG 0.563816 1:+79621535 None:intergenic
TAATGTAGGTACGCCTCCAC+GGG 0.564916 1:-79619034 MsG0180004564.01.T01:intron
CAAGGCCCTGGCACAATCAA+GGG 0.568929 1:+79619646 None:intergenic
ATCCAGTGGTCCCCAACACA+CGG 0.570003 1:+79619474 None:intergenic
ATCCTGGACCACCAATCCAA+TGG 0.573325 1:+79619677 None:intergenic
AGGTTTCTACCCGTGTGTTG+GGG 0.574838 1:-79619484 MsG0180004564.01.T01:CDS
GTGAGACAGCATGTTCATGC+AGG 0.576690 1:+79619618 None:intergenic
AAGTCGGATGTTTACAGCTA+CGG 0.577270 1:-79618998 MsG0180004564.01.T01:CDS
ATTAAGTTGCTTCACAGTGA+GGG 0.582590 1:-79620570 MsG0180004564.01.T01:CDS
ACACGGGCAGTACTCAAAGA+AGG 0.584025 1:-79618690 MsG0180004564.01.T01:CDS
CTGAATGTAAGTGATGGTAA+TGG 0.584025 1:+79621358 None:intergenic
TATAAAGGAGTCTTAAGTGA+TGG 0.585273 1:-79620606 MsG0180004564.01.T01:CDS
CAAAATCTGCCACCTTTGCA+CGG 0.587777 1:+79619543 None:intergenic
AGTACTGCCCGTGTAGAACT+GGG 0.589459 1:+79618699 None:intergenic
GACGAGGACGTGTTCTCCAG+TGG 0.593121 1:+79618922 None:intergenic
AGTGGGCCGCTTAATATCAA+CGG 0.594527 1:+79618940 None:intergenic
TGATTTCAGATGTTAAAGGT+GGG 0.596619 1:-79620776 MsG0180004564.01.T01:intron
GGATCAGAATTTCCGTGCAA+AGG 0.597108 1:-79619555 MsG0180004564.01.T01:CDS
TCAAGTACCACTGTACCTGC+AGG 0.600849 1:-79621420 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR
AAGAAGGTTGAGATATTGGA+AGG 0.603533 1:+79621466 None:intergenic
GATAGCCCTTGATTGTGCCA+GGG 0.606692 1:-79619651 MsG0180004564.01.T01:CDS
TTGAAGGAAAATGTCCAACA+TGG 0.607470 1:+79621319 None:intergenic
CTTCACAGTGAGGGTAAGCA+AGG 0.608814 1:-79620561 MsG0180004564.01.T01:CDS
CATTAAGTTGCTTCACAGTG+AGG 0.611076 1:-79620571 MsG0180004564.01.T01:CDS
CTTTGTAGTAAGCTTACCCG+TGG 0.615960 1:+79619018 None:intergenic
TGGTGTTGGAGTGTACCATT+TGG 0.619666 1:+79619728 None:intergenic
GTGTACCCGTTGATATTAAG+CGG 0.620354 1:-79618946 MsG0180004564.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

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!!! TTAATATATCTCTTTGTTTT+TGG - Chr1:79619675-79619694 MsG0180004564.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTTAATTTGTCTGTTTAATT+TGG - Chr1:79621116-79621135 MsG0180004564.01.T01:intron 15.0%
!! AAAAATAATAATGATCCTGA+AGG - Chr1:79621342-79621361 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR 20.0%
!! ATAATTATGACTTAGTGATT+TGG - Chr1:79621566-79621585 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR 20.0%
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!!! GTTTAATTTGGATATAATGT+AGG - Chr1:79621128-79621147 MsG0180004564.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAACAGTTTATTTTAATGTG+AGG - Chr1:79619868-79619887 MsG0180004564.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTTGAAGCTAATAAATAGT+TGG - Chr1:79619367-79619386 MsG0180004564.01.T01:intron 20.0%
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! CATTGTGATGATTATGATAA+TGG + Chr1:79618885-79618904 None:intergenic 25.0%
! CTTTATTAAAATCTAGCACA+TGG - Chr1:79620300-79620319 MsG0180004564.01.T01:intron 25.0%
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! TGAGAATAATAAGAGAAGAA+CGG + Chr1:79621547-79621566 None:intergenic 25.0%
! TGTCAGTATTTCAAAGTTAT+AGG + Chr1:79620134-79620153 None:intergenic 25.0%
! TTAATTGATATGAACATACC+TGG + Chr1:79619076-79619095 None:intergenic 25.0%
! TTAGATATTTGTCATTCATC+AGG - Chr1:79621408-79621427 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR 25.0%
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!! CAAGACTTATAATGTTTTAC+TGG - Chr1:79620600-79620619 MsG0180004564.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACATTGATTTCAGATGTTAA+AGG - Chr1:79619396-79619415 MsG0180004564.01.T01:intron 25.0%
!!! AGTTTATTTTAATGTGAGGA+TGG - Chr1:79619872-79619891 MsG0180004564.01.T01:intron 25.0%
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!!! GATTATGATAATGGTTTTGA+AGG + Chr1:79618876-79618895 None:intergenic 25.0%
!!! TTTTAAAAACTAGCTAGCTA+GGG - Chr1:79620865-79620884 MsG0180004564.01.T01:intron 25.0%
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CAAAACAATGAGGATTGCAA+GGG + Chr1:79618644-79618663 None:intergenic 35.0%
CAATATCTCAACCTTCTTTG+TGG - Chr1:79618715-79618734 MsG0180004564.01.T01:CDS 35.0%
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TATAAGTGAGTATGGAGGTA+TGG - Chr1:79619168-79619187 MsG0180004564.01.T01:intron 35.0%
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TTTATGGAGGAAATTTGAGC+AGG - Chr1:79619427-79619446 MsG0180004564.01.T01:intron 35.0%
! ATTAAGTTGCTTCACAGTGA+GGG - Chr1:79619606-79619625 MsG0180004564.01.T01:CDS 35.0%
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! TATGACTTAGTGATTTGGAC+TGG - Chr1:79621571-79621590 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR 35.0%
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! TTCCTGGTCTCTTTTTGATA+TGG + Chr1:79619241-79619260 None:intergenic 35.0%
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!!! GGAAGTATTTGCTAGTTTTG+AGG + Chr1:79618622-79618641 None:intergenic 35.0%
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AAACAAAGAACTCATGCACG+TGG - Chr1:79620808-79620827 MsG0180004564.01.T01:intron 40.0%
AACTAGCTAGCTAGGGAATT+TGG - Chr1:79620872-79620891 MsG0180004564.01.T01:intron 40.0%
AAGGCACAGAAGAAAGAGTA+AGG + Chr1:79618694-79618713 None:intergenic 40.0%
AAGTCGGATGTTTACAGCTA+CGG - Chr1:79621178-79621197 MsG0180004564.01.T01:CDS 40.0%
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AGTCTTAAGTGATGGCACTT+TGG - Chr1:79619578-79619597 MsG0180004564.01.T01:CDS 40.0%
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CCAAATAAGGAGAACGCAAT+TGG + Chr1:79620369-79620388 None:intergenic 40.0%
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TCATACAATAGGTACATCGG+TGG + Chr1:79620980-79620999 None:intergenic 40.0%
TGCAAGTTATGAACTGGTAG+TGG + Chr1:79620783-79620802 None:intergenic 40.0%
TGTATCAAGTGCGTGAATGT+GGG + Chr1:79620912-79620931 None:intergenic 40.0%
TGTTTGGCCAAGTAAGAACA+TGG + Chr1:79619105-79619124 None:intergenic 40.0%
! AAAGGTGGCAGATTTTGGAT+TGG - Chr1:79620639-79620658 MsG0180004564.01.T01:CDS 40.0%
! AGGAGCAAGAGTGTACATTA+AGG + Chr1:79619923-79619942 None:intergenic 40.0%
! ATATGAGTTGGCAACTAGGA+AGG + Chr1:79620274-79620293 None:intergenic 40.0%
! ATTGCGTTCTCCTTATTTGG+TGG - Chr1:79620369-79620388 MsG0180004564.01.T01:intron 40.0%
! ATTTTCTAACCCAAGAGACG+AGG + Chr1:79621273-79621292 None:intergenic 40.0%
! CACAATATGAGTTGGCAACT+AGG + Chr1:79620278-79620297 None:intergenic 40.0%
! CATTAAGTTGCTTCACAGTG+AGG - Chr1:79619605-79619624 MsG0180004564.01.T01:CDS 40.0%
! CCTTATTTGGTGGAGTTACT+TGG - Chr1:79620379-79620398 MsG0180004564.01.T01:intron 40.0%
! CTCAAAGAAGGCTTTAGTTC+AGG - Chr1:79621498-79621517 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR 40.0%
!! ATGGCTGAGTTTTATCGTTG+AGG + Chr1:79620483-79620502 None:intergenic 40.0%
!! GCAAATGAGATTGGTAATGG+AGG - Chr1:79619531-79619550 MsG0180004564.01.T01:CDS 40.0%
!! TGGCTGAGTTTTATCGTTGA+GGG + Chr1:79620482-79620501 None:intergenic 40.0%
AAAGGTGGGTGTCTTTATGG+AGG - Chr1:79619414-79619433 MsG0180004564.01.T01:intron 45.0%
AAATCTAGCACATGGGTGTG+AGG - Chr1:79620308-79620327 MsG0180004564.01.T01:intron 45.0%
ACCGTCCGAGTTTGATTCAA+CGG + Chr1:79620942-79620961 None:intergenic 45.0%
ACCTTCTTTGTGGTCACCAA+TGG - Chr1:79618725-79618744 MsG0180004564.01.T01:CDS 45.0%
AGAGCGTGCATTCAGAATAG+AGG - Chr1:79619638-79619657 MsG0180004564.01.T01:CDS 45.0%
AGCTAGCTAGGGAATTTGGA+TGG - Chr1:79620876-79620895 MsG0180004564.01.T01:intron 45.0%
AGGAGATATTGAGAGAGAGC+AGG + Chr1:79619732-79619751 None:intergenic 45.0%
AGTGGGCCGCTTAATATCAA+CGG + Chr1:79621239-79621258 None:intergenic 45.0%
ATAATGTAGGTACGCCTCCA+CGG - Chr1:79621141-79621160 MsG0180004564.01.T01:CDS 45.0%
ATGGTTGACCCAGTTCTACA+CGG - Chr1:79621469-79621488 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR 45.0%
ATGTTCATGCAGGAACTCCA+AGG + Chr1:79620551-79620570 None:intergenic 45.0%
CAAAATCTGCCACCTTTGCA+CGG + Chr1:79620636-79620655 None:intergenic 45.0%
CAAGCTCAATTAGGTCCTTC+AGG + Chr1:79621360-79621379 None:intergenic 45.0%
CCACCAACACCTAAATTTCG+AGG - Chr1:79619453-79619472 MsG0180004564.01.T01:intron 45.0%
CTTTGTAGTAAGCTTACCCG+TGG + Chr1:79621161-79621180 None:intergenic 45.0%
GAAGAAAGAGTAAGGGAGAG+AGG + Chr1:79618686-79618705 None:intergenic 45.0%
GGATCAGAATTTCCGTGCAA+AGG - Chr1:79620621-79620640 MsG0180004564.01.T01:CDS 45.0%
GTATCAAGTGCGTGAATGTG+GGG + Chr1:79620911-79620930 None:intergenic 45.0%
TATCAAGTGCGTGAATGTGG+GGG + Chr1:79620910-79620929 None:intergenic 45.0%
TCACGCACTTGATACATCTG+TGG - Chr1:79620916-79620935 MsG0180004564.01.T01:intron 45.0%
TCAGAATTTCCGTGCAAAGG+TGG - Chr1:79620624-79620643 MsG0180004564.01.T01:CDS 45.0%
TGAGGGAATGAAGATGGTGT+TGG + Chr1:79620465-79620484 None:intergenic 45.0%
TGTGGCCGTTGAATCAAACT+CGG - Chr1:79620934-79620953 MsG0180004564.01.T01:intron 45.0%
! AAACTCAGCCATTGGATTGG+TGG - Chr1:79620491-79620510 MsG0180004564.01.T01:intron 45.0%
! AAGGAGAACGCAATTGGCTT+AGG + Chr1:79620363-79620382 None:intergenic 45.0%
! ATTGTGCTGATCAACACCAC+AGG - Chr1:79620404-79620423 MsG0180004564.01.T01:intron 45.0%
! CTCTGGTGCTAAATATCCAG+TGG + Chr1:79620719-79620738 None:intergenic 45.0%
! TCCATTGGTGACCACAAAGA+AGG + Chr1:79618729-79618748 None:intergenic 45.0%
! TGCTAGAAGACTTTTGGCGA+CGG + Chr1:79618958-79618977 None:intergenic 45.0%
! TGGTGTTGGAGTGTACCATT+TGG + Chr1:79620451-79620470 None:intergenic 45.0%
!! CCTCGAAATTTAGGTGTTGG+TGG + Chr1:79619456-79619475 None:intergenic 45.0%
ACACGGGCAGTACTCAAAGA+AGG - Chr1:79621486-79621505 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR 50.0%
ACAGCCTGCTTGATAGAGAC+TGG + Chr1:79620841-79620860 None:intergenic 50.0%
AGAACACGTCCTCGTCTCTT+GGG - Chr1:79621261-79621280 MsG0180004564.01.T01:CDS 50.0%
AGGTTTCTACCCGTGTGTTG+GGG - Chr1:79620692-79620711 MsG0180004564.01.T01:CDS 50.0%
AGTACTGCCCGTGTAGAACT+GGG + Chr1:79621480-79621499 None:intergenic 50.0%
ATCAAGGGCTATCCTCATCC+TGG + Chr1:79620518-79620537 None:intergenic 50.0%
ATCCTGGACCACCAATCCAA+TGG + Chr1:79620502-79620521 None:intergenic 50.0%
CACACCAGTCTCTATCAAGC+AGG - Chr1:79620834-79620853 MsG0180004564.01.T01:intron 50.0%
CAGGTTTCTACCCGTGTGTT+GGG - Chr1:79620691-79620710 MsG0180004564.01.T01:CDS 50.0%
CTTCACAGTGAGGGTAAGCA+AGG - Chr1:79619615-79619634 MsG0180004564.01.T01:CDS 50.0%
GATAGCCCTTGATTGTGCCA+GGG - Chr1:79620525-79620544 MsG0180004564.01.T01:intron 50.0%
GCCGTTGAATCAAACTCGGA+CGG - Chr1:79620938-79620957 MsG0180004564.01.T01:intron 50.0%
GTGAGACAGCATGTTCATGC+AGG + Chr1:79620561-79620580 None:intergenic 50.0%
GTGGGCCGCTTAATATCAAC+GGG + Chr1:79621238-79621257 None:intergenic 50.0%
GTTGATATTAAGCGGCCCAC+TGG - Chr1:79621238-79621257 MsG0180004564.01.T01:CDS 50.0%
TAATGTAGGTACGCCTCCAC+GGG - Chr1:79621142-79621161 MsG0180004564.01.T01:CDS 50.0%
TCAAGTACCACTGTACCTGC+AGG - Chr1:79618756-79618775 MsG0180004564.01.T01:intron 50.0%
TGGTTGACCCAGTTCTACAC+GGG - Chr1:79621470-79621489 MsG0180004564.01.T01:five_prime_UTR 50.0%
TGTAGTAAGCTTACCCGTGG+AGG + Chr1:79621158-79621177 None:intergenic 50.0%
TTGTCCTGTGATTCTAGCCC+AGG - Chr1:79619055-79619074 MsG0180004564.01.T01:intron 50.0%
! CATACCTGGGCTAGAATCAC+AGG + Chr1:79619062-79619081 None:intergenic 50.0%
! CGTGCAAAGGTGGCAGATTT+TGG - Chr1:79620634-79620653 MsG0180004564.01.T01:CDS 50.0%
!! GAAATAGTTGGTGGACCTGC+AGG + Chr1:79618774-79618793 None:intergenic 50.0%
AAGTGCGTGAATGTGGGGGA+TGG + Chr1:79620906-79620925 None:intergenic 55.0%
ACGAGGACGTGTTCTCCAGT+GGG + Chr1:79621256-79621275 None:intergenic 55.0%
ATCCAGTGGTCCCCAACACA+CGG + Chr1:79620705-79620724 None:intergenic 55.0%
CAAGGCCCTGGCACAATCAA+GGG + Chr1:79620533-79620552 None:intergenic 55.0%
CCAACACACGGGTAGAAACC+TGG + Chr1:79620693-79620712 None:intergenic 55.0%
CCAGGTTTCTACCCGTGTGT+TGG - Chr1:79620690-79620709 MsG0180004564.01.T01:CDS 55.0%
GAGAACACGTCCTCGTCTCT+TGG - Chr1:79621260-79621279 MsG0180004564.01.T01:CDS 55.0%
GGATAGCCCTTGATTGTGCC+AGG - Chr1:79620524-79620543 MsG0180004564.01.T01:intron 55.0%
! GAGTACTGCCCGTGTAGAAC+TGG + Chr1:79621481-79621500 None:intergenic 55.0%
!! AGCCATTGGATTGGTGGTCC+AGG - Chr1:79620497-79620516 MsG0180004564.01.T01:intron 55.0%
!! TGGATTGGTGGTCCAGGATG+AGG - Chr1:79620503-79620522 MsG0180004564.01.T01:intron 55.0%
ATGCAGGAACTCCAAGGCCC+TGG + Chr1:79620545-79620564 None:intergenic 60.0%
CCAAGGCCCTGGCACAATCA+AGG + Chr1:79620534-79620553 None:intergenic 60.0%
CCTTGATTGTGCCAGGGCCT+TGG - Chr1:79620531-79620550 MsG0180004564.01.T01:intron 60.0%
GACGAGGACGTGTTCTCCAG+TGG + Chr1:79621257-79621276 None:intergenic 60.0%
TCCAGTGGTCCCCAACACAC+GGG + Chr1:79620704-79620723 None:intergenic 60.0%
! TGGTGGACCTGCAGGTACAG+TGG + Chr1:79618766-79618785 None:intergenic 60.0%
ACCCGTGTGTTGGGGACCAC+TGG - Chr1:79620700-79620719 MsG0180004564.01.T01:CDS 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 79618583 79621615 79618583 ID=MsG0180004564.01;Name=MsG0180004564.01
Chr1 mRNA 79618583 79621615 79618583 ID=MsG0180004564.01.T01;Parent=MsG0180004564.01;Name=MsG0180004564.01.T01;_AED=0.44;_eAED=0.44;_QI=319|1|0.8|1|1|1|5|0|376
Chr1 exon 79618583 79618768 79618583 ID=MsG0180004564.01.T01:exon:15390;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 exon 79618916 79619048 79618916 ID=MsG0180004564.01.T01:exon:15389;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 exon 79619461 79619846 79619461 ID=MsG0180004564.01.T01:exon:15388;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 exon 79620539 79620789 79620539 ID=MsG0180004564.01.T01:exon:15387;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 exon 79621122 79621615 79621122 ID=MsG0180004564.01.T01:exon:15386;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 five_prime_UTR 79621297 79621615 79621297 ID=MsG0180004564.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 CDS 79621122 79621296 79621122 ID=MsG0180004564.01.T01:cds;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 CDS 79620539 79620789 79620539 ID=MsG0180004564.01.T01:cds;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 CDS 79619461 79619846 79619461 ID=MsG0180004564.01.T01:cds;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 CDS 79618916 79619048 79618916 ID=MsG0180004564.01.T01:cds;Parent=MsG0180004564.01.T01
Chr1 CDS 79618583 79618768 79618583 ID=MsG0180004564.01.T01:cds;Parent=MsG0180004564.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180004564.01.T01

ATGGTTGCCTTAATTATGCTCCTGTTTACCATTTTTTTGGTTGTATGCTTGATCCGTCGCCAAAAGTCTTCTAGCAAAAATGGGGTTTGCAAAGATGATTGCGAGAGTAGAGTGCTTCATGATACAAGCAGAAGACACATTGCTCCAACAATCTTGTCCTGTGATTCTAGCCCAGATGTTAAAGGTGGGTGTCTTTATGGAGGAAATTTGAGCAGGACACCACCAACACCTAAATTTCGAGGAGTGCAAGTTTTCACTTATAAGGAGCTAGAAGTTGCTACTAATGGTTTCAATGAAGCAAATGAGATTGGTAATGGAGGAATCAATGGTTTGATGTATAAAGGAGTCTTAAGTGATGGCACTTTGGCAGCCATTAAGTTGCTTCACAGTGAGGGTAAGCAAGGAGAGCGTGCATTCAGAATAGAGGTCGATCTCCTAAGCCAATTGCGTTCTCCTTATTTGGTGGAGTTACTTGGCTATTGTGCTGATCAACACCACAGGTTATTGATTTTTGAATACATGCCAAATGGTACACTCCAACACCATCTTCATTCCCTCAACGATAAAACTCAGCCATTGGATTGGTGGTCCAGGATGAGGATAGCCCTTGATTGTGCCAGGGCCTTGGAGTTCCTGCATGAACATGCTGTCTCACCCGTGATACATAGAGACTTCAAGACTTATAATGTTTTACTGGATCAGAATTTCCGTGCAAAGGTGGCAGATTTTGGATTGGCTAAGATGGGATCAGAGAAGAAAAATGGCCAGGTTTCTACCCGTGTGTTGGGGACCACTGGATATTTAGCACCAGAGTACGCCTCCACGGGTAAGCTTACTACAAAGTCGGATGTTTACAGCTACGGTGTAGTTCTTCTCGAATTGCTAACAGGACGTGTACCCGTTGATATTAAGCGGCCCACTGGAGAACACGTCCTCGTCTCTTGGGCTCTTCCAAGATTGACAAACAGAGAAAAAGTTGTGGAAATGGTTGACCCAGTTCTACACGGGCAGTACTCAAAGAAGGCTTTAGTTCAGGTCAAACTTGATTTTATTCAGTCCCCGTTCTTCTCTTATTATTCTCATAATTATGACTTAGTGATTTGGACTGGTAATATTTTTACCATCAATTAA
Protein sequence

>MsG0180004564.01.T01

MVALIMLLFTIFLVVCLIRRQKSSSKNGVCKDDCESRVLHDTSRRHIAPTILSCDSSPDVKGGCLYGGNLSRTPPTPKFRGVQVFTYKELEVATNGFNEANEIGNGGINGLMYKGVLSDGTLAAIKLLHSEGKQGERAFRIEVDLLSQLRSPYLVELLGYCADQHHRLLIFEYMPNGTLQHHLHSLNDKTQPLDWWSRMRIALDCARALEFLHEHAVSPVIHRDFKTYNVLLDQNFRAKVADFGLAKMGSEKKNGQVSTRVLGTTGYLAPEYASTGKLTTKSDVYSYGVVLLELLTGRVPVDIKRPTGEHVLVSWALPRLTNREKVVEMVDPVLHGQYSKKALVQVKLDFIQSPFFSYYSHNYDLVIWTGNIFTIN*