AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene64697


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MS.gene64697.t1 AT5G38100 37.327 217 114 5 9 213 10 216 3.32e-32 122
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Find 66 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GCAAAGAATGTTGCTATATT+TGG 0.110287 5.2:+12174244 MS.gene64697:CDS
GCAGATTTGGGTTGTTCTTC+TGG 0.117703 5.2:+12160225 MS.gene64697:CDS
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TTCATGTAGACTTGGTATTC+TGG 0.260814 5.2:-12160324 None:intergenic
TTATTATTCTCTACACCTTT+AGG 0.268964 5.2:-12174054 None:intergenic
CAGATTTGGGTTGTTCTTCT+GGG 0.282637 5.2:+12160226 MS.gene64697:CDS
GAGACTCGTGATTATGTTCT+TGG 0.286361 5.2:-12160302 None:intergenic
TTTGCAGTAGAGGTTCTTTA+TGG 0.293086 5.2:-12160178 None:intergenic
TAAAGGTGTAGAGAATAATA+AGG 0.308607 5.2:+12174056 MS.gene64697:CDS
TTCAAATAACTCCTTACTTC+AGG 0.317836 5.2:+12159929 MS.gene64697:CDS
TTTAGTTGATCGCATGTCTA+AGG 0.320683 5.2:+12174971 MS.gene64697:CDS
ACTGCAAAACGTTCCCAAAA+AGG 0.332500 5.2:+12160193 MS.gene64697:CDS
ATTGGAATGCTTATAATGAT+TGG 0.336728 5.2:+12174796 MS.gene64697:CDS
TCCATCAGAAGTAAAATTAG+AGG 0.338597 5.2:+12174722 MS.gene64697:CDS
CAAAGAATGTTGCTATATTT+GGG 0.351384 5.2:+12174245 MS.gene64697:CDS
TAAGCGTTGAGCACGTTTGC+GGG 0.354155 5.2:-12174105 None:intergenic
AGGCTAGGTATTGCAGATTT+GGG 0.357011 5.2:+12160213 MS.gene64697:CDS
CTCCACATGAATGGAGGAAT+TGG 0.364990 5.2:+12159894 MS.gene64697:CDS
GGACTTGCAGGGAATTATAA+TGG 0.375871 5.2:+12174656 MS.gene64697:intron
GATATCACAAACAAAGTGTT+TGG 0.381129 5.2:-12160249 None:intergenic
GGCTGTGGCTGAACCTTTGT+TGG 0.389884 5.2:+12174893 MS.gene64697:CDS
CCTTTGTTGGTCAGTCACTT+TGG 0.420436 5.2:+12174906 MS.gene64697:CDS
TTATCTAAACCACTCATTGA+TGG 0.421483 5.2:+12174843 MS.gene64697:CDS
TGCACTTAATGACATGGTCT+TGG 0.426789 5.2:+12174281 MS.gene64697:CDS
AATTATAATGGAGGAGCAAA+TGG 0.437256 5.2:+12174668 MS.gene64697:CDS
TATCTAAACCACTCATTGAT+GGG 0.456081 5.2:+12174844 MS.gene64697:CDS
ATTCCTCTTACAGCCTTCAA+TGG 0.459080 5.2:+12160511 MS.gene64697:CDS
GTGATTAATTAGGTTCCTAA+AGG 0.473857 5.2:+12174039 MS.gene64697:intron
GTCATTCACTATTGATCGTA+TGG 0.475509 5.2:+12174758 MS.gene64697:CDS
GTCTACATGAATGATCTTCA+AGG 0.480272 5.2:+12160336 MS.gene64697:CDS
GTAAGCGTTGAGCACGTTTG+CGG 0.483149 5.2:-12174106 None:intergenic
CTCCAATTCCTCCATTCATG+TGG 0.487182 5.2:-12159896 None:intergenic
AAAGGTGTAGAGAATAATAA+GGG 0.504329 5.2:+12174057 MS.gene64697:CDS
ACTTAATGACATGGTCTTGG+AGG 0.509131 5.2:+12174284 MS.gene64697:CDS
AAACTAAATGATGAAGTTGA+AGG 0.511623 5.2:+12160405 MS.gene64697:CDS
TTACCTGTGAGAGCCATTGA+AGG 0.518107 5.2:-12160524 None:intergenic
AATCTCTTTGAAATTGCTCA+TGG 0.518585 5.2:-12174128 None:intergenic
GATGAAGTTGAAGGTGGGAT+TGG 0.523981 5.2:+12160414 MS.gene64697:CDS
GTGCAGAAGAACTTGTTGAC+GGG 0.527202 5.2:+12174172 MS.gene64697:CDS
TGCCGTTGCACTTAATGACA+TGG 0.530148 5.2:+12174275 MS.gene64697:CDS
GAACAAGTACTCCACATGAA+TGG 0.537606 5.2:+12159885 MS.gene64697:CDS
CTAAATGATGAAGTTGAAGG+TGG 0.544774 5.2:+12160408 MS.gene64697:CDS
GAGAGAAACAAGGATGAAAG+TGG 0.553371 5.2:+12159863 None:intergenic
CAGCCTTCAATGGCTCTCAC+AGG 0.553437 5.2:+12160521 MS.gene64697:CDS
GAGCCATTGAAGGCTGTAAG+AGG 0.561556 5.2:-12160514 None:intergenic
GACCATGTCATTAAGTGCAA+CGG 0.569570 5.2:-12174277 None:intergenic
CACAAAATGCATGAGGGCTG+TGG 0.572332 5.2:+12174878 MS.gene64697:CDS
GAAGATCATTCATGTAGACT+TGG 0.574260 5.2:-12160332 None:intergenic
TAAATGATGAAGTTGAAGGT+GGG 0.578488 5.2:+12160409 MS.gene64697:CDS
TGGAGGTAACAAAAGTACAT+TGG 0.585827 5.2:+12174778 MS.gene64697:CDS
CCAAAGTGACTGACCAACAA+AGG 0.591313 5.2:-12174906 None:intergenic
CGTGCAGAAGAACTTGTTGA+CGG 0.591341 5.2:+12174171 MS.gene64697:CDS
AAGCGTTGAGCACGTTTGCG+GGG 0.596174 5.2:-12174104 None:intergenic
TCTACATGAATGATCTTCAA+GGG 0.597339 5.2:+12160337 MS.gene64697:CDS
ATCTAAACCACTCATTGATG+GGG 0.600535 5.2:+12174845 MS.gene64697:CDS
TAATAAGGGTAACATTTACA+TGG 0.606370 5.2:+12174071 MS.gene64697:CDS
TGCAGAAGAACTTGTTGACG+GGG 0.630200 5.2:+12174173 MS.gene64697:CDS
ACAATGTCACAAAATGCATG+AGG 0.638571 5.2:+12174871 MS.gene64697:CDS
TTGTATGCCCCATCAATGAG+TGG 0.641457 5.2:-12174852 None:intergenic
CAAGTACTCCACATGAATGG+AGG 0.643109 5.2:+12159888 MS.gene64697:CDS
CAATGTCACAAAATGCATGA+GGG 0.658939 5.2:+12174872 MS.gene64697:CDS
ATTCACTATTGATCGTATGG+AGG 0.679848 5.2:+12174761 MS.gene64697:CDS
CTTGCAGGGAATTATAATGG+AGG 0.686854 5.2:+12174659 MS.gene64697:intron
GATGGAGATGGTGTGTACTG+AGG 0.725953 5.2:-12174705 None:intergenic
GCAGAAGAACTTGTTGACGG+GGG 0.729596 5.2:+12174174 MS.gene64697:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr5.2 gene 12159876 12175043 12159876 ID=MS.gene64697
chr5.2 mRNA 12159876 12175043 12159876 ID=MS.gene64697.t1;Parent=MS.gene64697
chr5.2 exon 12159876 12159950 12159876 ID=MS.gene64697.t1.exon1;Parent=MS.gene64697.t1
chr5.2 CDS 12159876 12159950 12159876 ID=cds.MS.gene64697.t1;Parent=MS.gene64697.t1
chr5.2 exon 12160138 12160542 12160138 ID=MS.gene64697.t1.exon2;Parent=MS.gene64697.t1
chr5.2 CDS 12160138 12160542 12160138 ID=cds.MS.gene64697.t1;Parent=MS.gene64697.t1
chr5.2 exon 12174051 12174305 12174051 ID=MS.gene64697.t1.exon3;Parent=MS.gene64697.t1
chr5.2 CDS 12174051 12174305 12174051 ID=cds.MS.gene64697.t1;Parent=MS.gene64697.t1
chr5.2 exon 12174666 12175043 12174666 ID=MS.gene64697.t1.exon4;Parent=MS.gene64697.t1
chr5.2 CDS 12174666 12175043 12174666 ID=cds.MS.gene64697.t1;Parent=MS.gene64697.t1
Gene Sequence

>MS.gene64697

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