AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0180004246.01


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MsG0180004246.01.T01 AT5G59590 27.368 285 168 7 53 309 176 449 4.51e-25 105
MsG0180004246.01.T01 AT4G34138 28.025 314 178 8 35 309 174 478 4.56e-25 105
MsG0180004246.01.T01 AT4G34135 29.338 317 176 9 35 311 175 483 1.06e-24 104
MsG0180004246.01.T01 AT5G17050 30.350 257 139 5 82 311 215 458 1.17e-24 103
MsG0180004246.01.T01 AT2G36800 30.224 268 142 7 86 309 221 487 1.65e-24 103
MsG0180004246.01.T01 AT3G11340 32.057 209 94 5 138 309 247 444 1.66e-24 103
MsG0180004246.01.T01 AT5G66690 33.040 227 115 7 88 288 204 419 2.12e-24 103
MsG0180004246.01.T01 AT3G53160 27.778 270 152 6 86 312 216 485 2.41e-24 103
MsG0180004246.01.T01 AT1G10400 28.931 318 173 13 35 314 165 467 2.83e-24 102
MsG0180004246.01.T01 AT1G01390 36.517 178 91 5 74 237 213 382 3.34e-24 102
MsG0180004246.01.T01 AT3G21800 28.720 289 141 10 74 309 199 475 3.38e-24 102
MsG0180004246.01.T01 AT1G01390 36.517 178 91 5 74 237 196 365 3.38e-24 102
MsG0180004246.01.T01 AT3G21790 35.838 173 96 3 74 237 203 369 4.90e-24 102
MsG0180004246.01.T01 AT4G36770 32.456 228 100 8 107 292 231 446 4.97e-24 102
MsG0180004246.01.T01 AT5G59580 26.990 289 166 8 53 310 174 448 5.33e-24 102
MsG0180004246.01.T01 AT2G36750 30.337 267 143 7 86 309 217 483 5.44e-24 102
MsG0180004246.01.T01 AT3G46670 28.421 285 160 7 58 306 169 445 7.98e-24 101
MsG0180004246.01.T01 AT3G55710 29.804 255 138 6 88 309 208 454 9.06e-24 101
MsG0180004246.01.T01 AT3G46650 29.537 281 159 7 53 305 159 428 9.48e-24 101
MsG0180004246.01.T01 AT3G46660 27.597 308 173 8 45 311 159 457 1.72e-23 100
MsG0180004246.01.T01 AT2G36760 28.315 279 157 6 77 312 213 491 2.02e-23 100
MsG0180004246.01.T01 AT3G46700 27.304 293 163 9 53 311 170 446 3.08e-23 99.8
MsG0180004246.01.T01 AT2G29740 27.799 259 141 5 88 309 225 474 3.15e-23 100
MsG0180004246.01.T01 AT3G46680 29.644 253 134 7 82 306 210 446 4.88e-23 99.4
MsG0180004246.01.T01 AT1G73880 27.698 278 150 8 74 313 206 470 7.46e-23 99.0
MsG0180004246.01.T01 AT1G01420 27.839 273 146 5 75 304 200 464 7.60e-23 99.0
MsG0180004246.01.T01 AT1G01420 27.839 273 146 5 75 304 197 461 8.32e-23 99.0
MsG0180004246.01.T01 AT4G15280 30.634 284 140 10 74 309 199 473 1.51e-22 98.2
MsG0180004246.01.T01 AT1G07250 28.517 263 145 6 88 314 222 477 1.52e-22 98.2
MsG0180004246.01.T01 AT4G15280 30.634 284 140 10 74 309 231 505 1.61e-22 98.2
MsG0180004246.01.T01 AT3G46690 27.241 290 169 6 54 307 164 447 1.76e-22 97.8
MsG0180004246.01.T01 AT3G50740 26.537 309 151 11 61 311 185 475 1.84e-22 97.8
MsG0180004246.01.T01 AT5G14860 28.616 318 168 10 34 309 175 475 2.15e-22 97.8
MsG0180004246.01.T01 AT2G29750 32.530 166 102 2 88 250 225 383 2.19e-22 97.8
MsG0180004246.01.T01 AT3G46720 30.638 235 111 7 108 310 227 441 4.94e-22 96.3
MsG0180004246.01.T01 AT1G30530 28.846 260 135 5 82 309 209 450 5.97e-22 96.3
MsG0180004246.01.T01 AT3G21760 26.897 290 145 9 74 309 204 480 7.02e-22 96.3
MsG0180004246.01.T01 AT1G07260 26.642 274 150 5 75 309 210 471 7.34e-22 95.9
MsG0180004246.01.T01 AT3G21750 26.506 332 172 10 40 318 161 473 7.89e-22 95.9
MsG0180004246.01.T01 AT2G29730 28.326 233 123 7 111 309 240 462 1.07e-21 95.5
MsG0180004246.01.T01 AT5G38040 28.016 257 135 7 88 309 208 449 1.25e-21 95.1
MsG0180004246.01.T01 AT2G29710 26.351 296 165 9 58 309 176 462 1.71e-21 95.1
MsG0180004246.01.T01 AT2G30140 30.597 268 134 8 79 311 203 453 2.47e-21 94.4
MsG0180004246.01.T01 AT2G30140 30.597 268 134 8 79 311 202 452 2.53e-21 94.4
MsG0180004246.01.T01 AT5G17030 26.692 266 143 7 82 313 212 459 4.23e-21 93.6
MsG0180004246.01.T01 AT5G38010 28.906 256 138 8 82 309 214 453 5.47e-21 93.6
MsG0180004246.01.T01 AT2G16890 28.623 276 141 10 74 309 208 467 7.79e-21 93.2
MsG0180004246.01.T01 AT5G05860 30.686 277 137 13 69 309 190 447 3.27e-20 91.3
MsG0180004246.01.T01 AT2G30150 30.282 284 142 11 62 309 173 436 3.87e-20 90.9
MsG0180004246.01.T01 AT2G36790 29.965 287 155 8 75 316 209 494 4.03e-20 91.3
MsG0180004246.01.T01 AT2G30150 30.282 284 142 11 62 309 189 452 4.19e-20 90.9
MsG0180004246.01.T01 AT1G51210 30.992 242 132 11 8 237 138 356 2.68e-19 88.2
MsG0180004246.01.T01 AT1G07240 29.697 165 109 3 88 250 221 380 3.26e-19 88.2
MsG0180004246.01.T01 AT5G12890 28.897 263 133 10 89 307 227 479 5.98e-19 87.8
MsG0180004246.01.T01 AT2G18560 28.839 267 129 7 88 305 118 372 7.03e-19 86.7
MsG0180004246.01.T01 AT5G03490 26.349 315 171 13 36 310 170 463 1.94e-18 85.9
MsG0180004246.01.T01 AT5G49690 34.731 167 92 5 87 251 216 367 2.35e-18 85.9
MsG0180004246.01.T01 AT5G17040 27.203 261 140 8 82 309 196 439 2.80e-18 85.5
MsG0180004246.01.T01 AT5G17040 27.341 267 132 8 82 309 94 337 5.10e-18 84.0
MsG0180004246.01.T01 AT2G26480 26.298 289 170 10 58 309 163 445 8.11e-18 84.0
MsG0180004246.01.T01 AT5G53990 28.070 228 128 7 88 301 197 402 1.32e-17 83.6
MsG0180004246.01.T01 AT5G05880 27.488 211 113 4 133 311 248 450 1.93e-17 83.2
MsG0180004246.01.T01 AT5G54010 27.376 263 156 8 3 261 127 358 2.73e-17 82.4
MsG0180004246.01.T01 AT5G37950 32.692 156 91 4 82 237 186 327 4.60e-17 81.3
MsG0180004246.01.T01 AT5G37950 32.692 156 91 4 82 237 180 321 4.73e-17 81.3
MsG0180004246.01.T01 AT2G18570 33.333 165 84 4 88 237 208 361 9.14e-17 81.3
MsG0180004246.01.T01 AT3G02100 26.838 272 143 7 74 312 214 462 1.26e-16 80.5
MsG0180004246.01.T01 AT4G27570 27.969 261 133 11 88 311 203 445 1.30e-16 80.5
MsG0180004246.01.T01 AT4G27560 28.044 271 138 12 88 319 203 455 1.31e-16 80.5
MsG0180004246.01.T01 AT2G16890 32.941 170 92 6 74 237 208 361 2.12e-16 79.7
MsG0180004246.01.T01 AT5G54060 28.295 258 134 10 88 309 220 462 5.12e-16 79.0
MsG0180004246.01.T01 AT4G01070 34.591 159 82 7 75 220 197 346 8.03e-16 77.4
MsG0180004246.01.T01 AT1G64910 32.468 154 87 6 88 237 197 337 8.07e-16 78.2
MsG0180004246.01.T01 AT5G05890 31.973 147 91 3 92 236 214 353 8.26e-16 78.2
MsG0180004246.01.T01 AT5G65550 33.974 156 82 5 88 237 220 360 1.55e-15 77.4
MsG0180004246.01.T01 AT3G22250 29.126 206 98 7 114 282 247 441 2.14e-15 77.0
MsG0180004246.01.T01 AT3G29630 30.114 176 103 5 88 261 197 354 2.36e-15 76.6
MsG0180004246.01.T01 AT5G05900 30.994 171 102 6 67 236 193 348 3.56e-15 76.3
MsG0180004246.01.T01 AT1G06000 24.164 269 154 8 83 309 173 433 3.27e-14 73.2
MsG0180004246.01.T01 AT2G22930 30.968 155 88 4 88 237 197 337 1.47e-13 71.2
MsG0180004246.01.T01 AT1G50580 30.108 186 106 7 80 261 188 353 2.42e-13 70.9
MsG0180004246.01.T01 AT3G29630 32.143 140 84 3 123 261 199 328 4.33e-13 70.1
MsG0180004246.01.T01 AT4G34135 32.484 157 98 5 35 188 175 326 9.36e-13 68.6
MsG0180004246.01.T01 AT3G53150 30.435 161 105 4 83 237 227 386 1.42e-12 68.6
MsG0180004246.01.T01 AT2G22590 37.895 95 58 1 143 236 273 367 1.71e-12 68.2

Find 68 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 181 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TCGGAATCTTGATGAATTTA+TGG 0.173256 1:+75558654 MsG0180004246.01.T01:CDS
AAACCACCTTCGGAGGAATT+AGG 0.182104 1:+75558224 MsG0180004246.01.T01:CDS
TTTCACAATCCAAATATTAA+AGG 0.182554 1:+75558014 MsG0180004246.01.T01:CDS
TTTAGTCAATTTCCATTTCT+AGG 0.225535 1:+75557855 MsG0180004246.01.T01:CDS
AGAAATGGAAATTGACTAAA+AGG 0.259932 1:-75557852 None:intergenic
TGAAATAGCATATGGGTTAT+TGG 0.264850 1:+75558172 MsG0180004246.01.T01:CDS
CTAAAAGGATGAAGAAAATC+TGG 0.307810 1:-75557837 None:intergenic
GGAAGGTGTTGTATCAATTA+AGG 0.329519 1:+75556515 MsG0180004246.01.T01:CDS
AACCACCTTCGGAGGAATTA+GGG 0.329917 1:+75558225 MsG0180004246.01.T01:CDS
TCTGTGGTTTATATTTCTTT+TGG 0.340949 1:+75558116 MsG0180004246.01.T01:CDS
GATATCATTCAGTTCTTAGT+TGG 0.354575 1:+75556559 MsG0180004246.01.T01:CDS
GGTAATTGAACATCAATATA+AGG 0.356864 1:-75557786 None:intergenic
CAAGTGAATGAAATAGCATA+TGG 0.385064 1:+75558164 MsG0180004246.01.T01:CDS
ATATAAACCACAGAACCTTT+TGG 0.387524 1:-75558107 None:intergenic
AGAGAGGAAAAGTTGTGAAA+TGG 0.387921 1:+75558294 MsG0180004246.01.T01:CDS
AAGATGAGTGTCCCTAGAAA+TGG 0.398955 1:-75557867 None:intergenic
GTAGGGATTAGATTGGGTTA+TGG 0.399166 1:+75558481 MsG0180004246.01.T01:CDS
TTTGCCAGATGGGTTCTTAG+AGG 0.405833 1:+75558262 MsG0180004246.01.T01:CDS
TGCTTATTGGAAGCTACAAC+AGG 0.405883 1:+75558547 MsG0180004246.01.T01:CDS
ATCATGCTCTAGTTCTTCAT+AGG 0.422004 1:-75557937 None:intergenic
TTTATTAAGTGTTGCATCAT+GGG 0.434623 1:+75556590 MsG0180004246.01.T01:CDS
AATTGATACAACACCTTCCA+TGG 0.435013 1:-75556511 None:intergenic
TTTGGTGTAGGGATTAGATT+GGG 0.453004 1:+75558475 MsG0180004246.01.T01:CDS
TTAGTCAATTTCCATTTCTA+GGG 0.453241 1:+75557856 MsG0180004246.01.T01:CDS
GTGGGTATTAAAACCACCTT+CGG 0.463856 1:+75558214 MsG0180004246.01.T01:CDS
CTTTATTAAGTGTTGCATCA+TGG 0.474052 1:+75556589 MsG0180004246.01.T01:CDS
GAGGATGCGGTTGCCGTAGG+TGG 0.478660 1:+75558622 MsG0180004246.01.T01:CDS
TTGTATTTAAGAACTTGAAA+AGG 0.493342 1:-75557807 None:intergenic
AAGAACATAATTTGCCAGAT+GGG 0.496155 1:+75558252 MsG0180004246.01.T01:CDS
AAAGAACATAATTTGCCAGA+TGG 0.501406 1:+75558251 MsG0180004246.01.T01:CDS
CATTCACTTGTTCTTGAGGA+AGG 0.503631 1:-75558151 None:intergenic
GTTTCCTCTAAGAACCCATC+TGG 0.511421 1:-75558266 None:intergenic
GAAGAAAGCGGCAGAGGATG+CGG 0.514863 1:+75558609 MsG0180004246.01.T01:CDS
ATTTCATTCACTTGTTCTTG+AGG 0.531660 1:-75558155 None:intergenic
TCAATCTTCGTAAGACCCAT+TGG 0.541457 1:+75557984 MsG0180004246.01.T01:CDS
TCATTCAGTTCTTAGTTGGA+CGG 0.542624 1:+75556563 MsG0180004246.01.T01:CDS
TTTAGCCCTAATTCCTCCGA+AGG 0.547618 1:-75558230 None:intergenic
TAAAAGGATGAAGAAAATCT+GGG 0.548773 1:-75557836 None:intergenic
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TTGTGAAACAATGGACCAAT+GGG 0.563623 1:-75557999 None:intergenic
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AAGTGAATGAAATAGCATAT+GGG 0.601672 1:+75558165 MsG0180004246.01.T01:CDS
TTCATCAAGATTCCGATCAG+AGG 0.604344 1:-75558647 None:intergenic
TAAATTAGTAACAAGAGATG+AGG 0.604740 1:+75558516 MsG0180004246.01.T01:CDS
GTTACGAAACATGCCACTGA+TGG 0.608593 1:-75558344 None:intergenic
ATGATTGTAAAATTATAGAG+TGG 0.612349 1:+75558072 MsG0180004246.01.T01:CDS
CTTATTGGAAGCTACAACAG+GGG 0.618372 1:+75558549 MsG0180004246.01.T01:CDS
GGTATTAAAACCACCTTCGG+AGG 0.626039 1:+75558217 MsG0180004246.01.T01:CDS
AACTGAATGATATCGAGCCA+TGG 0.628724 1:-75556550 None:intergenic
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ATTGTGAAACAATGGACCAA+TGG 0.633300 1:-75558000 None:intergenic
TGCAATGAAGTGGAAGAAAG+CGG 0.637939 1:+75558597 MsG0180004246.01.T01:CDS
GCATGTTTCGTAACACATTG+TGG 0.641634 1:+75558353 MsG0180004246.01.T01:CDS
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GCTTATTGGAAGCTACAACA+GGG 0.662731 1:+75558548 MsG0180004246.01.T01:CDS
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ATGGAAGACATTCAGAACCG+TGG 0.696567 1:+75558673 MsG0180004246.01.T01:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! AATTTCTTCTAATATTTTGT+GGG + Chr1:75556743-75556762 MsG0180004246.01.T01:intron 15.0%
!!! TTAGTTTGGTTTTATAAAAA+CGG + Chr1:75556779-75556798 MsG0180004246.01.T01:intron 15.0%
!! ATGATTGTAAAATTATAGAG+TGG + Chr1:75558072-75558091 MsG0180004246.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTGTTTATGATACATGAAA+AGG - Chr1:75557629-75557648 None:intergenic 20.0%
!! TAAAAGTGATCAATAGATAA+TGG + Chr1:75556841-75556860 MsG0180004246.01.T01:intron 20.0%
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!! TTGTTTATGATACATGAAAA+GGG - Chr1:75557628-75557647 None:intergenic 20.0%
!! TTTCACAATCCAAATATTAA+AGG + Chr1:75558014-75558033 MsG0180004246.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATCTATTGATCACTTTTATT+AGG - Chr1:75556839-75556858 None:intergenic 20.0%
!!! GAATTTCTTCTAATATTTTG+TGG + Chr1:75556742-75556761 MsG0180004246.01.T01:intron 20.0%
!!! TCTATTGATCACTTTTATTA+GGG - Chr1:75556838-75556857 None:intergenic 20.0%
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! ATATTTGGATTGTGAAACAA+TGG - Chr1:75558011-75558030 None:intergenic 25.0%
! GGTAATTGAACATCAATATA+AGG - Chr1:75557789-75557808 None:intergenic 25.0%
! TAAAAGGATGAAGAAAATCT+GGG - Chr1:75557839-75557858 None:intergenic 25.0%
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! TTGATCATTTGAGAAACAAA+TGG - Chr1:75557584-75557603 None:intergenic 25.0%
! TTTAGTCAATTTCCATTTCT+AGG + Chr1:75557855-75557874 MsG0180004246.01.T01:CDS 25.0%
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!! TCTGTGGTTTATATTTCTTT+TGG + Chr1:75558116-75558135 MsG0180004246.01.T01:CDS 25.0%
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!!! ATCAATAGATAATGGACTTT+TGG + Chr1:75556849-75556868 MsG0180004246.01.T01:intron 25.0%
!!! TAATTTTTGAAAACGACTCT+CGG - Chr1:75556654-75556673 None:intergenic 25.0%
!!! TCAATAGATAATGGACTTTT+GGG + Chr1:75556850-75556869 MsG0180004246.01.T01:intron 25.0%
AAGTCACAAATGCAAATTCT+TGG + Chr1:75558444-75558463 MsG0180004246.01.T01:intron 30.0%
AATAACAAAACTTCCTAACG+TGG - Chr1:75556628-75556647 None:intergenic 30.0%
AATATAAGGTTCTGTTCTGA+AGG - Chr1:75557775-75557794 None:intergenic 30.0%
AATTTATAGTAGTGGTAGCT+GGG - Chr1:75557220-75557239 None:intergenic 30.0%
ATAGAACATCTCAAACTTGT+TGG + Chr1:75557554-75557573 MsG0180004246.01.T01:intron 30.0%
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CTATAACTATTTCCACAAAC+TGG + Chr1:75557741-75557760 MsG0180004246.01.T01:intron 30.0%
GAAATTAGAACACACTTACT+TGG - Chr1:75557105-75557124 None:intergenic 30.0%
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TAATTTATAGTAGTGGTAGC+TGG - Chr1:75557221-75557240 None:intergenic 30.0%
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! AAACAATCCTTTTGTTCCAT+GGG + Chr1:75557642-75557661 MsG0180004246.01.T01:intron 30.0%
! AAAGAACATAATTTGCCAGA+TGG + Chr1:75558251-75558270 MsG0180004246.01.T01:CDS 30.0%
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! ATATAAACCACAGAACCTTT+TGG - Chr1:75558110-75558129 None:intergenic 30.0%
! ATATAAGGTTCTGTTCTGAA+GGG - Chr1:75557774-75557793 None:intergenic 30.0%
! CTGATTATTTTCTTCAGAGT+GGG - Chr1:75557247-75557266 None:intergenic 30.0%
! CTTTATTAAGTGTTGCATCA+TGG + Chr1:75556589-75556608 MsG0180004246.01.T01:CDS 30.0%
! GATCCCATTTTCTTTTTCTT+TGG - Chr1:75557273-75557292 None:intergenic 30.0%
! TAAACAATCCTTTTGTTCCA+TGG + Chr1:75557641-75557660 MsG0180004246.01.T01:intron 30.0%
! TGAAATAGCATATGGGTTAT+TGG + Chr1:75558172-75558191 MsG0180004246.01.T01:CDS 30.0%
! TGGGCTTTAATTTATAGTAG+TGG - Chr1:75557228-75557247 None:intergenic 30.0%
!! ATTCTCAAGTATCGTTTTTG+TGG + Chr1:75558195-75558214 MsG0180004246.01.T01:CDS 30.0%
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!!! ACTTTTGAGTTCTTAGATGA+TGG + Chr1:75557488-75557507 MsG0180004246.01.T01:intron 30.0%
AAGGATATGAGTGTTTGCTT+CGG - Chr1:75557295-75557314 None:intergenic 35.0%
AATGTTGACATTTCCAGCAT+GGG + Chr1:75558415-75558434 MsG0180004246.01.T01:intron 35.0%
AATTCTAACATTCTCCCACT+TGG - Chr1:75556727-75556746 None:intergenic 35.0%
AGAGAGGAAAAGTTGTGAAA+TGG + Chr1:75558294-75558313 MsG0180004246.01.T01:CDS 35.0%
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ATTGTGAAACAATGGACCAA+TGG - Chr1:75558003-75558022 None:intergenic 35.0%
ATTTATAGTAGTGGTAGCTG+GGG - Chr1:75557219-75557238 None:intergenic 35.0%
CCTAAAAGATTTCCTCTTAG+AGG - Chr1:75557530-75557549 None:intergenic 35.0%
CGGTTATAAATAAAGAGGCT+AGG + Chr1:75556949-75556968 MsG0180004246.01.T01:intron 35.0%
GCCACCAAAGAAAAAGAAAA+TGG + Chr1:75557266-75557285 MsG0180004246.01.T01:intron 35.0%
TAAGGATATAACTACTGCCA+TGG + Chr1:75556533-75556552 MsG0180004246.01.T01:CDS 35.0%
TCATTCAGTTCTTAGTTGGA+CGG + Chr1:75556563-75556582 MsG0180004246.01.T01:CDS 35.0%
TGAATCCATAACAAAGCAGA+AGG - Chr1:75557697-75557716 None:intergenic 35.0%
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TTTCACATGCTCCAAACTTA+GGG - Chr1:75557031-75557050 None:intergenic 35.0%
! ACTTTGCTAGTCTAAGAAGA+GGG - Chr1:75557350-75557369 None:intergenic 35.0%
! CCCATTTTCTTTTTCTTTGG+TGG - Chr1:75557270-75557289 None:intergenic 35.0%
! GCTGATTATTTTCTTCAGAG+TGG - Chr1:75557248-75557267 None:intergenic 35.0%
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! TTTGGTGTAGGGATTAGATT+GGG + Chr1:75558475-75558494 MsG0180004246.01.T01:CDS 35.0%
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!! ATCAATGGAAGCACTTACTT+TGG + Chr1:75558385-75558404 MsG0180004246.01.T01:intron 35.0%
!! ATCATGCTCTAGTTCTTCAT+AGG - Chr1:75557940-75557959 None:intergenic 35.0%
!! CCTCTAAGAGGAAATCTTTT+AGG + Chr1:75557527-75557546 MsG0180004246.01.T01:intron 35.0%
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!! TGATCCATTTGATGATGCTT+AGG + Chr1:75556812-75556831 MsG0180004246.01.T01:intron 35.0%
!! TTTTGGTGTAGGGATTAGAT+TGG + Chr1:75558474-75558493 MsG0180004246.01.T01:CDS 35.0%
!!! TGGTAGATGTTTTTGGTGTA+GGG + Chr1:75558464-75558483 MsG0180004246.01.T01:intron 35.0%
!!! TTGGTAGATGTTTTTGGTGT+AGG + Chr1:75558463-75558482 MsG0180004246.01.T01:intron 35.0%
AACTGAATGATATCGAGCCA+TGG - Chr1:75556553-75556572 None:intergenic 40.0%
AAGATGAGTGTCCCTAGAAA+TGG - Chr1:75557870-75557889 None:intergenic 40.0%
AATAGTCAGAGTGATGGCAA+AGG - Chr1:75556978-75556997 None:intergenic 40.0%
ACACACTTACTTGGAAACCA+TGG - Chr1:75557096-75557115 None:intergenic 40.0%
AGTGAGAGAACCATCACAAT+TGG - Chr1:75557471-75557490 None:intergenic 40.0%
ATAGTCAGAGTGATGGCAAA+GGG - Chr1:75556977-75556996 None:intergenic 40.0%
ATCACTCACTCCAATTGTGA+TGG + Chr1:75557458-75557477 MsG0180004246.01.T01:intron 40.0%
ATGTTGACATTTCCAGCATG+GGG + Chr1:75558416-75558435 MsG0180004246.01.T01:intron 40.0%
ATTTATAACCGTGCAACCCT+AGG - Chr1:75556940-75556959 None:intergenic 40.0%
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CATGCTGGAAATGTCAACAT+TGG - Chr1:75558416-75558435 None:intergenic 40.0%
CATTCACTTGTTCTTGAGGA+AGG - Chr1:75558154-75558173 None:intergenic 40.0%
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GCATGTTTCGTAACACATTG+TGG + Chr1:75558353-75558372 MsG0180004246.01.T01:CDS 40.0%
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GTGCTGGATAAGAGATAAGA+AGG - Chr1:75557314-75557333 None:intergenic 40.0%
GTGGGTATTAAAACCACCTT+CGG + Chr1:75558214-75558233 MsG0180004246.01.T01:CDS 40.0%
GTTTCGTAACACATTGTGGT+TGG + Chr1:75558357-75558376 MsG0180004246.01.T01:intron 40.0%
TCAATCTTCGTAAGACCCAT+TGG + Chr1:75557984-75558003 MsG0180004246.01.T01:CDS 40.0%
TCACAAACCCATGGAACAAA+AGG - Chr1:75557652-75557671 None:intergenic 40.0%
TCGGAATATTAACAGTGCCA+CGG - Chr1:75558693-75558712 None:intergenic 40.0%
TGAGCCAATACTTCTTCTTG+TGG - Chr1:75558323-75558342 None:intergenic 40.0%
TGCAATGAAGTGGAAGAAAG+CGG + Chr1:75558597-75558616 MsG0180004246.01.T01:CDS 40.0%
TGCTTATTGGAAGCTACAAC+AGG + Chr1:75558547-75558566 MsG0180004246.01.T01:CDS 40.0%
TGGCTAAACACAAAGCCAAA+AGG + Chr1:75558092-75558111 MsG0180004246.01.T01:CDS 40.0%
TGTGATGTAGCTGATGAACA+TGG + Chr1:75557667-75557686 MsG0180004246.01.T01:intron 40.0%
TTAGAGGAAACAAGTGAGAG+AGG + Chr1:75558278-75558297 MsG0180004246.01.T01:CDS 40.0%
TTCATCAAGATTCCGATCAG+AGG - Chr1:75558650-75558669 None:intergenic 40.0%
TTCATCACAACAGAGAAAGC+TGG + Chr1:75557399-75557418 MsG0180004246.01.T01:intron 40.0%
! CAAACTTAGGGTTTTCGATG+GGG - Chr1:75557019-75557038 None:intergenic 40.0%
! CACTTTGCTAGTCTAAGAAG+AGG - Chr1:75557351-75557370 None:intergenic 40.0%
! CCAAACTTAGGGTTTTCGAT+GGG - Chr1:75557020-75557039 None:intergenic 40.0%
! CTAAGTTTGGAGCATGTGAA+AGG + Chr1:75557030-75557049 MsG0180004246.01.T01:intron 40.0%
! GAGTCCACAAGAAGAAGTAT+TGG + Chr1:75558316-75558335 MsG0180004246.01.T01:CDS 40.0%
! TCCAAACTTAGGGTTTTCGA+TGG - Chr1:75557021-75557040 None:intergenic 40.0%
!! CACAATTGATTTTGCCCAAG+TGG + Chr1:75556709-75556728 MsG0180004246.01.T01:intron 40.0%
AAACCACCTTCGGAGGAATT+AGG + Chr1:75558224-75558243 MsG0180004246.01.T01:CDS 45.0%
AACCACCTTCGGAGGAATTA+GGG + Chr1:75558225-75558244 MsG0180004246.01.T01:CDS 45.0%
AAGGGAAACGTACCAGTTTG+TGG - Chr1:75557756-75557775 None:intergenic 45.0%
AGGGCCTAAGCATCATCAAA+TGG - Chr1:75556819-75556838 None:intergenic 45.0%
ATAGTGTAGGCCCAAACACT+AGG + Chr1:75556898-75556917 MsG0180004246.01.T01:intron 45.0%
ATGGAAGACATTCAGAACCG+TGG + Chr1:75558673-75558692 MsG0180004246.01.T01:CDS 45.0%
CACAAAGCCAAAAGGTTCTG+TGG + Chr1:75558100-75558119 MsG0180004246.01.T01:CDS 45.0%
CCCATCGAAAACCCTAAGTT+TGG + Chr1:75557017-75557036 MsG0180004246.01.T01:intron 45.0%
GAGCAGAATAGTCAGAGTGA+TGG - Chr1:75556984-75557003 None:intergenic 45.0%
GGTATTAAAACCACCTTCGG+AGG + Chr1:75558217-75558236 MsG0180004246.01.T01:CDS 45.0%
GTAAGCAGCAAAAACAGCAG+TGG - Chr1:75557722-75557741 None:intergenic 45.0%
GTCTTCAATCTCGTCGAATC+CGG + Chr1:75557067-75557086 MsG0180004246.01.T01:intron 45.0%
GTTACGAAACATGCCACTGA+TGG - Chr1:75558347-75558366 None:intergenic 45.0%
TACAACAGGGGAAAAAGCAG+AGG + Chr1:75558561-75558580 MsG0180004246.01.T01:CDS 45.0%
TACTTGGAAACCATGGTGAC+CGG - Chr1:75557089-75557108 None:intergenic 45.0%
TAGTCAGAGTGATGGCAAAG+GGG - Chr1:75556976-75556995 None:intergenic 45.0%
TCAGCTACATCACAAACCCA+TGG - Chr1:75557661-75557680 None:intergenic 45.0%
TGCATCATGGGATCATGTAG+TGG + Chr1:75556602-75556621 MsG0180004246.01.T01:CDS 45.0%
TTGGAGCATGTGAAAGGCAA+AGG + Chr1:75557036-75557055 MsG0180004246.01.T01:intron 45.0%
TTTAGCCCTAATTCCTCCGA+AGG - Chr1:75558233-75558252 None:intergenic 45.0%
! AGCAAAGTGTCTTGCTGCAA+AGG + Chr1:75557362-75557381 MsG0180004246.01.T01:intron 45.0%
! GCAAAGTGTCTTGCTGCAAA+GGG + Chr1:75557363-75557382 MsG0180004246.01.T01:intron 45.0%
! GTTTCCTCTAAGAACCCATC+TGG - Chr1:75558269-75558288 None:intergenic 45.0%
! TTTGCCAGATGGGTTCTTAG+AGG + Chr1:75558262-75558281 MsG0180004246.01.T01:CDS 45.0%
!! AGTATTGGCTCATCCATCAG+TGG + Chr1:75558331-75558350 MsG0180004246.01.T01:CDS 45.0%
CCAAACACTAGGCCCATGAT+GGG + Chr1:75556909-75556928 MsG0180004246.01.T01:intron 50.0%
CCATCATGGGCCTAGTGTTT+GGG - Chr1:75556911-75556930 None:intergenic 50.0%
GATCATGTAGTGGCCACGTT+AGG + Chr1:75556612-75556631 MsG0180004246.01.T01:intron 50.0%
GGGTTTATGTGTCCTTGTGC+TGG - Chr1:75557330-75557349 None:intergenic 50.0%
AGCCCTAATTCCTCCGAAGG+TGG - Chr1:75558230-75558249 None:intergenic 55.0%
CCCAAACACTAGGCCCATGA+TGG + Chr1:75556908-75556927 MsG0180004246.01.T01:intron 55.0%
CCCATCATGGGCCTAGTGTT+TGG - Chr1:75556912-75556931 None:intergenic 55.0%
CCGATCAGAGGATCCACCTA+CGG - Chr1:75558638-75558657 None:intergenic 55.0%
CCGTAGGTGGATCCTCTGAT+CGG + Chr1:75558635-75558654 MsG0180004246.01.T01:CDS 55.0%
GAAGAAAGCGGCAGAGGATG+CGG + Chr1:75558609-75558628 MsG0180004246.01.T01:CDS 55.0%
GAAGTGGAAGAAAGCGGCAG+AGG + Chr1:75558603-75558622 MsG0180004246.01.T01:CDS 55.0%
GTGACTTGATCACCCCATGC+TGG - Chr1:75558431-75558450 None:intergenic 55.0%
! AACACTAGGCCCATGATGGG+TGG + Chr1:75556912-75556931 MsG0180004246.01.T01:intron 55.0%
ACCCTAGGCACCACCCATCA+TGG - Chr1:75556925-75556944 None:intergenic 60.0%
CCCTAGGCACCACCCATCAT+GGG - Chr1:75556924-75556943 None:intergenic 60.0%
CTCGTCGAATCCGGTCACCA+TGG + Chr1:75557076-75557095 MsG0180004246.01.T01:intron 60.0%
!! CCCATGATGGGTGGTGCCTA+GGG + Chr1:75556921-75556940 MsG0180004246.01.T01:intron 60.0%
GAGGATGCGGTTGCCGTAGG+TGG + Chr1:75558622-75558641 MsG0180004246.01.T01:CDS 65.0%
GCAGAGGATGCGGTTGCCGT+AGG + Chr1:75558619-75558638 MsG0180004246.01.T01:CDS 65.0%
GGGTGGTGCCTAGGGTTGCA+CGG + Chr1:75556929-75556948 MsG0180004246.01.T01:intron 65.0%
!! GCCCATGATGGGTGGTGCCT+AGG + Chr1:75556920-75556939 MsG0180004246.01.T01:intron 65.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr1 gene 75556513 75558720 75556513 ID=MsG0180004246.01;Name=MsG0180004246.01
Chr1 mRNA 75556513 75558720 75556513 ID=MsG0180004246.01.T01;Parent=MsG0180004246.01;Name=MsG0180004246.01.T01;_AED=0.50;_eAED=0.56;_QI=0|0|0|1|1|1|3|0|320
Chr1 exon 75556513 75556628 75556513 ID=MsG0180004246.01.T01:exon:40759;Parent=MsG0180004246.01.T01
Chr1 exon 75557779 75558374 75557779 ID=MsG0180004246.01.T01:exon:40758;Parent=MsG0180004246.01.T01
Chr1 exon 75558470 75558720 75558470 ID=MsG0180004246.01.T01:exon:40757;Parent=MsG0180004246.01.T01
Chr1 CDS 75556513 75556628 75556513 ID=MsG0180004246.01.T01:cds;Parent=MsG0180004246.01.T01
Chr1 CDS 75557779 75558374 75557779 ID=MsG0180004246.01.T01:cds;Parent=MsG0180004246.01.T01
Chr1 CDS 75558470 75558720 75558470 ID=MsG0180004246.01.T01:cds;Parent=MsG0180004246.01.T01
Gene Sequence

>MsG0180004246.01.T01

ATGGAAGGTGTTGTATCAATTAAGGATATAACTACTGCCATGGCTCGATATCATTCAGTTCTTAGTTGGACGGAGTCTTTATTAAGTGTTGCATCATGGGATCATGTAGTGGCCACAACAGAACCTTATATTGATGTTCAATTACCTTTTCAAGTTCTTAAATACAATGAAATCCCAGATTTTCTTCATCCTTTTAGTCAATTTCCATTTCTAGGGACACTCATCTTAGAACAGTTTAAGAATTTGTCTAAAGTATTTTGTGTTTTAGTAGAAACCTATGAAGAACTAGAGCATGATTTCATTGACTATATTTCAAACAAATCAATCTTCGTAAGACCCATTGGTCCATTGTTTCACAATCCAAATATTAAAGGTGCAAAAAATATTCGTGGAGATTTTGTTAAGAGTGATGATTGTAAAATTATAGAGTGGCTAAACACAAAGCCAAAAGGTTCTGTGGTTTATATTTCTTTTGGTACTGTTGTGTACCTTCCTCAAGAACAAGTGAATGAAATAGCATATGGGTTATTGGATTCTCAAGTATCGTTTTTGTGGGTATTAAAACCACCTTCGGAGGAATTAGGGCTAAAAGAACATAATTTGCCAGATGGGTTCTTAGAGGAAACAAGTGAGAGAGGAAAAGTTGTGAAATGGAGTCCACAAGAAGAAGTATTGGCTCATCCATCAGTGGCATGTTTCGTAACACATTGTGATGTTTTTGGTGTAGGGATTAGATTGGGTTATGGTATGATTGAAAATAAATTAGTAACAAGAGATGAGGTGAAAAAGTGCTTATTGGAAGCTACAACAGGGGAAAAAGCAGAGGAGTTGAAGAAAAATGCAATGAAGTGGAAGAAAGCGGCAGAGGATGCGGTTGCCGTAGGTGGATCCTCTGATCGGAATCTTGATGAATTTATGGAAGACATTCAGAACCGTGGCACTGTTAATATTCCGAAGATGTAA

Protein sequence

>MsG0180004246.01.T01

MEGVVSIKDITTAMARYHSVLSWTESLLSVASWDHVVATTEPYIDVQLPFQVLKYNEIPDFLHPFSQFPFLGTLILEQFKNLSKVFCVLVETYEELEHDFIDYISNKSIFVRPIGPLFHNPNIKGAKNIRGDFVKSDDCKIIEWLNTKPKGSVVYISFGTVVYLPQEQVNEIAYGLLDSQVSFLWVLKPPSEELGLKEHNLPDGFLEETSERGKVVKWSPQEEVLAHPSVACFVTHCDVFGVGIRLGYGMIENKLVTRDEVKKCLLEATTGEKAEELKKNAMKWKKAAEDAVAVGGSSDRNLDEFMEDIQNRGTVNIPKM*