AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0280006436.01

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MsG0280006436.01.T01 AT2G23950 61.905 252 91 2 13 264 274 520 9.74e-108 322
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MsG0280006436.01.T01 AT5G45780 63.821 246 87 2 13 258 275 518 1.90e-106 321
MsG0280006436.01.T01 AT2G23950 63.008 246 86 2 13 258 274 514 9.91e-106 320
MsG0280006436.01.T01 AT4G30520 65.272 239 78 2 20 258 285 518 4.25e-105 319
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MsG0280006436.01.T01 AT5G63710 63.830 235 85 0 11 245 227 461 5.54e-104 314
MsG0280006436.01.T01 AT5G63710 63.830 235 85 0 11 245 263 497 2.41e-103 313
MsG0280006436.01.T01 AT5G63710 63.830 235 85 0 11 245 262 496 2.94e-103 313
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MsG0280006436.01.T01 AT1G09440 44.856 243 131 2 16 258 135 374 1.01e-70 225
MsG0280006436.01.T01 AT1G01540 45.887 231 123 2 16 245 131 360 3.57e-70 221
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MsG0280006436.01.T01 AT4G34440 50.215 233 110 3 26 258 300 526 2.91e-68 223
MsG0280006436.01.T01 AT1G56720 44.033 243 133 2 16 258 157 396 2.96e-68 219
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MsG0280006436.01.T01 AT1G56720 44.033 243 133 2 16 258 157 396 2.96e-68 219
MsG0280006436.01.T01 AT1G56720 44.033 243 133 2 16 258 157 396 2.96e-68 219
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MsG0280006436.01.T01 AT2G18470 48.361 244 119 5 16 258 261 498 6.24e-67 219
MsG0280006436.01.T01 AT2G18470 48.361 244 119 5 16 258 261 498 6.24e-67 219
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MsG0280006436.01.T01 AT5G18500 43.750 240 132 2 19 258 147 383 7.72e-67 215
MsG0280006436.01.T01 AT5G18500 43.750 240 132 2 19 258 147 383 7.72e-67 215
MsG0280006436.01.T01 AT5G18500 43.750 240 132 2 19 258 147 383 7.72e-67 215
MsG0280006436.01.T01 AT5G18500 43.750 240 132 2 19 258 147 383 7.72e-67 215
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MsG0280006436.01.T01 AT1G68690 48.069 233 115 3 26 258 365 591 2.04e-65 216
MsG0280006436.01.T01 AT1G68690 48.069 233 115 3 26 258 365 591 2.04e-65 216
MsG0280006436.01.T01 AT4G34500 43.333 240 131 3 20 257 127 363 2.33e-65 210
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MsG0280006436.01.T01 AT2G42960 43.033 244 135 3 16 258 160 400 2.74e-65 211
MsG0280006436.01.T01 AT2G42960 43.033 244 135 3 16 258 160 400 2.74e-65 211
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MsG0280006436.01.T01 AT1G55610 44.958 238 125 4 23 257 844 1078 6.98e-63 214
MsG0280006436.01.T01 AT4G39400 44.578 249 127 4 11 258 862 1100 7.34e-63 214
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MsG0280006436.01.T01 AT5G18610 44.048 252 135 5 9 258 55 302 9.81e-60 197
MsG0280006436.01.T01 AT1G24030 43.162 234 126 4 26 254 50 281 9.90e-60 194
MsG0280006436.01.T01 AT1G24030 43.162 234 126 4 26 254 64 295 1.25e-59 194
MsG0280006436.01.T01 AT1G31420 41.277 235 132 3 26 260 294 522 1.37e-59 199
MsG0280006436.01.T01 AT1G52540 42.276 246 133 5 26 270 25 262 1.72e-59 192
MsG0280006436.01.T01 AT5G48380 43.966 232 124 3 22 249 287 516 1.83e-59 199
MsG0280006436.01.T01 AT1G52540 42.276 246 133 5 26 270 28 265 1.93e-59 192
MsG0280006436.01.T01 AT1G78530 45.815 227 110 4 35 258 72 288 4.28e-59 190
MsG0280006436.01.T01 AT2G17220 42.857 245 127 5 23 258 71 311 1.06e-58 192
MsG0280006436.01.T01 AT2G17220 42.857 245 127 5 23 258 72 312 1.19e-58 192
MsG0280006436.01.T01 AT5G55830 42.437 238 133 4 23 258 350 585 1.50e-58 197
MsG0280006436.01.T01 AT1G24030 43.805 226 120 4 34 254 4 227 1.74e-58 189
MsG0280006436.01.T01 AT1G78530 45.815 227 110 4 35 258 72 288 2.29e-58 190
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MsG0280006436.01.T01 AT5G35960 44.796 221 117 3 26 245 122 338 1.54e-54 182
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MsG0280006436.01.T01 AT5G49760 46.637 223 115 3 24 245 617 836 2.72e-54 189
MsG0280006436.01.T01 AT2G28930 40.081 247 133 5 22 257 64 306 3.09e-54 181
MsG0280006436.01.T01 AT1G26970 41.961 255 125 8 23 265 68 311 3.14e-54 181
MsG0280006436.01.T01 AT2G28930 39.919 248 134 5 22 258 56 299 3.62e-54 181
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MsG0280006436.01.T01 AT4G04570 45.370 216 115 3 25 239 335 548 4.34e-54 184
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MsG0280006436.01.T01 AT5G54590 43.220 236 123 6 26 257 103 331 4.59e-54 181
MsG0280006436.01.T01 AT5G54590 43.220 236 123 6 26 257 103 331 4.59e-54 181
MsG0280006436.01.T01 AT1G61480 45.000 220 114 4 23 239 481 696 6.24e-54 187
MsG0280006436.01.T01 AT1G56130 44.397 232 124 3 26 257 534 760 6.29e-54 187
MsG0280006436.01.T01 AT5G35370 45.205 219 115 3 21 239 500 713 6.74e-54 187
MsG0280006436.01.T01 AT4G00960 41.850 227 127 3 14 237 32 256 8.00e-54 176
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MsG0280006436.01.T01 AT1G56130 44.397 232 124 3 26 257 682 908 9.64e-54 187
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MsG0280006436.01.T01 AT4G04570 45.370 216 115 3 25 239 335 548 1.30e-53 184
MsG0280006436.01.T01 AT1G07870 41.880 234 131 4 26 257 91 321 1.34e-53 182
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MsG0280006436.01.T01 AT4G29050 42.276 246 136 5 14 258 335 575 1.45e-53 184
MsG0280006436.01.T01 AT3G55450 41.532 248 127 7 23 257 83 325 1.66e-53 179
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MsG0280006436.01.T01 AT2G37710 42.797 236 130 4 24 258 333 564 2.68e-53 183
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MsG0280006436.01.T01 AT5G62230 44.131 213 117 2 30 242 640 850 2.82e-53 186
MsG0280006436.01.T01 AT3G09830 44.758 248 121 7 22 258 68 310 2.89e-53 178
MsG0280006436.01.T01 AT3G09830 44.758 248 121 7 22 258 68 310 2.89e-53 178
MsG0280006436.01.T01 AT3G09830 44.758 248 121 7 22 258 68 310 2.89e-53 178
MsG0280006436.01.T01 AT4G04500 45.116 215 115 3 25 238 332 544 3.06e-53 183
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MsG0280006436.01.T01 AT4G00330 41.921 229 121 4 25 245 106 330 3.15e-53 178
MsG0280006436.01.T01 AT1G15530 40.171 234 134 3 25 258 348 575 3.23e-53 183
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MsG0280006436.01.T01 AT2G32800 31.513 238 156 3 24 255 518 754 3.29e-33 128
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MsG0280006436.01.T01 AT3G28690 39.919 248 132 5 22 258 59 300 3.88e-52 176
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MsG0280006436.01.T01 AT4G02420 41.463 246 138 5 14 258 327 567 4.38e-52 180
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MsG0280006436.01.T01 AT1G25390 46.256 227 114 5 26 249 279 500 4.76e-52 179
MsG0280006436.01.T01 AT1G70740 41.004 239 136 4 24 262 48 281 4.90e-52 175
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MsG0280006436.01.T01 AT2G33170 40.343 233 129 3 14 238 795 1025 5.38e-52 182
MsG0280006436.01.T01 AT4G20450 42.083 240 130 5 24 262 579 810 5.45e-52 182
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MsG0280006436.01.T01 AT4G11900 40.773 233 135 3 26 257 456 686 5.46e-52 181
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MsG0280006436.01.T01 AT1G61360 41.102 236 136 3 23 257 402 635 6.69e-52 181
MsG0280006436.01.T01 AT1G61360 41.102 236 136 3 23 257 402 635 6.69e-52 181
MsG0280006436.01.T01 AT5G38990 46.977 215 109 4 24 234 511 724 6.69e-52 181
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MsG0280006436.01.T01 AT1G61420 42.601 223 115 5 23 239 329 544 1.09e-51 179
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MsG0280006436.01.T01 AT1G34300 44.541 229 121 4 17 244 465 688 1.35e-51 180
MsG0280006436.01.T01 AT4G21230 42.918 233 129 4 26 257 321 550 1.43e-51 178
MsG0280006436.01.T01 AT1G61400 42.731 227 117 4 23 239 485 708 1.43e-51 180
MsG0280006436.01.T01 AT4G23260 43.379 219 115 4 25 239 315 528 1.46e-51 178
MsG0280006436.01.T01 AT4G21400 43.534 232 124 5 31 258 354 582 1.83e-51 179
MsG0280006436.01.T01 AT4G21400 43.534 232 124 5 31 258 342 570 1.91e-51 178
MsG0280006436.01.T01 AT4G23260 43.379 219 115 4 25 239 326 539 1.98e-51 178
MsG0280006436.01.T01 AT2G42960 44.271 192 105 2 16 206 160 350 2.10e-51 172
MsG0280006436.01.T01 AT4G11530 42.130 216 122 3 25 239 339 552 2.31e-51 178
MsG0280006436.01.T01 AT5G39000 46.047 215 111 4 24 234 504 717 2.97e-51 180
MsG0280006436.01.T01 AT3G01300 39.919 248 132 5 22 258 120 361 3.11e-51 175
MsG0280006436.01.T01 AT1G61610 42.857 224 125 3 17 239 504 725 3.25e-51 179
MsG0280006436.01.T01 AT1G61500 42.727 220 119 4 23 239 476 691 3.35e-51 179
MsG0280006436.01.T01 AT2G28250 40.343 233 128 3 16 239 188 418 3.49e-51 176
MsG0280006436.01.T01 AT2G28250 40.343 233 128 3 16 239 188 418 3.49e-51 176
MsG0280006436.01.T01 AT2G28250 40.343 233 128 3 16 239 188 418 3.49e-51 176
MsG0280006436.01.T01 AT2G28250 40.343 233 128 3 16 239 188 418 3.49e-51 176
MsG0280006436.01.T01 AT2G28250 40.343 233 128 3 16 239 188 418 3.49e-51 176
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MsG0280006436.01.T01 AT4G23250 43.519 216 119 3 25 239 346 559 3.90e-51 178
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MsG0280006436.01.T01 AT1G61420 42.273 220 120 4 23 239 481 696 3.97e-51 179
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MsG0280006436.01.T01 AT1G61420 42.273 220 120 4 23 239 479 694 4.16e-51 179
MsG0280006436.01.T01 AT1G61500 42.727 220 119 4 23 239 481 696 4.43e-51 179
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MsG0280006436.01.T01 AT1G61490 42.727 220 119 4 23 239 475 690 9.34e-51 178
MsG0280006436.01.T01 AT1G61490 42.727 220 119 4 23 239 475 690 9.34e-51 178
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MsG0280006436.01.T01 AT1G61490 42.727 220 119 4 23 239 449 664 1.18e-50 177
MsG0280006436.01.T01 AT4G04490 45.370 216 115 3 25 239 327 540 1.40e-50 176
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MsG0280006436.01.T01 AT5G65700 44.000 225 118 4 36 258 692 910 1.49e-50 178
MsG0280006436.01.T01 AT4G03230 45.581 215 114 3 26 239 521 733 1.50e-50 177
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MsG0280006436.01.T01 AT4G03230 45.581 215 114 3 26 239 578 790 1.63e-50 178
MsG0280006436.01.T01 AT4G03230 45.581 215 114 3 26 239 513 725 1.68e-50 177
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MsG0280006436.01.T01 AT1G61430 42.661 218 122 3 23 239 474 689 1.71e-50 176
MsG0280006436.01.T01 AT4G00340 46.575 219 110 4 22 239 468 680 1.73e-50 177
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MsG0280006436.01.T01 AT4G03230 45.581 215 114 3 26 239 678 890 1.88e-50 178
MsG0280006436.01.T01 AT4G21390 40.726 248 141 4 14 260 505 747 1.90e-50 177
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MsG0280006436.01.T01 AT1G61430 42.661 218 122 3 23 239 451 666 4.38e-50 176
MsG0280006436.01.T01 AT1G61430 42.661 218 122 3 23 239 474 689 4.80e-50 176
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MsG0280006436.01.T01 AT4G21390 41.991 231 131 3 14 243 505 733 6.29e-50 176
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MsG0280006436.01.T01 AT4G05200 41.667 216 123 3 25 239 334 547 1.24e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT4G00970 41.892 222 124 3 21 239 327 546 1.26e-49 173
MsG0280006436.01.T01 AT5G35580 43.154 241 123 6 26 258 76 310 1.30e-49 171
MsG0280006436.01.T01 AT4G05200 41.667 216 123 3 25 239 352 565 1.31e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT5G15080 38.306 248 136 5 22 258 126 367 1.70e-49 170
MsG0280006436.01.T01 AT5G42120 40.496 242 128 5 25 256 353 588 1.74e-49 173
MsG0280006436.01.T01 AT4G23320 42.130 216 122 3 25 239 170 383 1.76e-49 171
MsG0280006436.01.T01 AT4G23320 42.130 216 122 3 25 239 170 383 1.76e-49 171
MsG0280006436.01.T01 AT4G23240 41.991 231 128 5 12 240 310 536 1.78e-49 173
MsG0280006436.01.T01 AT1G67520 41.096 219 126 3 22 239 272 488 1.80e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT1G67520 41.096 219 126 3 22 239 272 488 1.80e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT1G67520 41.096 219 126 3 22 239 243 459 1.86e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT1G11330 44.196 224 122 3 17 239 501 722 1.94e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT1G11340 42.009 219 124 3 22 239 567 783 1.95e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT1G11330 44.196 224 122 3 17 239 503 724 2.01e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT1G66880 45.495 222 112 5 26 245 957 1171 2.05e-49 175
MsG0280006436.01.T01 AT1G66880 45.495 222 112 5 26 245 578 792 2.05e-49 175
MsG0280006436.01.T01 AT3G53590 41.778 225 122 3 23 241 606 827 2.22e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT4G23290 42.358 229 128 4 12 239 295 520 2.29e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT5G20050 41.778 225 119 4 25 241 92 312 2.34e-49 169
MsG0280006436.01.T01 AT5G28680 41.494 241 131 5 21 258 504 737 2.67e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT5G28680 41.494 241 131 5 21 258 504 737 2.67e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT4G23200 40.359 223 127 4 18 239 319 536 2.69e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT1G11340 42.009 219 124 3 22 239 499 715 3.14e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT4G23320 42.130 216 122 3 25 239 191 404 3.64e-49 170
MsG0280006436.01.T01 AT3G59740 39.919 248 142 5 14 258 310 553 3.66e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT4G23290 42.358 229 128 4 12 239 338 563 3.83e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT2G26290 40.816 245 131 6 22 258 72 310 4.53e-49 167
MsG0280006436.01.T01 AT1G69730 40.455 220 130 1 26 245 435 653 4.90e-49 173
MsG0280006436.01.T01 AT3G59700 39.431 246 143 5 14 258 315 555 5.12e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT4G11480 40.664 241 135 5 3 239 288 524 5.47e-49 171
MsG0280006436.01.T01 AT1G79620 49.727 183 88 3 24 205 624 803 6.23e-49 173
MsG0280006436.01.T01 AT1G11350 42.424 264 133 5 17 264 491 751 6.24e-49 173
MsG0280006436.01.T01 AT3G24240 41.150 226 119 4 42 258 790 1010 6.43e-49 174
MsG0280006436.01.T01 AT1G51805 38.956 249 141 6 24 270 541 780 6.98e-49 173
MsG0280006436.01.T01 AT3G45860 37.849 251 151 4 10 257 323 571 7.31e-49 171
MsG0280006436.01.T01 AT1G51820 39.834 241 134 6 24 262 304 535 7.32e-49 171
MsG0280006436.01.T01 AT4G21380 42.128 235 131 4 22 255 510 740 7.49e-49 173
MsG0280006436.01.T01 AT1G51805 38.956 249 141 6 24 270 565 804 7.72e-49 173
MsG0280006436.01.T01 AT1G67520 41.096 219 126 3 22 239 437 653 9.15e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT1G65800 43.379 219 121 3 22 239 507 723 9.56e-49 172
MsG0280006436.01.T01 AT4G11480 39.592 245 137 5 3 239 288 529 1.01e-48 171
MsG0280006436.01.T01 AT1G54820 39.754 244 131 5 26 258 135 373 1.16e-48 166
MsG0280006436.01.T01 AT4G29990 42.500 240 128 6 24 262 562 792 1.22e-48 172
MsG0280006436.01.T01 AT1G67520 41.096 219 126 3 22 239 480 696 1.35e-48 172
MsG0280006436.01.T01 AT4G38830 39.331 239 141 3 25 261 331 567 1.39e-48 171
MsG0280006436.01.T01 AT2G05940 41.909 241 126 6 26 258 75 309 1.47e-48 167
MsG0280006436.01.T01 AT2G30730 38.565 223 131 2 26 242 35 257 1.52e-48 164
MsG0280006436.01.T01 AT1G61430 42.081 221 122 4 23 239 474 692 1.55e-48 171
MsG0280006436.01.T01 AT3G59750 39.024 246 144 5 14 258 280 520 1.59e-48 170
MsG0280006436.01.T01 AT1G67520 41.096 219 126 3 22 239 487 703 1.67e-48 172
MsG0280006436.01.T01 AT4G23150 37.751 249 151 4 10 257 309 554 1.98e-48 170
MsG0280006436.01.T01 AT1G16110 39.732 224 133 2 26 248 420 642 2.00e-48 170
MsG0280006436.01.T01 AT3G04690 41.494 241 131 5 21 258 500 733 2.23e-48 171
MsG0280006436.01.T01 AT4G23280 38.800 250 149 4 10 257 314 561 2.26e-48 170
MsG0280006436.01.T01 AT3G53840 40.506 237 134 4 26 258 342 575 2.28e-48 169
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MsG0280006436.01.T01 AT3G45420 41.284 218 124 3 25 242 337 550 2.82e-48 170
MsG0280006436.01.T01 AT1G51820 39.834 241 134 6 24 262 566 797 2.87e-48 171
MsG0280006436.01.T01 AT5G58940 41.048 229 126 4 26 249 135 359 2.91e-48 166
MsG0280006436.01.T01 AT5G58940 41.048 229 126 4 26 249 135 359 2.91e-48 166
MsG0280006436.01.T01 AT5G58940 41.048 229 126 4 26 249 135 359 2.91e-48 166
MsG0280006436.01.T01 AT5G58940 41.048 229 126 4 26 249 135 359 2.91e-48 166
MsG0280006436.01.T01 AT1G54820 39.754 244 131 5 26 258 135 373 2.96e-48 166
MsG0280006436.01.T01 AT3G51550 40.586 239 135 5 24 260 522 755 3.10e-48 171

Find 60 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 81 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TTTGCTTGTGTATCCTTTAA+TGG 0.135146 2:+1934777 MsG0280006436.01.T01:CDS
CGTAATTTGCTTCGTCTTCA+TGG 0.182289 2:+1934730 MsG0280006436.01.T01:CDS
ACATCGCGATGAATAATCTT+AGG 0.192207 2:-1935261 None:intergenic
TTCACCTTGGTCAGCTTAAA+AGG 0.206297 2:+1934506 MsG0280006436.01.T01:CDS
ACACTTCCATTAGCCATTAA+AGG 0.221959 2:-1934790 None:intergenic
AAACTAACGACATGTATAAA+AGG 0.299601 2:-1935573 None:intergenic
GAAGCAGTTGTTGGAGATTT+CGG 0.329620 2:+1935318 MsG0280006436.01.T01:CDS
GTGTATCCTTTAATGGCTAA+TGG 0.335619 2:+1934784 MsG0280006436.01.T01:CDS
TTTCGGTTTAGCAAGGCTTA+TGG 0.362413 2:+1935335 MsG0280006436.01.T01:CDS
TTCAGCAACGAAAACATTAT+AGG 0.367220 2:+1934565 MsG0280006436.01.T01:CDS
ACTCTCAACCGCCGCTTGAT+TGG 0.385914 2:+1935172 MsG0280006436.01.T01:CDS
GGATTCGCAAAGGTTTATAA+AGG 0.400150 2:+1934595 MsG0280006436.01.T01:CDS
ATGATGTGATGTTGCTTGAT+TGG 0.416244 2:+1935535 MsG0280006436.01.T01:CDS
AGCTGACCAAGGTGAACTTC+AGG 0.418326 2:-1934499 None:intergenic
CATGTCACTACTGCTGTTCA+AGG 0.418716 2:+1935372 MsG0280006436.01.T01:CDS
GATGAATTTGAAGCAGTTGT+TGG 0.424436 2:+1935309 MsG0280006436.01.T01:CDS
AGCAGTTAAAAGACTTAAAG+AGG 0.432107 2:+1934642 MsG0280006436.01.T01:CDS
ATGCTTCTTGAACTGACAAC+TGG 0.432793 2:+1935474 MsG0280006436.01.T01:CDS
CTGAAGACTTTCCGGTTGAC+AGG 0.443258 2:-1935422 None:intergenic
TGATGTGATGTTGCTTGATT+GGG 0.477973 2:+1935536 MsG0280006436.01.T01:CDS
GAAAGCTGCAAATATATTGT+TGG 0.481113 2:+1935284 MsG0280006436.01.T01:CDS
CCACCTGAGTACCTGTCAAC+CGG 0.494415 2:+1935411 MsG0280006436.01.T01:CDS
CTTAAAGAGGAAAGATCAAA+GGG 0.508511 2:+1934655 MsG0280006436.01.T01:CDS
AACGAAAACATTATAGGTAG+AGG 0.521016 2:+1934571 MsG0280006436.01.T01:CDS
CATCGCGATGAATAATCTTA+GGG 0.522443 2:-1935260 None:intergenic
CTTGAACAGCAGTAGTGACA+TGG 0.532501 2:-1935371 None:intergenic
TCAGGATCCTCCTCAGCTGC+CGG 0.537620 2:-1934481 None:intergenic
ACTGCTGTTCAAGGTACACT+TGG 0.538409 2:+1935381 MsG0280006436.01.T01:CDS
TATTGCACTAGGAGCTGCTA+GGG 0.540726 2:+1935209 MsG0280006436.01.T01:CDS
TGCTACTATCAGCTCACGTA+GGG 0.542987 2:-1934533 None:intergenic
TATAAAGGACGCTTAGCTGA+TGG 0.550571 2:+1934610 MsG0280006436.01.T01:CDS
TTCCGCATTGGCCAATCAAG+CGG 0.550721 2:-1935183 None:intergenic
TTTCCGGTTGACAGGTACTC+AGG 0.553691 2:-1935414 None:intergenic
CGCCGCTTGATTGGCCAATG+CGG 0.554090 2:+1935181 MsG0280006436.01.T01:CDS
TTGGAGATTTCGGTTTAGCA+AGG 0.554687 2:+1935328 MsG0280006436.01.T01:CDS
TTGAACTGACAACTGGACAG+AGG 0.558776 2:+1935481 MsG0280006436.01.T01:CDS
ACTTAAAGAGGAAAGATCAA+AGG 0.558969 2:+1934654 MsG0280006436.01.T01:CDS
CAACATCACATCATCATCAC+TGG 0.567282 2:-1935526 None:intergenic
TGAACTGACAACTGGACAGA+GGG 0.567413 2:+1935482 MsG0280006436.01.T01:CDS
GTGATGTTGCTTGATTGGGT+AGG 0.568221 2:+1935540 MsG0280006436.01.T01:CDS
AGTGCAATATTCTTCCGCAT+TGG 0.571595 2:-1935195 None:intergenic
CGCATTGGCCAATCAAGCGG+CGG 0.574113 2:-1935180 None:intergenic
ATATTGCACTAGGAGCTGCT+AGG 0.575220 2:+1935208 MsG0280006436.01.T01:CDS
GAAAACATTATAGGTAGAGG+TGG 0.585931 2:+1934574 MsG0280006436.01.T01:CDS
AAGAGGAAAGATCAAAGGGT+GGG 0.595491 2:+1934659 MsG0280006436.01.T01:CDS
AGGTAGAGGTGGATTCGCAA+AGG 0.596939 2:+1934585 MsG0280006436.01.T01:CDS
AGAGGAAAGATCAAAGGGTG+GGG 0.604716 2:+1934660 MsG0280006436.01.T01:CDS
CAGACAGAAGTAGAAATGAT+CGG 0.618452 2:+1934694 MsG0280006436.01.T01:CDS
ATGCGGAAGAATATTGCACT+AGG 0.620140 2:+1935198 MsG0280006436.01.T01:CDS
TTGCTACTATCAGCTCACGT+AGG 0.621532 2:-1934534 None:intergenic
GTAAAAGACAGACAAAATGT+TGG 0.645913 2:-1934459 None:intergenic
GAGGATCCTGAAGTTCACCT+TGG 0.647628 2:+1934493 MsG0280006436.01.T01:CDS
CTGCTGTTCAAGGTACACTT+GGG 0.648707 2:+1935382 MsG0280006436.01.T01:CDS
AGAAGTAGAAATGATCGGCA+TGG 0.649148 2:+1934699 MsG0280006436.01.T01:CDS
CCGGTTGACAGGTACTCAGG+TGG 0.660833 2:-1935411 None:intergenic
ATTGCACTAGGAGCTGCTAG+GGG 0.668137 2:+1935210 MsG0280006436.01.T01:CDS
TTGAACAGCAGTAGTGACAT+GGG 0.675071 2:-1935370 None:intergenic
TTGCACTAGGAGCTGCTAGG+GGG 0.680021 2:+1935211 MsG0280006436.01.T01:CDS
AAAGAGGAAAGATCAAAGGG+TGG 0.682715 2:+1934658 MsG0280006436.01.T01:CDS
AGTGTAGCATCGTGTTTACG+AGG 0.696093 2:+1934808 MsG0280006436.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! CTAATCTATTTTGGTTAATT+TGG + Chr2:1934955-1934974 MsG0280006436.01.T01:intron 20.0%
!!! TAATATGAAACTGCAAATTT+TGG - Chr2:1935107-1935126 None:intergenic 20.0%
! AAACTAACGACATGTATAAA+AGG - Chr2:1935576-1935595 None:intergenic 25.0%
! CATTTGCATTTGAAAATTTG+AGG - Chr2:1935062-1935081 None:intergenic 25.0%
! TAACCAAAATAGATTAGACA+TGG - Chr2:1934952-1934971 None:intergenic 25.0%
! TTGGAATTTAACAATATAGC+AGG - Chr2:1935088-1935107 None:intergenic 25.0%
AACGAAAACATTATAGGTAG+AGG + Chr2:1934571-1934590 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
ACTTAAAGAGGAAAGATCAA+AGG + Chr2:1934654-1934673 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
AGCAGTTAAAAGACTTAAAG+AGG + Chr2:1934642-1934661 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
ATGAAGAATATTCATCCACA+AGG - Chr2:1934891-1934910 None:intergenic 30.0%
CTTAAAGAGGAAAGATCAAA+GGG + Chr2:1934655-1934674 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
GAAAGCTGCAAATATATTGT+TGG + Chr2:1935284-1935303 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
GTAAAAGACAGACAAAATGT+TGG - Chr2:1934462-1934481 None:intergenic 30.0%
TAGTATTCCTAACTATTAGC+TGG + Chr2:1935000-1935019 MsG0280006436.01.T01:intron 30.0%
TATAGCATGTCTAACAGAAA+AGG - Chr2:1934917-1934936 None:intergenic 30.0%
TTCAGCAACGAAAACATTAT+AGG + Chr2:1934565-1934584 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
TTTGCTTGTGTATCCTTTAA+TGG + Chr2:1934777-1934796 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
! ACATTTTGTCTGTCTTTTAC+CGG + Chr2:1934462-1934481 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
! GTTCCATGTCTAATCTATTT+TGG + Chr2:1934946-1934965 MsG0280006436.01.T01:intron 30.0%
! TCAGAAAAGACTGATGTTTT+TGG + Chr2:1935441-1935460 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
!!! AAGACTGATGTTTTTGGATA+TGG + Chr2:1935447-1935466 MsG0280006436.01.T01:CDS 30.0%
ACACTTCCATTAGCCATTAA+AGG - Chr2:1934793-1934812 None:intergenic 35.0%
ACATCGCGATGAATAATCTT+AGG - Chr2:1935264-1935283 None:intergenic 35.0%
AGAATATTCATCCACAAGGA+AGG - Chr2:1934887-1934906 None:intergenic 35.0%
CAGACAGAAGTAGAAATGAT+CGG + Chr2:1934694-1934713 MsG0280006436.01.T01:CDS 35.0%
CATCGCGATGAATAATCTTA+GGG - Chr2:1935263-1935282 None:intergenic 35.0%
CTCAAATGCTGAACTAATAG+AGG - Chr2:1934836-1934855 None:intergenic 35.0%
GAAAACATTATAGGTAGAGG+TGG + Chr2:1934574-1934593 MsG0280006436.01.T01:CDS 35.0%
GGATTCGCAAAGGTTTATAA+AGG + Chr2:1934595-1934614 MsG0280006436.01.T01:CDS 35.0%
GTAATTGCCAGCTAATAGTT+AGG - Chr2:1935010-1935029 None:intergenic 35.0%
GTGTATCCTTTAATGGCTAA+TGG + Chr2:1934784-1934803 MsG0280006436.01.T01:CDS 35.0%
GTTAGACATGCTATAAGTGT+TGG + Chr2:1934922-1934941 MsG0280006436.01.T01:intron 35.0%
! AAAACCTTTTAAGCTGACCA+AGG - Chr2:1934513-1934532 None:intergenic 35.0%
! ATGATGTGATGTTGCTTGAT+TGG + Chr2:1935535-1935554 MsG0280006436.01.T01:CDS 35.0%
! GATGAATTTGAAGCAGTTGT+TGG + Chr2:1935309-1935328 MsG0280006436.01.T01:CDS 35.0%
! TGATGTGATGTTGCTTGATT+GGG + Chr2:1935536-1935555 MsG0280006436.01.T01:CDS 35.0%
! TGATTTTCTTTCCTTCCTTG+TGG + Chr2:1934873-1934892 MsG0280006436.01.T01:intron 35.0%
!! AGTCTTTTCTGAAGACTTTC+CGG - Chr2:1935433-1935452 None:intergenic 35.0%
AAAGAGGAAAGATCAAAGGG+TGG + Chr2:1934658-1934677 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
AAGAGGAAAGATCAAAGGGT+GGG + Chr2:1934659-1934678 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
AGAAGTAGAAATGATCGGCA+TGG + Chr2:1934699-1934718 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
AGTGCAATATTCTTCCGCAT+TGG - Chr2:1935198-1935217 None:intergenic 40.0%
ATGCGGAAGAATATTGCACT+AGG + Chr2:1935198-1935217 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
ATGCTTCTTGAACTGACAAC+TGG + Chr2:1935474-1935493 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
CAACATCACATCATCATCAC+TGG - Chr2:1935529-1935548 None:intergenic 40.0%
GAAGCAGTTGTTGGAGATTT+CGG + Chr2:1935318-1935337 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
TATAAAGGACGCTTAGCTGA+TGG + Chr2:1934610-1934629 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
TTCACCTTGGTCAGCTTAAA+AGG + Chr2:1934506-1934525 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
TTGAACAGCAGTAGTGACAT+GGG - Chr2:1935373-1935392 None:intergenic 40.0%
TTGGAGATTTCGGTTTAGCA+AGG + Chr2:1935328-1935347 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
TTTCGGTTTAGCAAGGCTTA+TGG + Chr2:1935335-1935354 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
!! CGTAATTTGCTTCGTCTTCA+TGG + Chr2:1934730-1934749 MsG0280006436.01.T01:CDS 40.0%
ACTGCTGTTCAAGGTACACT+TGG + Chr2:1935381-1935400 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
AGAGGAAAGATCAAAGGGTG+GGG + Chr2:1934660-1934679 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
AGTGTAGCATCGTGTTTACG+AGG + Chr2:1934808-1934827 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
ATATTGCACTAGGAGCTGCT+AGG + Chr2:1935208-1935227 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
CATGTCACTACTGCTGTTCA+AGG + Chr2:1935372-1935391 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
CTGCTGTTCAAGGTACACTT+GGG + Chr2:1935382-1935401 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
CTTGAACAGCAGTAGTGACA+TGG - Chr2:1935374-1935393 None:intergenic 45.0%
TATTGCACTAGGAGCTGCTA+GGG + Chr2:1935209-1935228 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
TGAACTGACAACTGGACAGA+GGG + Chr2:1935482-1935501 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
TGCTACTATCAGCTCACGTA+GGG - Chr2:1934536-1934555 None:intergenic 45.0%
TTGAACTGACAACTGGACAG+AGG + Chr2:1935481-1935500 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
TTGCTACTATCAGCTCACGT+AGG - Chr2:1934537-1934556 None:intergenic 45.0%
! GTGATGTTGCTTGATTGGGT+AGG + Chr2:1935540-1935559 MsG0280006436.01.T01:CDS 45.0%
AGCTGACCAAGGTGAACTTC+AGG - Chr2:1934502-1934521 None:intergenic 50.0%
ATTGCACTAGGAGCTGCTAG+GGG + Chr2:1935210-1935229 MsG0280006436.01.T01:CDS 50.0%
CTGAAGACTTTCCGGTTGAC+AGG - Chr2:1935425-1935444 None:intergenic 50.0%
GAGGATCCTGAAGTTCACCT+TGG + Chr2:1934493-1934512 MsG0280006436.01.T01:CDS 50.0%
TTTCCGGTTGACAGGTACTC+AGG - Chr2:1935417-1935436 None:intergenic 50.0%
! AGGTAGAGGTGGATTCGCAA+AGG + Chr2:1934585-1934604 MsG0280006436.01.T01:CDS 50.0%
! TTCCGCATTGGCCAATCAAG+CGG - Chr2:1935186-1935205 None:intergenic 50.0%
ACTCTCAACCGCCGCTTGAT+TGG + Chr2:1935172-1935191 MsG0280006436.01.T01:CDS 55.0%
CCACCTGAGTACCTGTCAAC+CGG + Chr2:1935411-1935430 MsG0280006436.01.T01:CDS 55.0%
TTGCACTAGGAGCTGCTAGG+GGG + Chr2:1935211-1935230 MsG0280006436.01.T01:CDS 55.0%
! CTGTCTTTTACCGGCAGCTG+AGG + Chr2:1934471-1934490 MsG0280006436.01.T01:CDS 55.0%
! TCTTTTACCGGCAGCTGAGG+AGG + Chr2:1934474-1934493 MsG0280006436.01.T01:CDS 55.0%
CCGGTTGACAGGTACTCAGG+TGG - Chr2:1935414-1935433 None:intergenic 60.0%
TCAGGATCCTCCTCAGCTGC+CGG - Chr2:1934484-1934503 None:intergenic 60.0%
! CGCATTGGCCAATCAAGCGG+CGG - Chr2:1935183-1935202 None:intergenic 60.0%
! CGCCGCTTGATTGGCCAATG+CGG + Chr2:1935181-1935200 MsG0280006436.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr2 gene 1934454 1935599 1934454 ID=MsG0280006436.01;Name=MsG0280006436.01
Chr2 mRNA 1934454 1935599 1934454 ID=MsG0280006436.01.T01;Parent=MsG0280006436.01;Name=MsG0280006436.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.51;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|270
Chr2 exon 1934454 1934829 1934454 ID=MsG0280006436.01.T01:exon:1270;Parent=MsG0280006436.01.T01
Chr2 exon 1935163 1935599 1935163 ID=MsG0280006436.01.T01:exon:1271;Parent=MsG0280006436.01.T01
Chr2 CDS 1934454 1934829 1934454 ID=MsG0280006436.01.T01:cds;Parent=MsG0280006436.01.T01
Chr2 CDS 1935163 1935599 1935163 ID=MsG0280006436.01.T01:cds;Parent=MsG0280006436.01.T01
Gene Sequence

>MsG0280006436.01.T01

ATGAACCAACATTTTGTCTGTCTTTTACCGGCAGCTGAGGAGGATCCTGAAGTTCACCTTGGTCAGCTTAAAAGGTTTTCCCTACGTGAGCTGATAGTAGCAACAGATAACTTCAGCAACGAAAACATTATAGGTAGAGGTGGATTCGCAAAGGTTTATAAAGGACGCTTAGCTGATGGCTCTCTTGTAGCAGTTAAAAGACTTAAAGAGGAAAGATCAAAGGGTGGGGAGCTACAATTTCAGACAGAAGTAGAAATGATCGGCATGGCTGTGCATCGTAATTTGCTTCGTCTTCATGGTTTTTGCGTGACATCTACTGAACGTTTGCTTGTGTATCCTTTAATGGCTAATGGAAGTGTAGCATCGTGTTTACGAGAACGTAATGACTCTCAACCGCCGCTTGATTGGCCAATGCGGAAGAATATTGCACTAGGAGCTGCTAGGGGGCTTGCTTACTTGCATGATCATTGTGACCCTAAGATTATTCATCGCGATGTGAAAGCTGCAAATATATTGTTGGATGATGAATTTGAAGCAGTTGTTGGAGATTTCGGTTTAGCAAGGCTTATGGCTTACAAAGATACCCATGTCACTACTGCTGTTCAAGGTACACTTGGGCATATACCACCTGAGTACCTGTCAACCGGAAAGTCTTCAGAAAAGACTGATGTTTTTGGATATGGTACGATGCTTCTTGAACTGACAACTGGACAGAGGGCTTTTGATCTAGCACGTCTTGCCAGTGATGATGATGTGATGTTGCTTGATTGGGTAGGTTTTCAATTACCTTTTATACATGTCGTTAGTTTTTAG
Protein sequence

>MsG0280006436.01.T01

MNQHFVCLLPAAEEDPEVHLGQLKRFSLRELIVATDNFSNENIIGRGGFAKVYKGRLADGSLVAVKRLKEERSKGGELQFQTEVEMIGMAVHRNLLRLHGFCVTSTERLLVYPLMANGSVASCLRERNDSQPPLDWPMRKNIALGAARGLAYLHDHCDPKIIHRDVKAANILLDDEFEAVVGDFGLARLMAYKDTHVTTAVQGTLGHIPPEYLSTGKSSEKTDVFGYGTMLLELTTGQRAFDLARLASDDDVMLLDWVGFQLPFIHVVSF*