AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene052420


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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCCTGAAAATTATGGATATT+TGG 0.161860 6.1:-74701617 MS.gene052420:CDS
TAGAATCCAACTATGAAAAT+TGG 0.176582 6.1:-74715582 MS.gene052420:CDS
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TCAAAGGGTCATAAAGATTT+TGG 0.191944 6.1:+74718334 None:intergenic
GGTTGCAAAGTTTGACTTTA+TGG 0.196450 6.1:+74708157 None:intergenic
CTCTTTGAAGCATAGGCTTA+TGG 0.222290 6.1:-74703233 MS.gene052420:intron
AGATGACTTGATCAGTTTAT+TGG 0.223698 6.1:-74718286 MS.gene052420:CDS
CTCCTATTCTTAAGCTTCTT+AGG 0.225839 6.1:+74701590 None:intergenic
ATTTCTGCAACTTGCTTAAC+AGG 0.232793 6.1:+74702187 None:intergenic
TGTACCTTTATGCCAAAATA+AGG 0.246886 6.1:+74703606 None:intergenic
TACATGGAGAAGAAAATTAA+AGG 0.257111 6.1:-74715343 MS.gene052420:CDS
TTCACAGATGGTTCATCATT+TGG 0.295535 6.1:+74715529 None:intergenic
TTGGAAGTAATTGACACTTT+TGG 0.304639 6.1:-74715310 MS.gene052420:CDS
GTCATTGCAAAACACTGTTT+TGG 0.306816 6.1:+74715453 None:intergenic
TCTTTAACAGCACCAGAAAA+AGG 0.312331 6.1:+74718357 None:intergenic
TACATAAGTCCTGAAAATTA+TGG 0.313397 6.1:-74701625 MS.gene052420:CDS
TGTTGGTGCTGTTTCATATA+TGG 0.322857 6.1:-74702422 MS.gene052420:CDS
TGGCTATGTAATCGAGCATT+TGG 0.324074 6.1:-74703830 MS.gene052420:CDS
TCAGCTAGTTGATGTGCTTA+AGG 0.333933 6.1:-74715260 MS.gene052420:CDS
CCCAATGATGGAAGCCCCTT+TGG 0.334011 6.1:-74703910 MS.gene052420:CDS
ATGGAACAGACCAATCAATA+TGG 0.335818 6.1:-74718437 MS.gene052420:CDS
ATGATCACGACAGCACAATT+TGG 0.337212 6.1:+74702139 None:intergenic
ATAGAGTTGTTCTATTTGAT+TGG 0.343427 6.1:-74718380 MS.gene052420:CDS
CTTAAAGTTGTTAACTTTGT+TGG 0.343903 6.1:-74718252 MS.gene052420:CDS
ATGTAGAGAGCTACACTATA+TGG 0.346840 6.1:+74715361 None:intergenic
TTTGTTGGTCATTCCATGTC+TGG 0.352708 6.1:-74718237 MS.gene052420:intron
CAGCTAGTTGATGTGCTTAA+GGG 0.371050 6.1:-74715259 MS.gene052420:intron
TTGGGAGAGGAGCATATTCC+AGG 0.372454 6.1:-74703811 MS.gene052420:CDS
ACCAAAGGGGCTTCCATCAT+TGG 0.391806 6.1:+74703909 None:intergenic
ATGCTTGATCATCTAGTTGC+AGG 0.394775 6.1:-74703122 MS.gene052420:CDS
GATCAGTTTATTGGATCAAA+TGG 0.398901 6.1:-74718277 MS.gene052420:CDS
AGAAATACCCGTGTCGAAAC+AGG 0.401405 6.1:+74702110 None:intergenic
AGTGGCTATGTTGAGATAGA+TGG 0.405918 6.1:-74703200 MS.gene052420:CDS
CATGTTTCTCAATCTGAAGT+TGG 0.408924 6.1:-74708222 MS.gene052420:CDS
GTCATTGAGGGCGACGTTGT+TGG 0.409677 6.1:-74704095 MS.gene052420:CDS
AGAATCCAACTATGAAAATT+GGG 0.411548 6.1:-74715581 MS.gene052420:CDS
ATTTGGATCCACTACATTTG+TGG 0.429468 6.1:+74715546 None:intergenic
GGCTATGTAATCGAGCATTT+GGG 0.440338 6.1:-74703829 MS.gene052420:CDS
GAGGAAAGAACCAGCGCGCT+TGG 0.445054 6.1:-74703850 MS.gene052420:CDS
CTTCTGAATGCTAGAATCCT+AGG 0.449257 6.1:-74718495 MS.gene052420:CDS
CGTTCTAATGAAAAGAAAAC+GGG 0.450446 6.1:+74703639 None:intergenic
AGGAGCATATTCCAGGTATA+CGG 0.452411 6.1:-74703804 MS.gene052420:CDS
AATGCTAGAATCCTAGGAAC+AGG 0.457236 6.1:-74718489 MS.gene052420:CDS
TAGTTTCTGTTCCTGTTCCT+AGG 0.461589 6.1:+74718478 None:intergenic
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TCCTCAGCTGTCTTCAGCGA+TGG 0.468746 6.1:+74703868 None:intergenic
TTTCTTCCATTTGTCATTGA+GGG 0.468948 6.1:-74704107 MS.gene052420:CDS
TCTCAACATAGCCACTCATA+TGG 0.469522 6.1:+74703207 None:intergenic
AGGTTTGTTGAGCATTTAAG+AGG 0.470542 6.1:-74703955 MS.gene052420:CDS
CCAAAGGGGCTTCCATCATT+GGG 0.472746 6.1:+74703910 None:intergenic
GCCGCATGGAATTGATTGTC+AGG 0.474919 6.1:-74702865 MS.gene052420:CDS
CTAAAGAAGAATACTTCAAA+GGG 0.474943 6.1:+74718319 None:intergenic
AAGGAATGTGAAGAGGAAGC+AGG 0.475425 6.1:-74702831 MS.gene052420:CDS
TCATCTAGTTGCAGGAGGAC+TGG 0.475914 6.1:-74703114 MS.gene052420:intron
ACTAGATGATCAAGCATTCC+AGG 0.480283 6.1:+74703128 None:intergenic
ACATGGAGAAGAAAATTAAA+GGG 0.480634 6.1:-74715342 MS.gene052420:CDS
ACGTTCTAATGAAAAGAAAA+CGG 0.490303 6.1:+74703638 None:intergenic
ACGTCGCCCTCAATGACAAA+TGG 0.490482 6.1:+74704101 None:intergenic
AATTAAAGGGAAAGTTACAT+TGG 0.494880 6.1:-74715329 MS.gene052420:CDS
TTGTCAAATGAGGACTTCAC+AGG 0.500036 6.1:+74703663 None:intergenic
AATGAAACACAGTGACCAAA+GGG 0.500047 6.1:+74703895 None:intergenic
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ATTTCTTCCATTTGTCATTG+AGG 0.503126 6.1:-74704108 MS.gene052420:CDS
TAGATGGGCAGAAGCACCTA+TGG 0.503368 6.1:-74703184 MS.gene052420:CDS
TTGTTGGATTCATTCACAAT+CGG 0.508086 6.1:-74704079 MS.gene052420:intron
CTCCTAAGAAGCTTAAGAAT+AGG 0.508472 6.1:-74701592 MS.gene052420:CDS
AATACCTCGTTCCGTATACC+TGG 0.509788 6.1:+74703793 None:intergenic
TTATTTCTCCACAAATGTAG+TGG 0.511610 6.1:-74715554 MS.gene052420:CDS
ATATATGAAACAGCACCAAC+AGG 0.512369 6.1:+74702424 None:intergenic
GATCCTTGTTCTTATCTACA+AGG 0.513032 6.1:-74708186 MS.gene052420:CDS
TTGTCAGGAAAATGTTGTAA+AGG 0.514029 6.1:-74702850 MS.gene052420:CDS
TCGACGGGGATAGATACAAA+AGG 0.523200 6.1:-74702396 MS.gene052420:CDS
ATCAAGCATTCCAGGATATG+TGG 0.524432 6.1:+74703136 None:intergenic
TCTCTGAATTTGTTCACAGA+TGG 0.525803 6.1:+74715517 None:intergenic
TCTAAAGAAGAATACTTCAA+AGG 0.526059 6.1:+74718318 None:intergenic
AGCACATCAACTAGCTGAAG+TGG 0.527501 6.1:+74715265 None:intergenic
CCGAACTTACTTAATAGAGA+TGG 0.527571 6.1:+74702797 None:intergenic
TGGAACAGACCAATCAATAT+GGG 0.528463 6.1:-74718436 MS.gene052420:CDS
GAGTGTGCACGTGCTGCCAC+TGG 0.531569 6.1:+74708263 None:intergenic
TTGACTTCCTGTTTCGACAC+GGG 0.535466 6.1:-74702117 MS.gene052420:intron
GAGGTTTGAATAATTGTGCA+TGG 0.540705 6.1:+74715400 None:intergenic
TTGCTACTGTTGCAGCCGCA+TGG 0.541001 6.1:-74702879 MS.gene052420:intron
GCAGCACGTGCACACTCACA+TGG 0.546676 6.1:-74708257 MS.gene052420:CDS
TACTTAATAGAGATGGACCT+GGG 0.564877 6.1:+74702804 None:intergenic
TGTGCACGTGCTGCCACTGG+TGG 0.568995 6.1:+74708266 None:intergenic
TTGCTTGTAGGACAAACAAT+CGG 0.569942 6.1:-74704132 MS.gene052420:intron
TCTTGCAGAGCTAAACCTGT+TGG 0.576211 6.1:-74702439 MS.gene052420:intron
GATTACATAGCCAAGCGCGC+TGG 0.576230 6.1:+74703840 None:intergenic
AAGAGGAAGCAGGAATCCCC+AGG 0.577108 6.1:-74702821 MS.gene052420:CDS
CGACGGGGATAGATACAAAA+GGG 0.578922 6.1:-74702395 MS.gene052420:CDS
GAAAACGGGTTTGTCAAATG+AGG 0.582709 6.1:+74703653 None:intergenic
CAATGAAACACAGTGACCAA+AGG 0.586554 6.1:+74703894 None:intergenic
GACTTCTCTTCGCTATCCAT+AGG 0.590285 6.1:+74703168 None:intergenic
AAAGTCAAACTTTGCAACCG+TGG 0.591041 6.1:-74708153 MS.gene052420:CDS
ATATAGTGTAGCTCTCTACA+TGG 0.592180 6.1:-74715359 MS.gene052420:CDS
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TTTCTGCAACTTGCTTAACA+GGG 0.595814 6.1:+74702188 None:intergenic
TGTAATCGAGCATTTGGGAG+AGG 0.600564 6.1:-74703824 MS.gene052420:CDS
TGTTGTAAAGGAATGTGAAG+AGG 0.609830 6.1:-74702838 MS.gene052420:CDS
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GTGGCTATGTTGAGATAGAT+GGG 0.621537 6.1:-74703199 MS.gene052420:CDS
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GCTTATGGAGTCCATATGAG+TGG 0.651417 6.1:-74703218 MS.gene052420:CDS
TGGAACAACCATGTCACTAG+AGG 0.653480 6.1:+74715381 None:intergenic
TTACTTAATAGAGATGGACC+TGG 0.657192 6.1:+74702803 None:intergenic
CTTGATCATCTAGTTGCAGG+AGG 0.661487 6.1:-74703119 MS.gene052420:CDS
TCCTGACAATCAATTCCATG+CGG 0.664669 6.1:+74702864 None:intergenic
CAGCACGTGCACACTCACAT+GGG 0.680877 6.1:-74708256 MS.gene052420:CDS
TAACCTTGTAGATAAGAACA+AGG 0.682039 6.1:+74708183 None:intergenic
TGTCAAATGAGGACTTCACA+GGG 0.694970 6.1:+74703664 None:intergenic
TTCATATATGGACATCGACG+GGG 0.710863 6.1:-74702410 MS.gene052420:CDS
ACTTAATAGAGATGGACCTG+GGG 0.711401 6.1:+74702805 None:intergenic
TCCATCGCTGAAGACAGCTG+AGG 0.717817 6.1:-74703869 MS.gene052420:CDS
TATTCCAGGTATACGGAACG+AGG 0.728323 6.1:-74703797 MS.gene052420:intron
GTAAAGAACTCACAGAACCA+CGG 0.729302 6.1:+74708136 None:intergenic
ATGAAACACAGTGACCAAAG+GGG 0.740460 6.1:+74703896 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr6.1 gene 74701579 74718547 74701579 ID=MS.gene052420
chr6.1 mRNA 74701579 74718547 74701579 ID=MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420
chr6.1 exon 74718238 74718547 74718238 ID=MS.gene052420.t1.exon1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74718238 74718547 74718238 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74715260 74715643 74715260 ID=MS.gene052420.t1.exon2;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74715260 74715643 74715260 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74708149 74708288 74708149 ID=MS.gene052420.t1.exon3;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74708149 74708288 74708149 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74704080 74704144 74704080 ID=MS.gene052420.t1.exon4;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74704080 74704144 74704080 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74703798 74703975 74703798 ID=MS.gene052420.t1.exon5;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74703798 74703975 74703798 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74703611 74703691 74703611 ID=MS.gene052420.t1.exon6;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74703611 74703691 74703611 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74703115 74703240 74703115 ID=MS.gene052420.t1.exon7;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74703115 74703240 74703115 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74702807 74702886 74702807 ID=MS.gene052420.t1.exon8;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74702807 74702886 74702807 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74702338 74702453 74702338 ID=MS.gene052420.t1.exon9;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74702338 74702453 74702338 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74702118 74702238 74702118 ID=MS.gene052420.t1.exon10;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74702118 74702238 74702118 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 exon 74701579 74701648 74701579 ID=MS.gene052420.t1.exon11;Parent=MS.gene052420.t1
chr6.1 CDS 74701579 74701648 74701579 ID=cds.MS.gene052420.t1;Parent=MS.gene052420.t1
Gene Sequence

>MS.gene052420

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