AlfalfaGEDB | MS.gene59548

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene59548

KEGG: K03255
GO: GO:0003674 GO:0005488 GO:0005515
PFAM: PF12807.10 PF13424.9 PF15044.9

Nr:

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MS.gene59548.t1	XP_013444630.1	97.4	1827	47	0	1	1827	1	1827	0.00E+00	3068.1

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Swissprot:

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MS.gene59548.t1	F4JKH6	49.0	1747	732	34	1	1652	1	1683	2.6e-293	1010.4

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Trembl:

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MS.gene59548.t1	A0A072TYM9	97.4	1827	47	0	1	1827	1	1827	0.0e+00	3068.1

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TFs/TRs:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Protein Kinases:

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Gene ID	Type	Classification
No data available in table

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Network:

Co-expression Network:

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Gene1	Gene2	correlation coefficient	p_value	FDR
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PPI:

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Gene1	Gene2	Type
No data available in table

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MS.gene59548.t1	MTR_3g027610	34.031	573	326	6	571	1097	702	1268	5.84e-92	330
MS.gene59548.t1	MTR_6g052190	85.714	77	11	0	1056	1132	67	143	2.84e-35	132
MS.gene59548.t1	MTR_0321s0030	28.767	146	99	2	601	746	344	484	1.75e-12	72.8

Showing 1 to 7 of 7 entries

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Query id	Subject id	identity %	alignment length	mismatches	gap openings	q. start	q. end	s. start	s. end	e-value	bit score
MS.gene59548.t1	AT1G01320	60.276	1883	583	44	1	1815	1	1786	0.0	2034
MS.gene59548.t1	AT1G01320	60.212	1885	583	44	1	1815	1	1788	0.0	2034
MS.gene59548.t1	AT1G01320	59.842	1895	582	44	1	1815	1	1796	0.0	2026
MS.gene59548.t1	AT4G28080	48.594	1743	715	45	21	1658	24	1690	0.0	1415
MS.gene59548.t1	AT1G15290	48.525	1492	643	34	1	1467	1	1392	0.0	1226
MS.gene59548.t1	AT1G15290	50.285	1402	597	32	1	1377	1	1327	0.0	1223
MS.gene59548.t1	AT3G52140	35.460	533	298	4	602	1097	731	1254	1.17e-91	329
MS.gene59548.t1	AT3G52140	35.009	537	299	3	602	1097	731	1258	1.52e-90	325
MS.gene59548.t1	AT3G52140	35.009	537	299	3	602	1097	743	1270	2.15e-90	325
MS.gene59548.t1	AT3G52140	35.373	523	293	5	602	1097	743	1247	1.81e-83	303

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Find 409 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

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CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
AAAAGATAAGAAACCATCTT+TGG	0.349490	8.4:+68598638	MS.gene59548:CDS
AAAATCTGATATTGTCAGCT+TGG	0.447837	8.4:+68600684	MS.gene59548:CDS
AAAATGGCTTCATCAGTAGC+CGG	0.610000	8.4:+68599741	MS.gene59548:CDS
AAAATTGGCTGTTCCGGATC+AGG	0.389602	8.4:-68605204	None:intergenic
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AAACGTGGAGGAGATATTGG+AGG	0.616728	8.4:+68595047	MS.gene59548:CDS
AAAGAAAACTTATTGGCCCA+AGG	0.601243	8.4:-68597355	None:intergenic
AAATGAAGGTTGAGGGTCTT+GGG	0.405637	8.4:+68598676	MS.gene59548:CDS
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AAATGAGATTTCTGTTAGTC+AGG	0.411062	8.4:+68605764	MS.gene59548:CDS

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CRISPR-GE

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badsite warning	sgRNA_sequence	Strand	Position	Region	GC_content
No data available in table

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Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
chr8.4	gene	68592682	68607129	68592682	ID=MS.gene59548
chr8.4	mRNA	68592682	68607129	68592682	ID=MS.gene59548.t1;Parent=MS.gene59548
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Gene Sequence

>MS.gene59548

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