AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0780039303.01


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MsG0780039303.01.T01 AT4G09160 47.644 382 183 10 10 382 290 663 6.69e-112 342
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MsG0780039303.01.T01 AT2G21540 28.444 225 139 7 63 273 95 311 4.86e-17 83.2
MsG0780039303.01.T01 AT2G21540 28.444 225 139 7 63 273 95 311 4.86e-17 83.2
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MsG0780039303.01.T01 AT4G39180 28.444 225 139 7 63 273 96 312 5.88e-17 83.2
MsG0780039303.01.T01 AT4G39180 28.444 225 139 7 63 273 96 312 6.16e-17 83.2
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MsG0780039303.01.T01 AT4G34580 27.876 226 139 8 63 273 88 304 2.48e-16 81.3
MsG0780039303.01.T01 AT4G36490 27.556 225 141 7 63 273 78 294 5.96e-16 80.1
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MsG0780039303.01.T01 AT2G16380 27.119 295 174 13 9 273 21 304 4.36e-15 77.4
MsG0780039303.01.T01 AT2G16380 27.119 295 174 13 9 273 21 304 4.36e-15 77.4
MsG0780039303.01.T01 AT1G19650 27.753 227 138 8 63 273 104 320 1.17e-14 75.9
MsG0780039303.01.T01 AT1G19650 27.753 227 138 8 63 273 104 320 1.35e-14 75.9
MsG0780039303.01.T01 AT2G18180 28.125 224 139 7 64 273 11 226 1.70e-14 75.5
MsG0780039303.01.T01 AT2G18180 28.125 224 139 7 64 273 11 226 2.11e-14 75.1
MsG0780039303.01.T01 AT2G21520 25.641 195 122 6 63 242 114 300 8.35e-14 73.6
MsG0780039303.01.T01 AT2G21520 25.641 195 122 6 63 242 114 300 8.35e-14 73.6
MsG0780039303.01.T01 AT2G21520 25.641 195 122 6 63 242 110 296 9.42e-14 73.6
MsG0780039303.01.T01 AT4G08690 24.413 213 142 5 59 267 41 238 3.40e-13 70.1
MsG0780039303.01.T01 AT4G08690 24.413 213 142 5 59 267 41 238 3.40e-13 70.1
MsG0780039303.01.T01 AT4G08690 24.413 213 142 5 59 267 41 238 3.40e-13 70.1
MsG0780039303.01.T01 AT1G01630 23.364 214 145 4 58 267 47 245 3.75e-13 69.3
MsG0780039303.01.T01 AT1G55840 25.581 215 130 8 64 262 39 239 2.19e-12 68.2
MsG0780039303.01.T01 AT1G55840 25.581 215 130 8 64 262 12 212 2.26e-12 67.8
MsG0780039303.01.T01 AT2G18180 28.218 202 123 7 86 273 6 199 2.07e-11 65.9

Find 67 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 120 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GCTTCTGAGTTCACTGTTAA+AGG 0.184177 7:+61711507 MsG0780039303.01.T01:CDS
GTGAACTCAGAAGCTGGTTT+TGG 0.239830 7:-61711498 None:intergenic
TTTGAGGTTGGAAATGAAAT+AGG 0.258263 7:-61710185 None:intergenic
ACCTTACGAGCAACCATTTC+AGG 0.266158 7:-61710757 None:intergenic
CTTTCTTGGAGGAAAGAATT+TGG 0.299122 7:+61710397 MsG0780039303.01.T01:CDS
GTGTAGCTAGCTTCTGCATT+TGG 0.299367 7:-61712026 None:intergenic
TGCTTGTGAAGTGTCTTTCT+TGG 0.307414 7:+61710383 MsG0780039303.01.T01:CDS
AAATGTTGTGGATGAAGATT+TGG 0.311161 7:+61710426 MsG0780039303.01.T01:CDS
TGTAGTTGGAGGCTGGGATT+TGG 0.312615 7:+61711983 MsG0780039303.01.T01:CDS
GATTCAAGTTACTGATCTTA+AGG 0.332587 7:+61710669 MsG0780039303.01.T01:CDS
ATCAAAAGAAGCCGGCATTA+TGG 0.356633 7:+61712112 MsG0780039303.01.T01:CDS
TTAGTTCTTTGAGTCAGAAA+TGG 0.368588 7:-61711120 None:intergenic
GAGAATATTCCAATTCAATA+TGG 0.371553 7:+61711438 MsG0780039303.01.T01:CDS
CTCAGTCCACCATATTGAAT+TGG 0.383764 7:-61711447 None:intergenic
TGTAGCTAGCTTCTGCATTT+GGG 0.386593 7:-61712025 None:intergenic
ACAACCCTTAACTCACTCTT+AGG 0.396909 7:-61710697 None:intergenic
GAGCAAGTTTGTGATCTCTA+AGG 0.402946 7:+61711143 MsG0780039303.01.T01:CDS
TCAAGATAACTATCCTGAAA+TGG 0.404693 7:+61710744 MsG0780039303.01.T01:CDS
GGGAGATTGTAGTTGGAGGC+TGG 0.407967 7:+61711976 MsG0780039303.01.T01:CDS
TATTGAATTGGAATATTCTC+AGG 0.440014 7:-61711435 None:intergenic
AATGTTGTGGATGAAGATTT+GGG 0.445253 7:+61710427 MsG0780039303.01.T01:CDS
TCCTGAAATGGTTGCTCGTA+AGG 0.456947 7:+61710756 MsG0780039303.01.T01:CDS
GGAGATTGTAGTTGGAGGCT+GGG 0.463853 7:+61711977 MsG0780039303.01.T01:CDS
AAAGTGAACATACAAATAGA+AGG 0.473146 7:+61711537 MsG0780039303.01.T01:CDS
ATATGCCTAAGAGTGAGTTA+AGG 0.474991 7:+61710692 MsG0780039303.01.T01:CDS
ATCAAAGAATTCACCCCACC+AGG 0.485860 7:-61710649 None:intergenic
CTACACTATAGAAGTTGAAA+AGG 0.488723 7:+61712043 MsG0780039303.01.T01:CDS
TATGCCTAAGAGTGAGTTAA+GGG 0.489546 7:+61710693 MsG0780039303.01.T01:CDS
CCTGTGTGTTACAATCATTA+TGG 0.491385 7:+61710508 MsG0780039303.01.T01:CDS
TTGTGAAGTGTCTTTCTTGG+AGG 0.498038 7:+61710386 MsG0780039303.01.T01:CDS
ATCAAGTGGGAGATTGTAGT+TGG 0.499306 7:+61711969 MsG0780039303.01.T01:CDS
AAAAGCATTGAAACAGTTGA+AGG 0.500192 7:+61710219 MsG0780039303.01.T01:CDS
TTTCTCTGAGGATTTGAGGT+TGG 0.500900 7:-61710197 None:intergenic
TTATGGTGTGTTCAAAGATA+AGG 0.503248 7:+61710525 MsG0780039303.01.T01:CDS
TACTCATGGGTTTGATAGAG+AGG 0.507545 7:+61710480 MsG0780039303.01.T01:CDS
TTGGGATTCAAAGAGCTTGA+AGG 0.513195 7:+61710445 MsG0780039303.01.T01:CDS
TTAACAGTGAACTCAGAAGC+TGG 0.523617 7:-61711504 None:intergenic
AGGCTTAATTGCATATCAGA+TGG 0.543533 7:-61712218 None:intergenic
GACCGAGAGTACCATAATGC+CGG 0.550985 7:-61712123 None:intergenic
CGGTCGATAACTCTGCCTCT+AGG 0.552178 7:+61712141 MsG0780039303.01.T01:CDS
TTTACAGTTTAAACCTGGTG+GGG 0.553174 7:+61710636 MsG0780039303.01.T01:CDS
TAAGCCTCAAAATCAAATAG+TGG 0.553201 7:+61712234 MsG0780039303.01.T01:CDS
AGCCGGCATTATGGTACTCT+CGG 0.554951 7:+61712121 MsG0780039303.01.T01:CDS
ACTCATGGGTTTGATAGAGA+GGG 0.567192 7:+61710481 MsG0780039303.01.T01:CDS
ATTTGGTGCTGAAAATGTTG+TGG 0.567986 7:+61710414 MsG0780039303.01.T01:CDS
AATATTCCAATTCAATATGG+TGG 0.569255 7:+61711441 MsG0780039303.01.T01:CDS
GATCAAACTAACACCCCACA+TGG 0.577251 7:-61710281 None:intergenic
AACAACAATGGTTCCATGTG+GGG 0.581025 7:+61710268 MsG0780039303.01.T01:CDS
TCATTCACATCAAAAGAAGC+CGG 0.584067 7:+61712104 MsG0780039303.01.T01:CDS
GGGTTCAAGTTCTAGAGAGA+GGG 0.585652 7:+61710605 MsG0780039303.01.T01:CDS
AAGTGGGAGATTGTAGTTGG+AGG 0.586468 7:+61711972 MsG0780039303.01.T01:CDS
CAACAACAATGGTTCCATGT+GGG 0.588302 7:+61710267 MsG0780039303.01.T01:CDS
AGATAAGGAAATGTATGAGA+AGG 0.595028 7:+61710540 MsG0780039303.01.T01:CDS
CCATAATGATTGTAACACAC+AGG 0.599317 7:-61710508 None:intergenic
CTATAGAAGTTGAAAAGGCA+AGG 0.600332 7:+61712048 MsG0780039303.01.T01:CDS
CATACAAATAGAAGGAGTTG+AGG 0.610399 7:+61711545 MsG0780039303.01.T01:CDS
AGGGTTCAAGTTCTAGAGAG+AGG 0.617059 7:+61710604 MsG0780039303.01.T01:CDS
TCTGATGAAATCAACAACAA+TGG 0.619761 7:+61710256 MsG0780039303.01.T01:CDS
TACAACATGCTGAAATACCA+TGG 0.625322 7:-61711084 None:intergenic
AGAGTGGTGCAACAATCAAG+TGG 0.626220 7:+61711955 MsG0780039303.01.T01:intron
GGACCATTCTGAAAATCACT+AGG 0.626931 7:-61711474 None:intergenic
TCTGAGTTCACTGTTAAAGG+AGG 0.633144 7:+61711510 MsG0780039303.01.T01:CDS
AAGTTTGTGATCTCTAAGGA+AGG 0.634705 7:+61711147 MsG0780039303.01.T01:CDS
TGGGGTGTTAGTTTGATCAA+AGG 0.650022 7:+61710286 MsG0780039303.01.T01:CDS
GAGTGGTGCAACAATCAAGT+GGG 0.657297 7:+61711956 MsG0780039303.01.T01:intron
TCAACAACAATGGTTCCATG+TGG 0.658931 7:+61710266 MsG0780039303.01.T01:CDS
CATAATGATTGTAACACACA+GGG 0.659937 7:-61710507 None:intergenic

CRISPR-GE

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!!! TTGTTTTTGTTTTGTTATTT+TGG + Chr7:61710806-61710825 MsG0780039303.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTTTTTGTTCAGATTTATA+AGG + Chr7:61711412-61711431 MsG0780039303.01.T01:intron 15.0%
!! ACAATAATAGAAAAATTGTG+GGG - Chr7:61711369-61711388 None:intergenic 20.0%
!! ACATAATTCAGTGTAATTAT+AGG - Chr7:61710932-61710951 None:intergenic 20.0%
!! ACGTTAAAATTTGTAGTTAA+CGG - Chr7:61711752-61711771 None:intergenic 20.0%
!! CACAATAATAGAAAAATTGT+GGG - Chr7:61711370-61711389 None:intergenic 20.0%
!! TTTCATGTCATACTAAATAT+AGG - Chr7:61711028-61711047 None:intergenic 20.0%
!!! AGATGTAATTTTAGAAAATC+TGG + Chr7:61711231-61711250 MsG0780039303.01.T01:intron 20.0%
!!! ATAAACATCATTGATGTTTT+TGG - Chr7:61711203-61711222 None:intergenic 20.0%
!!! TGATTTTCTCAAATTATTAG+CGG + Chr7:61710951-61710970 MsG0780039303.01.T01:intron 20.0%
!!! TTATTTTGGTGTTGTTTATT+TGG + Chr7:61710820-61710839 MsG0780039303.01.T01:intron 20.0%
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! GAGAATATTCCAATTCAATA+TGG + Chr7:61711438-61711457 MsG0780039303.01.T01:CDS 25.0%
! GCACAATAATAGAAAAATTG+TGG - Chr7:61711371-61711390 None:intergenic 25.0%
! TAATGGTTACTTATGGTTTA+AGG + Chr7:61711610-61711629 MsG0780039303.01.T01:intron 25.0%
! TATTGAATTGGAATATTCTC+AGG - Chr7:61711438-61711457 None:intergenic 25.0%
! TCTTATTAGAGACTATGTAA+TGG + Chr7:61711593-61711612 MsG0780039303.01.T01:intron 25.0%
!!! ATTTTGTTTGATACATAGAC+AGG - Chr7:61711336-61711355 None:intergenic 25.0%
!!! GTGTATTGTTGTTGTATTTT+CGG - Chr7:61712199-61712218 None:intergenic 25.0%
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AATGTTGTGGATGAAGATTT+GGG + Chr7:61710427-61710446 MsG0780039303.01.T01:CDS 30.0%
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CATAATGATTGTAACACACA+GGG - Chr7:61710510-61710529 None:intergenic 30.0%
CTACACTATAGAAGTTGAAA+AGG + Chr7:61712043-61712062 MsG0780039303.01.T01:CDS 30.0%
GAACAAAAACAATGTCATCA+AGG - Chr7:61710784-61710803 None:intergenic 30.0%
GACTATGTAATGGTTACTTA+TGG + Chr7:61711603-61711622 MsG0780039303.01.T01:intron 30.0%
TCAAGATAACTATCCTGAAA+TGG + Chr7:61710744-61710763 MsG0780039303.01.T01:CDS 30.0%
TCTGATGAAATCAACAACAA+TGG + Chr7:61710256-61710275 MsG0780039303.01.T01:CDS 30.0%
TTATGGTGTGTTCAAAGATA+AGG + Chr7:61710525-61710544 MsG0780039303.01.T01:CDS 30.0%
! AAGCTTTTACAGTTTAAACC+TGG + Chr7:61710631-61710650 MsG0780039303.01.T01:CDS 30.0%
! AGTTGAAACATCTGAAATCA+GGG + Chr7:61711809-61711828 MsG0780039303.01.T01:intron 30.0%
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! TTAGTTCTTTGAGTCAGAAA+TGG - Chr7:61711123-61711142 None:intergenic 30.0%
! TTTGAGGTTGGAAATGAAAT+AGG - Chr7:61710188-61710207 None:intergenic 30.0%
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!! CGTGATTAGTCACAATTTTT+AGG + Chr7:61711769-61711788 MsG0780039303.01.T01:intron 30.0%
!!! TTTCAATGCTTTTTTCTCTG+AGG - Chr7:61710212-61710231 None:intergenic 30.0%
AATCTGGTTGTGATTCTTCA+TGG + Chr7:61711247-61711266 MsG0780039303.01.T01:intron 35.0%
AATTTGTAGTTAACGGTAGC+TGG - Chr7:61711745-61711764 None:intergenic 35.0%
AGCAAAAGTAAAGCCTAGAA+AGG - Chr7:61711305-61711324 None:intergenic 35.0%
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CCATAATGATTGTAACACAC+AGG - Chr7:61710511-61710530 None:intergenic 35.0%
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GTAATTATAGGTGTCAGTGT+CGG - Chr7:61710920-61710939 None:intergenic 35.0%
GTAGCAAATTGCTTTCACAT+TGG - Chr7:61711891-61711910 None:intergenic 35.0%
TACAACATGCTGAAATACCA+TGG - Chr7:61711087-61711106 None:intergenic 35.0%
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! AAGAAGTGTATGTGCTTGAT+AGG - Chr7:61710878-61710897 None:intergenic 35.0%
! AAGTTTGTGATCTCTAAGGA+AGG + Chr7:61711147-61711166 MsG0780039303.01.T01:CDS 35.0%
! AGAAGTGTATGTGCTTGATA+GGG - Chr7:61710877-61710896 None:intergenic 35.0%
! AGATTTTCATCAATGTGCCA+TGG + Chr7:61711067-61711086 MsG0780039303.01.T01:intron 35.0%
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! CTTTTACAGTTTAAACCTGG+TGG + Chr7:61710634-61710653 MsG0780039303.01.T01:CDS 35.0%
! GTGTTGTAGCTTTTACTCAT+GGG + Chr7:61710467-61710486 MsG0780039303.01.T01:CDS 35.0%
!! ATTTGGTGCTGAAAATGTTG+TGG + Chr7:61710414-61710433 MsG0780039303.01.T01:CDS 35.0%
!!! CTTTTTTCTCTGAGGATTTG+AGG - Chr7:61710204-61710223 None:intergenic 35.0%
!!! GAAGAAGTTTTTGAGATGGA+GGG + Chr7:61710585-61710604 MsG0780039303.01.T01:CDS 35.0%
!!! TGAAGAAGTTTTTGAGATGG+AGG + Chr7:61710584-61710603 MsG0780039303.01.T01:CDS 35.0%
AACAACAATGGTTCCATGTG+GGG + Chr7:61710268-61710287 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
ACAACCCTTAACTCACTCTT+AGG - Chr7:61710700-61710719 None:intergenic 40.0%
ACTCATGGGTTTGATAGAGA+GGG + Chr7:61710481-61710500 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
ATCAAAAGAAGCCGGCATTA+TGG + Chr7:61712112-61712131 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
ATCAAGTGGGAGATTGTAGT+TGG + Chr7:61711969-61711988 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
CAACAACAATGGTTCCATGT+GGG + Chr7:61710267-61710286 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
CTCAGTCCACCATATTGAAT+TGG - Chr7:61711450-61711469 None:intergenic 40.0%
GAGCAAGTTTGTGATCTCTA+AGG + Chr7:61711143-61711162 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
GCTTCTGAGTTCACTGTTAA+AGG + Chr7:61711507-61711526 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
TACTCATGGGTTTGATAGAG+AGG + Chr7:61710480-61710499 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
TCAACAACAATGGTTCCATG+TGG + Chr7:61710266-61710285 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
TCTGAGTTCACTGTTAAAGG+AGG + Chr7:61711510-61711529 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
TGTAACCTATGACGCAGATA+CGG - Chr7:61711005-61711024 None:intergenic 40.0%
TTAACAGTGAACTCAGAAGC+TGG - Chr7:61711507-61711526 None:intergenic 40.0%
TTGGGATTCAAAGAGCTTGA+AGG + Chr7:61710445-61710464 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
! CGACCTAGTGATTTTCAGAA+TGG + Chr7:61711471-61711490 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
! GGACCATTCTGAAAATCACT+AGG - Chr7:61711477-61711496 None:intergenic 40.0%
! TGCTTGTGAAGTGTCTTTCT+TGG + Chr7:61710383-61710402 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
! TGGGGTGTTAGTTTGATCAA+AGG + Chr7:61710286-61710305 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
! TGTAGCTAGCTTCTGCATTT+GGG - Chr7:61712028-61712047 None:intergenic 40.0%
! TTGTGAAGTGTCTTTCTTGG+AGG + Chr7:61710386-61710405 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
! TTTCTCTGAGGATTTGAGGT+TGG - Chr7:61710200-61710219 None:intergenic 40.0%
!! GGTGTTGTAGCTTTTACTCA+TGG + Chr7:61710466-61710485 MsG0780039303.01.T01:CDS 40.0%
!!! AGCGACTTTTTTCTTCCTAG+AGG - Chr7:61712159-61712178 None:intergenic 40.0%
!!! AGGTTCTGAGTTCGAACTTT+TGG + Chr7:61711630-61711649 MsG0780039303.01.T01:intron 40.0%
!!! TGAACTCAGAAGCTGGTTTT+GGG - Chr7:61711500-61711519 None:intergenic 40.0%
AAGTGGGAGATTGTAGTTGG+AGG + Chr7:61711972-61711991 MsG0780039303.01.T01:CDS 45.0%
ACCTTACGAGCAACCATTTC+AGG - Chr7:61710760-61710779 None:intergenic 45.0%
AGAGTGGTGCAACAATCAAG+TGG + Chr7:61711955-61711974 MsG0780039303.01.T01:intron 45.0%
ATCAAAGAATTCACCCCACC+AGG - Chr7:61710652-61710671 None:intergenic 45.0%
GAGTGGTGCAACAATCAAGT+GGG + Chr7:61711956-61711975 MsG0780039303.01.T01:intron 45.0%
GATCAAACTAACACCCCACA+TGG - Chr7:61710284-61710303 None:intergenic 45.0%
TCCTGAAATGGTTGCTCGTA+AGG + Chr7:61710756-61710775 MsG0780039303.01.T01:CDS 45.0%
! GTGTAGCTAGCTTCTGCATT+TGG - Chr7:61712029-61712048 None:intergenic 45.0%
!! AGGGTTCAAGTTCTAGAGAG+AGG + Chr7:61710604-61710623 MsG0780039303.01.T01:CDS 45.0%
!! GGGTTCAAGTTCTAGAGAGA+GGG + Chr7:61710605-61710624 MsG0780039303.01.T01:CDS 45.0%
!! GTGAACTCAGAAGCTGGTTT+TGG - Chr7:61711501-61711520 None:intergenic 45.0%
!!! AACTCAGAAGCTGGTTTTGG+GGG - Chr7:61711498-61711517 None:intergenic 45.0%
!!! GAACTCAGAAGCTGGTTTTG+GGG - Chr7:61711499-61711518 None:intergenic 45.0%
AGCCGGCATTATGGTACTCT+CGG + Chr7:61712121-61712140 MsG0780039303.01.T01:CDS 50.0%
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!! ATAGGTGTCAGTGTCGGTGT+CGG - Chr7:61710914-61710933 None:intergenic 50.0%
!! GACCGAGAGTACCATAATGC+CGG - Chr7:61712126-61712145 None:intergenic 50.0%
CGGTCGATAACTCTGCCTCT+AGG + Chr7:61712141-61712160 MsG0780039303.01.T01:CDS 55.0%
CGTGTCCGTATCTGCGTCAT+AGG + Chr7:61710997-61711016 MsG0780039303.01.T01:intron 55.0%
GGGAGATTGTAGTTGGAGGC+TGG + Chr7:61711976-61711995 MsG0780039303.01.T01:CDS 55.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr7 gene 61710142 61712253 61710142 ID=MsG0780039303.01;Name=MsG0780039303.01
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Chr7 exon 61710142 61710777 61710142 ID=MsG0780039303.01.T01:exon:17191;Parent=MsG0780039303.01.T01
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Chr7 exon 61711425 61711566 61711425 ID=MsG0780039303.01.T01:exon:17189;Parent=MsG0780039303.01.T01
Chr7 exon 61711957 61712253 61711957 ID=MsG0780039303.01.T01:exon:17188;Parent=MsG0780039303.01.T01
Chr7 CDS 61710142 61710777 61710142 ID=MsG0780039303.01.T01:cds;Parent=MsG0780039303.01.T01
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Gene Sequence

>MsG0780039303.01.T01

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Protein sequence

>MsG0780039303.01.T01

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