AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039218.01

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MsG0780039218.01.T01 AT1G61420 44.056 286 157 3 32 315 482 766 1.63e-77 255
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MsG0780039218.01.T01 AT1G61430 44.406 286 156 3 32 315 454 738 2.18e-77 254
MsG0780039218.01.T01 AT4G23260 42.284 324 182 5 32 352 316 637 2.30e-77 251
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MsG0780039218.01.T01 AT1G61430 44.406 286 156 3 32 315 477 761 4.33e-77 253
MsG0780039218.01.T01 AT1G34210 43.750 304 166 4 16 314 276 579 4.53e-77 250
MsG0780039218.01.T01 AT1G34210 43.750 304 166 4 16 314 276 579 4.53e-77 250
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MsG0780039218.01.T01 AT5G18610 42.384 302 169 5 18 315 58 358 1.18e-76 246
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MsG0780039218.01.T01 AT1G61500 44.056 286 157 3 32 315 479 763 5.48e-76 251
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MsG0780039218.01.T01 AT1G61490 42.517 294 166 3 24 315 470 762 9.99e-76 250
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MsG0780039218.01.T01 AT1G68690 44.483 290 149 5 32 314 365 649 2.64e-75 247
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MsG0780039218.01.T01 AT1G61400 43.537 294 155 4 32 315 488 780 3.20e-74 246
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MsG0780039218.01.T01 AT1G61360 45.051 293 156 3 32 320 405 696 7.96e-74 244
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MsG0780039218.01.T01 AT1G61390 44.138 290 149 5 32 315 340 622 1.18e-73 241
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MsG0780039218.01.T01 AT5G38560 43.151 292 153 6 32 314 327 614 1.81e-73 241
MsG0780039218.01.T01 AT3G20530 49.362 235 116 3 32 263 70 304 2.05e-73 231
MsG0780039218.01.T01 AT5G40380 44.595 296 154 4 28 317 300 591 2.21e-73 241
MsG0780039218.01.T01 AT4G23220 44.755 286 153 5 32 314 325 608 2.21e-73 241
MsG0780039218.01.T01 AT1G11340 43.624 298 162 4 20 314 491 785 2.25e-73 244
MsG0780039218.01.T01 AT3G28690 40.323 310 169 5 28 324 10 316 2.46e-73 233
MsG0780039218.01.T01 AT5G15080 41.234 308 165 5 30 324 128 432 2.59e-73 236
MsG0780039218.01.T01 AT1G61360 45.051 293 156 3 32 320 486 777 2.93e-73 244
MsG0780039218.01.T01 AT5G01020 41.297 293 159 6 32 314 57 346 3.34e-73 234
MsG0780039218.01.T01 AT1G11303 43.624 298 158 4 23 318 488 777 3.66e-73 243
MsG0780039218.01.T01 AT4G23250 43.813 299 160 5 20 315 334 627 3.83e-73 246
MsG0780039218.01.T01 AT3G01300 41.883 308 163 5 30 324 122 426 4.05e-73 236
MsG0780039218.01.T01 AT1G61440 40.836 311 156 4 32 315 471 780 4.97e-73 243
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MsG0780039218.01.T01 AT2G13800 42.434 304 170 4 16 314 246 549 5.47e-73 238
MsG0780039218.01.T01 AT4G11900 44.604 278 151 3 40 315 533 809 6.29e-73 243
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MsG0780039218.01.T01 AT3G28690 40.323 310 169 5 28 324 110 416 1.82e-72 234
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MsG0780039218.01.T01 AT4G03230 41.414 297 171 3 20 314 566 861 1.36e-69 235
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MsG0780039218.01.T01 AT5G56460 37.778 315 180 7 31 332 63 374 2.84e-69 223
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MsG0780039218.01.T01 AT2G39360 41.522 289 166 3 37 323 480 767 6.41e-69 232
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MsG0780039218.01.T01 AT2G18470 48.523 237 109 4 31 262 271 499 1.61e-68 225
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MsG0780039218.01.T01 AT5G35580 42.177 294 155 7 32 314 76 365 4.15e-68 223
MsG0780039218.01.T01 AT3G46290 40.604 298 172 4 34 328 475 770 4.42e-68 230
MsG0780039218.01.T01 AT1G61430 47.639 233 120 2 32 263 454 685 4.69e-68 228
MsG0780039218.01.T01 AT1G61430 47.639 233 120 2 32 263 477 708 7.23e-68 228
MsG0780039218.01.T01 AT1G61430 47.639 233 120 2 32 263 477 708 7.23e-68 228
MsG0780039218.01.T01 AT2G17220 40.328 305 170 5 32 325 74 377 8.36e-68 220
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MsG0780039218.01.T01 AT2G17220 40.328 305 170 5 32 325 75 378 9.24e-68 220
MsG0780039218.01.T01 AT2G28590 47.059 238 124 2 26 261 80 317 1.04e-67 217
MsG0780039218.01.T01 AT5G62710 39.077 325 180 4 11 318 229 552 1.41e-67 223
MsG0780039218.01.T01 AT4G00960 41.379 261 146 4 76 331 1 259 1.56e-67 215
MsG0780039218.01.T01 AT4G23130 45.783 249 125 4 13 252 310 557 1.83e-67 223
MsG0780039218.01.T01 AT4G27290 40.203 296 173 3 19 311 440 734 1.96e-67 227
MsG0780039218.01.T01 AT1G52290 46.809 235 120 4 32 264 131 362 2.86e-67 218
MsG0780039218.01.T01 AT5G59700 41.096 292 168 3 36 325 474 763 3.17e-67 228
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MsG0780039218.01.T01 AT5G37450 40.000 305 171 4 15 314 578 875 4.35e-63 217
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MsG0780039218.01.T01 AT4G20450 39.527 296 162 6 26 314 575 860 4.81e-63 217
MsG0780039218.01.T01 AT1G61590 36.585 328 180 8 24 341 91 400 4.92e-63 208
MsG0780039218.01.T01 AT5G01950 42.230 296 153 6 30 314 612 900 5.09e-63 217
MsG0780039218.01.T01 AT1G17230 38.415 328 179 8 6 315 751 1073 5.56e-63 218
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MsG0780039218.01.T01 AT2G11520 38.333 300 179 4 19 314 200 497 6.20e-63 210
MsG0780039218.01.T01 AT1G17230 38.415 328 179 8 6 315 751 1073 6.83e-63 218
MsG0780039218.01.T01 AT2G21480 40.476 294 172 2 30 322 511 802 7.00e-63 216
MsG0780039218.01.T01 AT5G37450 40.000 305 171 4 15 314 602 899 7.88e-63 217
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MsG0780039218.01.T01 AT1G11340 46.491 228 120 2 20 246 559 785 8.63e-63 215
MsG0780039218.01.T01 AT2G01820 38.356 292 172 4 32 315 573 864 8.63e-63 216
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MsG0780039218.01.T01 AT4G35030 38.462 286 169 4 30 310 90 373 9.47e-63 206
MsG0780039218.01.T01 AT5G37450 40.000 305 171 4 15 314 626 923 9.59e-63 217
MsG0780039218.01.T01 AT5G59270 34.579 321 209 1 30 350 335 654 1.12e-62 213
MsG0780039218.01.T01 AT1G55610 42.123 292 160 6 30 314 845 1134 1.12e-62 217
MsG0780039218.01.T01 AT1G55610 42.123 292 160 6 30 314 845 1134 1.12e-62 217
MsG0780039218.01.T01 AT5G59270 34.579 321 209 1 30 350 338 657 1.19e-62 213
MsG0780039218.01.T01 AT5G59270 34.579 321 209 1 30 350 354 673 1.27e-62 213
MsG0780039218.01.T01 AT5G48740 40.136 294 171 4 29 320 593 883 1.36e-62 216
MsG0780039218.01.T01 AT5G28680 38.721 297 178 3 30 324 507 801 1.43e-62 215
MsG0780039218.01.T01 AT5G28680 38.721 297 178 3 30 324 507 801 1.43e-62 215
MsG0780039218.01.T01 AT1G66150 36.686 338 197 6 32 361 576 904 1.62e-62 216
MsG0780039218.01.T01 AT4G04540 48.357 213 108 2 32 243 341 552 1.76e-62 210
MsG0780039218.01.T01 AT2G29000 39.932 293 169 5 24 314 547 834 1.87e-62 215
MsG0780039218.01.T01 AT3G13380 41.414 297 168 5 30 321 844 1139 2.06e-62 216
MsG0780039218.01.T01 AT1G11330 46.753 231 121 2 32 261 512 741 2.33e-62 213
MsG0780039218.01.T01 AT5G49760 40.244 328 181 6 25 343 612 933 2.95e-62 215
MsG0780039218.01.T01 AT4G04570 48.357 213 108 2 32 243 336 547 3.32e-62 209
MsG0780039218.01.T01 AT1G51805 37.338 308 172 7 26 327 537 829 3.47e-62 214
MsG0780039218.01.T01 AT3G59350 41.569 255 142 4 31 278 100 354 3.50e-62 204
MsG0780039218.01.T01 AT1G51805 37.338 308 172 7 26 327 561 853 3.92e-62 214
MsG0780039218.01.T01 AT1G74360 40.667 300 159 7 27 316 797 1087 4.40e-62 216
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MsG0780039218.01.T01 AT2G35620 42.222 270 151 3 50 318 310 575 5.13e-62 209
MsG0780039218.01.T01 AT2G35620 42.222 270 151 3 50 318 310 575 5.13e-62 209
MsG0780039218.01.T01 AT2G35620 42.222 270 151 3 50 318 310 575 5.13e-62 209
MsG0780039218.01.T01 AT2G35620 42.222 270 151 3 50 318 310 575 5.13e-62 209
MsG0780039218.01.T01 AT4G02420 40.000 285 164 5 34 314 340 621 6.09e-62 211
MsG0780039218.01.T01 AT5G35960 40.559 286 159 6 32 314 122 399 6.55e-62 205
MsG0780039218.01.T01 AT3G51550 38.591 298 178 4 30 324 522 817 6.81e-62 214
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MsG0780039218.01.T01 AT3G19300 38.511 309 173 7 15 314 294 594 1.10e-61 210
MsG0780039218.01.T01 AT1G18390 38.487 304 175 5 20 316 320 618 1.25e-61 209
MsG0780039218.01.T01 AT4G35600 36.527 334 182 7 30 337 73 402 1.37e-61 204
MsG0780039218.01.T01 AT4G23210 43.038 237 122 4 20 246 327 560 1.39e-61 208
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MsG0780039218.01.T01 AT1G18390 38.487 304 175 5 20 316 314 612 1.41e-61 209

Find 71 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 157 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCGATTAGTTTCACAAGATT+TGG 0.220897 7:+60057078 None:intergenic
TTTCATCCTTCAAGCAAAAT+TGG 0.221986 7:-60057328 MsG0780039218.01.T01:CDS
TGCATTTGGAGACAATATTT+TGG 0.226285 7:-60056423 MsG0780039218.01.T01:CDS
AATATTTGCAGGGAGTATTA+AGG 0.237076 7:-60057200 MsG0780039218.01.T01:intron
AAAGCCGATGTATATAGTTT+TGG 0.248282 7:-60056491 MsG0780039218.01.T01:CDS
ATTTGCCTTGGTACAGCTTC+GGG 0.315886 7:-60056845 MsG0780039218.01.T01:CDS
GTCTGTGCTGAGCTCCTGAT+TGG 0.316429 7:+60056088 None:intergenic
ATGGTAGCATAGTCATGATT+TGG 0.327608 7:-60058565 None:intergenic
CATTTGTAGAACTTGTTTCA+TGG 0.353289 7:+60056062 None:intergenic
ATATCTCTGTGAACAATGTT+TGG 0.355253 7:+60056794 None:intergenic
TGTTCATGTGGCTGCTCAGC+AGG 0.355950 7:+60058500 None:intergenic
TGTCTTAGAAGCGCATATTC+TGG 0.357317 7:+60056524 None:intergenic
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ATATTTGCAGGGAGTATTAA+GGG 0.376516 7:-60057199 MsG0780039218.01.T01:intron
TATTTGCCTTGGTACAGCTT+CGG 0.376888 7:-60056846 MsG0780039218.01.T01:CDS
CTCGTCCAACAATATGTTGC+TGG 0.381451 7:+60056766 None:intergenic
CATCTATGCTTACATTGTTC+CGG 0.385830 7:+60056664 None:intergenic
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AGTAGTAGCAAAGCTGCATT+TGG 0.388360 7:-60056437 MsG0780039218.01.T01:CDS
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CTTCCCTTTACACCAATTCA+AGG 0.416401 7:+60058529 None:intergenic
CTCATTAAGATGAACTTGTC+TGG 0.416772 7:+60056035 None:intergenic
GCATTCCATCTGTATATTCC+AGG 0.429987 7:+60055997 None:intergenic
CATATTAGTACTCGAGTTGC+CGG 0.430015 7:-60056683 MsG0780039218.01.T01:CDS
TAAAGAAGAAAACCGGCTAC+TGG 0.449543 7:-60056187 MsG0780039218.01.T01:CDS
GAGAAGGCATTGACTGAGCC+TGG 0.449732 7:-60056015 MsG0780039218.01.T01:CDS
TGAGGGTAATCATCGAATAT+TGG 0.452389 7:-60057046 MsG0780039218.01.T01:CDS
TGTAGAACTTGTTTCATGGT+TGG 0.452595 7:+60056066 None:intergenic
CAAAGCCAGCAACATATTGT+TGG 0.455946 7:-60056771 MsG0780039218.01.T01:CDS
CGGAGAACCACTCGTCTTTG+CGG 0.467545 7:+60055972 None:intergenic
CAGAGATGTTTCCTAGATGA+TGG 0.470638 7:-60055855 None:intergenic
GTGCCTTGAATTGGTGTAAA+GGG 0.476621 7:-60058532 MsG0780039218.01.T01:CDS
GTAAATGTGTTCCTCTGGAT+TGG 0.484393 7:-60056883 MsG0780039218.01.T01:CDS
TTCCTCTGGATTGGCAAAAG+AGG 0.484556 7:-60056874 MsG0780039218.01.T01:CDS
CTAATCGGCTTCTGTATTGA+GGG 0.486261 7:-60057063 MsG0780039218.01.T01:CDS
AAAATTGGTGGAGGAGGCTA+TGG 0.492647 7:-60057313 MsG0780039218.01.T01:CDS
CACCTCGTTCTCGTCATAGT+TGG 0.495300 7:+60056143 None:intergenic
ACTAATCGGCTTCTGTATTG+AGG 0.498359 7:-60057064 MsG0780039218.01.T01:CDS
TCTGTGCTGAGCTCCTGATT+GGG 0.499882 7:+60056089 None:intergenic
TGCAATGGTAACCATCATCT+AGG 0.500488 7:+60055844 None:intergenic
AAGAGGGCTGCTATTTGCCT+TGG 0.500758 7:-60056857 MsG0780039218.01.T01:CDS
GGAAGCTTAAAGAAGAAAAC+CGG 0.504865 7:-60056194 MsG0780039218.01.T01:CDS
AGGCTATGGTGTTGTCTACA+AGG 0.518056 7:-60057299 MsG0780039218.01.T01:intron
CATCCTTCAAGCAAAATTGG+TGG 0.518893 7:-60057325 MsG0780039218.01.T01:CDS
ATGACGAGAACGAGGTGTAT+CGG 0.519825 7:-60056137 MsG0780039218.01.T01:CDS
CAAACCTCTACGCAATTTAG+CGG 0.540335 7:-60055892 MsG0780039218.01.T01:CDS
AGCCTTGCAAGTTCTTTGCT+AGG 0.542077 7:-60057000 MsG0780039218.01.T01:intron
TATCAACAAGTTCCAGTAGC+CGG 0.543624 7:+60056175 None:intergenic
TCAAGCAAAATTGGTGGAGG+AGG 0.543762 7:-60057319 MsG0780039218.01.T01:CDS
GCTTGAAGGATGAAAATCTC+CGG 0.544239 7:+60057336 None:intergenic
GATGACGATGACATCTCATT+CGG 0.547567 7:+60055952 None:intergenic
ACAAGTTCATCTTAATGAGA+AGG 0.566615 7:-60056031 MsG0780039218.01.T01:CDS
TCCTCTGGATTGGCAAAAGA+GGG 0.575497 7:-60056873 MsG0780039218.01.T01:CDS
AACTCATTGAGATCTGCTAC+CGG 0.583007 7:-60057355 MsG0780039218.01.T01:CDS
TCTAAGCTTTCTTCATGAAG+AGG 0.583721 7:-60056822 MsG0780039218.01.T01:CDS
GGTGCCTTGAATTGGTGTAA+AGG 0.585015 7:-60058533 MsG0780039218.01.T01:CDS
CCTTCAAGCAAAATTGGTGG+AGG 0.593396 7:-60057322 MsG0780039218.01.T01:CDS
CTGAGCCTGGAATATACAGA+TGG 0.606341 7:-60056002 MsG0780039218.01.T01:CDS
TTGCAGGGAGTATTAAGGGA+TGG 0.611965 7:-60057195 MsG0780039218.01.T01:intron
CTTTCTGTAGAGTCTAAACA+AGG 0.620034 7:-60057150 MsG0780039218.01.T01:CDS
TACCTAGCAAAGAACTTGCA+AGG 0.622293 7:+60056998 None:intergenic
CTGATGCTTGAAATAATCAG+TGG 0.624840 7:-60056464 MsG0780039218.01.T01:CDS
AATCCCAAAACTATATACAT+CGG 0.625065 7:+60056487 None:intergenic
GCTGAGCAGCCACATGAACA+AGG 0.643915 7:-60058497 MsG0780039218.01.T01:intron
CTTGAATTGGTGTAAAGGGA+AGG 0.654930 7:-60058528 MsG0780039218.01.T01:CDS
AGAACCACTCGTCTTTGCGG+AGG 0.668399 7:+60055975 None:intergenic
TGCAAAATAGAGCAATCACA+AGG 0.685053 7:+60056112 None:intergenic
TGTACCGCTAAATTGCGTAG+AGG 0.685187 7:+60055888 None:intergenic
TTAGACCCGAAGCTGTACCA+AGG 0.688371 7:+60056840 None:intergenic
AATGCCTCCGCAAAGACGAG+TGG 0.688597 7:-60055979 MsG0780039218.01.T01:CDS
AACCAACTATGACGAGAACG+AGG 0.691245 7:-60056145 MsG0780039218.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAATCGTTTAAATATTAATA+TGG + Chr7:60056767-60056786 None:intergenic 10.0%
!! AAAAAAGGAAAGTTTAAAAA+TGG + Chr7:60057488-60057507 None:intergenic 15.0%
!! AATATTAATATGGATAATGT+TGG + Chr7:60056757-60056776 None:intergenic 15.0%
!! TAATTAATTGTAGTATTTGT+AGG - Chr7:60056530-60056549 MsG0780039218.01.T01:CDS 15.0%
!! TTAATATTTAAACGATTTCT+TGG - Chr7:60056769-60056788 MsG0780039218.01.T01:CDS 15.0%
!!! AAATATGTAACATTTTCAAA+GGG + Chr7:60056947-60056966 None:intergenic 15.0%
!!! TTGCAATAATTTTCAATATA+TGG + Chr7:60056837-60056856 None:intergenic 15.0%
!! AAGAATTAAGACAAAAAGTA+AGG + Chr7:60057174-60057193 None:intergenic 20.0%
!! AGAATTAAGACAAAAAGTAA+GGG + Chr7:60057173-60057192 None:intergenic 20.0%
!! AGCACAAAAAATATGAAAAT+CGG - Chr7:60058491-60058510 MsG0780039218.01.T01:intron 20.0%
!! ATATTTGAAAAGCAAAATTC+TGG + Chr7:60057812-60057831 None:intergenic 20.0%
!! ATCAACATTATTCATACAAA+AGG + Chr7:60058040-60058059 None:intergenic 20.0%
!! CAAGGTACATAAAATAAATA+TGG - Chr7:60055930-60055949 MsG0780039218.01.T01:CDS 20.0%
!! CCATAATTATCTAACTAAAA+TGG - Chr7:60057449-60057468 MsG0780039218.01.T01:intron 20.0%
!! TTGAACCTGTAAAAAAAAAA+AGG + Chr7:60057503-60057522 None:intergenic 20.0%
!!! ACTTTCCTTTTTTTTTTTAC+AGG - Chr7:60057495-60057514 MsG0780039218.01.T01:intron 20.0%
!!! CAAATATGTAACATTTTCAA+AGG + Chr7:60056948-60056967 None:intergenic 20.0%
!!! CCATTTTAGTTAGATAATTA+TGG + Chr7:60057452-60057471 None:intergenic 20.0%
!!! TGTTTTTTTAACAAAGATTG+AGG - Chr7:60056072-60056091 MsG0780039218.01.T01:CDS 20.0%
! AAAAAGAGATAGAACTAAGA+AGG + Chr7:60056045-60056064 None:intergenic 25.0%
! AACTAAGAAGGATAAATGAA+AGG + Chr7:60056033-60056052 None:intergenic 25.0%
! AATCCCAAAACTATATACAT+CGG + Chr7:60057925-60057944 None:intergenic 25.0%
! ACTAAGAAGGATAAATGAAA+GGG + Chr7:60056032-60056051 None:intergenic 25.0%
! CCTGCAAATATTAATGTAAA+GGG + Chr7:60057201-60057220 None:intergenic 25.0%
! CCTTTACATTAATATTTGCA+GGG - Chr7:60057199-60057218 MsG0780039218.01.T01:intron 25.0%
! CTACAAATTATAGATTCAAG+TGG - Chr7:60056197-60056216 MsG0780039218.01.T01:CDS 25.0%
! TATATACCATATTATGTGAC+TGG - Chr7:60057784-60057803 MsG0780039218.01.T01:intron 25.0%
! TGGAATTTATCTAATACACA+TGG + Chr7:60056475-60056494 None:intergenic 25.0%
!! AAGATAATTGATTCTACTTC+AGG + Chr7:60056231-60056250 None:intergenic 25.0%
!!! AATCCAAAAATTGGTGATTT+TGG - Chr7:60057672-60057691 MsG0780039218.01.T01:intron 25.0%
!!! AATGTTGATTTAGTACATGT+TGG - Chr7:60058051-60058070 MsG0780039218.01.T01:intron 25.0%
!!! ATGTTGATTTAGTACATGTT+GGG - Chr7:60058052-60058071 MsG0780039218.01.T01:intron 25.0%
AAAAAGTAAATGTGTTCCTC+TGG - Chr7:60057521-60057540 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
AAAGTAAGGGAAAAAACCAT+TGG + Chr7:60057160-60057179 None:intergenic 30.0%
AACAAGTCAAAATGTATTCG+AGG + Chr7:60056288-60056307 None:intergenic 30.0%
ACAAGGTAAGGAATAGAATA+AGG - Chr7:60057127-60057146 MsG0780039218.01.T01:CDS 30.0%
ACAAGTTCATCTTAATGAGA+AGG - Chr7:60058378-60058397 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
ACTAATTCAAACAGAACCAA+AGG + Chr7:60056603-60056622 None:intergenic 30.0%
AGAATAAGGATCATAACCAA+TGG - Chr7:60057141-60057160 MsG0780039218.01.T01:CDS 30.0%
AGACTAACAATCAATTCTAG+AGG - Chr7:60056168-60056187 MsG0780039218.01.T01:CDS 30.0%
ATATCTCTGTGAACAATGTT+TGG + Chr7:60057618-60057637 None:intergenic 30.0%
CCAAATCTTGTGAAACTAAT+CGG - Chr7:60057331-60057350 MsG0780039218.01.T01:CDS 30.0%
CCCTGCAAATATTAATGTAA+AGG + Chr7:60057202-60057221 None:intergenic 30.0%
CCCTTTACATTAATATTTGC+AGG - Chr7:60057198-60057217 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
GAATGACATGTTACTATGTT+AGG + Chr7:60058181-60058200 None:intergenic 30.0%
GAGAACTTCAATCCAAAAAT+TGG - Chr7:60057663-60057682 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
GAGATACAAATTATAACTGC+AGG + Chr7:60056572-60056591 None:intergenic 30.0%
GCAAATATTAATGTAAAGGG+TGG + Chr7:60057198-60057217 None:intergenic 30.0%
TGTTTAACATTTACTGAGCA+GGG - Chr7:60057851-60057870 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
TTATCTAATACACATGGTCA+TGG + Chr7:60056469-60056488 None:intergenic 30.0%
TTGTTTAACATTTACTGAGC+AGG - Chr7:60057850-60057869 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
TTTCATCCTTCAAGCAAAAT+TGG - Chr7:60057081-60057100 MsG0780039218.01.T01:CDS 30.0%
! AAAGCCGATGTATATAGTTT+TGG - Chr7:60057918-60057937 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
! AAGCCGATGTATATAGTTTT+GGG - Chr7:60057919-60057938 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
! ACGAATAAAGTCAAAAGTGT+AGG - Chr7:60058126-60058145 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
! AGACCAAAATCACCAATTTT+TGG + Chr7:60057678-60057697 None:intergenic 30.0%
! ATTTTGAACATGTCATAAGC+TGG + Chr7:60056693-60056712 None:intergenic 30.0%
! CATTTGTAGAACTTGTTTCA+TGG + Chr7:60058350-60058369 None:intergenic 30.0%
! CTAAGCTTTATGATATGCTA+TGG - Chr7:60056359-60056378 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
! GTGTAAAATTGACTTTGACA+TGG + Chr7:60056266-60056285 None:intergenic 30.0%
! TCAAAAGTGTAGGTAAAAGA+GGG - Chr7:60058136-60058155 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
! TGCATTTGGAGACAATATTT+TGG - Chr7:60057986-60058005 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
! TTTTATGTACCTTGTTCATG+TGG + Chr7:60055924-60055943 None:intergenic 30.0%
!! AATATTTGCAGGGAGTATTA+AGG - Chr7:60057209-60057228 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
!! ATATTTGCAGGGAGTATTAA+GGG - Chr7:60057210-60057229 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
!!! ATCGCTACTTTTGTAAAGTT+AGG - Chr7:60056711-60056730 MsG0780039218.01.T01:CDS 30.0%
!!! CATTTTGACTTGTTCAAAAG+TGG - Chr7:60056294-60056313 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
!!! TCAAGAATGTAGTTTTAGGA+TGG + Chr7:60056924-60056943 None:intergenic 30.0%
!!! TGTACTTGCTACTTTTTTAC+TGG - Chr7:60056628-60056647 MsG0780039218.01.T01:intron 30.0%
AACATGTCATTCATATGTGC+AGG - Chr7:60058189-60058208 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
AATTCAAACAGAACCAAAGG+TGG + Chr7:60056600-60056619 None:intergenic 35.0%
AATTCCAAGTTTACAAAGCC+AGG - Chr7:60056488-60056507 MsG0780039218.01.T01:CDS 35.0%
AGCACTACAAGTACAACTAT+AGG - Chr7:60056390-60056409 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
ATGCTCTTATGTGTCTGTTT+GGG - Chr7:60056654-60056673 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
CATCTATGCTTACATTGTTC+CGG + Chr7:60057748-60057767 None:intergenic 35.0%
CTAATATGTGTGACATTGTC+AGG + Chr7:60057714-60057733 None:intergenic 35.0%
CTCATTAAGATGAACTTGTC+TGG + Chr7:60058377-60058396 None:intergenic 35.0%
CTGATGCTTGAAATAATCAG+TGG - Chr7:60057945-60057964 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
CTTTCTGTAGAGTCTAAACA+AGG - Chr7:60057259-60057278 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
GGAAGCTTAAAGAAGAAAAC+CGG - Chr7:60058215-60058234 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
GTATTGTGTCAATATGCCTA+CGG + Chr7:60058108-60058127 None:intergenic 35.0%
GTATTTGTAGGTCAAACCTA+TGG - Chr7:60056542-60056561 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
GTTTAACATTTACTGAGCAG+GGG - Chr7:60057852-60057871 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
TATGCTCTTATGTGTCTGTT+TGG - Chr7:60056653-60056672 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
TCTAAGCTTTCTTCATGAAG+AGG - Chr7:60057587-60057606 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
TGAGGATAAAAGTGAGTTCA+AGG - Chr7:60056090-60056109 MsG0780039218.01.T01:CDS 35.0%
TGAGGGTAATCATCGAATAT+TGG - Chr7:60057363-60057382 MsG0780039218.01.T01:CDS 35.0%
TGCAAAATAGAGCAATCACA+AGG + Chr7:60058300-60058319 None:intergenic 35.0%
! AGGGTCAAGAATGTAGTTTT+AGG + Chr7:60056928-60056947 None:intergenic 35.0%
! GTCAAAAGTGTAGGTAAAAG+AGG - Chr7:60058135-60058154 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
! TGTAGAACTTGTTTCATGGT+TGG + Chr7:60058346-60058365 None:intergenic 35.0%
!! ATATCCTGGCTTTGTAAACT+TGG + Chr7:60056495-60056514 None:intergenic 35.0%
!! CCGATTAGTTTCACAAGATT+TGG + Chr7:60057334-60057353 None:intergenic 35.0%
!!! ATATTTTGGTTCTGGTCGAA+TGG - Chr7:60058000-60058019 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
!!! ATTGTTTTGGTGCCTTGAAT+TGG - Chr7:60055868-60055887 MsG0780039218.01.T01:CDS 35.0%
!!! GCTACTTTTGTAAAGTTAGG+CGG - Chr7:60056714-60056733 MsG0780039218.01.T01:CDS 35.0%
!!! TATTTTGGTTCTGGTCGAAT+GGG - Chr7:60058001-60058020 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
!!! TCTTCTTTTTTTCATGCCGT+AGG - Chr7:60058089-60058108 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
!!! TGGAGACAATATTTTGGTTC+TGG - Chr7:60057992-60058011 MsG0780039218.01.T01:intron 35.0%
AACTCATTGAGATCTGCTAC+CGG - Chr7:60057054-60057073 MsG0780039218.01.T01:CDS 40.0%
AGTAGTAGCAAAGCTGCATT+TGG - Chr7:60057972-60057991 MsG0780039218.01.T01:intron 40.0%
CAAACCTCTACGCAATTTAG+CGG - Chr7:60058517-60058536 MsG0780039218.01.T01:CDS 40.0%
CAAAGCCAGCAACATATTGT+TGG - Chr7:60057638-60057657 MsG0780039218.01.T01:intron 40.0%
CATCCTTCAAGCAAAATTGG+TGG - Chr7:60057084-60057103 MsG0780039218.01.T01:CDS 40.0%
CTGGTACCAGTCACATAATA+TGG + Chr7:60057793-60057812 None:intergenic 40.0%
CTTCCCTTTACACCAATTCA+AGG + Chr7:60055883-60055902 None:intergenic 40.0%
CTTGAATTGGTGTAAAGGGA+AGG - Chr7:60055881-60055900 MsG0780039218.01.T01:CDS 40.0%
GATGACGATGACATCTCATT+CGG + Chr7:60058460-60058479 None:intergenic 40.0%
GCATTCCATCTGTATATTCC+AGG + Chr7:60058415-60058434 None:intergenic 40.0%
GCTTGAAGGATGAAAATCTC+CGG + Chr7:60057076-60057095 None:intergenic 40.0%
GTAAATGTGTTCCTCTGGAT+TGG - Chr7:60057526-60057545 MsG0780039218.01.T01:intron 40.0%
GTGCCTTGAATTGGTGTAAA+GGG - Chr7:60055877-60055896 MsG0780039218.01.T01:CDS 40.0%
TAAAGAAGAAAACCGGCTAC+TGG - Chr7:60058222-60058241 MsG0780039218.01.T01:intron 40.0%
TACCTAGCAAAGAACTTGCA+AGG + Chr7:60057414-60057433 None:intergenic 40.0%
TATCAACAAGTTCCAGTAGC+CGG + Chr7:60058237-60058256 None:intergenic 40.0%
TATTTGCCTTGGTACAGCTT+CGG - Chr7:60057563-60057582 MsG0780039218.01.T01:intron 40.0%
TCTGAGCAACAGATATATCC+TGG + Chr7:60056509-60056528 None:intergenic 40.0%
TGTATCTCTTGAACCACCTT+TGG - Chr7:60056584-60056603 MsG0780039218.01.T01:intron 40.0%
! ACTAATCGGCTTCTGTATTG+AGG - Chr7:60057345-60057364 MsG0780039218.01.T01:CDS 40.0%
! CATATTAGTACTCGAGTTGC+CGG - Chr7:60057726-60057745 MsG0780039218.01.T01:intron 40.0%
! CTAATCGGCTTCTGTATTGA+GGG - Chr7:60057346-60057365 MsG0780039218.01.T01:CDS 40.0%
! CTAGTGAGACTTCATTGACT+TGG - Chr7:60056895-60056914 MsG0780039218.01.T01:CDS 40.0%
! TATAACTGCAGGTTGACCAT+AGG + Chr7:60056561-60056580 None:intergenic 40.0%
! TGTCTTAGAAGCGCATATTC+TGG + Chr7:60057888-60057907 None:intergenic 40.0%
!! ATGGTGTTGTCTACAAGGTA+AGG - Chr7:60057115-60057134 MsG0780039218.01.T01:CDS 40.0%
AAAATTGGTGGAGGAGGCTA+TGG - Chr7:60057096-60057115 MsG0780039218.01.T01:CDS 45.0%
AACCAACTATGACGAGAACG+AGG - Chr7:60058264-60058283 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
AGCCTTGCAAGTTCTTTGCT+AGG - Chr7:60057409-60057428 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
ATGACGAGAACGAGGTGTAT+CGG - Chr7:60058272-60058291 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
ATTTGCCTTGGTACAGCTTC+GGG - Chr7:60057564-60057583 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
CCTTCAAGCAAAATTGGTGG+AGG - Chr7:60057087-60057106 MsG0780039218.01.T01:CDS 45.0%
CTCGTCCAACAATATGTTGC+TGG + Chr7:60057646-60057665 None:intergenic 45.0%
CTGAGCCTGGAATATACAGA+TGG - Chr7:60058407-60058426 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
GGTGCCTTGAATTGGTGTAA+AGG - Chr7:60055876-60055895 MsG0780039218.01.T01:CDS 45.0%
GTCATTCATATGTGCAGGCA+TGG - Chr7:60058194-60058213 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
TCAAGCAAAATTGGTGGAGG+AGG - Chr7:60057090-60057109 MsG0780039218.01.T01:CDS 45.0%
TGGTCGAATGGGTATGATTC+TGG - Chr7:60058012-60058031 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
TGTACCGCTAAATTGCGTAG+AGG + Chr7:60058524-60058543 None:intergenic 45.0%
! CCTCCACCAATTTTGCTTGA+AGG + Chr7:60057090-60057109 None:intergenic 45.0%
! GCTCTATTTTGCACCCAATC+AGG - Chr7:60058307-60058326 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
!! AGGCTATGGTGTTGTCTACA+AGG - Chr7:60057110-60057129 MsG0780039218.01.T01:CDS 45.0%
!! TCCTCTGGATTGGCAAAAGA+GGG - Chr7:60057536-60057555 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
!! TTCCTCTGGATTGGCAAAAG+AGG - Chr7:60057535-60057554 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
!! TTGCAGGGAGTATTAAGGGA+TGG - Chr7:60057214-60057233 MsG0780039218.01.T01:intron 45.0%
!!! TTTAAAATTTTCATTAATTA+AGG - Chr7:60055954-60055973 MsG0780039218.01.T01:CDS 5.0%
CACCTCGTTCTCGTCATAGT+TGG + Chr7:60058269-60058288 None:intergenic 50.0%
TCTGTGCTGAGCTCCTGATT+GGG + Chr7:60058323-60058342 None:intergenic 50.0%
TTAGACCCGAAGCTGTACCA+AGG + Chr7:60057572-60057591 None:intergenic 50.0%
! AAGAGGGCTGCTATTTGCCT+TGG - Chr7:60057552-60057571 MsG0780039218.01.T01:intron 50.0%
AATGCCTCCGCAAAGACGAG+TGG - Chr7:60058430-60058449 MsG0780039218.01.T01:intron 55.0%
AGAACCACTCGTCTTTGCGG+AGG + Chr7:60058437-60058456 None:intergenic 55.0%
CGGAGAACCACTCGTCTTTG+CGG + Chr7:60058440-60058459 None:intergenic 55.0%
GCTGAGCAGCCACATGAACA+AGG - Chr7:60055912-60055931 MsG0780039218.01.T01:CDS 55.0%
GTCTGTGCTGAGCTCCTGAT+TGG + Chr7:60058324-60058343 None:intergenic 55.0%
TGTTCATGTGGCTGCTCAGC+AGG + Chr7:60055912-60055931 None:intergenic 55.0%
! GCCCTCTTTTGCCAATCCAG+AGG + Chr7:60057540-60057559 None:intergenic 55.0%
!! GAGAAGGCATTGACTGAGCC+TGG - Chr7:60058394-60058413 MsG0780039218.01.T01:intron 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 60055858 60058573 60055858 ID=MsG0780039218.01;Name=MsG0780039218.01
Chr7 mRNA 60055858 60058573 60055858 ID=MsG0780039218.01.T01;Parent=MsG0780039218.01;Name=MsG0780039218.01.T01;_AED=0.45;_eAED=0.45;_QI=0|0|0|1|1|1|6|0|380
Chr7 exon 60058498 60058573 60058498 ID=MsG0780039218.01.T01:exon:7226;Parent=MsG0780039218.01.T01
Chr7 exon 60057300 60057403 60057300 ID=MsG0780039218.01.T01:exon:7225;Parent=MsG0780039218.01.T01
Chr7 exon 60057001 60057211 60057001 ID=MsG0780039218.01.T01:exon:7224;Parent=MsG0780039218.01.T01
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