Alfalfa Gene Editing Database
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MsG0680032673.01.T04 | A0A072TI75 | 64.952 | 622 | 123 | 5 | 1 | 532 | 490 | 1106 | 0.0 | 752 |
MsG0680032673.01.T05 | A0A072TI75 | 77.836 | 1146 | 240 | 6 | 1 | 1140 | 1 | 1138 | 0.0 | 1767 |
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MsG0680032673.01.T07 | A0A072TI75 | 77.358 | 1113 | 216 | 5 | 1 | 1084 | 1 | 1106 | 0.0 | 1702 |
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Co-expression Network
Gene1 | Gene2 | correlation coefficient | p_value | FDR |
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MsG0680032673.01.T01 | MTR_0133s0020 | 45.301 | 415 | 91 | 7 | 265 | 544 | 676 | 1089 | 3.77e-88 | 295 |
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MsG0680032673.01.T01 | MTR_6g046930 | 41.556 | 450 | 108 | 12 | 265 | 569 | 666 | 1105 | 5.02e-74 | 256 |
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MsG0680032673.01.T01 | MTR_0133s0030 | 44.921 | 443 | 98 | 9 | 265 | 565 | 668 | 1106 | 1.93e-88 | 296 |
MsG0680032673.01.T01 | MTR_6g046480 | 51.648 | 455 | 154 | 10 | 35 | 454 | 226 | 649 | 1.53e-123 | 390 |
MsG0680032673.01.T01 | MTR_6g046480 | 45.368 | 421 | 157 | 13 | 203 | 569 | 694 | 1095 | 8.11e-79 | 269 |
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MsG0680032673.01.T01 | MTR_6g046450 | 53.250 | 400 | 76 | 6 | 266 | 561 | 709 | 1101 | 5.33e-108 | 349 |
Query id | Subject id | identity % | alignment length | mismatches | gap openings | q. start | q. end | s. start | s. end | e-value | bit score |
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MsG0680032673.01.T01 | AT3G14470 | 30.841 | 428 | 237 | 13 | 65 | 481 | 302 | 681 | 1.07e-39 | 155 |
MsG0680032673.01.T01 | AT3G14470 | 30.841 | 428 | 237 | 13 | 65 | 481 | 302 | 681 | 1.07e-39 | 155 |
MsG0680032673.01.T01 | AT3G14460 | 32.512 | 203 | 124 | 5 | 69 | 266 | 301 | 495 | 1.96e-27 | 118 |
MsG0680032673.01.T01 | AT3G07040 | 31.050 | 219 | 139 | 6 | 67 | 276 | 304 | 519 | 3.12e-23 | 105 |
MsG0680032673.01.T01 | AT3G46530 | 31.373 | 204 | 134 | 4 | 69 | 268 | 297 | 498 | 4.36e-23 | 104 |
MsG0680032673.01.T01 | AT3G46730 | 31.034 | 203 | 135 | 4 | 69 | 268 | 298 | 498 | 2.34e-22 | 102 |
MsG0680032673.01.T01 | AT3G50950 | 30.208 | 288 | 177 | 12 | 69 | 341 | 288 | 566 | 3.69e-22 | 101 |
MsG0680032673.01.T01 | AT3G50950 | 30.208 | 288 | 177 | 12 | 69 | 341 | 288 | 566 | 3.69e-22 | 101 |
MsG0680032673.01.T01 | AT1G12280 | 31.217 | 189 | 117 | 6 | 42 | 218 | 251 | 438 | 1.93e-19 | 93.2 |
MsG0680032673.01.T01 | AT5G63020 | 28.431 | 204 | 131 | 5 | 70 | 266 | 284 | 479 | 2.49e-19 | 92.8 |
Find 187 sgRNAs with CRISPR-Local
Find 242 sgRNAs with CRISPR-GE
CRISPR-Local
sgRNA_sequence | on_target_score | Position | Region |
---|---|---|---|
AAAATATGGGTGTGTGTTTC+TGG | 0.156243 | 6:-47284421 | MsG0680032673.01.T01:intron |
AAACATGGTAATTTACCAAA+TGG | 0.466707 | 6:+47282744 | None:intergenic |
AAACTCTTAAGACCTGAATG+AGG | 0.634909 | 6:+47282882 | None:intergenic |
AAAGACTGGCTGCAGAAACT+TGG | 0.500417 | 6:-47284880 | MsG0680032673.01.T05:CDS |
AAAGCTCATTCATCTTTGGA+TGG | 0.585233 | 6:-47283783 | MsG0680032673.01.T01:CDS |
AAAGTGACTCCACAGATGGA+AGG | 0.558919 | 6:+47282508 | None:intergenic |
AAATCGTTTATATTTGTCAT+GGG | 0.459023 | 6:-47282967 | MsG0680032673.01.T01:CDS |
AAATGACTACCAGTCGACGG+AGG | 0.682283 | 6:+47282100 | None:intergenic |
AACACATTTAAATTCTTGGA+GGG | 0.522919 | 6:+47283437 | None:intergenic |
AACATCCTTGCCAGACTGTT+TGG | 0.272961 | 6:-47281998 | MsG0680032673.01.T01:intron |
CRISPR-GE
badsite warning | sgRNA_sequence | Strand | Position | Region | GC_content |
---|---|---|---|---|---|
AAAAACAACACTTGCTCAAA+TGG | - | Chr6:47282125-47282144 | MsG0680032673.01.T01:CDS | 30.0% | |
AAGAATCAAAATTTGCAGTG+AGG | + | Chr6:47284572-47284591 | None:intergenic | 30.0% | |
AATTTACAAATGGAGCATGT+TGG | - | Chr6:47282873-47282892 | MsG0680032673.01.T01:CDS | 30.0% | |
ACTGCAATTGTTGTAAGAAA+AGG | + | Chr6:47284158-47284177 | None:intergenic | 30.0% | |
AGAATCAAAATTTGCAGTGA+GGG | + | Chr6:47284571-47284590 | None:intergenic | 30.0% | |
ATACTCAAGAAAGGTTCTTA+AGG | + | Chr6:47283144-47283163 | None:intergenic | 30.0% | |
ATATCTAACTTCAGAAGTTG+TGG | + | Chr6:47284049-47284068 | None:intergenic | 30.0% | |
ATCACTGAATCCGAAATATA+TGG | - | Chr6:47282000-47282019 | MsG0680032673.01.T01:intron | 30.0% | |
ATCTCGAGGAAATTTACAAA+TGG | - | Chr6:47282863-47282882 | MsG0680032673.01.T01:CDS | 30.0% | |
ATGAGGTATGGAATCAATTA+TGG | - | Chr6:47282898-47282917 | MsG0680032673.01.T01:CDS | 30.0% |
Chromosome | Type | Strat | End | Strand | Name |
---|---|---|---|---|---|
Chr6 | gene | 47281553 | 47285076 | 47281553 | ID=MsG0680032673.01;Name=MsG0680032673.01 |
Chr6 | mRNA | 47281738 | 47284562 | 47281738 | ID=MsG0680032673.01.T01;Parent=MsG0680032673.01;Name=MsG0680032673.01.T01;_AED=0.32;_eAED=0.36;_QI=0|0|0|1|0|0|7|0|570 |
Chr6 | exon | 47282097 | 47282333 | 47282097 | ID=MsG0680032673.01.T01:exon:16668;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | exon | 47282418 | 47282616 | 47282418 | ID=MsG0680032673.01.T01:exon:16667;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | exon | 47282863 | 47283074 | 47282863 | ID=MsG0680032673.01.T01:exon:16666;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | exon | 47283627 | 47284224 | 47283627 | ID=MsG0680032673.01.T01:exon:16665;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | exon | 47284312 | 47284411 | 47284312 | ID=MsG0680032673.01.T01:exon:16664;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | exon | 47284465 | 47284562 | 47284465 | ID=MsG0680032673.01.T01:exon:16663;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | CDS | 47284465 | 47284562 | 47284465 | ID=MsG0680032673.01.T01:cds;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | CDS | 47284312 | 47284411 | 47284312 | ID=MsG0680032673.01.T01:cds;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | CDS | 47283627 | 47284224 | 47283627 | ID=MsG0680032673.01.T01:cds;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | CDS | 47282863 | 47283074 | 47282863 | ID=MsG0680032673.01.T01:cds;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | CDS | 47282418 | 47282616 | 47282418 | ID=MsG0680032673.01.T01:cds;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | CDS | 47282097 | 47282333 | 47282097 | ID=MsG0680032673.01.T01:cds;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | CDS | 47281738 | 47282006 | 47281738 | ID=MsG0680032673.01.T01:cds;Parent=MsG0680032673.01.T01 |
Chr6 | mRNA | 47281738 | 47284338 | 47281738 | ID=MsG0680032673.01.T02;Parent=MsG0680032673.01;Name=MsG0680032673.01.T02;_AED=0.24;_eAED=0.24;_QI=0|0|0|1|0|0|3|0|806 |
Chr6 | exon | 47281738 | 47282091 | 47281738 | ID=MsG0680032673.01.T02:exon:16672;Parent=MsG0680032673.01.T02 |
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