AlfalfaGEDB | MsG0480018530.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0480018530.01

KEGG: -
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TFs/TRs:

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Protein Kinases:

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Find 54 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 409 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

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!!!	TTTTTTGGTGGTGGTGAAAA+TGG	+	Chr4:6195348-6195367	MsG0480018530.01.T01:intron	35.0%
	AAAAAAAAAGGCAGGCGGAT+AGG	+	Chr4:6198581-6198600	MsG0480018530.01.T01:intron	40.0%
	AACTAGTTCAAGAGGCAAAG+TGG	-	Chr4:6197166-6197185	None:intergenic	40.0%
	ACAAAGCCCAAAAACCAACA+TGG	-	Chr4:6196028-6196047	None:intergenic	40.0%
	AGAGCTAATGACGACAATCA+TGG	-	Chr4:6195757-6195776	None:intergenic	40.0%
	AGCGTAGACCTAGTCAAAAT+TGG	+	Chr4:6198957-6198976	MsG0480018530.01.T01:intron	40.0%
	ATCAGCAACAATTAACAGCG+AGG	+	Chr4:6198057-6198076	MsG0480018530.01.T01:intron	40.0%
	ATCCTCCTTCATTGAACTTC+CGG	+	Chr4:6195547-6195566	MsG0480018530.01.T01:intron	40.0%
	ATCGCAACTTCGTGAAAGTT+AGG	-	Chr4:6198809-6198828	None:intergenic	40.0%
	ATGATCCGGAAGTTCAATGA+AGG	-	Chr4:6195555-6195574	None:intergenic	40.0%
	ATTGAGTGCAAACGGAAAGA+TGG	+	Chr4:6199496-6199515	MsG0480018530.01.T01:CDS	40.0%
	CCCACAAAAAAAGTCAGATG+TGG	+	Chr4:6198006-6198025	MsG0480018530.01.T01:intron	40.0%
	CTTTCATAGCCATTTGGTTG+AGG	+	Chr4:6199306-6199325	MsG0480018530.01.T01:CDS	40.0%
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	GAGAAAAAGCCTCAACCAAA+TGG	-	Chr4:6199318-6199337	None:intergenic	40.0%
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	TGCACACCCCTAGTTGTAGT+AGG	+	Chr4:6197237-6197256	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
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	TGTGTGTCTGTCTTGTGAGG+TGG	+	Chr4:6195674-6195693	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!	ACTACAACTAGGGGTGTGCA+TGG	-	Chr4:6197237-6197256	None:intergenic	50.0%
!	AGGTGTCTAGGGTGTTTGGA+GGG	+	Chr4:6195793-6195812	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!	ATGTGTGGTGCTGAACTGTG+GGG	+	Chr4:6195474-6195493	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!	CCCCCTAAGTTTTGCATCTG+TGG	-	Chr4:6199001-6199020	None:intergenic	50.0%
!	GGAGGCAGTTTTTGTTACGC+GGG	+	Chr4:6195730-6195749	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!	GGCCTCCCAAGGTCAATTTT+TGG	+	Chr4:6198891-6198910	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!	GGTTCATTTGGCTTCGAGAC+TGG	+	Chr4:6195924-6195943	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!	GTGGTGGAGGTTATGATGTG+TGG	+	Chr4:6195098-6195117	MsG0480018530.01.T01:CDS	50.0%
!	GTTTGTTTAGGAGGTGACGG+TGG	+	Chr4:6195401-6195420	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!	TAGGTGTCTAGGGTGTTTGG+AGG	+	Chr4:6195792-6195811	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!!	AGCACTGATTGTTGGGGGTT+AGG	-	Chr4:6196684-6196703	None:intergenic	50.0%
!!	CTGGTGATGATGAGTTGGTC+CGG	+	Chr4:6195128-6195147	MsG0480018530.01.T01:CDS	50.0%
!!	GTATCAGTTTTGGCCTCCCA+AGG	+	Chr4:6198880-6198899	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!!	TCGATTGTTGGGGGTTTTGG+GGG	-	Chr4:6196650-6196669	None:intergenic	50.0%
!!!	GAACCAGTTTTGAACCGGAC+TGG	+	Chr4:6197138-6197157	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
!!!	GCATCGATTGTTGGGGGTTT+TGG	-	Chr4:6196653-6196672	None:intergenic	50.0%
!!!	GCGGGGTTTTTTTTTGGTGG+TGG	+	Chr4:6195339-6195358	MsG0480018530.01.T01:intron	50.0%
	ACAGACACACAAGGAACCCG+GGG	-	Chr4:6195665-6195684	None:intergenic	55.0%
	ACTGTGGGGTACGACTCTAG+CGG	+	Chr4:6195488-6195507	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	AGAAAACCCGTGCGACGTAC+GGG	-	Chr4:6198489-6198508	None:intergenic	55.0%
	ATGTCTCCAGCTCTGCACCT+TGG	-	Chr4:6199629-6199648	None:intergenic	55.0%
	CACCACCACCATAGGCTAAC+CGG	-	Chr4:6195063-6195082	None:intergenic	55.0%
	CACCTTGACACCACCACCAT+AGG	-	Chr4:6195071-6195090	None:intergenic	55.0%
	GACAGACACACAAGGAACCC+GGG	-	Chr4:6195666-6195685	None:intergenic	55.0%
	GACTCTAGCGGCTAAAGGTG+TGG	+	Chr4:6195500-6195519	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	GAGAAAACCCGTGCGACGTA+CGG	-	Chr4:6198490-6198509	None:intergenic	55.0%
	GGAGGAGGATCAGTCGTAAG+AGG	+	Chr4:6195261-6195280	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	GGAGGATCAGTCGTAAGAGG+TGG	+	Chr4:6195264-6195283	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	GGGTGAGTAGTGACGATGAG+TGG	+	Chr4:6196183-6196202	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	GGTACGACTCTAGCGGCTAA+AGG	+	Chr4:6195495-6195514	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	GGTGCTCTTCGAATGTGGCT+CGG	+	Chr4:6196113-6196132	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	GTAGTGACGATGAGTGGTGG+TGG	+	Chr4:6196189-6196208	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	GTCCCAGTCCGGTTCAAAAC+TGG	-	Chr4:6197144-6197163	None:intergenic	55.0%
	GTGGTTGAGGTTGTTCGCGT+CGG	+	Chr4:6195595-6195614	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
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	GTTTGTCCAAGGTGCAGAGC+TGG	+	Chr4:6199620-6199639	MsG0480018530.01.T01:CDS	55.0%
	TCGGTGGATCGAAGATTGCG+AGG	+	Chr4:6196062-6196081	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
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	TCTGGTGTACCAGGGGCTTA+GGG	+	Chr4:6195995-6196014	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	TGACTAGGTCTACGCTGACG+TGG	-	Chr4:6198953-6198972	None:intergenic	55.0%
	TTGGCTTCGAGACTGGGAGT+CGG	+	Chr4:6195931-6195950	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
!	CTTAGGGTGCCCTACCATGT+TGG	+	Chr4:6196011-6196030	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
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!	CTTTTGACCCGTACGTCGCA+CGG	+	Chr4:6198479-6198498	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
!	GTATACGGAGTGTGGTAGCG+GGG	+	Chr4:6195322-6195341	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
!	GTGGTGGTGTATACGGAGTG+TGG	+	Chr4:6195314-6195333	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
!	TATGATGTGTGGTGTCGGGC+TGG	+	Chr4:6195109-6195128	MsG0480018530.01.T01:CDS	55.0%
!	TCTAGCGGCTAAAGGTGTGG+CGG	+	Chr4:6195503-6195522	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
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!!	TCGGGCTGGTGATGATGAGT+TGG	+	Chr4:6195123-6195142	MsG0480018530.01.T01:CDS	55.0%
!!!	TATGCTGGTTTTCGGTGGGC+CGG	+	Chr4:6195903-6195922	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
!!!	TGTTGGGGGTTTTGGGGGTT+AGG	-	Chr4:6196645-6196664	None:intergenic	55.0%
!!!	TTTTGGTGTCAGACACCCCC+CGG	+	Chr4:6195645-6195664	MsG0480018530.01.T01:intron	55.0%
	AAGGGATATGGCAGTGCGCG+TGG	+	Chr4:6195237-6195256	MsG0480018530.01.T01:CDS	60.0%
	AGACACACAAGGAACCCGGG+GGG	-	Chr4:6195663-6195682	None:intergenic	60.0%
	AGTTGGTCCGGACGACTGGA+AGG	+	Chr4:6195140-6195159	MsG0480018530.01.T01:CDS	60.0%
	CAGACACACAAGGAACCCGG+GGG	-	Chr4:6195664-6195683	None:intergenic	60.0%
	CTCTGGTGTACCAGGGGCTT+AGG	+	Chr4:6195994-6196013	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
	CTGACGTGGCACCCTAACTG+AGG	-	Chr4:6198939-6198958	None:intergenic	60.0%
	GAGGCAAAGTGGTCCCAGTC+CGG	-	Chr4:6197155-6197174	None:intergenic	60.0%
	GGTAGGAGGGTAGGTGGTGA+CGG	+	Chr4:6195431-6195450	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
	GTTGAGGTTGTTCGCGTCGG+TGG	+	Chr4:6195598-6195617	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
	GTTGGTCCGGACGACTGGAA+GGG	+	Chr4:6195141-6195160	MsG0480018530.01.T01:CDS	60.0%
	TGGCTTCGAGACTGGGAGTC+GGG	+	Chr4:6195932-6195951	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
!	AGGTTGTTCGCGTCGGTGGT+CGG	+	Chr4:6195602-6195621	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
!!	AAGGTGGTGTTGCGTGGTGG+AGG	+	Chr4:6195085-6195104	MsG0480018530.01.T01:CDS	60.0%
!!	ATGTGGCTCGGCTTGGGAGT+TGG	+	Chr4:6196125-6196144	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
!!	GATGAGTTGGTCCGGACGAC+TGG	+	Chr4:6195136-6195155	MsG0480018530.01.T01:CDS	60.0%
!!	GGTGTCAAGGTGGTGTTGCG+TGG	+	Chr4:6195079-6195098	MsG0480018530.01.T01:CDS	60.0%
!!	GTCAAGGTGGTGTTGCGTGG+TGG	+	Chr4:6195082-6195101	MsG0480018530.01.T01:CDS	60.0%
!!	GTCTTGTGAGGTGGTGGAGC+CGG	+	Chr4:6195683-6195702	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
!!	GTGACGGACGCTTGACGCTA+AGG	+	Chr4:6195447-6195466	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
!!	TCGGCTTGGGAGTTGGGATC+TGG	+	Chr4:6196132-6196151	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
!!	TCTTGTGAGGTGGTGGAGCC+GGG	+	Chr4:6195684-6195703	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
!!	TGTGGCTCGGCTTGGGAGTT+GGG	+	Chr4:6196126-6196145	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
!!	TTTGGTGTCAGACACCCCCC+GGG	+	Chr4:6195646-6195665	MsG0480018530.01.T01:intron	60.0%
	GGATATGGCAGTGCGCGTGG+TGG	+	Chr4:6195240-6195259	MsG0480018530.01.T01:CDS	65.0%
	GGCTTCGAGACTGGGAGTCG+GGG	+	Chr4:6195933-6195952	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
	GGCTTCGGTAGGAGGGTAGG+TGG	+	Chr4:6195425-6195444	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
	GGTGGAGCCGGGTGCTTGTT+GGG	+	Chr4:6195695-6195714	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
	GGTGGCTTCGGTAGGAGGGT+AGG	+	Chr4:6195422-6195441	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
	TATGGCAGTGCGCGTGGTGG+AGG	+	Chr4:6195243-6195262	MsG0480018530.01.T01:CDS	65.0%
	TCGGCACCCTTCCAGTCGTC+CGG	-	Chr4:6195150-6195169	None:intergenic	65.0%
	TGGTGGAGCCGGGTGCTTGT+TGG	+	Chr4:6195694-6195713	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
!	ACGGTGGTGGCTTCGGTAGG+AGG	+	Chr4:6195417-6195436	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
!	AGGGGCGTGGACATCCGTCA+CGG	+	Chr4:6199283-6199302	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
!	CGGTGGTGGCTTCGGTAGGA+GGG	+	Chr4:6195418-6195437	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
!	GGAGGTGACGGTGGTGGCTT+CGG	+	Chr4:6195410-6195429	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
!	GTGACGGTGGTGGCTTCGGT+AGG	+	Chr4:6195414-6195433	MsG0480018530.01.T01:intron	65.0%
!	GGAGCCGGGTGCTTGTTGGG+TGG	+	Chr4:6195698-6195717	MsG0480018530.01.T01:intron	70.0%
!	GGTAGGGCACCCTAAGCCCC+TGG	-	Chr4:6196007-6196026	None:intergenic	70.0%
!	GGCAGTGCGCGTGGTGGAGG+AGG	+	Chr4:6195246-6195265	MsG0480018530.01.T01:CDS	75.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
Chr4	gene	6195049	6200062	6195049	ID=MsG0480018530.01;Name=MsG0480018530.01
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Chr4	exon	6195049	6195275	6195049	ID=MsG0480018530.01.T01:exon:1619;Parent=MsG0480018530.01.T01
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Chr4	CDS	6195049	6195275	6195049	ID=MsG0480018530.01.T01:cds;Parent=MsG0480018530.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0480018530.01.T01

ATGGCTCAGATCCGGTTAGCCTATGGTGGTGGTGTCAAGGTGGTGTTGCGTGGTGGAGGTTATGATGTGTGGTGTCGGGCTGGTGATGATGAGTTGGTCCGGACGACTGGAAGGGTGCCGAGTTCTTCCTTGTTGAAGTTGTGTTTACATCCTTCAACTTTGAATTGGGATTTAAATTCTTGTGCTCGAAGGGATATGGCAGTGCGCGTGGTGGAGGAGGATCAGTCGGGCGTGGACATCCGTCACGGCTTTCATAGCCATTTGGTTGAGGCTTTTTCTCAAAAGAAAATACATGCTTTTGTTGATGAGAAACTTGAGACAGGAGATGAAATAGAACCTTCACTTCTTAAAGCAATCGAAGGATCATCCATTTCATTGATTATATTCTCAAAAAACTATGCTTCTTCACATTGGTGTTTAGATGAGCTTGTGAAAATAATTGAGTGCAAACGGAAAGATGGGCAGATTGTAATACCTGTTTTCTATTGGGTTGATCCTACTGATGTACGACGTCAAAAAAAGAGTTATCAAAATGCATTTTCTAAACTTGAAAAAAGGTTTAGTTTGTCCAAGGTGCAGAGCTGGAGACATGTTTTGCAAATATCTTCTAATTTGTCGGGAATCACGTCATCAATGTTTCGAATAAGATTTAAGTTTGAATTTGAAGAAACCCATTTAAGTTTGTCTAATGGTGTTGCTTTGAGATCTTGA

Protein sequence

>MsG0480018530.01.T01

MAQIRLAYGGGVKVVLRGGGYDVWCRAGDDELVRTTGRVPSSSLLKLCLHPSTLNWDLNSCARRDMAVRVVEEDQSGVDIRHGFHSHLVEAFSQKKIHAFVDEKLETGDEIEPSLLKAIEGSSISLIIFSKNYASSHWCLDELVKIIECKRKDGQIVIPVFYWVDPTDVRRQKKSYQNAFSKLEKRFSLSKVQSWRHVLQISSNLSGITSSMFRIRFKFEFEETHLSLSNGVALRS*