AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680032353.01

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MsG0680032353.01.T07 AT5G56370 27.108 332 182 10 1 286 1 318 6.07e-15 75.1
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MsG0680032353.01.T02 AT3G58880 36.410 195 107 6 1 184 2 190 4.25e-14 73.9
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MsG0680032353.01.T02 AT4G14103 32.990 194 110 9 2 184 8 192 3.00e-13 70.9
MsG0680032353.01.T02 AT4G14103 32.990 194 110 9 2 184 8 192 3.66e-13 70.9
MsG0680032353.01.T02 AT4G22280 34.184 196 101 9 1 184 1 180 3.85e-13 70.1
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MsG0680032353.01.T02 AT5G38392 34.158 202 107 7 1 184 1 194 5.41e-13 68.2
MsG0680032353.01.T02 AT5G38390 34.000 200 109 7 1 193 1 184 5.53e-13 70.5
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MsG0680032353.01.T03 AT4G00315 32.995 197 116 6 7 194 1 190 7.53e-14 72.4
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MsG0680032353.01.T03 AT3G50710 32.812 192 114 4 7 190 1 185 1.20e-13 71.6
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MsG0680032353.01.T03 AT4G22280 34.184 196 101 9 7 190 1 180 2.83e-13 70.5
MsG0680032353.01.T03 AT3G59000 36.612 183 89 8 7 171 1 174 4.25e-13 70.5
MsG0680032353.01.T03 AT5G53640 28.571 196 124 6 6 198 20 202 4.35e-13 68.2
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MsG0680032353.01.T03 AT3G59190 32.227 211 120 8 3 198 7 209 7.37e-13 69.3
MsG0680032353.01.T03 AT1G55660 30.144 209 134 4 7 208 52 255 7.56e-13 69.7
MsG0680032353.01.T03 AT3G59200 32.432 222 127 8 8 219 7 215 8.86e-13 69.3
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MsG0680032353.01.T03 AT4G13960 30.859 256 141 10 7 235 1 247 1.05e-12 68.9
MsG0680032353.01.T03 AT2G26030 32.447 188 110 8 8 188 4 181 1.29e-12 68.6
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MsG0680032353.01.T03 AT1G16930 30.198 202 119 7 2 194 9 197 1.37e-12 68.6
MsG0680032353.01.T03 AT1G16930 30.198 202 119 7 2 194 9 197 1.37e-12 68.6
MsG0680032353.01.T03 AT2G26030 32.447 188 110 8 8 188 4 181 1.43e-12 68.6
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MsG0680032353.01.T03 AT5G38386 30.802 237 136 9 7 235 1 217 1.50e-12 68.6
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MsG0680032353.01.T03 AT5G25850 31.771 192 109 6 7 191 19 195 1.73e-12 68.6
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MsG0680032353.01.T03 AT2G26860 33.495 206 111 7 7 198 1 194 5.25e-12 66.6
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MsG0680032353.01.T03 AT5G56560 33.508 191 112 6 5 190 2 182 5.39e-12 66.6
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MsG0680032353.01.T03 AT3G58860 34.158 202 109 9 3 190 2 193 7.24e-12 66.6
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MsG0680032353.01.T03 AT1G78750 29.557 203 128 6 2 194 12 209 9.71e-12 66.2
MsG0680032353.01.T03 AT4G27050 33.498 203 110 9 8 190 4 201 9.79e-12 66.2
MsG0680032353.01.T03 AT4G27050 33.498 203 110 9 8 190 4 201 9.79e-12 66.2
MsG0680032353.01.T03 AT4G27050 33.498 203 110 9 8 190 4 201 9.79e-12 66.2
MsG0680032353.01.T03 AT4G27050 33.498 203 110 9 8 190 4 201 9.79e-12 66.2
MsG0680032353.01.T03 AT4G27050 33.498 203 110 9 8 190 4 201 9.79e-12 66.2
MsG0680032353.01.T03 AT1G21990 33.508 191 115 7 8 193 9 192 1.73e-11 65.5
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MsG0680032353.01.T03 AT3G58900 36.571 175 86 8 7 166 1 165 2.26e-11 64.3
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MsG0680032353.01.T03 AT3G59210 33.333 210 119 9 1 198 1 201 2.40e-11 65.1
MsG0680032353.01.T03 AT3G59210 33.333 210 119 9 1 198 1 201 2.40e-11 65.1
MsG0680032353.01.T03 AT3G59210 33.333 210 119 9 1 198 1 201 2.40e-11 65.1
MsG0680032353.01.T03 AT3G59150 29.825 228 125 10 1 205 1 216 2.92e-11 64.7
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MsG0680032353.01.T03 AT3G26922 30.726 179 104 7 24 194 1 167 4.38e-11 63.2
MsG0680032353.01.T03 AT2G29930 32.124 193 115 7 3 190 7 188 4.43e-11 63.9
MsG0680032353.01.T03 AT2G29930 32.124 193 115 7 3 190 7 188 4.43e-11 63.9
MsG0680032353.01.T03 AT3G58900 36.181 199 101 9 7 190 1 188 4.76e-11 63.9
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MsG0680032353.01.T03 AT3G62440 30.488 246 132 10 7 226 1 233 7.26e-11 63.5
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MsG0680032353.01.T04 AT5G56420 24.513 359 203 11 3 306 75 420 3.56e-12 67.0
MsG0680032353.01.T04 AT5G56420 24.513 359 203 11 3 306 75 420 3.56e-12 67.0
MsG0680032353.01.T04 AT5G38570 27.948 229 147 8 83 307 161 375 9.31e-11 62.4

Find 68 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 87 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
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GGTGGTAGTGAAAGCGATTT+TGG 0.269024 6:+39200797 None:intergenic
GATAAGTCCTCAAATATTCT+AGG 0.318963 6:+39200319 None:intergenic
TTCTCAATCTTAGATGGTTA+CGG 0.346464 6:-39200455 MsG0680032353.01.T05:intron
TCCCAAAAGCATTTCATTTG+TGG 0.350473 6:+39199740 None:intergenic
TTGATTGCTTATTTCCTGGC+TGG 0.357883 6:-39200086 MsG0680032353.01.T05:intron
GAGAAGCATTAAGAAGTTGT+TGG 0.359836 6:+39200346 None:intergenic
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TACCCATGCATCCAAGTTGT+TGG 0.390896 6:+39200572 None:intergenic
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TGCTTATTTCCTGGCTGGGA+TGG 0.421520 6:-39200081 MsG0680032353.01.T05:intron
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GCTCATCCAAGGAATGGAAA+TGG 0.480354 6:-39199914 MsG0680032353.01.T05:CDS
GCAAAGTGGGGTCCACCGCT+TGG 0.481437 6:+39200767 None:intergenic
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GTCGAAGTCAAAGCGAAGAA+TGG 0.489215 6:+39200734 None:intergenic
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AATTGTGTCATTCGAGATGC+GGG 0.495546 6:+39200500 None:intergenic
TTACATGCTGGAGAAATCCT+TGG 0.502278 6:+39199684 None:intergenic
TTAATTCCATGTCCCTGGCT+AGG 0.503532 6:-39200251 MsG0680032353.01.T05:intron
TTTGAAGCTTGGGACAATGT+TGG 0.510964 6:+39200043 None:intergenic
AAAGTTTAATTCCATGTCCC+TGG 0.512645 6:-39200256 MsG0680032353.01.T05:intron
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TCTAAGATTGAGAACAACTA+GGG 0.542157 6:+39200464 None:intergenic
TTCCAACAACTTGGATGCAT+GGG 0.547076 6:-39200574 MsG0680032353.01.T05:intron
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GGTCCACCGCTTGGAAAGAA+GGG 0.554694 6:+39200776 None:intergenic
CCACCCTTCTTTCCAAGCGG+TGG 0.558411 6:-39200779 MsG0680032353.01.T05:CDS
AAGAGTAGAAGTTTACATGC+TGG 0.563839 6:+39199672 None:intergenic
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ATGGCGACTGAGTGGCAAAG+TGG 0.605948 6:+39200753 None:intergenic
ATCTAAGATTGAGAACAACT+AGG 0.613518 6:+39200463 None:intergenic
AACGAACCTAGCCAGGGACA+TGG 0.613760 6:+39200245 None:intergenic
GGGGAGGTACAGCTCATCCA+AGG 0.614204 6:-39199925 MsG0680032353.01.T05:CDS
CTACCACCCTTCTTTCCAAG+CGG 0.615176 6:-39200782 MsG0680032353.01.T05:CDS
AAATTGTGTCATTCGAGATG+CGG 0.625949 6:+39200499 None:intergenic
ATGAATTGGTTTGACAAACG+AGG 0.626671 6:+39200642 None:intergenic
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AGCTCTAACGAACCTAGCCA+GGG 0.643302 6:+39200239 None:intergenic
GGCGACTGAGTGGCAAAGTG+GGG 0.657644 6:+39200755 None:intergenic
CATAAAACTGTGGATGACTG+CGG 0.664042 6:-39200711 MsG0680032353.01.T05:intron
TGACTTCGACCATAAAACTG+TGG 0.680631 6:-39200721 MsG0680032353.01.T05:CDS
CCACCGCTTGGAAAGAAGGG+TGG 0.684345 6:+39200779 None:intergenic
GTTGAAGCTGAAAATTTGTG+TGG 0.697137 6:-39200432 MsG0680032353.01.T05:intron

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TCAAATTCTTTTTATTAATA+AGG - Chr6:39200519-39200538 MsG0680032353.01.T05:intron 10.0%
!!! ACATTTTTAACTACATTATA+AGG + Chr6:39200352-39200371 None:intergenic 15.0%
!!! TGTACAATTTTAAAATTTGA+AGG - Chr6:39200695-39200714 MsG0680032353.01.T05:intron 15.0%
!!! AATAAAAAGAATTTGAAGCT+TGG + Chr6:39200515-39200534 None:intergenic 20.0%
!!! ATAAAAAGAATTTGAAGCTT+GGG + Chr6:39200514-39200533 None:intergenic 20.0%
!!! TTTTAAAATGAACAAATCTC+AGG + Chr6:39200165-39200184 None:intergenic 20.0%
! AGGTTAATGTGAATTAAGTT+TGG + Chr6:39200433-39200452 None:intergenic 25.0%
! TAAATATAGAACGACATTTG+AGG + Chr6:39199940-39199959 None:intergenic 25.0%
! TTAAAATTGTACATGTTCTG+AGG + Chr6:39200688-39200707 None:intergenic 25.0%
!!! GGCTAAATATTTTGATGAAT+TGG + Chr6:39199919-39199938 None:intergenic 25.0%
AAAATCACAGAAACGATTGT+AGG + Chr6:39199861-39199880 None:intergenic 30.0%
AAGAATTATCTTCTTGTCCA+AGG - Chr6:39200843-39200862 MsG0680032353.01.T05:CDS 30.0%
GAAATAAGCAATCAAACTGT+AGG + Chr6:39200453-39200472 None:intergenic 30.0%
GATAAGTCCTCAAATATTCT+AGG + Chr6:39200228-39200247 None:intergenic 30.0%
TAGTTGTTCTCAATCTTAGA+TGG - Chr6:39200083-39200102 MsG0680032353.01.T05:intron 30.0%
TTATTCTGATTCCAACAACT+TGG - Chr6:39199961-39199980 MsG0680032353.01.T05:intron 30.0%
TTCTCAATCTTAGATGGTTA+CGG - Chr6:39200089-39200108 MsG0680032353.01.T05:intron 30.0%
! ATCTAAGATTGAGAACAACT+AGG + Chr6:39200084-39200103 None:intergenic 30.0%
! TCCACAAATGAAATGCTTTT+GGG - Chr6:39200803-39200822 MsG0680032353.01.T05:CDS 30.0%
! TCTAAGATTGAGAACAACTA+GGG + Chr6:39200083-39200102 None:intergenic 30.0%
AAAGTTTAATTCCATGTCCC+TGG - Chr6:39200288-39200307 MsG0680032353.01.T05:intron 35.0%
AAGAGTAGAAGTTTACATGC+TGG + Chr6:39200875-39200894 None:intergenic 35.0%
ACACATTCAAGAACCGAATT+TGG + Chr6:39200656-39200675 None:intergenic 35.0%
CAGTTTGATTGCTTATTTCC+TGG - Chr6:39200454-39200473 MsG0680032353.01.T05:intron 35.0%
CTCCTAACCTAGAATATTTG+AGG - Chr6:39200218-39200237 MsG0680032353.01.T05:intron 35.0%
GTCCTCAAATATTCTAGGTT+AGG + Chr6:39200223-39200242 None:intergenic 35.0%
GTTGAAGCTGAAAATTTGTG+TGG - Chr6:39200112-39200131 MsG0680032353.01.T05:intron 35.0%
TCTCAATCTTAGATGGTTAC+GGG - Chr6:39200090-39200109 MsG0680032353.01.T05:intron 35.0%
! AAATTGTGTCATTCGAGATG+CGG + Chr6:39200048-39200067 None:intergenic 35.0%
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! GTCCACAAATGAAATGCTTT+TGG - Chr6:39200802-39200821 MsG0680032353.01.T05:CDS 35.0%
!! ATGAATTGGTTTGACAAACG+AGG + Chr6:39199905-39199924 None:intergenic 35.0%
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!! GAGAAGCATTAAGAAGTTGT+TGG + Chr6:39200201-39200220 None:intergenic 35.0%
!! TCCCAAAAGCATTTCATTTG+TGG + Chr6:39200807-39200826 None:intergenic 35.0%
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ATTCCAACAACTTGGATGCA+TGG - Chr6:39199969-39199988 MsG0680032353.01.T05:intron 40.0%
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TTACATGCTGGAGAAATCCT+TGG + Chr6:39200863-39200882 None:intergenic 40.0%
TTCCAACAACTTGGATGCAT+GGG - Chr6:39199970-39199989 MsG0680032353.01.T05:intron 40.0%
TTGATTGCTTATTTCCTGGC+TGG - Chr6:39200458-39200477 MsG0680032353.01.T05:intron 40.0%
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!! GTAGTGAAAGCGATTTTGGT+GGG + Chr6:39199746-39199765 None:intergenic 40.0%
!! TTGCTTTTCATCCCTTTGAC+AGG - Chr6:39200598-39200617 MsG0680032353.01.T05:intron 40.0%
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TACCCATGCATCCAAGTTGT+TGG + Chr6:39199975-39199994 None:intergenic 45.0%
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! CGCAGTCATCCACAGTTTTA+TGG + Chr6:39199835-39199854 None:intergenic 45.0%
! GCTTTTCATCCCTTTGACAG+GGG - Chr6:39200600-39200619 MsG0680032353.01.T05:intron 45.0%
! GGTAGTGAAAGCGATTTTGG+TGG + Chr6:39199747-39199766 None:intergenic 45.0%
!! GGTGGTAGTGAAAGCGATTT+TGG + Chr6:39199750-39199769 None:intergenic 45.0%
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! AGCTCTAACGAACCTAGCCA+GGG + Chr6:39200308-39200327 None:intergenic 50.0%
AACGAACCTAGCCAGGGACA+TGG + Chr6:39200302-39200321 None:intergenic 55.0%
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Chromosome Type Strat End Strand Name
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Gene Sequence

>MsG0680032353.01.T05

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Protein sequence

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