AlfalfaGEDB | MS.gene45641

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene45641

KEGG: K15601
GO: -
PFAM: PF02373.25

Nr:

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MS.gene45641.t1	RHN82614.1	82	1067	146	6	1	1038	1	1050	0.00E+00	1652.1

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Swissprot:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene45641.t1	Q9SSE9	49.3	752	308	6	328	1028	154	883	5.2e-206	719.5

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene45641.t1	G7IE70	82.0	1067	146	6	1	1038	1	1050	0.0e+00	1652.1

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
MS.gene45641.t1	TR	Jumonji

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049142	MS.gene45641	0.842923	1.92E-58	-1.69E-46
MS.gene049159	MS.gene45641	0.844356	7.95E-59	-1.69E-46
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MS.gene049368	MS.gene45641	0.825091	5.66E-54	-1.69E-46
MS.gene049850	MS.gene45641	0.84138	4.92E-58	-1.69E-46
MS.gene049983	MS.gene45641	0.808881	2.49E-50	-1.69E-46
MS.gene050689	MS.gene45641	0.833101	6.47E-56	-1.69E-46
MS.gene051744	MS.gene45641	0.816234	6.14E-52	-1.69E-46
MS.gene052516	MS.gene45641	0.816035	6.81E-52	-1.69E-46
MS.gene052518	MS.gene45641	0.807955	3.92E-50	-1.69E-46

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	bit score
MS.gene45641.t1	MTR_1g114150	87.160	1067	91	7	1	1038	1	1050	1820
MS.gene45641.t1	MTR_1g114150	85.983	956	88	7	1	927	1	939	1590
MS.gene45641.t1	MTR_1g114130	73.901	1046	210	12	7	1038	42	1038	1449
MS.gene45641.t1	MTR_1g069565	78.497	772	121	5	302	1038	120	881	1209
MS.gene45641.t1	MTR_1g069565	72.135	829	129	7	302	1038	120	938	1161
MS.gene45641.t1	MTR_1g114070	74.278	727	175	4	313	1038	209	924	1103
MS.gene45641.t1	MTR_5g065200	73.997	723	169	4	318	1038	129	834	1084
MS.gene45641.t1	MTR_5g047620	69.837	673	178	8	385	1038	131	797	937
MS.gene45641.t1	MTR_0020s0100	63.429	659	179	10	385	1021	73	691	821
MS.gene45641.t1	MTR_7g117445	46.848	809	315	18	325	1037	136	925	672

Showing 1 to 10 of 46 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene45641.t1	AT1G11950	50.698	716	313	12	325	1036	189	868	0.0	704
MS.gene45641.t1	AT1G11950	50.698	716	313	12	325	1036	189	868	0.0	704
MS.gene45641.t1	AT1G62310	50.426	704	315	13	328	1025	208	883	0.0	686
MS.gene45641.t1	AT1G11950	48.690	649	293	12	325	969	189	801	0.0	600
MS.gene45641.t1	AT4G00990	44.416	770	328	16	329	1027	80	820	0.0	593
MS.gene45641.t1	AT3G07610	57.551	490	186	4	540	1028	415	883	0.0	565
MS.gene45641.t1	AT3G07610	45.408	196	106	1	328	523	154	348	1.21e-49	191
MS.gene45641.t1	AT3G07610	54.813	509	192	5	540	1028	415	905	2.48e-176	543
MS.gene45641.t1	AT3G07610	45.408	196	106	1	328	523	154	348	1.62e-49	191
MS.gene45641.t1	AT4G00990	42.582	728	318	16	329	985	80	778	7.39e-173	525

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Find 227 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGTGCTGATCATGGATG+GGG	0.670907	1.3:-77013367	None:intergenic
AAACAACACTGGTGCTGAAA+CGG	0.491743	1.3:+77002903	MS.gene45641:CDS
AAACAGCATCTCCTAGCTTC+TGG	0.362555	1.3:-77013552	None:intergenic
AAAGCCTGTTAGGAATGAAG+AGG	0.611246	1.3:+77005463	MS.gene45641:CDS
AACAGGGGAAGGTGCTGATG+TGG	0.587266	1.3:+77003284	MS.gene45641:CDS
AACTCAGAGATGCAATTTGG+TGG	0.552022	1.3:-77005359	None:intergenic
AAGACAGAGAAGAAGAAACC+TGG	0.600967	1.3:+77003495	MS.gene45641:CDS
AAGATAAACTCAAACTCAAT+TGG	0.397071	1.3:-77005146	None:intergenic
AAGCTATTGATTGCTTAGAT+TGG	0.456101	1.3:+77005735	MS.gene45641:CDS
AAGGAAAATAAAACAGGGGA+AGG	0.587449	1.3:+77003273	MS.gene45641:CDS

Showing 1 to 10 of 227 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr1.3	gene	77002889	77015491	77002889	ID=MS.gene45641
chr1.3	mRNA	77002889	77015491	77002889	ID=MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641
chr1.3	exon	77002889	77003848	77002889	ID=MS.gene45641.t1.exon1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77002889	77003848	77002889	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77003969	77004084	77003969	ID=MS.gene45641.t1.exon2;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77003969	77004084	77003969	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77004275	77004374	77004275	ID=MS.gene45641.t1.exon3;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77004275	77004374	77004275	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77004456	77004594	77004456	ID=MS.gene45641.t1.exon4;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77004456	77004594	77004456	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77004886	77004949	77004886	ID=MS.gene45641.t1.exon5;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77004886	77004949	77004886	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77005028	77005763	77005028	ID=MS.gene45641.t1.exon6;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77005028	77005763	77005028	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77006727	77007056	77006727	ID=MS.gene45641.t1.exon7;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77006727	77007056	77006727	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77007543	77007875	77007543	ID=MS.gene45641.t1.exon8;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77007543	77007875	77007543	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77013359	77013431	77013359	ID=MS.gene45641.t1.exon9;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77013359	77013431	77013359	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77013530	77013615	77013530	ID=MS.gene45641.t1.exon10;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77013530	77013615	77013530	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77014547	77014666	77014547	ID=MS.gene45641.t1.exon11;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77014547	77014666	77014547	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	exon	77015433	77015491	77015433	ID=MS.gene45641.t1.exon12;Parent=MS.gene45641.t1
chr1.3	CDS	77015433	77015491	77015433	ID=cds.MS.gene45641.t1;Parent=MS.gene45641.t1

Gene Sequence

>MS.gene45641

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