AlfalfaGEDB | MsG0680033602.01

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0680033602.01

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Find 118 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 174 sgRNAs with CRISPR-GE

CRISPR-Local

CRISPR-Local
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TTCATCGTTCACTTAGTACA+TGG	0.461165	6:+69239315	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR
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GTGTCTTGCATTGATTCCCT+TGG	0.474602	6:-69238498	None:intergenic
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GCACAAACACTCATCGGATT+AGG	0.486324	6:+69238946	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR
TGTTCTATCAATCTCAAATC+CGG	0.486530	6:-69237541	None:intergenic
TGTCTCCAATAGTGACCATA+AGG	0.489012	6:-69237021	None:intergenic
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CATAGATTTGTGCTAAGGAA+TGG	0.511111	6:-69236834	None:intergenic
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TTAGGTTTCTTAGCATGAGT+GGG	0.518258	6:-69236557	None:intergenic
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AATCATCAAGGCTTTGATCA+TGG	0.520063	6:+69237563	MsG0680033602.01.T01:CDS
GTGCTAAGGAATGGAGTTTG+TGG	0.520144	6:-69236825	None:intergenic
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TCATCGGATTAGGCGTGTCT+TGG	0.521753	6:+69238956	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR
CTTGGAATTAATAAAGGTGA+TGG	0.522156	6:-69238480	None:intergenic
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TAGAAGCTTCTTATATAGAG+TGG	0.527186	6:-69239119	None:intergenic
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ATCACCTTTATTAATTCCAA+GGG	0.528650	6:+69238482	MsG0680033602.01.T01:CDS
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TTGCCCATTCTAAGACTGCA+AGG	0.585929	6:-69238305	None:intergenic
TGATTGAAAAGATTAGAAAG+TGG	0.590561	6:+69237130	MsG0680033602.01.T01:CDS
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CRISPR-GE

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!	TAAGAAGTCAAAACTACATA+TGG	-	Chr6:69237844-69237863	None:intergenic	25.0%
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	CATAGATTTGTGCTAAGGAA+TGG	-	Chr6:69236837-69236856	None:intergenic	35.0%
	CATGAGTGGGAACAATATAT+TGG	-	Chr6:69236547-69236566	None:intergenic	35.0%
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	GTCACTATTGGAGACAAATA+AGG	+	Chr6:69237028-69237047	MsG0680033602.01.T01:CDS	35.0%
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	TACTATATTCGCTACCCAAA+TGG	+	Chr6:69236710-69236729	MsG0680033602.01.T01:CDS	35.0%
	TATGAAGCACAAACACTCAT+CGG	+	Chr6:69238940-69238959	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR	35.0%
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	TGATGGAGATTTCCTAGTAT+TGG	-	Chr6:69236787-69236806	None:intergenic	35.0%
	TGCATCATAAGTTTCGAGAA+AGG	+	Chr6:69239096-69239115	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR	35.0%
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	TGGTTGGAGAGAAGTAAAAA+GGG	+	Chr6:69237444-69237463	MsG0680033602.01.T01:CDS	35.0%
	TGTTAGGAACAAGAATGAGT+AGG	-	Chr6:69236665-69236684	None:intergenic	35.0%
	TTAGGTTTCTTAGCATGAGT+GGG	-	Chr6:69236560-69236579	None:intergenic	35.0%
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!	TTGTTAGGTGCTTGTGTTTT+AGG	+	Chr6:69237300-69237319	MsG0680033602.01.T01:CDS	35.0%
!!	ATGTTTTGCTTTGGATCCAA+AGG	+	Chr6:69237508-69237527	MsG0680033602.01.T01:CDS	35.0%
!!	GTTGCTATTTGAAGTGTTTC+GGG	+	Chr6:69238916-69238935	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR	35.0%
!!	TCACTTTTCAAGAATCTCTC+TGG	-	Chr6:69238627-69238646	None:intergenic	35.0%
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!!	TTTTAGGGGATTATGTACCT+TGG	+	Chr6:69237316-69237335	MsG0680033602.01.T01:CDS	35.0%
!!!	CTATGGCTTTGTTGTTCTTT+TGG	-	Chr6:69238170-69238189	None:intergenic	35.0%
!!!	GCTCAGTTATGTGAGTTTTT+TGG	-	Chr6:69238398-69238417	None:intergenic	35.0%
	AGAAACATCGCATATAGCCT+TGG	+	Chr6:69239141-69239160	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR	40.0%
	AGGACCATAGATTTGTGCTA+AGG	-	Chr6:69236842-69236861	None:intergenic	40.0%
	AGTGGAAAGGGATCAAAGTT+TGG	+	Chr6:69238791-69238810	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
	CCTCCAAAACTTCCAATACT+AGG	+	Chr6:69236772-69236791	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
	CTCTCTGGTTGAAATTCTAG+TGG	-	Chr6:69238612-69238631	None:intergenic	40.0%
	CTTAGGTTTCTTAGCATGAG+TGG	-	Chr6:69236561-69236580	None:intergenic	40.0%
	GAGAGAAGTAAAAAGGGACT+TGG	+	Chr6:69237450-69237469	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
	GATATAGCATCAGCTCCTTA+TGG	+	Chr6:69237006-69237025	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
	GGCAAGAGATATAGTGATGA+AGG	+	Chr6:69237237-69237256	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
	TAAGTGCAAGGATAGGTGTT+AGG	-	Chr6:69236681-69236700	None:intergenic	40.0%
	TACCCTTGCAGTCTTAGAAT+GGG	+	Chr6:69238302-69238321	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
	TAGAGCTAAAAGAGTGGCTA+AGG	+	Chr6:69237374-69237393	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
	TAGCAACATGATGTGAAAGC+AGG	+	Chr6:69237759-69237778	MsG0680033602.01.T01:intron	40.0%
	TCTATCAATCTCAAATCCGG+TGG	-	Chr6:69237541-69237560	None:intergenic	40.0%
	TGTCTCCAATAGTGACCATA+AGG	-	Chr6:69237024-69237043	None:intergenic	40.0%
	TTTCCTAACCAATCAAGCCA+AGG	-	Chr6:69237336-69237355	None:intergenic	40.0%
!	TGGACATGTCTGAAACTACT+GGG	+	Chr6:69238811-69238830	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
!	TTGGACATGTCTGAAACTAC+TGG	+	Chr6:69238810-69238829	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
!	TTTGATTGGTCATTGCCTAG+TGG	+	Chr6:69238768-69238787	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
!!	CCTAGTATTGGAAGTTTTGG+AGG	-	Chr6:69236775-69236794	None:intergenic	40.0%
!!	CTTGGTGATTTTGACCATGA+AGG	+	Chr6:69237468-69237487	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
!!	CTTTAGGATATGTTTGGTGC+AGG	+	Chr6:69238270-69238289	MsG0680033602.01.T01:intron	40.0%
!!	GATTTGATTCCATTTGGTGC+TGG	+	Chr6:69238672-69238691	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
!!	GTTAGGTGCTTGTGTTTTAG+GGG	+	Chr6:69237302-69237321	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
!!	GTTTTTGGATGAAGTTGTGG+AGG	+	Chr6:69237407-69237426	MsG0680033602.01.T01:CDS	40.0%
!!	TTGGTGTCGAATTCTAACCA+AGG	-	Chr6:69239161-69239180	None:intergenic	40.0%
!!!	ATTGGAAGTTTTGGAGGAGA+AGG	-	Chr6:69236769-69236788	None:intergenic	40.0%
	AGGTGAAGGAAAACTTAGGG+AGG	+	Chr6:69237257-69237276	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
	ATCCAAAGGACAAATGCCAC+CGG	+	Chr6:69237522-69237541	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
	ATTGCCTAGTGGAGTGGAAA+GGG	+	Chr6:69238779-69238798	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
	ATTGTGTGTAGGGCAACACT+TGG	+	Chr6:69237216-69237235	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
	CAGCTCCTTATGGTCACTAT+TGG	+	Chr6:69237016-69237035	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
	CCTAAGACATGTGACAAGCA+AGG	+	Chr6:69236575-69236594	MsG0680033602.01.T01:five_prime_UTR	45.0%
	CCTTGCTTGTCACATGTCTT+AGG	-	Chr6:69236578-69236597	None:intergenic	45.0%
	CTACCCTTGCAGTCTTAGAA+TGG	+	Chr6:69238301-69238320	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
	GAGTTTGTGGTGAGTGAAAG+TGG	-	Chr6:69236815-69236834	None:intergenic	45.0%
	GCACAAACACTCATCGGATT+AGG	+	Chr6:69238946-69238965	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR	45.0%
	GGAGCATGTTAGTAGTTGGT+TGG	+	Chr6:69237428-69237447	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
	GTGCTAAGGAATGGAGTTTG+TGG	-	Chr6:69236828-69236847	None:intergenic	45.0%
!	ATGGGCTATGACATTTCAGC+TGG	+	Chr6:69238528-69238547	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
!	GAGTGAAAGTGGCTAGTTGA+TGG	-	Chr6:69236804-69236823	None:intergenic	45.0%
!	GTACCTTGGCTTGATTGGTT+AGG	+	Chr6:69237330-69237349	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
!	TGGAGGAGCATGTTAGTAGT+TGG	+	Chr6:69237424-69237443	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
!!	GCTGAGTTGGAAGTGTTGTT+AGG	+	Chr6:69237285-69237304	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
!!	GTGTCTTGCATTGATTCCCT+TGG	-	Chr6:69238501-69238520	None:intergenic	45.0%
!!	TGATTCCATTTGGTGCTGGT+AGG	+	Chr6:69238676-69238695	MsG0680033602.01.T01:CDS	45.0%
!!	TGCCCATTCTAAGACTGCAA+GGG	-	Chr6:69238307-69238326	None:intergenic	45.0%
!!	TTGCCCATTCTAAGACTGCA+AGG	-	Chr6:69238308-69238327	None:intergenic	45.0%
	AGGAAAACTTAGGGAGGCAG+TGG	+	Chr6:69237263-69237282	MsG0680033602.01.T01:CDS	50.0%
	ATCCGGTGGCATTTGTCCTT+TGG	-	Chr6:69237527-69237546	None:intergenic	50.0%
	CATTGCCTAGTGGAGTGGAA+AGG	+	Chr6:69238778-69238797	MsG0680033602.01.T01:CDS	50.0%
	TGATCCCTTTCCACTCCACT+AGG	-	Chr6:69238786-69238805	None:intergenic	50.0%
	TTGGTCATTGCCTAGTGGAG+TGG	+	Chr6:69238773-69238792	MsG0680033602.01.T01:CDS	50.0%
!	GATTAGGCGTGTCTTGGTGT+CGG	+	Chr6:69238962-69238981	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR	50.0%
!	TCATCGGATTAGGCGTGTCT+TGG	+	Chr6:69238956-69238975	MsG0680033602.01.T01:three_prime_UTR	50.0%
!!	TCCATTTGGTGCTGGTAGGA+GGG	+	Chr6:69238680-69238699	MsG0680033602.01.T01:CDS	50.0%
!!	TTCCATTTGGTGCTGGTAGG+AGG	+	Chr6:69238679-69238698	MsG0680033602.01.T01:CDS	50.0%
!!!	GGAAGTTTTGGAGGAGAAGG+TGG	-	Chr6:69236766-69236785	None:intergenic	50.0%
!!	CCATTTGGTGCTGGTAGGAG+GGG	+	Chr6:69238681-69238700	MsG0680033602.01.T01:CDS	55.0%
	CCCCTCCTACCAGCACCAAA+TGG	-	Chr6:69238684-69238703	None:intergenic	60.0%
	TAGGGAGGCAGTGGCTGAGT+TGG	+	Chr6:69237272-69237291	MsG0680033602.01.T01:CDS	60.0%
	GCTGGTAGGAGGGGTTGTCC+TGG	+	Chr6:69238690-69238709	MsG0680033602.01.T01:CDS	65.0%

Chromosome	Type	Strat	End	Strand	Name
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Chr6	five_prime_UTR	69236500	69236639	69236500	ID=MsG0680033602.01.T01:five_prime_utr;Parent=MsG0680033602.01.T01
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Chr6	three_prime_UTR	69238888	69239377	69238888	ID=MsG0680033602.01.T01:three_prime_utr;Parent=MsG0680033602.01.T01

Gene Sequence

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Protein sequence

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