AlfalfaGEDB | MS.gene29053

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene29053

KEGG: K23802
GO: -
PFAM: PF03399.19

Nr:

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MS.gene29053.t1	XP_003601104.1	92.1	1018	71	2	1	1011	1	1016	0.00E+00	1550.8

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Swissprot:

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MS.gene29053.t1	F4IUY8	54.3	820	311	12	196	1008	243	1005	6.8e-219	762.3

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene29053.t1	G7J3M1	92.1	1018	71	2	1	1011	1	1016	0.0e+00	1550.8

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene04915	MS.gene29053	-0.81493	1.20E-51	-1.69E-46
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MS.gene051687	MS.gene29053	-0.800919	1.15E-48	-1.69E-46

Showing 1 to 10 of 45 entries

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene29053.t1	MTR_3g073080	97.446	1018	17	2	1	1011	1	1016	0.0	2038
MS.gene29053.t1	MTR_3g073080	97.852	745	9	1	274	1011	8	752	0.0	1515
MS.gene29053.t1	MTR_3g073080	98.358	548	9	0	464	1011	1	548	0.0	1131
MS.gene29053.t1	MTR_1g115940	49.686	159	40	5	841	966	1	152	2.41e-36	135

Showing 1 to 4 of 4 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene29053.t1	AT2G39340	53.921	1033	386	23	2	1008	37	1005	0.0	957

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Find 249 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGGAGATATTACGGTGG+CGG	0.561173	3.4:-71996168	None:intergenic
AAAATCATTAACAGCAAGGT+TGG	0.480465	3.4:-71999652	None:intergenic
AAAGACTTGGGAAACATACC+GGG	0.594352	3.4:-71991809	None:intergenic
AAAGAGCCTTTAACTGAGAT+TGG	0.414274	3.4:-71997994	None:intergenic
AAAGATGGAGCACTTTGTAA+GGG	0.633740	3.4:-71990256	None:intergenic
AAAGGAGATATTACGGTGGC+GGG	0.521108	3.4:-71996167	None:intergenic
AACATAGCCACGCAAAGACT+TGG	0.445716	3.4:-71991822	None:intergenic
AACCCAAAGTAGATGAACTT+GGG	0.614812	3.4:-71989548	None:intergenic
AACCTGAGATACGTAGGAAA+CGG	0.491900	3.4:-71999151	None:intergenic
AACTCATGCCCGGTTGGCAC+TGG	0.434911	3.4:+71996757	MS.gene29053:CDS

Showing 1 to 10 of 249 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr3.4	gene	71988874	71999695	71988874	ID=MS.gene29053
chr3.4	mRNA	71988874	71999695	71988874	ID=MS.gene29053.t1;Parent=MS.gene29053
chr3.4	exon	71988874	71989695	71988874	ID=MS.gene29053.t1.exon1;Parent=MS.gene29053.t1
chr3.4	CDS	71988874	71989695	71988874	ID=cds.MS.gene29053.t1;Parent=MS.gene29053.t1
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chr3.4	CDS	71990001	71990474	71990001	ID=cds.MS.gene29053.t1;Parent=MS.gene29053.t1
chr3.4	exon	71991809	71991910	71991809	ID=MS.gene29053.t1.exon3;Parent=MS.gene29053.t1
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chr3.4	exon	71993181	71993278	71993181	ID=MS.gene29053.t1.exon4;Parent=MS.gene29053.t1
chr3.4	CDS	71993181	71993278	71993181	ID=cds.MS.gene29053.t1;Parent=MS.gene29053.t1
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chr3.4	CDS	71999082	71999317	71999082	ID=cds.MS.gene29053.t1;Parent=MS.gene29053.t1
chr3.4	exon	71999594	71999695	71999594	ID=MS.gene29053.t1.exon12;Parent=MS.gene29053.t1
chr3.4	CDS	71999594	71999695	71999594	ID=cds.MS.gene29053.t1;Parent=MS.gene29053.t1

Gene Sequence

>MS.gene29053

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