AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780036347.01

Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0780036347.01.T01 MTR_7g011570 74.046 131 22 3 36 166 78 196 6.01e-54 177
MsG0780036347.01.T01 MTR_7g011570 73.600 125 22 2 42 166 1 114 1.51e-53 173
MsG0780036347.01.T01 MTR_6g012860 66.400 125 31 2 42 166 1 114 3.31e-46 154
MsG0780036347.01.T01 MTR_3g037380 50.388 129 43 3 42 165 1 113 9.93e-31 114
MsG0780036347.01.T01 MTR_5g042530 49.593 123 52 1 42 164 1 113 1.66e-29 111
MsG0780036347.01.T01 MTR_5g042530 68.421 57 18 0 107 163 1 57 4.11e-18 79.7
MsG0780036347.01.T01 MTR_3g037380 62.712 59 22 0 107 165 1 59 4.93e-17 76.6
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MsG0780036347.01.T01 AT3G29100 51.538 130 42 3 42 166 1 114 7.32e-33 120
MsG0780036347.01.T01 AT5G39510 50.000 130 44 2 42 166 1 114 4.55e-32 117
MsG0780036347.01.T01 AT1G26670 49.180 122 52 1 42 163 1 112 8.67e-30 112
MsG0780036347.01.T01 AT3G29100 68.333 60 19 0 107 166 1 60 1.20e-21 89.0
MsG0780036347.01.T01 AT3G29100 68.333 60 19 0 107 166 1 60 1.20e-21 89.0
MsG0780036347.01.T01 AT3G29100 68.333 60 19 0 107 166 1 60 1.20e-21 89.0
MsG0780036347.01.T01 AT3G29100 67.213 61 20 0 106 166 28 88 1.21e-21 89.7
MsG0780036347.01.T01 AT5G39630 38.525 122 64 2 42 163 1 111 1.40e-14 71.2

Find 69 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 342 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
AAGTTTGCAGCCAAACATTA+AGG 0.247833 7:-6825585 MsG0780036347.01.T01:CDS
GAGATAGCCAGGGTGGAAAA+TGG 0.278661 7:-6824690 MsG0780036347.01.T01:intron
ACTGCAGCTGCTGCTCTTAA+TGG 0.279246 7:-6827959 MsG0780036347.01.T01:CDS
GCCGGGAGTGTTGGGGTTGC+CGG 0.299198 7:-6824558 MsG0780036347.01.T01:CDS
TGATTCGCGCCGGGAGTGTT+GGG 0.314729 7:-6824566 MsG0780036347.01.T01:CDS
AGCAGCTGCAGTACAAGTTT+TGG 0.354446 7:+6827970 None:intergenic
CGGGATATGTTGTTGGAATC+AGG 0.359202 7:-6825464 MsG0780036347.01.T01:CDS
ACTCCTCCAAAGTGAATTAG+AGG 0.369382 7:-6826176 MsG0780036347.01.T01:CDS
GAACTTAAGAAACTTGTATC+TGG 0.383535 7:-6825506 MsG0780036347.01.T01:CDS
GGAGAGGCAGAGGGACAAAT+AGG 0.385765 7:-6824669 MsG0780036347.01.T01:CDS
GTGATTCGCGCCGGGAGTGT+TGG 0.387804 7:-6824567 MsG0780036347.01.T01:CDS
TTGATTTGTAGATTCGGAAA+TGG 0.397603 7:-6825621 MsG0780036347.01.T01:intron
AGGAGCACACCCTTAATGTT+TGG 0.407873 7:+6825575 None:intergenic
CTCTACCCTCTAATTCACTT+TGG 0.436022 7:+6826170 None:intergenic
CTCTGCCCGGGATATGTTGT+TGG 0.438296 7:-6825471 MsG0780036347.01.T01:CDS
AGTTTGCAGCCAAACATTAA+GGG 0.439151 7:-6825584 MsG0780036347.01.T01:CDS
TGTGCTCCTTGCTAAGTTGC+GGG 0.442406 7:-6825561 MsG0780036347.01.T01:CDS
CCTAGCTCTTTAACCATTGG+AGG 0.454259 7:+6829795 None:intergenic
CCTCCAATGGTTAAAGAGCT+AGG 0.478804 7:-6829795 MsG0780036347.01.T01:CDS
TATTGAAGGAAGAAGAAGAA+TGG 0.489569 7:-6824503 MsG0780036347.01.T01:CDS
GTAACATGAACCCCTCTGCC+CGG 0.498653 7:-6825484 MsG0780036347.01.T01:CDS
TCCGGCAACCCCAACACTCC+CGG 0.501515 7:+6824557 None:intergenic
GCATGATTCCGATCATAAAC+CGG 0.505333 7:-6824610 MsG0780036347.01.T01:CDS
AAACCTAGCTCTTTAACCAT+TGG 0.507608 7:+6829792 None:intergenic
CATAAACCGGCGGTGGTTGG+TGG 0.510549 7:-6824597 MsG0780036347.01.T01:CDS
TACCCTCTAATTCACTTTGG+AGG 0.516884 7:+6826173 None:intergenic
GGCTTCTTCTCCACCTCCAA+TGG 0.518352 7:-6829808 MsG0780036347.01.T01:CDS
CTGATTCCAACAACATATCC+CGG 0.518713 7:+6825465 None:intergenic
AAGGAATTGAGTGAGATGAT+TGG 0.519311 7:-6824462 MsG0780036347.01.T01:CDS
GGTGGAAAATGGAGAGGCAG+AGG 0.523550 7:-6824679 MsG0780036347.01.T01:CDS
ATGAAGAAGTAGGTACAGAT+AGG 0.530966 7:-6824641 MsG0780036347.01.T01:CDS
GGCGACGACGTGATTCGCGC+CGG 0.532712 7:-6824576 MsG0780036347.01.T01:CDS
GCGACGACGTGATTCGCGCC+GGG 0.534233 7:-6824575 MsG0780036347.01.T01:CDS
AGCTCTTTAACCATTGGAGG+TGG 0.539939 7:+6829798 None:intergenic
ACGATGAGTACCGTGTTTGA+AGG 0.542645 7:-6828031 MsG0780036347.01.T01:CDS
GATCATAAACCGGCGGTGGT+TGG 0.544411 7:-6824600 MsG0780036347.01.T01:CDS
GTGTGCTCCTTGCTAAGTTG+CGG 0.545382 7:-6825562 MsG0780036347.01.T01:CDS
GAAGAAACATCAGTTATTGA+AGG 0.545571 7:-6824517 MsG0780036347.01.T01:CDS
GTTAACAGAGAGAAGAGAGA+AGG 0.545861 7:-6824481 MsG0780036347.01.T01:CDS
TGTATTCCCGCAACTTAGCA+AGG 0.548041 7:+6825555 None:intergenic
CAACAACATATCCCGGGCAG+AGG 0.549166 7:+6825472 None:intergenic
TAGGTACAGATAGGTGGCTA+TGG 0.551801 7:-6824632 MsG0780036347.01.T01:CDS
AACCACCGCCGGTTTATGAT+CGG 0.558907 7:+6824602 None:intergenic
TAACATGAACCCCTCTGCCC+GGG 0.559609 7:-6825483 MsG0780036347.01.T01:CDS
AAGTATGCATTTGAAACAGA+AGG 0.569083 7:+6826238 None:intergenic
GATTCGCGCCGGGAGTGTTG+GGG 0.572717 7:-6824565 MsG0780036347.01.T01:CDS
AACAACATATCCCGGGCAGA+GGG 0.578673 7:+6825473 None:intergenic
GTGGAAAATGGAGAGGCAGA+GGG 0.582933 7:-6824678 MsG0780036347.01.T01:CDS
AGATTCGGAAATGGATCTTG+AGG 0.597003 7:-6825612 MsG0780036347.01.T01:CDS
AGGCATGGCAGATGCTATGA+CGG 0.603594 7:-6825444 MsG0780036347.01.T01:intron
TTCCGATCATAAACCGGCGG+TGG 0.604684 7:-6824604 MsG0780036347.01.T01:CDS
TGATTCCAACAACATATCCC+GGG 0.605197 7:+6825466 None:intergenic
GGTTGCCGGAATAGATGAGT+GGG 0.616569 7:-6824544 MsG0780036347.01.T01:CDS
ATAGGTGGCGATGAAGAAGT+AGG 0.621234 7:-6824651 MsG0780036347.01.T01:CDS
TCGTCGCCACCAACCACCGC+CGG 0.621382 7:+6824591 None:intergenic
GGGTTGCCGGAATAGATGAG+TGG 0.624172 7:-6824545 MsG0780036347.01.T01:CDS
TATGTTGTTGGAATCAGGCA+TGG 0.631211 7:-6825459 MsG0780036347.01.T01:CDS
CTCCTCCAAAGTGAATTAGA+GGG 0.634346 7:-6826175 MsG0780036347.01.T01:intron
AAGAAGTAGGTACAGATAGG+TGG 0.641964 7:-6824638 MsG0780036347.01.T01:CDS
AGCCAGGGTGGAAAATGGAG+AGG 0.643558 7:-6824685 MsG0780036347.01.T01:CDS
GAGGCAGAGGGACAAATAGG+TGG 0.651457 7:-6824666 MsG0780036347.01.T01:CDS
GCAGCTGCTGCTCTTAATGG+AGG 0.656845 7:-6827956 MsG0780036347.01.T01:intron
ACGTTCATATCCTTCAAACA+CGG 0.683882 7:+6828021 None:intergenic
TGAGCATGACACTCAAATTG+TGG 0.690397 7:-6829754 MsG0780036347.01.T01:CDS
TTGCCGGAATAGATGAGTGG+GGG 0.692002 7:-6824542 MsG0780036347.01.T01:CDS
ATGGAGAGAGATAGCCAGGG+TGG 0.694287 7:-6824697 MsG0780036347.01.T01:intron
ACAACATATCCCGGGCAGAG+GGG 0.706468 7:+6825474 None:intergenic
GTTGCCGGAATAGATGAGTG+GGG 0.724649 7:-6824543 MsG0780036347.01.T01:CDS
TGATTCCGATCATAAACCGG+CGG 0.725108 7:-6824607 MsG0780036347.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAATAAAAATCAATAATAG+AGG + Chr7:6827286-6827305 None:intergenic 10.0%
!! AAATGAAAATAAAAAAGTTA+CGG + Chr7:6829140-6829159 None:intergenic 10.0%
!! CAGAAAAAAAAAAAAAAAAA+TGG + Chr7:6829252-6829271 None:intergenic 10.0%
!! TAAATTAAGATAAAAATAGA+GGG - Chr7:6825665-6825684 MsG0780036347.01.T01:intron 10.0%
!! TTAAATTAAGATAAAAATAG+AGG - Chr7:6825664-6825683 MsG0780036347.01.T01:intron 10.0%
!!! CATTTTTTTTTTTTTTTTTC+TGG - Chr7:6829250-6829269 MsG0780036347.01.T01:intron 10.0%
!! CCATTAAAAAAATAATCATT+TGG + Chr7:6827779-6827798 None:intergenic 15.0%
!! TCTTAATTTAAATATGTGTT+TGG + Chr7:6825655-6825674 None:intergenic 15.0%
!! TTTCTTCTATATAAACAATT+GGG - Chr7:6825006-6825025 MsG0780036347.01.T01:intron 15.0%
!!! ATGATATTGATTGATTATAA+CGG + Chr7:6825877-6825896 None:intergenic 15.0%
!!! CCAAATGATTATTTTTTTAA+TGG - Chr7:6827776-6827795 MsG0780036347.01.T01:intron 15.0%
!!! TAAGCAAAAAAGTATTAAAT+TGG - Chr7:6827867-6827886 MsG0780036347.01.T01:intron 15.0%
!!! TACTATTTTATTTTAGCATA+TGG - Chr7:6824978-6824997 MsG0780036347.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTTCTTCTATATAAACAAT+TGG - Chr7:6825005-6825024 MsG0780036347.01.T01:intron 15.0%
!! AAAATAAAAAAGTTACGGTA+GGG + Chr7:6829135-6829154 None:intergenic 20.0%
!! AACAAAAGGAACAAAAATAA+GGG + Chr7:6828243-6828262 None:intergenic 20.0%
!! AGAAACTCAATAACTATTAA+GGG + Chr7:6827933-6827952 None:intergenic 20.0%
!! CATCTTAATGTATATCTTTA+TGG + Chr7:6825404-6825423 None:intergenic 20.0%
!! CTAGTAAGTGATATAATTTA+TGG + Chr7:6826424-6826443 None:intergenic 20.0%
!! CTTCTTGATAAATATCTTAA+TGG + Chr7:6828388-6828407 None:intergenic 20.0%
!! GCAAAATATTTCAGATATAA+AGG - Chr7:6828508-6828527 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!! GTAAAAATCAAGTTTATGTT+TGG - Chr7:6827052-6827071 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!! TAAATATGTGTTTGGATTAA+GGG + Chr7:6825647-6825666 None:intergenic 20.0%
!! TTAAATATGTGTTTGGATTA+AGG + Chr7:6825648-6825667 None:intergenic 20.0%
!! TTAAGTGTAATAATATGTGT+TGG - Chr7:6826576-6826595 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!! TTACCATTCTCATATAAAAA+AGG + Chr7:6829000-6829019 None:intergenic 20.0%
!! TTTCTCATGAATTGAAATTA+CGG + Chr7:6829335-6829354 None:intergenic 20.0%
!!! ACTTTTTTCTTTTTGTTTGA+AGG - Chr7:6828568-6828587 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! ATAATATTTTAGTGGTTACT+TGG - Chr7:6826875-6826894 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! CTAATTTGTGTTAAATTGTA+AGG + Chr7:6826665-6826684 None:intergenic 20.0%
!!! GAATTCAGTGTATTTTATTA+TGG - Chr7:6826140-6826159 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! GGTGATTTATAATATTTTAG+TGG - Chr7:6826867-6826886 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! TAATATTTTAGTGGTTACTT+GGG - Chr7:6826876-6826895 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! TTCCTCTTTACTTTTAAATA+TGG + Chr7:6824534-6824553 None:intergenic 20.0%
!!! TTCTTATTGATTTGTAGATT+CGG - Chr7:6828632-6828651 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! TTGATATTTCTGATCTTATT+GGG - Chr7:6827986-6828005 MsG0780036347.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTGCCTATTCATAAATTTTA+GGG - Chr7:6826807-6826826 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! TTGTAACTAACTTTTTCTAT+TGG + Chr7:6825726-6825745 None:intergenic 20.0%
!!! TTTATGTTTGGTTTCAATTT+TGG - Chr7:6827064-6827083 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTCTGAGTTTAATTTTGAT+TGG - Chr7:6827016-6827035 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTGATATTTCTGATCTTAT+TGG - Chr7:6827985-6828004 MsG0780036347.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTGCCTATTCATAAATTTT+AGG - Chr7:6826806-6826825 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
!!! TTTTCATTTCAATTTCACTT+TGG - Chr7:6829151-6829170 MsG0780036347.01.T01:intron 20.0%
! AAATAAAAAAGTTACGGTAG+GGG + Chr7:6829134-6829153 None:intergenic 25.0%
! AAATTTGAGGAATGTAATCA+AGG + Chr7:6827520-6827539 None:intergenic 25.0%
! AAGATATTTATCAAGAAGAG+AGG - Chr7:6828390-6828409 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! AATACACATAATCAATTCTG+AGG + Chr7:6827130-6827149 None:intergenic 25.0%
! AATATTTCAGATATAAAGGC+TGG - Chr7:6828512-6828531 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! AATTTGAGGAATGTAATCAA+GGG + Chr7:6827519-6827538 None:intergenic 25.0%
! ACATATTATTAGTTATGGGA+TGG - Chr7:6829430-6829449 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! ACCTTGATATTGAATTATGT+CGG + Chr7:6826782-6826801 None:intergenic 25.0%
! ATATATTCTTGACTTTCTTG+TGG - Chr7:6825758-6825777 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! CAAAATCAATTCTACAACTT+TGG + Chr7:6827107-6827126 None:intergenic 25.0%
! CAGAATTGATTATGTGTATT+TGG - Chr7:6827130-6827149 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! CATATTATTAGTTATGGGAT+GGG - Chr7:6829431-6829450 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! CGGTTAACAAATTAAAACTT+AGG + Chr7:6829183-6829202 None:intergenic 25.0%
! CTTCAATTCAAAAATGTGAT+GGG + Chr7:6824830-6824849 None:intergenic 25.0%
! CTTTCTTTCTTCTGTATTAT+GGG - Chr7:6828594-6828613 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! GAAAATAAAAAAGTTACGGT+AGG + Chr7:6829136-6829155 None:intergenic 25.0%
! GAACAAAAGGAACAAAAATA+AGG + Chr7:6828244-6828263 None:intergenic 25.0%
! GAGAAACTCAATAACTATTA+AGG + Chr7:6827934-6827953 None:intergenic 25.0%
! GGACACATATTATTAGTTAT+GGG - Chr7:6829426-6829445 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! GTCCATATTTAAAAGTAAAG+AGG - Chr7:6824529-6824548 MsG0780036347.01.T01:CDS 25.0%
! TAAGAATAAATCTCAACCAT+TGG - Chr7:6829017-6829036 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! TACATTAAGATGTGTTTGAA+TGG - Chr7:6825412-6825431 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! TATTGATGAATTTGAATGTG+TGG + Chr7:6829210-6829229 None:intergenic 25.0%
! TCTTCAATTCAAAAATGTGA+TGG + Chr7:6824831-6824850 None:intergenic 25.0%
! TGGACACATATTATTAGTTA+TGG - Chr7:6829425-6829444 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! TTCAATTCATGAGAAAATCA+AGG - Chr7:6829305-6829324 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
! TTGATTACATTCCTCAAATT+TGG - Chr7:6827519-6827538 MsG0780036347.01.T01:intron 25.0%
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!!! TGCATGTTAGTTTTGGATAT+AGG - Chr7:6826966-6826985 MsG0780036347.01.T01:intron 30.0%
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ACGGAAACTAGTTAAAGATG+TGG + Chr7:6824685-6824704 None:intergenic 35.0%
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AGAAAGATTCAGGGAGAATT+GGG + Chr7:6829102-6829121 None:intergenic 35.0%
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AGTTTGCAGCCAAACATTAA+GGG - Chr7:6828675-6828694 MsG0780036347.01.T01:intron 35.0%
ATGAAGAAGTAGGTACAGAT+AGG - Chr7:6829618-6829637 MsG0780036347.01.T01:intron 35.0%
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ATTTCTGATCTTATTGGGCT+AGG - Chr7:6827991-6828010 MsG0780036347.01.T01:CDS 35.0%
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CATGAAATGATAAGCGTCAA+TGG + Chr7:6828418-6828437 None:intergenic 35.0%
CCCGACATAATTCAATATCA+AGG - Chr7:6826778-6826797 MsG0780036347.01.T01:intron 35.0%
CGGAAAACTAGTAAAACTGT+AGG + Chr7:6827692-6827711 None:intergenic 35.0%
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GAAAGGTGAACAATTCAGTT+TGG + Chr7:6828182-6828201 None:intergenic 35.0%
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GCAGTACATCAATATGTGAA+AGG + Chr7:6827582-6827601 None:intergenic 35.0%
GTGAACAATTCAGTTTGGAA+TGG + Chr7:6828177-6828196 None:intergenic 35.0%
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TGAAACGATGAGGAATTCTA+AGG + Chr7:6826045-6826064 None:intergenic 35.0%
TGTTATGTGAAACCACGATA+AGG - Chr7:6828889-6828908 MsG0780036347.01.T01:intron 35.0%
TGTTTCGTTGAAGGATATAC+TGG + Chr7:6825843-6825862 None:intergenic 35.0%
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TTTGCAGTAATAGCATGTCA+TGG - Chr7:6829405-6829424 MsG0780036347.01.T01:intron 35.0%
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! AATCGCCCCTAAAAGTATAA+TGG + Chr7:6826847-6826866 None:intergenic 35.0%
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! TTGTAGCTTCCCAAATTTTG+TGG + Chr7:6827193-6827212 None:intergenic 35.0%
!! AAGTAAACAATCGACTTGTG+AGG + Chr7:6824923-6824942 None:intergenic 35.0%
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!! ATTATACTTTTAGGGGCGAT+TGG - Chr7:6826846-6826865 MsG0780036347.01.T01:intron 35.0%
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!! GTTGGATTGCATGTTAGTTT+TGG - Chr7:6826959-6826978 MsG0780036347.01.T01:intron 35.0%
!! TTTGGTTTCAATTTTGGAGG+AGG - Chr7:6827070-6827089 MsG0780036347.01.T01:intron 35.0%
!!! ACAGTTTTACTAGTTTTCCG+TGG - Chr7:6827692-6827711 MsG0780036347.01.T01:intron 35.0%
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!!! GAAACGTGTTTTAATGACCA+CGG + Chr7:6827712-6827731 None:intergenic 35.0%
!!! TTTTAGCTTCAAACGGATTG+TGG + Chr7:6827250-6827269 None:intergenic 35.0%
AAGAAGTAGGTACAGATAGG+TGG - Chr7:6829621-6829640 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
ACAAGAGTTAAGAAGAGGAG+AGG + Chr7:6825315-6825334 None:intergenic 40.0%
ACATGGTACGTCATTTAGTG+TGG - Chr7:6825061-6825080 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
ACTCCTCCAAAGTGAATTAG+AGG - Chr7:6828083-6828102 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
AGAATTGGGTGAAGAAGACA+CGG + Chr7:6829088-6829107 None:intergenic 40.0%
AGATTCGGAAATGGATCTTG+AGG - Chr7:6828647-6828666 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
ATTGTGGAATTGCAGCAACA+CGG + Chr7:6827234-6827253 None:intergenic 40.0%
CACGGGAGTCAATAAACTTT+AGG + Chr7:6829070-6829089 None:intergenic 40.0%
CAGAAAGATTCAGGGAGAAT+TGG + Chr7:6829103-6829122 None:intergenic 40.0%
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CCTCATCGTTTCAACGAATT+AGG - Chr7:6826052-6826071 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
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CGCGATGAGTTATTCATCAA+TGG - Chr7:6828134-6828153 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
CTCCTCCAAAGTGAATTAGA+GGG - Chr7:6828084-6828103 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
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GAAGCAGAAACTGAATTCTG+TGG - Chr7:6827960-6827979 MsG0780036347.01.T01:CDS 40.0%
GAGAGGATCCGTATCTTTAA+CGG + Chr7:6825298-6825317 None:intergenic 40.0%
GATTAAGGGTTAGAAGGAGA+TGG + Chr7:6825633-6825652 None:intergenic 40.0%
GCATGATTCCGATCATAAAC+CGG - Chr7:6829649-6829668 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
GCCATGCATTCTTTATCCAA+TGG + Chr7:6829036-6829055 None:intergenic 40.0%
GGTTGCTCATGTGTTAACAT+TGG - Chr7:6824656-6824675 MsG0780036347.01.T01:CDS 40.0%
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GTTAACAGAGAGAAGAGAGA+AGG - Chr7:6829778-6829797 MsG0780036347.01.T01:CDS 40.0%
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TACCCTCTAATTCACTTTGG+AGG + Chr7:6828089-6828108 None:intergenic 40.0%
TAGTGGTTACTTGGGTTTCT+TGG - Chr7:6826884-6826903 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
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TATGTTGTTGGAATCAGGCA+TGG - Chr7:6828800-6828819 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
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TGACGCTTATCATTTCATGC+TGG - Chr7:6828419-6828438 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
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TGATTCCAACAACATATCCC+GGG + Chr7:6828796-6828815 None:intergenic 40.0%
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TGTGGAACGAATTAAACACG+TGG - Chr7:6825776-6825795 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
TTCGTGCATGTTTGGTATCA+CGG - Chr7:6826359-6826378 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
! AATTTTCCGGAACCCTTTGT+CGG + Chr7:6829459-6829478 None:intergenic 40.0%
! AGGAGTTGATCCAAAAAAGG+AGG + Chr7:6828069-6828088 None:intergenic 40.0%
! GAGTTGATCCAAAAAAGGAG+GGG + Chr7:6828067-6828086 None:intergenic 40.0%
! GCGCTTTTGCCACAAAATTT+GGG - Chr7:6827181-6827200 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
! GGAGTTGATCCAAAAAAGGA+GGG + Chr7:6828068-6828087 None:intergenic 40.0%
! TGCGCTTTTGCCACAAAATT+TGG - Chr7:6827180-6827199 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
! TGGAGGAGTTGATCCAAAAA+AGG + Chr7:6828072-6828091 None:intergenic 40.0%
! TTCTTTGGAAAGTGCGTTGA+TGG - Chr7:6827606-6827625 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
!! GGGAATAGGGTATTTTGCTA+TGG - Chr7:6828273-6828292 MsG0780036347.01.T01:intron 40.0%
AAAGGGTTCCGGAAAATTGG+CGG - Chr7:6829461-6829480 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
AACTCATCGCGTGTCAACAA+TGG + Chr7:6828125-6828144 None:intergenic 45.0%
AATCGATGAGGCAGAAGCTT+TGG - Chr7:6828535-6828554 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
AATCTCGCTTCGTGCATGTT+TGG - Chr7:6826351-6826370 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
ACCACGATAAGGCTATGTAC+TGG - Chr7:6828900-6828919 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
AGAGGGTTAGAGTGGGAAAA+AGG - Chr7:6825682-6825701 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
AGCTCTTTAACCATTGGAGG+TGG + Chr7:6824464-6824483 None:intergenic 45.0%
AGGGTTAGAAGGAGATGGAT+AGG + Chr7:6825628-6825647 None:intergenic 45.0%
AGGGTTTATGAGGGAAAGGA+AGG - Chr7:6825435-6825454 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
ATAGGTGGCGATGAAGAAGT+AGG - Chr7:6829608-6829627 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
ATGGAGGGTTTATGAGGGAA+AGG - Chr7:6825431-6825450 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
CCTCCAATGGTTAAAGAGCT+AGG - Chr7:6824464-6824483 MsG0780036347.01.T01:CDS 45.0%
CGGGATATGTTGTTGGAATC+AGG - Chr7:6828795-6828814 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
GAATTGGGTGAAGAAGACAC+GGG + Chr7:6829087-6829106 None:intergenic 45.0%
GACAAAGGGTTCCGGAAAAT+TGG - Chr7:6829458-6829477 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
GCACAAACACTGCTCTGATT+AGG + Chr7:6826634-6826653 None:intergenic 45.0%
GGGTTTATGAGGGAAAGGAA+GGG - Chr7:6825436-6825455 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
TAGGTACAGATAGGTGGCTA+TGG - Chr7:6829627-6829646 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
TCTCAAGTTACTAGCGGTGT+CGG + Chr7:6826546-6826565 None:intergenic 45.0%
TGATTCCGATCATAAACCGG+CGG - Chr7:6829652-6829671 MsG0780036347.01.T01:intron 45.0%
TGTATTCCCGCAACTTAGCA+AGG + Chr7:6828707-6828726 None:intergenic 45.0%
TTGAAAGAGGTGGTGAATGG+AGG + Chr7:6826019-6826038 None:intergenic 45.0%
! ACGATGAGTACCGTGTTTGA+AGG - Chr7:6826228-6826247 MsG0780036347.01.T01:CDS 45.0%
! AGCAGCTGCAGTACAAGTTT+TGG + Chr7:6826292-6826311 None:intergenic 45.0%
! AGGAGCACACCCTTAATGTT+TGG + Chr7:6828687-6828706 None:intergenic 45.0%
! CCTAGCTCTTTAACCATTGG+AGG + Chr7:6824467-6824486 None:intergenic 45.0%
! GGTGTTGTGCTTCATAGGTA+AGG + Chr7:6826493-6826512 None:intergenic 45.0%
!! GGTATGGTGTTGTGCTTCAT+AGG + Chr7:6826498-6826517 None:intergenic 45.0%
!! ATATATATATATATATATAG+AGG - Chr7:6828956-6828975 MsG0780036347.01.T01:intron 5.0%
!!! TAATTTTCTTTTTTAAATTA+TGG - Chr7:6825466-6825485 MsG0780036347.01.T01:CDS 5.0%
AACAACATATCCCGGGCAGA+GGG + Chr7:6828789-6828808 None:intergenic 50.0%
ACTGCAGCTGCTGCTCTTAA+TGG - Chr7:6826300-6826319 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
AGAGGTGGTGAATGGAGGAT+CGG + Chr7:6826014-6826033 None:intergenic 50.0%
AGGCATGGCAGATGCTATGA+CGG - Chr7:6828815-6828834 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
ATCTCACAACGCCGTCGTTT+CGG - Chr7:6825902-6825921 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
CCGAGAGTTTAAGCGGAGAA+CGG + Chr7:6825964-6825983 None:intergenic 50.0%
CCGTTCTCCGCTTAAACTCT+CGG - Chr7:6825961-6825980 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
CTGGCTATCTCTCTCCATCA+CGG + Chr7:6829560-6829579 None:intergenic 50.0%
CTTCCCCCACTCATCTATTC+CGG + Chr7:6829723-6829742 None:intergenic 50.0%
CTTGAAAGGGACCGAAACGA+CGG + Chr7:6825916-6825935 None:intergenic 50.0%
GAGATAGCCAGGGTGGAAAA+TGG - Chr7:6829569-6829588 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
GAGATCGCCGAGAGTTTAAG+CGG + Chr7:6825971-6825990 None:intergenic 50.0%
GCAACGTCAATAGAGAGACG+CGG - Chr7:6829498-6829517 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
GGAATTGCAGCAACACGGTA+TGG + Chr7:6827229-6827248 None:intergenic 50.0%
GGTTGCCGGAATAGATGAGT+GGG - Chr7:6829715-6829734 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
GTGCATGTTTGGTATCACGG+TGG - Chr7:6826362-6826381 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
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TGTGCTCCTTGCTAAGTTGC+GGG - Chr7:6828698-6828717 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
TTGCCGGAATAGATGAGTGG+GGG - Chr7:6829717-6829736 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
! ATGGGATGGGTTCCGACAAA+GGG - Chr7:6829444-6829463 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
! GTGATGGAGAGAGATAGCCA+GGG - Chr7:6829559-6829578 MsG0780036347.01.T01:intron 50.0%
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!! AACCACCGCCGGTTTATGAT+CGG + Chr7:6829660-6829679 None:intergenic 50.0%
!! GCCAGTACATAGCCTTATCG+TGG + Chr7:6828904-6828923 None:intergenic 50.0%
!!! GTTTGACGCCCCTCCTTTTT+TGG - Chr7:6828056-6828075 MsG0780036347.01.T01:CDS 50.0%
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AGCCAGGGTGGAAAATGGAG+AGG - Chr7:6829574-6829593 MsG0780036347.01.T01:intron 55.0%
ATGGAGAGAGATAGCCAGGG+TGG - Chr7:6829562-6829581 MsG0780036347.01.T01:intron 55.0%
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CAACAACATATCCCGGGCAG+AGG + Chr7:6828790-6828809 None:intergenic 55.0%
CAGCAACACGGTATGGTCGA+AGG + Chr7:6827222-6827241 None:intergenic 55.0%
CTCTGCCCGGGATATGTTGT+TGG - Chr7:6828788-6828807 MsG0780036347.01.T01:intron 55.0%
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TAACATGAACCCCTCTGCCC+GGG - Chr7:6828776-6828795 MsG0780036347.01.T01:intron 55.0%
TCGGCGATCTCAACAACCTC+CGG - Chr7:6825980-6825999 MsG0780036347.01.T01:intron 55.0%
TGCTACCGTCAATACGCACG+TGG + Chr7:6825805-6825824 None:intergenic 55.0%
TGCTCTGATTAGGCGTGTCC+TGG + Chr7:6826624-6826643 None:intergenic 55.0%
TGGGTTCCGACAAAGGGTTC+CGG - Chr7:6829450-6829469 MsG0780036347.01.T01:intron 55.0%
TTCCGATCATAAACCGGCGG+TGG - Chr7:6829655-6829674 MsG0780036347.01.T01:intron 55.0%
! CGTGATGGAGAGAGATAGCC+AGG - Chr7:6829558-6829577 MsG0780036347.01.T01:intron 55.0%
! TCTCACCGCCGCCAATTTTC+CGG + Chr7:6829472-6829491 None:intergenic 55.0%
! TGCCTCTCCATTTTCCACCC+TGG + Chr7:6829579-6829598 None:intergenic 55.0%
AGCGGAGAACGGCGAAGGAA+CGG + Chr7:6825953-6825972 None:intergenic 60.0%
CAACCGCGTCTCTCCACTCA+CGG + Chr7:6829532-6829551 None:intergenic 60.0%
CACCATACCCGACACGGACA+CGG - Chr7:6826509-6826528 MsG0780036347.01.T01:intron 60.0%
CATAAACCGGCGGTGGTTGG+TGG - Chr7:6829662-6829681 MsG0780036347.01.T01:intron 60.0%
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GTCAGTGTCCGTGTCCGTGT+CGG + Chr7:6826520-6826539 None:intergenic 60.0%
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TGGAGGATCGGAGATGTGGC+CGG + Chr7:6826002-6826021 None:intergenic 60.0%
!! TGATTCGCGCCGGGAGTGTT+GGG - Chr7:6829693-6829712 MsG0780036347.01.T01:intron 60.0%
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TCCGGCAACCCCAACACTCC+CGG + Chr7:6829705-6829724 None:intergenic 65.0%
! GTGATTCGCGCCGGGAGTGT+TGG - Chr7:6829692-6829711 MsG0780036347.01.T01:intron 65.0%
!! GATTCGCGCCGGGAGTGTTG+GGG - Chr7:6829694-6829713 MsG0780036347.01.T01:intron 65.0%
!! GTGTCGGTGTCAGACACGCC+AGG - Chr7:6826603-6826622 MsG0780036347.01.T01:intron 65.0%
CCGCCGTGAGTGGAGAGACG+CGG - Chr7:6829526-6829545 MsG0780036347.01.T01:intron 70.0%
CCGCGTCTCTCCACTCACGG+CGG + Chr7:6829529-6829548 None:intergenic 70.0%
GCGACGACGTGATTCGCGCC+GGG - Chr7:6829684-6829703 MsG0780036347.01.T01:intron 70.0%
GGCGACGACGTGATTCGCGC+CGG - Chr7:6829683-6829702 MsG0780036347.01.T01:intron 70.0%
TCGTCGCCACCAACCACCGC+CGG + Chr7:6829671-6829690 None:intergenic 70.0%
!! GCCGGGAGTGTTGGGGTTGC+CGG - Chr7:6829701-6829720 MsG0780036347.01.T01:intron 70.0%
ACGCGGTTGCGCCGCCGTGA+TGG - Chr7:6829515-6829534 MsG0780036347.01.T01:intron 75.0%
! CGCGGTTGCGCCGCCGTGAG+TGG - Chr7:6829516-6829535 MsG0780036347.01.T01:intron 80.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 6824449 6829832 6824449 ID=MsG0780036347.01;Name=MsG0780036347.01
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Gene Sequence

>MsG0780036347.01.T01

ATGGCTTCTTCTCCACCTCCAATGGTTAAAGAGCTAGGTTTGAGTAATGTAGATATTGAGCATGACACTCAAATTGTGGTGTCCATATTTAAAAAGAAAGTAGCGATTTTTGTGTTGGAGACGATGAGTACCGTGTTTGAAGGATATGAACGTCAATACTGTGAGCTTTCTGCTAAACTATCCAAAACTTGTACTGCAGCTGCTGCTCTTAATGGAGGTACATTTCCTTCTGTTTCAAATGCATACTTCTTTATCTTTGTGTTTGACGCCCCTCCTTTTTTGGATCAACTCCTCCAAAGTGAATTAGAGGATTCGGAAATGGATCTTGAGGCAAGAAGTTTGCAGCCAAACATTAAGGGTGTGCTCCTTGCTAAGTTGCGGGAATACAAATCAGATCTGAACAATAATAAAAGCGAACTTAAGAAACTTGTATCTGGTAACATGAACCCCTCTGCCCGGGATATGTTGTTGGAATCAGGCATGGCAGATGCTATGACGAGGATGTATCTTGTGAGAATGCCTTTTTTATATGAGAATGCCAGGGTGGAAAATGGAGAGGCAGAGGGACAAATAGGTGGCGATGAAGAAGTAGGTACAGATAGGTGGCTATGGCATGATTCCGATCATAAACCGGCGGTGGTTGGTGGCGACGACGTGATTCGCGCCGGGAGTGTTGGGGTTGCCGGAATAGATGAGTGGGGGAAGAAGAAACATCAGTTATTGAAGGAAGAAGAAGAATGGTTAACAGAGAGAAGAGAGAAGGAATTGAGTGAGATGATTGGCACATGTTGTTAA
Protein sequence

>MsG0780036347.01.T01

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