AlfalfaGEDB | MsG0180000479.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180000479.01

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Find 77 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 160 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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CRISPR-GE

badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
!!!	TAAGATTATTTTTATTTTCT+AGG	+	Chr1:6640561-6640580	MsG0180000479.01.T01:intron	10.0%
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!!	ATTTACTCTTGTAACAATTT+AGG	-	Chr1:6639981-6640000	None:intergenic	20.0%
!!	CAAATTATGTTTACATACTA+AGG	-	Chr1:6641075-6641094	None:intergenic	20.0%
!!!	GTTAATTTAATTTCCTAACA+AGG	-	Chr1:6641461-6641480	None:intergenic	20.0%
!	AACTATAGCTGTTAAATGTT+TGG	+	Chr1:6640269-6640288	MsG0180000479.01.T01:CDS	25.0%
!	AAGGTATGAATAAAACAGAA+AGG	-	Chr1:6641411-6641430	None:intergenic	25.0%
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!	ATAATTTAGCTGTATAATCC+TGG	-	Chr1:6641512-6641531	None:intergenic	25.0%
!	ATACGCTTAGTAAACTAAAA+GGG	-	Chr1:6640347-6640366	None:intergenic	25.0%
!	ATTAGATCTTGTAATTGATC+AGG	-	Chr1:6640844-6640863	None:intergenic	25.0%
!	ATTTGGCTAAAACAAATTCT+TGG	+	Chr1:6641745-6641764	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
!	CTACTACTAAAAAAGTAACA+TGG	+	Chr1:6639938-6639957	MsG0180000479.01.T01:CDS	25.0%
!	CTTCTTTATTCTAATATGTC+GGG	+	Chr1:6640989-6641008	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
!	GCCTGAAAATAAGTAAAATT+TGG	-	Chr1:6641771-6641790	None:intergenic	25.0%
!	GCTTCTTTATTCTAATATGT+CGG	+	Chr1:6640988-6641007	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
!	GTGACCTATATATAATCAAT+CGG	-	Chr1:6641852-6641871	None:intergenic	25.0%
!	TATGTTGCTGTAAATGAAAA+TGG	+	Chr1:6642202-6642221	MsG0180000479.01.T01:CDS	25.0%
!	TCACACTAACACAATAATTA+AGG	+	Chr1:6640962-6640981	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
!	TGACCTATATATAATCAATC+GGG	-	Chr1:6641851-6641870	None:intergenic	25.0%
!	TGTTCTAACATAATACAAAC+AGG	+	Chr1:6641231-6641250	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
!	TTCAAATATCTTACTAGACT+CGG	+	Chr1:6641368-6641387	MsG0180000479.01.T01:CDS	25.0%
!	TTGAAATCTCTGTATATTAC+AGG	-	Chr1:6641345-6641364	None:intergenic	25.0%
!	TTTACAGCAACATAAACAAA+TGG	-	Chr1:6642196-6642215	None:intergenic	25.0%
!	TTTGTACTCTATAAATCGTA+AGG	+	Chr1:6641091-6641110	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
!!	GTTGAATTATAGAAAGGTAT+AGG	+	Chr1:6641113-6641132	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
!!!	AATTCTCTGAAATATTAAGG+AGG	+	Chr1:6641698-6641717	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
!!!	GAAAAACAAGTTCTAAAACA+AGG	+	Chr1:6640018-6640037	MsG0180000479.01.T01:CDS	25.0%
!!!	GATTTTGATGATGTTTTCAT+AGG	+	Chr1:6642169-6642188	MsG0180000479.01.T01:CDS	25.0%
!!!	GCCAAATTTTACTTATTTTC+AGG	+	Chr1:6641767-6641786	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
!!!	GTTTTGTTGATGATAAACTT+AGG	+	Chr1:6640229-6640248	MsG0180000479.01.T01:CDS	25.0%
!!!	TGCAATTCTCTGAAATATTA+AGG	+	Chr1:6641695-6641714	MsG0180000479.01.T01:intron	25.0%
	AAAAGTGATGTGTATAGCTA+TGG	+	Chr1:6641881-6641900	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	AACAAGGATGAAAATTGCAT+TGG	+	Chr1:6641278-6641297	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	AACTAGGTTAACATTTGGTA+CGG	-	Chr1:6641651-6641670	None:intergenic	30.0%
	AAGCAACACATAATTTCTCA+TGG	+	Chr1:6640163-6640182	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	AAGTCTTCAGAATCAAATAG+AGG	+	Chr1:6641947-6641966	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	ACAAGGATGAAAATTGCATT+GGG	+	Chr1:6641279-6641298	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	ACAGCTAAATTATCAGACTT+TGG	+	Chr1:6641519-6641538	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	ACATCATCAAAATCTTGAAG+TGG	-	Chr1:6642163-6642182	None:intergenic	30.0%
	ACTTAATTTAATGTGCCTTC+TGG	-	Chr1:6640765-6640784	None:intergenic	30.0%
	AGTCTTCAGAATCAAATAGA+GGG	+	Chr1:6641948-6641967	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	ATCAAATAGAGGGAAAAACT+TGG	+	Chr1:6641958-6641977	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	CATACGCTTAGTAAACTAAA+AGG	-	Chr1:6640348-6640367	None:intergenic	30.0%
	CGTAAGGTTGAATTATAGAA+AGG	+	Chr1:6641107-6641126	MsG0180000479.01.T01:intron	30.0%
	CTTAAATCTTAGCGTATGTT+TGG	-	Chr1:6640492-6640511	None:intergenic	30.0%
	CTTAATTTAATGTGCCTTCT+GGG	-	Chr1:6640764-6640783	None:intergenic	30.0%
	TAGGCAGAGATTATATTTCT+TGG	+	Chr1:6640580-6640599	MsG0180000479.01.T01:intron	30.0%
	TAGTTTACTAAGCGTATGTT+TGG	+	Chr1:6640350-6640369	MsG0180000479.01.T01:intron	30.0%
	TCAACAAAACCCTTATAAAC+AGG	-	Chr1:6640219-6640238	None:intergenic	30.0%
	TGTATAATCCTGGATTTGAA+GGG	-	Chr1:6641502-6641521	None:intergenic	30.0%
	TTAACAACATCACTCATGAA+GGG	-	Chr1:6642130-6642149	None:intergenic	30.0%
	TTACAAGAGTAAATACCCTT+TGG	+	Chr1:6639987-6640006	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	TTATGTTAGAACATCAACCT+CGG	-	Chr1:6641224-6641243	None:intergenic	30.0%
	TTCATAGTTCACTGATAAGT+CGG	+	Chr1:6641017-6641036	MsG0180000479.01.T01:intron	30.0%
	TTCGGGGAAAATCTTTAAAT+TGG	+	Chr1:6641048-6641067	MsG0180000479.01.T01:intron	30.0%
	TTCTCATGGAGTAATATGTT+AGG	+	Chr1:6640177-6640196	MsG0180000479.01.T01:CDS	30.0%
	TTGCCCGATTGATTATATAT+AGG	+	Chr1:6641845-6641864	MsG0180000479.01.T01:intron	30.0%
	TTTGATTAGTGAGACATCTA+TGG	-	Chr1:6641166-6641185	None:intergenic	30.0%
!	AAGATGATTTTGTAGATGCA+AGG	-	Chr1:6641430-6641449	None:intergenic	30.0%
!	TATAGTTTTCGCCAAAATCA+CGG	+	Chr1:6640431-6640450	MsG0180000479.01.T01:intron	30.0%
!	TGTGACTAACAAGACAATTT+TGG	-	Chr1:6640519-6640538	None:intergenic	30.0%
!	TTCTTTTGATCTCTCAACAT+AGG	-	Chr1:6641998-6642017	None:intergenic	30.0%
!	TTTTGGCGAAAACTATACTT+TGG	-	Chr1:6640428-6640447	None:intergenic	30.0%
	AAATAGAGGGAAAAACTTGG+TGG	+	Chr1:6641961-6641980	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	AGAATTGCTTACAGGAAGAA+GGG	+	Chr1:6641916-6641935	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	AGCTGTTAAATGTTTGGACT+TGG	+	Chr1:6640275-6640294	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	AGTAATATGTTAGGTGAAGG+TGG	+	Chr1:6640186-6640205	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	ATTGTTGTGAAGATGAACAC+AGG	+	Chr1:6640641-6640660	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	CCAATTAACTTCACAAGATG+TGG	-	Chr1:6640619-6640638	None:intergenic	35.0%
	CCACATCTTGTGAAGTTAAT+TGG	+	Chr1:6640616-6640635	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	CTACAAAATCATCTTCCATG+TGG	+	Chr1:6641435-6641454	MsG0180000479.01.T01:intron	35.0%
	CTGTATAATCCTGGATTTGA+AGG	-	Chr1:6641503-6641522	None:intergenic	35.0%
	CTTAACAACATCACTCATGA+AGG	-	Chr1:6642131-6642150	None:intergenic	35.0%
	CTTCATGAGTGATGTTGTTA+AGG	+	Chr1:6642129-6642148	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	GACTTCGTGAATTTCATTGT+CGG	+	Chr1:6640465-6640484	MsG0180000479.01.T01:intron	35.0%
	GGATTTGGACCTGTTTATAA+GGG	+	Chr1:6640207-6640226	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	GTTAAATGTTTGGACTTGGA+TGG	+	Chr1:6640279-6640298	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	GTTCTACTAGAATTGCTTAC+AGG	+	Chr1:6641908-6641927	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	TAAACTTAGGCAGGGTTTAA+AGG	+	Chr1:6640242-6640261	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	TACTAAGCGTATGTTTGGAT+TGG	+	Chr1:6640355-6640374	MsG0180000479.01.T01:intron	35.0%
	TAGAATTGCTTACAGGAAGA+AGG	+	Chr1:6641915-6641934	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	TGGAGTAATATGTTAGGTGA+AGG	+	Chr1:6640183-6640202	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
	TGGATTTGGACCTGTTTATA+AGG	+	Chr1:6640206-6640225	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
!	AACCCTGATAATCTAGAGTT+TGG	-	Chr1:6641793-6641812	None:intergenic	35.0%
!	ATTTTCATCCTTGTTGACCA+TGG	-	Chr1:6641273-6641292	None:intergenic	35.0%
!	GAGTGATGTTGTTAAGGTTT+TGG	+	Chr1:6642135-6642154	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
!	GATCTTTCAGTTTCTTTTGC+TGG	+	Chr1:6640102-6640121	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
!	GTTTTTCTGATTCCTCCAAA+GGG	-	Chr1:6640005-6640024	None:intergenic	35.0%
!	TGTTTTTCTGATTCCTCCAA+AGG	-	Chr1:6640006-6640025	None:intergenic	35.0%
!	TTTTATCTCCCTTCAAATCC+AGG	+	Chr1:6641491-6641510	MsG0180000479.01.T01:intron	35.0%
!!	GTTGATGATAAACTTAGGCA+GGG	+	Chr1:6640234-6640253	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
!!	TGTTGATGATAAACTTAGGC+AGG	+	Chr1:6640233-6640252	MsG0180000479.01.T01:CDS	35.0%
!!!	ACACATCACTTTTTGTTGTG+AGG	-	Chr1:6641874-6641893	None:intergenic	35.0%
!!!	TTTCTCACTTTTTTCCCAGA+AGG	+	Chr1:6640747-6640766	MsG0180000479.01.T01:intron	35.0%
	AATGGGAACACATGGTTATG+CGG	+	Chr1:6641593-6641612	MsG0180000479.01.T01:CDS	40.0%
	AATTTCCTAACAAGGCCACA+TGG	-	Chr1:6641453-6641472	None:intergenic	40.0%
	ACTTCATGCATTCACACTTG+AGG	+	Chr1:6640131-6640150	MsG0180000479.01.T01:CDS	40.0%
	ACTTTCAAAGCTCCTTTGGT+AGG	-	Chr1:6642061-6642080	None:intergenic	40.0%
	AGCAACGGCAGTCAAATATT+TGG	+	Chr1:6641728-6641747	MsG0180000479.01.T01:intron	40.0%
	AGCAACTTTCAAAGCTCCTT+TGG	-	Chr1:6642065-6642084	None:intergenic	40.0%
	AGGCCAAACTCTAGATTATC+AGG	+	Chr1:6641787-6641806	MsG0180000479.01.T01:intron	40.0%
	ATACCTGTCATGATGTACTC+AGG	-	Chr1:6641621-6641640	None:intergenic	40.0%
	ATCATAGACCGTAGACTTGA+AGG	+	Chr1:6642028-6642047	MsG0180000479.01.T01:CDS	40.0%
	CAAGAGTAAATACCCTTTGG+AGG	+	Chr1:6639990-6640009	MsG0180000479.01.T01:CDS	40.0%
	CAAGTCTACGGTCTATGATA+CGG	-	Chr1:6642027-6642046	None:intergenic	40.0%
	CAGAGAATTGCAGTCAAATG+CGG	-	Chr1:6641687-6641706	None:intergenic	40.0%
	CAGGTTTATCTGCTTCATGA+AGG	-	Chr1:6641326-6641345	None:intergenic	40.0%
	CGAGGAACTAGGTTAACATT+TGG	-	Chr1:6641656-6641675	None:intergenic	40.0%
	CGATTGATTGAGCAAGATCA+CGG	+	Chr1:6640378-6640397	MsG0180000479.01.T01:intron	40.0%
	CTTTCAAAGCTCCTTTGGTA+GGG	-	Chr1:6642060-6642079	None:intergenic	40.0%
	GGCCAAACTCTAGATTATCA+GGG	+	Chr1:6641788-6641807	MsG0180000479.01.T01:intron	40.0%
	TCATGAAGGGTCTTGGATTT+GGG	-	Chr1:6642117-6642136	None:intergenic	40.0%
	TGATGTGTATAGCTATGGAG+TGG	+	Chr1:6641886-6641905	MsG0180000479.01.T01:CDS	40.0%
!	AGGGAAAAACTTGGTGGAAT+GGG	+	Chr1:6641967-6641986	MsG0180000479.01.T01:CDS	40.0%
!	ATGTTAGGTGAAGGTGGATT+TGG	+	Chr1:6640192-6640211	MsG0180000479.01.T01:CDS	40.0%
!	TGAAGATGAACACAGGCTTT+TGG	+	Chr1:6640648-6640667	MsG0180000479.01.T01:CDS	40.0%
!!	ATCAGACTTTGGACTAGCTA+AGG	+	Chr1:6641530-6641549	MsG0180000479.01.T01:CDS	40.0%
!!	GGTATTGACCTTCAAGTCTA+CGG	-	Chr1:6642039-6642058	None:intergenic	40.0%
	AATTGCATTGGGAGCTGCTA+AGG	+	Chr1:6641290-6641309	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	ACATCACTCATGAAGGGTCT+TGG	-	Chr1:6642124-6642143	None:intergenic	45.0%
	ACATGTAACGACACGCGTAA+TGG	+	Chr1:6641575-6641594	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	ACATGTGTTTCTTCCCCTTC+TGG	-	Chr1:6641561-6641580	None:intergenic	45.0%
	ATTGCATTGGGAGCTGCTAA+GGG	+	Chr1:6641291-6641310	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	CAAAATCACGGTGGATCATC+GGG	+	Chr1:6640443-6640462	MsG0180000479.01.T01:intron	45.0%
	CATGTAACGACACGCGTAAT+GGG	+	Chr1:6641576-6641595	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	CCAAAATCACGGTGGATCAT+CGG	+	Chr1:6640442-6640461	MsG0180000479.01.T01:intron	45.0%
	CTACTATGCCATGGTCAACA+AGG	+	Chr1:6641262-6641281	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	CTCATGAAGGGTCTTGGATT+TGG	-	Chr1:6642118-6642137	None:intergenic	45.0%
	GAAGGTCAATACCCTACCAA+AGG	+	Chr1:6642046-6642065	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	GATACTCTGCTACTATGCCA+TGG	+	Chr1:6641253-6641272	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	GTGTATGAGTACATGCCAAG+AGG	+	Chr1:6640670-6640689	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	TAAGGAGGATCGTGAAGCAA+CGG	+	Chr1:6641713-6641732	MsG0180000479.01.T01:intron	45.0%
	TAGCTAAGGATGGTCCAGAA+GGG	+	Chr1:6641544-6641563	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	TCACTGATAAGTCGGCAGAT+TGG	+	Chr1:6641025-6641044	MsG0180000479.01.T01:intron	45.0%
	TGATTCTCCAAGCTACCTCT+TGG	-	Chr1:6640688-6640707	None:intergenic	45.0%
!	AGTTTTCGCCAAAATCACGG+TGG	+	Chr1:6640434-6640453	MsG0180000479.01.T01:intron	45.0%
!	ATAAGTCGGCAGATTGGTTC+GGG	+	Chr1:6641031-6641050	MsG0180000479.01.T01:intron	45.0%
!	GAGGGAAAAACTTGGTGGAA+TGG	+	Chr1:6641966-6641985	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
!	GATAAGTCGGCAGATTGGTT+CGG	+	Chr1:6641030-6641049	MsG0180000479.01.T01:intron	45.0%
!	TCAAATGCGGTTGATGTACG+AGG	-	Chr1:6641674-6641693	None:intergenic	45.0%
!	TGCGTTTTTCTTTTGAGCCG+AGG	+	Chr1:6641204-6641223	MsG0180000479.01.T01:intron	45.0%
!!	ATCTTCCATGTGGCCTTGTT+AGG	+	Chr1:6641445-6641464	MsG0180000479.01.T01:intron	45.0%
!!	GACTTTGGACTAGCTAAGGA+TGG	+	Chr1:6641534-6641553	MsG0180000479.01.T01:CDS	45.0%
	AGCTAAGGATGGTCCAGAAG+GGG	+	Chr1:6641545-6641564	MsG0180000479.01.T01:CDS	50.0%
	ATTGGGAGCTGCTAAGGGTT+TGG	+	Chr1:6641296-6641315	MsG0180000479.01.T01:CDS	50.0%
	CTAGCTAAGGATGGTCCAGA+AGG	+	Chr1:6641543-6641562	MsG0180000479.01.T01:CDS	50.0%
	GCTCCTGAGTACATCATGAC+AGG	+	Chr1:6641615-6641634	MsG0180000479.01.T01:CDS	50.0%
	GCTTACAGGAAGAAGGGTAG+TGG	+	Chr1:6641922-6641941	MsG0180000479.01.T01:CDS	50.0%
	GCTTGCAAGGTCATAGAGAG+TGG	+	Chr1:6640301-6640320	MsG0180000479.01.T01:CDS	50.0%
	GTACATGCCAAGAGGTAGCT+TGG	+	Chr1:6640678-6640697	MsG0180000479.01.T01:CDS	50.0%
!	ACACGCGTAATGGGAACACA+TGG	+	Chr1:6641585-6641604	MsG0180000479.01.T01:CDS	50.0%
!	ATAGGCGTAGAGCATCTGCT+CGG	+	Chr1:6641131-6641150	MsG0180000479.01.T01:intron	50.0%
!	CCGATGATCCACCGTGATTT+TGG	-	Chr1:6640445-6640464	None:intergenic	50.0%
!	CGGTTGATGTACGAGGAACT+AGG	-	Chr1:6641667-6641686	None:intergenic	50.0%
!	TTGGACTTGGATGGCTTGCA+AGG	+	Chr1:6640288-6640307	MsG0180000479.01.T01:CDS	50.0%
!!	TAAGTCGGCAGATTGGTTCG+GGG	+	Chr1:6641032-6641051	MsG0180000479.01.T01:intron	50.0%
	GCAAGGTCATAGAGAGTGGC+TGG	+	Chr1:6640305-6640324	MsG0180000479.01.T01:CDS	55.0%
!	GTAGAGCATCTGCTCGGCAA+TGG	+	Chr1:6641137-6641156	MsG0180000479.01.T01:intron	55.0%

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Protein sequence

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