AlfalfaGEDB | MS.gene052440

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene052440

KEGG: K12355
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PFAM: PF00171.25

Nr:

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Swissprot:

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MS.gene052440.t1	Q56YU0	72.9	499	132	2	7	502	3	501	9.6e-214	744.2

Showing 1 to 1 of 1 entries

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Trembl:

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MS.gene052440.t1	G7KNI3	97.6	502	12	0	1	502	1	502	2.8e-283	983.4

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
No data available in table

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
MS.gene009119	MS.gene052440	PPI
MS.gene016051	MS.gene052440	PPI
MS.gene025244	MS.gene052440	PPI
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MS.gene052440	MS.gene053596	PPI

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MS.gene052440.t1	MTR_6g086300	97.610	502	12	0	1	502	1	502	1003
MS.gene052440.t1	MTR_6g086300	97.610	502	12	0	1	502	1	502	1003
MS.gene052440.t1	MTR_8g083530	81.200	500	94	0	3	502	4	503	845
MS.gene052440.t1	MTR_6g086340	81.595	489	90	0	14	502	12	500	824
MS.gene052440.t1	MTR_8g083520	79.835	486	65	1	17	502	9	461	803
MS.gene052440.t1	MTR_8g083520	79.952	414	50	1	89	502	1	381	687
MS.gene052440.t1	MTR_4g107040	57.320	485	207	0	18	502	60	544	592
MS.gene052440.t1	MTR_8g064170	57.645	484	205	0	19	502	58	541	589
MS.gene052440.t1	MTR_3g078170	58.058	484	203	0	19	502	59	542	589
MS.gene052440.t1	MTR_8g083530	78.488	344	74	0	3	346	4	347	553

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene052440.t1	AT3G24503	72.946	499	132	2	7	502	3	501	0.0	760
MS.gene052440.t1	AT3G48000	58.471	484	201	0	19	502	55	538	0.0	595
MS.gene052440.t1	AT1G23800	57.438	484	206	0	19	502	51	534	0.0	583
MS.gene052440.t1	AT3G48170	43.002	493	270	6	18	501	4	494	8.55e-136	402
MS.gene052440.t1	AT1G74920	43.558	489	263	6	23	501	9	494	3.58e-135	400
MS.gene052440.t1	AT1G74920	43.558	489	258	7	23	501	9	489	2.36e-133	395
MS.gene052440.t1	AT1G23800	57.012	328	141	0	19	346	51	378	4.61e-130	384
MS.gene052440.t1	AT1G79440	38.737	475	282	7	22	493	53	521	7.00e-99	308
MS.gene052440.t1	AT2G14170	35.667	457	275	9	25	468	8	458	6.61e-68	226
MS.gene052440.t1	AT2G14170	35.667	457	275	9	25	468	117	567	4.74e-67	226

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Find 104 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAACCAGTTTCACTTGAATT+AGG	0.227851	6.1:-75134552	MS.gene052440:CDS
AAACCGGGCATGCGAGGCCA+TGG	0.496966	6.1:+75139900	None:intergenic
AAAGCAAAAGCTTGGGTTGT+TGG	0.425909	6.1:-75134206	MS.gene052440:CDS
AAATTAGTGAAGAACCTGAA+AGG	0.589524	6.1:+75142384	None:intergenic
AACTTCATGAGTGCCATCAC+AGG	0.575150	6.1:+75133582	None:intergenic
AAGCCAAGGAGAATTGTAAA+TGG	0.319797	6.1:+75132764	None:intergenic
AATACAATACGTTACTATGC+CGG	0.588004	6.1:-75135365	MS.gene052440:CDS
AATAGATCCAAGAACTGAAG+AGG	0.586398	6.1:-75140003	MS.gene052440:CDS
AATTAGTGAAGAACCTGAAA+GGG	0.514951	6.1:+75142385	None:intergenic
ACAAAGAACATTCAAAGCCA+AGG	0.595811	6.1:+75132750	None:intergenic

Showing 1 to 10 of 104 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr6.1	gene	75132761	75142504	75132761	ID=MS.gene052440
chr6.1	mRNA	75132761	75142504	75132761	ID=MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440
chr6.1	exon	75142399	75142504	75142399	ID=MS.gene052440.t1.exon1;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	CDS	75142399	75142504	75142399	ID=cds.MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	exon	75139899	75140041	75139899	ID=MS.gene052440.t1.exon2;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	CDS	75139899	75140041	75139899	ID=cds.MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	exon	75135136	75135519	75135136	ID=MS.gene052440.t1.exon3;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	CDS	75135136	75135519	75135136	ID=cds.MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	exon	75134731	75134820	75134731	ID=MS.gene052440.t1.exon4;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	CDS	75134731	75134820	75134731	ID=cds.MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	exon	75134467	75134640	75134467	ID=MS.gene052440.t1.exon5;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	CDS	75134467	75134640	75134467	ID=cds.MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	exon	75134169	75134306	75134169	ID=MS.gene052440.t1.exon6;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	CDS	75134169	75134306	75134169	ID=cds.MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	exon	75133754	75133891	75133754	ID=MS.gene052440.t1.exon7;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	CDS	75133754	75133891	75133754	ID=cds.MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	exon	75133579	75133640	75133579	ID=MS.gene052440.t1.exon8;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	CDS	75133579	75133640	75133579	ID=cds.MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	exon	75132761	75133034	75132761	ID=MS.gene052440.t1.exon9;Parent=MS.gene052440.t1
chr6.1	CDS	75132761	75133034	75132761	ID=cds.MS.gene052440.t1;Parent=MS.gene052440.t1

Gene Sequence

>MS.gene052440

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Protein sequence

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