AlfalfaGEDB | MS.gene74854

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene74854

KEGG: -
GO: GO:0003674 GO:0003676 GO:0005488 GO:0097159 GO:1901363
PFAM: PF14111.9 PF14299.9

Nr:

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MS.gene74854.t1	KEH42136.1	42.5	730	283	11	1	697	1	626	8.40E-111	411.8

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Swissprot:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene74854.t1	Q9ZVQ6	44.1	170	79	6	739	901	108	268	1.6e-33	146.4

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Trembl:

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene74854.t1	A0A072VKI0	42.5	730	283	11	1	697	1	626	6.1e-111	411.8

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
MS.gene049756	MS.gene74854	0.806633	7.48E-50	-1.69E-46
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MS.gene051746	MS.gene74854	0.858534	7.71E-63	-1.69E-46

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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene74854.t1	MTR_2g060030	39.142	746	272	21	3	704	6	613	6.16e-137	427
MS.gene74854.t1	MTR_1g062580	41.733	750	292	22	1	717	1	638	2.08e-134	418
MS.gene74854.t1	MTR_1g078470	91.489	188	12	1	715	902	1	184	1.27e-117	356
MS.gene74854.t1	MTR_5g073130	47.135	384	135	5	249	630	79	396	3.55e-103	326
MS.gene74854.t1	MTR_0073s0040	45.748	341	170	7	331	667	1	330	1.33e-91	294
MS.gene74854.t1	MTR_1g079180	82.081	173	27	3	731	902	96	265	8.58e-91	288
MS.gene74854.t1	MTR_1148s0010	35.603	514	257	12	221	704	12	481	4.79e-84	282
MS.gene74854.t1	MTR_1g079370	69.730	185	47	4	725	902	83	265	1.26e-77	253
MS.gene74854.t1	MTR_1g079380	68.984	187	45	5	725	902	83	265	8.72e-75	247
MS.gene74854.t1	MTR_1g079200	71.751	177	41	4	731	902	92	264	1.18e-73	243

Showing 1 to 10 of 96 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene74854.t1	AT2G02360	43.678	174	82	6	735	901	104	268	4.68e-37	140
MS.gene74854.t1	AT1G09155	41.489	188	90	6	735	902	93	280	2.80e-32	127
MS.gene74854.t1	AT1G80110	40.341	176	95	6	730	901	86	255	1.26e-30	122
MS.gene74854.t1	AT2G02240	37.059	170	100	3	735	901	151	316	1.01e-29	121
MS.gene74854.t1	AT2G02340	40.678	177	92	6	735	901	128	301	5.11e-29	118
MS.gene74854.t1	AT2G02250	31.481	270	156	9	644	901	51	303	1.20e-28	117
MS.gene74854.t1	AT1G56240	40.642	187	91	7	735	901	94	280	4.18e-28	115
MS.gene74854.t1	AT1G56250	40.957	188	91	7	735	902	94	281	8.97e-28	114
MS.gene74854.t1	AT2G02300	33.498	203	101	5	712	902	101	281	1.19e-23	102
MS.gene74854.t1	AT2G02230	32.547	212	99	7	735	902	122	333	2.64e-23	102

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Find 256 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAACGGTCTCTATCCAAAG+TGG	0.623491	1.1:+58825218	None:intergenic
AAAAGAACCAGCTGCATGCG+TGG	0.643531	1.1:-58824818	MS.gene74854:CDS
AAAATTCTTCTTTGTAACAC+TGG	0.475471	1.1:+58825516	None:intergenic
AAACTTGTTATCATTCCTTT+GGG	0.370649	1.1:-58825477	MS.gene74854:CDS
AAATCTAGAGTCATGAAGCA+TGG	0.631395	1.1:-58826287	MS.gene74854:CDS
AAATTATGTGTCTATGATTG+TGG	0.528602	1.1:-58825264	MS.gene74854:CDS
AAATTCAGGCTGATGTCGCA+GGG	0.616293	1.1:-58825011	MS.gene74854:CDS
AAATTCGTGCATAATCAAAA+CGG	0.553630	1.1:+58825202	None:intergenic
AACACCTTATTTGCACCCAA+AGG	0.573062	1.1:+58825462	None:intergenic
AACATGAGTGAGAGAGAGCG+TGG	0.664197	1.1:-58826743	MS.gene74854:CDS

Showing 1 to 10 of 256 entries

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr1.1	gene	58813405	58826762	58813405	ID=MS.gene74854
chr1.1	mRNA	58813405	58826762	58813405	ID=MS.gene74854.t1;Parent=MS.gene74854
chr1.1	exon	58824651	58826762	58824651	ID=MS.gene74854.t1.exon1;Parent=MS.gene74854.t1
chr1.1	CDS	58824651	58826762	58824651	ID=cds.MS.gene74854.t1;Parent=MS.gene74854.t1
chr1.1	exon	58815203	58815274	58815203	ID=MS.gene74854.t1.exon2;Parent=MS.gene74854.t1
chr1.1	CDS	58815203	58815274	58815203	ID=cds.MS.gene74854.t1;Parent=MS.gene74854.t1
chr1.1	exon	58815003	58815112	58815003	ID=MS.gene74854.t1.exon3;Parent=MS.gene74854.t1
chr1.1	CDS	58815003	58815112	58815003	ID=cds.MS.gene74854.t1;Parent=MS.gene74854.t1
chr1.1	exon	58813405	58813819	58813405	ID=MS.gene74854.t1.exon4;Parent=MS.gene74854.t1
chr1.1	CDS	58813405	58813819	58813405	ID=cds.MS.gene74854.t1;Parent=MS.gene74854.t1

Gene Sequence

>MS.gene74854

ATGAGTGAGAGAGAGCGTGGTCGAGAGACAGTGAGAAGCGGTAACCCTAGGTTCCACCACCATGGGCCACCGCGACGGCATTCACCTTCACCGGAAGAAAGGTACTATAGGGGGGGTCGGGGTCCAATCAGGGTGCCACCAAATGGGGGGTATAGGGGAGAGTGGTCTTACGTGAGACCGCGAAGGGGGAAAGCGCTGGAACAGGTGGAAGACGGACGGGACAGGCTTCGGGAGGATCATCGGCATGGAGGTTCGAGGCGGCACGGGCAGTCTAGGGTTAGGGATAGGCATGGTTCAGTATGGTGGGATTATGCTTCAGAGGATTCAAGGGATTTTTGCGAGCCAATTTTGTCTTCCGATGGGCAGGTCATCATGCAGTATTCACGTCATGGTAGGTCACGTGGTGGTGCACGCAAGCATGGTGAGCGATTGCCAATCAAACAAAAACGGTCGAAATCTAGAGTCATGAAGCATGGCAAGTTCGATGATTTTGTAGAAGGGAGCAATGGTAAAGGAAAGCGGCGCCTATCTGTAGCCACAATTAAAAATACGGATTTTCATGATGAGGAGTTAGGTGCAGCTACTGTTAATATTGGACCAGCAGAATCTTTGAAGCCAGGGCAACTACAAACCGCTTCAATTGGTAAAGTAACCCATAATCTTGTATCTTTTTACTTTACCAATGTTCAGGATAATATTTCATATAGTTCTTTAAGGCAAGGTTTTGAGGTTTGTGGAATTATGGAAGATGTGTATTTGGCTAGGAAACGTAATGTTAATGGTGCGTTATTTGGTTTTGTACGGTATAGCAAGGTGAAAGATATTGATAAACTGTTAAAGGCTGTAAACAATGTGTGGTTTGGGGACTGTAAGGTGGTGGCTAAGGTGTCGAGTTACGACCGTTTTGGTAACAAACGCGAAGTAGGAAGTGAGAGGGGTGAGGGAGAAAAAAATTTTGAGGGAGGAAAAAATTATGCTGAGAAAGATAAAATTGTAGAGGGAGAAAAAATTAACGAGGGAGAAAAAAGAAAGATGGGTGGGTTAGCTAAAGAGGGTGTTGGAGCGGGGAAACAGGTGGTGGAGGAGTTGTCGGCGGGTGTTATAGTGAAAGGTCCGGTGGTGCAATCGAAACAGAGGTATGTTCCCAAGTATAATTCTTCTGATGATGATATGTGTTGGGCATCGAAGGGTTTGGTGGTGTCTGTTTTGAATGGGGATTCTATACCAGTGTTACAAAGAAGAATTTTTGATGCGAGTTTTGATAAACTTGTTATCATTCCTTTGGGTGCAAATAAGGTGTTTTTGCGAACTCTTGACGACGGTGATGTGAGTTCTTTATTGTCTGAAGCGGCTGATTTTTTTGATAATTTCTTTTCTAAACCGGTTCGGTGGAATAAGGAAACGTTGTTTCGTGAAAGAGGTGCATGGGTGAGGATTTATGGTGTGCCACTTCATGCATGGAATATAGATTTTTTCAAATTATGTGTCTATGATTGTGGCCGGTTGCTGAAGGTTGATGATACCACTTTGGATAGAGACCGTTTTGATTATGCACGAATTTTATTGTCCACTACAACCTTAGAGATAATCAATACAAGTGCCCAAATAATGATAGATGGGGTACTCTTTGATTTTCAAATTATTGAAGAGTGGGGTTTCTCCTTGGGTGAGGATGCATGTCTGTTTGATGACGAGGAATGTTTAGATGATGAATCTCATGGAACACCAGAAATTCAGGCTGATGTCGCAGGGTGTGGAGATGTTGACGATCTTTTACATCACTTGTCTGAGGATTGGAATAAGGAGGTTAATAATCAAAGTGTTAAACAATCATCCCCTGTAATCTCAGGTTCTAATAATGTGTCACCCTCTATATCTAGACCAACAGCACCATCATTGTCGCAAGATGTGAAGATTTTGTCAAAAGAACCAGCTGCATGCGTGGCTGCTAAGCTAAGGCCGAGTGTGGACTGTTTTGAGCAGATGACAACGCAGACTTGTGAAGTGGTGGGAAATCATAATAGTGTTAAAACGCGGGTTTCTAAGCGAACTTTATCGTGTCCTCCAGGTAGGGTTCGTGCTTCAACGTCTGGTCCGTGGAGTTTGGAATGGGTGAATAAACAAAAACAATTTGCTGCTGAGGTCCCAAAGTTGTTAAAGCCGCAGTTAAATGTTACTTCTTCTTCAACAAGTGGCCGAAGATTTAAAAAGAAAAAAGGAAATGGTTATTTACGTCACTGTGCTCAAAGTATTAAACGAATTGCAAGACTTTCAGAAAAAGATCGTAAGGAGGTCCTTCGGGCCCTGCAAAGGAATATGAAACTACGTAAGGCGGTGTCAGATGGTTCTAAGGCTAAGCTTAAGTCTAATGATGTTTCAATTAATGAGTCCCAGTCATTTGTCAATAATGATCGGGAGAATTAGTTGGTGCTTCATGCTAATAAGGAGAAGACGTCTGAGGATGTATGTGATATTGGGAAGAAAGTTGGTCTTAAATTTGCGGGCGATAAAAACAATATGTTTGATGTTCTGTCAGGGGTGGGGAGGAAAACTCATGGTGGTGGTGGGGAGGATGTGTAGATCGATGTTGAGGGTTATGATGAGGGTGGGGTATTTTGGTGTTGTGTTTTTTTGTCATGAAGATAATTTCTTGGAATGTTAGGGGCTTAGGGAGTGTTGAAAAAAGGAGGGAGGTGTGTAATTTGGTGCGGGAGAAAAAACCTTTTCTTCTCTGTTTACAAGAATCAAAGTTGTCTGTGCTAGATGTGTCTGTTTGTAAATCTATATGGGGTGATATAAATGCTGATTTTTCTTTTCAACCATCAGTAGGAGCATCTGGTGGTATTGTTACTATGTGGGATGTTCAGGAGGTTGAGGTGTGGTCATCTATTTCTTTCAATCATGTCTTGGTGGTTTTAGGGCGATTTGTGAAGACTGAAGAGGAGTTTGTTTTGTTTAATGTGTATGCTCCGTGTGATGCTTCTCGTCAGCAGATGTTATGGAATAATTTATCTTTGAGATTGGGGGCTATGTCAAATCAGAATGTTTGTGTCTGTGGTGATTTTAATGTGGTCCGTTGCATCGACGAACGTCGTAGTGTCGGAAGGGTGTTTAATGCAGTTTGGAGCGACAATTTTAATAACTTTATTGATGGTACTGTTCTCATTGATCTCCCTCTCCGAGGCCGCACATTCACGTGGTTTCGGGGTGACGGGAAGTCTATGAGTCGCATTGACCGGTTTTTGCTGTCTGAAAAATGGTGTTTGACTTGGCCGAGTTGCTCCCAGTTGGCTATGTCTCGTGGTTTGTCGGATCATTGTCCTTTGGTGCTTGCTATTGATGTTGAAAATTGGGGACCCAAACCTTTGCGTATGTTAAAGTGTTGGGAGTCTCTTCCTGGCTATAATAATTTTGTTCGCGAGAAGTGGTTATCCTTTCAGGTGGAGGGTTGTGGTGGCTATGTGTTGAAAGAGAAATTAAAGCTCCTCAAATTGGCTTTAAAAGATTGGCATCAACGTCATTCTAGTAATCTTCCTGCAAGAATTTTGACCCTAAAGGAGAAAATTGTGACTTTAGATTTGAAAGGGGAGACAGTTGATTTAAGTGGTGTAGAGGAGCTTCATAGTTTTTCAGACGAGCTGTTGTCTTTATCCCGTATTCATTCTAGTATTTGTTGGCAACAATCTCGAATTCATTGGTTACATGAAGGAGATGCTAACTCTAAGTTCTTCCATGGTATTATGTCAAATAGGCGTCGAAGGAATTCGATTTCGTTCTTTTACGCGAATGGAAGGTTGGTTGAAGGAGTTCAAAATGTGCGTAATGCTGTGTTCAACCATTTCTCGACATATTTTCAGCCTCATGTTGCTCATCGACCTAGTATGGAAGGCTTGCATTTTTGTACTTTGAATCATAGAAATGGGGCGGCTCTTATAAAGCCATTCTGTTTGGACGAGGTTAAGGCGGCGGTGTGGGATTGTGATAACTTTAAGTGTCCAGGGCCTGATGGGATTAACATTGGTTTCATCAAAGACTTTTGGGACATTTTGAAGGATGATGTGATGCGGTTCTTGTCAGAGTTTCACAGAAATGGTAGATTGGCAAAAGGTATCAACAACACTTTTATTGCTCTTATTCCAAAGATAGATAGTCCCCAACGACTGCATGATTTTAGACCAATTTCTTTGGTGGGTTGTATGTATAAAATTTTGGCGAAAGTGCTTGCTAACAGACTCCGCTCTGTGATTGATTACGTTGTTTCGGACACTCAGTCGGCTTTTATAAAAGGTCGTCAGATTTTGGATGGCATTTTGGTTGCGAATGAAATAGTAGATGAAACACATAAATGTAAAAAAGAATTGATTCTGTTCAAGGTGGATTTTGAGAAAGCTTATGATTCAATAGACTGGGGTTATTTAGATGAGGTTATGGGGAATATGGGATTTCCGACACTTTGGAGAAAATGGATAAAAGAATGCATTGGTACAGCTATTGCTTCGGTTTTGGTAAACAAGTCTCCAACTGATGAGTTTTCTTTGGGGAGGGGGTTGAGACAGGGTGACCCTCTCTCCCCATTTTTGTTCCTGTTAGCTGCGGAAGGTTTTAATGTGTTGATGGAGTCGTTATTGGCTAATAATCTCTTTTCTGGCTATAAGGTGGGTGACGGTAACACGACCGTCGTGTCTCATCTTCAGTTCGCAGATGATACTTTGATTTTGGGAGAAAAGTCGTGGGCTAATATCAGGTCCATGCGTGCTATTCTTATTCTTTTTGAAACTTTGTCGGGTTTAAAGGTGAATTTCTCGAAAAGTCAGTTAGTAGGTGTGAATGTTGCAATGTCTTGGTTGTCAGAAGCGGCTATGGTGCTGAACTGTAAGGTGGGTTCCATTCCCTTTGTGTATCTGGCCTTGCCTATTGGTGGAAACGCTCGGCGCTTGTCTTTTTGGGATCCACTTATTTGTCGTATTAAGACTAGACTGTCGGGTTGGAAATCAAAGCAT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