AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene35640


Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MS.gene35640.t1 MTR_3g073450 94.017 234 14 0 40 273 71 304 1.17e-160 448
MS.gene35640.t1 MTR_7g087250 46.535 202 106 1 53 252 103 304 1.40e-57 187
MS.gene35640.t1 MTR_7g087250 42.604 169 95 1 53 219 103 271 1.66e-36 131
Query id Subject id identity % alignment length mismatches gap openings q. start q. end s. start s. end e-value bit score
MS.gene35640.t1 AT1G36390 54.359 195 89 0 63 257 78 272 9.17e-68 212
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MS.gene35640.t1 AT5G17710 49.738 191 94 2 63 252 115 304 6.01e-55 180
MS.gene35640.t1 AT5G17710 49.738 191 94 2 63 252 113 302 6.76e-55 180
MS.gene35640.t1 AT5G17710 49.738 191 94 2 63 252 113 302 6.76e-55 180

Find 52 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ACAAGATTTACCAAGCTTAT+TGG 0.223350 3.3:+63553088 MS.gene35640:CDS
TAACTTACCAAAGGATTAAA+AGG 0.227686 3.3:-63553524 None:intergenic
TGAGGAGTCCGAAGTGTTTA+AGG 0.256357 3.3:+63555427 MS.gene35640:CDS
TTCGTGTTGGCCACGGTTGA+TGG 0.276701 3.3:-63548454 None:intergenic
TGAAGAAATAATACAATCTA+AGG 0.316412 3.3:+63553172 MS.gene35640:CDS
TTGATGGCTGCTCCAAGGAC+TGG 0.358588 3.3:-63555568 None:intergenic
TACAAGAAAGCCTTTCTTAA+CGG 0.370413 3.3:+63553125 MS.gene35640:CDS
TCAATTCTAGCAGCTGTTGA+TGG 0.374139 3.3:-63555584 None:intergenic
CAGTGACCTCAATGTCGATT+TGG 0.386412 3.3:-63548512 None:intergenic
GCACTTGTGAAGGTTTCCTT+AGG 0.414176 3.3:+63555512 MS.gene35640:CDS
AGCAATTTGTAGAGACTTTG+AGG 0.424003 3.3:+63553465 MS.gene35640:CDS
AGTGGCATCTACCCAGTCCT+TGG 0.435806 3.3:+63555556 MS.gene35640:CDS
CTTTCCATCGCCGTTAAGAA+AGG 0.448413 3.3:-63553135 None:intergenic
AGGTTTCTTGCTCAAAGATA+AGG 0.453331 3.3:+63555478 MS.gene35640:CDS
GTGAAGGTTTCCTTAGGTCC+CGG 0.454329 3.3:+63555518 MS.gene35640:CDS
TGCTCAAAGATAAGGTTGTA+AGG 0.460819 3.3:+63555486 MS.gene35640:CDS
GGAAAGAATTAGCATTCAAT+CGG 0.485047 3.3:+63553316 MS.gene35640:CDS
TGATGGCTGCTCCAAGGACT+GGG 0.486960 3.3:-63555567 None:intergenic
ACAACAGATTGAAGCGGAAA+CGG 0.508186 3.3:+63553400 MS.gene35640:CDS
AAAACAGACGAGACTCGAAA+TGG 0.509669 3.3:+63553056 MS.gene35640:CDS
AAAGCCTTTCTTAACGGCGA+TGG 0.510023 3.3:+63553131 MS.gene35640:CDS
TATCAAAATCCGCTTGCAAA+CGG 0.510414 3.3:-63553271 None:intergenic
AAGGAAACCTTCACAAGTGC+TGG 0.513889 3.3:-63555509 None:intergenic
GTTTGTTACGACGGAAGCTA+TGG 0.517000 3.3:-63548541 None:intergenic
CTTTCTTGTATGCTTTAACA+AGG 0.523367 3.3:-63553112 None:intergenic
GCCACGGTTGATGGCGGTGA+CGG 0.528175 3.3:-63548445 None:intergenic
TGAAGGTTTCCTTAGGTCCC+GGG 0.534603 3.3:+63555519 MS.gene35640:CDS
TTAACAAGGACCAATAAGCT+TGG 0.547746 3.3:-63553098 None:intergenic
GTTTCTGTGGTTGTAACAGT+TGG 0.553708 3.3:+63553497 MS.gene35640:CDS
GAGTCCGAAGTGTTTAAGGA+AGG 0.560329 3.3:+63555431 MS.gene35640:CDS
AATCCCTTCCTTAAACACTT+CGG 0.563851 3.3:-63555435 None:intergenic
GAGGAGTCATCATGTTTCTG+TGG 0.572246 3.3:+63553484 MS.gene35640:CDS
TGTAAGGCCAGCACTTGTGA+AGG 0.574016 3.3:+63555502 MS.gene35640:CDS
TACAATCTAAGGCAATTGAA+AGG 0.576919 3.3:+63553183 MS.gene35640:CDS
AGCTGTTGATGGCTGCTCCA+AGG 0.578183 3.3:-63555573 None:intergenic
TTTGAGCAAGAAACCTCGAC+GGG 0.582305 3.3:-63555471 None:intergenic
ACATGAAGCCGTTGGACGTG+AGG 0.584494 3.3:+63555409 MS.gene35640:CDS
GCAATATCTCCGTTTGCAAG+CGG 0.589266 3.3:+63553262 MS.gene35640:CDS
AGTCCGAAGTGTTTAAGGAA+GGG 0.590140 3.3:+63555432 MS.gene35640:CDS
CTTTAGGAAAAGATGTGAGA+AGG 0.603142 3.3:+63553295 MS.gene35640:CDS
TTGCAGATACATGAAGCCGT+TGG 0.609028 3.3:+63555401 MS.gene35640:intron
TGTTACGACGGAAGCTATGG+CGG 0.613080 3.3:-63548538 None:intergenic
TTCGGACTCCTCACGTCCAA+CGG 0.617680 3.3:-63555417 None:intergenic
AGTTAAACAACAGATTGAAG+CGG 0.621582 3.3:+63553394 MS.gene35640:CDS
GAAAGTATCTAGTTTATCCG+CGG 0.637283 3.3:+63553220 MS.gene35640:CDS
TTTACAAGAAACTTTATCCG+CGG 0.638607 3.3:-63553237 None:intergenic
CTTTGAGCAAGAAACCTCGA+CGG 0.642365 3.3:-63555472 None:intergenic
ACCGTCACCGCCATCAACCG+TGG 0.643015 3.3:+63548444 MS.gene35640:CDS
CGAAAGCCAAATCGACATTG+AGG 0.652574 3.3:+63548506 MS.gene35640:CDS
TGTAGACACTGTAAGTGCGA+AGG 0.657751 3.3:-63548479 None:intergenic
ATAATTAAAGAATCCCGTCG+AGG 0.675021 3.3:+63555458 MS.gene35640:CDS
GTGTTGGCCACGGTTGATGG+CGG 0.686599 3.3:-63548451 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr3.3 gene 63548435 63555616 63548435 ID=MS.gene35640
chr3.3 mRNA 63548435 63555616 63548435 ID=MS.gene35640.t1;Parent=MS.gene35640
chr3.3 exon 63548435 63548554 63548435 ID=MS.gene35640.t1.exon1;Parent=MS.gene35640.t1
chr3.3 CDS 63548435 63548554 63548435 ID=cds.MS.gene35640.t1;Parent=MS.gene35640.t1
chr3.3 exon 63553047 63553538 63553047 ID=MS.gene35640.t1.exon2;Parent=MS.gene35640.t1
chr3.3 CDS 63553047 63553538 63553047 ID=cds.MS.gene35640.t1;Parent=MS.gene35640.t1
chr3.3 exon 63555407 63555616 63555407 ID=MS.gene35640.t1.exon3;Parent=MS.gene35640.t1
chr3.3 CDS 63555407 63555616 63555407 ID=cds.MS.gene35640.t1;Parent=MS.gene35640.t1
Gene Sequence

>MS.gene35640

ATGGCTTGCACCGTCACCGCCATCAACCGTGGCCAACACGAAAACCTTCGCACTTACAGTGTCTACATTCACGAAAGCCAAATCGACATTGAGGTCACTGTTACCGCCATAGCTTCCGTCGTAACAAACTGGCTCCAAACTATGCTCATTCATCATCTTCAATACCTCCGCAACCGTAATCTCCATAACCGTAATCACCGCAACCGTAACCGTAATCTCGTTGTCGGCCTCGGCGTTCAATGGACTCCCGGCAACCTTGATCCTTCCGCCGACACGCTACAGTTATGCATCCATGGCAGCTGTCTTATCTTCCACCTCTCTCTCGCCGATATGATTCCGGTCAGTCTCTGCAACTTTCTCCACCTCTCTCTGCATCACAATAAGAGAAATGAAACATAAGAGAAAATGAAATACTACCTCGGTTCCCAAATTTGGGCTCAATTGAGTTAATTTCTTCTAATTTTGGTTGTTTGGGCAATTGCATGTAGGTAATTTGGACACGGATTTGGACTGTTGGGGCTGCAATTTCAGAGGAATTAATGAACAAACAAGTGTTGGAAGTGAGTTCTCTTGTAAGCTTGAATTTGAACTTGGAACCGAATTTGTTGATGGTTACAATAGTTGTAAATATATGTTCTTGACAATTAGAGAAGTTAGAATTTGGGATTTAAGAAATTGCGTATGGAATTGAATGGAAGAGAAGACCCTAATTGGTTCCCTTTTGTTTTTGTGTGAATTATTTTTTTGATAGATTTGTTGCAATCAATTCAAGTAAAAAGGAGTTTTGGAAAAGAGTAATTACTTTGAAGAGAAGCTTAGAAGAATTGGGAGTTTGACATCAAATGGAAAAACAACTTTTGAGGTGGGTTTCTAGTAAGAGATGGATTTTAGTTAGAATTATTTTGGCTAAAGGGTACTTTTCCCCCCTAACTTTCAAAATGTTGCGATTTTGGCCCCCCATGTATGAAAACCACAATTTTGGCCCCCTATGTTTAGGGAAATATGCTCTTTTAACCCCATAACATAAAGGAAATATGTTTTTTTACCCCTTATCTTTTAAAAATGTTGCGATGTTGGCCCCTTATCTTTTCAAAATATTCCCTTTTTTTGGACACGTGTCGCCTTCTCAGCAGTTTTCAAAGTTAGGGGGCCAAAATTGTGGTTTTCATACATGGGGGGCCAAAATCGCAATATTTTGAAAGTTAGGGGGGGAAAAGTACCCTTTAGCCAATTATTTTTTTGATGAAATTGTTGTTCAGTGTAGGAAATAAAATCATATGGAAATAAATTGTAAAACTCTTCTACAAAAAATCATATGGAAATAAAACTCAGTTGCTGCGATGAATTTGGTTTCTTCTCACTTCTGCAAACCGGCCTGTTTTGACGTTCGATTTTGTTGTTGTTGCGAACTCGACTTGTAGCTACTGTGTTTGAATTGGTTCTGATGGAGAGCTGATCCGACCTGCTCTTGTAGAGTTGGATCCGGTTTGGTTTTAAACTTGAATTCTGGAAAAAAATGGTAATTGGTGTTCTTGTGAAATTGCAAGAAAAAAGTTGGTGTTTGATTCAATTTTGGGTCTGCCGAATATTGATAACAGATGTTTTTTACCGTGTCCGTCTTGTATGTGTTCTGTTTTAATTTTTATTCAGAGGCTACTCTTATGAAACTTAAACTCGACGCAAAACGCGATACACCGTCAGTGCAAATTGATGAGGAAGAAGAGTTTACAAAAGATTGTTTAGTTACTGATGAAATTATTACTGAAACAATAAGTATGGTTTAATGGTTTTGATAGTCTTGTATGTGAAACCAATATAATTGTGTAATGGTTTTAAATGATGGAATTATTACTGAAACAATAAGTTTGGTTTAATGGTTTTTATAGTGTTGTATGTGAAACCAATATAATTGTTTAATGGTTTTGATAGTCTTGTATGTGAAACCAATATAATTGTGTAATGGTTTTAAATGATGGAATTATTACTGAAACAATAAGTTTAGTTTAAAGGTTTTTATAGTGTTGTATGTGAAACCAATATAATTGTGTAATGGTTTTAAATGATGGAATTATTACTGAAACAATAAGTTTGGTTTAATGGTTTTTATAGTGTTGTATGTGAAACCAATATAATTGTGTAATGGTTTTAAATGATGGAATTATTACTCAAACAATAAGTATGGTTAAATGGTTTTGATGGTCTTGTATGTGAAACCAATATAATTGTGTAATGGTTTTAAAAGATGAAATTATTATTGGTACATGATTTTAAATAATGATTATGATGTTATACACTAAAATTATTACTGAAACCATATATATGGTTTAATGGTTTTGATAGTTTTCAATGTGAAACCAAAATAATTGTCTAATGGTTTTGTAATAAAATAGAAGAAAAAATGTGATAAACATTTAAACCATTATTCACTAACTATAGTCCACACTTATAACATTTAAAACAATTACTTAATGTGAATTAATCAATCAGTAACCACTTTTTTTTTTATAAGCTCCATCATCTCTCTTTTGTTTCTTCCGTTGTAAAACGAATTTCTGCCTTTGTCTAAGTATAATTGTGGTTTAATGGTTTTGATATACTTGTATGTGAAAGAAAAATAATGGTCTAATGGTTTATAAAATAAAAGAATAATGAAAATTATTATTGATAAACAATTTTAAATAATGACTTTTACTGAAACCATAAGTATGATTTAATGGTTTTGATAGTGTTCGAGCCCCGGTCATAATATTTGGTTTAATAATTTTAATATTTTTATCAATTAAGTTAGAATATGTAGACATTTTTCAAGTATTCAATTGATTACACTAATTTTTTGTGTAAATTTGTACTGATTTCATATTAGCATCGGAAAAACAACTCGAATCAAATAAGTAATGTTAATCAAATAAATAATGTTAAATCTTTTGAAAAAAAAAGAGTTTTGTCATTTATAAAATTCTCCCCAATTTAAAGGATTAGTCTTCACAGTTACGCCAAAGGATATTTGTTTCCCACCAAAAAATCAAATAAGCAAAATTCTATGTAACCAATTCTTAAAAAGTATAAAAAAATATTTTCAACACAAAACATTATCCTTTTACTTTTTTTTTTGGGCAAGTTCATGATTTGTTAAAGGTTTGACATTGTTTTTGTGGCTATGTCATTTTGGTTTGACATTGTTCATGATTTGTTAAAGGTTTGATTTTTTAAAATGAAATCGGAATAAGCTGTTTTGTATAAATAAGTTGTTTTGAATAAGCTGTTTTACACAAATAAGTTGTTTTGTATAAATAAGTTGTTTTGAATAAGCTGTTTTGCACAAATAAGCTATTTTGTATAAATAAGTTGTTTTGAATAAGCTGTTTTGCATAAATAAGTTGTTTTGAATAAGTTGTTTTGCATAAATAAGTTGTTTTGAATAAATTGTTTTTTAAAATGAAATCGGAATAAGTTGTTTTGTATAAATAAGCTGTTTTGAATAAGTTGTTTTGCACAAATAAGCTGTTTTGTATAAATAAGTTGTTTTGAATAAGCTGTTTTGCACAAATAAGCTATTTTGTATAAATAGCTTATTCAAAATGAAATCGGAATAAGCTGTTTTGTATAAATAAGCTGTTTTGAATAAGCTGTTTTGCACAAATAAGCTGTTTTGTATAAATAAGTTGTTTTGAATAAGCTGTTTTGCACAAATAAGCTATTTTGTATAAATAAGTTGTTTCGAATAAGCTGTTTTGCATAAATAAGCTGTTTTGAAAAAGTTGTTTTGCATAAATATGTTGTTTTGCATAAATAAGTTGTTTTGAATAAGTTGTTTTTAAAATGAAATCGAAATAAGCTGTTTTGTATAAATAAGCTGATTTGCACAAATAAGCTGTTTTGCATAAATAAGCTCTTTTGAATAAGCGGTTTTAAAAAAAGTGATCCTAATAAGTTGTTTCGAATAAGCTGTTTTGCATAAATAAGCTGTTTTGAATAAGTTGCCCAAATAATTCTTTTCAATTAGGGGGCTTTAATTTAGTGGGCTTGGTGGGGGCTTTTTTAAGTGGACTTTGAAATTTGAGGCTCTATTGACACCTCTACTTATTAGAATTAAGTTTTCACTTAAGGTGTAGAAAGCAATTATGTTAGATGTAGAAAGCAATTATGCACGGTGCACAACCATAACCACACCCCCAACAAACAACTTCCACAACATACCCTCCGTCCCGTTCGTTAATACAGAAATTATACAATGGCTACTTCTCTCTCGAATCAATCTCTATTGGCTTGTTCTTCTTCATCATCTTCTTCTTCATTCTCTTCAAAATCTCCAAAACCACCCAATTTCGTTCATTTTCCATCTCGCCCCTTTTACGCCTCCAACACTATCTTAGGGTTTCCAACTCTCAATCCAACCTCCTCCCTCTTCGCTTCCAAAGATTCCTTTTCAAGTGTACGCTCTCTCTATCTCTGTTGTTTTTTTTACATCACATACTTTTTGTTATTCGTTCTGTTAATTTTTTTTTTGTATACTCAAATAAGCTGTTTTCATAAACTATCCCCAAGAGCTTATGAAAATAAGCTGAAAACAGCTTCTAACAGCTTATCCTCTCTCTGTCTTGTTTTTGCATAGACAAATGATAAAACAGACGAGACTCGAAATGGTGAAGATAAACAAGATTTACCAAGCTTATTGGTCCTTGTTAAAGCATACAAGAAAGCCTTTCTTAACGGCGATGGAAAGACTGCATTGTTGATTGAAGAAATAATACAATCTAAGGCAATTGAAAGGAATAAATTGATTCAGAAAGTATCTAGTTTATCCGCGGATAAAGTTTCTTGTAAAGAGCAATATCTCCGTTTGCAAGCGGATTTTGATAACTTTAGGAAAAGATGTGAGAAGGAAAGAATTAGCATTCAATCGGATGCTCAGCAAGAATTCATTAAAAAACTTCTGTTGATGGTGGACAGTTTTGAGAGAGTTAAACAACAGATTGAAGCGGAAACGGAGAAAGAGAAGA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Protein sequence

>MS.gene35640.t1

MACTVTAINRGQHENLRTYSVYIHESQIDIEVTVTAIASVTNDKTDETRNGEDKQDLPSLLVLVKAYKKAFLNGDGKTALLIEEIIQSKAIERNKLIQKVSSLSADKVSCKEQYLRLQADFDNFRKRCEKERISIQSDAQQEFIKKLLLMVDSFERVKQQIEAETEKEKKIDASYQSLYKQFVETLRSHHVSVVVTVGKPFNPLIHEAVGREESEVFKEGIIIKESRRGFLLKDKVVRPALVKVSLGPGNKKSSVASTQSLEQPSTAARIDER