AlfalfaGEDB Alfalfa Gene Editing Database

M. sativa cultivar XinJiangDaYe / MS.gene026968


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MS.gene026968.t1 MTR_6g006970 95.238 294 14 0 1 294 1 294 0.0 581
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MS.gene026968.t1 AT3G17465 65.123 324 83 4 1 294 1 324 3.46e-145 411
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Find 75 sgRNAs with CRISPR-Local

Find 0 sgRNAs with CRISPR-GE


CRISPR-Local

CRISPR-Local
sgRNA_sequence on_target_score Position Region
GAATTCCGATTTCTATTCTT+TGG 0.167396 6.2:-2265394 MS.gene026968:CDS
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TCATCAGTATCTTCATCTTC+TGG 0.356008 6.2:+2253363 None:intergenic
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AGACCAGTTCGTCGTGAATT+CGG 0.379951 6.2:+2265467 None:intergenic
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GTTCGGATGTGGAGACTATA+CGG 0.382445 6.2:-2265520 MS.gene026968:CDS
TATACTGGCCGGGAACAAAA+TGG 0.397207 6.2:+2255047 None:intergenic
GAACAATAACCTTCCTTCTC+TGG 0.412164 6.2:+2265338 None:intergenic
TGCTTCCCACCCATTCTCCC+TGG 0.421120 6.2:+2254028 None:intergenic
AGGAATGCTTGGTCCTTGTA+AGG 0.424571 6.2:-2254238 MS.gene026968:intron
TTTGAATTCCCGTGGGATGC+TGG 0.425628 6.2:+2254285 None:intergenic
GACTGCACATTGGGATAAAT+GGG 0.426456 6.2:-2265423 MS.gene026968:CDS
TCTTCTGGTACAAAGTAAGT+TGG 0.426798 6.2:+2253378 None:intergenic
ACAAAGTTCCCTGTAGCTCC+TGG 0.431609 6.2:+2253453 None:intergenic
ACACCGAATTCACGACGAAC+TGG 0.433955 6.2:-2265470 MS.gene026968:CDS
ACGCAGGTCCCAGGAGCTAC+AGG 0.453068 6.2:-2253462 MS.gene026968:intron
ATGTGGAATGACTGCACATT+GGG 0.466335 6.2:-2265432 MS.gene026968:CDS
CATAAAACCATGGGATCTAC+AGG 0.470091 6.2:-2254258 MS.gene026968:CDS
CCTCGGTCACTCGAAACTCT+TGG 0.474118 6.2:+2255107 None:intergenic
TCAACCCAAAGAATAGAAAT+CGG 0.483179 6.2:+2265389 None:intergenic
CTTCTGGTACAAAGTAAGTT+GGG 0.488539 6.2:+2253379 None:intergenic
GGACTCCAACGAACCTTACA+AGG 0.498612 6.2:+2254225 None:intergenic
ACAGGAATCACTAAAGGAAA+AGG 0.499985 6.2:-2255016 MS.gene026968:CDS
AAATCGTGGCAGCGGTGCCA+CGG 0.503916 6.2:+2265547 None:intergenic
ACATTAAGCGATGTACCAAC+AGG 0.508189 6.2:+2255073 None:intergenic
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ATGTGCACAACGCAGGTCCC+AGG 0.516631 6.2:-2253471 MS.gene026968:intron
AATCGTGGCAGCGGTGCCAC+GGG 0.518214 6.2:+2265548 None:intergenic
TCTTGGAGCTTCCTCTTCAT+CGG 0.518555 6.2:+2255124 None:intergenic
CTCAAGGAGTTCCGATGAAG+AGG 0.527266 6.2:-2255135 MS.gene026968:CDS
TTCCTGTGATGTCAATATAC+TGG 0.527980 6.2:+2255032 None:intergenic
TTTGATGTGGGTGAAAGGCC+AGG 0.528326 6.2:-2253957 MS.gene026968:intron
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ATGGGATCTACAGGAATGCT+TGG 0.536160 6.2:-2254249 MS.gene026968:CDS
AAAGGAACTATAGACGTGTC+AGG 0.536353 6.2:+2253402 None:intergenic
AACAGGAAGAAGTGCATCCT+CGG 0.537876 6.2:+2255090 None:intergenic
TGTGATGTCAATATACTGGC+CGG 0.538363 6.2:+2255036 None:intergenic
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GACATCACAGGAATCACTAA+AGG 0.546543 6.2:-2255022 MS.gene026968:CDS
AGAAATTTGATGTGGGTGAA+AGG 0.548749 6.2:-2253962 MS.gene026968:CDS
CAAAGTTCCCTGTAGCTCCT+GGG 0.553971 6.2:+2253454 None:intergenic
TCAAGTCAAAACTCCAGAGA+AGG 0.559481 6.2:-2265351 MS.gene026968:CDS
ACACTTGACAAAGCCTGAAG+TGG 0.560843 6.2:-2255170 MS.gene026968:CDS
TTCAAAAGCACATAAAACCA+TGG 0.565886 6.2:-2254268 MS.gene026968:CDS
AAGCATTCCTGTAGATCCCA+TGG 0.568063 6.2:+2254251 None:intergenic
GCTGGAGGTCCAGCATCCCA+CGG 0.573473 6.2:-2254294 MS.gene026968:CDS
CTGGAGGTCCAGCATCCCAC+GGG 0.585754 6.2:-2254293 MS.gene026968:CDS
GGCCAGTATATTGACATCAC+AGG 0.587654 6.2:-2255034 MS.gene026968:CDS
GTGATGTCAATATACTGGCC+GGG 0.589284 6.2:+2255037 None:intergenic
CGCAGGTCCCAGGAGCTACA+GGG 0.595348 6.2:-2253461 MS.gene026968:intron
GTTTCCAGGGTGTGATGACA+CGG 0.597663 6.2:-2254326 MS.gene026968:intron
TCTCCAAGATCAGCAATCAA+AGG 0.597900 6.2:+2253333 None:intergenic
TCAAAAGCACATAAAACCAT+GGG 0.598380 6.2:-2254267 MS.gene026968:CDS
GGTACAAAGTAAGTTGGGAA+AGG 0.600374 6.2:+2253384 None:intergenic
GAGGATGCACTTCTTCCTGT+TGG 0.601500 6.2:-2255088 MS.gene026968:CDS
ACCTCTCGAAAACGCCAGCA+TGG 0.602437 6.2:+2265595 None:intergenic
CACTTGACAAAGCCTGAAGT+GGG 0.609676 6.2:-2255169 MS.gene026968:CDS
AAGATGCCAGGGAGAATGGG+TGG 0.609930 6.2:-2254034 MS.gene026968:CDS
CCAGGGTGTGATGACACGGT+GGG 0.611262 6.2:-2254322 MS.gene026968:intron
GTCAAAACTCCAGAGAAGGA+AGG 0.627398 6.2:-2265347 MS.gene026968:CDS
AATGTGGAATGACTGCACAT+TGG 0.638693 6.2:-2265433 MS.gene026968:CDS
GGTCTTGTAGCTGTAAAATG+TGG 0.640499 6.2:-2265449 MS.gene026968:CDS
TCGCCTTCAACAATTTCCCG+TGG 0.645695 6.2:-2265564 MS.gene026968:CDS
CCAAGAGTTTCGAGTGACCG+AGG 0.654882 6.2:-2255107 MS.gene026968:CDS
AGATGCCAGGGAGAATGGGT+GGG 0.656976 6.2:-2254033 MS.gene026968:CDS
ATCCTGCAAGAAATTTGATG+TGG 0.660543 6.2:-2253970 MS.gene026968:CDS
TCCTGCAAGAAATTTGATGT+GGG 0.674361 6.2:-2253969 MS.gene026968:CDS
TCCAGGGTGTGATGACACGG+TGG 0.698119 6.2:-2254323 MS.gene026968:intron
ACTGCACATTGGGATAAATG+GGG 0.760426 6.2:-2265422 MS.gene026968:CDS

CRISPR-GE

badsite warning sgRNA_sequence Strand Position Region GC_content


Chromosome Type Strat End Strand Name
chr6.2 gene 2253305 2265615 2253305 ID=MS.gene026968
chr6.2 mRNA 2253305 2265615 2253305 ID=MS.gene026968.t1;Parent=MS.gene026968
chr6.2 exon 2265331 2265615 2265331 ID=MS.gene026968.t1.exon1;Parent=MS.gene026968.t1
chr6.2 CDS 2265331 2265615 2265331 ID=cds.MS.gene026968.t1;Parent=MS.gene026968.t1
chr6.2 exon 2255009 2255218 2255009 ID=MS.gene026968.t1.exon2;Parent=MS.gene026968.t1
chr6.2 CDS 2255009 2255218 2255009 ID=cds.MS.gene026968.t1;Parent=MS.gene026968.t1
chr6.2 exon 2254239 2254340 2254239 ID=MS.gene026968.t1.exon3;Parent=MS.gene026968.t1
chr6.2 CDS 2254239 2254340 2254239 ID=cds.MS.gene026968.t1;Parent=MS.gene026968.t1
chr6.2 exon 2253958 2254071 2253958 ID=MS.gene026968.t1.exon4;Parent=MS.gene026968.t1
chr6.2 CDS 2253958 2254071 2253958 ID=cds.MS.gene026968.t1;Parent=MS.gene026968.t1
chr6.2 exon 2253305 2253478 2253305 ID=MS.gene026968.t1.exon5;Parent=MS.gene026968.t1
chr6.2 CDS 2253305 2253478 2253305 ID=cds.MS.gene026968.t1;Parent=MS.gene026968.t1
Gene Sequence

>MS.gene026968

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