AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180003360.01


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MsG0180003360.01.T03 AT3G04180 42.748 131 70 2 22 147 88 218 8.11e-31 111
MsG0180003360.01.T03 AT4G14630 39.865 148 84 2 8 150 75 222 1.18e-30 110
MsG0180003360.01.T03 AT3G04150 41.566 166 78 4 1 148 55 219 1.28e-30 110
MsG0180003360.01.T03 AT3G04150 41.566 166 78 4 1 148 68 232 1.38e-30 110
MsG0180003360.01.T03 AT3G04190 42.029 138 75 2 11 143 77 214 3.07e-30 109
MsG0180003360.01.T03 AT1G10460 37.778 135 79 3 21 151 83 216 8.15e-27 100
MsG0180003360.01.T03 AT1G74820 36.879 141 87 1 11 149 84 224 2.45e-23 92.0
MsG0180003360.01.T03 AT5G38910 35.417 144 56 2 9 150 74 182 1.51e-18 78.6
MsG0180003360.01.T02 AT3G10080 67.662 201 64 1 22 222 22 221 8.96e-106 305
MsG0180003360.01.T02 AT3G10080 67.662 201 64 1 22 222 93 292 7.81e-105 305
MsG0180003360.01.T02 AT1G02335 39.706 204 114 3 24 224 22 219 2.83e-49 160
MsG0180003360.01.T02 AT1G18980 42.466 219 111 6 5 220 12 218 5.54e-48 157
MsG0180003360.01.T02 AT3G04200 42.925 212 109 5 9 213 9 215 8.69e-48 157
MsG0180003360.01.T02 AT1G18970 40.183 219 116 6 5 220 12 218 1.86e-47 156
MsG0180003360.01.T02 AT3G62020 39.720 214 117 6 16 224 13 219 2.15e-45 150
MsG0180003360.01.T02 AT5G26700 37.245 196 115 3 30 224 25 213 3.11e-44 147
MsG0180003360.01.T02 AT1G09560 38.725 204 116 4 24 224 22 219 8.39e-44 147
MsG0180003360.01.T02 AT5G38940 40.796 201 110 4 25 220 25 221 9.60e-44 147
MsG0180003360.01.T02 AT5G38940 40.796 201 110 4 25 220 49 245 1.60e-43 147
MsG0180003360.01.T02 AT3G04170 38.393 224 125 5 8 225 7 223 6.94e-43 144
MsG0180003360.01.T02 AT3G05950 39.614 207 114 4 26 226 26 227 7.74e-43 144
MsG0180003360.01.T02 AT5G39190 38.889 216 120 5 11 220 10 219 8.17e-43 144
MsG0180003360.01.T02 AT5G38960 41.463 205 110 4 22 220 22 222 1.08e-42 144
MsG0180003360.01.T02 AT5G39160 38.889 216 120 5 11 220 10 219 1.09e-42 144
MsG0180003360.01.T02 AT5G39130 38.426 216 121 5 11 220 10 219 1.19e-42 144
MsG0180003360.01.T02 AT5G38910 39.631 217 119 6 10 220 9 219 1.31e-42 144
MsG0180003360.01.T02 AT5G20630 39.583 192 109 2 30 220 22 207 3.13e-42 142
MsG0180003360.01.T02 AT5G38930 39.706 204 114 4 22 220 22 221 5.72e-42 142
MsG0180003360.01.T02 AT4G14630 38.496 226 126 6 3 220 2 222 8.30e-42 142
MsG0180003360.01.T02 AT3G05930 37.745 204 117 4 25 224 22 219 9.68e-42 141
MsG0180003360.01.T02 AT5G39160 39.352 216 115 6 11 220 10 215 2.83e-41 140
MsG0180003360.01.T02 AT3G04150 40.367 218 118 5 8 218 7 219 4.54e-41 140
MsG0180003360.01.T02 AT3G04150 38.938 226 123 5 8 218 7 232 1.31e-40 139
MsG0180003360.01.T02 AT5G61750 41.622 185 96 5 22 203 15 190 2.15e-40 137
MsG0180003360.01.T02 AT3G62020 41.714 175 96 4 55 224 17 190 3.12e-40 137
MsG0180003360.01.T02 AT5G39110 38.424 203 115 5 24 220 22 220 4.52e-40 137
MsG0180003360.01.T02 AT3G04180 37.879 198 112 4 26 217 26 218 1.16e-38 134
MsG0180003360.01.T02 AT5G39120 36.364 220 122 5 7 220 12 219 1.80e-38 133
MsG0180003360.01.T02 AT1G72610 38.542 192 111 2 30 220 19 204 2.63e-38 132
MsG0180003360.01.T02 AT5G39150 37.619 210 119 5 19 220 14 219 3.78e-38 132
MsG0180003360.01.T02 AT3G04190 38.660 194 108 4 26 213 26 214 5.78e-38 132
MsG0180003360.01.T02 AT5G39180 38.208 212 115 6 19 220 14 219 6.40e-38 132
MsG0180003360.01.T02 AT5G39190 35.185 216 106 5 11 220 10 197 3.91e-34 121
MsG0180003360.01.T02 AT5G39160 35.185 216 106 5 11 220 10 197 5.06e-34 121
MsG0180003360.01.T02 AT1G10460 34.146 205 125 5 23 221 16 216 5.73e-34 121
MsG0180003360.01.T02 AT1G74820 35.185 216 128 6 7 219 18 224 1.83e-31 115
MsG0180003360.01.T02 AT5G38910 33.023 215 99 6 10 220 9 182 1.51e-24 96.3
MsG0180003360.01.T01 AT3G10080 66.500 200 57 1 22 211 22 221 3.29e-102 295
MsG0180003360.01.T01 AT3G10080 66.500 200 57 1 22 211 93 292 2.51e-101 295
MsG0180003360.01.T01 AT1G18980 43.662 213 106 5 5 209 12 218 1.20e-48 159
MsG0180003360.01.T01 AT1G02335 39.394 198 112 3 24 213 22 219 5.86e-48 157
MsG0180003360.01.T01 AT1G18970 41.315 213 111 5 5 209 12 218 6.87e-48 157
MsG0180003360.01.T01 AT3G62020 39.904 208 114 5 16 213 13 219 3.11e-46 152
MsG0180003360.01.T01 AT3G04200 42.995 207 105 5 9 202 9 215 7.42e-46 152
MsG0180003360.01.T01 AT5G26700 37.895 190 111 4 30 213 25 213 3.41e-45 150
MsG0180003360.01.T01 AT1G09560 40.404 198 110 4 24 213 22 219 5.86e-45 149
MsG0180003360.01.T01 AT3G05930 38.384 198 113 3 25 213 22 219 6.59e-43 144
MsG0180003360.01.T01 AT5G38960 42.786 201 102 5 22 209 22 222 9.45e-43 144
MsG0180003360.01.T01 AT5G20630 40.860 186 104 2 30 209 22 207 1.01e-42 143
MsG0180003360.01.T01 AT5G38910 40.094 212 114 6 10 209 9 219 1.58e-42 143
MsG0180003360.01.T01 AT5G38940 41.117 197 104 5 25 209 25 221 1.89e-42 143
MsG0180003360.01.T01 AT5G38940 41.117 197 104 5 25 209 49 245 3.18e-42 143
MsG0180003360.01.T01 AT3G04170 38.813 219 120 5 8 214 7 223 4.48e-42 142
MsG0180003360.01.T01 AT5G39160 40.191 209 112 6 11 209 10 215 7.12e-42 141
MsG0180003360.01.T01 AT3G05950 40.099 202 109 4 26 215 26 227 1.58e-41 140
MsG0180003360.01.T01 AT4G14630 39.189 222 119 7 3 209 2 222 1.68e-41 140
MsG0180003360.01.T01 AT5G39190 39.437 213 112 6 11 209 10 219 2.78e-41 140
MsG0180003360.01.T01 AT5G39160 39.437 213 112 6 11 209 10 219 3.64e-41 139
MsG0180003360.01.T01 AT5G39130 38.967 213 113 6 11 209 10 219 4.19e-41 139
MsG0180003360.01.T01 AT5G38930 40.000 200 108 5 22 209 22 221 8.41e-41 139
MsG0180003360.01.T01 AT5G61750 41.436 181 91 5 22 192 15 190 1.07e-40 138
MsG0180003360.01.T01 AT3G62020 41.714 175 96 4 44 213 17 190 1.91e-40 137
MsG0180003360.01.T01 AT5G39110 38.693 199 109 5 24 209 22 220 1.10e-39 136
MsG0180003360.01.T01 AT3G04150 40.376 213 114 5 8 207 7 219 1.31e-39 136
MsG0180003360.01.T01 AT5G39120 37.500 216 114 6 7 209 12 219 9.53e-39 133
MsG0180003360.01.T01 AT5G39150 38.835 206 111 6 19 209 14 219 2.05e-38 132
MsG0180003360.01.T01 AT5G39180 38.835 206 111 6 19 209 14 219 3.15e-38 132
MsG0180003360.01.T01 AT1G72610 39.247 186 107 2 30 209 19 204 4.18e-38 131
MsG0180003360.01.T01 AT3G04150 38.053 226 114 5 8 207 7 232 7.22e-38 132
MsG0180003360.01.T01 AT3G04180 38.342 193 107 5 26 206 26 218 1.93e-37 130
MsG0180003360.01.T01 AT3G04190 39.153 189 103 5 26 202 26 214 7.89e-37 128
MsG0180003360.01.T01 AT5G39190 37.073 205 106 5 11 209 10 197 4.33e-36 126
MsG0180003360.01.T01 AT5G39160 37.073 205 106 5 11 209 10 197 6.51e-36 125
MsG0180003360.01.T01 AT1G10460 34.158 202 118 5 23 210 16 216 6.46e-34 121
MsG0180003360.01.T01 AT1G74820 35.238 210 125 5 7 208 18 224 9.75e-31 113
MsG0180003360.01.T01 AT5G38910 33.333 210 94 6 10 209 9 182 2.22e-24 95.5

Find 47 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 59 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CCTTCTGCTGTGTTTGGTTC+AGG 0.218464 1:+61072395 MsG0180003360.01.T02:CDS
GCAAGAACAGATATTGAAAT+TGG 0.257093 1:+61072137 MsG0180003360.01.T02:CDS
CTAATCTACCTTTCTTGTTT+AGG 0.257806 1:-61072494 None:intergenic
GGAAAATTTGTAGGGTTTGC+AGG 0.300532 1:-61072086 None:intergenic
TCTTCTGCACTCCAGGATTC+TGG 0.310068 1:-61072370 None:intergenic
GATGAAGTTGTTACTTTGTT+TGG 0.346407 1:+61072335 MsG0180003360.01.T02:CDS
AAGATACCTTCTGCTGTGTT+TGG 0.348538 1:+61072389 MsG0180003360.01.T02:CDS
CTTCTGCTGTGTTTGGTTCA+GGG 0.370663 1:+61072396 MsG0180003360.01.T02:CDS
GATTCAAGGAAAAGTGTATT+CGG 0.373900 1:+61072211 MsG0180003360.01.T02:CDS
ATGGAAGCTAATATTGGGTT+TGG 0.377081 1:-61071936 None:intergenic
TCAGGAAACTTCTCAGAAAC+AGG 0.378732 1:+61072050 MsG0180003360.01.T02:CDS
CAGAAGTCTTGAACTGGATC+AGG 0.380575 1:-61071909 None:intergenic
ATTCAAGGAAAAGTGTATTC+GGG 0.402862 1:+61072212 MsG0180003360.01.T02:CDS
TGTCTACACAAAAGAACCTT+TGG 0.410688 1:+61071832 MsG0180003360.01.T02:CDS
GGATTGAGTTCTAAACAGAT+TGG 0.444234 1:+61072449 MsG0180003360.01.T02:CDS
TGTATTAGTTCAGTGGCTCT+TGG 0.445377 1:-61072185 None:intergenic
ACTTGAACAAGGTGAGGTTA+TGG 0.446223 1:+61072271 MsG0180003360.01.T02:CDS
TTGAGACCTGGAAAATTTGT+AGG 0.448182 1:-61072095 None:intergenic
GAACTAATACATGTGATTCA+AGG 0.461345 1:+61072197 MsG0180003360.01.T02:CDS
GAAGGTATCTTCTGCACTCC+AGG 0.463615 1:-61072377 None:intergenic
TTCTCCAACATGAAAACATC+AGG 0.464520 1:+61072032 MsG0180003360.01.T02:CDS
GGTATGCAGAAGTCTTGAAC+TGG 0.465508 1:-61071915 None:intergenic
GTTGGAGAAGATAAAGTCAT+TGG 0.494642 1:-61072018 None:intergenic
ATAAAATGCACAAGTCCTCT+AGG 0.519148 1:-61072299 None:intergenic
AGAACAGATATTGAAATTGG+AGG 0.530145 1:+61072140 MsG0180003360.01.T02:CDS
TTTCCAGGTCTCAACACACT+AGG 0.535831 1:+61072104 MsG0180003360.01.T02:CDS
AATTAGATCCTAAACAAGAA+AGG 0.545557 1:+61072486 MsG0180003360.01.T02:CDS
AATCACATGTATTAGTTCAG+TGG 0.548042 1:-61072192 None:intergenic
GTCTGAGGCTAATGTGGTGA+TGG 0.550261 1:-61071886 None:intergenic
TGAGACCTGGAAAATTTGTA+GGG 0.555602 1:-61072094 None:intergenic
ATCCCTAGTGTGTTGAGACC+TGG 0.557920 1:-61072107 None:intergenic
TGTGGTGATGGCTAAGTTGA+GGG 0.572606 1:-61071874 None:intergenic
TTCCAGGTCTCAACACACTA+GGG 0.576341 1:+61072105 MsG0180003360.01.T02:CDS
GCATGGGAGAATGGTGTGAA+AGG 0.587406 1:-61071973 None:intergenic
AGAAGTCTTGAACTGGATCA+GGG 0.590746 1:-61071908 None:intergenic
AAATAGAGAGCAAAAGCCAA+AGG 0.599549 1:-61071848 None:intergenic
TTGAACTGGATCAGGGTCTG+AGG 0.599642 1:-61071901 None:intergenic
CCTGAACCAAACACAGCAGA+AGG 0.603153 1:-61072395 None:intergenic
ATCAGGGTCTGAGGCTAATG+TGG 0.603475 1:-61071892 None:intergenic
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CRISPR-GE

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!!! GTTTTAATGGAAGCTAATAT+TGG - Chr1:61071945-61071964 None:intergenic 25.0%
AATCACATGTATTAGTTCAG+TGG - Chr1:61072195-61072214 None:intergenic 30.0%
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! GTGCATTTTATGATGAATGT+TGG + Chr1:61072311-61072330 MsG0180003360.01.T02:CDS 30.0%
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!! GATGAAGTTGTTACTTTGTT+TGG + Chr1:61072335-61072354 MsG0180003360.01.T02:CDS 30.0%
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! GTTTCCTGATGTTTTCATGT+TGG - Chr1:61072039-61072058 None:intergenic 35.0%
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