AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0080048515.01

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MsG0080048515.01.T01 AT2G26330 35.766 274 157 5 104 376 69 324 1.73e-27 120
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MsG0080048515.01.T01 AT2G20300 35.616 292 177 5 461 749 333 616 1.76e-47 180
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MsG0080048515.01.T01 AT1G56120 27.832 309 180 5 44 352 88 353 7.49e-19 92.4
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MsG0080048515.01.T01 AT1G56120 29.688 256 133 8 21 275 161 370 3.38e-12 70.9
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MsG0080048515.01.T01 AT5G15730 33.227 313 175 8 450 753 90 377 8.18e-47 172
MsG0080048515.01.T01 AT1G01540 34.459 296 183 4 456 746 133 422 8.68e-47 174
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MsG0080048515.01.T01 AT2G19190 30.045 446 286 13 315 752 418 845 3.32e-46 178
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MsG0080048515.01.T01 AT1G68690 38.028 213 132 0 465 677 365 577 8.08e-45 172
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MsG0080048515.01.T01 AT2G18470 37.611 226 140 1 465 689 272 497 2.77e-44 169
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MsG0080048515.01.T01 AT1G24030 40.741 216 121 4 469 677 68 283 1.02e-43 162
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MsG0080048515.01.T01 AT1G34210 35.795 176 99 2 224 399 47 208 5.10e-19 92.0
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MsG0080048515.01.T01 AT1G79620 30.275 218 116 4 194 377 76 291 1.24e-15 82.0
MsG0080048515.01.T01 AT1G16150 32.069 290 187 4 469 754 416 699 2.07e-41 162
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MsG0080048515.01.T01 AT1G67520 33.898 295 178 6 462 747 273 559 2.09e-41 160
MsG0080048515.01.T01 AT1G49730 39.431 246 142 4 461 702 313 555 2.23e-41 161
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MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 30.247 162 111 2 224 383 2 163 4.27e-12 70.5
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MsG0080048515.01.T01 AT2G25470 29.423 503 263 12 22 447 473 960 1.76e-40 160
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MsG0080048515.01.T01 AT2G25470 28.272 382 203 10 20 376 376 711 4.12e-22 102
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MsG0080048515.01.T01 AT1G21250 32.746 284 169 5 413 674 325 608 1.94e-40 159
MsG0080048515.01.T01 AT4G23150 36.170 235 138 5 464 689 323 554 1.98e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT1G06700 32.677 254 159 5 465 706 56 309 1.99e-40 152
MsG0080048515.01.T01 AT1G06700 32.677 254 159 5 465 706 56 309 1.99e-40 152
MsG0080048515.01.T01 AT1G06700 32.677 254 159 5 465 706 56 309 1.99e-40 152
MsG0080048515.01.T01 AT2G25470 29.423 503 263 12 22 447 430 917 2.17e-40 160
MsG0080048515.01.T01 AT2G25470 29.574 399 223 8 24 376 190 576 8.03e-28 120
MsG0080048515.01.T01 AT2G25470 28.272 382 203 10 20 376 333 668 4.40e-22 102
MsG0080048515.01.T01 AT1G26150 35.242 227 145 2 466 690 419 645 2.38e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT1G30570 37.405 262 146 6 456 706 499 753 3.05e-40 159
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 34.122 296 178 5 461 749 610 895 3.10e-40 160
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 29.301 372 182 10 25 385 71 372 1.07e-23 107
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 32.524 206 137 2 188 392 99 303 3.04e-23 106
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 30.451 266 129 6 21 243 93 345 1.81e-15 81.3
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 34.122 296 178 5 461 749 610 895 3.10e-40 160
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 29.301 372 182 10 25 385 71 372 1.07e-23 107
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 32.524 206 137 2 188 392 99 303 3.04e-23 106
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 30.451 266 129 6 21 243 93 345 1.81e-15 81.3
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 34.122 296 178 5 461 749 610 895 3.10e-40 160
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 29.301 372 182 10 25 385 71 372 1.07e-23 107
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 32.524 206 137 2 188 392 99 303 3.04e-23 106
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 30.451 266 129 6 21 243 93 345 1.81e-15 81.3
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 34.122 296 178 5 461 749 610 895 3.10e-40 160
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 29.301 372 182 10 25 385 71 372 1.07e-23 107
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 32.524 206 137 2 188 392 99 303 3.04e-23 106
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 30.451 266 129 6 21 243 93 345 1.81e-15 81.3
MsG0080048515.01.T01 AT1G61380 32.899 307 185 7 414 709 424 720 3.40e-40 159
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 37.179 234 137 3 465 691 628 858 3.55e-40 159
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 35.948 153 98 0 203 355 110 262 1.17e-17 88.2
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 30.038 263 148 5 137 376 81 330 1.43e-17 88.2
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 33.735 166 107 1 212 377 98 260 8.62e-17 85.5
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 37.013 154 88 4 21 173 185 330 1.52e-12 72.0
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 27.500 240 128 6 21 258 137 332 1.65e-11 68.6
MsG0080048515.01.T01 AT3G16030 34.130 293 180 6 462 747 389 675 3.80e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT1G61420 33.448 290 177 4 398 674 260 546 3.85e-40 157
MsG0080048515.01.T01 AT4G28350 30.341 323 202 10 437 749 310 619 4.48e-40 157
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 34.028 288 174 6 469 749 665 943 4.86e-40 159
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 35.948 153 98 0 203 355 110 262 1.13e-17 88.6
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 29.924 264 149 5 136 376 80 330 1.21e-17 88.6
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 33.735 166 107 1 212 377 98 260 1.02e-16 85.5
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 37.013 154 88 4 21 173 185 330 1.33e-12 72.0
MsG0080048515.01.T01 AT1G29730 27.500 240 128 6 21 258 137 332 1.46e-11 68.6
MsG0080048515.01.T01 AT1G16160 38.605 215 130 1 463 675 418 632 4.98e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT1G61440 29.815 379 228 8 398 757 403 762 5.10e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT3G16030 34.130 293 180 6 462 747 533 819 5.12e-40 159
MsG0080048515.01.T01 AT3G16030 34.130 293 180 6 462 747 512 798 5.34e-40 159
MsG0080048515.01.T01 AT3G45390 34.967 306 172 7 444 746 319 600 5.34e-40 157
MsG0080048515.01.T01 AT1G05700 28.508 449 289 13 313 749 411 839 5.42e-40 159
MsG0080048515.01.T01 AT1G61420 33.448 290 177 4 398 674 410 696 5.57e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT1G61420 33.448 290 177 4 398 674 410 696 5.57e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT5G61350 35.336 283 162 5 445 712 493 769 5.94e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT5G06740 30.925 346 217 9 419 749 268 606 6.77e-40 157
MsG0080048515.01.T01 AT1G11300 33.788 293 171 8 432 703 448 738 6.92e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT1G11300 33.788 293 171 8 432 703 433 723 7.52e-40 158
MsG0080048515.01.T01 AT3G59350 33.858 254 156 5 465 706 59 312 7.74e-40 151
MsG0080048515.01.T01 AT1G16110 37.327 217 132 1 463 675 418 634 8.53e-40 156
MsG0080048515.01.T01 AT5G06740 30.925 346 217 9 419 749 280 618 8.66e-40 157
MsG0080048515.01.T01 AT5G01020 32.993 294 178 7 468 749 60 346 8.70e-40 152
MsG0080048515.01.T01 AT4G29990 34.251 327 176 13 316 623 414 720 8.75e-40 157
MsG0080048515.01.T01 AT2G28960 28.633 461 305 9 305 755 270 716 9.81e-40 157
MsG0080048515.01.T01 AT1G61390 39.048 210 125 2 468 674 343 552 9.85e-40 156
MsG0080048515.01.T01 AT1G61490 33.670 297 174 6 470 755 333 617 1.02e-39 156
MsG0080048515.01.T01 AT1G61440 33.221 298 178 5 470 757 471 757 1.02e-39 157
MsG0080048515.01.T01 AT2G19130 39.648 227 130 3 455 677 473 696 1.03e-39 157
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 33.887 301 177 6 461 749 610 900 1.07e-39 158
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 29.301 372 182 10 25 385 71 372 9.69e-24 107
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 32.524 206 137 2 188 392 99 303 2.98e-23 106
MsG0080048515.01.T01 AT5G01950 30.451 266 129 6 21 243 93 345 1.57e-15 81.6
MsG0080048515.01.T01 AT5G15080 31.746 315 192 6 462 759 127 435 1.27e-39 153
MsG0080048515.01.T01 AT1G26150 34.894 235 151 2 465 697 418 652 1.27e-39 157

Find 133 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 239 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
CATAGTTGTGTCAGCCTTTC+TGG 0.003852 contig342end:-33759 MsG0080048515.01.T01:CDS
ACTCTACCCAATATTGATTT+TGG 0.119741 contig342end:-34792 MsG0080048515.01.T01:CDS
GTTGCACATGTTAGCGATTT+TGG 0.157375 contig342end:-33200 MsG0080048515.01.T01:CDS
TCAAATTTAGTCCAACAAAT+TGG 0.161163 contig342end:-32744 MsG0080048515.01.T01:CDS
TAACACCAGCTAGCATATTT+TGG 0.163246 contig342end:+34008 None:intergenic
ATCATTGCCTAATTCAATTT+TGG 0.170910 contig342end:-32778 MsG0080048515.01.T01:CDS
CTAGAAAATAATAAGCTTTC+TGG 0.192078 contig342end:-34373 MsG0080048515.01.T01:CDS
ATTCAAAATACTCTTGAAAT+TGG 0.197046 contig342end:-33695 MsG0080048515.01.T01:CDS
TTGAAATATCTAGACTTATC+AGG 0.214172 contig342end:-34672 MsG0080048515.01.T01:CDS
TAGCTATGGTATCATGTTAA+TGG 0.214817 contig342end:-32874 MsG0080048515.01.T01:CDS
ACATAACTTCAGAATTCTTC+TGG 0.215255 contig342end:-34611 MsG0080048515.01.T01:CDS
CTAAGATACCTTCATATCTT+TGG 0.235463 contig342end:-34279 MsG0080048515.01.T01:CDS
TAAATCTCCAAAATCAATAT+TGG 0.236955 contig342end:+34785 None:intergenic
TAAGATACCTTCATATCTTT+GGG 0.261817 contig342end:-34278 MsG0080048515.01.T01:CDS
GATGAAAGGTTTGGTGAAAA+AGG 0.271896 contig342end:-36183 MsG0080048515.01.T01:CDS
GTGAATCTTCACAACAATTC+AGG 0.273962 contig342end:+32670 None:intergenic
TTCTCTCAAATTCCCAATAT+CGG 0.274694 contig342end:+34195 None:intergenic
TAAACTTGAGGTGCTAATAT+TGG 0.287866 contig342end:-35054 MsG0080048515.01.T01:CDS
CAAATTTAGTCCAACAAATT+GGG 0.298221 contig342end:-32743 MsG0080048515.01.T01:CDS
TGTCTTGTTGGATGAAAATA+TGG 0.301986 contig342end:-33222 MsG0080048515.01.T01:CDS
TCCAATTGACTTAGGAAGAT+TGG 0.315978 contig342end:+34635 None:intergenic
TCAAGATAGCCAATCTCTTC+TGG 0.317167 contig342end:+35077 None:intergenic
CAGAAAGGCTGACACAACTA+TGG 0.318807 contig342end:+33760 None:intergenic
TTACTTCCTTGACAAATTGT+AGG 0.321116 contig342end:-34698 MsG0080048515.01.T01:CDS
AAATCTTGATTTCAAATCAT+TGG 0.322793 contig342end:-33414 MsG0080048515.01.T01:CDS
GCAATATTAATTCTTGCTTC+AGG 0.325434 contig342end:+32648 None:intergenic
ACACAGACTTTAGCTACTAT+TGG 0.327313 contig342end:-33137 MsG0080048515.01.T01:CDS
CAATTTGTTCCCCAATTTGT+TGG 0.336842 contig342end:+32733 None:intergenic
GTTATGTTCATTTGTATAAG+AGG 0.346853 contig342end:-32565 MsG0080048515.01.T01:three_prime_UTR
GAAATTGGTTTATCAGCATT+AGG 0.351205 contig342end:-33680 MsG0080048515.01.T01:CDS
TCCCACATCACTTGGTGAAA+TGG 0.367385 contig342end:-34056 MsG0080048515.01.T01:CDS
TTGGCAAACAATAGCTTTAG+TGG 0.370039 contig342end:-35035 MsG0080048515.01.T01:CDS
TGTAAGGAACTGATGGTTGT+AGG 0.372362 contig342end:+34127 None:intergenic
CCCAATCTTCCTAAGTCAAT+TGG 0.375026 contig342end:-34636 MsG0080048515.01.T01:CDS
AAGACCTCCAAAATTGAATT+AGG 0.389376 contig342end:+32771 None:intergenic
AAATCTCCAAAATCAATATT+GGG 0.402481 contig342end:+34786 None:intergenic
GACATGTTGAGGAATTTAGA+AGG 0.402884 contig342end:+35005 None:intergenic
CTTGAAAGAAATCATCTCTC+AGG 0.403993 contig342end:-34963 MsG0080048515.01.T01:CDS
AAAAGTGATTCTAATGACTT+TGG 0.405886 contig342end:+33983 None:intergenic
AAAGCCTTCCAATGTCTTGT+TGG 0.406579 contig342end:-33234 MsG0080048515.01.T01:CDS
GGGATAATTCCATCAAATAT+AGG 0.416846 contig342end:-34942 MsG0080048515.01.T01:CDS
GTTTACCACAAGGTGGTACT+TGG 0.426149 contig342end:+33834 None:intergenic
CCAATTGACTTAGGAAGATT+GGG 0.428964 contig342end:+34636 None:intergenic
AGCTTTGGCTCTGTGTATCA+AGG 0.431364 contig342end:-33578 MsG0080048515.01.T01:CDS
AGGTTGTATCCTATATTTGA+TGG 0.432465 contig342end:+34933 None:intergenic
AAATCTACGACATCGAAATC+TGG 0.435357 contig342end:-33459 MsG0080048515.01.T01:CDS
CTCTGTCTAATTAAGAGTTT+AGG 0.451135 contig342end:-34406 MsG0080048515.01.T01:CDS
CATAACTTCAGAATTCTTCT+GGG 0.452136 contig342end:-34610 MsG0080048515.01.T01:CDS
GCTAATCAAAATCAAGACTT+TGG 0.456276 contig342end:-32610 MsG0080048515.01.T01:CDS
ATGCATAATGGACCACTTTG+TGG 0.461746 contig342end:-33869 MsG0080048515.01.T01:CDS
TTCTTGAAAGGTCCACCATC+AGG 0.469035 contig342end:+33911 None:intergenic
ACATGCAGAGTATGGAACTA+AGG 0.469310 contig342end:-32925 MsG0080048515.01.T01:intron
TGATTTCAAATCATTGGTGA+TGG 0.471415 contig342end:-33408 MsG0080048515.01.T01:CDS
TTAGCTCATAACAAATTGAA+TGG 0.473565 contig342end:-34085 MsG0080048515.01.T01:CDS
ATTCAATTTGTTATGAGCTA+AGG 0.474160 contig342end:+34087 None:intergenic
GTTATGTTTCCAATTGACTT+AGG 0.474369 contig342end:+34627 None:intergenic
GACACGATACCAGAAGAGAT+TGG 0.479886 contig342end:-35086 MsG0080048515.01.T01:CDS
AAGTGTAGATATTGCAAGCT+AGG 0.480333 contig342end:+34909 None:intergenic
TGAGAGAAAATTACTTGGAA+GGG 0.485258 contig342end:-33603 MsG0080048515.01.T01:CDS
TCCCACACAAACATTACAAA+AGG 0.489189 contig342end:+32500 None:intergenic
AATGGTAAGCTTGATCTCCT+TGG 0.489565 contig342end:-34038 MsG0080048515.01.T01:CDS
ATCACCAATAAAAGCATTCG+AGG 0.490212 contig342end:+34225 None:intergenic
AAGGGGATTGTTTCTGTGAA+AGG 0.491334 contig342end:-32906 MsG0080048515.01.T01:CDS
ATGAGAGAAAATTACTTGGA+AGG 0.492396 contig342end:-33604 MsG0080048515.01.T01:CDS
TGAAATATCTAGACTTATCA+GGG 0.493448 contig342end:-34671 MsG0080048515.01.T01:CDS
AAAGGAGATATTTATAGCTA+TGG 0.497799 contig342end:-32888 MsG0080048515.01.T01:CDS
ACTGCAATCATCTCACCATC+AGG 0.501128 contig342end:+33548 None:intergenic
CATGAGAACGATGAAAGGTT+TGG 0.502401 contig342end:-36192 None:intergenic
ATTGTCTAAGTTTCTTGCAA+AGG 0.502666 contig342end:-33337 MsG0080048515.01.T01:CDS
GTGATGGAGTTCATGTCAAA+TGG 0.504721 contig342end:-33392 MsG0080048515.01.T01:CDS
TCTCTCAAATTCCCAATATC+GGG 0.504734 contig342end:+34196 None:intergenic
TTCAATGAGAGAAAATTACT+TGG 0.505553 contig342end:-33608 MsG0080048515.01.T01:CDS
TCATCCAACAAGACATTGGA+AGG 0.507948 contig342end:+33230 None:intergenic
CATGCAGAGTATGGAACTAA+GGG 0.512246 contig342end:-32924 MsG0080048515.01.T01:intron
CATGTCATCACTAACATACA+TGG 0.512563 contig342end:-34988 MsG0080048515.01.T01:CDS
TGAATCTTCACAACAATTCA+GGG 0.517229 contig342end:+32671 None:intergenic
GCATTGGAATATCTTCATCA+TGG 0.519404 contig342end:-33287 MsG0080048515.01.T01:CDS
TAGCTCATAACAAATTGAAT+GGG 0.520494 contig342end:-34084 MsG0080048515.01.T01:CDS
TACCATTTCACCAAGTGATG+TGG 0.521809 contig342end:+34054 None:intergenic
GATGAGTTGAATATACTACT+TGG 0.524122 contig342end:+34858 None:intergenic
TGAGTTGTGCAGTTCTTGAA+AGG 0.525654 contig342end:+33899 None:intergenic
GTCATATTTCCCAAACATGT+TGG 0.526089 contig342end:+34343 None:intergenic
AGTATTTGATTTGCAATCAG+AGG 0.528207 contig342end:-33522 MsG0080048515.01.T01:CDS
GCTTTGGCTCTGTGTATCAA+GGG 0.528442 contig342end:-33577 MsG0080048515.01.T01:CDS
GCGACAAACATATCATCTGT+TGG 0.531005 contig342end:+32831 None:intergenic
GTGAGACCCCAAAGATATGA+AGG 0.533595 contig342end:+34271 None:intergenic
CAATACCTCGTTCAGTCAAA+GGG 0.536848 contig342end:-34491 MsG0080048515.01.T01:intron
AAATTTAGTCCAACAAATTG+GGG 0.538577 contig342end:-32742 MsG0080048515.01.T01:CDS
TACCACAAGGTGGTACTTGG+AGG 0.538789 contig342end:+33837 None:intergenic
TTGTCCTTCGTCCATGAGCT+TGG 0.542426 contig342end:+33172 None:intergenic
GAACTTATGCAAGCAACAGA+TGG 0.544393 contig342end:-33632 MsG0080048515.01.T01:CDS
GATAGATGTTGCATCTGCAT+TGG 0.547489 contig342end:-33303 MsG0080048515.01.T01:CDS
TTGTCCCAAAATATGCTAGC+TGG 0.547522 contig342end:-34013 MsG0080048515.01.T01:CDS
CATGTATGTAAAATGATTTG+AGG 0.550171 contig342end:+34757 None:intergenic
GGGTCAATTCCCACATCACT+TGG 0.551295 contig342end:-34064 MsG0080048515.01.T01:CDS
GTAGATATTGCAAGCTAGGA+AGG 0.552622 contig342end:+34913 None:intergenic
TAGCTTGCAATATCTACACT+TGG 0.552853 contig342end:-34907 MsG0080048515.01.T01:CDS
TTCTCATATAATAGATTACA+AGG 0.553917 contig342end:-33941 MsG0080048515.01.T01:CDS
CAGAACTAACTTTGAAGACA+TGG 0.554677 contig342end:-32809 MsG0080048515.01.T01:CDS
TCATGGTTCTTCAATGCCTG+TGG 0.556011 contig342end:-33270 MsG0080048515.01.T01:CDS
CTCAAATTCCCAATATCGGG+TGG 0.560626 contig342end:+34199 None:intergenic
ACCATTTCACCAAGTGATGT+GGG 0.561427 contig342end:+34055 None:intergenic
GAGAGAAAATTACTTGGAAG+GGG 0.565530 contig342end:-33602 MsG0080048515.01.T01:CDS
AGAAGAAATGACCTGGTGCT+AGG 0.565888 contig342end:+33111 None:intergenic
CAAATGCCTACAATTTGTCA+AGG 0.566024 contig342end:+34692 None:intergenic
TTTGGTTCTTAGCGCAAGCA+CGG 0.581422 contig342end:-32592 MsG0080048515.01.T01:CDS
GATGCATGCAACAACCAGAA+AGG 0.581466 contig342end:+33745 None:intergenic
CACTACATGAGAACGATGAA+AGG 0.582529 contig342end:-36197 None:intergenic
CAAATGGAAGTGTAGACAGT+TGG 0.582842 contig342end:-33376 MsG0080048515.01.T01:CDS
CTTGCTTACAATGCACTCAA+AGG 0.582935 contig342end:-34445 MsG0080048515.01.T01:CDS
TGGCTATCTTGATAAACTTG+AGG 0.583256 contig342end:-35066 MsG0080048515.01.T01:CDS
TTGAAAGAAATCATCTCTCA+GGG 0.597841 contig342end:-34962 MsG0080048515.01.T01:CDS
CTTTGGCTCTGTGTATCAAG+GGG 0.605099 contig342end:-33576 MsG0080048515.01.T01:CDS
AAGATACCTTCATATCTTTG+GGG 0.609073 contig342end:-34277 MsG0080048515.01.T01:CDS
TTTAGATCACAATGGACCAC+AGG 0.614342 contig342end:+33254 None:intergenic
TTGAGTGACAATGCATTCAG+TGG 0.616949 contig342end:-34816 MsG0080048515.01.T01:CDS
TCTCTTAGAAAATTGAACGT+AGG 0.617720 contig342end:-34319 MsG0080048515.01.T01:CDS
GCTGTTAGTTTAGAAGAGAG+AGG 0.634293 contig342end:-36146 MsG0080048515.01.T01:intron
AGAAAGGCTGACACAACTAT+GGG 0.634765 contig342end:+33761 None:intergenic
AGGCGAATATTTCCACAAAG+TGG 0.635548 contig342end:+33857 None:intergenic
CAAGGAGAGATTCCTGATGG+TGG 0.635805 contig342end:-33923 MsG0080048515.01.T01:CDS
TTTCTATCTTGTTTACCACA+AGG 0.641430 contig342end:+33824 None:intergenic
CGCCTCCAAGTACCACCTTG+TGG 0.644049 contig342end:-33839 MsG0080048515.01.T01:CDS
TGGAAGGCTTTAGATCACAA+TGG 0.650501 contig342end:+33246 None:intergenic
TTACAAGGAGAGATTCCTGA+TGG 0.651788 contig342end:-33926 MsG0080048515.01.T01:CDS
TATCAAGGGGAGCTTCCTGA+TGG 0.655222 contig342end:-33563 MsG0080048515.01.T01:CDS
ACTATTGGATACCTAGCACC+AGG 0.659611 contig342end:-33122 MsG0080048515.01.T01:intron
ACTTTGAAGACATGGATCAG+TGG 0.662840 contig342end:-32801 MsG0080048515.01.T01:CDS
ATTGCCAAGCTCATGGACGA+AGG 0.668797 contig342end:-33176 MsG0080048515.01.T01:CDS
CTATCTTGTTTACCACAAGG+TGG 0.674528 contig342end:+33827 None:intergenic
ATGTTAGTGATGACATGTTG+AGG 0.695590 contig342end:+34994 None:intergenic
AGAGAAAATTACTTGGAAGG+GGG 0.706126 contig342end:-33601 MsG0080048515.01.T01:CDS
ATGCAGAGTATGGAACTAAG+GGG 0.721353 contig342end:-32923 MsG0080048515.01.T01:intron

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!!! TGAAAAGTATAATTTAATAA+AGG + contig342end:33220-33239 None:intergenic 10.0%
!! AATGCAAAAAAAAAAATTGA+AGG + contig342end:32813-32832 None:intergenic 15.0%
!! AGTTAGGAATTAAATTTAAA+GGG + contig342end:33251-33270 None:intergenic 15.0%
!! CAAATTACAAATTAAGATAA+AGG - contig342end:33465-33484 MsG0080048515.01.T01:CDS 15.0%
!!! AAAAATCAAATAGATTTGTT+AGG + contig342end:35615-35634 None:intergenic 15.0%
!!! TCATATGTTTTAGAATTAAA+AGG - contig342end:34939-34958 MsG0080048515.01.T01:CDS 15.0%
!! AAATCTCCAAAATCAATATT+GGG + contig342end:33880-33899 None:intergenic 20.0%
!! AAATCTTGATTTCAAATCAT+TGG - contig342end:35249-35268 MsG0080048515.01.T01:intron 20.0%
!! AAATTCTCAAATATCACATT+GGG - contig342end:32967-32986 MsG0080048515.01.T01:intron 20.0%
!! ATATCAAAAAAGCAAAAACA+TGG - contig342end:33348-33367 MsG0080048515.01.T01:CDS 20.0%
!! ATTCAAAATACTCTTGAAAT+TGG - contig342end:34968-34987 MsG0080048515.01.T01:CDS 20.0%
!! CTGTATGACAATAATATAAA+TGG - contig342end:34147-34166 MsG0080048515.01.T01:CDS 20.0%
!! GAGTTAGGAATTAAATTTAA+AGG + contig342end:33252-33271 None:intergenic 20.0%
!! GTTAGGAATTAAATTTAAAG+GGG + contig342end:33250-33269 None:intergenic 20.0%
!! TAAATCTCCAAAATCAATAT+TGG + contig342end:33881-33900 None:intergenic 20.0%
!! TAAATTCTCAAATATCACAT+TGG - contig342end:32966-32985 MsG0080048515.01.T01:intron 20.0%
!! TGTTATTATGATGATATTCA+TGG + contig342end:33537-33556 None:intergenic 20.0%
!! TTCTCATATAATAGATTACA+AGG - contig342end:34722-34741 MsG0080048515.01.T01:CDS 20.0%
!!! ATATTGATTTTGGAGATTTA+AGG - contig342end:33881-33900 MsG0080048515.01.T01:CDS 20.0%
!!! TATCTTTCGACATTTTTTTA+GGG - contig342end:32771-32790 MsG0080048515.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTATCTTTCGACATTTTTTT+AGG - contig342end:32770-32789 MsG0080048515.01.T01:CDS 20.0%
!!! TTTATACATGGTTATGTTTT+AGG + contig342end:33435-33454 None:intergenic 20.0%
! AAAAGTGATTCTAATGACTT+TGG + contig342end:34683-34702 None:intergenic 25.0%
! AAAGGAGATATTTATAGCTA+TGG - contig342end:35775-35794 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
! AAATATTAACATGCAGAGTA+TGG - contig342end:35730-35749 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
! AAATTTAGTCCAACAAATTG+GGG - contig342end:35921-35940 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
! AATATAACCCTTACTCAAAA+TGG - contig342end:32746-32765 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
! ACAAGATAGAAAAATGTCAA+TGG - contig342end:34850-34869 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
! ATGATATTCATGGTGATTAA+AGG + contig342end:33527-33546 None:intergenic 25.0%
! ATTTCTTCTCATTAACTTCT+TGG - contig342end:35566-35585 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
! CAAATTTAGTCCAACAAATT+GGG - contig342end:35920-35939 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
! CATGTATGTAAAATGATTTG+AGG + contig342end:33909-33928 None:intergenic 25.0%
! CTAGAAAATAATAAGCTTTC+TGG - contig342end:34290-34309 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
! GTTATGTTCATTTGTATAAG+AGG - contig342end:36098-36117 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
! TAAGATACCTTCATATCTTT+GGG - contig342end:34385-34404 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
! TAATGGTAAACTCATTTCAT+CGG + contig342end:32567-32586 None:intergenic 25.0%
! TAGCTCATAACAAATTGAAT+GGG - contig342end:34579-34598 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
! TCAAATTTAGTCCAACAAAT+TGG - contig342end:35919-35938 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
! TCGTTTCTTTCTTTCTTTAT+TGG + contig342end:35638-35657 None:intergenic 25.0%
! TGAAATATCTAGACTTATCA+GGG - contig342end:33992-34011 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
! TGAAGTTAGTCATTTATACA+TGG + contig342end:33447-33466 None:intergenic 25.0%
! TTAGCTCATAACAAATTGAA+TGG - contig342end:34578-34597 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
! TTCAATGAGAGAAAATTACT+TGG - contig342end:35055-35074 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
! TTCCAAGCAAAATTTCAATA+AGG + contig342end:33114-33133 None:intergenic 25.0%
! TTGAAATATCTAGACTTATC+AGG - contig342end:33991-34010 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
!! ACTCAATCTTTTATGCATAA+TGG - contig342end:34782-34801 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
!! ACTTACATGTCATCTATTTT+TGG - contig342end:35964-35983 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
!! ATATATTTTTCATTCCGCAT+CGG + contig342end:33332-33351 None:intergenic 25.0%
!! ATCATTGCCTAATTCAATTT+TGG - contig342end:35885-35904 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
!! CTCAAATCATTTTACATACA+TGG - contig342end:33907-33926 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
!! GAAATTTTGCTTGGAAATTT+CGG - contig342end:33118-33137 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
!! GAGATTCTAGTTAATGAATA+AGG + contig342end:33080-33099 None:intergenic 25.0%
!! GAGATTTTGCAAATTTTGTA+AGG + contig342end:34555-34574 None:intergenic 25.0%
!! TTCCTTATTGAAATTTTGCT+TGG - contig342end:33109-33128 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
!! TTGGATCATAACAATTTTGT+TGG - contig342end:33775-33794 MsG0080048515.01.T01:CDS 25.0%
!!! AAAGTCTTGATTTTGATTAG+CGG + contig342end:36054-36073 None:intergenic 25.0%
!!! AAGATAAACCATTTTGAGTA+AGG + contig342end:32757-32776 None:intergenic 25.0%
!!! AGATAAACCATTTTGAGTAA+GGG + contig342end:32756-32775 None:intergenic 25.0%
!!! ATAAGAGGATTTTATTTCGT+TGG - contig342end:36113-36132 MsG0080048515.01.T01:intron 25.0%
!!! ATTCAATTTGTTATGAGCTA+AGG + contig342end:34579-34598 None:intergenic 25.0%
!!! TATGTTTTAGGAACACAAAA+AGG + contig342end:33423-33442 None:intergenic 25.0%
AAGACCTCCAAAATTGAATT+AGG + contig342end:35895-35914 None:intergenic 30.0%
AAGATACCTTCATATCTTTG+GGG - contig342end:34386-34405 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
ACATAACTTCAGAATTCTTC+TGG - contig342end:34052-34071 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
AGGTTGTATCCTATATTTGA+TGG + contig342end:33733-33752 None:intergenic 30.0%
ATGAGAGAAAATTACTTGGA+AGG - contig342end:35059-35078 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
ATTGTCTAAGTTTCTTGCAA+AGG - contig342end:35326-35345 MsG0080048515.01.T01:intron 30.0%
CATAACTTCAGAATTCTTCT+GGG - contig342end:34053-34072 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
CTAAGATACCTTCATATCTT+TGG - contig342end:34384-34403 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
CTCTGTCTAATTAAGAGTTT+AGG - contig342end:34257-34276 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
GAAAAAATGCAAACCTATGA+CGG + contig342end:33168-33187 None:intergenic 30.0%
GCAATATTAATTCTTGCTTC+AGG + contig342end:36018-36037 None:intergenic 30.0%
GCTAATCAAAATCAAGACTT+TGG - contig342end:36053-36072 MsG0080048515.01.T01:intron 30.0%
GGGATAATTCCATCAAATAT+AGG - contig342end:33721-33740 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
TAGCTATGGTATCATGTTAA+TGG - contig342end:35789-35808 MsG0080048515.01.T01:intron 30.0%
TCTCTTAGAAAATTGAACGT+AGG - contig342end:34344-34363 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
TGAATCTTCACAACAATTCA+GGG + contig342end:35995-36014 None:intergenic 30.0%
TGAGAGAAAATTACTTGGAA+GGG - contig342end:35060-35079 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
TGATTTCAAATCATTGGTGA+TGG - contig342end:35255-35274 MsG0080048515.01.T01:intron 30.0%
TTACTTCCTTGACAAATTGT+AGG - contig342end:33965-33984 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
TTCTCTCAAATTCCCAATAT+CGG + contig342end:34471-34490 None:intergenic 30.0%
TTGAAAGAAATCATCTCTCA+GGG - contig342end:33701-33720 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
! ATTGCCTAATTCAATTTTGG+AGG - contig342end:35888-35907 MsG0080048515.01.T01:intron 30.0%
! ATTTTCATCCAACAAGACAT+TGG + contig342end:35440-35459 None:intergenic 30.0%
! CAAATTTTGTAAGGAACTGA+TGG + contig342end:34546-34565 None:intergenic 30.0%
! GAAATTGGTTTATCAGCATT+AGG - contig342end:34983-35002 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
! GATGAGTTGAATATACTACT+TGG + contig342end:33808-33827 None:intergenic 30.0%
! GTTATGTTTCCAATTGACTT+AGG + contig342end:34039-34058 None:intergenic 30.0%
! TAAACTTGAGGTGCTAATAT+TGG - contig342end:33609-33628 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
! TCCTTTTGTAATGTTTGTGT+GGG - contig342end:36162-36181 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
! TGTCTTGTTGGATGAAAATA+TGG - contig342end:35441-35460 MsG0080048515.01.T01:intron 30.0%
! TTCCTTTTGTAATGTTTGTG+TGG - contig342end:36161-36180 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
! TTTCTATCTTGTTTACCACA+AGG + contig342end:34842-34861 None:intergenic 30.0%
!! AGTATTTGATTTGCAATCAG+AGG - contig342end:35141-35160 MsG0080048515.01.T01:intron 30.0%
!! ATGAAAGGTTTGGTGAAAAA+GGG - contig342end:32481-32500 MsG0080048515.01.T01:three_prime_UTR 30.0%
!! ATGAGAAGTTGATTTTCTGA+AGG + contig342end:34709-34728 None:intergenic 30.0%
!! CGTTGGAATGTATTTTTAAG+TGG - contig342end:36130-36149 MsG0080048515.01.T01:intron 30.0%
!! CTATTCCTTTTCCCATTTTT+TGG + contig342end:32594-32613 None:intergenic 30.0%
!! TAATTCAATTTTGGAGGTCT+TGG - contig342end:35894-35913 MsG0080048515.01.T01:intron 30.0%
!!! ACTCTACCCAATATTGATTT+TGG - contig342end:33871-33890 MsG0080048515.01.T01:CDS 30.0%
AAATATCACATTGGGTCTTG+GGG - contig342end:32975-32994 MsG0080048515.01.T01:intron 35.0%
AAATCTACGACATCGAAATC+TGG - contig342end:35204-35223 MsG0080048515.01.T01:intron 35.0%
AAGTGTAGATATTGCAAGCT+AGG + contig342end:33757-33776 None:intergenic 35.0%
ACACAGACTTTAGCTACTAT+TGG - contig342end:35526-35545 MsG0080048515.01.T01:intron 35.0%
ACCATTATGCGCCAAAAAAT+GGG - contig342end:32580-32599 MsG0080048515.01.T01:exon 35.0%
AGAGAAAATTACTTGGAAGG+GGG - contig342end:35062-35081 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
ATGTTAGTGATGACATGTTG+AGG + contig342end:33672-33691 None:intergenic 35.0%
CAAATATCACATTGGGTCTT+GGG - contig342end:32974-32993 MsG0080048515.01.T01:intron 35.0%
CAAATGCCTACAATTTGTCA+AGG + contig342end:33974-33993 None:intergenic 35.0%
CATGTCATCACTAACATACA+TGG - contig342end:33675-33694 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
CTTGAAAGAAATCATCTCTC+AGG - contig342end:33700-33719 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
GACATGTTGAGGAATTTAGA+AGG + contig342end:33661-33680 None:intergenic 35.0%
GAGAGAAAATTACTTGGAAG+GGG - contig342end:35061-35080 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
GCATTGGAATATCTTCATCA+TGG - contig342end:35376-35395 MsG0080048515.01.T01:intron 35.0%
GTCATATTTCCCAAACATGT+TGG + contig342end:34323-34342 None:intergenic 35.0%
GTGAATCTTCACAACAATTC+AGG + contig342end:35996-36015 None:intergenic 35.0%
GTTAATGAGAAGAAATGACC+TGG + contig342end:35562-35581 None:intergenic 35.0%
TACCATTATGCGCCAAAAAA+TGG - contig342end:32579-32598 MsG0080048515.01.T01:exon 35.0%
TCAAATATCACATTGGGTCT+TGG - contig342end:32973-32992 MsG0080048515.01.T01:intron 35.0%
TCCCACACAAACATTACAAA+AGG + contig342end:36166-36185 None:intergenic 35.0%
TCTCTCAAATTCCCAATATC+GGG + contig342end:34470-34489 None:intergenic 35.0%
TCTGGTATCGTGTCTAAAAA+TGG + contig342end:33571-33590 None:intergenic 35.0%
TCTTGGGGAATTAATGGAAA+GGG - contig342end:32990-33009 MsG0080048515.01.T01:intron 35.0%
TGAAAACTATGGATCTCTCA+AGG - contig342end:32680-32699 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
TGGCTATCTTGATAAACTTG+AGG - contig342end:33597-33616 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
TTAATTCAAATGCCTCGAAC+CGG - contig342end:32625-32644 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
! AACACCAGCTAGCATATTTT+GGG + contig342end:34657-34676 None:intergenic 35.0%
! CAATTTGTTCCCCAATTTGT+TGG + contig342end:35933-35952 None:intergenic 35.0%
! CAGAACTAACTTTGAAGACA+TGG - contig342end:35854-35873 MsG0080048515.01.T01:intron 35.0%
! CCAATTGACTTAGGAAGATT+GGG + contig342end:34030-34049 None:intergenic 35.0%
! GATCCTTGCATTTTACAAAC+CGG + contig342end:32723-32742 None:intergenic 35.0%
! GGTGTTTTACCAACATGTTT+GGG - contig342end:34311-34330 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
! TAACACCAGCTAGCATATTT+TGG + contig342end:34658-34677 None:intergenic 35.0%
! TAGCTTGCAATATCTACACT+TGG - contig342end:33756-33775 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
! TCCAATTGACTTAGGAAGAT+TGG + contig342end:34031-34050 None:intergenic 35.0%
! TGGTGTTTTACCAACATGTT+TGG - contig342end:34310-34329 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
! TGTGTGGGATGTTTTCAATA+TGG - contig342end:36177-36196 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
! TTGTCCTCGAATGCTTTTAT+TGG - contig342end:34434-34453 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
!! ATCACCAATAAAAGCATTCG+AGG + contig342end:34441-34460 None:intergenic 35.0%
!! TGCAGTGCTGAATTTTGTAT+CGG + contig342end:33303-33322 None:intergenic 35.0%
!! TTGGCAAACAATAGCTTTAG+TGG - contig342end:33628-33647 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
!!! TGAGTCGGTTTTGAAAACTA+TGG - contig342end:32669-32688 MsG0080048515.01.T01:CDS 35.0%
AAAGCCTTCCAATGTCTTGT+TGG - contig342end:35429-35448 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
AATGGTAAGCTTGATCTCCT+TGG - contig342end:34625-34644 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
ACATGCAGAGTATGGAACTA+AGG - contig342end:35738-35757 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
ACCATTTCACCAAGTGATGT+GGG + contig342end:34611-34630 None:intergenic 40.0%
AGAAAGGCTGACACAACTAT+GGG + contig342end:34905-34924 None:intergenic 40.0%
AGGCGAATATTTCCACAAAG+TGG + contig342end:34809-34828 None:intergenic 40.0%
ATGCAGAGTATGGAACTAAG+GGG - contig342end:35740-35759 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
ATGCGCCAAAAAATGGGAAA+AGG - contig342end:32586-32605 MsG0080048515.01.T01:exon 40.0%
ATTGGGTCTTGGGGAATTAA+TGG - contig342end:32984-33003 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
CAATACCTCGTTCAGTCAAA+GGG - contig342end:34172-34191 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
CATGCAGAGTATGGAACTAA+GGG - contig342end:35739-35758 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
CCCAATCTTCCTAAGTCAAT+TGG - contig342end:34027-34046 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
CTCATGTTTCCAACTTCTAC+GGG + contig342end:34108-34127 None:intergenic 40.0%
CTTGCTTACAATGCACTCAA+AGG - contig342end:34218-34237 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
GAACTTATGCAAGCAACAGA+TGG - contig342end:35031-35050 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
GATAGATGTTGCATCTGCAT+TGG - contig342end:35360-35379 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
GCGACAAACATATCATCTGT+TGG + contig342end:35835-35854 None:intergenic 40.0%
GCTATGACAGATACAGAGTT+AGG + contig342end:33267-33286 None:intergenic 40.0%
GCTCATGTTTCCAACTTCTA+CGG + contig342end:34109-34128 None:intergenic 40.0%
GTAGATATTGCAAGCTAGGA+AGG + contig342end:33753-33772 None:intergenic 40.0%
GTCTTGGGGAATTAATGGAA+AGG - contig342end:32989-33008 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
TACCATTTCACCAAGTGATG+TGG + contig342end:34612-34631 None:intergenic 40.0%
TCAAGATAGCCAATCTCTTC+TGG + contig342end:33589-33608 None:intergenic 40.0%
TCATCCAACAAGACATTGGA+AGG + contig342end:35436-35455 None:intergenic 40.0%
TGAGTTGTGCAGTTCTTGAA+AGG + contig342end:34767-34786 None:intergenic 40.0%
TGTAAGGAACTGATGGTTGT+AGG + contig342end:34539-34558 None:intergenic 40.0%
TTACAAGGAGAGATTCCTGA+TGG - contig342end:34737-34756 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
TTGAGTGACAATGCATTCAG+TGG - contig342end:33847-33866 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
TTGTCCCAAAATATGCTAGC+TGG - contig342end:34650-34669 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
TTTAGATCACAATGGACCAC+AGG + contig342end:35412-35431 None:intergenic 40.0%
! ACTTTGAAGACATGGATCAG+TGG - contig342end:35862-35881 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
! CAAATGGAAGTGTAGACAGT+TGG - contig342end:35287-35306 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
! CTATCTTGTTTACCACAAGG+TGG + contig342end:34839-34858 None:intergenic 40.0%
! GCTGTTAGTTTAGAAGAGAG+AGG - contig342end:32517-32536 MsG0080048515.01.T01:three_prime_UTR 40.0%
! GTGATGGAGTTCATGTCAAA+TGG - contig342end:35271-35290 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
! GTGATTTTCCACCCGATATT+GGG - contig342end:34456-34475 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
! GTTGCACATGTTAGCGATTT+TGG - contig342end:35463-35482 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
! TTTTGGTATTGCCAAGCTCA+TGG - contig342end:35480-35499 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
!! AAGGGGATTGTTTCTGTGAA+AGG - contig342end:35757-35776 MsG0080048515.01.T01:intron 40.0%
!! AGTGCTGAATTTTGTATCGG+GGG + contig342end:33300-33319 None:intergenic 40.0%
!! ATGCATAATGGACCACTTTG+TGG - contig342end:34794-34813 MsG0080048515.01.T01:CDS 40.0%
!! CAGTGCTGAATTTTGTATCG+GGG + contig342end:33301-33320 None:intergenic 40.0%
!! GCAGTGCTGAATTTTGTATC+GGG + contig342end:33302-33321 None:intergenic 40.0%
!! TGGAAGGCTTTAGATCACAA+TGG + contig342end:35420-35439 None:intergenic 40.0%
!!! CATATTTTGGGACAAGTCCA+AGG + contig342end:34645-34664 None:intergenic 40.0%
!!! TCCCATTTTTTGGCGCATAA+TGG + contig342end:32584-32603 None:intergenic 40.0%
ACGCTAGTCAACTCTAGTGT+GGG - contig342end:32934-32953 MsG0080048515.01.T01:intron 45.0%
ACTATTGGATACCTAGCACC+AGG - contig342end:35541-35560 MsG0080048515.01.T01:intron 45.0%
ACTGCAATCATCTCACCATC+AGG + contig342end:35118-35137 None:intergenic 45.0%
AGAAGAAATGACCTGGTGCT+AGG + contig342end:35555-35574 None:intergenic 45.0%
CAGAAAGGCTGACACAACTA+TGG + contig342end:34906-34925 None:intergenic 45.0%
CATAGTTGTGTCAGCCTTTC+TGG - contig342end:34904-34923 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
CCAATACCTCGTTCAGTCAA+AGG - contig342end:34171-34190 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
CCTTTGACTGAACGAGGTAT+TGG + contig342end:34174-34193 None:intergenic 45.0%
CGTAGCAAATTCACCGTCAT+AGG - contig342end:33152-33171 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
CTATGGATCTCTCAAGGCAT+AGG - contig342end:32686-32705 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
CTCAAATTCCCAATATCGGG+TGG + contig342end:34467-34486 None:intergenic 45.0%
GACACGATACCAGAAGAGAT+TGG - contig342end:33577-33596 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
GATGCATGCAACAACCAGAA+AGG + contig342end:34921-34940 None:intergenic 45.0%
GCACAGTCATGTGGAATTGA+GGG - contig342end:34075-34094 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
GGCATAGGATAATGATCGAC+CGG - contig342end:32701-32720 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
GGTAATGTTCCCGTAGAAGT+TGG - contig342end:34096-34115 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
GTGAGACCCCAAAGATATGA+AGG + contig342end:34395-34414 None:intergenic 45.0%
GTTTACCACAAGGTGGTACT+TGG + contig342end:34832-34851 None:intergenic 45.0%
TCATGGTTCTTCAATGCCTG+TGG - contig342end:35393-35412 MsG0080048515.01.T01:intron 45.0%
TTCTTGAAAGGTCCACCATC+AGG + contig342end:34755-34774 None:intergenic 45.0%
TTGTATCGGGGGCAATAGAT+GGG + contig342end:33289-33308 None:intergenic 45.0%
TTTGTATCGGGGGCAATAGA+TGG + contig342end:33290-33309 None:intergenic 45.0%
! GGTGATTTTCCACCCGATAT+TGG - contig342end:34455-34474 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
! TCCCACATCACTTGGTGAAA+TGG - contig342end:34607-34626 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
!! AGCTTTGGCTCTGTGTATCA+AGG - contig342end:35085-35104 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
!! CGACCGGTTTGTAAAATGCA+AGG - contig342end:32717-32736 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
!! CTTTGGCTCTGTGTATCAAG+GGG - contig342end:35087-35106 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
!! GCTTTGGCTCTGTGTATCAA+GGG - contig342end:35086-35105 MsG0080048515.01.T01:CDS 45.0%
!! GGTTTGGTGAAAAAGGGAAG+CGG - contig342end:32487-32506 MsG0080048515.01.T01:three_prime_UTR 45.0%
!! TTTGGTTCTTAGCGCAAGCA+CGG - contig342end:36071-36090 MsG0080048515.01.T01:intron 45.0%
ATTGCCAAGCTCATGGACGA+AGG - contig342end:35487-35506 MsG0080048515.01.T01:intron 50.0%
CAAGGAGAGATTCCTGATGG+TGG - contig342end:34740-34759 MsG0080048515.01.T01:CDS 50.0%
GACGCTAGTCAACTCTAGTG+TGG - contig342end:32933-32952 MsG0080048515.01.T01:intron 50.0%
GGCACAGTCATGTGGAATTG+AGG - contig342end:34074-34093 MsG0080048515.01.T01:CDS 50.0%
GGGTCAATTCCCACATCACT+TGG - contig342end:34599-34618 MsG0080048515.01.T01:intron 50.0%
TACCACAAGGTGGTACTTGG+AGG + contig342end:34829-34848 None:intergenic 50.0%
TATCAAGGGGAGCTTCCTGA+TGG - contig342end:35100-35119 MsG0080048515.01.T01:intron 50.0%
TCTAGCCCTTTGACTGAACG+AGG + contig342end:34180-34199 None:intergenic 50.0%
TTACTTGGAAGGGGGAGCTT+TGG - contig342end:35070-35089 MsG0080048515.01.T01:CDS 50.0%
TTCTTCTGGGCACAGTCATG+TGG - contig342end:34066-34085 MsG0080048515.01.T01:CDS 50.0%
TTGTCCTTCGTCCATGAGCT+TGG + contig342end:35494-35513 None:intergenic 50.0%
GCACTGCATGCAAACCGATG+CGG - contig342end:33315-33334 MsG0080048515.01.T01:CDS 55.0%
GGTGAAAAAGGGAAGCGGTG+TGG - contig342end:32492-32511 MsG0080048515.01.T01:three_prime_UTR 55.0%
! CAAAACCGACTCAGACCGTG+AGG + contig342end:32662-32681 None:intergenic 55.0%
CCGGTTATACCACCGCCTCA+CGG - contig342end:32644-32663 MsG0080048515.01.T01:CDS 60.0%
CCGTGAGGCGGTGGTATAAC+CGG + contig342end:32647-32666 None:intergenic 60.0%
CGCCTCCAAGTACCACCTTG+TGG - contig342end:34824-34843 MsG0080048515.01.T01:CDS 60.0%
! AACCGACTCAGACCGTGAGG+CGG + contig342end:32659-32678 None:intergenic 60.0%
!! GCGGTGGTATAACCGGTTCG+AGG + contig342end:32640-32659 None:intergenic 60.0%
CACCGCCTCACGGTCTGAGT+CGG - contig342end:32654-32673 MsG0080048515.01.T01:CDS 65.0%
CGACTCAGACCGTGAGGCGG+TGG + contig342end:32656-32675 None:intergenic 70.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
contig342end gene 32481 36204 32481 ID=MsG0080048515.01;Name=MsG0080048515.01
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Protein sequence

>MsG0080048515.01.T01

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