AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880044876.01


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MsG0880044876.01.T01 AT1G51820 30.977 481 280 13 323 780 134 585 2.65e-51 190
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MsG0880044876.01.T01 AT1G51830 32.051 468 267 15 334 780 225 662 4.91e-51 191
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MsG0880044876.01.T01 AT1G56145 28.016 257 157 4 164 394 16 270 1.61e-18 91.3
MsG0880044876.01.T01 AT1G56145 36.025 161 92 4 25 178 122 278 7.92e-13 72.8
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MsG0880044876.01.T01 AT1G51860 29.293 594 316 21 222 786 196 714 6.94e-45 173
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MsG0880044876.01.T01 AT5G18500 33.898 295 184 4 487 776 145 433 1.01e-44 168
MsG0880044876.01.T01 AT5G18500 33.898 295 184 4 487 776 145 433 1.01e-44 168
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MsG0880044876.01.T01 AT1G56145 28.879 232 141 1 190 397 99 330 5.23e-22 102
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MsG0880044876.01.T01 AT3G45440 33.968 315 195 7 470 780 305 610 1.90e-44 171
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MsG0880044876.01.T01 AT1G79620 25.333 375 247 10 39 404 74 424 1.03e-15 82.4
MsG0880044876.01.T01 AT1G79620 33.333 129 63 2 20 125 231 359 7.36e-12 69.7
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MsG0880044876.01.T01 AT1G51890 28.482 481 281 13 330 788 407 846 3.69e-43 169
MsG0880044876.01.T01 AT3G46290 37.743 257 152 3 489 737 466 722 4.04e-43 168
MsG0880044876.01.T01 AT4G11900 34.520 281 173 5 438 707 459 739 4.07e-43 169
MsG0880044876.01.T01 AT5G35370 37.759 241 143 3 470 705 475 713 4.43e-43 169
MsG0880044876.01.T01 AT4G23130 32.317 328 202 8 465 780 293 612 5.14e-43 166
MsG0880044876.01.T01 AT1G61490 35.955 267 160 6 449 705 275 540 5.61e-43 166
MsG0880044876.01.T01 AT4G29180 33.416 404 215 11 330 709 413 786 5.83e-43 168
MsG0880044876.01.T01 AT4G29180 33.871 372 192 11 362 709 443 784 6.34e-43 168
MsG0880044876.01.T01 AT1G34210 34.783 299 181 5 490 780 287 579 6.47e-43 166
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MsG0880044876.01.T01 AT3G16030 34.138 290 178 6 496 778 392 675 1.94e-41 162
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MsG0880044876.01.T01 AT1G53430 34.601 263 129 4 193 428 98 344 1.88e-30 129
MsG0880044876.01.T01 AT1G53430 30.312 320 182 11 39 353 91 374 1.26e-22 104
MsG0880044876.01.T01 AT1G53430 30.315 254 166 6 21 270 119 365 2.33e-21 100
MsG0880044876.01.T01 AT1G53430 26.718 262 164 4 155 390 106 365 8.98e-18 89.0
MsG0880044876.01.T01 AT1G53430 32.927 164 87 2 261 401 94 257 6.33e-15 79.7
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 34.694 294 175 5 494 780 527 810 2.09e-41 163
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MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 35.429 175 112 1 221 394 5 179 2.85e-21 100
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 30.631 222 142 3 197 407 5 225 5.39e-20 95.9
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 29.496 278 166 8 26 302 5 253 1.17e-18 91.7
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 28.571 224 146 4 197 408 29 250 1.15e-17 88.6
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MsG0880044876.01.T01 AT2G48010 33.091 275 166 4 449 705 212 486 2.10e-41 161
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MsG0880044876.01.T01 AT4G04570 39.512 205 121 2 501 702 341 545 2.17e-41 160
MsG0880044876.01.T01 AT3G15890 32.660 297 182 6 494 781 25 312 2.26e-41 155
MsG0880044876.01.T01 AT5G38240 31.442 423 234 16 382 778 190 582 2.40e-41 161
MsG0880044876.01.T01 AT1G51870 30.667 450 273 14 357 780 415 851 2.51e-41 163
MsG0880044876.01.T01 AT2G19130 35.526 304 178 8 484 780 474 766 2.51e-41 163
MsG0880044876.01.T01 AT1G66920 41.395 215 120 4 494 704 295 507 2.60e-41 160
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MsG0880044876.01.T01 AT2G25470 30.739 501 271 15 28 469 471 954 2.63e-41 163
MsG0880044876.01.T01 AT2G25470 28.743 334 218 11 20 346 558 878 4.64e-24 108
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MsG0880044876.01.T01 AT2G25470 27.945 365 205 10 62 397 166 501 9.27e-15 79.3
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MsG0880044876.01.T01 AT2G25470 30.739 501 271 15 28 469 428 911 2.79e-41 163
MsG0880044876.01.T01 AT2G25470 28.118 473 243 10 20 397 177 647 3.66e-25 112
MsG0880044876.01.T01 AT2G25470 28.743 334 218 11 20 346 515 835 6.08e-24 108
MsG0880044876.01.T01 AT2G25470 30.460 348 193 10 62 397 148 458 4.20e-17 86.7
MsG0880044876.01.T01 AT2G25470 35.673 171 106 4 227 394 118 287 8.25e-14 76.3
MsG0880044876.01.T01 AT2G25470 30.769 247 118 6 203 397 118 363 9.74e-12 69.3
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MsG0880044876.01.T01 AT1G61420 40.976 205 118 2 504 705 340 544 3.04e-41 161
MsG0880044876.01.T01 AT3G62220 35.341 249 149 5 500 737 61 308 3.08e-41 155
MsG0880044876.01.T01 AT3G62220 35.341 249 149 5 500 737 61 308 3.08e-41 155
MsG0880044876.01.T01 AT1G51910 29.638 442 280 13 355 780 413 839 3.12e-41 163
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MsG0880044876.01.T01 AT5G58300 25.801 562 334 17 272 784 103 630 3.46e-41 161
MsG0880044876.01.T01 AT5G58300 25.801 562 334 17 272 784 103 630 3.46e-41 161
MsG0880044876.01.T01 AT1G61610 33.788 293 176 6 496 780 513 795 3.49e-41 162
MsG0880044876.01.T01 AT4G20450 30.568 458 268 14 330 780 431 845 3.62e-41 162
MsG0880044876.01.T01 AT3G07070 33.670 297 183 6 492 780 63 353 3.62e-41 156
MsG0880044876.01.T01 AT2G25220 32.143 308 181 6 441 721 55 361 3.63e-41 155
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 34.694 294 175 5 494 780 612 895 3.72e-41 163
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 33.884 242 155 5 159 397 98 337 1.13e-24 111
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 35.429 175 112 1 221 394 90 264 2.71e-21 100
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MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 28.571 224 146 4 197 408 114 335 9.62e-18 89.0
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 30.000 140 98 0 261 400 82 221 4.34e-11 67.4
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MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 33.884 242 155 5 159 397 98 337 1.13e-24 111
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MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 29.530 298 179 9 7 302 70 338 7.20e-19 92.4
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 28.571 224 146 4 197 408 114 335 9.62e-18 89.0
MsG0880044876.01.T01 AT5G01950 30.000 140 98 0 261 400 82 221 4.34e-11 67.4

Find 185 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 337 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
TAACACCAGTTAACATATTT+TGG 0.068168 8:+50540725 None:intergenic
ACAAGTGATTCTAAGGATTT+TGG 0.140990 8:+50540700 None:intergenic
CTTCTCATCCCTGTTGGATA+TGG 0.184679 8:-50543924 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTTAATTTGAAGTTTATTAA+TGG 0.195082 8:-50538717 None:intergenic
GAAGAGTTGAATATATTATT+TGG 0.203905 8:+50541570 None:intergenic
GGACTTGTTCCCAATGTTAT+TGG 0.206672 8:-50541507 MsG0880044876.01.T01:CDS
TGATGACATGTTGAAGATTT+TGG 0.211435 8:+50541713 None:intergenic
TTGAAATATCTAGACTTATC+AGG 0.214172 8:-50541387 MsG0880044876.01.T01:CDS
GTTGCACGTGTTAGTGATTT+TGG 0.254303 8:-50539641 MsG0880044876.01.T01:CDS
CTGTATGACAATTATATAAA+TGG 0.261058 8:-50541234 MsG0880044876.01.T01:CDS
GATTGATGTCTTGCTACTTC+TGG 0.264530 8:-50538914 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR
CATAGTTGTGTCGGCCGTTC+TGG 0.265039 8:-50540200 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATCATTGCCTAATTCAATTA+TGG 0.265857 8:-50539204 MsG0880044876.01.T01:CDS
TCAAATTTAGTCCAACTAAC+TGG 0.266654 8:-50539170 MsG0880044876.01.T01:CDS
TCATAATAGGATATTCTTCT+TGG 0.266790 8:+50540094 None:intergenic
CTAAGATACCTTCCTCTCTT+TGG 0.267584 8:-50540996 MsG0880044876.01.T01:CDS
TACCATTTGACCAAGTGATT+TGG 0.286714 8:+50540771 None:intergenic
CATGTCATCACTCACATATT+TGG 0.291256 8:-50541700 MsG0880044876.01.T01:CDS
ACACAAACTTTAGCTACTAT+TGG 0.292115 8:-50539578 MsG0880044876.01.T01:CDS
TGTCTTGTTGGATGAAAATA+TGG 0.301986 8:-50539663 MsG0880044876.01.T01:CDS
CAGAACGGCCGACACAACTA+TGG 0.302103 8:+50540201 None:intergenic
TGGTCATGTTTCCAACTTCT+TGG 0.313287 8:+50541274 None:intergenic
AAGAAATCGACTAGTGAATA+AGG 0.313701 8:-50538817 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR
ACTTGCAGAGTATGGATCTA+AGG 0.321200 8:-50539351 MsG0880044876.01.T01:intron
ACCATTTGACCAAGTGATTT+GGG 0.322721 8:+50540772 None:intergenic
AAATCTTGATTTCAAATCAT+TGG 0.322793 8:-50539855 MsG0880044876.01.T01:CDS
TCCAATTGACTTAGGAAGAT+TGG 0.323203 8:+50541353 None:intergenic
AAGATACACAAGTGATTCTA+AGG 0.323208 8:+50540693 None:intergenic
CAGTTCTTTACAAAATTTGC+AGG 0.331345 8:-50540833 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATCCCCGTCCCCGATGGGTT+CGG 0.331839 8:+50543956 None:intergenic
GAGAGGGGATACTACATAAA+TGG 0.333028 8:+50538758 None:intergenic
TGCTTGCACAAGTTCATAAT+AGG 0.339786 8:+50540081 None:intergenic
GGTCATGTTTCCAACTTCTT+GGG 0.342278 8:+50541275 None:intergenic
GAAAGGGGTTTGTCAACTTT+GGG 0.344665 8:-50540121 MsG0880044876.01.T01:CDS
TCCCCGTCCCCGATGGGTTC+GGG 0.357099 8:+50543957 None:intergenic
CCCAATCTTCCTAAGTCAAT+TGG 0.358591 8:-50541354 MsG0880044876.01.T01:CDS
TGTAAAGAACTGATGGTTGT+AGG 0.363303 8:+50540844 None:intergenic
GCCATATCGATTCTTGCTTC+AGG 0.364487 8:+50539074 None:intergenic
ATGCGGGGACGAGGATGGGG+TGG 0.366618 8:-50543985 None:intergenic
TGGGGATACCCGAACCCATC+GGG 0.369068 8:-50543965 MsG0880044876.01.T01:CDS
AGAAAGGGGTTTGTCAACTT+TGG 0.370166 8:-50540122 MsG0880044876.01.T01:CDS
GCTAATTAAGATCAAGGCTT+TGG 0.374984 8:-50539036 MsG0880044876.01.T01:CDS
CAGCTATGGGATTATGCTAA+TGG 0.375311 8:-50539300 MsG0880044876.01.T01:CDS
GGTAATCTTCCATCCGAGAT+TGG 0.378536 8:-50540925 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATGACCTCCATAATTGAATT+AGG 0.385734 8:+50539197 None:intergenic
ACGTTACTGCAGAATACTTC+CGG 0.386352 8:-50541329 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTGTCCCAAAATATGTTAAC+TGG 0.388895 8:-50540730 MsG0880044876.01.T01:CDS
TCCCAAATCACTTGGTCAAA+TGG 0.394246 8:-50540773 MsG0880044876.01.T01:CDS
AAGATCAAGGCTTTGGTTGT+TGG 0.396575 8:-50539029 MsG0880044876.01.T01:CDS
CCAATGTTATTGGAAACTTA+AGG 0.399787 8:-50541497 MsG0880044876.01.T01:CDS
CTTTGTGTAATTAAAAGTTT+AGG 0.400836 8:-50541123 MsG0880044876.01.T01:CDS
CCAATTGACTTAGGAAGATT+GGG 0.401929 8:+50541354 None:intergenic
TACCCGAACCCATCGGGGAC+GGG 0.402483 8:-50543959 MsG0880044876.01.T01:CDS
AAAGCCTTCCAATGTCTTGT+TGG 0.406579 8:-50539675 MsG0880044876.01.T01:CDS
ACCTGAAGCAAGAATCGATA+TGG 0.410716 8:-50539075 MsG0880044876.01.T01:CDS
AATACTAGATATTGCAGGTT+AGG 0.411503 8:+50541621 None:intergenic
TCGATTTCTTTAAACGCAAA+AGG 0.415395 8:+50538830 None:intergenic
ACCCGAACCCATCGGGGACG+GGG 0.415523 8:-50543958 MsG0880044876.01.T01:CDS
CAATTTGGTCCCCAGTTAGT+TGG 0.418515 8:+50539159 None:intergenic
GAGTCAATATATCATCAATT+TGG 0.422993 8:+50539144 None:intergenic
TTGTCCTCCAATGCTTTCAT+TGG 0.424803 8:-50540946 MsG0880044876.01.T01:CDS
CTTAAGTTTCCAATAACATT+GGG 0.425589 8:+50541498 None:intergenic
AGCTTTGGCTCTGTGTATCA+AGG 0.431364 8:-50540019 MsG0880044876.01.T01:CDS
AAATCTACGACATCGAAATC+TGG 0.435357 8:-50539900 MsG0880044876.01.T01:CDS
TGACCCTACCCATATCCAAC+AGG 0.435770 8:+50543915 None:intergenic
TTCTCTCAAATTCCCAATCT+CGG 0.438841 8:+50540912 None:intergenic
TGCGTCGCTAATTAAGATCA+AGG 0.440120 8:-50539042 MsG0880044876.01.T01:CDS
GAACTTGTGCAAGCAACAAA+TGG 0.442633 8:-50540073 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTAGCTCATAACAAATTGAA+TGG 0.442989 8:-50540802 MsG0880044876.01.T01:CDS
CGTTACTGCAGAATACTTCC+GGG 0.445018 8:-50541328 MsG0880044876.01.T01:CDS
GTAATCTTCCATCCGAGATT+GGG 0.446182 8:-50540924 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTGGATATGGGTAGGGTCAC+GGG 0.446599 8:-50543911 MsG0880044876.01.T01:intron
GCACAATCATGTGGAATTGA+TGG 0.448863 8:-50541306 MsG0880044876.01.T01:CDS
AGGCACAATTCCATCAAATA+CGG 0.450261 8:-50541655 MsG0880044876.01.T01:CDS
AGGCTATATCCCGTATTTGA+TGG 0.450499 8:+50541645 None:intergenic
GATACAATACTAGATATTGC+AGG 0.451633 8:+50541616 None:intergenic
CAAATGGAAGTGTAGACAAT+TGG 0.454857 8:-50539817 MsG0880044876.01.T01:CDS
GGTAATATTCCCCAAGAAGT+TGG 0.455789 8:-50541285 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTGAGAGACAATAGCTTAAG+TGG 0.458004 8:-50541747 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTCTCATCCCTGTTGGATAT+GGG 0.460360 8:-50543923 MsG0880044876.01.T01:CDS
CCTTAAGTTTCCAATAACAT+TGG 0.462734 8:+50541497 None:intergenic
AAACTTCAAGTATTGTCTCT+TGG 0.464806 8:-50541180 MsG0880044876.01.T01:CDS
GCTCATCAATAAATGATCCT+TGG 0.466286 8:+50541145 None:intergenic
TGAAATATCTAGACTTATCA+GGG 0.466596 8:-50541386 MsG0880044876.01.T01:CDS
AATGGTAAGCTTGATCTCCT+TGG 0.468608 8:-50540755 MsG0880044876.01.T01:CDS
CATATATGAGAAAGAATTCA+AGG 0.470836 8:+50541472 None:intergenic
TGATTTCAAATCATTGGTGA+TGG 0.471415 8:-50539849 MsG0880044876.01.T01:CDS
GTTGGATATGGGTAGGGTCA+CGG 0.474175 8:-50543912 MsG0880044876.01.T01:CDS
GTAACGTTTCCAATTGACTT+AGG 0.474854 8:+50541345 None:intergenic
TAATTCAATTATGGAGGTCA+TGG 0.475742 8:-50539195 MsG0880044876.01.T01:CDS
GTTCGACACAGGGTGGTACT+TGG 0.477970 8:+50540275 None:intergenic
GTGATGGAATTCATGTCAAA+TGG 0.479004 8:-50539833 MsG0880044876.01.T01:CDS
TATTGAAAATACTCTAGAAA+GGG 0.479649 8:-50540137 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTCTTGAAAGGTCCACCATC+AGG 0.479848 8:+50540352 None:intergenic
GCGGGGACGAGGATGGGGTG+GGG 0.480251 8:-50543983 None:intergenic
TTCAATGAGAGCAAATTACT+TGG 0.482215 8:-50540049 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATCTCATCCCCGTCCCCGAT+GGG 0.484238 8:+50543951 None:intergenic
GGTTCGATACCCGAGGAGAT+TGG 0.485169 8:-50541798 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATGCATAATGGAGCACTTTG+CGG 0.485995 8:-50540310 MsG0880044876.01.T01:CDS
CAAATTTAGTCCAACTAACT+GGG 0.486504 8:-50539169 MsG0880044876.01.T01:CDS
AAAGGAGATGTGTACAGCTA+TGG 0.488688 8:-50539314 MsG0880044876.01.T01:CDS
CATCCCTGTTGGATATGGGT+AGG 0.488790 8:-50543919 MsG0880044876.01.T01:CDS
AATCTCATCCCCGTCCCCGA+TGG 0.489511 8:+50543950 None:intergenic
GTATTGAAAATACTCTAGAA+AGG 0.490122 8:-50540138 MsG0880044876.01.T01:CDS
GAGTCTCAAAGATATCTTAA+CGG 0.490341 8:-50540974 MsG0880044876.01.T01:CDS
TCTCTTAGAAAATTGAACAT+AGG 0.491317 8:-50541036 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATTGTCTAAATTTCTTGCAA+AGG 0.492195 8:-50539778 MsG0880044876.01.T01:CDS
CTCAAATTCCCAATCTCGGA+TGG 0.492333 8:+50540916 None:intergenic
ATTCAACTTCTCATCCCTGT+TGG 0.493626 8:-50543930 MsG0880044876.01.T01:CDS
AAGGGAATTGTTTCTGTCAA+AGG 0.493773 8:-50539332 MsG0880044876.01.T01:CDS
GTCATGTTTCCAACTTCTTG+GGG 0.495414 8:+50541276 None:intergenic
ATCCCTGTTGGATATGGGTA+GGG 0.498177 8:-50543918 MsG0880044876.01.T01:CDS
ACTGCAATCATCTCACCATC+AGG 0.501128 8:+50539989 None:intergenic
GCAACAAACATATCATCTGT+TGG 0.506991 8:+50539257 None:intergenic
TCATCCAACAAGACATTGGA+AGG 0.507948 8:+50539671 None:intergenic
ATCAAGATAGCCAATCTCCT+CGG 0.508381 8:+50541788 None:intergenic
GTTGGTCAGAATAGCCTCTC+AGG 0.509063 8:-50541675 MsG0880044876.01.T01:CDS
TGCGGGGACGAGGATGGGGT+GGG 0.511738 8:-50543984 None:intergenic
CAGAACTAAGCTTGAAGACA+TGG 0.515337 8:-50539235 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATACCCGAACCCATCGGGGA+CGG 0.517277 8:-50543960 MsG0880044876.01.T01:CDS
AGTAATTGATTTGCAATCAG+AGG 0.521387 8:-50539963 MsG0880044876.01.T01:CDS
AAGGAGATGTGTACAGCTAT+GGG 0.522926 8:-50539313 MsG0880044876.01.T01:CDS
TCAAGATAGCCAATCTCCTC+GGG 0.523351 8:+50541789 None:intergenic
GTGGGGATACCCGAACCCAT+CGG 0.524069 8:-50543966 MsG0880044876.01.T01:CDS
GTGAATCTTCAGAACAACTC+AGG 0.524468 8:+50539096 None:intergenic
AAGATTACCAATGAAAGCAT+TGG 0.524680 8:+50540939 None:intergenic
GTCATATTTCCCAAACATGT+TGG 0.526089 8:+50541060 None:intergenic
CTTGCAGAGTATGGATCTAA+GGG 0.527562 8:-50539350 MsG0880044876.01.T01:intron
AAACAATTTACATGCTTCTG+TGG 0.527677 8:+50538790 None:intergenic
CTAGATATTGCAGGTTAGGA+AGG 0.528035 8:+50541625 None:intergenic
ACATGATAAGAAAATGTCAA+TGG 0.528117 8:-50540254 MsG0880044876.01.T01:CDS
GCTTTGGCTCTGTGTATCAA+GGG 0.528442 8:-50540018 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTCTTATCATGTTCGACACA+GGG 0.530905 8:+50540265 None:intergenic
ATGAGAGCAAATTACTTGGA+AGG 0.532288 8:-50540045 MsG0880044876.01.T01:CDS
CGACACAGGGTGGTACTTGG+AGG 0.533580 8:+50540278 None:intergenic
CAATTCCACATGATTGTGCC+CGG 0.533768 8:+50541310 None:intergenic
GTCATCACTCACATATTTGG+AGG 0.546790 8:-50541697 MsG0880044876.01.T01:CDS
GATAGATGTTGCATCTGCAT+TGG 0.547489 8:-50539744 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTTCTTATCATGTTCGACAC+AGG 0.551010 8:+50540264 None:intergenic
CAAATATCTACAATTTGTCA+AGG 0.551019 8:+50541407 None:intergenic
TGAGAGCAAATTACTTGGAA+GGG 0.551250 8:-50540044 MsG0880044876.01.T01:CDS
TCACTCACATATTTGGAGGT+TGG 0.551477 8:-50541693 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATTACCAATGAAAGCATTGG+AGG 0.553269 8:+50540942 None:intergenic
ATTGCAAAGCTCATGGATGA+AGG 0.553416 8:-50539617 MsG0880044876.01.T01:CDS
TAAGCTCCGTCAAATCGCAT+TGG 0.560333 8:-50541547 MsG0880044876.01.T01:CDS
GGCACAATTCCATCAAATAC+GGG 0.565940 8:-50541654 MsG0880044876.01.T01:CDS
GAGAGCAAATTACTTGGAAG+GGG 0.566426 8:-50540043 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTTGGTTGTTGGTGCAAACA+CGG 0.571291 8:-50539018 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATTGAAAATACTCTAGAAAG+GGG 0.571444 8:-50540136 MsG0880044876.01.T01:CDS
CTTGTATTGAAGAACCATGA+TGG 0.575041 8:+50539714 None:intergenic
CTTGGCAACAATGGACTCCA+AGG 0.576288 8:-50541162 MsG0880044876.01.T01:CDS
GGATCAATTCCCAAATCACT+TGG 0.581555 8:-50540781 MsG0880044876.01.T01:CDS
CACAGGGTGGTACTTGGAGG+CGG 0.582987 8:+50540281 None:intergenic
TCATGGTTCTTCAATACAAG+TGG 0.583774 8:-50539711 MsG0880044876.01.T01:CDS
CTCAAAGATATCTTAACGGT+AGG 0.584717 8:-50540970 MsG0880044876.01.T01:CDS
GCATTGGAATATCTCCATCA+TGG 0.584950 8:-50539728 MsG0880044876.01.T01:CDS
TGAGCTGTAAAATTCTTGAA+AGG 0.586181 8:+50540340 None:intergenic
TTGAGACTCCAAAGAGAGGA+AGG 0.588353 8:+50540988 None:intergenic
ATACAATGAAGACAGTTGAA+AGG 0.593687 8:+50538886 None:intergenic
ATTGCCTAATTCAATTATGG+AGG 0.595256 8:-50539201 MsG0880044876.01.T01:CDS
CAGATCAAAAGATAGCAAGT+TGG 0.599742 8:+50541254 None:intergenic
TACTTCCGGGCACAATCATG+TGG 0.599911 8:-50541315 MsG0880044876.01.T01:CDS
TATACTTCCCATAGTTGTGT+CGG 0.601792 8:-50540209 MsG0880044876.01.T01:CDS
CTTTGGCTCTGTGTATCAAG+GGG 0.605099 8:-50540017 MsG0880044876.01.T01:CDS
AACGGAGGGAGTAGATTACA+AGG 0.611899 8:-50540382 MsG0880044876.01.T01:intron
GTATTGTCTCTTGGCAACAA+TGG 0.614844 8:-50541171 MsG0880044876.01.T01:CDS
AGAACGGCCGACACAACTAT+GGG 0.615387 8:+50540202 None:intergenic
TGAATCTTCAGAACAACTCA+GGG 0.625009 8:+50539097 None:intergenic
ATCTTTGAGACTCCAAAGAG+AGG 0.627141 8:+50540984 None:intergenic
AGCTTGAAGACATGGATCAG+TGG 0.633639 8:-50539227 MsG0880044876.01.T01:CDS
CAAGGAGAGATTCCTGATGG+TGG 0.635805 8:-50540364 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATTTCCAGGTTCGATACCCG+AGG 0.645628 8:-50541805 MsG0880044876.01.T01:intron
ACTATTGGATACCTTGCACC+AGG 0.647071 8:-50539563 MsG0880044876.01.T01:intron
TTACAAGGAGAGATTCCTGA+TGG 0.651788 8:-50540367 MsG0880044876.01.T01:CDS
ATATATGAGAAAGAATTCAA+GGG 0.654427 8:+50541473 None:intergenic
TATCAAGGGGAGCTTCCTGA+TGG 0.655222 8:-50540004 MsG0880044876.01.T01:CDS
GATGCATGCAACAACCAGAA+CGG 0.665643 8:+50540186 None:intergenic
TGTAGCGCTTTGAGTGAACG+AGG 0.676640 8:+50541204 None:intergenic
GGGGATACCCGAACCCATCG+GGG 0.678061 8:-50543964 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTGATGGAATTGTGCCTGAG+AGG 0.679372 8:+50541661 None:intergenic
GACCCTACCCATATCCAACA+GGG 0.684910 8:+50543916 None:intergenic
AAATTTAGTCCAACTAACTG+GGG 0.688411 8:-50539168 MsG0880044876.01.T01:CDS
TATGTAGATGACCTGGTGCA+AGG 0.690581 8:+50539552 None:intergenic
AGAGCAAATTACTTGGAAGG+GGG 0.702306 8:-50540042 MsG0880044876.01.T01:CDS
TTATCATGTTCGACACAGGG+TGG 0.728593 8:+50540268 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AAAATTAAAAACATAACAAA+TGG - Chr8:50538959-50538978 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 10.0%
!!! ATATATATTTTTTTTTACGT+TGG + Chr8:50540528-50540547 None:intergenic 10.0%
!!! ATTAACTATTTTACTAAAAA+TGG - Chr8:50540237-50540256 MsG0880044876.01.T01:CDS 10.0%
!! AAAAATAAAAATAAGTCTAG+AGG + Chr8:50540272-50540291 None:intergenic 15.0%
!! AAATAGAATGAAATAATCAT+TGG - Chr8:50542097-50542116 MsG0880044876.01.T01:intron 15.0%
!! AAATTTCTTAAAAGTAAATG+AGG - Chr8:50539760-50539779 MsG0880044876.01.T01:CDS 15.0%
!! CAATGTTATTATAATGTTAT+TGG + Chr8:50540855-50540874 None:intergenic 15.0%
!! GAAAAAAATTAAAGTTGTAT+TGG - Chr8:50542224-50542243 MsG0880044876.01.T01:intron 15.0%
!!! AACTTTAAAAATCAAATATG+AGG + Chr8:50540056-50540075 None:intergenic 15.0%
!!! AATTTTACAACAACAATAAT+TGG + Chr8:50540220-50540239 None:intergenic 15.0%
!!! CATATTTGATTTTTAAAGTT+TGG - Chr8:50540056-50540075 MsG0880044876.01.T01:CDS 15.0%
!!! CATTTTGAAACAAATTTTTT+TGG - Chr8:50542264-50542283 MsG0880044876.01.T01:intron 15.0%
!!! TTTTATTTTTCAGCAATTTA+TGG - Chr8:50538873-50538892 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 15.0%
!! AAAAAAAAAAAAAACGTGGT+CGG - Chr8:50540761-50540780 MsG0880044876.01.T01:CDS 20.0%
!! AAAATAATAAAAATCGAGAG+GGG + Chr8:50543950-50543969 None:intergenic 20.0%
!! AAATCTTGATTTCAAATCAT+TGG - Chr8:50542835-50542854 MsG0880044876.01.T01:intron 20.0%
!! AAGAAGATGAAAATGTAAAT+GGG + Chr8:50539426-50539445 None:intergenic 20.0%
!! AGAATTGATAGAATATAGAT+AGG - Chr8:50539906-50539925 MsG0880044876.01.T01:CDS 20.0%
!! ATATATGAGAAAGAATTCAA+GGG + Chr8:50541220-50541239 None:intergenic 20.0%
!! ATTAGATCTTGTCAATATAA+TGG + Chr8:50540100-50540119 None:intergenic 20.0%
!! ATTAGTAATTAATGTGTACA+TGG - Chr8:50543259-50543278 MsG0880044876.01.T01:intron 20.0%
!! CAAAATAATAAAAATCGAGA+GGG + Chr8:50543951-50543970 None:intergenic 20.0%
!! CTATTATTCTCACTTAAAAA+AGG + Chr8:50539306-50539325 None:intergenic 20.0%
!! CTGTATGACAATTATATAAA+TGG - Chr8:50541456-50541475 MsG0880044876.01.T01:CDS 20.0%
!! CTTTGTGTAATTAAAAGTTT+AGG - Chr8:50541567-50541586 MsG0880044876.01.T01:CDS 20.0%
!! GAAGAGTTGAATATATTATT+TGG + Chr8:50541123-50541142 None:intergenic 20.0%
!! GATAATAGAAAACACTAAAA+AGG + Chr8:50539517-50539536 None:intergenic 20.0%
!! GTTAACAAAATCAAATAGAT+TGG + Chr8:50543192-50543211 None:intergenic 20.0%
!! TCAAAATAATAAAAATCGAG+AGG + Chr8:50543952-50543971 None:intergenic 20.0%
!! TCAAACACAAAAATTACAAA+AGG + Chr8:50543736-50543755 None:intergenic 20.0%
!!! AACAAATGGTTTTTATCTTT+AGG - Chr8:50538973-50538992 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 20.0%
!!! AATATTTTGAGAACACAAAA+AGG + Chr8:50540800-50540819 None:intergenic 20.0%
!!! ACTATTTTACTAAAAATGGT+AGG - Chr8:50540241-50540260 MsG0880044876.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATATTTTGAGAACACAAAAA+GGG + Chr8:50540799-50540818 None:intergenic 20.0%
!!! ATGACTTTTTTTTAATCGAA+TGG + Chr8:50539718-50539737 None:intergenic 20.0%
!!! CTAGAAAATAATAAGTTTTC+TGG - Chr8:50541600-50541619 MsG0880044876.01.T01:CDS 20.0%
!!! CTATTTTACTAAAAATGGTA+GGG - Chr8:50540242-50540261 MsG0880044876.01.T01:CDS 20.0%
!!! CTTTTTTAAGTGAGAATAAT+AGG - Chr8:50539304-50539323 MsG0880044876.01.T01:CDS 20.0%
!!! GATGTTTTCAATATTGTTTT+TGG - Chr8:50543754-50543773 MsG0880044876.01.T01:intron 20.0%
!!! GTCTTTTTCTTATAAAGTAA+GGG + Chr8:50542145-50542164 None:intergenic 20.0%
!!! TATTGAAAATACTCTAGAAA+GGG - Chr8:50542553-50542572 MsG0880044876.01.T01:intron 20.0%
!!! TGTCTTTTTCTTATAAAGTA+AGG + Chr8:50542146-50542165 None:intergenic 20.0%
!!! TTGTATCAAAACAATTTTGT+TGG - Chr8:50541090-50541109 MsG0880044876.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTTTATGTACAACAATGAT+AGG + Chr8:50540002-50540021 None:intergenic 20.0%
! AAAGGTTGTAAGAATATCAA+TGG + Chr8:50539499-50539518 None:intergenic 25.0%
! AATAGGATTGAACAGTAATT+TGG + Chr8:50540704-50540723 None:intergenic 25.0%
! AATTAATGTGTACATGGTAT+GGG - Chr8:50543265-50543284 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
! ACATGATAAGAAAATGTCAA+TGG - Chr8:50542436-50542455 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
! ATCATTGCCTAATTCAATTA+TGG - Chr8:50543486-50543505 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
! ATTACCCATATAAAAGATGA+AGG - Chr8:50540817-50540836 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
! ATTGTCTAAATTTCTTGCAA+AGG - Chr8:50542912-50542931 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
! CAAATATCTACAATTTGTCA+AGG + Chr8:50541286-50541305 None:intergenic 25.0%
! CATATATGAGAAAGAATTCA+AGG + Chr8:50541221-50541240 None:intergenic 25.0%
! CGCAAAAAAAAAAAAAAACG+TGG - Chr8:50540757-50540776 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
! CTAATGATTGAGATTTAATG+TGG - Chr8:50540115-50540134 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
! CTATCAAGTATTAACTCATT+CGG + Chr8:50539027-50539046 None:intergenic 25.0%
! CTTAAGTTTCCAATAACATT+GGG + Chr8:50541195-50541214 None:intergenic 25.0%
! GAAGAAGATGAAAATGTAAA+TGG + Chr8:50539427-50539446 None:intergenic 25.0%
! GAGTCAATATATCATCAATT+TGG + Chr8:50543549-50543568 None:intergenic 25.0%
! GGTTGAATAATATAGTAAGT+TGG - Chr8:50539178-50539197 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
! TAATAGGATTACATTAACCT+TGG - Chr8:50539320-50539339 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
! TAATTAATGTGTACATGGTA+TGG - Chr8:50543264-50543283 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
! TCATAATAGGATATTCTTCT+TGG + Chr8:50542599-50542618 None:intergenic 25.0%
! TCATATTAGATAATAGAGAG+AGG - Chr8:50539734-50539753 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
! TCTCTTAGAAAATTGAACAT+AGG - Chr8:50541654-50541673 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
! TGAAATATCTAGACTTATCA+GGG - Chr8:50541304-50541323 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
! TGGAAAAGCTAGATTAAAAT+TGG + Chr8:50539468-50539487 None:intergenic 25.0%
! TTAGCTCATAACAAATTGAA+TGG - Chr8:50541888-50541907 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
! TTGAAATATCTAGACTTATC+AGG - Chr8:50541303-50541322 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
! TTGTTATCTCCTTAATGTTA+TGG + Chr8:50539673-50539692 None:intergenic 25.0%
!! AACACCAGTTAACATATTTT+GGG + Chr8:50541967-50541986 None:intergenic 25.0%
!! ACTTTGAGAGTAAAAAATAG+TGG + Chr8:50539578-50539597 None:intergenic 25.0%
!! ATTGAAAATACTCTAGAAAG+GGG - Chr8:50542554-50542573 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
!! CAAAATCAAATAGATTGGTT+AGG + Chr8:50543187-50543206 None:intergenic 25.0%
!! CAAATTTTGTAAAGAACTGA+TGG + Chr8:50541856-50541875 None:intergenic 25.0%
!! GTATTGAAAATACTCTAGAA+AGG - Chr8:50542552-50542571 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
!! TAACACCAGTTAACATATTT+TGG + Chr8:50541968-50541987 None:intergenic 25.0%
!! TATTTTGCTAAATGACAAGT+GGG - Chr8:50539201-50539220 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
!! TCACAACTTTTAGACATAAA+AGG - Chr8:50542525-50542544 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
!! TGATCCTTCATCTTTTATAT+GGG + Chr8:50540824-50540843 None:intergenic 25.0%
!!! AAGAGTAGTTGTTTTTAATC+GGG - Chr8:50539809-50539828 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
!!! GAAGAGTAGTTGTTTTTAAT+CGG - Chr8:50539808-50539827 MsG0880044876.01.T01:CDS 25.0%
!!! GAATATCAATGGATTATCTT+TGG + Chr8:50539488-50539507 None:intergenic 25.0%
!!! GAGGTGTTGTTTTTTAAATA+GGG + Chr8:50539378-50539397 None:intergenic 25.0%
!!! GATAATTAGTGTCTTTTTTC+AGG - Chr8:50538921-50538940 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 25.0%
!!! TATTATTAACTTGCAGAGTA+TGG - Chr8:50543331-50543350 MsG0880044876.01.T01:intron 25.0%
AAAATGTTATGTAGATGACC+TGG + Chr8:50543148-50543167 None:intergenic 30.0%
AAACAATTTACATGCTTCTG+TGG + Chr8:50543903-50543922 None:intergenic 30.0%
AAATTGTGTGAGAGAAAAGT+TGG - Chr8:50542184-50542203 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
AAATTTAGTCCAACTAACTG+GGG - Chr8:50543522-50543541 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
AAGAAATCGACTAGTGAATA+AGG - Chr8:50543873-50543892 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
AAGATACACAAGTGATTCTA+AGG + Chr8:50542000-50542019 None:intergenic 30.0%
AAGTATATTCAAATCGGGTT+TGG - Chr8:50538803-50538822 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
AATACTAGATATTGCAGGTT+AGG + Chr8:50541072-50541091 None:intergenic 30.0%
AATTGGAGAAGATGAAAGAA+GGG - Chr8:50539876-50539895 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
ACACAAACTTTAGCTACTAT+TGG - Chr8:50543112-50543131 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
ACGGGTAAGTATATTCAAAT+CGG - Chr8:50538797-50538816 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
ACTCATCTCATGAGATAAAT+AGG + Chr8:50540721-50540740 None:intergenic 30.0%
AGTATATTCAAATCGGGTTT+GGG - Chr8:50538804-50538823 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
ATAAAAATATCCATGCTCCT+TGG + Chr8:50540472-50540491 None:intergenic 30.0%
ATACAATGAAGACAGTTGAA+AGG + Chr8:50543807-50543826 None:intergenic 30.0%
ATGACCTCCATAATTGAATT+AGG + Chr8:50543496-50543515 None:intergenic 30.0%
ATTGCCTAATTCAATTATGG+AGG - Chr8:50543489-50543508 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
CAAATTTAGTCCAACTAACT+GGG - Chr8:50543521-50543540 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
CAATATGAGAGATACTGAAT+TGG - Chr8:50539859-50539878 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
CAGTTCTTTACAAAATTTGC+AGG - Chr8:50541857-50541876 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
CCAATGTTATTGGAAACTTA+AGG - Chr8:50541193-50541212 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
CCTTAAGTTTCCAATAACAT+TGG + Chr8:50541196-50541215 None:intergenic 30.0%
CTTGGATTAAAAAAGTAGCT+GGG - Chr8:50539338-50539357 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
GAAGAAGATCCATAACATTA+AGG - Chr8:50539661-50539680 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
GAGTCTCAAAGATATCTTAA+CGG - Chr8:50541716-50541735 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
GATACAATACTAGATATTGC+AGG + Chr8:50541077-50541096 None:intergenic 30.0%
TAATTCAATTATGGAGGTCA+TGG - Chr8:50543495-50543514 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
TATGCTAACATTTCTTTCTG+AGG - Chr8:50540402-50540421 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
TCAAATTTAGTCCAACTAAC+TGG - Chr8:50543520-50543539 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
TCGATTTCTTTAAACGCAAA+AGG + Chr8:50543863-50543882 None:intergenic 30.0%
TGAGCTGTAAAATTCTTGAA+AGG + Chr8:50542353-50542372 None:intergenic 30.0%
TGATTTCAAATCATTGGTGA+TGG - Chr8:50542841-50542860 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
TTCAATGAGAGCAAATTACT+TGG - Chr8:50542641-50542660 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
TTGGATAAAAATGCATTCAG+TGG - Chr8:50541162-50541181 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
TTGTCCCAAAATATGTTAAC+TGG - Chr8:50541960-50541979 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
! AAACTTCAAGTATTGTCTCT+TGG - Chr8:50541510-50541529 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
! AACTTACTCCTTCATGTTTT+TGG - Chr8:50539236-50539255 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
! AAGATTACCAATGAAAGCAT+TGG + Chr8:50541754-50541773 None:intergenic 30.0%
! ACTTACTCCTTCATGTTTTT+GGG - Chr8:50539237-50539256 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
! ATTTTCATCCAACAAGACAT+TGG + Chr8:50543026-50543045 None:intergenic 30.0%
! GCTCATTCTTTTATGCATAA+TGG - Chr8:50542368-50542387 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
! GTATTTTGCTAAATGACAAG+TGG - Chr8:50539200-50539219 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
! GTGATCCTTCATCTTTTATA+TGG + Chr8:50540825-50540844 None:intergenic 30.0%
! TGATGACATGTTGAAGATTT+TGG + Chr8:50540980-50540999 None:intergenic 30.0%
! TGTCTTGTTGGATGAAAATA+TGG - Chr8:50543027-50543046 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
! TTTTATCCAATGCGATTTGA+CGG + Chr8:50541152-50541171 None:intergenic 30.0%
! TTTTGTGTTTCAAAGATGAG+TGG - Chr8:50539605-50539624 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
! TTTTTACGTTGGATGATGTT+TGG + Chr8:50540517-50540536 None:intergenic 30.0%
!! AAAAATAAAAGTGCTGCCAT+TGG + Chr8:50538863-50538882 None:intergenic 30.0%
!! AAAATAAAAGTGCTGCCATT+GGG + Chr8:50538862-50538881 None:intergenic 30.0%
!! ACAAGTGATTCTAAGGATTT+TGG + Chr8:50541993-50542012 None:intergenic 30.0%
!! AGTAATTGATTTGCAATCAG+AGG - Chr8:50542727-50542746 MsG0880044876.01.T01:intron 30.0%
!! ATTGTTTCTTTTCCATTTCC+AGG - Chr8:50540871-50540890 MsG0880044876.01.T01:CDS 30.0%
!!! GGAGGTGTTGTTTTTTAAAT+AGG + Chr8:50539379-50539398 None:intergenic 30.0%
!!! TTTTTTTTTTTTGCGTGCGA+AGG + Chr8:50540752-50540771 None:intergenic 30.0%
AAATCTACGACATCGAAATC+TGG - Chr8:50542790-50542809 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
ACCATTTGACCAAGTGATTT+GGG + Chr8:50541921-50541940 None:intergenic 35.0%
AGGCACAATTCCATCAAATA+CGG - Chr8:50541035-50541054 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
AGTGGTCAACGAAGAAAATA+GGG + Chr8:50539560-50539579 None:intergenic 35.0%
ATCATCGATCATTCAATCAC+TGG - Chr8:50539534-50539553 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
ATGAGAATAGAGAGACTAGA+GGG + Chr8:50539400-50539419 None:intergenic 35.0%
ATGAGAGCAAATTACTTGGA+AGG - Chr8:50542645-50542664 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
CAGATCAAAAGATAGCAAGT+TGG + Chr8:50541439-50541458 None:intergenic 35.0%
CATGTCATCACTCACATATT+TGG - Chr8:50540990-50541009 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
CCTTGGATTAAAAAAGTAGC+TGG - Chr8:50539337-50539356 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
CGGGTAAGTATATTCAAATC+GGG - Chr8:50538798-50538817 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
CGTTAATAGATAGCTAACCA+AGG - Chr8:50540452-50540471 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
CTCAAAGATATCTTAACGGT+AGG - Chr8:50541720-50541739 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
CTTGTATTGAAGAACCATGA+TGG + Chr8:50542979-50542998 None:intergenic 35.0%
GAATTGGAGAAGATGAAAGA+AGG - Chr8:50539875-50539894 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
GCAACAAACATATCATCTGT+TGG + Chr8:50543436-50543455 None:intergenic 35.0%
GCTAATTAAGATCAAGGCTT+TGG - Chr8:50543654-50543673 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
GCTCATCAATAAATGATCCT+TGG + Chr8:50541548-50541567 None:intergenic 35.0%
GTACATGTGTTTATTGAACG+AGG - Chr8:50539928-50539947 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
GTATATTCAAATCGGGTTTG+GGG - Chr8:50538805-50538824 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 35.0%
GTCATATTTCCCAAACATGT+TGG + Chr8:50541633-50541652 None:intergenic 35.0%
TACCATTTGACCAAGTGATT+TGG + Chr8:50541922-50541941 None:intergenic 35.0%
TAGTGGTCAACGAAGAAAAT+AGG + Chr8:50539561-50539580 None:intergenic 35.0%
TATACTTCCCATAGTTGTGT+CGG - Chr8:50542481-50542500 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
TATGAGAATAGAGAGACTAG+AGG + Chr8:50539401-50539420 None:intergenic 35.0%
TCATGGTTCTTCAATACAAG+TGG - Chr8:50542979-50542998 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
TGAATCTTCAGAACAACTCA+GGG + Chr8:50543596-50543615 None:intergenic 35.0%
TGAGAGCAAATTACTTGGAA+GGG - Chr8:50542646-50542665 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
TGCTTGCACAAGTTCATAAT+AGG + Chr8:50542612-50542631 None:intergenic 35.0%
TGTAAAGAACTGATGGTTGT+AGG + Chr8:50541849-50541868 None:intergenic 35.0%
TTCTCTCAAATTCCCAATCT+CGG + Chr8:50541781-50541800 None:intergenic 35.0%
TTCTTATCATGTTCGACACA+GGG + Chr8:50542428-50542447 None:intergenic 35.0%
TTGAGAGACAATAGCTTAAG+TGG - Chr8:50540943-50540962 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
TTTAGGGATTCAATTCCGAA+CGG - Chr8:50539635-50539654 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
TTTCTTATCATGTTCGACAC+AGG + Chr8:50542429-50542448 None:intergenic 35.0%
! CAAATGGAAGTGTAGACAAT+TGG - Chr8:50542873-50542892 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
! CCAATTGACTTAGGAAGATT+GGG + Chr8:50541339-50541358 None:intergenic 35.0%
! GACATGTTGAAGATTTTGGA+AGG + Chr8:50540976-50540995 None:intergenic 35.0%
! GGTGTTTTACCAACATGTTT+GGG - Chr8:50541621-50541640 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
! GTAACGTTTCCAATTGACTT+AGG + Chr8:50541348-50541367 None:intergenic 35.0%
! GTGATGGAATTCATGTCAAA+TGG - Chr8:50542857-50542876 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
! TCCAATTGACTTAGGAAGAT+TGG + Chr8:50541340-50541359 None:intergenic 35.0%
! TGGTGTTTTACCAACATGTT+TGG - Chr8:50541620-50541639 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
! TTTTAATCGGGATGTTGCTA+TGG - Chr8:50539821-50539840 MsG0880044876.01.T01:CDS 35.0%
! TTTTGGTATTGCAAAGCTCA+TGG - Chr8:50543066-50543085 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
!! AAATAAAAGTGCTGCCATTG+GGG + Chr8:50538861-50538880 None:intergenic 35.0%
!! AAGCGACACTCATTTTGAAA+CGG - Chr8:50542254-50542273 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
!! AAGCGACACTCATTTTGAAA+CGG + Chr8:50542273-50542254 None:intergenic 35.0%
!! AAGGGAATTGTTTCTGTCAA+AGG - Chr8:50543358-50543377 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
!! ATTACCAATGAAAGCATTGG+AGG + Chr8:50541751-50541770 None:intergenic 35.0%
!! TTCAAAATGAGTGTCGCTTT+AGG - Chr8:50542055-50542074 MsG0880044876.01.T01:intron 35.0%
!!! CCAGCTACTTTTTTAATCCA+AGG + Chr8:50539340-50539359 None:intergenic 35.0%
!!! TCAACCAGTTTTAGATGCAA+GGG + Chr8:50539164-50539183 None:intergenic 35.0%
!!! TTCAACCAGTTTTAGATGCA+AGG + Chr8:50539165-50539184 None:intergenic 35.0%
AAAGCCTTCCAATGTCTTGT+TGG - Chr8:50543015-50543034 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
AAAGGAGATGTGTACAGCTA+TGG - Chr8:50543376-50543395 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
AAAGTTGGAGAGGGTAAAGT+TGG - Chr8:50542199-50542218 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
AAGGAGATGTGTACAGCTAT+GGG - Chr8:50543377-50543396 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
AATGGTAAGCTTGATCTCCT+TGG - Chr8:50541935-50541954 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
ACCTGAAGCAAGAATCGATA+TGG - Chr8:50543615-50543634 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
ACGTTACTGCAGAATACTTC+CGG - Chr8:50541361-50541380 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
ACTTGCAGAGTATGGATCTA+AGG - Chr8:50543339-50543358 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
AGAAAGGGGTTTGTCAACTT+TGG - Chr8:50542568-50542587 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
AGAGCAAATTACTTGGAAGG+GGG - Chr8:50542648-50542667 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
AGGCTATATCCCGTATTTGA+TGG + Chr8:50541048-50541067 None:intergenic 40.0%
ATCAAGATAGCCAATCTCCT+CGG + Chr8:50540905-50540924 None:intergenic 40.0%
ATTCAACTTCTCATCCCTGT+TGG - Chr8:50538760-50538779 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
ATTGCAAAGCTCATGGATGA+AGG - Chr8:50543073-50543092 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
CAGAACTAAGCTTGAAGACA+TGG - Chr8:50543455-50543474 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
CAGCTATGGGATTATGCTAA+TGG - Chr8:50543390-50543409 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
CCCAATCTTCCTAAGTCAAT+TGG - Chr8:50541336-50541355 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
CTAAGATACCTTCCTCTCTT+TGG - Chr8:50541694-50541713 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
CTAGATATTGCAGGTTAGGA+AGG + Chr8:50541068-50541087 None:intergenic 40.0%
CTTGCAGAGTATGGATCTAA+GGG - Chr8:50543340-50543359 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
GAAAGGGGTTTGTCAACTTT+GGG - Chr8:50542569-50542588 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
GAACTTGTGCAAGCAACAAA+TGG - Chr8:50542617-50542636 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
GAGAGCAAATTACTTGGAAG+GGG - Chr8:50542647-50542666 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
GAGAGGGGATACTACATAAA+TGG + Chr8:50543935-50543954 None:intergenic 40.0%
GATAGATGTTGCATCTGCAT+TGG - Chr8:50542946-50542965 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
GCACAATCATGTGGAATTGA+TGG - Chr8:50541384-50541403 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
GCATTGGAATATCTCCATCA+TGG - Chr8:50542962-50542981 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
GGATCAATTCCCAAATCACT+TGG - Chr8:50541909-50541928 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
GGCACAATTCCATCAAATAC+GGG - Chr8:50541036-50541055 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
GGTAATATTCCCCAAGAAGT+TGG - Chr8:50541405-50541424 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
GGTCATGTTTCCAACTTCTT+GGG + Chr8:50541418-50541437 None:intergenic 40.0%
GTAATCTTCCATCCGAGATT+GGG - Chr8:50541766-50541785 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
GTATTGTCTCTTGGCAACAA+TGG - Chr8:50541519-50541538 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
GTCATCACTCACATATTTGG+AGG - Chr8:50540993-50541012 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
GTCATGTTTCCAACTTCTTG+GGG + Chr8:50541417-50541436 None:intergenic 40.0%
GTGAATCTTCAGAACAACTC+AGG + Chr8:50543597-50543616 None:intergenic 40.0%
TCACTCACATATTTGGAGGT+TGG - Chr8:50540997-50541016 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
TCATCCAACAAGACATTGGA+AGG + Chr8:50543022-50543041 None:intergenic 40.0%
TCCCAAATCACTTGGTCAAA+TGG - Chr8:50541917-50541936 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
TGCGTCGCTAATTAAGATCA+AGG - Chr8:50543648-50543667 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
TGGTCATGTTTCCAACTTCT+TGG + Chr8:50541419-50541438 None:intergenic 40.0%
TGTGAGAGAAAAGTTGGAGA+GGG - Chr8:50542190-50542209 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
TTACAAGGAGAGATTCCTGA+TGG - Chr8:50542323-50542342 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
TTCTCATCCCTGTTGGATAT+GGG - Chr8:50538767-50538786 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
TTGTCCTCCAATGCTTTCAT+TGG - Chr8:50541744-50541763 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
TTTCAAAGATGAGTGGTCGT+GGG - Chr8:50539612-50539631 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
TTTGGTTGTTGGTGCAAACA+CGG - Chr8:50543672-50543691 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
! AAGATCAAGGCTTTGGTTGT+TGG - Chr8:50543661-50543680 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
! ACTACCCTTGCATCTAAAAC+TGG - Chr8:50539157-50539176 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
! ATGCATAATGGAGCACTTTG+CGG - Chr8:50542380-50542399 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
! GATTGATGTCTTGCTACTTC+TGG - Chr8:50543776-50543795 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
! GGACTTGTTCCCAATGTTAT+TGG - Chr8:50541183-50541202 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
! GTTGCACGTGTTAGTGATTT+TGG - Chr8:50543049-50543068 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
!! ATCTTTGAGACTCCAAAGAG+AGG + Chr8:50541709-50541728 None:intergenic 40.0%
!!! ACTCCTTCATGTTTTTGGGT+GGG - Chr8:50539241-50539260 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
!!! CATATTTTGGGACAAGTCCA+AGG + Chr8:50541955-50541974 None:intergenic 40.0%
!!! GACACTCATTTTGAAACGGA+GGG - Chr8:50542294-50542313 MsG0880044876.01.T01:intron 40.0%
!!! GACACTCATTTTGAAACGGA+GGG + Chr8:50542313-50542294 None:intergenic 40.0%
!!! TACTCCTTCATGTTTTTGGG+TGG - Chr8:50539240-50539259 MsG0880044876.01.T01:CDS 40.0%
AACGGAGGGAGTAGATTACA+AGG - Chr8:50542308-50542327 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
ACTATTGGATACCTTGCACC+AGG - Chr8:50543127-50543146 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
ACTCCCACCCAAAAACATGA+AGG + Chr8:50539247-50539266 None:intergenic 45.0%
AGAATAGAGAGACTAGAGGG+AGG + Chr8:50539397-50539416 None:intergenic 45.0%
AGATAGCTAACCAAGGAGCA+TGG - Chr8:50540459-50540478 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
AGCTTGAAGACATGGATCAG+TGG - Chr8:50543463-50543482 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
ATCCCTGTTGGATATGGGTA+GGG - Chr8:50538772-50538791 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
ATTCAAATCGGGTTTGGGGA+CGG - Chr8:50538809-50538828 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
CAATTCCACATGATTGTGCC+CGG + Chr8:50541383-50541402 None:intergenic 45.0%
CAATTTGGTCCCCAGTTAGT+TGG + Chr8:50543534-50543553 None:intergenic 45.0%
CGTTACTGCAGAATACTTCC+GGG - Chr8:50541362-50541381 MsG0880044876.01.T01:CDS 45.0%
CTCAAATTCCCAATCTCGGA+TGG + Chr8:50541777-50541796 None:intergenic 45.0%
CTTCTCATCCCTGTTGGATA+TGG - Chr8:50538766-50538785 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
GATGCATGCAACAACCAGAA+CGG + Chr8:50542507-50542526 None:intergenic 45.0%
GCTAAATGACAAGTGGGAGT+AGG - Chr8:50539207-50539226 MsG0880044876.01.T01:CDS 45.0%
GGTAATCTTCCATCCGAGAT+TGG - Chr8:50541765-50541784 MsG0880044876.01.T01:CDS 45.0%
GTGTGAGAGAAAAGTTGGAG+AGG - Chr8:50542189-50542208 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
GTTTCAAAGATGAGTGGTCG+TGG - Chr8:50539611-50539630 MsG0880044876.01.T01:CDS 45.0%
TAAGCTCCGTCAAATCGCAT+TGG - Chr8:50541143-50541162 MsG0880044876.01.T01:CDS 45.0%
TATGTAGATGACCTGGTGCA+AGG + Chr8:50543141-50543160 None:intergenic 45.0%
TCAAGATAGCCAATCTCCTC+GGG + Chr8:50540904-50540923 None:intergenic 45.0%
TGGATCTTCTTCACACCGTT+CGG + Chr8:50539653-50539672 None:intergenic 45.0%
TTATCATGTTCGACACAGGG+TGG + Chr8:50542425-50542444 None:intergenic 45.0%
TTCTTGAAAGGTCCACCATC+AGG + Chr8:50542341-50542360 None:intergenic 45.0%
TTGAGACTCCAAAGAGAGGA+AGG + Chr8:50541705-50541724 None:intergenic 45.0%
TTGATGGAATTGTGCCTGAG+AGG + Chr8:50541032-50541051 None:intergenic 45.0%
!! AGCTTTGGCTCTGTGTATCA+AGG - Chr8:50542671-50542690 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
!! ATGAGTGTCGCTTTAGGCTT+TGG - Chr8:50542061-50542080 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
!! CTTTGGCTCTGTGTATCAAG+GGG - Chr8:50542673-50542692 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
!! GCCATATCGATTCTTGCTTC+AGG + Chr8:50543619-50543638 None:intergenic 45.0%
!! GCTTTGGCTCTGTGTATCAA+GGG - Chr8:50542672-50542691 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
!!! CGACACTCATTTTGAAACGG+AGG - Chr8:50542293-50542312 MsG0880044876.01.T01:intron 45.0%
!!! CGACACTCATTTTGAAACGG+AGG + Chr8:50542312-50542293 None:intergenic 45.0%
!! AATTTAAAGATAAAATAAAA+AGG + Chr8:50540652-50540671 None:intergenic 5.0%
!!! ATGTTATTTATTTATTTATT+AGG - Chr8:50539786-50539805 MsG0880044876.01.T01:CDS 5.0%
!!! TTTTTAATTTTACATTTTTA+AGG + Chr8:50538950-50538969 None:intergenic 5.0%
AGAACGGCCGACACAACTAT+GGG + Chr8:50542491-50542510 None:intergenic 50.0%
AGATGAGTGGTCGTGGGTTT+AGG - Chr8:50539618-50539637 MsG0880044876.01.T01:CDS 50.0%
ATTTCCAGGTTCGATACCCG+AGG - Chr8:50540885-50540904 MsG0880044876.01.T01:CDS 50.0%
CAAGGAGAGATTCCTGATGG+TGG - Chr8:50542326-50542345 MsG0880044876.01.T01:intron 50.0%
CATCCCTGTTGGATATGGGT+AGG - Chr8:50538771-50538790 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
GACCCTACCCATATCCAACA+GGG + Chr8:50538777-50538796 None:intergenic 50.0%
GATGAGTGGTCGTGGGTTTA+GGG - Chr8:50539619-50539638 MsG0880044876.01.T01:CDS 50.0%
GTTGGATATGGGTAGGGTCA+CGG - Chr8:50538778-50538797 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
GTTGGTCAGAATAGCCTCTC+AGG - Chr8:50541015-50541034 MsG0880044876.01.T01:CDS 50.0%
TACTTCCGGGCACAATCATG+TGG - Chr8:50541375-50541394 MsG0880044876.01.T01:CDS 50.0%
TATCAAGGGGAGCTTCCTGA+TGG - Chr8:50542686-50542705 MsG0880044876.01.T01:intron 50.0%
TCTCGTACGACTGTACAACG+TGG + Chr8:50539065-50539084 None:intergenic 50.0%
TGACCCTACCCATATCCAAC+AGG + Chr8:50538778-50538797 None:intergenic 50.0%
TTACTTGGAAGGGGGAGCTT+TGG - Chr8:50542656-50542675 MsG0880044876.01.T01:intron 50.0%
TTCAAATCGGGTTTGGGGAC+GGG - Chr8:50538810-50538829 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
TTGGATATGGGTAGGGTCAC+GGG - Chr8:50538779-50538798 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 50.0%
! CTTGGCAACAATGGACTCCA+AGG - Chr8:50541528-50541547 MsG0880044876.01.T01:CDS 50.0%
! TGTAGCGCTTTGAGTGAACG+AGG + Chr8:50541489-50541508 None:intergenic 50.0%
!! TAAAAGTGCTGCCATTGGGG+CGG + Chr8:50538858-50538877 None:intergenic 50.0%
!! TCGGGTATCGAACCTGGAAA+TGG + Chr8:50540886-50540905 None:intergenic 50.0%
CAGAACGGCCGACACAACTA+TGG + Chr8:50542492-50542511 None:intergenic 55.0%
GGTTCGATACCCGAGGAGAT+TGG - Chr8:50540892-50540911 MsG0880044876.01.T01:CDS 55.0%
GTTCGACACAGGGTGGTACT+TGG + Chr8:50542418-50542437 None:intergenic 55.0%
TCAAATCGGGTTTGGGGACG+GGG - Chr8:50538811-50538830 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 55.0%
! CATAGTTGTGTCGGCCGTTC+TGG - Chr8:50542490-50542509 MsG0880044876.01.T01:intron 55.0%
!! AAAAGTGCTGCCATTGGGGC+GGG + Chr8:50538857-50538876 None:intergenic 55.0%
!! ATCTCCTCGGGTATCGAACC+TGG + Chr8:50540892-50540911 None:intergenic 55.0%
AATCTCATCCCCGTCCCCGA+TGG + Chr8:50538743-50538762 None:intergenic 60.0%
ATACCCGAACCCATCGGGGA+CGG - Chr8:50538730-50538749 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 60.0%
ATCTCATCCCCGTCCCCGAT+GGG + Chr8:50538742-50538761 None:intergenic 60.0%
CACAGGGTGGTACTTGGAGG+CGG + Chr8:50542412-50542431 None:intergenic 60.0%
CGACACAGGGTGGTACTTGG+AGG + Chr8:50542415-50542434 None:intergenic 60.0%
GTGGGGATACCCGAACCCAT+CGG - Chr8:50538724-50538743 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 60.0%
TGGGGATACCCGAACCCATC+GGG - Chr8:50538725-50538744 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 60.0%
!! AAAGTGCTGCCATTGGGGCG+GGG + Chr8:50538856-50538875 None:intergenic 60.0%
ATCGGGTTTGGGGACGGGGA+AGG - Chr8:50538815-50538834 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 65.0%
GGGGATACCCGAACCCATCG+GGG - Chr8:50538726-50538745 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 65.0%
TACCCGAACCCATCGGGGAC+GGG - Chr8:50538731-50538750 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 65.0%
! ATCCCCGTCCCCGATGGGTT+CGG + Chr8:50538737-50538756 None:intergenic 65.0%
ACCCGAACCCATCGGGGACG+GGG - Chr8:50538732-50538751 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 70.0%
TGCTGCCATTGGGGCGGGGT+GGG + Chr8:50538852-50538871 None:intergenic 70.0%
! TCCCCGTCCCCGATGGGTTC+GGG + Chr8:50538736-50538755 None:intergenic 70.0%
CATTGGGGCGGGGTGGGGAC+GGG + Chr8:50538846-50538865 None:intergenic 75.0%
CCATTGGGGCGGGGTGGGGA+CGG + Chr8:50538847-50538866 None:intergenic 75.0%
GCTGCCATTGGGGCGGGGTG+GGG + Chr8:50538851-50538870 None:intergenic 75.0%
GTGCTGCCATTGGGGCGGGG+TGG + Chr8:50538853-50538872 None:intergenic 75.0%
! CCGTCCCCACCCCGCCCCAA+TGG - Chr8:50538844-50538863 MsG0880044876.01.T01:three_prime_UTR 80.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 50538719 50543993 50538719 ID=MsG0880044876.01;Name=MsG0880044876.01
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Chr8 three_prime_UTR 50538719 50539012 50538719 ID=MsG0880044876.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0880044876.01.T01
Gene Sequence

>MsG0880044876.01.T01

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Protein sequence

>MsG0880044876.01.T01

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