AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene052286


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Find 75 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GAGAATATGGAAACTATTTC+TGG 0.176008 4.2:-33311837 None:intergenic
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AAACAAATGGGACTCTTATC+TGG 0.263347 4.2:+33316188 MS.gene052286:CDS
CAACCTGCTGTTTCTGATAT+TGG 0.268714 4.2:+33309004 MS.gene052286:CDS
TATCCAACTCTTGAAACTTA+TGG 0.283682 4.2:-33308946 None:intergenic
TGATTCAATTTGAGAGAATA+TGG 0.286182 4.2:-33311850 None:intergenic
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CTTGTCTAATTCAAACTTGT+TGG 0.302176 4.2:-33312413 None:intergenic
GTCACAATGGAGAGTGGTTC+AGG 0.353157 4.2:+33308818 None:intergenic
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TCTGCTGCTTTACCTCCATT+TGG 0.364921 4.2:+33312633 MS.gene052286:CDS
TCTAATATTATGGAGTTAGT+TGG 0.369024 4.2:+33308893 MS.gene052286:CDS
CACTGACCCTTCAGTGTAAT+CGG 0.370692 4.2:-33316223 None:intergenic
GGTAATCAGTAGTTCCTAAC+TGG 0.371023 4.2:-33317878 None:intergenic
TTCCTCCTACATCCGACTCT+TGG 0.384801 4.2:+33311937 MS.gene052286:CDS
TCTGATATTGGTGCTGCTCT+TGG 0.389372 4.2:+33309016 MS.gene052286:CDS
ATTCTGTTGGGCATGGCTGC+TGG 0.394761 4.2:+33311735 MS.gene052286:CDS
ATTAGGTCATTGGAAACAAA+TGG 0.395280 4.2:+33316175 MS.gene052286:intron
ACTATTTCTGGTTCATAACT+TGG 0.407354 4.2:-33311825 None:intergenic
TCCTCCTACATCCGACTCTT+GGG 0.417745 4.2:+33311938 MS.gene052286:CDS
GGAGAAGGCTGAAGCCAGTT+AGG 0.431342 4.2:+33317864 MS.gene052286:CDS
ATCTAAATCATACCCATGTT+CGG 0.433020 4.2:-33312251 None:intergenic
TTTGGAGGAATTTAAGAAAG+TGG 0.440664 4.2:+33312297 MS.gene052286:CDS
GAATAGATGTGATCAGAATC+AGG 0.442822 4.2:-33309061 None:intergenic
GCTCTTGGTTTACCTGCTAA+AGG 0.452773 4.2:+33309031 MS.gene052286:CDS
CTCAGACATTCTGTTGGGCA+TGG 0.454330 4.2:+33311728 MS.gene052286:CDS
GGATTACCTACGCGTGGCGC+TGG 0.455637 4.2:+33312596 MS.gene052286:CDS
ACCTCTTCTATTGCACCAAA+TGG 0.461829 4.2:-33312648 None:intergenic
TGCACTGGATGCGTTGGGTC+TGG 0.462184 4.2:+33317686 MS.gene052286:CDS
ATTGTGATACTTCGCATTGA+CGG 0.462861 4.2:+33311774 MS.gene052286:CDS
GAGTGTGGCTAATCGTCTTA+AGG 0.467071 4.2:+33312324 MS.gene052286:CDS
GGCAAACTCAATGTTGATCA+AGG 0.467889 4.2:+33311912 MS.gene052286:CDS
TCAATGCGAAGTATCACAAT+AGG 0.478613 4.2:-33311771 None:intergenic
GAACCATAAGTTTCAAGAGT+TGG 0.484496 4.2:+33308943 MS.gene052286:CDS
CCATGTTCGGAAAGCAGTGC+TGG 0.491198 4.2:-33312238 None:intergenic
TGGATGCGTTGGGTCTGGTT+CGG 0.497757 4.2:+33317691 MS.gene052286:CDS
CCAGCACTGCTTTCCGAACA+TGG 0.497758 4.2:+33312238 MS.gene052286:CDS
TCAGGATTAGTGCCTTTAGC+AGG 0.506144 4.2:-33309043 None:intergenic
GTTCTCTCAGACATTCTGTT+GGG 0.508617 4.2:+33311723 MS.gene052286:CDS
CCTACGCGTGGCGCTGGACA+CGG 0.510860 4.2:+33312602 MS.gene052286:CDS
TATGGATTGCAGAGATGCAC+TGG 0.517566 4.2:+33317671 MS.gene052286:intron
CTTCAAGCCGATTACACTGA+AGG 0.518538 4.2:+33316216 MS.gene052286:CDS
CAGAGATGCACTGGATGCGT+TGG 0.526584 4.2:+33317680 MS.gene052286:intron
GGTTCTCTCAGACATTCTGT+TGG 0.534972 4.2:+33311722 MS.gene052286:CDS
TCACTATGAGCAACTATGAC+AGG 0.535403 4.2:-33312352 None:intergenic
AACGCAGTAGAAGTTCTAGA+TGG 0.537332 4.2:+33308869 MS.gene052286:CDS
GATCTTCTCGAGTTTCTTAG+CGG 0.539300 4.2:+33311801 MS.gene052286:CDS
TTAGGTCATTGGAAACAAAT+GGG 0.545252 4.2:+33316176 MS.gene052286:intron
GAAAGCACCTTTGATGGAAC+TGG 0.550777 4.2:+33312373 MS.gene052286:CDS
TTCAAGCCGATTACACTGAA+GGG 0.552047 4.2:+33316217 MS.gene052286:CDS
AGAGATGCACTGGATGCGTT+GGG 0.559881 4.2:+33317681 MS.gene052286:intron
CTTAACACCAGTTCCATCAA+AGG 0.563267 4.2:-33312380 None:intergenic
GCTACCCAAGAGTCGGATGT+AGG 0.576491 4.2:-33311942 None:intergenic
TAAGAAAGTGGCATTGAGTG+TGG 0.578123 4.2:+33312309 MS.gene052286:CDS
TTTGCTTGCAGCTATGGAGA+AGG 0.578496 4.2:+33317849 MS.gene052286:intron
CAACAAGTTTGAATTAGACA+AGG 0.580853 4.2:+33312414 MS.gene052286:CDS
GATCTTATAATTCAAGCTCT+CGG 0.591875 4.2:+33311891 MS.gene052286:CDS
CCGTGTCCAGCGCCACGCGT+AGG 0.593030 4.2:-33312602 None:intergenic
AATGGAGGTAAAGCAGCAGA+TGG 0.595006 4.2:-33312630 None:intergenic
TCCATTTGGTGCAATAGAAG+AGG 0.608402 4.2:+33312647 MS.gene052286:CDS
TCTTCTATTGCACCAAATGG+AGG 0.611998 4.2:-33312645 None:intergenic
GCAAACTCAATGTTGATCAA+GGG 0.613637 4.2:+33311913 MS.gene052286:CDS
ACCCAAGAGTCGGATGTAGG+AGG 0.619508 4.2:-33311939 None:intergenic
TTCTGATCACATCTATTCTG+AGG 0.622184 4.2:+33309066 MS.gene052286:CDS
GCACCAATATCAGAAACAGC+AGG 0.624366 4.2:-33309007 None:intergenic
CAGCACTGCTTTCCGAACAT+GGG 0.636593 4.2:+33312239 MS.gene052286:CDS
ACAAGAGTCACAATGGAGAG+TGG 0.640659 4.2:+33308812 None:intergenic
GTAGGTTATCAGCAACATTG+TGG 0.646541 4.2:+33312213 MS.gene052286:intron
ATCGAAGGATTACCTACGCG+TGG 0.650320 4.2:+33312590 MS.gene052286:CDS
GAGCAAGACTGAGTTCAAAG+AGG 0.651775 4.2:+33311701 MS.gene052286:CDS
ACTATTGGCTACCCAAGAGT+CGG 0.657759 4.2:-33311949 None:intergenic
GTTTCTCAATGAGATCAACA+TGG 0.660440 4.2:-33317740 None:intergenic
GAGTTGGATAGAGATAAAGA+TGG 0.666648 4.2:+33308959 MS.gene052286:CDS
GTATTGAATGAATTCACACA+TGG 0.667218 4.2:+33311663 MS.gene052286:CDS
TTTCTCAATGAGATCAACAT+GGG 0.669562 4.2:-33317739 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr4.2 gene 33308824 33317885 33308824 ID=MS.gene052286
chr4.2 mRNA 33308824 33317885 33308824 ID=MS.gene052286.t1;Parent=MS.gene052286
chr4.2 exon 33308824 33309087 33308824 ID=MS.gene052286.t1.exon1;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 CDS 33308824 33309087 33308824 ID=cds.MS.gene052286.t1;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 exon 33311663 33311959 33311663 ID=MS.gene052286.t1.exon2;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 CDS 33311663 33311959 33311663 ID=cds.MS.gene052286.t1;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 exon 33312217 33312435 33312217 ID=MS.gene052286.t1.exon3;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 CDS 33312217 33312435 33312217 ID=cds.MS.gene052286.t1;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 exon 33312540 33312668 33312540 ID=MS.gene052286.t1.exon4;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 CDS 33312540 33312668 33312540 ID=cds.MS.gene052286.t1;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 exon 33316180 33316238 33316180 ID=MS.gene052286.t1.exon5;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 CDS 33316180 33316238 33316180 ID=cds.MS.gene052286.t1;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 exon 33317683 33317777 33317683 ID=MS.gene052286.t1.exon6;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 CDS 33317683 33317777 33317683 ID=cds.MS.gene052286.t1;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 exon 33317860 33317885 33317860 ID=MS.gene052286.t1.exon7;Parent=MS.gene052286.t1
chr4.2 CDS 33317860 33317885 33317860 ID=cds.MS.gene052286.t1;Parent=MS.gene052286.t1
Gene Sequence

>MS.gene052286

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Protein sequence

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