AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0380016686.01


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MsG0380016686.01.T01 MTR_3g093290 97.556 450 11 0 1 450 1 450 0.0 903
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MsG0380016686.01.T01 AT1G18010 67.749 431 134 2 16 442 19 448 0.0 614
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Find 97 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 138 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CTTTCACAAATCATCCTTAT+TGG 0.164299 3:-86579091 MsG0380016686.01.T01:CDS
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TGTTTCAGAGTATGGTTTAC+TGG 0.266519 3:-86578076 MsG0380016686.01.T01:CDS
ATTAGTGTGGTTGCTATTCT+TGG 0.268061 3:-86578233 MsG0380016686.01.T01:CDS
CTATTCTTGGATCTATTATA+TGG 0.272979 3:-86578220 MsG0380016686.01.T01:CDS
TTTCACAAATCATCCTTATT+GGG 0.293770 3:-86579090 MsG0380016686.01.T01:CDS
GCATCGGAGCTGGACTATTA+TGG 0.301187 3:-86578793 MsG0380016686.01.T01:CDS
GTTAATGATGGAACTTATAT+AGG 0.307736 3:-86578617 MsG0380016686.01.T01:CDS
TTCAACATGGGTGGTGTTAT+TGG 0.313659 3:-86578692 MsG0380016686.01.T01:CDS
CGATTGTAATTAAGAATAAA+AGG 0.315237 3:+86578659 None:intergenic
GTAAGTTCCTTTACGATTCA+TGG 0.318909 3:+86578736 None:intergenic
TGGAACTTATATAGGTTTCA+TGG 0.341520 3:-86578609 MsG0380016686.01.T01:CDS
AGGTACACAGGATTCTATAA+AGG 0.355926 3:-86577630 MsG0380016686.01.T01:CDS
AGTATGGTTTACTGGTCTAT+TGG 0.363404 3:-86578068 MsG0380016686.01.T01:CDS
GCTGTTCTCGGCATCGGAGC+TGG 0.372968 3:-86578803 MsG0380016686.01.T01:CDS
ACATAAACATGGCAAGGTCT+TGG 0.373279 3:-86578171 MsG0380016686.01.T01:CDS
TATTCTTGGATCTATTATAT+GGG 0.375257 3:-86578219 MsG0380016686.01.T01:CDS
TATTGGGGAGCACAAATGAT+AGG 0.383645 3:-86578323 MsG0380016686.01.T01:CDS
TTCTTAAATTGTTCTACAAT+TGG 0.385721 3:-86578463 MsG0380016686.01.T01:CDS
TTCACAATCAACTGTGTCAT+TGG 0.386175 3:+86577552 None:intergenic
TTCTCATGATTCCTGCTGCT+TGG 0.392569 3:-86578433 MsG0380016686.01.T01:CDS
TATTATATGGGGTGGTGCAC+TGG 0.396545 3:-86578207 MsG0380016686.01.T01:CDS
TCCGGTGCTGTTCTCGGCAT+CGG 0.396725 3:-86578809 MsG0380016686.01.T01:CDS
AATTGGGATTGGATACACTA+TGG 0.400852 3:-86578297 MsG0380016686.01.T01:CDS
TTCAATGCTCTTTCAGGAAT+GGG 0.404295 3:-86579040 MsG0380016686.01.T01:CDS
TGACACAGTTGATTGTGAAT+TGG 0.408150 3:-86577548 MsG0380016686.01.T01:CDS
GCACAAATGATAGGGTCAAT+TGG 0.413131 3:-86578314 MsG0380016686.01.T01:CDS
GCTTGTGTAGAGTGCGGTTA+AGG 0.415646 3:+86578979 None:intergenic
GTAGTTTCCGGTGCTGTTCT+CGG 0.424731 3:-86578815 MsG0380016686.01.T01:CDS
TTACTGGTCTATTGGAGCAT+TGG 0.434243 3:-86578060 MsG0380016686.01.T01:CDS
TTCAAGAGTAGAAAGAAAAG+AGG 0.434777 3:-86578266 MsG0380016686.01.T01:CDS
TAGAAAGAAAAGAGGGATTG+TGG 0.440451 3:-86578258 MsG0380016686.01.T01:CDS
CACAAATGATAGGGTCAATT+GGG 0.440466 3:-86578313 MsG0380016686.01.T01:CDS
AGAAAGAAAAGAGGGATTGT+GGG 0.444597 3:-86578257 MsG0380016686.01.T01:CDS
GACACAGTTGATTGTGAATT+GGG 0.445991 3:-86577547 MsG0380016686.01.T01:CDS
ACTAAGCTATCCGTTATTGT+TGG 0.457774 3:-86577514 MsG0380016686.01.T01:CDS
GGTACACAGGATTCTATAAA+GGG 0.462985 3:-86577629 MsG0380016686.01.T01:CDS
CTTTCAGGAATGGGTGGTGG+TGG 0.463947 3:-86579031 MsG0380016686.01.T01:CDS
AGTAAAGTTATTCGTGATGA+TGG 0.467385 3:-86578539 MsG0380016686.01.T01:CDS
TCCTCCTATGTCCTTTACAC+TGG 0.471720 3:-86578881 MsG0380016686.01.T01:CDS
GTTCAATGCTCTTTCAGGAA+TGG 0.477707 3:-86579041 MsG0380016686.01.T01:CDS
AGATGTCATAATAGCACCTT+GGG 0.481690 3:+86578766 None:intergenic
ATCATTAAAACCAACAATAA+CGG 0.482912 3:+86577504 None:intergenic
TCAAGAGTAGAAAGAAAAGA+GGG 0.484800 3:-86578265 MsG0380016686.01.T01:CDS
ACAAATCATCCTTATTGGGT+TGG 0.488006 3:-86579086 MsG0380016686.01.T01:CDS
ATGATAGGGTCAATTGGGAT+TGG 0.489200 3:-86578308 MsG0380016686.01.T01:CDS
AACATGGGTGGTGTTATTGG+TGG 0.496677 3:-86578689 MsG0380016686.01.T01:CDS
GAAAGAGCATTGAACATGCC+TGG 0.498347 3:+86579049 None:intergenic
ATAAGGATGATTTGTGAAAG+AGG 0.505507 3:+86579094 None:intergenic
GAGTGCGGTTAAGGCGTTGT+TGG 0.510267 3:+86578988 None:intergenic
TAAGTTCCTTTACGATTCAT+GGG 0.510847 3:+86578737 None:intergenic
TTCCTTTACGATTCATGGGT+GGG 0.515970 3:+86578741 None:intergenic
GCTCTTTCAGGAATGGGTGG+TGG 0.525680 3:-86579034 MsG0380016686.01.T01:CDS
CTTGGATCTATTATATGGGG+TGG 0.527962 3:-86578215 MsG0380016686.01.T01:CDS
AGAGGAAAGAACCAGTGTAA+AGG 0.529052 3:+86578870 None:intergenic
TCCGATGCCGAGAACAGCAC+CGG 0.530799 3:+86578808 None:intergenic
ATTGGGGAGCACAAATGATA+GGG 0.533554 3:-86578322 MsG0380016686.01.T01:CDS
CATCATTAACAGTAGCAGCT+TGG 0.533655 3:+86578630 None:intergenic
GTTGTTTATGATTGTAGTAG+AGG 0.539382 3:+86578852 None:intergenic
ATGACTCTGAAGTTCTTAGC+AGG 0.541389 3:-86578034 MsG0380016686.01.T01:intron
ACCTGCGAAAAGAGTTAAGT+GGG 0.545077 3:+86578907 None:intergenic
TTTATTCTTAATTACAATCG+TGG 0.549060 3:-86578656 MsG0380016686.01.T01:CDS
CAAGCTGCTACTGTTAATGA+TGG 0.549832 3:-86578629 MsG0380016686.01.T01:CDS
CAGGTTAGTTTGAGAACAAG+AGG 0.552749 3:-86578362 MsG0380016686.01.T01:CDS
ATTCTTGGATCTATTATATG+GGG 0.555375 3:-86578218 MsG0380016686.01.T01:CDS
TACCCACCCATGAATCGTAA+AGG 0.557859 3:-86578743 MsG0380016686.01.T01:CDS
TGTTCAACGACACCACCCAT+TGG 0.559220 3:+86579181 None:intergenic
TCACGAATAACTTTACTAGC+AGG 0.559403 3:+86578545 None:intergenic
GTTCCTTTACGATTCATGGG+TGG 0.571188 3:+86578740 None:intergenic
TATAAAGGGATACAAAGCGC+GGG 0.581338 3:-86577615 MsG0380016686.01.T01:CDS
AGAACCAGTGTAAAGGACAT+AGG 0.581796 3:+86578877 None:intergenic
AACCTGCGAAAAGAGTTAAG+TGG 0.585770 3:+86578906 None:intergenic
AATGCTCTTTCAGGAATGGG+TGG 0.595210 3:-86579037 MsG0380016686.01.T01:CDS
AAATTACTAGACCAAGCAGC+AGG 0.595856 3:+86578422 None:intergenic
TAATCATGTTAATAAGACAC+AGG 0.598174 3:-86578381 MsG0380016686.01.T01:CDS
AAGATGTCATAATAGCACCT+TGG 0.600718 3:+86578765 None:intergenic
GATTAAACATAAACATGGCA+AGG 0.600741 3:-86578177 MsG0380016686.01.T01:CDS
TGAGGTTTCCGGTGGTTGAG+TGG 0.602501 3:+86579147 None:intergenic
AGAATCAGCCACTCAACCAC+CGG 0.603694 3:-86579155 MsG0380016686.01.T01:CDS
GGTGGCATCTATAACATCCT+CGG 0.603879 3:-86578932 MsG0380016686.01.T01:CDS
TGTTATAGATGCCACCACCT+AGG 0.620884 3:+86578939 None:intergenic
AGGGATTGTGGGAATTAGTG+TGG 0.623531 3:-86578246 MsG0380016686.01.T01:CDS
GGACTATTATGGAGTGCCCA+AGG 0.624792 3:-86578782 MsG0380016686.01.T01:CDS
TTGGACTTACACAGGTACAC+AGG 0.625881 3:-86577642 MsG0380016686.01.T01:intron
AAATGTTGCAACTGAGTGTG+TGG 0.638201 3:-86578489 MsG0380016686.01.T01:CDS
ATAAAGGGATACAAAGCGCG+GGG 0.639353 3:-86577614 MsG0380016686.01.T01:CDS
ACCAGTGTAAAGGACATAGG+AGG 0.645176 3:+86578880 None:intergenic
AATCAGATTAAACATAAACA+TGG 0.664350 3:-86578182 MsG0380016686.01.T01:CDS
AAAGAGTTAAGTGGGGTCCG+AGG 0.668411 3:+86578915 None:intergenic
CTATAAAGGGATACAAAGCG+CGG 0.671823 3:-86577616 MsG0380016686.01.T01:CDS
GTAAACCATACTCTGAAACA+TGG 0.672850 3:+86578079 None:intergenic
AGGTTAGTTTGAGAACAAGA+GGG 0.673209 3:-86578361 MsG0380016686.01.T01:CDS
TGTGAAGCTTGTGTAGAGTG+CGG 0.751066 3:+86578973 None:intergenic
CCTGCGAAAAGAGTTAAGTG+GGG 0.759382 3:+86578908 None:intergenic
TAAAGGGATACAAAGCGCGG+GGG 0.777135 3:-86577613 MsG0380016686.01.T01:CDS
TGTGAAAGAGGACAATAACG+AGG 0.786049 3:-86577475 MsG0380016686.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAGAAAAATACAAAACAAA+AGG + Chr3:86578529-86578548 None:intergenic 15.0%
!!! TTGTTTTGTATTTTTCTTTT+GGG - Chr3:86578530-86578549 MsG0380016686.01.T01:CDS 15.0%
!!! TTTGTTTTGTATTTTTCTTT+TGG - Chr3:86578529-86578548 MsG0380016686.01.T01:CDS 15.0%
!! AATAATCCACAAAAAAATAC+TGG + Chr3:86578851-86578870 None:intergenic 20.0%
!! AATCAGATTAAACATAAACA+TGG - Chr3:86578460-86578479 MsG0380016686.01.T01:CDS 20.0%
!! ATCATTAAAACCAACAATAA+CGG + Chr3:86579141-86579160 None:intergenic 20.0%
!! CGATTGTAATTAAGAATAAA+AGG + Chr3:86577986-86578005 None:intergenic 20.0%
!! TATTCTTGGATCTATTATAT+GGG - Chr3:86578423-86578442 MsG0380016686.01.T01:CDS 20.0%
!! TGAAACTTCAAGAAAATATT+TGG - Chr3:86578785-86578804 MsG0380016686.01.T01:CDS 20.0%
!! TTCTTAAATTGTTCTACAAT+TGG - Chr3:86578179-86578198 MsG0380016686.01.T01:CDS 20.0%
!! TTTATTCTTAATTACAATCG+TGG - Chr3:86577986-86578005 MsG0380016686.01.T01:intron 20.0%
!!! ATTGTTGGTTTTAATGATTT+TGG - Chr3:86579143-86579162 MsG0380016686.01.T01:CDS 20.0%
!!! TAATTTGTAGTTTTAGTGAT+TGG - Chr3:86578908-86578927 MsG0380016686.01.T01:CDS 20.0%
! ATTCTTGGATCTATTATATG+GGG - Chr3:86578424-86578443 MsG0380016686.01.T01:CDS 25.0%
! ATTTCCAAATTTCAACTATC+AGG + Chr3:86578952-86578971 None:intergenic 25.0%
! CTATTCTTGGATCTATTATA+TGG - Chr3:86578422-86578441 MsG0380016686.01.T01:CDS 25.0%
! TAATCATGTTAATAAGACAC+AGG - Chr3:86578261-86578280 MsG0380016686.01.T01:CDS 25.0%
! TTTCACAAATCATCCTTATT+GGG - Chr3:86577552-86577571 MsG0380016686.01.T01:CDS 25.0%
! TTTCCAAATTTCAACTATCA+GGG + Chr3:86578951-86578970 None:intergenic 25.0%
!! GAACTTACATTTCAATTTTC+TGG - Chr3:86577921-86577940 MsG0380016686.01.T01:intron 25.0%
!! GTTAATGATGGAACTTATAT+AGG - Chr3:86578025-86578044 MsG0380016686.01.T01:intron 25.0%
!!! GTTGAACAATGTGTTTTATT+GGG - Chr3:86578303-86578322 MsG0380016686.01.T01:CDS 25.0%
!!! TATCAACCAGTATTTTTTTG+TGG - Chr3:86578842-86578861 MsG0380016686.01.T01:CDS 25.0%
!!! TTGAACAATGTGTTTTATTG+GGG - Chr3:86578304-86578323 MsG0380016686.01.T01:CDS 25.0%
AAAAACAAACCAACCCAATA+AGG + Chr3:86577568-86577587 None:intergenic 30.0%
AGTAAAGTTATTCGTGATGA+TGG - Chr3:86578103-86578122 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
CTTTCACAAATCATCCTTAT+TGG - Chr3:86577551-86577570 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
GATTAAACATAAACATGGCA+AGG - Chr3:86578465-86578484 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
GTTGTTTATGATTGTAGTAG+AGG + Chr3:86577793-86577812 None:intergenic 30.0%
TAAGTTCCTTTACGATTCAT+GGG + Chr3:86577908-86577927 None:intergenic 30.0%
TATCCCTGATAGTTGAAATT+TGG - Chr3:86578945-86578964 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
TCAAGAGTAGAAAGAAAAGA+GGG - Chr3:86578377-86578396 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
TGGAACTTATATAGGTTTCA+TGG - Chr3:86578033-86578052 MsG0380016686.01.T01:intron 30.0%
TTAACTATTCCATTTGTTCG+TGG - Chr3:86578667-86578686 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
TTAGTGATTGGCATTTCATT+TGG - Chr3:86578920-86578939 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
TTCAAGAGTAGAAAGAAAAG+AGG - Chr3:86578376-86578395 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
! AAGAAGTGATGAAGTTTTTG+AGG + Chr3:86577516-86577535 None:intergenic 30.0%
! ATAAGGATGATTTGTGAAAG+AGG + Chr3:86577551-86577570 None:intergenic 30.0%
! GGTTGAACAATGTGTTTTAT+TGG - Chr3:86578302-86578321 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
! TACACAAGCTTCACAATTTT+CGG - Chr3:86577677-86577696 MsG0380016686.01.T01:intron 30.0%
!!! AATGATTTTGGTTGTGAAAG+AGG - Chr3:86579155-86579174 MsG0380016686.01.T01:CDS 30.0%
!!! TTCTGGAGTATTTTCAACAT+GGG - Chr3:86577938-86577957 MsG0380016686.01.T01:intron 30.0%
!!! TTTCTGGAGTATTTTCAACA+TGG - Chr3:86577937-86577956 MsG0380016686.01.T01:intron 30.0%
AAAATGCAACCACGAACAAA+TGG + Chr3:86578679-86578698 None:intergenic 35.0%
AAGATGTCATAATAGCACCT+TGG + Chr3:86577880-86577899 None:intergenic 35.0%
AATTGGGATTGGATACACTA+TGG - Chr3:86578345-86578364 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
ACAAATCATCCTTATTGGGT+TGG - Chr3:86577556-86577575 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
ACTAAGCTATCCGTTATTGT+TGG - Chr3:86579128-86579147 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
ACTAATGTTTGGACTTACAC+AGG - Chr3:86578992-86579011 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
AGAAAGAAAAGAGGGATTGT+GGG - Chr3:86578385-86578404 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
AGATGTCATAATAGCACCTT+GGG + Chr3:86577879-86577898 None:intergenic 35.0%
AGGTACACAGGATTCTATAA+AGG - Chr3:86579012-86579031 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
CACAAATGATAGGGTCAATT+GGG - Chr3:86578329-86578348 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
CTACTGCTAGTACTAATGTT+TGG - Chr3:86578981-86579000 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
GACACAGTTGATTGTGAATT+GGG - Chr3:86579095-86579114 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
GGTACACAGGATTCTATAAA+GGG - Chr3:86579013-86579032 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
GTAAGTTCCTTTACGATTCA+TGG + Chr3:86577909-86577928 None:intergenic 35.0%
TAGAAAGAAAAGAGGGATTG+TGG - Chr3:86578384-86578403 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
TCACGAATAACTTTACTAGC+AGG + Chr3:86578100-86578119 None:intergenic 35.0%
TGACACAGTTGATTGTGAAT+TGG - Chr3:86579094-86579113 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
TGTTTCAGAGTATGGTTTAC+TGG - Chr3:86578566-86578585 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
TTCAATGCTCTTTCAGGAAT+GGG - Chr3:86577602-86577621 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
TTCACAATCAACTGTGTCAT+TGG + Chr3:86579093-86579112 None:intergenic 35.0%
! AGTATGGTTTACTGGTCTAT+TGG - Chr3:86578574-86578593 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
! ATTAGTGTGGTTGCTATTCT+TGG - Chr3:86578409-86578428 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
! TCATGGCTTTTATGTCACTA+GGG - Chr3:86578050-86578069 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
! TTCACAATTTTCGGAATCCT+AGG - Chr3:86577686-86577705 MsG0380016686.01.T01:intron 35.0%
! TTCATGGCTTTTATGTCACT+AGG - Chr3:86578049-86578068 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
!! AGGTTAGTTTGAGAACAAGA+GGG - Chr3:86578281-86578300 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
!! GTAAACCATACTCTGAAACA+TGG + Chr3:86578566-86578585 None:intergenic 35.0%
!!! GATGAAGTTTTTGAGGTTTC+CGG + Chr3:86577509-86577528 None:intergenic 35.0%
!!! TTGGTTTGTTTTTGTTGTCC+AGG - Chr3:86577575-86577594 MsG0380016686.01.T01:CDS 35.0%
AAATGTTGCAACTGAGTGTG+TGG - Chr3:86578153-86578172 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
AAATTACTAGACCAAGCAGC+AGG + Chr3:86578223-86578242 None:intergenic 40.0%
AACCTGCGAAAAGAGTTAAG+TGG + Chr3:86577739-86577758 None:intergenic 40.0%
ACATAAACATGGCAAGGTCT+TGG - Chr3:86578471-86578490 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
ACCTGCGAAAAGAGTTAAGT+GGG + Chr3:86577738-86577757 None:intergenic 40.0%
AGAACCAGTGTAAAGGACAT+AGG + Chr3:86577768-86577787 None:intergenic 40.0%
AGAGGAAAGAACCAGTGTAA+AGG + Chr3:86577775-86577794 None:intergenic 40.0%
AGATGCCATGTTTCAGAGTA+TGG - Chr3:86578558-86578577 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
ATGATAGGGTCAATTGGGAT+TGG - Chr3:86578334-86578353 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
CAAGCTGCTACTGTTAATGA+TGG - Chr3:86578013-86578032 MsG0380016686.01.T01:intron 40.0%
CATCATTAACAGTAGCAGCT+TGG + Chr3:86578015-86578034 None:intergenic 40.0%
CTATAAAGGGATACAAAGCG+CGG - Chr3:86579026-86579045 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
CTTGGATCTATTATATGGGG+TGG - Chr3:86578427-86578446 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
GCACAAATGATAGGGTCAAT+TGG - Chr3:86578328-86578347 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
GTTCAATGCTCTTTCAGGAA+TGG - Chr3:86577601-86577620 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
TATAAAGGGATACAAAGCGC+GGG - Chr3:86579027-86579046 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
TGTGAAAGAGGACAATAACG+AGG - Chr3:86579167-86579186 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
TTCCTTTACGATTCATGGGT+GGG + Chr3:86577904-86577923 None:intergenic 40.0%
! ACAATTTTCGGAATCCTAGG+TGG - Chr3:86577689-86577708 MsG0380016686.01.T01:intron 40.0%
! ATTGGGGAGCACAAATGATA+GGG - Chr3:86578320-86578339 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
! TATTGGGGAGCACAAATGAT+AGG - Chr3:86578319-86578338 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
! TGGCAAGGTCTTGGATTTTA+AGG - Chr3:86578480-86578499 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
! TTACTGGTCTATTGGAGCAT+TGG - Chr3:86578582-86578601 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
!! ATGACTCTGAAGTTCTTAGC+AGG - Chr3:86578608-86578627 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
!! CAAGCTTTTGCTGTAGTTTC+CGG - Chr3:86577815-86577834 MsG0380016686.01.T01:intron 40.0%
!! CAGGTTAGTTTGAGAACAAG+AGG - Chr3:86578280-86578299 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
!! GTCTTGGATTTTAAGGAGTC+TGG - Chr3:86578487-86578506 MsG0380016686.01.T01:CDS 40.0%
!! TGGAGTATTTTCAACATGGG+TGG - Chr3:86577941-86577960 MsG0380016686.01.T01:intron 40.0%
!! TTCAACATGGGTGGTGTTAT+TGG - Chr3:86577950-86577969 MsG0380016686.01.T01:intron 40.0%
AATGCTCTTTCAGGAATGGG+TGG - Chr3:86577605-86577624 MsG0380016686.01.T01:CDS 45.0%
ACCAGTGTAAAGGACATAGG+AGG + Chr3:86577765-86577784 None:intergenic 45.0%
AGGGATTGTGGGAATTAGTG+TGG - Chr3:86578396-86578415 MsG0380016686.01.T01:CDS 45.0%
ATAAAGGGATACAAAGCGCG+GGG - Chr3:86579028-86579047 MsG0380016686.01.T01:CDS 45.0%
CCTGCGAAAAGAGTTAAGTG+GGG + Chr3:86577737-86577756 None:intergenic 45.0%
GGCATGTTCAATGCTCTTTC+AGG - Chr3:86577596-86577615 MsG0380016686.01.T01:CDS 45.0%
GGTGGCATCTATAACATCCT+CGG - Chr3:86577710-86577729 MsG0380016686.01.T01:intron 45.0%
GTTCCTTTACGATTCATGGG+TGG + Chr3:86577905-86577924 None:intergenic 45.0%
TACCCACCCATGAATCGTAA+AGG - Chr3:86577899-86577918 MsG0380016686.01.T01:intron 45.0%
TATTATATGGGGTGGTGCAC+TGG - Chr3:86578435-86578454 MsG0380016686.01.T01:CDS 45.0%
TCCTCCTATGTCCTTTACAC+TGG - Chr3:86577761-86577780 MsG0380016686.01.T01:intron 45.0%
TGTGAAGCTTGTGTAGAGTG+CGG + Chr3:86577672-86577691 None:intergenic 45.0%
TGTTATAGATGCCACCACCT+AGG + Chr3:86577706-86577725 None:intergenic 45.0%
TTCTCATGATTCCTGCTGCT+TGG - Chr3:86578209-86578228 MsG0380016686.01.T01:CDS 45.0%
TTGGACTTACACAGGTACAC+AGG - Chr3:86579000-86579019 MsG0380016686.01.T01:CDS 45.0%
! ATTTTCGGAATCCTAGGTGG+TGG - Chr3:86577692-86577711 MsG0380016686.01.T01:intron 45.0%
!! AACATGGGTGGTGTTATTGG+TGG - Chr3:86577953-86577972 MsG0380016686.01.T01:intron 45.0%
!! GAAAGAGCATTGAACATGCC+TGG + Chr3:86577596-86577615 None:intergenic 45.0%
!!! GAAGTTTTTGAGGTTTCCGG+TGG + Chr3:86577506-86577525 None:intergenic 45.0%
!!! ATTTAAAAAATATTATGTTT+TGG + Chr3:86578758-86578777 None:intergenic 5.0%
AAAGAGTTAAGTGGGGTCCG+AGG + Chr3:86577730-86577749 None:intergenic 50.0%
AGAATCAGCCACTCAACCAC+CGG - Chr3:86577487-86577506 MsG0380016686.01.T01:CDS 50.0%
GCATCGGAGCTGGACTATTA+TGG - Chr3:86577849-86577868 MsG0380016686.01.T01:intron 50.0%
GCTTGTGTAGAGTGCGGTTA+AGG + Chr3:86577666-86577685 None:intergenic 50.0%
TAAAGGGATACAAAGCGCGG+GGG - Chr3:86579029-86579048 MsG0380016686.01.T01:CDS 50.0%
! CCCCACTTAACTCTTTTCGC+AGG - Chr3:86577734-86577753 MsG0380016686.01.T01:intron 50.0%
! GGACTATTATGGAGTGCCCA+AGG - Chr3:86577860-86577879 MsG0380016686.01.T01:intron 50.0%
!! GTAGTTTCCGGTGCTGTTCT+CGG - Chr3:86577827-86577846 MsG0380016686.01.T01:intron 50.0%
!!! GAGTCTGGTTCTGCTTTTGC+TGG - Chr3:86578502-86578521 MsG0380016686.01.T01:CDS 50.0%
GCTCTTTCAGGAATGGGTGG+TGG - Chr3:86577608-86577627 MsG0380016686.01.T01:CDS 55.0%
TGAGGTTTCCGGTGGTTGAG+TGG + Chr3:86577498-86577517 None:intergenic 55.0%
! CTTTCAGGAATGGGTGGTGG+TGG - Chr3:86577611-86577630 MsG0380016686.01.T01:CDS 55.0%
!! GAGTGCGGTTAAGGCGTTGT+TGG + Chr3:86577657-86577676 None:intergenic 55.0%
TCCGATGCCGAGAACAGCAC+CGG + Chr3:86577837-86577856 None:intergenic 60.0%
!! TCCGGTGCTGTTCTCGGCAT+CGG - Chr3:86577833-86577852 MsG0380016686.01.T01:intron 60.0%
! GCTGTTCTCGGCATCGGAGC+TGG - Chr3:86577839-86577858 MsG0380016686.01.T01:intron 65.0%
GCGCGGGGGCTGCAGTTGCA+TGG - Chr3:86579043-86579062 MsG0380016686.01.T01:CDS 75.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr3 gene 86577464 86579200 86577464 ID=MsG0380016686.01;Name=MsG0380016686.01
Chr3 mRNA 86577464 86579200 86577464 ID=MsG0380016686.01.T01;Parent=MsG0380016686.01;Name=MsG0380016686.01.T01;_AED=0.34;_eAED=0.34;_QI=0|0|0|1|1|1|2|0|450
Chr3 exon 86578035 86579200 86578035 ID=MsG0380016686.01.T01:exon:21903;Parent=MsG0380016686.01.T01
Chr3 exon 86577464 86577650 86577464 ID=MsG0380016686.01.T01:exon:21902;Parent=MsG0380016686.01.T01
Chr3 CDS 86578035 86579200 86578035 ID=MsG0380016686.01.T01:cds;Parent=MsG0380016686.01.T01
Chr3 CDS 86577464 86577650 86577464 ID=MsG0380016686.01.T01:cds;Parent=MsG0380016686.01.T01
Gene Sequence

>MsG0380016686.01.T01

ATGGGTGGTGTCGTTGAACATGAAGAATCAGCCACTCAACCACCGGAAACCTCAAAAACTTCATCACTTCTTAGATACAATTCACCTCTTTCACAAATCATCCTTATTGGGTTGGTTTGTTTTTGTTGTCCAGGCATGTTCAATGCTCTTTCAGGAATGGGTGGTGGTGGTCAAGTCAATGCAACAGCTTCCAACAACGCCTTAACCGCACTCTACACAAGCTTCACAATTTTCGGAATCCTAGGTGGTGGCATCTATAACATCCTCGGACCCCACTTAACTCTTTTCGCAGGTTGTTCCTCCTATGTCCTTTACACTGGTTCTTTCCTCTACTACAATCATAAACAACATCAAGCTTTTGCTGTAGTTTCCGGTGCTGTTCTCGGCATCGGAGCTGGACTATTATGGAGTGCCCAAGGTGCTATTATGACATCTTACCCACCCATGAATCGTAAAGGAACTTACATTTCAATTTTCTGGAGTATTTTCAACATGGGTGGTGTTATTGGTGGTTTAATTCCTTTTATTCTTAATTACAATCGTGGCGACCAAGCTGCTACTGTTAATGATGGAACTTATATAGGTTTCATGGCTTTTATGTCACTAGGGACTGTTTTGTCTCTAACTATTTTACCTGCTAGTAAAGTTATTCGTGATGATGGAACAAAGTGTACAAATATGTTGTACTCAAATGTTGCAACTGAGTGTGTGGAGATTCTTAAATTGTTCTACAATTGGAAGATGCTTCTCATGATTCCTGCTGCTTGGTCTAGTAATTTCTTTTACACATATCAATTTAATCATGTTAATAAGACACAGGTTAGTTTGAGAACAAGAGGGTTGAACAATGTGTTTTATTGGGGAGCACAAATGATAGGGTCAATTGGGATTGGATACACTATGGATTTCAGTTTCAAGAGTAGAAAGAAAAGAGGGATTGTGGGAATTAGTGTGGTTGCTATTCTTGGATCTATTATATGGGGTGGTGCACTGGCTAATCAGATTAAACATAAACATGGCAAGGTCTTGGATTTTAAGGAGTCTGGTTCTGCTTTTGCTGGTCCTTTTGTTTTGTATTTTTCTTTTGGGCTGTTAGATGCCATGTTTCAGAGTATGGTTTACTGGTCTATTGGAGCATTGGCTAATGACTCTGAAGTTCTTAGCAGGTACACAGGATTCTATAAAGGGATACAAAGCGCGGGGGCTGCAGTTGCATGGCAAATTGATAATCACAATGTATCTCCAATGACACAGTTGATTGTGAATTGGGTGCTCACTACACTAAGCTATCCGTTATTGTTGGTTTTAATGATTTTGGTTGTGAAAGAGGACAATAACGAGGAAGAGAAATGA

Protein sequence

>MsG0380016686.01.T01

MGGVVEHEESATQPPETSKTSSLLRYNSPLSQIILIGLVCFCCPGMFNALSGMGGGGQVNATASNNALTALYTSFTIFGILGGGIYNILGPHLTLFAGCSSYVLYTGSFLYYNHKQHQAFAVVSGAVLGIGAGLLWSAQGAIMTSYPPMNRKGTYISIFWSIFNMGGVIGGLIPFILNYNRGDQAATVNDGTYIGFMAFMSLGTVLSLTILPASKVIRDDGTKCTNMLYSNVATECVEILKLFYNWKMLLMIPAAWSSNFFYTYQFNHVNKTQVSLRTRGLNNVFYWGAQMIGSIGIGYTMDFSFKSRKKRGIVGISVVAILGSIIWGGALANQIKHKHGKVLDFKESGSAFAGPFVLYFSFGLLDAMFQSMVYWSIGALANDSEVLSRYTGFYKGIQSAGAAVAWQIDNHNVSPMTQLIVNWVLTTLSYPLLLVLMILVVKEDNNEEEK*