AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene057598


Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MS.gene057598.t1 MTR_6g074160 44.828 87 35 4 809 889 22 101 4.36e-11 61.6
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score

Find 0 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
33145 gene 8366 15445 8366 ID=MS.gene057598
33145 mRNA 8366 15445 8366 ID=MS.gene057598.t1;Parent=MS.gene057598
33145 exon 14677 15445 14677 ID=MS.gene057598.t1.exon1;Parent=MS.gene057598.t1
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33145 exon 13644 14265 13644 ID=MS.gene057598.t1.exon2;Parent=MS.gene057598.t1
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33145 exon 13316 13487 13316 ID=MS.gene057598.t1.exon3;Parent=MS.gene057598.t1
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33145 exon 11976 12327 11976 ID=MS.gene057598.t1.exon4;Parent=MS.gene057598.t1
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33145 exon 11037 11150 11037 ID=MS.gene057598.t1.exon5;Parent=MS.gene057598.t1
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33145 exon 10493 10844 10493 ID=MS.gene057598.t1.exon6;Parent=MS.gene057598.t1
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33145 exon 9268 9493 9268 ID=MS.gene057598.t1.exon7;Parent=MS.gene057598.t1
33145 CDS 9268 9493 9268 ID=cds.MS.gene057598.t1;Parent=MS.gene057598.t1
33145 exon 8366 8587 8366 ID=MS.gene057598.t1.exon8;Parent=MS.gene057598.t1
33145 CDS 8366 8587 8366 ID=cds.MS.gene057598.t1;Parent=MS.gene057598.t1
Gene Sequence

>MS.gene057598

AATGGACATTGCCCGGCACAAACCGTATAATCCCTTGAATATGTCTGGGCGACATGTTAAAGGTTTGTATTGGTGGAATCAAAGTGGTTCACTTGGGGAAAGAGATGGCGATATTGATGCTTTGGATGATAAAATGAAGTCTGCTGGGCGATACTGGTCCGGAAAGTATATGGCTTTAGAACGACATAAAAGCTTCAAGCGCCTACGTCTTGTTGCTCCAAAATTGTCACCTCATACAACACAAGATGAGTTTATACCTTTATCAGATGTTGGTACATCTCAAGGAGCTGACAGTGAACCCGACTCTAAAATTTCATCATCACTTGAAGAATCTTGGGAAGATGAAATGTTAAATAAAACCAGGGAGTTCAACAAACTGACAAGGGAGAACCCGCATGATGAAATAGTTTGGTTACATTTTGCCGAGTTCCAAGATAAGGTTGCAGGAATGCAACGGCAGAAAGGTGCTCGCTTGCAAATACTTGAAAAGAAAATTAGCATTCTGGAGAAGGCAGTTGAGCTTAACCCAGAGAATGAAAATCTATTACTTTGCCTTTTAAAAGCTTATCAAACAAGAGATAGCTCAGATGTGTTAATTGGGAGATGGGAGAAAATACTCTTACAACATTCTGGAAGTTACAAGTTATGGAGTGAATTCTTGCATGTTGTTCAGAGGAATTTCTCCAAGTTCAAGGTTTCCATGGTTAGGAAGATGTATGCTTATGCTATTGAAGCTTTGTCTGCTTCAGGCAGCAAGCACTCTAGGCAGGTTCTCAGCTTTTTTATGCTTACCCTCTTCTTATTTTTGCGTGAATTTGAGTATTCTCCATCTTTTTTCAATTTATTATCTTGTTTGAACAGACTTGGATGCTCAGATCACTAACTTGGATGAATGATAATATTATAGGGAAAATCTTATTTAATTTCTTTTTTTTTTCCCCTTAAAAGTGGTTGGAAAATGACAGATTTATCTGTTTGATAATGAAATCTTGTATACTGTCATTTTTATCCATTGATGGGAAGAACAAAGTTGAACTAACCTATTTTTGCTTACATTTTGGAGATGTATAAACTATCACATAATTTCCATGATTGTGTCACTTAGTAATTTCTTTTTTCATGTAAATATTTCAGAAGATCCTCAAATAGGTTTTAAATGGAAAAACTTTATTTTTAGCAGGCTCTTCAAGCTGATGATTCTTCACCGGATCCTGCAATTGTTCAGCAAGAACTTCGTGTTGTAGATATATTTCTCAGTCTTTGCAGATTTGAGTGGCAGGCTGGTTATAGAGAAGTTGCCACTGCTTTATTTCAGGCTGAAATTGAGTTTAGTTTATTTTGTCCTCCTTTGCTACTCACAGAGCAGAGTAAGCAACGACTGTTTGAGCATTTTTGGAATAGTCATGGTGCTAGAGTCGGAGAAGAAGGGGCTCTCGGTTGGTCCACATGGTTGGAGAAAGAGGAGGAAACTAGGCAACGAGTCGTCAAAGAGGAGCTCTCACATGAAAATGAAGGCGGGGGTTGGTCTGGTTGGTCAGAACCTTTGTCTAAAGATAAGGAGGGTACGGCCAATTTTGAAAATGAAATTGACATTGATTTGGTTATGGAGGATAATCAAGATGAGGATGAATATAAAGATGTTGAGCCTGAAGATGATACTGAGAATTTGCTAAAGCTGCTGGGAATTGATATTAATGCTGGGGATGGGGGAGAAGTTAATGACACTTTGACCTGGATCAAATGGTCAGAAGAAGAGTCTTCTAGAGATTGTGATCAGTGGATGCCTATTCGAAGGAAGTTAGGTAGGATTTTCTCTCTGAATTCATGACTTTACTTCTCTTGAAATGTATTTGTGCGTGTCTATGTTATACACTTTTTTTGCATATTTTCTTTTGAATGTGATCCAGTTTCATTACAAACATCATGCTTATTTGAATTTGTTGATTAACCATGAACAGATACAACCTCTTCTACTAGTGAAGCACTCGAAACAGAAGAGGATGAGAAACTCTCGAGAATCATATTGTATGAAGATGTAAGCGAATACCTTTTCACCCTGAACACAAAAGAGGCTCGACTATATTTGGTGTCCCAATTCATTGACTTCTATGGTGGGAAGACGTCTCAATTGTAAGTTTTTAGGTGTAAATATCACAACTTAGGTTTAGACTTATTCCGTGTTAAGAGTCTGATGTGCTACCGCTGGTTCAAAGTATTAGGTTTTTTTACCTTCCATATTTGACAGATATGCATATTAATTGCTAGAGAACTCCATTATTAGTGGCTCTGTCCTTCTTTGTTGGCTTCTGGCTTATACGTATTTGTGTTTGAGCTGTATTATTTTGACACAACGTACAATTTTTTGACAACAATTTGGATGGTTAATGCAGTTCAAATATCTGGTTAATTACGTGATTAGTGAATATAATGAAGTGTCGCAACTCACTAGCCAATAACCATCCACATAACACCATGAACCATGATTTTCAGGTGTATGTGAATACAGATTTTGGTCATTCTATTTTGGGTTCAGTTTGGTTGGATACTCTCCCGACGGAGTTACATCTTGATTTCTATCGTGATAGAGTTGGTTTGCCCAACTATAGGTTTCCTTAGCTAGTTATAGGCAGCTGTTTCTTTTCTTTTTCTGTTTTCTCTTGGAGGGCCTCCTTTTGTATATATTTTTTCCTTTCTTTAATAAATTTTCAGAGATTGGCGACAGAGGATGGAGGTATCCCGGGGTGCCAACCTAGTTGGGATGTCGGTGCTGCCTCCTGATGTCCGTCCTCTCTCCTTGCTTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGAAAATCTTGTATTTTCAACATAATTTGGATAGTTATAATGGACATCATGTCATCATCTATATTTGAACACCTGAAAGTTATGGATAATTATGCTCAGTGAATGGTTAATGAGTTGTGATACCTTGTTATATTTATTAACCATCCACTGAACGTAATTAACCTCATTTAAACAGTGTTAACCACCAAGTTCTTGTCGACTTTTGTTGTCAAATTTGTCAAAAGGTCATTTATGTTTGTGTTATAAACTTATAACATGTTGATGTCTTTGGTTCTGCTTCATTTTTCTTCTGTAGGTTTTCAACAAACAGTCCAACTTGGACAGAGAACACACTTAGCTTGGAGGATCTGCCAGATTCTATGTTAGAGAAGTTGAAATGCATCCATAACGTTTTGACAAAAGCACAAAGCATTCCTACTAGTTTCACTTTAGATTTTCTATTAGGAAGTTCCATGAGGAATGCTGATATGATGAAATTCGTACGGAATGCAGTCTTACTTTGCTTAACTGTTTTTCCACGTAATCACGTTTTGGAAGAAGCAGTTCTTATTTGTGAAGAGCTTTTTATTACTAAAATGAATTCTTCTAACCGTGGGGTTACGCCATGTCGAGCTTTGGCAAAGTCTCTCTTAAAAAGTGATAGACAGGTACTCATTCCCCTCTCTCTACTTTCTTGCTCCTTTCTGTAGCATAAATAAATTATATTATTTTAACAAGAAATAAGCATCTACAACTATTGCCATGGAAATATTGTAATAACCTAAACTGATATTTGAACTTTATAAATTTAACTTCATACTGGAATCATGTTAAAATTACAGTTAGGGTTACCAGGATTCATTCTACAACTATAGAGCGAATATCAATATGAAATGCTTCTTGAGACATTTCTTTGATTATGATTTGTTGATCTGTTACATTGATCCTTGAAGACTATATATAGACAGACTTCATGGCCTGTAACTAACTTTATAAGTTAGTTACAGGTGCTATGCTAAGCTACGGGTAGCCTACACTAAGTATCATGCAGCTGTAACTAACTTGTGTTAGTTACAGTTGGTTACCTTGATAAAGAGCTATACTATGTGCACTGCACCATACGCTGTGTGTATGCTTAATAAATCAGATAAAATTCAGAAAAGAGAATAATGATTATACTTCAATCTTTCTGTAAGCTGAAGTATTTTTTCCTGCTTGTTTGATTGAAAATTCAGATAAATGAAAACATATTTACGCTTAAAGATTACCAACATGTTATATTTTTCTGCCAGTTCTTATGGTTAAAATGTTGAAATGAAAAGCTGATCAAAGAGGGAAGCCATCTTGTTGCTTGAGGAAATGATCAAAAATAAAATTTCATTGGACAACTGCATATGATGCAATTGTTATTCTGCCTCATTTGTTGTAAATGGTAAGCTTTATCAGATTCTAATTTTTTTTTGACTTTTCGGTTTGTATATTGTTCATTGTAGGATGTTTTGTTGTGTGGTGTATATGCACGAAGAGAGGCTGATTATGGCAATATTGATCTTGCAAGAAAGGTGTTTGATATGGCATTGTTATCTGTGGAAGGGCTTCCTCCCGAGGTATGTACTGTATTATCTGCTGCAACTTGGTTGTATCACCCCTTTATACTTTTTCAAAGTTTTCTTTCATGTAGCACCAACACTTGTATATACAGACACAGTGCGTATTAAAATTTATGGCATTCCTATGTATACACAACCTCCTTTTATTTATTTTTTTGCTTAATTGCATTCATTGACTTGATGGAGTAGGAGATTCAGTCCAATGCACCTCTTCTATATTTATGGTATGCTGAAGTGGAGCTTGCAAATAACACTAACGGTGGTCGTGAATCTTCATATCGTGCGATACATATATTGTCTTGCTTAGGAAATGGTACAAAATACACCCCATTTAAAAGTCAAGCATCAAGTTTGCAACTGCTTAGAGCACGTCAAGGGTTTAAAGAAAAACTGAGAACAGTATTATCATCTTGGTTTCGTGGTATAATAAATGACCAATCTGTCGCTCTGGTATGTTCTGCTTCATTGTTTGAGGAGCTAACTTCTGGATGTGATGCGGGCATTGAAATTTTGGATCAAGCTTTTACTATGGTGCTTCCAGGTTATGCATCTTCATTTGTTTTTCTTCATTTTAGAAAACATAACTGA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Protein sequence

>MS.gene057598.t1

NGHCPAQTVUSLEYVWATCURFVLVESKWFTWGKRWRYUCFGUUNEVCWAILVRKVYGFRTTUKLQAPTSCCSKIVTSYNTRUVYTFIRCWYISRSUQUTRLUNFIITURILGRUNVKUNQGVQQTDKGEPAUUNSLVTFCRVPRUGCRNATAERCSLANTUKENUHSGEGSUAUPREUKSITLPFKSLSNKRULRCVNWEMGENTLTTFWKLQVMEUILACCSEEFLQVQGFHGUEDVCLCYUSFVCFRQQALUAGSSSUUFFTGSCNCSARTSCCRYISQSLQIUVAGWLURSCHCFISGUNUVUFILSSFATHRAEUATTVUAFLEUSWCUSRRRRGSRLVHMVGERGGNUATSRQRGALTUKURRGLVWLVRTFVURUGGYGQFUKUNUHUFGYGGUSRUGUIURCUAURUYUEFAKAAGNUYUCWGWGRSUUHFDLDQMVRRRVFURLUSVDAYSKEVRYNLFYUUSTRNRRGUETLENHIVURCKRIPFHPEHKRGSTIFGVPIHULLWWEDVSIVFNKQSNLDREHTULGGSARFYVREVEMHPURFDKSTKHSYUFHFRFSIRKFHEECUYDEIRTECSLTLLNCFSTUSRFGRSSSYLURAFYYUNEFFUPWGYAMSSFGKVSLKKUUTGCFVVWCICTKRGULWQYUSCKKGVUYGIVICGRASSRGDSVQCTSSIFMVCUSGACKUHURWSUIFISCDTYIVLLRKWYKIHPIUKSSIKFATAUSTSRVURKTENSIIILVSWYNKUPICRSGMFCFIVUGANFWMUCGHUNFGSSFYYGASRKEKPULSTUIFVULLHKDASEASEAIRSDESLGIRFSGPPAISLQSRTFKRCSGSWPLPHNVUUIAADPRUMLLQKTICSCLAFCIVIRDVURWLNPQNPWIIUKGSEUSYALQLSCTVALLHWVUIEHCTUSFCSSTYFLSCYPCLPL