AlfalfaGEDB | MsG0080048094.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080048094.01

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MsG0080048094.01.T01	AT1G06630	32.642	193	116	7	11	191	12	202	1.89e-15	77.8
MsG0080048094.01.T01	AT1G06630	32.642	193	116	7	11	191	12	202	1.89e-15	77.8
MsG0080048094.01.T01	AT3G44060	32.850	207	120	9	16	211	4	202	1.96e-15	77.8
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MsG0080048094.01.T01	AT1G48400	32.338	201	120	6	1	191	1	195	1.11e-13	72.8
MsG0080048094.01.T01	AT1G80470	29.787	188	118	7	11	191	15	195	1.34e-13	72.4
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MsG0080048094.01.T01	AT1G13570	28.390	236	132	9	11	221	6	229	1.58e-13	70.9
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MsG0080048094.01.T01	AT5G54820	31.429	210	111	7	11	195	7	208	2.44e-12	68.6
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MsG0080048094.01.T01	AT2G29910	34.225	187	105	8	11	190	5	180	2.95e-12	67.8
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MsG0080048094.01.T01	AT2G29910	34.225	187	105	8	11	190	5	180	2.95e-12	67.8
MsG0080048094.01.T01	AT2G29910	34.225	187	105	8	11	190	5	180	2.95e-12	67.8
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MsG0080048094.01.T01	AT2G29910	34.225	187	105	8	11	190	29	204	3.73e-12	67.4
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MsG0080048094.01.T01	AT5G02700	23.487	413	230	14	4	346	20	416	9.43e-12	66.6
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MsG0080048094.01.T01	AT3G54160	34.783	138	81	6	60	191	40	174	2.08e-11	65.5
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MsG0080048094.01.T01	AT5G18770	28.723	188	123	5	11	191	24	207	3.12e-11	65.1
MsG0080048094.01.T01	AT3G49040	30.729	192	112	8	11	191	17	198	3.68e-11	63.9
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Find 88 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 114 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence	on_target_score	Position	Region
CCACAATGGTTTCCATCTTT+TGG	0.175381	contig205end:-23142	MsG0080048094.01.T01:intergenic
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TCTGAAGGTTAGGACAATTT+TGG	0.205184	contig205end:-23975	MsG0080048094.01.T01:intergenic
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TAACCTCACTGTTCTTAAAT+TGG	0.249586	contig205end:+23431	MsG0080048094.01.T01:CDS
CTCATTATCATCACCATAGA+TGG	0.299401	contig205end:+23005	MsG0080048094.01.T01:exon
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TTCCTCTCATTTGGTGCTGA+TGG	0.304206	contig205end:+23528	MsG0080048094.01.T01:CDS
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ATCTCCATGTGAGTCAAATT+AGG	0.339910	contig205end:-23895	MsG0080048094.01.T01:intergenic
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AAATGTTGGGACCGCTCTTC+TGG	0.350657	contig205end:+23288	MsG0080048094.01.T01:CDS
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AGACAGAATCAGCTCCCTTC+CGG	0.370966	contig205end:+23053	MsG0080048094.01.T01:CDS
TCCTCTCATTTGGTGCTGAT+GGG	0.388966	contig205end:+23529	MsG0080048094.01.T01:CDS
ACTTGTTGAGGCGGATTGTT+TGG	0.391452	contig205end:-23112	MsG0080048094.01.T01:intergenic
TATTTCAATTGACAAATCAT+TGG	0.394665	contig205end:+23920	MsG0080048094.01.T01:CDS
AAAGTTTCTATGCGCAAAAC+TGG	0.405094	contig205end:+23722	MsG0080048094.01.T01:CDS
GAACGCTGGGAAGCCATCTA+TGG	0.406154	contig205end:-23018	MsG0080048094.01.T01:intergenic
CAAATCATTGGCTTGGGAAG+TGG	0.415315	contig205end:+23932	MsG0080048094.01.T01:CDS
CAATTGACAAATCATTGGCT+TGG	0.417745	contig205end:+23925	MsG0080048094.01.T01:CDS
ATCGTTTCGCATCAAATGTT+GGG	0.418805	contig205end:+23275	MsG0080048094.01.T01:CDS
AATTGACAAATCATTGGCTT+GGG	0.427355	contig205end:+23926	MsG0080048094.01.T01:CDS
TTTATAACATGCCGTTTGCT+TGG	0.427925	contig205end:+23688	MsG0080048094.01.T01:CDS
GATCGTTTCGCATCAAATGT+TGG	0.429137	contig205end:+23274	MsG0080048094.01.T01:CDS
TTATAACATGCCGTTTGCTT+GGG	0.431418	contig205end:+23689	MsG0080048094.01.T01:CDS
GAAAGACATTCTGGAACAAA+TGG	0.434093	contig205end:-24151	MsG0080048094.01.T01:intergenic
TGAAATTATCTTTGTGTCCA+AGG	0.436414	contig205end:+24326	MsG0080048094.01.T01:CDS
ATGGTAAGATTCTGAAGGTT+AGG	0.439216	contig205end:-23985	MsG0080048094.01.T01:intergenic
ATGAAATTGCCGATGGCGAT+TGG	0.459401	contig205end:+24119	MsG0080048094.01.T01:CDS
CTTTCCTAATTTGACTCACA+TGG	0.460924	contig205end:+23891	MsG0080048094.01.T01:CDS
CAAGTATCCTCTCCAAAAGA+TGG	0.475200	contig205end:+23130	MsG0080048094.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

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!!!	AGGACAATTTTGGAGCACTT+TGG	-	contig205end:23968-23987	MsG0080048094.01.T01:intergenic	40.0%
	ATGAAATTGCCGATGGCGAT+TGG	+	contig205end:24119-24138	MsG0080048094.01.T01:CDS	45.0%
	ATTTGATGCGAAACGATCGG+AGG	-	contig205end:23272-23291	MsG0080048094.01.T01:intergenic	45.0%
	CTAAAGTTGGAATGGAACGC+TGG	-	contig205end:23035-23054	MsG0080048094.01.T01:intergenic	45.0%
	GAAGTGTGAGCTTCTGTTTG+CGG	+	contig205end:24216-24235	MsG0080048094.01.T01:CDS	45.0%
	GAGGCAGGCATATGAATACA+AGG	+	contig205end:23861-23880	MsG0080048094.01.T01:intron	45.0%
	GCATTACGAACCCAAGCAAA+CGG	-	contig205end:23702-23721	MsG0080048094.01.T01:intergenic	45.0%
	TTTACAACACATGCAGAGGC+AGG	+	contig205end:23846-23865	MsG0080048094.01.T01:intron	45.0%
	TTTGATGCGAAACGATCGGA+GGG	-	contig205end:23271-23290	MsG0080048094.01.T01:intergenic	45.0%
!	GCTCGCTGATAGCTTGTAAA+GGG	+	contig205end:24191-24210	MsG0080048094.01.T01:CDS	45.0%
!	GTTTGGTGGAGAGAAAAGAG+AGG	-	contig205end:23098-23117	MsG0080048094.01.T01:intergenic	45.0%
!	TGCTCGCTGATAGCTTGTAA+AGG	+	contig205end:24190-24209	MsG0080048094.01.T01:CDS	45.0%
!!	ACTTGTTGAGGCGGATTGTT+TGG	-	contig205end:23115-23134	MsG0080048094.01.T01:intergenic	45.0%
!!	ATGTGACAGATAACGGAGTC+CGG	-	contig205end:23075-23094	MsG0080048094.01.T01:intergenic	45.0%
!!	CAAATCATTGGCTTGGGAAG+TGG	+	contig205end:23932-23951	MsG0080048094.01.T01:CDS	45.0%
!!	CTCTGGGTGTCCTATTTTAG+AGG	+	contig205end:23569-23588	MsG0080048094.01.T01:CDS	45.0%
!!	GATGTTTCTGGAGAGCATGA+CGG	-	contig205end:23241-23260	MsG0080048094.01.T01:intergenic	45.0%
!!	TCCTCTCATTTGGTGCTGAT+GGG	+	contig205end:23529-23548	MsG0080048094.01.T01:CDS	45.0%
!!	TTCCTCTCATTTGGTGCTGA+TGG	+	contig205end:23528-23547	MsG0080048094.01.T01:CDS	45.0%
	AAATGTTGGGACCGCTCTTC+TGG	+	contig205end:23288-23307	MsG0080048094.01.T01:CDS	50.0%
	AATTGCCGATGGCGATTGGA+TGG	+	contig205end:24123-24142	MsG0080048094.01.T01:CDS	50.0%
	ACCCATCAGCACCAAATGAG+AGG	-	contig205end:23533-23552	MsG0080048094.01.T01:intergenic	50.0%
	AGACAGAATCAGCTCCCTTC+CGG	+	contig205end:23053-23072	MsG0080048094.01.T01:CDS	50.0%
	GAAAGTTAGTGCCTCGCCAA+TGG	+	contig205end:24276-24295	MsG0080048094.01.T01:CDS	50.0%
	GTGAGAACTGAGAGCCACAA+TGG	-	contig205end:23159-23178	MsG0080048094.01.T01:intergenic	50.0%
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!!	GACAGATAACGGAGTCCGGA+AGG	-	contig205end:23071-23090	MsG0080048094.01.T01:intergenic	55.0%

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Gene Sequence

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Protein sequence

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