AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar ZhongmuNo.1 / MsG0880044323.01


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MsG0880044323.01.T06 AT4G10850 46.392 97 48 2 1 93 135 231 3.85e-21 84.7
MsG0880044323.01.T06 AT5G62850 44.086 93 51 1 1 92 132 224 9.05e-21 83.2
MsG0880044323.01.T06 AT1G66770 51.765 85 40 1 3 86 137 221 9.05e-20 80.9
MsG0880044323.01.T06 AT2G39060 47.253 91 47 1 3 92 133 223 6.55e-19 78.6
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MsG0880044323.01.T06 AT5G13170 44.444 90 44 2 2 88 135 221 4.27e-18 77.0
MsG0880044323.01.T06 AT5G23660 47.561 82 43 0 2 83 134 215 5.39e-18 76.6
MsG0880044323.01.T06 AT4G25010 43.000 100 53 2 2 97 133 232 4.16e-17 74.3
MsG0880044323.01.T06 AT5G50800 39.394 99 57 1 2 97 133 231 4.36e-17 74.3
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MsG0880044323.01.T06 AT3G16690 44.944 89 42 2 8 95 169 251 6.68e-17 73.6
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MsG0880044323.01.T06 AT3G28007 50.685 73 35 1 14 85 145 217 2.32e-16 71.6
MsG0880044323.01.T06 AT5G50790 43.902 82 46 0 12 93 142 223 1.61e-14 67.4
MsG0880044323.01.T06 AT5G40260 42.857 84 46 2 12 93 145 228 2.95e-13 63.2
MsG0880044323.01.T06 AT1G21460 59.615 52 21 0 12 63 139 190 6.84e-13 62.0

Find 20 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 60 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
ACCATCTCCTTCTTTCTTTA+TGG 0.017500 8:-39969576 MsG0880044323.01.T01:CDS
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TGAATTGTAGACCCACATTT+AGG 0.291772 8:-39970229 MsG0880044323.01.T01:intron
GTAGGTAATATCTTTGCATT+TGG 0.325780 8:-39970354 MsG0880044323.01.T01:intron
GTTACAGCTGTTAATTCAAT+TGG 0.332559 8:-39970086 MsG0880044323.01.T01:CDS
TATATCACCTGATAATTTGT+TGG 0.346753 8:-39970108 MsG0880044323.01.T01:CDS
TTCAATAGAGAATAAATATA+TGG 0.355131 8:+39970164 None:intergenic
TTTAGGAGAATTATGAGAAA+TGG 0.365995 8:-39970212 MsG0880044323.01.T01:CDS
TGAATTGTTTGATCTGTTTG+TGG 0.392314 8:-39970145 MsG0880044323.01.T01:CDS
TAGGTAATATCTTTGCATTT+GGG 0.393033 8:-39970353 MsG0880044323.01.T01:CDS
GCTGTAACCAACAAATTATC+AGG 0.453364 8:+39970101 None:intergenic
TGTTTGATCTGTTTGTGGTA+TGG 0.479530 8:-39970140 MsG0880044323.01.T01:CDS
TCTCATAATTCTCCTAAATG+TGG 0.499347 8:+39970217 None:intergenic
GTTGAAAGCGAAAGATAAAA+CGG 0.511258 8:+39969609 None:intergenic
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GAGTAATCCATAAAGAAAGA+AGG 0.551073 8:+39969569 None:intergenic
TCCATAAAGAAAGAAGGAGA+TGG 0.628814 8:+39969575 None:intergenic

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content
!! AATAAATAAAATACTTACAT+TGG + Chr8:39969507-39969526 None:intergenic 10.0%
!! ATAAAATAACTGAAAATTAA+AGG + Chr8:39969391-39969410 None:intergenic 10.0%
!! AAACTTACAATTATAAACAA+TGG + Chr8:39970064-39970083 None:intergenic 15.0%
!! TTCAATAGAGAATAAATATA+TGG + Chr8:39969661-39969680 None:intergenic 15.0%
!!! TTGTTATTTTTCTAATACTA+TGG - Chr8:39969821-39969840 MsG0880044323.01.T01:CDS 15.0%
!! AATTCAGATATTTATTCTGT+TGG - Chr8:39970356-39970375 MsG0880044323.01.T01:intron 20.0%
!! ATCAATATTTCAGAAAGAAA+CGG + Chr8:39970325-39970344 None:intergenic 20.0%
!!! AGAAAAATAACAACCTTTTT+TGG + Chr8:39969814-39969833 None:intergenic 20.0%
!!! ATTGTATACTTCTTTTTGAT+AGG - Chr8:39969895-39969914 MsG0880044323.01.T01:CDS 20.0%
! AAATTATCAGGTGATATAAG+AGG + Chr8:39969712-39969731 None:intergenic 25.0%
! ACAAATCAAACACAAAATGA+AGG + Chr8:39970396-39970415 None:intergenic 25.0%
! ATATTTGTGATCATACTAGT+CGG - Chr8:39969953-39969972 MsG0880044323.01.T01:intron 25.0%
! ATTCTTGCTTGTTTATTTGT+AGG - Chr8:39969450-39969469 MsG0880044323.01.T01:intron 25.0%
! CTATATAATTTCGCAGAAAT+TGG - Chr8:39970161-39970180 MsG0880044323.01.T01:CDS 25.0%
! TACAATTATAAACAATGGAG+AGG + Chr8:39970059-39970078 None:intergenic 25.0%
! TAGGTAATATCTTTGCATTT+GGG - Chr8:39969469-39969488 MsG0880044323.01.T01:intron 25.0%
! TAGTAAAACTCAGTATTACT+TGG + Chr8:39970104-39970123 None:intergenic 25.0%
! TTTAGGAGAATTATGAGAAA+TGG - Chr8:39969610-39969629 MsG0880044323.01.T01:CDS 25.0%
!! TATATCACCTGATAATTTGT+TGG - Chr8:39969714-39969733 MsG0880044323.01.T01:intron 25.0%
!!! CATTTTGTGTTTGATTTGTT+AGG - Chr8:39970397-39970416 MsG0880044323.01.T01:intron 25.0%
ATCTTTACCAACTTCACAAA+TGG + Chr8:39969337-39969356 None:intergenic 30.0%
CTCATAATTCTCCTAAATGT+GGG + Chr8:39969607-39969626 None:intergenic 30.0%
GAGAATGTTTGGATTATTGA+TGG - Chr8:39969919-39969938 MsG0880044323.01.T01:intron 30.0%
GAGTAATCCATAAAGAAAGA+AGG + Chr8:39970256-39970275 None:intergenic 30.0%
GTAGGTAATATCTTTGCATT+TGG - Chr8:39969468-39969487 MsG0880044323.01.T01:intron 30.0%
GTTACAGCTGTTAATTCAAT+TGG - Chr8:39969736-39969755 MsG0880044323.01.T01:intron 30.0%
GTTGAAAGCGAAAGATAAAA+CGG + Chr8:39970216-39970235 None:intergenic 30.0%
TATTTGTGATCATACTAGTC+GGG - Chr8:39969954-39969973 MsG0880044323.01.T01:intron 30.0%
TCTCATAATTCTCCTAAATG+TGG + Chr8:39969608-39969627 None:intergenic 30.0%
TGAATTGTTTGATCTGTTTG+TGG - Chr8:39969677-39969696 MsG0880044323.01.T01:intron 30.0%
! TTTTGATAGGTGAGAATGTT+TGG - Chr8:39969908-39969927 MsG0880044323.01.T01:CDS 30.0%
!! TGATTTGTTAGGTACCAAAT+GGG - Chr8:39970408-39970427 MsG0880044323.01.T01:intron 30.0%
!! TTGATTTGTTAGGTACCAAA+TGG - Chr8:39970407-39970426 MsG0880044323.01.T01:intron 30.0%
AAAACAGTACCTATCCCATT+TGG + Chr8:39970425-39970444 None:intergenic 35.0%
AAACGGAGAAATGAGATGAA+AGG + Chr8:39970308-39970327 None:intergenic 35.0%
ACCATCTCCTTCTTTCTTTA+TGG - Chr8:39970246-39970265 MsG0880044323.01.T01:intron 35.0%
AGTTTGTGTGAATTCAAGCT+TGG - Chr8:39970123-39970142 MsG0880044323.01.T01:CDS 35.0%
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GCTGTAACCAACAAATTATC+AGG + Chr8:39969724-39969743 None:intergenic 35.0%
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TCAAGCATCCAACTAACATT+CGG + Chr8:39970009-39970028 None:intergenic 35.0%
TCCATAAAGAAAGAAGGAGA+TGG + Chr8:39970250-39970269 None:intergenic 35.0%
TGAATTGTAGACCCACATTT+AGG - Chr8:39969593-39969612 MsG0880044323.01.T01:CDS 35.0%
TGTTTGATCTGTTTGTGGTA+TGG - Chr8:39969682-39969701 MsG0880044323.01.T01:intron 35.0%
TTATCCATACGACACTATCA+AGG + Chr8:39970513-39970532 None:intergenic 35.0%
!! AAATGGGATAGGTACTGTTT+TGG - Chr8:39970424-39970443 MsG0880044323.01.T01:intron 35.0%
!! AATGGGATAGGTACTGTTTT+GGG - Chr8:39970425-39970444 MsG0880044323.01.T01:intron 35.0%
!! GGATTATTGATGGCAGTTTT+TGG - Chr8:39969929-39969948 MsG0880044323.01.T01:intron 35.0%
CATTCGGCGAATAGAACTAT+CGG + Chr8:39969993-39970012 None:intergenic 40.0%
GAAGGAGATGGTCATTAAGA+AGG + Chr8:39970238-39970257 None:intergenic 40.0%
GCTTACTCCATTTGTGAAGT+TGG - Chr8:39969327-39969346 MsG0880044323.01.T01:CDS 40.0%
GGATCAACAGAAATGTTCTC+AGG - Chr8:39969631-39969650 MsG0880044323.01.T01:CDS 40.0%
TACAAGAGTTCATCTAGCGA+TGG - Chr8:39970476-39970495 MsG0880044323.01.T01:CDS 40.0%
TCTATTCGCCGAATGTTAGT+TGG - Chr8:39969998-39970017 MsG0880044323.01.T01:intron 40.0%
TGTTAGGTACCAAATGGGAT+AGG - Chr8:39970413-39970432 MsG0880044323.01.T01:intron 40.0%
! TTAGTTGGATGCTTGAGTTG+TGG - Chr8:39970013-39970032 MsG0880044323.01.T01:intron 40.0%
AAAGATGCAGCTGGAATTGC+TGG - Chr8:39969351-39969370 MsG0880044323.01.T01:CDS 45.0%
!! GAACCCTTGATAGTGTCGTA+TGG - Chr8:39970506-39970525 MsG0880044323.01.T01:CDS 45.0%
!! GAAGTTGGTAAAGATGCAGC+TGG - Chr8:39969342-39969361 MsG0880044323.01.T01:CDS 45.0%
!!! ATATATTTTGATTATTAATT+TGG - Chr8:39969561-39969580 MsG0880044323.01.T01:CDS 5.0%
Chromosome Type Strat End Strand Name
Chr8 gene 39969312 39970532 39969312 ID=MsG0880044323.01;Name=MsG0880044323.01
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