AlfalfaGEDB | MsG0180000200.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180000200.01

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TFs/TRs:

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Protein Kinases:

Gene ID	Type	Classification

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MsG0180000200.01.T01	AT1G11410	37.405	131	66	2	26	140	450	580	8.33e-16	77.4
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MsG0180000200.01.T01	AT4G23320	33.884	121	77	1	20	140	123	240	1.83e-16	79.0
MsG0180000200.01.T01	AT4G23320	41.463	123	42	3	171	263	371	493	1.59e-19	88.2
MsG0180000200.01.T01	AT4G23320	33.884	121	77	1	20	140	144	261	1.79e-16	79.3
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MsG0180000200.01.T01	AT4G21400	39.568	139	75	2	10	140	281	418	3.14e-18	84.3
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Find 55 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 99 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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GTCATTTGTAGCATTACGTA+TGG	0.513783	1:-2750376	None:intergenic
GAAGTCAGATGTATCAGTTT+CGG	0.519082	1:+2751289	MsG0180000200.01.T01:CDS
GGACCTGCATTTCATATGGA+TGG	0.525911	1:+2751713	MsG0180000200.01.T01:CDS
AGCAACAATGGTTCTACCAT+TGG	0.526126	1:+2750101	MsG0180000200.01.T01:CDS
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AAGCCAAAGAAACCGTTTGA+AGG	0.532967	1:+2750197	MsG0180000200.01.T01:CDS
TCTACCATTGGCATCGCTGT+AGG	0.533517	1:+2750113	MsG0180000200.01.T01:CDS
AATGCAGGTCCAAAGGCATT+GGG	0.534235	1:-2751701	None:intergenic
GTGTTGAAGTTGAGTTGTAG+TGG	0.547666	1:-2750354	None:intergenic
GGCATGGAGAAATTGGAAGG+AGG	0.588245	1:+2751518	MsG0180000200.01.T01:intron
GCATGGAGAAATTGGAAGGA+GGG	0.591487	1:+2751519	MsG0180000200.01.T01:CDS
TCTAATGAACTTGGAGAAGG+CGG	0.597856	1:+2750408	MsG0180000200.01.T01:CDS
CATTCTAATGAACTTGGAGA+AGG	0.600661	1:+2750405	MsG0180000200.01.T01:CDS
CATATGAAATGCAGGTCCAA+AGG	0.603478	1:-2751708	None:intergenic
TTTCAGGGGAGGTTATCCAA+TGG	0.604305	1:+2750541	MsG0180000200.01.T01:intron
TGTAGCTAGCAGACCAACCA+TGG	0.613143	1:+2751638	MsG0180000200.01.T01:CDS
CATCACTACAACAGAAGCCA+TGG	0.613967	1:-2751655	None:intergenic
GCACCTGAATATGCTATGCA+CGG	0.624969	1:+2751254	MsG0180000200.01.T01:CDS
AAAGGCATGGAGAAATTGGA+AGG	0.643093	1:+2751515	MsG0180000200.01.T01:intron
TACTCCTACAGCGATGCCAA+TGG	0.643376	1:-2750117	None:intergenic
ACTACAACAGAAGCCATGGT+TGG	0.652313	1:-2751651	None:intergenic
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GAGATTCGGAGTTAAGAATG+AGG	0.663516	1:+2750608	MsG0180000200.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
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!!!	TAAATAATATATATTTTCAG+GGG	+	Chr1:2750527-2750546	MsG0180000200.01.T01:intron	10.0%
!!	AAAAAAACAAAAAGAATTGT+GGG	+	Chr1:2751076-2751095	MsG0180000200.01.T01:intron	15.0%
!!	CCTGAAAATATATATTATTT+AGG	-	Chr1:2750528-2750547	None:intergenic	15.0%
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!!!	TTTTGTTTTTTTCCTGTGTT+TGG	-	Chr1:2751068-2751087	None:intergenic	25.0%
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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
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Gene Sequence

>MsG0180000200.01.T01

TTGGTAAGGAGAGATTTGGTTTGTGCAGGAAAAAGCAACAATGGTTCTACCATTGGCATCGCTGTAGGAGTACCAATTGCTCTTGTTGCTATGGTCTTCATTTTTATCTGCATCTATTTGAGAGTAAGGAAGCCAAAGAAACCGTTTGAAGAAATTCAAGAAGAAGAATATGATGAAGAAGATAAAATTGAAAGTCCTGAACCACTACAACTCAACTTCAACACCATACGTAATGCTACAAATGACTTCTCGCATTCTAATGAACTTGGAGAAGGCGGATTCGGGGTTGTTTACAAAGGGAGGTTATCCAATGGACAAGAGATTGCTGTCAAAAGGTTGTCAATGAGTTCAGGACAAGGAGATTCGGAGTTAAGAATGAGGTGCTTTGTTCTGGATGAATACGAAGCTCATAATTGCATTGCTACAAAATCAAATTGGTTGGGTATGTTATATGCAGATCAAGTTAAGAGAGCACAGTTAATTGGGAAATGCGCTACAGAATCATTTAGTGGATATATGGCACCTGAATATGCTATGCACGGACAATTTTCAGTGAAGTCAGATGTATCAGTTTCGGCATGGAGAAATTGGAAGGAGGGAACTGCAACAAGTATCATAGATCCCACATTAAACAATGACTCACGAAATGAAATGTTGAGATGTATCCATATTGGATTACTTTGTGTTCAAGAGAATGTAGCTAGCAGACCAACCATGGCTTCTGTTGTAGTGATGCTTAATAGTGATTCTGTTACTCTCCCAATGCCTTTGGACCTGCATTTCATATGGATGGCAGTATGA

Protein sequence

>MsG0180000200.01.T01

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