AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene20635


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Find 99 sgRNAs with CRISPR-Local

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
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ATAGATTTGAATGGAATTTA+AGG 0.130183 6.3:-3917497 MS.gene20635:CDS
CCTAACATTGTTGGAATTAT+AGG 0.163937 6.3:-3932495 MS.gene20635:intron
TATTGTTCGTGGCAAGAAAA+TGG 0.258062 6.3:-3919643 MS.gene20635:CDS
CAAGAGAGGATGATGAGTTT+TGG 0.258419 6.3:-3917243 MS.gene20635:CDS
TTCAGAAGAAGTTGGGGATT+TGG 0.271337 6.3:-3925163 MS.gene20635:intron
TTGGACTATGCAATAGTTTC+AGG 0.280871 6.3:-3917804 MS.gene20635:CDS
GTCAACATTGGGGAAATAAA+TGG 0.286339 6.3:-3917362 MS.gene20635:CDS
ATAATAATAAAGGGAACATT+AGG 0.324659 6.3:-3917440 MS.gene20635:CDS
TGTTTGGAGTGAGTTGTTAT+TGG 0.327188 6.3:-3917289 MS.gene20635:CDS
GGTGAAGAAAGAATTGTAAA+TGG 0.327992 6.3:-3917897 MS.gene20635:CDS
TCAACTTCACCTTCATTCAT+AGG 0.334093 6.3:+3917525 None:intergenic
TTTATAATCTTGTAGAAAGT+TGG 0.335730 6.3:+3931727 None:intergenic
GAGTCCTTGTGTATATCCTT+TGG 0.337776 6.3:+3917999 None:intergenic
GGCTAAAGTAATACCTGAAT+TGG 0.341207 6.3:-3917823 MS.gene20635:CDS
TTCTAATTTCAGAAGAAGTT+GGG 0.342762 6.3:-3925170 MS.gene20635:intron
AAGTTGGGGATTTGGCTTCT+TGG 0.346543 6.3:-3925155 MS.gene20635:CDS
CACTAGATGAAAGTTTAAAA+AGG 0.354643 6.3:-3925088 MS.gene20635:CDS
ACACTGGAGGGTATTGTAAT+AGG 0.355757 6.3:-3917554 MS.gene20635:CDS
TTTCTAATTTCAGAAGAAGT+TGG 0.361623 6.3:-3925171 MS.gene20635:intron
CCTATAATTCCAACAATGTT+AGG 0.361826 6.3:+3932495 None:intergenic
GTCAGCACAGTTGCTAAGTA+TGG 0.364283 6.3:+3931673 None:intergenic
ACTTCACTCTAATGATACTA+TGG 0.364805 6.3:-3917938 MS.gene20635:CDS
ACTATTGCATAGTCCAATTC+AGG 0.372012 6.3:+3917810 None:intergenic
TCGACAAAGTCGATGAAGAT+TGG 0.375886 6.3:-3917845 MS.gene20635:CDS
CAATCAGTTCCTAACATTGT+TGG 0.382562 6.3:-3932504 MS.gene20635:CDS
ATTGTAAATGGAACAGATAC+AGG 0.384826 6.3:-3917885 MS.gene20635:CDS
TTCTTTCTTCACCTACGATT+AGG 0.385069 6.3:+3917907 None:intergenic
ACGTACCCTTCCTTTCTTGT+TGG 0.385691 6.3:+3931528 None:intergenic
TGGACATCCTGGTCAACATT+GGG 0.397368 6.3:-3917373 MS.gene20635:CDS
CAATAGTTTCAGGTGGTCAT+TGG 0.403480 6.3:-3917794 MS.gene20635:CDS
AACAAGTCCAACACCATTGA+TGG 0.405041 6.3:+3931588 None:intergenic
TGTACTCATTGGTGTTTGCC+TGG 0.407134 6.3:-3917321 MS.gene20635:CDS
TGCCTGGTGCTATTGATGTT+TGG 0.409370 6.3:-3917305 MS.gene20635:CDS
TTGATTTGAATAGATTTGAA+TGG 0.414335 6.3:-3917506 MS.gene20635:CDS
ACAAACTAACCTGTGACAAT+AGG 0.417084 6.3:+3919571 None:intergenic
ATTAGAGTGAAGTCATACTT+TGG 0.417119 6.3:+3917948 None:intergenic
CAACAATGTTAGGAACTGAT+TGG 0.419025 6.3:+3932505 None:intergenic
TTAGAGTGAAGTCATACTTT+GGG 0.428231 6.3:+3917949 None:intergenic
GGCAAGAAAATGGCTTTCAT+TGG 0.428699 6.3:-3919633 MS.gene20635:CDS
CTACAAGATTATAAAGAAGA+AGG 0.431977 6.3:-3931719 MS.gene20635:CDS
TTTATCTATGCCAACAAGAA+AGG 0.433023 6.3:-3931538 MS.gene20635:CDS
GTTATAATGATTGTACTCAT+TGG 0.437005 6.3:-3917332 MS.gene20635:CDS
CATCAAGGTGGAAAATTACT+AGG 0.437508 6.3:-3917750 MS.gene20635:CDS
ATTGGAAGTTCACATTGTTC+AGG 0.440877 6.3:+3919690 None:intergenic
AGGAGAGACATACATCAATA+TGG 0.444670 6.3:+3925031 None:intergenic
GTGACGATGAAAAGGCTGTT+TGG 0.446823 6.3:+3931610 None:intergenic
CGACAAAGTCGATGAAGATT+GGG 0.448640 6.3:-3917844 MS.gene20635:CDS
TTGTTTCAAGCATGGAAGAA+TGG 0.459190 6.3:-3919742 MS.gene20635:intron
TCTCCTTTGCCTATTGTCAC+AGG 0.460734 6.3:-3919580 MS.gene20635:intron
CATCGACTTTGTCGAAATGA+AGG 0.473877 6.3:+3917853 None:intergenic
GAATTTAAGGAATGTTCAAA+TGG 0.478101 6.3:-3917484 MS.gene20635:CDS
TGTTGACCAGGATGTCCATC+TGG 0.485346 6.3:+3917378 None:intergenic
AATTGCAAGGAATGTAGAAA+AGG 0.491965 6.3:-3917636 MS.gene20635:CDS
TTCTGTGGCTAGGAACCATA+TGG 0.493544 6.3:-3919607 MS.gene20635:CDS
TCTTGCCACGAACAATATTG+AGG 0.495991 6.3:+3919649 None:intergenic
AGGCTGTTTGGAGTGACAAA+AGG 0.500241 6.3:+3931622 None:intergenic
TGTTATTGGCTGTTCTTCAA+AGG 0.500483 6.3:-3917275 MS.gene20635:CDS
GTTATTGGCTGTTCTTCAAA+GGG 0.504670 6.3:-3917274 MS.gene20635:CDS
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TCATTGGTGATTCTGTGGCT+AGG 0.512931 6.3:-3919617 MS.gene20635:CDS
ATCGTCACCATCAATGGTGT+TGG 0.515540 6.3:-3931595 MS.gene20635:CDS
CATTGATGGTGACGATGAAA+AGG 0.517615 6.3:+3931602 None:intergenic
GGCAAAGGAGAGAATCCATA+TGG 0.524407 6.3:+3919592 None:intergenic
ATGGACATCCTGGTCAACAT+TGG 0.528342 6.3:-3917374 MS.gene20635:CDS
TTACTTACCACGATGGTAAG+AGG 0.531597 6.3:+3925011 None:intergenic
ATGAGACCAGATGGACATCC+TGG 0.532452 6.3:-3917384 MS.gene20635:CDS
GCAGGGACTGTTATCTCGCT+CGG 0.533717 6.3:-3932305 MS.gene20635:intron
GGGGATTTGGCTTCTTGGTG+AGG 0.534202 6.3:-3925150 MS.gene20635:CDS
TATAAAGAAGAAGGATGTGG+AGG 0.543491 6.3:-3931710 MS.gene20635:CDS
TCTATGCCAACAAGAAAGGA+AGG 0.543618 6.3:-3931534 MS.gene20635:CDS
GGCTTTCATTGGTGATTCTG+TGG 0.543843 6.3:-3919622 MS.gene20635:CDS
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CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


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Gene Sequence

>MS.gene20635

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