AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0580027789.01

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MsG0580027789.01.T01 AT5G62230 29.114 237 162 1 126 356 38 274 2.35e-20 97.1
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MsG0580027789.01.T01 AT4G20270 30.435 391 212 8 3 338 122 507 4.64e-30 127
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MsG0580027789.01.T01 AT1G24650 28.139 231 156 6 116 339 71 298 1.54e-14 78.2
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MsG0580027789.01.T01 AT5G65240 36.434 129 53 3 116 242 99 200 5.51e-11 66.2
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MsG0580027789.01.T01 AT5G63710 30.297 505 293 12 227 708 94 562 1.67e-59 212
MsG0580027789.01.T01 AT2G13800 31.845 515 312 10 206 708 62 549 1.89e-59 211
MsG0580027789.01.T01 AT2G13800 31.845 515 312 10 206 708 62 549 1.89e-59 211
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MsG0580027789.01.T01 AT1G51880 32.892 453 257 15 278 708 433 860 3.80e-54 201
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MsG0580027789.01.T01 AT2G43700 34.232 371 218 10 351 708 224 581 4.10e-52 192
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MsG0580027789.01.T01 AT1G56120 31.553 206 137 2 135 338 5 208 2.22e-18 90.5
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MsG0580027789.01.T01 AT2G43690 33.333 360 215 8 366 714 267 612 3.00e-49 184
MsG0580027789.01.T01 AT1G51810 30.435 483 269 16 251 708 279 719 3.55e-49 185
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MsG0580027789.01.T01 AT4G04570 35.315 286 164 8 432 708 341 614 5.46e-44 169
MsG0580027789.01.T01 AT1G20650 38.559 236 136 5 422 649 61 295 6.10e-44 163
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MsG0580027789.01.T01 AT4G39270 25.035 707 437 19 77 708 96 784 6.64e-44 170
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MsG0580027789.01.T01 AT2G42960 33.221 298 187 5 418 708 162 454 7.67e-44 165
MsG0580027789.01.T01 AT4G05200 31.129 363 217 10 361 705 286 633 7.68e-44 169
MsG0580027789.01.T01 AT3G09010 33.106 293 183 5 425 710 32 318 7.89e-44 163
MsG0580027789.01.T01 AT5G54380 38.956 249 146 5 425 667 496 744 1.09e-43 169
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MsG0580027789.01.T01 AT2G28990 30.407 467 267 13 274 708 406 846 1.31e-43 169
MsG0580027789.01.T01 AT5G60280 35.889 287 173 7 426 708 326 605 1.32e-43 167
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MsG0580027789.01.T01 AT1G34210 39.098 133 81 0 227 359 74 206 2.50e-18 89.7
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MsG0580027789.01.T01 AT4G03390 31.206 141 91 2 199 337 72 208 2.01e-11 68.2
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MsG0580027789.01.T01 AT1G56145 25.830 271 160 5 5 269 141 376 1.78e-16 84.3
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MsG0580027789.01.T01 AT1G67520 34.364 291 173 7 427 706 276 559 4.00e-42 162
MsG0580027789.01.T01 AT1G67520 34.364 291 173 7 427 706 276 559 4.00e-42 162
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MsG0580027789.01.T01 AT5G37450 28.517 263 158 5 5 266 100 333 1.84e-17 87.8
MsG0580027789.01.T01 AT5G37450 31.122 196 134 1 145 339 69 264 1.84e-15 81.3
MsG0580027789.01.T01 AT5G37450 30.909 220 143 8 5 222 124 336 5.19e-14 76.6
MsG0580027789.01.T01 AT1G61360 35.424 271 158 4 381 634 347 617 5.71e-41 160
MsG0580027789.01.T01 AT1G61360 35.424 271 158 4 381 634 347 617 5.71e-41 160
MsG0580027789.01.T01 AT1G61360 35.424 271 158 4 381 634 347 617 5.71e-41 160
MsG0580027789.01.T01 AT1G49730 36.877 301 160 9 389 662 258 555 5.78e-41 159

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CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TAACACCAGTTAACATATTT+TGG 0.068168 5:+68489339 None:intergenic
CCTTAAATTTCCAACAAAAT+TGG 0.117721 5:+68490114 None:intergenic
TACCATTTGACCAAGTAATT+TGG 0.142490 5:+68489385 None:intergenic
GTTGCACATGTTAGCGATTT+TGG 0.157375 5:-68488537 MsG0580027789.01.T01:CDS
TCTAATTTAGTCCAACTAAA+TGG 0.163345 5:-68488074 MsG0580027789.01.T01:CDS
TAACTATTGCTTAAATTTCT+TGG 0.169515 5:-68488679 MsG0580027789.01.T01:CDS
ACAAGTGATTCTAAGGATTT+TGG 0.177828 5:+68489314 None:intergenic
CCAATACCTAGTACATTTAA+AGG 0.190884 5:-68489824 MsG0580027789.01.T01:CDS
GAGCTTTGGCTCTGTGTATC+AGG 0.197778 5:-68488910 MsG0580027789.01.T01:CDS
GAAGAGTTGAATATACTATT+TGG 0.202154 5:+68490187 None:intergenic
CTAGAATACCTTTATCTCTT+TGG 0.224653 5:-68489610 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTTTATCTCTTTGGAGTCTT+GGG 0.234378 5:-68489601 MsG0580027789.01.T01:CDS
GTTAGGTTTCCAATTGATTT+AGG 0.240325 5:+68489959 None:intergenic
CTTTGGTTCTTGGCGCAAAC+TGG 0.259738 5:-68487926 MsG0580027789.01.T01:CDS
GTGAATCTTCGCAACAATTC+AGG 0.271267 5:+68488003 None:intergenic
AAAATAAAGACTTTGGTTCT+TGG 0.273030 5:-68487936 MsG0580027789.01.T01:CDS
ACCTAACAGCAGAATTCTTC+TGG 0.275623 5:-68489943 MsG0580027789.01.T01:CDS
TGCTCATGTTTCCAACTTCT+AGG 0.278810 5:+68489888 None:intergenic
TAAAATGGCTGACACAACTA+TGG 0.280762 5:+68489091 None:intergenic
ATCATTGCCTAATGCAATTA+TGG 0.290621 5:-68488108 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTGAAATATGATTTCTTGAT+AGG 0.295936 5:+68489489 None:intergenic
TGTCTTGTTGGATGAAAATA+TGG 0.299504 5:-68488559 MsG0580027789.01.T01:CDS
AAGATGCACAAGTGATTCTA+AGG 0.306063 5:+68489307 None:intergenic
CCAATTGATTTAGGAAGATT+TGG 0.320328 5:+68489968 None:intergenic
ACCATTTGACCAAGTAATTT+GGG 0.321545 5:+68489386 None:intergenic
TCATCCAACAAGACATTAGA+AGG 0.325647 5:+68488567 None:intergenic
CCTTTATCTCTTTGGAGTCT+TGG 0.326955 5:-68489602 MsG0580027789.01.T01:CDS
ACACAGACTTTAGCTACTAT+TGG 0.327313 5:-68488474 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTTTCTGTGAATAATATAAC+TGG 0.336245 5:-68489848 MsG0580027789.01.T01:CDS
GATGAATGCAACAATTAAAA+TGG 0.337488 5:+68489076 None:intergenic
GAAATATGACTTCTCTTATA+AGG 0.345166 5:-68489661 MsG0580027789.01.T01:CDS
CGCAAACTGGGTCAAGTTAT+AGG 0.345204 5:-68487913 None:intergenic
CTAATTTAGTCCAACTAAAT+GGG 0.346349 5:-68488073 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTTAAATTTCCAACAAAATT+GGG 0.355377 5:+68490115 None:intergenic
CCAAGACTCCAAAGAGATAA+AGG 0.359672 5:+68489602 None:intergenic
GCCATATCGATTCTTGCTTC+AGG 0.364487 5:+68487981 None:intergenic
CAGCTATGGGATTATGCTAA+TGG 0.375311 5:-68488204 MsG0580027789.01.T01:CDS
CAATTTGGTCCCCATTTAGT+TGG 0.378525 5:+68488063 None:intergenic
GCAGCAAACATATCATTTGT+TGG 0.381727 5:+68488161 None:intergenic
CCAAATCTTCCTAAATCAAT+TGG 0.383025 5:-68489968 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTGTCCCAAAATATGTTAAC+TGG 0.388895 5:-68489344 MsG0580027789.01.T01:CDS
TGTGAAACAATAGATCAATT+TGG 0.393770 5:+68488048 None:intergenic
CCTTTAAATGTACTAGGTAT+TGG 0.395797 5:+68489824 None:intergenic
GTTTGCCACAAGGTGGTACT+TGG 0.398398 5:+68489165 None:intergenic
TCCCAAATTACTTGGTCAAA+TGG 0.400316 5:-68489387 MsG0580027789.01.T01:CDS
CCCAGAAGAATTCTGCTGTT+AGG 0.401376 5:+68489942 None:intergenic
GATACAAATGTAGATATTGT+AGG 0.405664 5:+68490233 None:intergenic
AAAGCCTTCTAATGTCTTGT+TGG 0.406579 5:-68488571 MsG0580027789.01.T01:CDS
ACCTGAAGCAAGAATCGATA+TGG 0.410716 5:-68487982 MsG0580027789.01.T01:CDS
ACTTTGTGAAATGAAGAGTT+TGG 0.411576 5:-68489738 MsG0580027789.01.T01:CDS
GGTACTCTTCCACCTGAGAT+TGG 0.416360 5:-68489539 MsG0580027789.01.T01:CDS
TCTAATCAAAATAAAGACTT+TGG 0.423550 5:-68487943 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTTATTGAATTTCGACTGGC+TGG 0.427023 5:-68490160 MsG0580027789.01.T01:CDS
AAATCATGATTTCAAAGCAT+TGG 0.427108 5:-68488751 MsG0580027789.01.T01:CDS
TGTTGAAAATACTCTTGAAA+GGG 0.432749 5:-68489027 MsG0580027789.01.T01:CDS
AGTAATATCATCTTTGCCAT+TGG 0.441496 5:+68489128 None:intergenic
AAATCTACGACATCGAAATC+TGG 0.442177 5:-68488796 MsG0580027789.01.T01:CDS
GGATCAATTCCCAAATTACT+TGG 0.443794 5:-68489395 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTTGAAAAGAATAACCTCTC+TGG 0.445313 5:-68489704 MsG0580027789.01.T01:CDS
GCTCATGTTTCCAACTTCTA+GGG 0.451916 5:+68489889 None:intergenic
CAATACCTAGTACATTTAAA+GGG 0.452674 5:-68489823 MsG0580027789.01.T01:CDS
CATGCAGAGTACGGATCTAA+AGG 0.453592 5:-68488254 MsG0580027789.01.T01:intron
AGCTTTGGCTCTGTGTATCA+GGG 0.454537 5:-68488909 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTCTTGAAAGGTCCACCATC+AGG 0.455010 5:+68489242 None:intergenic
CTTTGTGAAATGAAGAGTTT+GGG 0.456023 5:-68489737 MsG0580027789.01.T01:CDS
AAAGGAATTGTTTCTGTCAA+AGG 0.461692 5:-68488236 MsG0580027789.01.T01:CDS
GAGAATCTGCAACGTGAGTA+AGG 0.464558 5:+68489442 None:intergenic
TTAGCAGAAAATGAACTGAA+TGG 0.466013 5:-68489416 MsG0580027789.01.T01:CDS
TGCAACCCTTTAAATGTACT+AGG 0.466627 5:+68489818 None:intergenic
GGTAATATTCCCCTAGAAGT+TGG 0.469069 5:-68489899 MsG0580027789.01.T01:CDS
GAACTTGTGCAAGCAACAAA+TGG 0.469768 5:-68488963 MsG0580027789.01.T01:CDS
AAAGGAGACGTGTACAGCTA+TGG 0.472616 5:-68488218 MsG0580027789.01.T01:CDS
AGTAAGGAATTGATGGTTGT+TGG 0.473059 5:+68489458 None:intergenic
GTACTCTTCCACCTGAGATT+GGG 0.477147 5:-68489538 MsG0580027789.01.T01:CDS
GCTCTCAAATTCCCAATCTC+AGG 0.477176 5:+68489527 None:intergenic
CCTAACAGCAGAATTCTTCT+GGG 0.478613 5:-68489942 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTATCATATAATAGACTAGT+AGG 0.479376 5:-68489272 MsG0580027789.01.T01:CDS
ATGAGAGTAATTTACTTGGA+AGG 0.480017 5:-68488935 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTTAGCAGCAATGGACTACA+AGG 0.483614 5:-68489776 MsG0580027789.01.T01:CDS
TACTAGTCTATTATATGATA+AGG 0.484012 5:+68489274 None:intergenic
AGGTGGAAGAGTACCACTTA+AGG 0.486735 5:+68489547 None:intergenic
ATTGCTTAAATTTCTTGGAA+AGG 0.487398 5:-68488674 MsG0580027789.01.T01:CDS
TAATCTTATTGAATTTCGAC+TGG 0.489469 5:-68490164 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTCTTATCTTGTTTGCCACA+AGG 0.490763 5:+68489155 None:intergenic
TGAGAGTAATTTACTTGGAA+GGG 0.492856 5:-68488934 MsG0580027789.01.T01:CDS
AATGGTAGGCTTGATCTCCT+TGG 0.494074 5:-68489369 MsG0580027789.01.T01:CDS
TGATTTCAAAGCATTGGTGC+TGG 0.499941 5:-68488745 MsG0580027789.01.T01:CDS
GTGCTGGAGTTCATGTCAAA+TGG 0.501179 5:-68488729 MsG0580027789.01.T01:CDS
CAACGTGAGTAAGGAATTGA+TGG 0.504037 5:+68489451 None:intergenic
TTCAATGAGAGTAATTTACT+TGG 0.504857 5:-68488939 MsG0580027789.01.T01:CDS
TGAATCTTCGCAACAATTCA+GGG 0.505796 5:+68488004 None:intergenic
GTAGATATTGTAGGCTAGGA+AGG 0.510005 5:+68490242 None:intergenic
AAATGTAGATATTGTAGGCT+AGG 0.510684 5:+68490238 None:intergenic
TTTATCTCTTTGGAGTCTTG+GGG 0.511364 5:-68489600 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTTGGTTCTTGGCGCAAACT+GGG 0.513995 5:-68487925 MsG0580027789.01.T01:CDS
GCAGCATCATGTGGAATTGA+TGG 0.514436 5:-68489920 MsG0580027789.01.T01:CDS
ATGTTGAAAATACTCTTGAA+AGG 0.520072 5:-68489028 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTCATGTTTCCAACTTCTAG+GGG 0.522550 5:+68489890 None:intergenic
AAATTACTTGGTCAAATGGT+AGG 0.523579 5:-68489383 MsG0580027789.01.T01:CDS
TGCCACAAGGTGGTACTTGG+AGG 0.524350 5:+68489168 None:intergenic
ACTGCAATCATCTCACCGTC+AGG 0.525413 5:+68488879 None:intergenic
GTCATATTTCCCATACATGT+TGG 0.526565 5:+68489674 None:intergenic
CAGAACTAAGCTTGAAGACA+TGG 0.526941 5:-68488139 MsG0580027789.01.T01:CDS
TAATGCAATTATGGAGGTGT+TGG 0.531148 5:-68488099 MsG0580027789.01.T01:CDS
GAGAGTAATTTACTTGGAAG+GGG 0.534355 5:-68488933 MsG0580027789.01.T01:CDS
AAGGAGACGTGTACAGCTAT+GGG 0.542725 5:-68488217 MsG0580027789.01.T01:CDS
GATAGATGTTGCATCTGCAT+TGG 0.547489 5:-68488640 MsG0580027789.01.T01:CDS
GTTGAAAATACTCTTGAAAG+GGG 0.548932 5:-68489026 MsG0580027789.01.T01:CDS
ATTGCCAAGCTCATGGATGA+TGG 0.550310 5:-68488513 MsG0580027789.01.T01:CDS
TGAGCTGTGAATTTCTTGAA+AGG 0.553318 5:+68489230 None:intergenic
AGTGAAAGTAATTGATTCAG+AGG 0.556847 5:-68488859 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTCTTCTGGGCAGCATCATG+TGG 0.558333 5:-68489929 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTCAAATTCCCAATCTCAGG+TGG 0.560204 5:+68489530 None:intergenic
AACACCTCCATAATTGCATT+AGG 0.576041 5:+68488101 None:intergenic
GCATTGGAATATCTCCATCA+TGG 0.584950 5:-68488624 MsG0580027789.01.T01:CDS
CAAATTTCTACAATTTGACA+AGG 0.586435 5:+68490024 None:intergenic
CAAATGGAAGTGTGGACGAT+TGG 0.587061 5:-68488713 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTGTCCATCATCCATGAGCT+TGG 0.589120 5:+68488509 None:intergenic
TCATGGTTCTTCAATACCCG+TGG 0.598925 5:-68488607 MsG0580027789.01.T01:CDS
AAAATGGCTGACACAACTAT+GGG 0.602377 5:+68489092 None:intergenic
CGGGTATTGAAGAACCATGA+TGG 0.605653 5:+68488610 None:intergenic
ACAAGATAAGAAAATGCCAA+TGG 0.608249 5:-68489144 MsG0580027789.01.T01:CDS
AGAAGAAATGACCTGGTGCA+AGG 0.611045 5:+68488448 None:intergenic
TCTCTTATAAGGATACATGT+AGG 0.612329 5:-68489650 MsG0580027789.01.T01:CDS
TAATTTAGTCCAACTAAATG+GGG 0.612379 5:-68488072 MsG0580027789.01.T01:CDS
CAAGGTGGTACTTGGAGGCG+AGG 0.613531 5:+68489173 None:intergenic
CTGGCTGGCAATGCATTCAG+TGG 0.615209 5:-68490145 MsG0580027789.01.T01:CDS
GCTTTGGCTCTGTGTATCAG+GGG 0.615606 5:-68488908 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTAGTAGGAGAGATTCCTGA+TGG 0.619190 5:-68489257 MsG0580027789.01.T01:CDS
CGCCTCCAAGTACCACCTTG+TGG 0.621596 5:-68489170 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTTAGATCACAATGAACCAC+GGG 0.630768 5:+68488591 None:intergenic
AGCTTGAAGACATGGATCAG+TGG 0.633639 5:-68488131 MsG0580027789.01.T01:CDS
TTATCTTGTTTGCCACAAGG+TGG 0.634543 5:+68489158 None:intergenic
GTAGGAGAGATTCCTGATGG+TGG 0.640402 5:-68489254 MsG0580027789.01.T01:CDS
ACTATTGGATACCTTGCACC+AGG 0.647071 5:-68488459 MsG0580027789.01.T01:intron
AGAGTAATTTACTTGGAAGG+GGG 0.655007 5:-68488932 MsG0580027789.01.T01:CDS
ATTGCCTAATGCAATTATGG+AGG 0.668436 5:-68488105 MsG0580027789.01.T01:CDS
TATCAGGGGATGCTTCCTGA+CGG 0.680937 5:-68488894 MsG0580027789.01.T01:CDS
CTTTAGATCACAATGAACCA+CGG 0.682084 5:+68488590 None:intergenic
ATGCACAATGGATTACTCTG+CGG 0.682189 5:-68489200 MsG0580027789.01.T01:CDS
GTTCATGTCAAATGGAAGTG+TGG 0.686012 5:-68488721 MsG0580027789.01.T01:CDS
ATGTTGGTAAAACTCCAGAG+AGG 0.774434 5:+68489690 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! GATAACTAATATTAATTAAC+TGG - Chr5:68489884-68489903 MsG0580027789.01.T01:CDS 15.0%
!! GTTTATAAAATCAAATAGAT+TGG + Chr5:68489787-68489806 None:intergenic 15.0%
!!! ATCAAATATTCTAAAAGTTA+AGG + Chr5:68489867-68489886 None:intergenic 15.0%
!!! TTGTATCATAACAATTTTAT+TGG - Chr5:68487950-68487969 MsG0580027789.01.T01:CDS 15.0%
!! CTTAAATTTCCAACAAAATT+GGG + Chr5:68488055-68488074 None:intergenic 20.0%
!! TAACTATTGCTTAAATTTCT+TGG - Chr5:68489488-68489507 MsG0580027789.01.T01:CDS 20.0%
!! TCTAATCAAAATAAAGACTT+TGG - Chr5:68490224-68490243 MsG0580027789.01.T01:CDS 20.0%
!! TTATCATATAATAGACTAGT+AGG - Chr5:68488895-68488914 MsG0580027789.01.T01:CDS 20.0%
!! TTGAAATATGATTTCTTGAT+AGG + Chr5:68488681-68488700 None:intergenic 20.0%
!!! TACTAGTCTATTATATGATA+AGG + Chr5:68488896-68488915 None:intergenic 20.0%
! AAATCATGATTTCAAAGCAT+TGG - Chr5:68489416-68489435 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
! ATGTTGAAAATACTCTTGAA+AGG - Chr5:68489139-68489158 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGCTTAAATTTCTTGGAA+AGG - Chr5:68489493-68489512 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
! CAAATTTCTACAATTTGACA+AGG + Chr5:68488146-68488165 None:intergenic 25.0%
! CAATACCTAGTACATTTAAA+GGG - Chr5:68488344-68488363 MsG0580027789.01.T01:intron 25.0%
! CCTTAAATTTCCAACAAAAT+TGG + Chr5:68488056-68488075 None:intergenic 25.0%
! CTAATTTAGTCCAACTAAAT+GGG - Chr5:68490094-68490113 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
! CTTTCTGTGAATAATATAAC+TGG - Chr5:68488319-68488338 MsG0580027789.01.T01:intron 25.0%
! GAAATATGACTTCTCTTATA+AGG - Chr5:68488506-68488525 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
! GAAGAGTTGAATATACTATT+TGG + Chr5:68487983-68488002 None:intergenic 25.0%
! GATACAAATGTAGATATTGT+AGG + Chr5:68487937-68487956 None:intergenic 25.0%
! GATGAATGCAACAATTAAAA+TGG + Chr5:68489094-68489113 None:intergenic 25.0%
! TAATCTTATTGAATTTCGAC+TGG - Chr5:68488003-68488022 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTTAGTCCAACTAAATG+GGG - Chr5:68490095-68490114 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
! TCTAATTTAGTCCAACTAAA+TGG - Chr5:68490093-68490112 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
! TGTGAAACAATAGATCAATT+TGG + Chr5:68490122-68490141 None:intergenic 25.0%
! TGTTGAAAATACTCTTGAAA+GGG - Chr5:68489140-68489159 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
! TTCAATGAGAGTAATTTACT+TGG - Chr5:68489228-68489247 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
!! AACACCAGTTAACATATTTT+GGG + Chr5:68488830-68488849 None:intergenic 25.0%
!! CCAATTTTGTTGGAAATTTA+AGG - Chr5:68488053-68488072 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
!! TAACACCAGTTAACATATTT+TGG + Chr5:68488831-68488850 None:intergenic 25.0%
!! TTTTCTTCAAATTCCTTAAG+TGG - Chr5:68488607-68488626 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
!!! AAAATAAAGACTTTGGTTCT+TGG - Chr5:68490231-68490250 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
!!! TCATATGTTTTAGAATCAAG+AGG - Chr5:68489112-68489131 MsG0580027789.01.T01:CDS 25.0%
AAATGTAGATATTGTAGGCT+AGG + Chr5:68487932-68487951 None:intergenic 30.0%
AAATTACTTGGTCAAATGGT+AGG - Chr5:68488784-68488803 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
ACAAGATAAGAAAATGCCAA+TGG - Chr5:68489023-68489042 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
ACCATTTGACCAAGTAATTT+GGG + Chr5:68488784-68488803 None:intergenic 30.0%
ACTTTGTGAAATGAAGAGTT+TGG - Chr5:68488429-68488448 MsG0580027789.01.T01:intron 30.0%
AGTAATATCATCTTTGCCAT+TGG + Chr5:68489042-68489061 None:intergenic 30.0%
ATCATTGCCTAATGCAATTA+TGG - Chr5:68490059-68490078 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
ATGAGAGTAATTTACTTGGA+AGG - Chr5:68489232-68489251 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
CCAAATCTTCCTAAATCAAT+TGG - Chr5:68488199-68488218 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
CCAATACCTAGTACATTTAA+AGG - Chr5:68488343-68488362 MsG0580027789.01.T01:intron 30.0%
CCTTTAAATGTACTAGGTAT+TGG + Chr5:68488346-68488365 None:intergenic 30.0%
CTAGAATACCTTTATCTCTT+TGG - Chr5:68488557-68488576 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
CTTTGTGAAATGAAGAGTTT+GGG - Chr5:68488430-68488449 MsG0580027789.01.T01:intron 30.0%
GTTGAAAATACTCTTGAAAG+GGG - Chr5:68489141-68489160 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
TACCATTTGACCAAGTAATT+TGG + Chr5:68488785-68488804 None:intergenic 30.0%
TCTCTTATAAGGATACATGT+AGG - Chr5:68488517-68488536 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
TGAGAGTAATTTACTTGGAA+GGG - Chr5:68489233-68489252 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
TTAGCAGAAAATGAACTGAA+TGG - Chr5:68488751-68488770 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
TTGTCCCAAAATATGTTAAC+TGG - Chr5:68488823-68488842 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
! AGTGAAAGTAATTGATTCAG+AGG - Chr5:68489308-68489327 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
! ATTCAGTTCATTTTCTGCTA+AGG + Chr5:68488752-68488771 None:intergenic 30.0%
! CCAATTGATTTAGGAAGATT+TGG + Chr5:68488202-68488221 None:intergenic 30.0%
! GAAATGTGTCAAACATTTTG+AGG + Chr5:68488081-68488100 None:intergenic 30.0%
! GTTAGGTTTCCAATTGATTT+AGG + Chr5:68488211-68488230 None:intergenic 30.0%
! TGTCTTGTTGGATGAAAATA+TGG - Chr5:68489608-68489627 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTTGAATCTTAGCAGCAA+TGG - Chr5:68488382-68488401 MsG0580027789.01.T01:intron 30.0%
!! AAAGGAATTGTTTCTGTCAA+AGG - Chr5:68489931-68489950 MsG0580027789.01.T01:CDS 30.0%
!! ACAAGTGATTCTAAGGATTT+TGG + Chr5:68488856-68488875 None:intergenic 30.0%
AAAATGGCTGACACAACTAT+GGG + Chr5:68489078-68489097 None:intergenic 35.0%
AAAGCCTTCTAATGTCTTGT+TGG - Chr5:68489596-68489615 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
AAATCTACGACATCGAAATC+TGG - Chr5:68489371-68489390 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
AACACCTCCATAATTGCATT+AGG + Chr5:68490069-68490088 None:intergenic 35.0%
AAGATGCACAAGTGATTCTA+AGG + Chr5:68488863-68488882 None:intergenic 35.0%
ACACAGACTTTAGCTACTAT+TGG - Chr5:68489693-68489712 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
AGAGTAATTTACTTGGAAGG+GGG - Chr5:68489235-68489254 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
ATTGCCTAATGCAATTATGG+AGG - Chr5:68490062-68490081 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
CTTGAAAAGAATAACCTCTC+TGG - Chr5:68488463-68488482 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
CTTTAGATCACAATGAACCA+CGG + Chr5:68489580-68489599 None:intergenic 35.0%
GAGAGTAATTTACTTGGAAG+GGG - Chr5:68489234-68489253 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
GCAGCAAACATATCATTTGT+TGG + Chr5:68490009-68490028 None:intergenic 35.0%
GGATCAATTCCCAAATTACT+TGG - Chr5:68488772-68488791 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
GTAAAAGAGAAGAAATGACC+TGG + Chr5:68489729-68489748 None:intergenic 35.0%
GTCATATTTCCCATACATGT+TGG + Chr5:68488496-68488515 None:intergenic 35.0%
TAAAATGGCTGACACAACTA+TGG + Chr5:68489079-68489098 None:intergenic 35.0%
TCATCCAACAAGACATTAGA+AGG + Chr5:68489603-68489622 None:intergenic 35.0%
TCCCAAATTACTTGGTCAAA+TGG - Chr5:68488780-68488799 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
TGAATCTTCGCAACAATTCA+GGG + Chr5:68490166-68490185 None:intergenic 35.0%
TGAGCTGTGAATTTCTTGAA+AGG + Chr5:68488940-68488959 None:intergenic 35.0%
TGCAACCCTTTAAATGTACT+AGG + Chr5:68488352-68488371 None:intergenic 35.0%
TTTAGATCACAATGAACCAC+GGG + Chr5:68489579-68489598 None:intergenic 35.0%
! AGTAAGGAATTGATGGTTGT+TGG + Chr5:68488712-68488731 None:intergenic 35.0%
! GAAAGGGGTTTATCAGTTTT+AGG - Chr5:68489156-68489175 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
! GCTCAATCTTTTATGCACAA+TGG - Chr5:68488955-68488974 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
! GGAGTTTTACCAACATGTAT+GGG - Chr5:68488484-68488503 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
! TAATGCAATTATGGAGGTGT+TGG - Chr5:68490068-68490087 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
! TGGAGTTTTACCAACATGTA+TGG - Chr5:68488483-68488502 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
! TTCTTATCTTGTTTGCCACA+AGG + Chr5:68489015-68489034 None:intergenic 35.0%
!! CTTTATCTCTTTGGAGTCTT+GGG - Chr5:68488566-68488585 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
!! TTTATCTCTTTGGAGTCTTG+GGG - Chr5:68488567-68488586 MsG0580027789.01.T01:CDS 35.0%
ACCTAACAGCAGAATTCTTC+TGG - Chr5:68488224-68488243 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
ACCTGAAGCAAGAATCGATA+TGG - Chr5:68490185-68490204 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
CAACGTGAGTAAGGAATTGA+TGG + Chr5:68488719-68488738 None:intergenic 40.0%
CAATTTGGTCCCCATTTAGT+TGG + Chr5:68490107-68490126 None:intergenic 40.0%
CAGAACTAAGCTTGAAGACA+TGG - Chr5:68490028-68490047 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
CAGCTATGGGATTATGCTAA+TGG - Chr5:68489963-68489982 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
CCAAGACTCCAAAGAGATAA+AGG + Chr5:68488568-68488587 None:intergenic 40.0%
CCTAACAGCAGAATTCTTCT+GGG - Chr5:68488225-68488244 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
CTCATGTTTCCAACTTCTAG+GGG + Chr5:68488280-68488299 None:intergenic 40.0%
CTTATTGAATTTCGACTGGC+TGG - Chr5:68488007-68488026 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
GAACTTGTGCAAGCAACAAA+TGG - Chr5:68489204-68489223 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
GATAGATGTTGCATCTGCAT+TGG - Chr5:68489527-68489546 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
GCATTGGAATATCTCCATCA+TGG - Chr5:68489543-68489562 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
GCTCATGTTTCCAACTTCTA+GGG + Chr5:68488281-68488300 None:intergenic 40.0%
GGTAATATTCCCCTAGAAGT+TGG - Chr5:68488268-68488287 MsG0580027789.01.T01:intron 40.0%
GTAGATATTGTAGGCTAGGA+AGG + Chr5:68487928-68487947 None:intergenic 40.0%
GTGAATCTTCGCAACAATTC+AGG + Chr5:68490167-68490186 None:intergenic 40.0%
GTTCATGTCAAATGGAAGTG+TGG - Chr5:68489446-68489465 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
TGCTCATGTTTCCAACTTCT+AGG + Chr5:68488282-68488301 None:intergenic 40.0%
TGGACTTAACATGCAGAGTA+CGG - Chr5:68489904-68489923 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
! ATGTTGGTAAAACTCCAGAG+AGG + Chr5:68488480-68488499 None:intergenic 40.0%
! GGAACTCTACCCAATTTTGT+TGG - Chr5:68488043-68488062 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
! GTTGCACATGTTAGCGATTT+TGG - Chr5:68489630-68489649 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
! TTATCTTGTTTGCCACAAGG+TGG + Chr5:68489012-68489031 None:intergenic 40.0%
! TTTTGGTATTGCCAAGCTCA+TGG - Chr5:68489647-68489666 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
!! ATGCACAATGGATTACTCTG+CGG - Chr5:68488967-68488986 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
!! CCTTTATCTCTTTGGAGTCT+TGG - Chr5:68488565-68488584 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
!! TGATTTCAAAGCATTGGTGC+TGG - Chr5:68489422-68489441 MsG0580027789.01.T01:CDS 40.0%
!!! CATATTTTGGGACAAGTCCA+AGG + Chr5:68488818-68488837 None:intergenic 40.0%
AAAGGAGACGTGTACAGCTA+TGG - Chr5:68489949-68489968 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
AAGGAGACGTGTACAGCTAT+GGG - Chr5:68489950-68489969 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
AATGGTAGGCTTGATCTCCT+TGG - Chr5:68488798-68488817 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
ACTATTGGATACCTTGCACC+AGG - Chr5:68489708-68489727 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
AGAAGAAATGACCTGGTGCA+AGG + Chr5:68489722-68489741 None:intergenic 45.0%
AGCTTGAAGACATGGATCAG+TGG - Chr5:68490036-68490055 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
ATTGCCAAGCTCATGGATGA+TGG - Chr5:68489654-68489673 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
CATGCAGAGTACGGATCTAA+AGG - Chr5:68489913-68489932 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
CCCAGAAGAATTCTGCTGTT+AGG + Chr5:68488228-68488247 None:intergenic 45.0%
CTAGTAGGAGAGATTCCTGA+TGG - Chr5:68488910-68488929 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
CTCAAATTCCCAATCTCAGG+TGG + Chr5:68488640-68488659 None:intergenic 45.0%
GAGAATCTGCAACGTGAGTA+AGG + Chr5:68488728-68488747 None:intergenic 45.0%
GCAGCATCATGTGGAATTGA+TGG - Chr5:68488247-68488266 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
GCTCTCAAATTCCCAATCTC+AGG + Chr5:68488643-68488662 None:intergenic 45.0%
GTACTCTTCCACCTGAGATT+GGG - Chr5:68488629-68488648 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
GTGCTGGAGTTCATGTCAAA+TGG - Chr5:68489438-68489457 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
TCATGGTTCTTCAATACCCG+TGG - Chr5:68489560-68489579 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
TTCTTGAAAGGTCCACCATC+AGG + Chr5:68488928-68488947 None:intergenic 45.0%
TTGTCCATCATCCATGAGCT+TGG + Chr5:68489661-68489680 None:intergenic 45.0%
! CAAATGGAAGTGTGGACGAT+TGG - Chr5:68489454-68489473 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
!! AGCTTTGGCTCTGTGTATCA+GGG - Chr5:68489258-68489277 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
!! AGGTGGAAGAGTACCACTTA+AGG + Chr5:68488623-68488642 None:intergenic 45.0%
!! CGGGTATTGAAGAACCATGA+TGG + Chr5:68489560-68489579 None:intergenic 45.0%
!! CTTAGCAGCAATGGACTACA+AGG - Chr5:68488391-68488410 MsG0580027789.01.T01:intron 45.0%
!! GCCATATCGATTCTTGCTTC+AGG + Chr5:68490189-68490208 None:intergenic 45.0%
!! TTTGGTTCTTGGCGCAAACT+GGG - Chr5:68490242-68490261 MsG0580027789.01.T01:CDS 45.0%
ACTGCAATCATCTCACCGTC+AGG + Chr5:68489291-68489310 None:intergenic 50.0%
GGTACTCTTCCACCTGAGAT+TGG - Chr5:68488628-68488647 MsG0580027789.01.T01:CDS 50.0%
GTAGGAGAGATTCCTGATGG+TGG - Chr5:68488913-68488932 MsG0580027789.01.T01:CDS 50.0%
GTTTGCCACAAGGTGGTACT+TGG + Chr5:68489005-68489024 None:intergenic 50.0%
TATCAGGGGATGCTTCCTGA+CGG - Chr5:68489273-68489292 MsG0580027789.01.T01:CDS 50.0%
TTACTTGGAAGGGGGAGCTT+TGG - Chr5:68489243-68489262 MsG0580027789.01.T01:CDS 50.0%
TTCTTCTGGGCAGCATCATG+TGG - Chr5:68488238-68488257 MsG0580027789.01.T01:CDS 50.0%
!! CTTTGGTTCTTGGCGCAAAC+TGG - Chr5:68490241-68490260 MsG0580027789.01.T01:CDS 50.0%
!! GAGCTTTGGCTCTGTGTATC+AGG - Chr5:68489257-68489276 MsG0580027789.01.T01:CDS 50.0%
!! GCTTTGGCTCTGTGTATCAG+GGG - Chr5:68489259-68489278 MsG0580027789.01.T01:CDS 50.0%
CTGGCTGGCAATGCATTCAG+TGG - Chr5:68488022-68488041 MsG0580027789.01.T01:CDS 55.0%
TGCCACAAGGTGGTACTTGG+AGG + Chr5:68489002-68489021 None:intergenic 55.0%
CAAGGTGGTACTTGGAGGCG+AGG + Chr5:68488997-68489016 None:intergenic 60.0%
CGCCTCCAAGTACCACCTTG+TGG - Chr5:68488997-68489016 MsG0580027789.01.T01:CDS 60.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr5 gene 68487914 68490275 68487914 ID=MsG0580027789.01;Name=MsG0580027789.01
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Chr5 exon 68487914 68488269 68487914 ID=MsG0580027789.01.T01:exon:23039;Parent=MsG0580027789.01.T01
Chr5 CDS 68488460 68490275 68488460 ID=MsG0580027789.01.T01:cds;Parent=MsG0580027789.01.T01
Chr5 CDS 68487914 68488269 68487914 ID=MsG0580027789.01.T01:cds;Parent=MsG0580027789.01.T01
Gene Sequence

>MsG0580027789.01.T01

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Protein sequence

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MGYSLPSLQYLHLYHNNFIGKIPNSIFNSSNLIEFRLAGNAFSGTLPNFVGNLRFLKMFDTFHNNLTIEDSHQFFTSLSNCRNLKFLDLSHNHILPNLPKSIGNLTAEFFWAASCGIDGNIPLEVGNMSNLLHFSLSVNNITGPIPSTFKGLQKLQFLNLSSNGLQGSFIEELCEMKSLGELYLEKNNLSGVLPTCMGNMTSLIRIHVGSNSLNSRIPLSLWSLGDILEINFSSNSLSGTLPPEIGNLRAIILLDLSRNHISSNIPTTINSLLTLQILSLAENELNGSIPKLLGQMVGLISLDLSQNMLTGVIPKSLESLVHLENITLSYNRLVGEIPDGGPFKKFTAQSFMHNGLLCGNPRLQVPPCGKQDKKMPMAKMILLKCILPIVVSAILIVAFIICFRIKRKNVENTLERGLSVLGATRRISYYELVQATNGFNESNLLGRGSFGSVYQGMLPDGEMIAVKVIDSEANSTSFDAECNVMRNLRHRNLVKIISSCSNHDFKALVLEFMSNGSVDDWLYSDNYCLNFLERLNIMIDVASALEYLHHGSSIPVVHCDLKPSNVLLDENMVAHVSDFGIAKLMDDGQSKTHTQTLATIGYLAPEYGSKGIVSVKGDVYSYGIMLMEIFTKRKPTNDMFAAELSLKTWISGSLPNAIMEVLDSNLVQLNGDQIDLLFHMSSIFSLSLNCCEDSPEARIDMADVIASLIKIKTLVLGANWVKL*