AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080048600.01

Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0080048600.01.T01 MTR_7g075090 74.172 151 5 1 17 133 30 180 1.12e-70 220
MsG0080048600.01.T01 MTR_7g075090 96.939 98 3 0 129 226 269 366 1.34e-62 199
MsG0080048600.01.T01 MTR_1g088775 70.667 150 10 1 18 133 31 180 7.26e-67 210
MsG0080048600.01.T01 MTR_1g088775 96.939 98 3 0 129 226 269 366 5.89e-63 200
MsG0080048600.01.T01 MTR_8g036040 74.490 98 25 0 129 226 261 358 6.13e-49 164
MsG0080048600.01.T01 MTR_8g036040 47.020 151 46 1 17 133 22 172 1.72e-36 131
MsG0080048600.01.T01 MTR_8g036020 76.042 96 23 0 131 226 233 328 1.29e-47 160
MsG0080048600.01.T01 MTR_8g036020 50.400 125 28 1 43 133 19 143 1.51e-32 120
MsG0080048600.01.T01 MTR_8g036035 76.042 96 23 0 131 226 267 362 2.33e-47 160
MsG0080048600.01.T01 MTR_8g036035 51.938 129 28 1 39 133 49 177 2.42e-34 126
MsG0080048600.01.T01 MTR_8g036050 67.368 95 31 0 132 226 213 307 3.27e-39 137
MsG0080048600.01.T01 MTR_8g036050 43.931 173 53 4 42 170 1 173 9.97e-36 128
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0080048600.01.T01 AT2G45440 61.333 150 24 1 18 133 30 179 1.55e-53 176
MsG0080048600.01.T01 AT2G45440 77.083 96 22 0 131 226 270 365 2.50e-48 162
MsG0080048600.01.T01 AT3G60880 58.710 155 30 1 12 132 23 177 2.45e-52 173
MsG0080048600.01.T01 AT3G60880 78.125 96 21 0 131 226 269 364 9.54e-49 164
MsG0080048600.01.T01 AT3G60880 60.403 149 25 1 18 132 30 178 7.32e-52 172
MsG0080048600.01.T01 AT3G60880 78.125 96 21 0 131 226 270 365 9.36e-49 164

Find 55 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 140 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GGTGGGAATATTAAGGTTAT+TGG 0.186837 contig367end:-9128 MsG0080048600.01.T01:intron
AAGGATAGAATTTGCCAATT+TGG 0.190236 contig367end:-8541 MsG0080048600.01.T01:CDS
ACCAATTTCCTTCACCAAAT+TGG 0.224725 contig367end:+8527 MsG0080048600.01.T01:intergenic
GCCAATTTGGTGAAGGAAAT+TGG 0.226319 contig367end:-8528 MsG0080048600.01.T01:CDS
AACGTTTGTCTGCATTATTC+AGG 0.251481 contig367end:-9959 MsG0080048600.01.T01:CDS
ATTAAGGTTATTGGAAATAC+TGG 0.273517 contig367end:-9119 MsG0080048600.01.T01:intron
CATTATTCAGGAACTCTTCC+TGG 0.320905 contig367end:-9947 MsG0080048600.01.T01:CDS
AGCTGCTTGTGTAGGCTTCC+AGG 0.338802 contig367end:+9929 MsG0080048600.01.T01:intergenic
GCCATTTGTACCTCTCCCTT+TGG 0.355708 contig367end:-8568 MsG0080048600.01.T01:CDS
TACCTCTCCCTTTGGAGAAA+AGG 0.366582 contig367end:-8560 MsG0080048600.01.T01:CDS
GTGTTCAAACCAATGGGATT+TGG 0.372649 contig367end:+8633 MsG0080048600.01.T01:intergenic
AGCTCTTGCCTTTGATTGAC+TGG 0.378010 contig367end:-8668 MsG0080048600.01.T01:CDS
TAATGCGAGAGCTCATGTTT+GGG 0.389995 contig367end:-8716 MsG0080048600.01.T01:CDS
TTGCTCAACTTGGAGTTGTC+AGG 0.401383 contig367end:-8605 MsG0080048600.01.T01:CDS
TTAATGCGAGAGCTCATGTT+TGG 0.404176 contig367end:-8717 MsG0080048600.01.T01:CDS
AACACGGCTCTTGCTCAACT+TGG 0.407658 contig367end:-8615 MsG0080048600.01.T01:CDS
TCATCTCATAACTACGCATT+GGG 0.424346 contig367end:+9886 MsG0080048600.01.T01:intergenic
AGTTGCATGAATTGCTTCCC+TGG 0.424932 contig367end:+9085 MsG0080048600.01.T01:intergenic
CTTCATATAAACCCTTACTA+TGG 0.428403 contig367end:-9029 MsG0080048600.01.T01:CDS
ACAAATGGCAGCCTGAAAAC+TGG 0.430651 contig367end:+8582 MsG0080048600.01.T01:intergenic
AGCAATTCATGCAACTGAGC+AGG 0.472668 contig367end:-9078 MsG0080048600.01.T01:CDS
TTCATCTCATAACTACGCAT+TGG 0.474360 contig367end:+9885 MsG0080048600.01.T01:intergenic
TCAAGATCAAATCGACCGTC+AGG 0.487193 contig367end:+9286 MsG0080048600.01.T01:intergenic
TTACTATGGCAAAACCTCCT+TGG 0.496884 contig367end:-9015 MsG0080048600.01.T01:CDS
GTGAATATGCAGATTGAGAA+TGG 0.503509 contig367end:-9247 MsG0080048600.01.T01:CDS
GATTTCACAGCTGCTTGTGT+AGG 0.510543 contig367end:+9921 MsG0080048600.01.T01:intergenic
AACCAATGGGATTTGGCATG+TGG 0.510972 contig367end:+8640 MsG0080048600.01.T01:intergenic
AAGAGCTTAGAATTCAATGT+AGG 0.522936 contig367end:+8684 MsG0080048600.01.T01:intergenic
TGTTGGAACTGAAGACGTCC+AGG 0.522988 contig367end:-8493 MsG0080048600.01.T01:CDS
AAGAGCCGTGTTCAAACCAA+TGG 0.526094 contig367end:+8626 MsG0080048600.01.T01:intergenic
TCCAAAGGGAGAGGTACAAA+TGG 0.530348 contig367end:+8567 MsG0080048600.01.T01:intergenic
AGAATTTGCCAATTTGGTGA+AGG 0.533742 contig367end:-8535 MsG0080048600.01.T01:CDS
AATCGACCGTCAGGTAGGTA+TGG 0.533788 contig367end:+9295 MsG0080048600.01.T01:intergenic
AATGCGAGAGCTCATGTTTG+GGG 0.539435 contig367end:-8715 MsG0080048600.01.T01:CDS
CAGATTGAGAATGGAGTTGA+AGG 0.544549 contig367end:-9238 MsG0080048600.01.T01:CDS
TTCCACATGCCAAATCCCAT+TGG 0.545798 contig367end:-8642 MsG0080048600.01.T01:CDS
TCTTGAATCATATGATGCCT+TGG 0.551015 contig367end:-9269 MsG0080048600.01.T01:CDS
GCAATTCATGCAACTGAGCA+GGG 0.554140 contig367end:-9077 MsG0080048600.01.T01:CDS
AGTCGTCGTCATCAAGAACC+TGG 0.556999 contig367end:+8475 MsG0080048600.01.T01:intergenic
TCTCAGACACTTTATGTCCT+CGG 0.562351 contig367end:+9339 MsG0080048600.01.T01:intergenic
ATACTGGAAGCAACTCAACC+AGG 0.563622 contig367end:-9103 MsG0080048600.01.T01:CDS
TATGGCAAAACCTCCTTGGA+AGG 0.570023 contig367end:-9011 MsG0080048600.01.T01:intron
TGGAAAAGCCAGTCAATCAA+AGG 0.572095 contig367end:+8660 MsG0080048600.01.T01:intergenic
ATGAGCAACCATACCTTCCA+AGG 0.574741 contig367end:+8998 MsG0080048600.01.T01:intergenic
AGAGCCGTGTTCAAACCAAT+GGG 0.577523 contig367end:+8627 MsG0080048600.01.T01:intergenic
ACGCATTGGGAGGTGAGAAG+TGG 0.597263 contig367end:+9899 MsG0080048600.01.T01:intergenic
TATTTACAGGACTTGTACCG+AGG 0.611279 contig367end:-9356 MsG0080048600.01.T01:intron
ATGCGAGAGCTCATGTTTGG+GGG 0.614814 contig367end:-8714 MsG0080048600.01.T01:CDS
AAATCCCATTGGTTTGAACA+CGG 0.620889 contig367end:-8631 MsG0080048600.01.T01:CDS
TACTGGAAGCAACTCAACCA+GGG 0.628120 contig367end:-9102 MsG0080048600.01.T01:CDS
CTCAATCTGCATATTCACCA+AGG 0.638337 contig367end:+9252 MsG0080048600.01.T01:intergenic
GATCAAATCGACCGTCAGGT+AGG 0.655832 contig367end:+9290 MsG0080048600.01.T01:intergenic
TCTCATAACTACGCATTGGG+AGG 0.661369 contig367end:+9889 MsG0080048600.01.T01:intergenic
AAAACTCCATACCTACCTGA+CGG 0.675250 contig367end:-9301 MsG0080048600.01.T01:CDS
AGCAACCATACCTTCCAAGG+AGG 0.704764 contig367end:+9001 MsG0080048599.01.T01:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! ACATTAAACAAACAAAAAAT+TGG + contig367end:8461-8480 MsG0080048600.01.T01:intergenic 15.0%
!! TATTCTTTATATATATTGTG+TGG - contig367end:8683-8702 MsG0080048600.01.T01:CDS 15.0%
!! AAGCTATATATTGTATTTAC+AGG - contig367end:9073-9092 MsG0080048600.01.T01:CDS 20.0%
!! TGGAAAATATAGAATTTAGT+AGG + contig367end:8633-8652 MsG0080048600.01.T01:intergenic 20.0%
!!! TAAGGAGTATATTTAAAAAG+TGG - contig367end:8964-8983 MsG0080048600.01.T01:intron 20.0%
!!! TTAATACTGATTTTGTGATA+CGG + contig367end:9051-9070 MsG0080048600.01.T01:intergenic 20.0%
!!! TTTACACATTGAACATATTT+TGG - contig367end:8851-8870 MsG0080048600.01.T01:intron 20.0%
! AATGAGACGATTAAAACAAA+TGG + contig367end:8653-8672 MsG0080048600.01.T01:intergenic 25.0%
! AGTAGGAAAACTAATGAATT+TGG + contig367end:8616-8635 MsG0080048600.01.T01:intergenic 25.0%
! ATACTGATAATAGAATTGCT+GGG - contig367end:9619-9638 MsG0080048600.01.T01:intron 25.0%
! ATTAAGGTTATTGGAAATAC+TGG - contig367end:9323-9342 MsG0080048600.01.T01:CDS 25.0%
! CAAAATCTCAAACTGAATAA+TGG + contig367end:8889-8908 MsG0080048600.01.T01:intergenic 25.0%
! GTAGTTATGAGATGAAAAAT+AGG - contig367end:8564-8583 MsG0080048600.01.T01:CDS 25.0%
! TATACTGATAATAGAATTGC+TGG - contig367end:9618-9637 MsG0080048600.01.T01:intron 25.0%
! TTATGAGATGAAAAATAGGT+AGG - contig367end:8568-8587 MsG0080048600.01.T01:CDS 25.0%
!!! TAATACTGATTTTGTGATAC+GGG + contig367end:9050-9069 MsG0080048600.01.T01:intergenic 25.0%
!!! TTTAATCGTCTCATTTTTTC+AGG - contig367end:8658-8677 MsG0080048600.01.T01:CDS 25.0%
AAGAGCTTAGAATTCAATGT+AGG + contig367end:9761-9780 MsG0080048600.01.T01:intergenic 30.0%
AAGGATAGAATTTGCCAATT+TGG - contig367end:9901-9920 MsG0080048600.01.T01:CDS 30.0%
AATCTCAAACTGAATAATGG+AGG + contig367end:8886-8905 MsG0080048600.01.T01:intergenic 30.0%
AGGCACATTATATATGATTG+TGG + contig367end:9494-9513 MsG0080048600.01.T01:intergenic 30.0%
ATGTCTTATACTGTGTAGAT+TGG - contig367end:8708-8727 MsG0080048600.01.T01:CDS 30.0%
CTTCATATAAACCCTTACTA+TGG - contig367end:9413-9432 MsG0080048600.01.T01:intron 30.0%
GGCACATTATATATGATTGT+GGG + contig367end:9493-9512 MsG0080048600.01.T01:intergenic 30.0%
TCATATATAATGTGCCTTCA+CGG - contig367end:9497-9516 MsG0080048600.01.T01:intron 30.0%
! AATTCTATCCTTTTCTCCAA+AGG + contig367end:9893-9912 MsG0080048600.01.T01:intergenic 30.0%
! ATTCTATCCTTTTCTCCAAA+GGG + contig367end:9892-9911 MsG0080048600.01.T01:intergenic 30.0%
AACCATAGAGGAGATACAAT+AGG - contig367end:8818-8837 MsG0080048600.01.T01:intron 35.0%
AACGTTTGTCTGCATTATTC+AGG - contig367end:8483-8502 MsG0080048600.01.T01:CDS 35.0%
ACCAATTTCCTTCACCAAAT+TGG + contig367end:9918-9937 MsG0080048600.01.T01:intergenic 35.0%
ATACTCCTTAAAACATGCAG+TGG + contig367end:8954-8973 MsG0080048600.01.T01:intergenic 35.0%
ATTTCAAAGTGTGCTTTCCA+TGG - contig367end:9465-9484 MsG0080048600.01.T01:intron 35.0%
CTTATACTGTGTAGATTGGA+GGG - contig367end:8712-8731 MsG0080048600.01.T01:CDS 35.0%
GGTGGGAATATTAAGGTTAT+TGG - contig367end:9314-9333 MsG0080048600.01.T01:CDS 35.0%
GTGAATATGCAGATTGAGAA+TGG - contig367end:9195-9214 MsG0080048600.01.T01:intron 35.0%
TCATCTCATAACTACGCATT+GGG + contig367end:8559-8578 MsG0080048600.01.T01:intergenic 35.0%
TCTTATACTGTGTAGATTGG+AGG - contig367end:8711-8730 MsG0080048600.01.T01:CDS 35.0%
TCTTGAATCATATGATGCCT+TGG - contig367end:9173-9192 MsG0080048600.01.T01:intron 35.0%
TGATAATAGAATTGCTGGGT+GGG - contig367end:9623-9642 MsG0080048600.01.T01:intron 35.0%
TTCATCTCATAACTACGCAT+TGG + contig367end:8560-8579 MsG0080048600.01.T01:intergenic 35.0%
TTTCAAAGTGTGCTTTCCAT+GGG - contig367end:9466-9485 MsG0080048600.01.T01:intron 35.0%
! AGAATTTGCCAATTTGGTGA+AGG - contig367end:9907-9926 MsG0080048600.01.T01:CDS 35.0%
!! AAATCCCATTGGTTTGAACA+CGG - contig367end:9811-9830 MsG0080048600.01.T01:intron 35.0%
!! AGGTAGGTATGGAGTTTTAA+TGG + contig367end:9139-9158 MsG0080048600.01.T01:intergenic 35.0%
!!! AAGTTTTGAATCACATGTGG+AGG + contig367end:9538-9557 MsG0080048600.01.T01:intergenic 35.0%
!!! CTGTTTTGGTGGGAATATTA+AGG - contig367end:9307-9326 MsG0080048600.01.T01:CDS 35.0%
!!! GCTAAGTTTTGAATCACATG+TGG + contig367end:9541-9560 MsG0080048600.01.T01:intergenic 35.0%
AAAACTCCATACCTACCTGA+CGG - contig367end:9141-9160 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
AAAGTGGTCTCATGTGTTTC+TGG - contig367end:8980-8999 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
AACTGTAGAATGCATGCTCT+GGG - contig367end:8742-8761 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
AGCCTATTGTATCTCCTCTA+TGG + contig367end:8823-8842 MsG0080048600.01.T01:intergenic 40.0%
AGGAATGTATGGGAAATGAC+AGG - contig367end:9587-9606 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
ATTCCCACCAAAACAGTTGA+CGG + contig367end:9303-9322 MsG0080048600.01.T01:intergenic 40.0%
CAGATTGAGAATGGAGTTGA+AGG - contig367end:9204-9223 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
CATTATTCAGGAACTCTTCC+TGG - contig367end:8495-8514 MsG0080048600.01.T01:CDS 40.0%
CTCAATCTGCATATTCACCA+AGG + contig367end:9193-9212 MsG0080048600.01.T01:intergenic 40.0%
CTGATAATAGAATTGCTGGG+TGG - contig367end:9622-9641 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
GATAATAGAATTGCTGGGTG+GGG - contig367end:9624-9643 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
GATCTGTGATGAAACCATAG+AGG - contig367end:8806-8825 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
GGAATGTATGGGAAATGACA+GGG - contig367end:9588-9607 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
GTGTTCAAACCAATGGGATT+TGG + contig367end:9812-9831 MsG0080048600.01.T01:intergenic 40.0%
TAATGCGAGAGCTCATGTTT+GGG - contig367end:9726-9745 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
TATTTACAGGACTTGTACCG+AGG - contig367end:9086-9105 MsG0080048600.01.T01:CDS 40.0%
TCTCAGACACTTTATGTCCT+CGG + contig367end:9106-9125 MsG0080048600.01.T01:intergenic 40.0%
TGCTCTTCCAGTTCATTAGT+TGG + contig367end:9260-9279 MsG0080048600.01.T01:intergenic 40.0%
TGGAAAAGCCAGTCAATCAA+AGG + contig367end:9785-9804 MsG0080048600.01.T01:intergenic 40.0%
TTAATGCGAGAGCTCATGTT+TGG - contig367end:9725-9744 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
TTACTATGGCAAAACCTCCT+TGG - contig367end:9427-9446 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
TTCAAAGTGTGCTTTCCATG+GGG - contig367end:9467-9486 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
! AAGGAGGTTTTGCCATAGTA+AGG + contig367end:9428-9447 MsG0080048600.01.T01:intergenic 40.0%
! AGGAGGTTTTGCCATAGTAA+GGG + contig367end:9427-9446 MsG0080048600.01.T01:intergenic 40.0%
! ATTGGTCGACAGCATTTTGT+TGG - contig367end:9932-9951 MsG0080048600.01.T01:CDS 40.0%
! CTGTACCACTGCATGTTTTA+AGG - contig367end:8946-8965 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
! CTTAGCTCAAAGTACTTGCT+TGG - contig367end:9555-9574 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
! GCCAATTTGGTGAAGGAAAT+TGG - contig367end:9914-9933 MsG0080048600.01.T01:CDS 40.0%
! TGTTGCAAGCAATTGATTCC+AGG - contig367end:9701-9720 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
!! GGAGTTGAAGGTGTTATTGT+TGG - contig367end:9216-9235 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
!! GTTGAAGGTGTTATTGTTGG+TGG - contig367end:9219-9238 MsG0080048600.01.T01:intron 40.0%
!! TGATGACGACGACTTTTTCT+TGG - contig367end:9976-9995 MsG0080048600.01.T01:CDS 40.0%
AACCAATGGGATTTGGCATG+TGG + contig367end:9805-9824 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
AAGAGCCGTGTTCAAACCAA+TGG + contig367end:9819-9838 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
AATGCGAGAGCTCATGTTTG+GGG - contig367end:9727-9746 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
ACAAATGGCAGCCTGAAAAC+TGG + contig367end:9863-9882 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
AGAGCCGTGTTCAAACCAAT+GGG + contig367end:9818-9837 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
AGCAATTCATGCAACTGAGC+AGG - contig367end:9364-9383 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
AGCTCTTGCCTTTGATTGAC+TGG - contig367end:9774-9793 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
AGTTGCATGAATTGCTTCCC+TGG + contig367end:9360-9379 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
ATACTGGAAGCAACTCAACC+AGG - contig367end:9339-9358 MsG0080048600.01.T01:CDS 45.0%
ATATATGATTGTGGGCCCCA+TGG + contig367end:9485-9504 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
ATGAATGCCACGATGCTAGA+TGG - contig367end:9654-9673 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
ATGAGCAACCATACCTTCCA+AGG + contig367end:9447-9466 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
ATGAGCTCTCGCATTAAACC+TGG + contig367end:9722-9741 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
CAAAACCTCCTTGGAAGGTA+TGG - contig367end:9436-9455 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
GAACTGTAGAATGCATGCTC+TGG - contig367end:8741-8760 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
GATTTCACAGCTGCTTGTGT+AGG + contig367end:8524-8543 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
GCAATTCATGCAACTGAGCA+GGG - contig367end:9365-9384 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
GTGAAGGCCAACTAATGAAC+TGG - contig367end:9250-9269 MsG0080048600.01.T01:CDS 45.0%
TACTGGAAGCAACTCAACCA+GGG - contig367end:9340-9359 MsG0080048600.01.T01:CDS 45.0%
TATAATGTGCCTTCACGGAC+TGG - contig367end:9502-9521 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
TATGGCAAAACCTCCTTGGA+AGG - contig367end:9431-9450 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
TCAAGATCAAATCGACCGTC+AGG + contig367end:9159-9178 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
TCTCATAACTACGCATTGGG+AGG + contig367end:8556-8575 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
TGAATGCCACGATGCTAGAT+GGG - contig367end:9655-9674 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
TTCCACATGCCAAATCCCAT+TGG - contig367end:9800-9819 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
TTGCTCAACTTGGAGTTGTC+AGG - contig367end:9837-9856 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
! ATCCTTTTCTCCAAAGGGAG+AGG + contig367end:9887-9906 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
! GCTGGTGTCAAGGAATGTAT+GGG - contig367end:9577-9596 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
! TACCTCTCCCTTTGGAGAAA+AGG - contig367end:9882-9901 MsG0080048600.01.T01:CDS 45.0%
! TCCAAAGGGAGAGGTACAAA+TGG + contig367end:9878-9897 MsG0080048600.01.T01:intergenic 45.0%
!! CTCATGTGTTTCTGGCATCA+TGG - contig367end:8988-9007 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
!! GTTATTGTTGGTGGCACAAC+TGG - contig367end:9228-9247 MsG0080048600.01.T01:intron 45.0%
!!! ACACCGTCAACTGTTTTGGT+GGG - contig367end:9297-9316 MsG0080048600.01.T01:CDS 45.0%
AACACGGCTCTTGCTCAACT+TGG - contig367end:9827-9846 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
AATCGACCGTCAGGTAGGTA+TGG + contig367end:9150-9169 MsG0080048600.01.T01:intergenic 50.0%
AGCAACCATACCTTCCAAGG+AGG + contig367end:9444-9463 MsG0080048600.01.T01:intergenic 50.0%
AGTCGTCGTCATCAAGAACC+TGG + contig367end:9970-9989 MsG0080048600.01.T01:intergenic 50.0%
ATGCGAGAGCTCATGTTTGG+GGG - contig367end:9728-9747 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
ATGTCTTGACCAGTCCGTGA+AGG + contig367end:9514-9533 MsG0080048600.01.T01:intergenic 50.0%
CACGATGCTAGATGGGGTAT+GGG - contig367end:9662-9681 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
GAATGCCACGATGCTAGATG+GGG - contig367end:9656-9675 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
GATCAAATCGACCGTCAGGT+AGG + contig367end:9155-9174 MsG0080048600.01.T01:intergenic 50.0%
GCCATTTGTACCTCTCCCTT+TGG - contig367end:9874-9893 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
TGTTGGAACTGAAGACGTCC+AGG - contig367end:9949-9968 MsG0080048600.01.T01:CDS 50.0%
! CATGCTCTGGGTAGGATTTC+TGG - contig367end:8754-8773 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
! GAGTTGTCAGGCCAGTTTTC+AGG - contig367end:9849-9868 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
! GCTCAAAGTACTTGCTTGGC+TGG - contig367end:9559-9578 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
! GGCTGGTGTCAAGGAATGTA+TGG - contig367end:9576-9595 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
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! GTAGAATGCATGCTCTGGGT+AGG - contig367end:8746-8765 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
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! TGCAACTGAGCAGGGTTTTG+CGG - contig367end:9373-9392 MsG0080048600.01.T01:intron 50.0%
!! CACACCGTCAACTGTTTTGG+TGG - contig367end:9296-9315 MsG0080048600.01.T01:CDS 50.0%
ACGCATTGGGAGGTGAGAAG+TGG + contig367end:8546-8565 MsG0080048600.01.T01:intergenic 55.0%
AGCTGCTTGTGTAGGCTTCC+AGG + contig367end:8516-8535 MsG0080048600.01.T01:intergenic 55.0%
CCACGATGCTAGATGGGGTA+TGG - contig367end:9661-9680 MsG0080048600.01.T01:intron 55.0%
CCATACCCCATCTAGCATCG+TGG + contig367end:9664-9683 MsG0080048600.01.T01:intergenic 55.0%
! ACTGAGCAGGGTTTTGCGGT+TGG - contig367end:9377-9396 MsG0080048600.01.T01:intron 55.0%
! CTAGATGGGGTATGGGCTAC+TGG - contig367end:9669-9688 MsG0080048600.01.T01:intron 55.0%
! GCGCACACCGTCAACTGTTT+TGG - contig367end:9293-9312 MsG0080048600.01.T01:CDS 55.0%
!! GTTGGTGGCACAACTGGTGA+AGG - contig367end:9234-9253 MsG0080048600.01.T01:intron 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
contig367end gene 8452 10012 8452 ID=MsG0080048600.01;Name=MsG0080048600.01
contig367end mRNA 8452 10012 8452 ID=MsG0080048600.01.T01;Parent=MsG0080048600.01;Name=MsG0080048600.01.T01;_AED=0.41;_eAED=0.46;_QI=0|0.33|0|1|0.66|0.5|4|0|226
contig367end exon 9879 10012 9879 ID=MsG0080048600.01.T01:exon:12846;Parent=MsG0080048600.01.T01
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contig367end exon 8452 8741 8452 ID=MsG0080048600.01.T01:exon:12849;Parent=MsG0080048600.01.T01
contig367end CDS 9879 10012 9879 ID=MsG0080048600.01.T01:cds;Parent=MsG0080048600.01.T01
contig367end CDS 9237 9369 9237 ID=MsG0080048600.01.T01:cds;Parent=MsG0080048600.01.T01
contig367end CDS 9012 9135 9012 ID=MsG0080048600.01.T01:cds;Parent=MsG0080048600.01.T01
contig367end CDS 8452 8741 8452 ID=MsG0080048600.01.T01:cds;Parent=MsG0080048600.01.T01
Gene Sequence

>MsG0080048600.01.T01

ATGAATCCAATTTTTTGTTTGTTTAATGTTAAACGTTTGTCTGCATTATTCAGGAACTCTTCCTGGAAGCCTACACAAGCAGCTGTGAAATCCACTTCTCACCTCCCAATGCGTAGTTATGAGATGAAAAATAGGACTTGTACCGAGGACATAAAGTGTCTGAGATTGATAACTGCCATTAAAACTCCATACCTACCTGACGGTCGATTTGATCTTGAATCATATGATGCCTTGGTGAATATGCAGATTGAGAATGGAGTTGAAGGTGTTATTGGAAATACTGGAAGCAACTCAACCAGGGAAGCAATTCATGCAACTGAGCAGGGTTTTGCGGTTGGAATGCATGGTGCTCTTCATATAAACCCTTACTATGGCAAAACCTCCTTGGAAGGTTTAATGCGAGAGCTCATGTTTGGGGGAAAAAATCCTACATTGAATTCTAAGCTCTTGCCTTTGATTGACTGGCTTTTCCACATGCCAAATCCCATTGGTTTGAACACGGCTCTTGCTCAACTTGGAGTTGTCAGGCCAGTTTTCAGGCTGCCATTTGTACCTCTCCCTTTGGAGAAAAGGATAGAATTTGCCAATTTGGTGAAGGAAATTGGTCGACAGCATTTTGTTGGAACTGAAGACGTCCAGGTTCTTGATGACGACGACTTTTTCTTGGTTAGTCGATATTAA
Protein sequence

>MsG0080048600.01.T01

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