AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene056083


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Find 62 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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TTCACACAGAAAACACCATA+TGG 0.527292 1.4:-67613772 None:intergenic
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GGATGGTGGGGATCCTGAAA+AGG 0.539874 1.4:+67613981 MS.gene056083:CDS
TGATAACGACTTACAGTTGG+AGG 0.542390 1.4:+67581330 MS.gene056083:CDS
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ATTGCCGCAAATCAATTAGA+CGG 0.595743 1.4:-67581417 None:intergenic
GAGATCCAAGGCCTGTCATG+AGG 0.597114 1.4:+67613938 MS.gene056083:CDS
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AGATCCAAGGCCTGTCATGA+GGG 0.634537 1.4:+67613939 MS.gene056083:CDS
CAGCCACCTCTGCGAATCTG+CGG 0.638672 1.4:+67582477 MS.gene056083:intron
ATACCAGATCTTTGGCAAAG+GGG 0.650824 1.4:+67606867 MS.gene056083:intron
GCCCTTCTTGCAATTCGACG+AGG 0.664402 1.4:+67606600 MS.gene056083:CDS
ACGTATTACAATGTGTAGGG+TGG 0.665998 1.4:-67581366 None:intergenic
TGAAGCTCAACTATATGGTG+TGG 0.677146 1.4:+67613791 MS.gene056083:CDS
GCCAACGTATTACAATGTGT+AGG 0.691878 1.4:-67581370 None:intergenic
ATGATACCGCAGATTCGCAG+AGG 0.694943 1.4:-67582483 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr1.4 gene 67579054 67614839 67579054 ID=MS.gene056083
chr1.4 mRNA 67579054 67614839 67579054 ID=MS.gene056083.t1;Parent=MS.gene056083
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chr1.4 CDS 67581326 67581467 67581326 ID=cds.MS.gene056083.t1;Parent=MS.gene056083.t1
chr1.4 exon 67582480 67582509 67582480 ID=MS.gene056083.t1.exon3;Parent=MS.gene056083.t1
chr1.4 CDS 67582480 67582509 67582480 ID=cds.MS.gene056083.t1;Parent=MS.gene056083.t1
chr1.4 exon 67606578 67606641 67606578 ID=MS.gene056083.t1.exon4;Parent=MS.gene056083.t1
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chr1.4 exon 67614773 67614839 67614773 ID=MS.gene056083.t1.exon11;Parent=MS.gene056083.t1
chr1.4 CDS 67614773 67614839 67614773 ID=cds.MS.gene056083.t1;Parent=MS.gene056083.t1
Gene Sequence

>MS.gene056083

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