AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780041299.01


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MsG0780041299.01.T01 AT2G23140 37.634 93 52 3 12 104 234 320 8.25e-13 70.9
MsG0780041299.01.T01 AT2G23140 37.634 93 52 3 12 104 234 320 8.25e-13 70.9
MsG0780041299.01.T01 AT2G23140 37.634 93 52 3 12 104 45 131 9.29e-13 70.5
MsG0780041299.01.T01 AT2G23140 37.634 93 52 3 12 104 45 131 9.29e-13 70.5
MsG0780041299.01.T01 AT1G68940 27.564 156 82 4 12 158 303 436 1.01e-12 70.9
MsG0780041299.01.T01 AT1G68940 27.564 156 82 4 12 158 250 383 1.02e-12 70.9
MsG0780041299.01.T01 AT1G68940 27.564 156 82 4 12 158 303 436 1.10e-12 70.5
MsG0780041299.01.T01 AT4G36550 43.243 74 40 2 8 81 219 290 1.36e-12 70.1
MsG0780041299.01.T01 AT2G19410 45.070 71 36 2 6 76 709 776 3.18e-12 68.9
MsG0780041299.01.T01 AT2G19410 45.070 71 36 2 6 76 723 790 3.44e-12 68.9
MsG0780041299.01.T01 AT2G19410 45.070 71 36 2 6 76 744 811 3.54e-12 68.9
MsG0780041299.01.T01 AT3G61390 41.096 73 41 2 7 79 277 347 6.73e-12 67.0
MsG0780041299.01.T01 AT2G45910 44.928 69 36 2 8 76 763 829 7.08e-12 67.8
MsG0780041299.01.T01 AT2G45910 44.928 69 36 2 8 76 763 829 7.08e-12 67.8
MsG0780041299.01.T01 AT5G18330 27.513 378 242 16 2 372 59 411 7.83e-12 67.4
MsG0780041299.01.T01 AT3G61390 41.096 73 41 2 7 79 352 422 7.90e-12 67.0
MsG0780041299.01.T01 AT1G76390 42.029 69 35 2 12 76 29 96 1.16e-11 67.4
MsG0780041299.01.T01 AT1G76390 42.029 69 35 2 12 76 29 96 1.16e-11 67.4
MsG0780041299.01.T01 AT1G01680 46.377 69 35 2 12 80 237 303 1.37e-11 65.5
MsG0780041299.01.T01 AT1G20780 41.096 73 38 2 12 80 27 98 2.41e-11 66.2
MsG0780041299.01.T01 AT1G20780 41.096 73 38 2 12 80 27 98 2.41e-11 66.2
MsG0780041299.01.T01 AT1G20780 41.096 73 38 2 12 80 27 98 2.41e-11 66.2

Find 53 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 64 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TAATTAATTTCACTCATAAT+TGG 0.132240 7:+89342882 None:intergenic
CTTCATGATTTCTAATGATA+TGG 0.167930 7:+89344088 None:intergenic
CCCATGGACAAAGTGCAATT+AGG 0.274546 7:+89343340 None:intergenic
AATTGAGTTGTTCGTTGAAT+TGG 0.278950 7:-89343418 MsG0780041299.01.T01:CDS
TTGTTTCTAAGAAGATTCTA+AGG 0.280230 7:-89343143 MsG0780041299.01.T01:CDS
AATTAATTTCACTCATAATT+GGG 0.308217 7:+89342883 None:intergenic
AGACTTAGATCTATGGCTTC+TGG 0.311800 7:-89343771 MsG0780041299.01.T01:CDS
ATACCTGTTGAGACTGTTAC+TGG 0.321164 7:+89344062 None:intergenic
AGCATTTCTTGAACAACATT+AGG 0.349387 7:+89343054 None:intergenic
AAAACCAACATCATTTCATT+TGG 0.354293 7:+89343234 None:intergenic
CCATGGACAAAGTGCAATTA+GGG 0.368711 7:+89343341 None:intergenic
CCTGAAAAGACTTAGATCTA+TGG 0.371986 7:-89343778 MsG0780041299.01.T01:CDS
TTCATGATTTCTAATGATAT+GGG 0.374449 7:+89344089 None:intergenic
AACAAAAGTTCTATTAAAAC+AGG 0.395977 7:+89343279 None:intergenic
CCCTAATTGCACTTTGTCCA+TGG 0.421105 7:-89343341 MsG0780041299.01.T01:CDS
ATTGACTTTGTTAACAACTC+TGG 0.442706 7:-89343666 MsG0780041299.01.T01:CDS
TTGATTCTGTTTCTTCCCCA+TGG 0.450469 7:+89343324 None:intergenic
TAACAAAAGTTATGCAGAAA+GGG 0.457802 7:-89343524 MsG0780041299.01.T01:CDS
AATCTTCATGTGTCTGAAGC+TGG 0.462024 7:-89343594 MsG0780041299.01.T01:CDS
TGTTGTGGCTAAGCTTTGCT+TGG 0.464959 7:-89343022 MsG0780041299.01.T01:CDS
TTAACAAAAGTTATGCAGAA+AGG 0.481783 7:-89343525 MsG0780041299.01.T01:CDS
GATCCAGTAACAGTCTCAAC+AGG 0.492806 7:-89344065 MsG0780041299.01.T01:CDS
AGATACTTAAGATGCATGCT+AGG 0.498217 7:-89342954 MsG0780041299.01.T01:CDS
AGAATCAAAGGTGTTGAAGC+AGG 0.520466 7:-89343309 MsG0780041299.01.T01:CDS
AAACTACTAGCTTTCAGAAA+CGG 0.522337 7:-89343564 MsG0780041299.01.T01:CDS
AATCTTTGTCAGTGTGCTGA+AGG 0.523947 7:-89343204 MsG0780041299.01.T01:CDS
CCTAATTGCACTTTGTCCAT+GGG 0.524037 7:-89343340 MsG0780041299.01.T01:CDS
ACGCTTCACAAGGCATTGAA+AGG 0.524077 7:-89343893 MsG0780041299.01.T01:CDS
TTAGAAGACTCATTCAAGCT+TGG 0.528792 7:-89343926 MsG0780041299.01.T01:CDS
AAAACCAAATGAAATGATGT+TGG 0.529378 7:-89343238 MsG0780041299.01.T01:CDS
TATGAAGAAAGCAAATTACT+AGG 0.534963 7:+89342907 None:intergenic
AGCAAATTACTAGGTATGCA+TGG 0.539218 7:+89342916 None:intergenic
ATTAATTTCACTCATAATTG+GGG 0.541983 7:+89342884 None:intergenic
GTTCAAGAAATGCTTAAACT+TGG 0.545979 7:-89343045 MsG0780041299.01.T01:CDS
GAATGAGTCTTCTAAGAGTG+TGG 0.559382 7:+89343934 None:intergenic
TGGGGAAGAAACAGAATCAA+AGG 0.566142 7:-89343321 MsG0780041299.01.T01:CDS
AGTCTTCTAAGAGTGTGGTT+TGG 0.569998 7:+89343939 None:intergenic
TGATTGTGGAAGTAAGACTA+AGG 0.572296 7:-89342989 MsG0780041299.01.T01:CDS
TTAAGATGCATGCTAGGGCA+TGG 0.573333 7:-89342948 MsG0780041299.01.T01:CDS
TGTTTCTAAGAAGATTCTAA+GGG 0.577022 7:-89343142 MsG0780041299.01.T01:CDS
TTCAATACTTTCTCTGTCGT+AGG 0.588046 7:+89344037 None:intergenic
AAACGTTGCATAGAAGATGC+AGG 0.588793 7:-89343735 MsG0780041299.01.T01:CDS
ATGGGGCAGACAAAGAATGA+AGG 0.611200 7:+89344107 None:intergenic
CATATCATTAGAAATCATGA+AGG 0.612177 7:-89344087 MsG0780041299.01.T01:CDS
TCATGATTTCTAATGATATG+GGG 0.613195 7:+89344090 None:intergenic
AATGCTTAAACTTGGTGTTG+TGG 0.614712 7:-89343037 MsG0780041299.01.T01:CDS
GATACTTAAGATGCATGCTA+GGG 0.623745 7:-89342953 MsG0780041299.01.T01:CDS
TGTACATTAAACGCTTCACA+AGG 0.640683 7:-89343903 MsG0780041299.01.T01:CDS
TTGGTTCTTCAAGTTGATTG+TGG 0.650079 7:-89343003 MsG0780041299.01.T01:CDS
TATGGATCATGATGAGATCG+AGG 0.658015 7:-89344132 MsG0780041299.01.T01:CDS
CTAATTGCACTTTGTCCATG+GGG 0.658320 7:-89343339 MsG0780041299.01.T01:CDS
AGATGCATGCTAGGGCATGG+AGG 0.701659 7:-89342945 MsG0780041299.01.T01:CDS
TTGCGAATGATAGAGCTGTG+AGG 0.775637 7:-89343110 MsG0780041299.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AACAAAAGTTCTATTAAAAC+AGG + Chr7:89343746-89343765 None:intergenic 20.0%
!! TTCATGATTTCTAATGATAT+GGG + Chr7:89342936-89342955 None:intergenic 20.0%
! AAAACCAAATGAAATGATGT+TGG - Chr7:89343784-89343803 MsG0780041299.01.T01:CDS 25.0%
! AAAACCAACATCATTTCATT+TGG + Chr7:89343791-89343810 None:intergenic 25.0%
! CATATCATTAGAAATCATGA+AGG - Chr7:89342935-89342954 MsG0780041299.01.T01:CDS 25.0%
! CTTCATGATTTCTAATGATA+TGG + Chr7:89342937-89342956 None:intergenic 25.0%
! TAACAAAAGTTATGCAGAAA+GGG - Chr7:89343498-89343517 MsG0780041299.01.T01:CDS 25.0%
! TATGAAGAAAGCAAATTACT+AGG + Chr7:89344118-89344137 None:intergenic 25.0%
! TCATGATTTCTAATGATATG+GGG + Chr7:89342935-89342954 None:intergenic 25.0%
! TTAACAAAAGTTATGCAGAA+AGG - Chr7:89343497-89343516 MsG0780041299.01.T01:CDS 25.0%
!! TGTTTCTAAGAAGATTCTAA+GGG - Chr7:89343880-89343899 MsG0780041299.01.T01:CDS 25.0%
!!! ACAGAGAAAGTATTGAAAAA+TGG - Chr7:89342991-89343010 MsG0780041299.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTGTTTCTAAGAAGATTCTA+AGG - Chr7:89343879-89343898 MsG0780041299.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTTGATGAGTTTTGTGATTT+GGG + Chr7:89343186-89343205 None:intergenic 25.0%
AGCATTTCTTGAACAACATT+AGG + Chr7:89343971-89343990 None:intergenic 30.0%
GTTCAAGAAATGCTTAAACT+TGG - Chr7:89343977-89343996 MsG0780041299.01.T01:CDS 30.0%
TAAGACTAAGGAAAAAGCAA+GGG - Chr7:89344045-89344064 MsG0780041299.01.T01:CDS 30.0%
! AATTGAGTTGTTCGTTGAAT+TGG - Chr7:89343604-89343623 MsG0780041299.01.T01:CDS 30.0%
! ATTGACTTTGTTAACAACTC+TGG - Chr7:89343356-89343375 MsG0780041299.01.T01:CDS 30.0%
!! AAACTACTAGCTTTCAGAAA+CGG - Chr7:89343458-89343477 MsG0780041299.01.T01:CDS 30.0%
!! CTTTGATGAGTTTTGTGATT+TGG + Chr7:89343187-89343206 None:intergenic 30.0%
!! TGAATTGGTACAAGTTTTGA+AGG - Chr7:89343619-89343638 MsG0780041299.01.T01:CDS 30.0%
!!! GATAGCTGTTGTTTTGTAAT+AGG + Chr7:89343044-89343063 None:intergenic 30.0%
!!! TGAAATGATGTTGGTTTTGT+TGG - Chr7:89343793-89343812 MsG0780041299.01.T01:CDS 30.0%
AGATACTTAAGATGCATGCT+AGG - Chr7:89344068-89344087 MsG0780041299.01.T01:CDS 35.0%
AGCAAATTACTAGGTATGCA+TGG + Chr7:89344109-89344128 None:intergenic 35.0%
CCTGAAAAGACTTAGATCTA+TGG - Chr7:89343244-89343263 MsG0780041299.01.T01:CDS 35.0%
GATACTTAAGATGCATGCTA+GGG - Chr7:89344069-89344088 MsG0780041299.01.T01:CDS 35.0%
GTAAGACTAAGGAAAAAGCA+AGG - Chr7:89344044-89344063 MsG0780041299.01.T01:CDS 35.0%
TGATTGTGGAAGTAAGACTA+AGG - Chr7:89344033-89344052 MsG0780041299.01.T01:CDS 35.0%
TGTACATTAAACGCTTCACA+AGG - Chr7:89343119-89343138 MsG0780041299.01.T01:CDS 35.0%
TTAGAAGACTCATTCAAGCT+TGG - Chr7:89343096-89343115 MsG0780041299.01.T01:CDS 35.0%
TTCAATACTTTCTCTGTCGT+AGG + Chr7:89342988-89343007 None:intergenic 35.0%
! CCATAGATCTAAGTCTTTTC+AGG + Chr7:89343247-89343266 None:intergenic 35.0%
! TTTTGATGTAGTAACTGCAC+TGG + Chr7:89343584-89343603 None:intergenic 35.0%
!! AATGCTTAAACTTGGTGTTG+TGG - Chr7:89343985-89344004 MsG0780041299.01.T01:CDS 35.0%
!! GTTTTGTTGATTGGTGGTTT+TGG + Chr7:89343164-89343183 None:intergenic 35.0%
!! TTGGTTCTTCAAGTTGATTG+TGG - Chr7:89344019-89344038 MsG0780041299.01.T01:CDS 35.0%
!!! ATTTGGGTTTTGTTGATTGG+TGG + Chr7:89343170-89343189 None:intergenic 35.0%
!!! GTGATTTGGGTTTTGTTGAT+TGG + Chr7:89343173-89343192 None:intergenic 35.0%
AAACGTTGCATAGAAGATGC+AGG - Chr7:89343287-89343306 MsG0780041299.01.T01:CDS 40.0%
AATCTTTGTCAGTGTGCTGA+AGG - Chr7:89343818-89343837 MsG0780041299.01.T01:CDS 40.0%
AGACTTAGATCTATGGCTTC+TGG - Chr7:89343251-89343270 MsG0780041299.01.T01:CDS 40.0%
ATACCTGTTGAGACTGTTAC+TGG + Chr7:89342963-89342982 None:intergenic 40.0%
CCATGGACAAAGTGCAATTA+GGG + Chr7:89343684-89343703 None:intergenic 40.0%
CCTAATTGCACTTTGTCCAT+GGG - Chr7:89343682-89343701 MsG0780041299.01.T01:CDS 40.0%
CTAATTGCACTTTGTCCATG+GGG - Chr7:89343683-89343702 MsG0780041299.01.T01:CDS 40.0%
TGGGGAAGAAACAGAATCAA+AGG - Chr7:89343701-89343720 MsG0780041299.01.T01:CDS 40.0%
! AATCTTCATGTGTCTGAAGC+TGG - Chr7:89343428-89343447 MsG0780041299.01.T01:CDS 40.0%
! AGTCTTCTAAGAGTGTGGTT+TGG + Chr7:89343086-89343105 None:intergenic 40.0%
! GAATGAGTCTTCTAAGAGTG+TGG + Chr7:89343091-89343110 None:intergenic 40.0%
! TTGATTCTGTTTCTTCCCCA+TGG + Chr7:89343701-89343720 None:intergenic 40.0%
!! AGAATCAAAGGTGTTGAAGC+AGG - Chr7:89343713-89343732 MsG0780041299.01.T01:CDS 40.0%
!!! TTGATTGGTGGTTTTGGAGT+TGG + Chr7:89343158-89343177 None:intergenic 40.0%
ATGGGGCAGACAAAGAATGA+AGG + Chr7:89342918-89342937 None:intergenic 45.0%
CCCATGGACAAAGTGCAATT+AGG + Chr7:89343685-89343704 None:intergenic 45.0%
CCCTAATTGCACTTTGTCCA+TGG - Chr7:89343681-89343700 MsG0780041299.01.T01:CDS 45.0%
GATCCAGTAACAGTCTCAAC+AGG - Chr7:89342957-89342976 MsG0780041299.01.T01:CDS 45.0%
TGTTGTGGCTAAGCTTTGCT+TGG - Chr7:89344000-89344019 MsG0780041299.01.T01:CDS 45.0%
TTAAGATGCATGCTAGGGCA+TGG - Chr7:89344074-89344093 MsG0780041299.01.T01:CDS 45.0%
TTGCGAATGATAGAGCTGTG+AGG - Chr7:89343912-89343931 MsG0780041299.01.T01:CDS 45.0%
!! ACGCTTCACAAGGCATTGAA+AGG - Chr7:89343129-89343148 MsG0780041299.01.T01:CDS 45.0%
!!! GAACTTTTGAGACATGCAGC+AGG - Chr7:89343848-89343867 MsG0780041299.01.T01:CDS 45.0%
AGATGCATGCTAGGGCATGG+AGG - Chr7:89344077-89344096 MsG0780041299.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 89342891 89344153 89342891 ID=MsG0780041299.01;Name=MsG0780041299.01
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Protein sequence

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